Human plasma N-glycoproteome analysis by immunoaffinity subtraction, hydrazide chemistry, and mass spectrometry

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 6, 2005, Pages 2070-2080

  Liu, Tao ^a   Qian, Wei Jun ^a   Gritsenko, Marina A ^a   Camp II, David G ^a   Monroe, Matthew E ^a   Moore, Ronald J ^a   Smith, Richard D ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

Human plasma; Immunoaffinity subtraction; Mass spectrometry; N glycosylation; Proteomics

Indexed keywords

CATHEPSIN L; GLYCOPEPTIDASE; GLYCOPEPTIDE; HYDRAZIDE; N GLYCOPROTEOME; PEPTIDE; PLASMA PROTEIN; PROTEOME; UNCLASSIFIED DRUG;

ANALYTIC METHOD; ANTIBODY AFFINITY; ARTICLE; CATION EXCHANGE; FOURIER TRANSFORMATION; HUMAN; ION CYCLOTRON RESONANCE MASS SPECTROMETRY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID MOTIFS; AMINO ACID SEQUENCE; BLOOD PROTEINS; CATIONS; CHROMATOGRAPHY, ION EXCHANGE; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; GLYCOPEPTIDES; GLYCOPROTEINS; GLYCOSYLATION; HUMANS; HYDRAZINES; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDE-N4-(N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINYL) ASPARAGINE AMIDASE; PEPTIDES; PROTEINS; PROTEOME; PROTEOMICS; SPECTROSCOPY, FOURIER TRANSFORM INFRARED; SUBCELLULAR FRACTIONS;

EID: 29144459934     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0502065     Document Type: Article

References (50)

1. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 845-867.
2. Diamandis, E. P. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 367-378.
3. Hanash, S. Nature 2003, 422, 226-232.
4. Petricoin, E.; Wulfkuhle, J.; Espina, V.; Liotta, L. A. J. Proteome Res. 2004, 3, 209-217.
5. Pieper, R.; Gatlin, C. L.; Makusky, A. J.; Russo, P. S.; Schatz, C. R.; Miller, S. S.; Su, Q.; McGrath, A. M.; Estock, M. A.; Parmar, P. P.; Zhao, M.; Huang, S. T.; Zhou, J.; Wang, F.; Esquer-Blasco, R.; Anderson, N. L.; Taylor, J.; Steiner, S. Proteomics 2003, 3, 1345-1364.
6. Pieper, R.; Su, Q.; Gatlin, C. L.; Huang, S. T.; Anderson, N. L.; Steiner, S. Proteomics 2003, 3, 422-32.
7. Adkins, J. N.; Varnum, S. M.; Auberry, K. J.; Moore, R. J.; Angell, N. H.; Smith, R. D.; Springer, D. L.; Pounds, J. G. Mol. Cell. Proeomics 2002, 1, 947-955.
8. Chromy, B. A.; Gonzales, A. D.; Perkins, J.; Choi, M. W.; Corzett, M. H.; Chang, B. C.; Corzett, C. H.; McCutchen-Maloney, S. L. J. Proteome Res. 2004, 3, 1120-1127.
9. Shen, Y.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G. 2nd; Fang, R.; Moore, R. J.; Smith, R. D.; Xiao, W.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G. Anal. Chem. 2004, 76, 1134-1144.
10. Tirumalai, R. S.; Chan, K. C.; Prieto, D. A.; Issaq, H. J.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1096-1103.
11. Xiao, Z.; Conrads, T. P.; Lucas, D. A.; Janini, G. M.; Schaefer, C. F.; Buetow, K. H.; Issaq, H. J.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2004, 25, 128-133.
12. Heller, M.; Michel, P. E.; Morier, P.; Crettaz, D.; Wenz, C.; Tissot, J. D.; Reymond, F.; Rossier, J. S. Electrophoresis 2005, 26, 1174-1188.
13. Liu, T.; Qian, W. J.; Strittmatter, E. F.; Camp, D. G., 2nd; Anderson, G. A.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem 2004, 76, 5345-5353.
14. Liu, T.; Qian, W. J.; Chen, W. N.; Jacobs, J. M.; Moore, R. J.; Anderson, D. J.; Gritsenko, M. A.; Monroe, M. E.; Thrall, B. D.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Proteomics 2005, 5, 1263-1273.
15. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
16. Zhang, H.; Li, X. J.; Martin, D. B.; Aerbersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660-666.
17. Bunkenborg, J.; Pilch, B. J.; Podtelejnikov, A. V.; Wisniewski, J. R. Proteomics 2004, 4, 454-65.
18. Roth, J. Chem. Rev. 2002, 102, 285-303.
19. Bause, E. Biochem. J. 1983, 209, 331-6.
20. Shen, Y.; Zhao, R.; Belov, M. E.; Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Tang, K.; Pasa-Tolic, L.; Veenstra, T. D.; Lipton, M. S.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 1766-1775.
21. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. 3rd J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
22. Qian, W. J.; Liu, T.; Monroe, M. E.; Strittmatter, E. F.; Jacobs, J. M.; Kangas, L. J.; Petritis, K.; Camp, D. G. 2nd; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2005, 4, 53-62.
23. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 4646-4658.
24. Gorshkov, M. V.; Pasa-Tolic, L; Udseth, H. R.; Anderson, G. A.; Huang, B. M.; Bruce, J. E.; Prior, D. C.; Hofstadler, S. A.; Tang, L.; Chen, L.; Willett, J. A.; Rockwood, A. L.; Sherman, M. S.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 692-700.
25. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Shen, Y.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Udseth, H. R. Proteomics 2002, 2, 513-523.
26. Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Auberry, D. L.; Battista, J. R.; Daly, M. J.; Fredrickson, J.; Hixson, K. K.; Kostandarithes, H.; Masselon, C.; Markillie, L. M.; Moore, R. J.; Romine, M. F.; Shen, Y.; Stritmatter, E.; Tolic, N.; Udseth, H. R.; Venkateswaran, A.; Wong, K. K.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 2002, 99, 11049-11054.
27. Petritis, K.; Kangas, L. J.; Ferguson, P. L.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Auberry, K. J.; Strittmatter, E.; Shen, Y.; Zhao, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 1039-1048.
28. Zhang, H.; Yi, E. C.; Li, X. J.; Mallick, P.; Kelly-Spratt, K. S.; Masselon, C. D.; Camp, D. G. 2nd; Smith, R. D.; Kemp, C. J.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 144-155.
29. Qian, W. J.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G., 2nd; Monroe, M. E.; Moore, R. J.; Gritsenko, M. A.; Galvano, S. E.; Lowry, S. F.; Xiao, W.; Moldawer, L. L; Davis, R. W.; Tompkins, R. G.; Smith, R. D. Proteomics 2005, 5, 572-584.
30. Qian, W. J.; Monroe, M. E.; Liu, T.; Jacobs, J. M.; Anderson, G. A.; Shen, Y.; Moore, R. J.; Anderson, D. J.; Zhang, R.; Galvano, S. E.; Lowry, S. F.; Xiao, W.; Moldawer, L. L.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 700-709.
31. Draberova, L.; Cerna, H.; Brodska, H.; Boubelik, M.; Watt, S. M.; Stanners, C. P.; Draber, P. Immunology 2000, 101, 279-287.
32. Hara, I.; Miyake, H.; Yamanaka, K.; Hara, S.; Kamidono, S. Oncol. Rep. 2002, 9, 1379-1383.
33. Lang, T. H.; Willinger, U.; Holzer, G. J. Lab Clin. Med. 2004, 144, 163-166.
34. Haab, B. B.; Geierstanger, B. H.; Michailidis, G.; Vitzthum, F.; Forrester, S.; Okon, R.; Saviranta, P.; Brinker, A.; Sorette, M.; Perlee, L.; Suresh, S.; Drwal, G.; Adkins, J. N.; Omenn, G. Proteomics 2005, In press.
35. Shimomura, T.; Kondo, J.; Ochiai, M.; Naka, D.; Miyazawa, K.; Morimoto, Y.; Kitamura, N. J. Biol. Chem. 1993, 268, 22927-22932.
36. Oh, J. C.; Wu, W.; Tortolero-Luna, G.; Broaddus, R.; Gershenson, D. M.; Burke, T. W.; Schmandt, R.; Lu, K. H. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2004, 13, 748-752.
37. Yamauchi, M.; Mizuhara, Y.; Maezawa, Y.; Toda, G. Pathol. Res. Pract. 1994, 190, 984-992.
38. Martin, S.; Rieckmann, P.; Melchers, I.; Wagner, R.; Bertrams, J.; Voskuyl, A. E.; Roep, B. O.; Zielasek, J.; Heidenthal, E.; Weichselbraun, I. et al. J. Immunol. 1995, 154, 1951-1955.
39. Rivera, M.; Talens-Visconti, R.; Sirera, R.; Bertomeu, V.; Salvador, A.; Cortes, R.; Garcia de Burgos, F.; Climent, V.; Paya, R.; Martinez-Dolz, L.; Sancho-Tello, M. J.; Gonzalez-Molina, A. Eur. J. Heart Fail. 2004, 6, 877-882.
40. Jarkovska, Z.; Rosicka, M.; Krsek, M.; Sulkova, S.; Haluzik, M.; Justova, V.; Lacinova, Z.; Marek, J. Physiol. Res. 2005, In press.
41. Kamel, A. M; El-Sharkawy, N. M.; Khalaf, M. R.; Galal, S. H.; Ghelab, F. M.; Ghazaly, T. J. Egypt Natl. Canc. Inst. 2002, 14, 243-249.
42. Baldus, S.; Heeschen, C.; Meinertz, T.; Zeiher, A. M.; Eiserich, J. P.; Munzel, T.; Simoons, M. L.; Hamm, C. W.; Investigators, C., Circulation 2003, 108, 1440-1445.
43. Petersen, S. V.; Valnickova, Z.; Enghild, J. J., Biochem. J. 2003, 374, 199-206.
44. Liotta, L. A.; Ferrari, M.; Petricoin, E., Nature 2003, 425, 905.
45. Zolotarjova, N.; Martosella, J.; Nicol, G.; Bailey, J.; Boyes, B. E.; Barrett, W. C. Proteomics 2005, 5, 3304-3313.
46. Kuster, B.; Mann, M. Anal. Chem. 1999, 71, 1431-1440.
47. Kaji, H.; Saito, H.; Yamauchi, Y.; Shinkawa, T.; Taoka, M.; Hirabayashi, J.; Kasai, K.; Takahashi, N.; Isobe, T. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 667-672.
48. Shvartsburg, A. A.; Tang, K.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2004, 76, 7366-7374.
49. http://us.expasy.org/sprot.
50. Block, T. M.; Comunale, M. A.; Lowman, M.; Steel, L. F.; Romano, P. R.; Fimmel, C.; Tennant, B. C.; London, W. T.; Evans, A. A.; Blumberg, B. S.; Dwek, R. A.; Mattu, T. S.; Mehta, A. S., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 779-784.