Proteome analysis of rhoptry-enriched fractions isolated from plasmodium merozoites

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 5, 2004, Pages 995-1001

  Sam Yellowe, Tobili Y ^a   Florens, Laurence ^b,e   Wang, Tongmin ^a   Raine, J Dale ^c   Carucci, Daniel J ^d   Sinden, Robert ^c   Yates III, John R ^b  

^a CLEVELAND STATE UNIVERSITY   (United States)

^b SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^c IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^d NAVAL MEDICAL RESEARCH CENTER   (United States)

^e STOWERS INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (United States)

Author keywords

Blood stages; MudPIT; Organelle; Plasmodium; Proteome; Rhoptry

Indexed keywords

ENZYME; LIPID; PROTEINASE; PROTEOME; SIGNAL PEPTIDE; TYROSINE;

ARTICLE; CELL ADHESION; CELL LYSATE; CELL MEMBRANE; CELL ORGANELLE; FRACTIONATION; LIPID METABOLISM; MALARIA; MEROZOITE; MOLECULAR BIOLOGY; NONHUMAN; PLASMODIUM; PLASMODIUM BERGHEI; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DETERMINATION; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN MOTIF; PROTEOMICS; RODENT; SPECIES;

ANIMALS; CELL FRACTIONATION; DATABASES, PROTEIN; ENDOPEPTIDASES; MASS SPECTROMETRY; MEMBRANE PROTEINS; PEPTIDE HYDROLASES; PLASMODIUM; PLASMODIUM BERGHEI; PLASMODIUM CHABAUDI; PLASMODIUM YOELII; PROTEIN SORTING SIGNALS; PROTEOME; PROTOZOAN PROTEINS; REPETITIVE SEQUENCES, NUCLEIC ACID;

PLASMODIUM BERGHEI; RODENTIA;

EID: 7044237455     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049926m     Document Type: Article

References (43)

