Nanoscale Engineering of Designer Cellulosomes

Advanced Materials

Volumn 28, Issue 27, 2016, Pages 5619-5647

  Gunnoo, Melissabye ^a   Cazade, Pierre André ^a   Galera Prat, Albert ^b   Nash, Michael A ^c   Czjzek, Mirjam ^d   Cieplak, Marek ^e   Alvarez, Beatriz ^f   Aguilar, Marina ^g   Karpol, Alon ^h   Gaub, Hermann ^c   Carrión Vázquez, Mariano ^b   Bayer, Edward A ⁱ   Thompson, Damien ^a  

^a UNIVERSITY OF LIMERICK   (Ireland)

^b INSTITUTO CAJAL   (Spain)

^c UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

^d SORBONNE UNIVERSITÉ   (France)

^e INSTITUTE OF PHYSICS   (Poland)

^f UNIVERSITY OF VALENCIA   (Spain)

^g Campus Palmas Altas   (Spain)

^h Designer Energy Ltd   (Israel)

ⁱ WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE   (Israel)

Author keywords

materials modeling; molecular dynamics calculations; nanobiomaterials; protein re engineering; renewable energy

Indexed keywords

CHARACTERIZATION; ENZYMES; MACHINERY; MOLECULAR DYNAMICS;

ENVIRONMENTALLY FRIENDLY PROCESS; FUNDAMENTAL COMPONENT; MATERIALS MODEL; MOLECULAR DYNAMICS CALCULATION; NANOBIOMATERIALS; NANOSCALE CHARACTERIZATION; NANOSCALE ENGINEERING; RENEWABLE ENERGIES;

NANOTECHNOLOGY;

EID: 84978859549     PISSN: 09359648     EISSN: 15214095     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/adma.201503948     Document Type: Review

References (326)

