Probability-based evaluation of peptide and protein identifications from tandem mass spectrometry and SEQUEST analysis: The human proteome

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 1, 2005, Pages 53-62

  Qian, Wei Jun ^a   Liu, Tao ^a   Monroe, Matthew E ^a   Strittmatter, Eric F ^a   Jacobs, Jon M ^a   Kangas, Lars J ^a   Petritis, Konstantinos ^a   Camp II, David G ^a   Smith, Richard D ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

LC MS MS; Proteomics; Reversed database; SEQUEST criteria; Tandem mass spectrometry; The human proteome

Indexed keywords

PEPTIDE; PROTEIN;

ARTICLE; BREAST CELL; CAPILLARY GAS CHROMATOGRAPHY; CATION EXCHANGE; CELL LYSATE; COMPARATIVE STUDY; CONTROLLED STUDY; ELUTION; HUMAN; HUMAN CELL; LIVER CELL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DATABASE; PROTEOMICS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; SEPARATION TECHNIQUE; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

BLOOD PROTEINS; EPITHELIAL CELLS; HEPATOCYTES; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PROBABILITY; PROTEINS; PROTEOME; PROTEOMICS;

MAMMALIA;

EID: 14844360847     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0498638     Document Type: Article

References (37)

1. McCormack, A. L.; Schieltz, D. M.; Goode, B.; Yang, S.; Barnes, G.; Drubin, D.; Yates, J. R. Anal. Chem. 1997, 69, 767-776.
2. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
3. Man, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-951.
4. Shen, Y.; Zhao, R.; Berger, S. J.; Andersen, G. A.; Rodriguez, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 4235-4249.
5. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
6. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, R. M.; Grainger, M.; Hayness, J. D.; Moch, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. L.; Witney, A. A.; Wolters, D.; Wu, Y.; Gardner, M. J.; Holder, A. A.; Sinden, R. E,; Yates, J.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 520-526.
7. Koller, A.; Washburn, M. P.; Lange, B. M.; Andon, N. L.; Deciu, C.; Haynes, P. A.; Hays, L.; Schieltz, D.; Ulaszek, R.; Wei, J.; Wolters, D.; Yates, J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11969-11974.
8. Mawuenyega, K. G.; Kaji, H.; Yamuchi, Y.; Shinkawa, T.; Saito, H.; Taoka, M.; Takahashi, N.; Isobe, T. J. Proteome Res. 2003, 2, 23-35.
9. Kislinger, T.; Rahman, K.; D., R.; Cox, B.; Rossant, J.; Emili, A. Mol. Cell Proteomics 2003, 2, 96-106.
10. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 532-538.
11. Jacobs, J. M.; Mottaz, H. M.; Yu, L. R.; Andersen, D. J.; Moore, R. J.; Chen, W. U.; Auberry, K. J.; Strittmatter, E. F.; Monroe, M. E.; Thrall, B. D.; Camp, D. G.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2004, 3, 68-75.
12. Adkins, J. N.; Varnum, S. M.; Auberry, K. J.; Moore, R. J.; Angell, N. H.; Smith, R. D.; Springer, D. L; Pounds, J. G. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 947-955.
13. Shen, Y.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G.; Fang, R.; Moore, R. J.; Smith, R. D.; Xiao, W.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G. Anal. Chem. 2004, 76, 1134-1144.
14. Hardwidge, P. R.; Rodriguez-Escudero, I.; Goode, D.; Donohoe, S.; Eng, J.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Finlay, B. B. J. Biol. Chem. 2004, 279, 20127-20136.
15. Conrads, K. A.; Yu, L. R.; Lucas, D. A.; Zhou, M.; Chan, K. C.; Simpson, K. A.; Schaefer, C. F.; Issaq, H. J.; Veenstra, T. D.; Beck, G. R.; Conrads, T. P. Electrophoresis 2004, 25, 1342-1352.
16. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
17. Perkins, D.; Pappin, D.; Creasy, D.; London, U. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
18. Field, H.; Fenyo, D.; Beavis, R. Proteomics 2002, 2, 36-47.
19. Petritis, K.; Kangas, L. J.; Ferguson, P. L.; Andersen, G. A.; Pasa-Tolić, L.; Lipton, M. S.; Auberry, K. J.; Strittmatter, E.; Shen, Y.; Zhao, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 1039-1048.
20. Cargile, B. J.; Bundy, J. L.; Freeman, T. W.; Stephenson, J. L. J. Proteome Res. 2004, 3, 112-119.
21. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392.
22. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2002, 74, 5593-5599.
23. Anderson, D. C.; Li, W.; Payan, D. G.; Noble, W. S. J. Proteome Res. 2003, 2, 137-146.
24. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 4646-4658.
25. Sadygov, R. G.; Liu, H.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2004, 76, 1664-1671.
26. Blight, K. J.; McKeating, J. A.; Rice, C. M. J. Viral. 2002, 76, 13001-13014.
27. Qian, W. J.; Jacobs, J. M.; Camp II, D. G.; Monroe, M. E.; Moore, R. J.; Gritsenko, M. A.; Galvano, S. E.; Lowry, S. F.; Xiao, W.; Moldawer, L. L.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G.; Smith, R. D. Proteomics 2004, In press.
28. Liu, T.; Qian, W. J.; Strittmatter, E. F.; Camp, D. G.; Anderson, G. A.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal Chem. 2004, 76, 5345-5353.
29. Jacobs, J. M.; Diamond, D. L.; Chan, E. Y.; Gritsenko, M. A.; Qian, W. J.; Stastna, M.; Camp, D. G.; Rice, C. M.; Carithers, R. L.; Katze, M. G.; Smith, R. D., Submitted.
30. Strittmatter, E. F.; Kangas, L. J.; Petritis, K.; Mottaz, H. M.; Anderson, G. A.; Shen, Y.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2004, 3, 760-769.
31. Shen, Y.; Zhao, R.; Belov, M. E.; Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Tang, K.; Pasa-Tolic, L.; Veenstra, T. D.; Lipton, M. S.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 1766-1775.
32. Moore, R. E.; Young, M. K.; Lee, T. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 378-386.
33. Cargile, B. J.; Bundy, J. L.; Stephenson, J. L. J. Proteome Res. 2004, ASAP article.
34. Baldwin, M. A. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 1-9.
35. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 845-867.
36. Anderson, N. L.; Polanski, M.; Pieper, R.; Gatlin, T.; Tirumalai, R. S.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Adkins, J. N.; Pounds, J. G.; Fagan, R.; Lobley, A. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 311-316.
37. Olsen, J. V.; Ong, S. E.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 608-614.