1. Dubremetz, J. F.; Garcia-Reguet, N.; Conseil, V.; Fourmaux, M. N. Int. J. Parasitol. 1998, 28, 1007-1013.
2. Sam-Yellowe, T. Y. Parasitol. Today 1996, 12, 308-316.
3. Gardner, M. J.; Hall, N.; Fung, E.; White, O.; Berriman, M.; Hyman, R. W.; Carlton, J. M.; Pain, A.; Nelson, K. E.; Bowman, S.; Paulsen, I. T.; James, K.; Eisen, J. A.; Rutherford, K.; Salzberg, S. L.; Craig, A.; Kyes, S.; Chan, M. S.; Nene, V.; Shallom, S. J.; Suh, B.; Peterson, J.; Angiuoli, S.; Pertea, M.; Allen, J.; Selengut, J.; Haft, D.; Mather, M. W.; Vaidya, A. B.; Martin, D. M.; Fairlamb, A. H.; Fraunholz, M. J.; Roos, D. S.; Ralph, S. A.; McFadden, G. I.; Cummings, L. M.; Subramanian, G. M.; Mungall, C.; Venter, J. C.; Carucci, D. J.; Hoffman, S. L.; Newbold, C.; Davis, R. W.; Fraser, C. M.; Barrell, B. Nature 2002, 419, 498-511.
4. Carlton, J. M.; Angiuoli, S. V.; Suh, B. B.; Kooij, T. W.; Pertea, M.; Silva, J. C.; Ermolaeva, M. D.; Allen, J. E.; Selengut, J. D.; Koo, H. L.; Peterson, J. D.; Pop, M.; Kosack, D. S.; Shumway, M. F.; Bidwell, S. L.; Shallom, S. J.; van Aken, S. E.; Riedmuller, S. B.; Feldblyum, T. V.; Cho, J. K.; Quackenbush, J.; Sedegah, M.; Shoaibi, A.; Cummings, L. M.; Florens, L.; Yates, J. R.; Raine, J. D.; Sinden, R. E.; Harris, M. A.; Cunningham, D. A.; Preiser, P. R.; Bergman, L. W.; Vaidya, A. B.; van Lin, L. H.; Janse, C. J.; Waters, A. P.; Smith, H. O.; White, O. R.; Salzberg, S. L.; Venter, J. C.; Fraser, C. M.; Hoffman, S. L.; Gardner, M. J.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 512-519.
5. Hall, N.; Karras, M.; Raine, J. D.; Carlton, J. M.; Kooij, T. W. A.; Berriman, M.; Florens, L.; Janssen, C. S.; Pain, A.; Christophides, G. K.; James, K.; Rutherford, K.; Harris, B.; Harris, D.; Churcher, C.; Quail, M. A.; Ormond, D.; Doggett, J.; Trueman, H. E.; Mendoza, J.; Bidwell, S. L.; Rajandream, M.-A.; Carucci, D. J.; Yates, J. R. III; Kafatos, F. C.; Janse, C. J.; Barrell, B.; Turner, C. M. R.; Waters, A. P.; Sinden, R. E., submitted for publication.
6. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
7. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, R. M.; Grainger, M.; Haynes, J. D.; Moch, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. L.; Witney, A. A.; Wolters, D.; Wu, Y.; Gardner, M. J.; Holder, A. A.; Sinden, R. E.; Yates, J. R.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 520-526.
8. Sam-Yellowe, T. Y.; Del Rio, R. A.; Fujioka, H.; Aikawa, M.; Yang, J. C.; Yakubu, Z. Exp. Parasitol. 1998, 89, 271-284.
9. Etzion, Z.; Murray, M. C.; Perkins, M. E. Mol. Biochem. Parasitol. 1991, 47, 51-61.
10. Sam-Yellowe, T. Y.; Fujioka, H.; Aikawa, M.; Messineo, D. G. J. Eukaryot. Microbiol. 1995, 42, 224-231.
11. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 532-538.
12. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., 3rd. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
13. Sadygov, R. G.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2003, 75, 3792-3798.
14. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
15. Florens, L.; Liu, X.; Wang, Y.; Yang, S.; Schwartz, O.; Peglar, M.; Carucci, D. J.; Yates, J. R.; Wu, Y. Mol. Biochem. Parasitol. 2004, 135, 1-11.
16. Sam-Yellowe, T. Y.; Fujioka, H.; Aikawa, M. Exp. Parasitol. 1999, 92, 275-278.
17. Sam-Yellowe, T. Y.; Wang, T.; Fujioka, H.; Drazba, J. A.; Aikawa, M.; Brochak, W. J. Protozool. Res. 2000, 10, 71-89.
18. Joiner, K. A.; Roos, D. S. J. Cell Biol. 2002, 157, 557-563.
19. Hoppe, H. C.; Ngo, H. M.; Yang, M.; Joiner, K. A. Nat. Cell Biol. 2000, 2, 449-456.
20. Ngo, H. M.; Yang, M.; Paprotka, K.; Pypaert, M.; Hoppe, H.; Joiner, K. A. J. Biol. Chem. 2003, 278, 5343-5352.
21. Galinski, M. R.; Xu, M.; Barnwell, J. W. Mol. Biochem. Parasitol. 2000, 108, 257-262.
22. Hienne, R.; Rico, A.; Parzy, D.; Doury, J. C. Mem. Inst. Oswaldo Cruz 2000, 95, 345-352.
23. Werner, E. B.; Taylor, W. R.; Holder, A. A. Mol. Biochem. Parasitol. 1998, 94, 185-196.
24. Ling, I. T.; Florens, L.; Dluzewski, A. R.; Kaneko, O.; Grainger, M.; Yim Lim, B. Y. S.; Tsuboi, T.; Hopkins, J. M.; Johnson, J. R.; Torii, M.; Bannister, L. H.; Yates, J. R.; Holder, A. A.; Mattei, D. Mol. Microbiol. 2004, 52, 107-118.
25. Lobo, C. A.; Rodriguez, M.; Hou, G.; Perkins, M.; Oskov, Y.; Lustigman, S. Mol. Biochem. Parasitol. 2003, 128, 59-65.
26. Topolska, A. E.; Lidgett, A.; Truman, D.; Fujioka, H.; Coppel, R. L. J. Biol. Chem. 2004, 279, 4648-4656.
27. Murata, C. E.; Goldberg, D. E. J. Biol. Chem. 2003, 278, 38022-38028.
28. Bzik, D. J.; Li, W. B.; Horii, T.; Inselburg, J. Mol. Biochem. Parasitol. 1988, 30, 279-288.
29. Sujay Subbayya, I. N.; Balaram, H. Biochem. Biophys Res. Commun. 2000, 279, 433-437.
30. Makobongo, M. O.; Riding, G.; Xu, H.; Hirunpetcharat, C.; Keough, D.; de Jersey, J.; Willadsen, P.; Good, M. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 2628-2633.
31. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389-3402.
32. Zidovetzki, R.; Sherman, I. W.; Prudhomme, J.; Crawford, J. Parasitology 1994, 108 (Pt 3), 249-255.
33. Hiller, N. L.; Akompong, T.; Morrow, J. S.; Holder, A. A.; Haldar, K. J. Biol. Chem. 2003, 278, 48413-48421.
34. Burns, J. M., Jr.; Adeeku, E. K.; Dunn, P. D. Infect. Immun. 1999, 67, 675-680.
35. Burns, J. M.; Adeeku, E. K.; Belk, C. C.; Dunn, P. D. Mol. Biochem. Parasitol. 2000, 110, 11-21.
36. Kaneko, O.; Tsuboi, T.; Ling, I. T.; Howell, S.; Shirano, M.; Tachibana, M.; Cao, Y. M.; Holder, A. A.; Torii, M. Mol. Biochem. Parasitol. 2001, 118, 223-231.
37. Nielsen, H.; Engelbrecht, J.; Brunak, S.; von Heijne, G. Int. J. Neural. Syst. 1997, 8, 581-599.
38. Krogh, A.; Larsson, B.; von Heijne, G.; Sonnhammer, E. L. J. Mol. Biol. 2001, 305, 567-580.
39. Sam-Yellowe, T.; Florens, L.; Johnson, J. R.; Wang, T.; Drazba, J. A.; Le Roch, K. G.; Zhou, Y.; Batalov, S.; Carucci, D. J.; Winzeler, E. A.; Yates, J. R. Genome Res. 2004, 14, 1052-1059.
40. Butler, W. T. Oper. Dent. 1992, Suppl 5, 18-23.
41. Le Roch, K. G.; Zhou, Y.; Blair, P. L.; Grainger, M.; Moch, J. K.; Haynes, J. D.; De la Vega, P.; Holder, A. A.; Batalov, S.; Carucci, D. J.; Winzeler, E. A. Science 2003, 301, 1503-1508.
42. Bozdech, Z.; Zhu, J.; Joachimiak, M. P.; Cohen, F. E.; Pulliam, B.; DeRisi, J. L. Genome Biol. 2003, 4, R9.
43. Sonnhammer, E. L.; von Heijne, G.; Krogh, A. Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. 1998, 6, 175-182.