1. B. Alberts, D. Bray, K. Hopkin, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, P. Walter, Essential Cell Biology, Garland Science, New York 2013.
2. L. R. Lynd, P. J. Weimer, W. H. van Zyl, I. S. Pretorius, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2002, 66, 506;
3. Y. H. P. Zhang, L. R. Lynd, Biotechnol. Bioeng. 2006, 94, 888.
4. Y. H. P. Zhang, L. R. Lynd, Biotechnol. Bioeng. 2004, 88, 797.
5. M. E. Himmel, S.-Y. Ding, D. K. Johnson, W. S. Adney, M. R. Nimlos, J. W. Brady, T. D. Foust, Science 2007, 315, 804.
6. C. M. Payne, B. C. Knott, H. B. Mayes, H. Hansson, M. E. Himmel, M. Sandgren, J. Stahlberg, G. T. Beckham, Chem. Rev. 2015, 115, 1308.
7. M. B. Sticklen, Nat. Rev. Genet. 2008, 9, 433.
8. W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten, J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
9. J. K. Park, J. H. Shim, K. S. Kang, J. Yeom, H. S. Jung, J. Y. Kim, K. H. Lee, T. H. Kim, S. Y. Kim, D. W. Cho, S. K. Hahn, Adv. Funct. Mater 2011, 21, 2906;
10. K. N. L. Huggins, A. P. Schoen, M. A. Arunagirinathan, S. C. Heilshorn, Adv. Funct. Mater. 2014, 24, 7737;
11. U. G. K. Wegst, H. Bai, E. Saiz, A. P. Tomsia, R. O. Ritchie, Nat. Mater. 2015, 14, 23.
12. E. Bayer, S. Smith, I. Noach, O. Alber, J. Adams, R. Lamed, L. Shimon,F. Frolow, Biotechnology of Lignocellulose Degradation and Biomass Utilization, (Eds: K. Sakka, S. Karita, T. Kimura, M. Sakka, H. Matsui, H. Miyake, A. Tanaka), Ito Print Publishing Division, Tokyo, Japan 2009, pp. 183–205.
13. Y. Vazana, S. Morais, Y. Barak, R. Lamed, E. A. Bayer, in Cellulases, Vol. 510 (Ed: H. J. Gilbert), 2012, 429.
14. E. Bayer, FEBS J. 2010, 277, 6.
15. H. P. Fierobe, A. Mechaly, C. Tardif, A. Belaich, R. Lamed, Y. Shoham, J. P. Belaich, E. A. Bayer, J. Biol. Chem. 2001, 276, 21257.
16. A. Limayem, S. C. Ricke, Prog. Energy Combust. Sci. 2012, 38, 449.
17. R. A. L. Jones, Soft Machines: Nanotechnology and Life, Oxford University Press, Oxford 2007.
18. J. Israelachvili, M. Ruths, Langmuir 2013, 29, 9605;
19. G. M. Whitesides, B. Grzybowski, Science 2002, 295, 2418.
20. J. Y. Weinstein, M. Slutzki, A. Karpol, Y. Barak, O. Gul, R. Lamed, E. A. Bayer, D. B. Fried, J. Mol. Recognit. 2015, 28, 148.
21. S.-Y. Ding, Q. Xu, M. Crowley, Y. Zeng, M. Nimlos, R. Lamed, E. A. Bayer, M. E. Himmel, Curr. Opin. Biotechnol. 2008, 19, 218.
22. E. A. Bayer, R. Lamed, B. A. White, H. J. Flint, Chem. Rec. 2008, 8, 364.
23. E. A. Bayer, R. Lamed, M. E. Himmel, Curr. Opin. Biotech. 2007, 18, 237.
24. E. A. Bayer, J. P. Belaich, Y. Shoham, R. Lamed, Annu. Rev. Microbiol. 2004, 58, 521.
25. E. A. Bayer, L. J. W. Shimon, Y. Shoham, R. Lamed, J. Struct. Biol. 1998, 124, 221.
26. E. A. Bayer, E. Morag, R. Lamed, S. Yaron, Y. Shoham, in Carbohydrases from Trichoderma Reesei and other Microorganisms, The Royal Society of Chemistry, London 1998, 39.
27. R. Lamed, E. A. Bayer, in Genetics, Biochemistry and Ecology of Lignocellulose Degradation, (Ed: K. Shimada, S. Hoshino, K. Ohmiya, K. Sakka, Y. Kobayashi, S. Karita), Uni Publishers Co., Ltd., Tokyo, Japan 1993, 1.
28. A. S. Bommarius, B. R. Riebel, Biocatalysis, Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2004.
29. G. M. Whitesides, Sci. Am. 1995, 273, 146.
30. J. E. Hyeon, D. H. Kang, S. O. Han, Analyst 2014, 139, 4790.
31. J. J. Champoux, Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 369;
32. C. Mayer, Y. L. Janin, Chem. Rev. 2014, 114, 2313.
33. L. Stewart, M. R. Redinbo, X. Y. Qiu, W. G. J. Hol, J. J. Champoux, Science 1998, 279, 1534.
