Global phosphoproteome of HT-29 human colon adenocarcinoma cells

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 4, 2005, Pages 1339-1346

  Kim, Ji Eun ^a   Tannenbaum, Steven R ^a   White, Forest M ^a,b  

^a MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^b NONE   (United States)

Author keywords

HT 29; IMAC; Pattern explorer; Phosphoproteome; Scansite

Indexed keywords

ARTICLE; CELL CULTURE; CELL DEATH; CELL DIFFERENTIATION; CELL DIVISION; CELL GROWTH; CELL STRAIN HT29; COLON ADENOCARCINOMA; CONTROLLED STUDY; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; ENZYME ACTIVITY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; HUMAN CELL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN PHOSPHORYLATION; TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY;

ADENOCARCINOMA; CELL LINE, TUMOR; CHROMATOGRAPHY; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NEOPLASM PROTEINS; PEPTIDES; PHOSPHORYLATION; PROTEOME; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 23944453389     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr050048h     Document Type: Article

References (91)

1. Blume-Jensen, P.; Hunter, T. Nature 2001, 411, 355-365.
2. Hunter, T. Cell 2000, 100, 113-127.
3. Oda, Y.; Nagasu, T.; Chait, B. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 379-382.
4. Zhou, H.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 375-378.
5. Knight, Z. A.; Schilling, B.; Row, R. H.; Kenski, D. M.; Gibson, B. W.; Shokat, K. M. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1047-1054.
6. Pandey, A.; Podtelejnikov, A. V.; Blagoev, B.; Bustelo, X. R.; Mann, M.; Lodish, H. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2000, 97, 179-184.
7. Ibarrola, N.; Molina, H.; Iwahori, A.; Pandey, A. J. Biol. Chem. 2004, 279, 15805-15813.
8. Rush, J.; Moritz, A.; Lee, K. A.; Guo, A.; Goss, V. L.; Spek, E. J.; Zhang, H.; Zha, X. M.; Polakiewicz, R. D.; Comb, M. J. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 94-101.
9. Venter, J. C. et al. Science 2001, 291, 1304-1351.
10. Gronborg, M.; Kristiansen, T. Z.; Stensballe, A.; Andersen, J. S.; Ohara, O.; Mann, M.; Jensen, O. N.; Pandey, A. Mol. Cell Proteomics. 2002, 1, 517-527.
11. Steen, H.; Kuster, B.; Fernandez, M.; Pandey, A.; Mann, M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 1031-1039.
12. Steen, H.; Pandey, A.; Andersen, J. S.; Mann, M. Sci. STKE. 2002, 2002, L16.
13. Steen, H.; Fernandez, M.; Ghaffari, S.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics. 2003, 2, 138-145.
14. Wilm, M.; Neubauer, G.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 527-533.
15. Zappacosta, F.; Huddleston, M. J.; Karcher, R. L.; Gelfand, V. I.; Carr, S. A.; Annan, R. S. Anal. Chem. 2002, 74, 3221-3231.
16. Annan, R. S.; Huddleston, M. J.; Verma, R.; Deshaies, R. J.; Carr, S. A. Anal. Chem. 2001, 73, 393-404.
17. Cao, P.; Stults, J. T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1600-1606.
18. Fuglsang, A. T.; Visconti, S.; Drumm, K.; Jahn, T.; Stensballe, A.; Mattei, B.; Jensen, O. N.; Aducci, P.; Palmgren, M. G. J. Biol. Chem. 1999, 274, 36774-36780.
19. Nuhse, T. S.; Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Peck, S. C. Mol. Cell Proteomics. 2003, 2, 1234-1243.
20. Porath, J.; Carlsson, J.; Olsson, I.; Belfrage, G. Nature 1975, 258, 598-599.
21. Posewitz, M. C.; Tempst, P. Anal. Chem. 1999, 71, 2883-2892.
22. Salomon, A. R.; Ficarro, S. B.; Brill, L. M.; Brinker, A.; Phung, Q. T.; Ericson, C.; Sauer, K.; Brock, A.; Horn, D. M.; Schultz, P. G.; Peters, E. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 443-448.
23. Stensballe, A.; Andersen, S.; Jensen, O. N. Proteomics. 2001, 1, 207-222.
