Correlation of relative abundance ratios derived from peptide ion chromatograms and spectrum counting for quantitative proteomic analysis using stable isotope labeling

Analytical Chemistry

Volumn 77, Issue 19, 2005, Pages 6218-6224

  Zybailov, Boris ^a   Coleman, Michael K ^a   Florens, Laurence ^a   Washburn, Michael P ^a  

^a STOWERS INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ION CHROMATOGRAM; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN IDENTIFICATION TECHNOLOGY; SPECTRUM COUNTING;

BIOLOGICAL MEMBRANES; DETERGENTS; GROWTH KINETICS; MASS SPECTROMETERS;

PROTEINS;

AMMONIUM SULFATE; MEMBRANE PROTEIN; NITROGEN 15; PEPTIDE;

ARTICLE; FUNGUS CULTURE; ION TRAP MASS SPECTROMETRY; ISOTOPE LABELING; NONHUMAN; PEPTIDE ANALYSIS; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; REPRODUCIBILITY; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SIGNAL NOISE RATIO;

AMINO ACID SEQUENCE; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; ISOTOPE LABELING; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PROTEOMICS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

EID: 26444506068     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac050846r     Document Type: Article

References (30)

1. Julka, S.; Regnier, F. J. Proteome Res. 2004, 3, 350-363.
2. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 6591-6596.
3. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schielte, D. M.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2002, 74, 1650-1657.
4. Krijgsveld, J.; Ketting, R. F.; Mahmoudi, T.; Johansen, J.; Artal-Sanz, M.; Verrijzer, C. P.; Plasterk, R. H.; Heck, A. J. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 927-931.
5. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Matthews, D. E.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2004, 76, 4951-4959.
6. Blagoev, B.; Ong, S. E.; Kratchmarova, I.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1139-1145.
7. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 376-386.
8. Quackenbush, J. Nat. Genet. 2002, 32 (Suppl.), 496-501.
9. Washburn, M. P.; Ulaszek, R. R.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2003, 75, 5054-5061.
10. Molina, H.; Parmigiani, G.; Pandey, A. Anal Chem. 2005, 77, 2739-2744.
11. Andersen, J. S.; Lam, Y. W.; Leung, A. K.; Ong, S. E.; Lyon, C. E.; Lamond, A. I.; Mann, M. Nature 2005, 433, 77-83.
12. Washburn, M. P.; Koller, A.; Oshiro, G.; Ulaszek, R. R.; Plouffe, D.; Deciu, C.; Winzeler, E.; Yates, J. R., 3rd. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 3107-3112.
13. Wang, W.; Zhou, H.; Lin, H.; Roy, S.; Shaler, T. A.; Hill, L. R.; Norton, S.; Kumar, P.; Anderle, M.; Becker, C. H. Anal. Chem. 2003, 75, 4818-4826.
14. Wiener, M. C.; Sachs, J. R.; Deyanova, E. G.; Yates, N. A. Anal. Chem. 2004, 76, 6085-6096.
15. Silva, J. C.; Denny, R.; Dorschel, C. A.; Gorenstein, M.; Kass, I. J.; Li, G. Z.; McKenna, T.; Nold, M. J.; Richardson, K.; Young, P.; Geromanos, S. Anal. Chem. 2005, 77, 2187-2200.
16. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Liu, H.; Sadygov, R.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2003, 75, 6912-6921.
17. Chelius, D.; Zhang, T.; Wang, G.; Shen, R. F. Anal. Chem. 2003, 75, 6658-6665.
18. Radulovic, D.; Jelveh, S.; Ryu, S.; Hamilton, T. G.; Foss, E.; Mao, Y.; Emili, A. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 984-997.
19. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Nat Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
20. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201.
21. Allet, N.; Barrillat, N.; Haussant, T.; Boiteau, C.; Botti, P.; Bougueleret, L.; Budin, N.; Canet, D.; Carraud, S.; Chiappe, D.; Christmann, N.; Colinge, J.; Cusin, I.; Dafflon, N.; Depresle, B.; Fasso, I.; Frauchiger, P.; Gaertner, H.; Gleizes, A.; Gonzalez-Couto, E.; Jeandenans, C.; Karmime, A.; Kowall, T.; Lagache, S.; Mahe, E.; Masselot, A.; Mattou, H.; Moniatte, M.; Niknejad, A.; Paolini, M.; Perret, F.; Finaud, N.; Ranno, F.; Raimondi, S.; Reffas, S.; Regamey, P. O.; Rey, P. A.; Rodriguez-Tome, P.; Rose, K.; Rossellat, G.; Saudrais, C.; Schmidt, C.; Villain, M.; Zwahlen, C. Proteomics 2004, 4, 2333-2351.
22. Colinge, J.; Chiappe, D.; Lagache, S.; Moniatte, M.; Bougueleret, L. Anal. Chem. 2005, 77, 596-606.
23. Venable, J. D.; Dong, M. Q.; Wohlschlegel, J.; Dillin, A.; Yates, J. R. Nat. Methods 2004, 1, 39-45.
24. Li, X. J.; Zhang, H.; Ranish, J. A.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 6648-6657.
25. Yu, Y. Q.; Gilar, M.; Lee, P. J.; Bouvier, E. S.; Gebler, J. C. Anal. Chem. 2003, 75, 6023-6028.
26. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
27. McDonald, W. H.; Ohi, R.; Miyamoto, D. T.; Mitchison, T. J.; Yates, J. R. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 245-251.
28. McDonald, W. H.; Tabb, D. L.; Sadygov, R. G.; MacCoss, M. J.; Venable, J.; Graumann, J.; Johnson, J. R.; Cociorva, D.; Yates, J. R., 3rd. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2162-2168.
29. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
30. Coghlan, A.; Wolfe, K. H. Yeast 2000, 16, 1131-1145.