Statistical Models for Protein Validation Using Tandem Mass Spectral Data and Protein Amino Acid Sequence Databases

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 6, 2004, Pages 1664-1671

  Sadygov, Rovshan G ^a   Liu, Hongbin ^a   Yates, John R ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; DATABASE SYSTEMS; MASS SPECTROMETRY; MATHEMATICAL MODELS; STATISTICAL METHODS;

PEPTIDE IDENTIFICATION; PROTEIN IDENTIFICATION;

PROTEINS;

PEPTIDE; PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; DATA BASE; PROTEIN ANALYSIS; STATISTICAL MODEL; TANDEM MASS SPECTROMETRY; VALIDATION PROCESS;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; CRICETINAE; DATABASES, PROTEIN; FEMALE; MASS SPECTROMETRY; MODELS, STATISTICAL; PROTEINS; YEASTS;

EID: 1542617945     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac035112y     Document Type: Article

References (36)

1. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M. ; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Ralda, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415 (6868), 141-147.
2. Schirmer, E. C.; Florens, L.; Guan, T.; Yates, J. R., 3rd.; Gerace, L. Science 2003, 301 (5638), 1380-1382.
3. MacCoss, M. J.; McDonald, H. W.; Saraf, A.; Sadygov, R.; Clark, J. M.; Tasto, J. J.; Gould, K. L.; Wolters, D.; Washburn, M.; Weiss, A.; Clark, J. I.; Yates, J. R., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 7900-7905.
4. Lin, D., Tabb; D. L.; Yates, J. P., 3rd. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1646 (1-2), 1-10.
5. Yates, J. R., I. Trends Genet. 2000, 16 (1), 5-8.
6. Yates, J. R., III. Electrophoresis 1998, 19, 893-900.
7. Hunt, D. F.; Yates, J. R., 3rd; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83 (17), 6233-6237.
8. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
9. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 1999, 17 (7), 676-682.
10. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2001, 19 (3), 242-247.
11. Wolters, D. A.; Washburn M. P.; Yates, J. R. 3rd. Anal. Chem. 2001, 73 (23), 5683-5690.
12. Link, A. J.; Hays, L. G.; Carmack, E. B.; Yates, J. R., 3rd. Electrophoresis 1997, 18 (8), 1314-1334.
13. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 532-538.
14. Bell, A. W.; Ward, M. A.; Blackstock, W. P.; Freeman, H. N.; Choudhary, J. S.; Lewis, A. P.; Chotai, D.; Fazel, A.; Gushue, J. N.; Paiement, J.; Palcy, S.; Chevet, E.; Lafreniere-Roula, M.; Solari, R.; Thomas, D. Y.; Rowley, A.; Bergeron, J. J. J. Biol. Chem. 2001, 276 (7), 5152-5165.
15. Sadygov, R. G.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2003, 75 (15), 3792-3798.
16. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
17. Havilo, M.; Haddad Y.; Smilansky, Z. Anal. Chem. 2003, 75 (3), 435-444.
18. Fenyo, D.; Beavis, R. C. Anal. Chem. 2003, 75 (4), 768-774.
19. Bafna, V.; Edwards, N. Bioinformatics 2001, 17, S13-S21.
20. Zhang, W.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2000, 72, 2482-2489.
21. Zhang, N.; Aebersold, R.; Schwikowski, B. Proteomics 2002, 2, 1406-1412.
22. Mann, M.; Wilm, M. Anal. Chem. 1994, 66, 4390-4399.
23. Hansen, B. T.; Jones, J. A.; Mason, D. E.; Liebler, D. C. Anal. Chem. 2001, 73, 1676-1683.
24. Clauser, K. R.; Baker, P.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 1999, 71, 2871-2882.
25. Tabb, D. L.; Eng, J.; Yates, J. R., III. In Proteome Research: Mass Spectrometry; James, P., Ed.; Springer: New York, 2001; pp 125-142.
26. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, I. J. R. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
27. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19 (10), 946-951.
28. Eddes, J. S.; Kapp, E. A.; Frecklington, D. F.; Connolly, L. M.; Layton, M. J.; Moritz, R. L.; Simpson, R. J. Proteomics 2002, 2, 1097-1103.
29. Moore, R. E.; Y. M. K.; Lee, T. D. J. Am. Mass Spectrom. 2002, 13, 378-386.
30. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 4646-4658.
31. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392.
32. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Yates, I. J. R. Anal. Chem. 2002, 74, 5593-5599.
33. Kislinger, T.; Rahman, K.; Radulovic, D.; Cox, B.; Rossant, J.; Emili, A. Mol. Cell Proteomics 2003, 2, 96-106.
34. Ouspenski, I. I.; Brinkley, B. R. J. Cell Sci. 1993, 105, 359-367.
35. Ewens, W. J.; Grant, G. R. Statistical Methods. In Bioinformatics. Statistics for Biology and Health; Springer-Verlag: New York, 2002.
36. Ghaemmaghami, S.; Huh, W. K.; Bower, K.; Howson, R. W.; Belle, A.; Dephoure, N.; O'Shea, E. K.; Weissman, J. S. Nature 2003, 425, 737-741.