24. Vener, A. V.; Harms, A.; Sussman, M. R.; Vierstra, R. D. J. Biol. Chem. 2001, 276, 6959-6966.
25. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
26. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2004, 101, 12130-12135.
27. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Faergeman, N. F.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell Proteomics. 2005.
28. Janes, K. A.; Albeck, J. G.; Peng, L. X.; Sorger, P. K.; Lauffenburger, D. A.; Yaffe, M. B. Mol. Cell Proteomics. 2003, 2, 463-473.
29. Janes, K. A.; Kelly, J. R.; Gaudet, S.; Albeck, J. G.; Sorger, P. K.; Lauffenburger, D. A. J. Comput. Biol. 2004, 11, 544-561.
30. Riabowol, K.; Draetta, G.; Brizuela, L.; Vandre, D.; Beach, D. Cell 1989, 57, 393-401.
31. Draetta, G.; Piwnica-Worms, H.; Morrison, D.; Druker, B.; Roberts, T.; Beach, D. Nature 1988, 336, 738-744.
32. Morla, A. O.; Draetta, G.; Beach, D.; Wang, J. Y. Cell 1989, 58, 193-203.
33. Gould, K. L.; Nurse, P. Nature 1989, 342, 39-45.
34. Krek, W.; Nigg, E. A. EMBO J. 1991, 10, 3331-3341.
35. Berry, L. D.; Gould, K. L. Prog. Cell Cycle Res. 1996, 2, 99-105.
36. Draetta, G.; Beach, D. Cell 1988, 54, 17-26.
37. Gautier, J.; Solomon, M. J.; Booher, R. N.; Bazan, J. F.; Kirschner, M. W. Cell 1991, 67, 197-211.
38. Fleig, U. N.; Gould, K. L. Semin. Cell Biol. 1991, 2, 195-204.
39. Harper, J. W.; Elledge, S. J. Genes Dev. 1998, 12, 285-289.
40. Tan, M.; Jing, T.; Lan, K. H.; Neal, C. L.; Li, P.; Lee, S.; Fang, D.; Nagata, Y.; Liu, J.; Arlinghaus, R.; Hung, M. C.; Yu, D. Mol. Cell 2002, 9, 993-1004.
41. Ko, L. J.; Prives, C. Genes Dev. 1996, 10, 1054-1072.
42. Hao, M.; Lowy, A. M.; Kapoor, M.; Deffie, A.; Liu, G.; Lozano, G. J. Biol. Chem. 1996, 271, 29380-29385.
43. Hupp, T. R.; Meek, D. W.; Midgley, C. A.; Lane, D. P. Cell 1992, 71, 875-886.
44. Hupp, T. R.; Lane, D. P. Curr. Biol. 1994, 4, 865-875.
45. Hall, S. R.; Campbell, L. E.; Meek, D. W. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 1119-1126.
46. Mundt, M.; Hupp, T.; Pritsche, M.; Merkle, C.; Hansen, S.; Lane, D.; Groner, B. Oncogene 1997, 15, 237-244.
47. Sakaguchi, K.; Sakamoto, H.; Lewis, M. S.; Anderson, C. W.; Erickson, J. W.; Appella, E.; Xie, D. Biochemistry 1997, 36, 10117-10124.
48. Sakaguchi, K.; Herrera, J. E.; Saito, S.; Miki, T.; Bustin, M.; Vassilev, A.; Anderson, C. W.; Appella, E. Genes Dev. 1998, 12, 2831-2841.
49. Prives, C.; Hall, P. A. J. Pathol. 1999, 187, 112-126.
50. Meek, D. W.; Simon, S.; Kikkawa, U.; Eckhart, W. EMBO J. 1990, 9, 3253-3260.
51. Filhol, O.; Baudier, J.; Delphin, C.; Loue-Mackenbach, P.; Chambaz, E. M.; Cochet, C. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20577-20583.
52. Hermann, C. P.; Kraiss, S.; Montenarh, M. Oncogene 1991, 6, 877-884.
53. Blaydes, J. P.; Hupp, T. R. Oncogene 1998, 17, 1045-1052.
54. Kapoor, M.; Lozano, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 2834-2837.
55. Lu, H.; Taya, Y.; Ikeda, M.; Levine, A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 1998, 95, 6399-6402.
56. Ullrich, S. J.; Sakaguchi, K.; Lees-Miller, S. P.; Fiscella, M.; Mercer, W. E.; Anderson, C. W.; Appella, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993, 90, 5954-5958.
57. Halaschek-Wiener, J.; Wacheck, V.; Schlagbauer-Wadl, H.; Wolff, K.; Kloog, Y.; Jansen, B. Mol. Med. 2000, 6, 693-704.
58. Bischoff, J. R.; Friedman, P. N.; Marshak, D. R.; Prives, C.; Beach, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990, 87, 4766-4770.
59. Wilkinson, J. C.; Richter, B. W.; Wilkinson, A. S.; Burstein, E.; Rumble, J. M.; Balliu, B.; Duckett, C. S. J. Biol. Chem. 2004, 279, 51091-51099.
60. Barlat, I.; Maurier, F.; Duchesne, M.; Guitard, E.; Tocque, B.; Schweighoffer, F. J. Biol. Chem. 1997, 272, 3129-3132.
