A statistical model for identifying proteins by tandem mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 75, Issue 17, 2003, Pages 4646-4658

  Nesvizhskii, Alexey I ^a   Keller, Andrew ^a   Kolker, Eugene ^a,b   Aebersold, Ruedi ^a  

^a INSTITUTE FOR SYSTEMS BIOLOGY   (United States)

^b BIATECH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MASS SPECTROMETRY; MATHEMATICAL MODELS; POLYPEPTIDES; PROBABILITY; STATISTICAL METHODS;

PROTEOLYSIS;

PROTEINS;

ACCURACY; AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; HAEMOPHILUS INFLUENZAE; HALOBACTERIUM; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN PURIFICATION; STATISTICAL MODEL; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MODELS, STATISTICAL; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PROTEINS;

EID: 0042338362     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0341261     Document Type: Article

References (46)

1. Pandey, A.; Mann, M. Nature 2000, 405, 837-846.
2. Aebersold, R.; Goodlett, D. P. Chem. Rev. 2001, 101, 269-287.
3. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Masselon, C.; Paša-Tolić, L.; Shen, Y.; Udseth, H. R. OMICS 2002, 6, 61-90.
4. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
5. Lipton, M. S.; Paša-Tolić, L.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Auberry, D. L.; Battista, J. R.; Daly, M. J.; Fredrickson, J.; Hixson, K. K.; Kostandarithes, H.; Masselon, C.; Markillie, L. M.; Moore, R. J.; Romine, M. F.; Shen, Y.; Stritmatter, E.; Tolić, N.; Udseth, H. R.; Venkateswaran, A.; Wong, K. K.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11049-11054.
6. Lasonder, E.; Ishihama, Y.; Andersen, J. S.; Vermunt, A. M. W.; Pain, A. ; Sauerwein, R. W.; Eling, W. M.; Hall, N.; Waters, A. P.; Stunnenberg, H. G.; Mann, M. Nature 2002, 419, 537-542.
7. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, R. M.; Grainger, M. ; Haynes, J. D.; Moch, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. L.; Witney, A. A.; Wolters, D.; Wu, Y.; Gardner, M. J.; Holder, A. A.; Sinden, R. E.; Yates, J. R.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 520-526.
8. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
9. Gavin, A.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-147.
10. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; et al. Nature 2002, 415, 180-183.
11. Ranish, J. A.; Yi, E. C.; Leslie, D. M.; Purvine, S. O.; Goodlett, D. R. ; Eng, J.; Aebersold, R. Nat. Genet. 2003, 33, 349-355.
12. Pandey, A.; Podtelejnikov, A. V.; Blagoev, B.; Bustelo, X. R.; Mann, M.; Lodish, H. F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000, 97, 179-184.
13. Baliga, N. S.; Pan, M.; Goo, Y. A.; Yi, E. C.; Goodlett, D. R.; Dimitrov, K.; Shannon, P.; Aebersold, R.; Ng, W. V.; Hood, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14913-14918.
14. Guina, T.; Purvine, S. O.; Yi, E. C.; Eng, J.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Miller, S. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 2771-2776.
15. Forst, C. V. Mol. Biol. Rep. 2002, 29, 265-280.
16. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovich, G. A.; Aaseruud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
17. Meng, F.; Cargile, B. J.; Patrie, S. M.; Johnson, J. R.; McLoughlin, S. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2002, 74, 2923-2929.
18. Fenyo, D. Curr. Opin. Biotechnol. 2000, 11, 391-395.
19. Chakravarti, D. B.; Chakravarti, B.; Moutsatsos, I. Biotechniques 2002, (Suppl. 32), 4-15.
20. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989,
21. Perkins, D. N.; Pappin, D. J. C.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
22. Clauser, K. R.; Baker, P.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 1999, 71, 2871-2882.
23. Field, H. I.; Fenyo, D.; Beavis, R. C. Preteomics 2002, 2, 36-47.
24. Keller, A. D.; Purvine, S.; Nesvizhskii, A. I.; Stolyar, S.; Goodlett, D. R.; Kolker, E. OMICS 2002, 6 (2), 207-212.
25. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392.
26. Rappsilber, J.; Mann, M. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 74-78.
27. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-951.
28. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
29. Eddes, J. S.; Kapp, E. A.; Frecklington, D. F.; Connolly, L. M.; Layton, M. J.; Moritz, R. L.; Simpson, R. J. Proteomics 2002, 2, 1097-1103.
30. Moore, R. E.; Young, M. K.; Lee, T. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 378-386.
31. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2002, 74, 5593-5599.
32. Taylor, J. A.; Johnson, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 1067-1075.
33. Mann, M.; Wilm, M. Anal. Chem. 1994, 66, 4390-4399.
34. Shevchenko, A.; Sunyaev, S.; Loboda, A.; Shevchenko, A.; Bork, P.; Ens, W.; Standing, K. G. Anal. Chem. 2001, 73, 1917-1926.
35. Extracted from ftp://ftp.ncicrf.gov/pub/nonredun/protein.nrdb.Z.
36. Goodlett, D. R.; Keller, A.; Watts, J. D.; Newitt, R.; Yi, E. C.; Purvine, S.; Eng, J. K.; von Haller, P.; Aebersold, R.; Kolker, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1214-1221.
37. Parker, K. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 22-39.
38. Sonsmann, G.; Römer, A.; Schomburg, D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 47-58.
39. Choudhary, J. S.; Blackstock, W. P.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S Proteomics 2001, 1, 651-667.
40. Dempster, A.; Laird, N.; Rubin, M. J. R. Stat. Soc. 1977, B39 (1), 1-38.
41. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
42. Good, I. J. Proc. R. Soc. London A 1977, 354, 303-330.
43. Kolker, E.; Purvine, S.; Galperin, M. Y.; Stolyar, S.; et al., submitted to J. Bacter.
44. Ng, V. et al. Manuscript in preparation.
45. von Haller, P. D. et al. Manuscript in preparation.
46. Zhang, W.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2000, 72, 2482.