61. Feuillet, V.; Semichon, M.; Restouin, A.; Harriague, J.; Janzen, J.; Magee, A.; Collette, Y.; Bismuth, G. Oncogene 2002, 21, 7205-7213.
62. Paronetto, M. P.; Venables, J. P.; Elliott, D. J.; Geremia, R.; Rossi, P.; Sette, C. Oncogene 2003, 22, 8707-8715.
63. Wong, G.; Muller, O.; Clark, R.; Conroy, L.; Moran, M. F.; Polakis, P.; McCormick, F. Cell 1992, 69, 551-558.
64. Taylor, S. J.; Resnick, R. J.; Shalloway, D. BMC. Cell Biol. 2004, 5, 5.
65. Raingeaud, J.; Gupta, S.; Rogers, J. S.; Dickens, M.; Han, J.; Ulevitch, R. J.; Davis, R. J. J. Biol. Chem. 1995, 270, 7420-7426.
66. Mielke, K.; Herdegen, T. Prog. Neurobiol. 2000, 61, 45-60.
67. Roux, P. P.; Blenis, J. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004, 68, 320-344.
68. Sayed, M.; Kim, S. O.; Salh, B. S.; Issinger, O. G.; Pelech, S. L. J. Biol. Chem. 2000, 275, 16569-16573.
69. Shi, Y.; Gaestel, M. Biol. Chem. 2002, 383, 1519-1536.
70. Parker, C. G.; Hunt, J.; Diener, K.; McGinley, M.; Soriano, B.; Keesler, G. A.; Bray, J.; Yao, Z.; Wang, X. S.; Kohno, T.; Lichenstein, H. S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1998, 249, 791-796.
71. Hardie, D. G.; Salt, I. P.; Hawley, S. A.; Davies, S. P. Biochem. J. 1999, 338 (Pt 3), 717-722.
72. Hardie, D. G.; Scott, J. W.; Pan, D. A.; Hudson, E. R. FEBS Lett. 2003, 546, 113-120.
73. Rutter, G. A.; Da, Silva, X.; Leclerc, I. Biochem. J. 2003, 375, 1-16.
74. Winder, W. W. J. Appl. Physiol. 2001, 91, 1017-1028.
75. Hawley, S. A.; Davison, M.; Woods, A.; Davies, S. P.; Beri, R. K.; Carling, D.; Hardie, D. G. J. Biol. Chem. 1996, 271, 27879-27887.
76. Crute, B. E.; Seefeld, K.; Gamble, J.; Kemp, B. E.; Witters, L. A. J. Biol. Chem. 1998, 273, 35347-35354.
77. Sturany, S.; Van Lint, J.; Muller, F.; Wilda, M.; Hameister, H.; Hocker, M.; Brey, A.; Gern, U.; Vandenheede, J.; Gress, T.; Adler, G.; Seufferlein, T. J. Biol. Chem. 2001, 276, 3310-3318.
78. Mihailovic, T.; Marx, M.; Auer, A.; Van Lint, J.; Schmid, M.; Weber, C.; Seufferlein, T. Cancer Res. 2004, 64, 8939-8944.
79. Kirchhausen, T. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 1999, 15, 705-732.
80. Conner, S. D.; Schmid, S. L. J. Cell Biol. 2002, 156, 921-929.
81. Haendeler, J.; Yin, G.; Hojo, Y.; Saito, Y.; Melaragno, M.; Yan, C.; Sharma, V. K.; Heller, M.; Aebersold, R.; Berk, B. C. J. Biol. Chem. 2003, 278, 49936-49944.
82. Nieuw Amerongen, G. P.; Natarajan, K.; Yin, G.; Hoefen, R. J.; Osawa, M.; Haendeler, J.; Ridley, A. J.; Fujiwara, K.; van Hinsbergh, V. W.; Berk, B. C. Circ. Res. 2004, 94, 1041-1049.
83. Premont, R. T.; Claing, A.; Vitale, N.; Freeman, J. L.; Pitcher, J. A.; Patton, W. A.; Moss, J.; Vaughan, M.; Lefkowitz, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 14082-14087.
84. Premont, R. T.; Claing, A.; Vitale, N.; Perry, S. J.; Lefkowitz, R. J. J. Biol. Chem. 2000, 275, 22373-22380.
85. Dalby, K. N.; Morrice, N.; Caudwell, F. B.; Avruch, J.; Cohen, P. J. Biol. Chem. 1998, 273, 1496-1505.
86. Shaham, O.; Yaffe, M. B. 2005, manuscript in preparation.
87. Obenauer, J. C.; Cantley, L. C.; Yaffe, M. B. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3635-3641.
88. Songyang, Z.; Blechner, S.; Hoagland, N.; Hoekstra, M. F.; Piwnica-Worms, H.; Cantley, L. C. Curr. Biol. 1994, 4, 973-982.
89. Nishikawa, K.; Toker, A.; Johannes, F. J.; Songyang, Z.; Cantley, L. C. J. Biol. Chem. 1997, 272, 952-960.
90. Obata, T.; Yaffe, M. B.; Leparc, G. G.; Piro, E. T.; Maegawa, H.; Kashiwagi, A.; Kikkawa, R.; Cantley, L. C. J. Biol. Chem. 2000, 275, 36108-36115.
91. Manning, G.; Whyte, D. B.; Martinez, R.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Science 2002, 298, 1912-1934.