34. B. Xiong, D. L. Burk, J. H. Shen, X. M. Luo, H. Liu, J. K. Shen, A. M. Berghuis, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008, 71, 1984;
35. N. N. Wei, A. Hamza, C. Hao, Z. L. Xiu, C. G. Zhan, Theor. Chem. Acc. 2013, 132;
36. F. M. Siu, Y. Pommier, Nucleic Acids Res. 2013, 41, 10010;
37. F. M. Siu, C. M. Che, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17928.
38. D. Vuzman, Y. Levy, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107, 21004;
39. A. Marcovitz, Y. Levy, J. Phys. Chem. B 2013, 117, 13005;
40. A. Marcovitz, Y. Levy, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 17957;
41. N. Khazanov, A. Marcovitz, Y. Levy, Biochemistry 2013, 52, 5335;
42. A. Bhattacherjee, Y. Levy, Nucleic Acids Res. 2014, 42, 12415.
43. O. Szklarczyk, K. Staron, M. Cieplak, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009, 77, 420.
44. A. L. Gnatt, P. Cramer, J. H. Fu, D. A. Bushnell, R. D. Kornberg, Science 2001, 292, 1876;
45. P. Cramer, D. A. Bushnell, R. D. Kornberg, Science 2001, 292, 1863;
46. G. Bar-Nahum, V. Epshtein, A. E. Ruckenstein, R. Rafikov, A. Mustaev, E. Nudler, Cell 2005, 120, 183.
47. R. O. J. Weinzierl, Chem. Rev. 2013, 113, 8350;
48. L. T. Da, F. P. Avila, D. Wang, X. H. Huang, PLoS Comput. Biol. 2013, 9, e1003020.
49. D. A. Silva, D. R. Weiss, F. P. Avila, L. T. Da, M. Levitt, D. Wang, X. H. Huang, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2014, 111, 7665.
50. V. Serreli, C. F. Lee, E. R. Kay, D. A. Leigh, Nature 2007, 445, 523;
51. A. M. Rijs, N. Sandig, M. N. Blom, J. Oomens, J. S. Hannam, D. A. Leigh, F. Zerbetto, W. J. Buma, Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 3896;
52. M. R. Panman, P. Bodis, D. J. Shaw, B. H. Bakker, A. C. Newton, E. R. Kay, A. M. Brouwer, W. J. Buma, D. A. Leigh, S. Woutersen, Science 2010, 328, 1255;
53. S. Smolarek, A. M. Rijs, J. S. Hannam, D. A. Leigh, M. Drabbels, W. J. Buma, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12902.
54. M. R. Perkett, M. F. Hagan, J. Chem. Phys. 2014, 140.
55. Y. W. Yin, T. A. Steitz, Science 2002, 298, 1387.
56. A. Yonath, Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 4340.
57. P. Jonkheijm, D. Weinrich, H. Schroder, C. M. Niemeyer, H. Waldmann, Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 9618;
58. J. D. Kim, D. G. Ahn, J. W. Oh, W. J. Park, H. I. Jung, Adv. Mater. 2008, 20, 3349.
59. M. Laurberg, H. Asahara, A. Korostelev, J. Y. Zhu, S. Trakhanov, H. F. Noller, Nature 2008, 454, 852.
60. A. Aleksandrov, T. Simonson, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 1114.
61. J. Trylska, Q. Rev. Biophys. 2009, 42, 301;
62. P. M. Petrone, C. D. Snow, D. Lucent, V. S. Pande, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 16549.
63. R. Brandman, Y. Brandman, V. S. Pande, PLoS One 2012, 7, e30022.
64. K. Y. Sanbonmatsu, S. Joseph, C. S. Tung, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 15854.
65. K. Y. Sanbonmatsu, Curr. Opin. Struct. Biol. 2012, 22, 168.
66. G. D. Bachand, N. F. Bouxsein, V. VanDelinder, M. Bachand, Wiley Interdiscip. Rev.: Nanomed. Nanobiotechnol. 2014, 6, 163.
67. R. D. Vale, T. S. Reese, M. P. Sheetz, Cell 1985, 42, 39.
68. E. L. P. Dumont, C. Do, H. Hess, Nat. Nanotechnol. 2015, 10, 166.
69. T. Fischer, A. Agarwal, H. Hess, Nat. Nanotechnol. 2009, 4, 162.
70. M. Nakamura, L. Chen, S. C. Howes, T. D. Schindler, E. Nogales, Z. Bryant, Nat. Nanotechnol. 2014, 9, 693.
71. A. Perl, A. Gomez-Casado, D. Thompson, H. H. Dam, P. Jonkheijm, D. N. Reinhoudt, J. Huskens, Nat. Chem. 2011, 3, 317.
72. S. O. Krabbenborg, J. Huskens, Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 9152.
73. G. Vaaje-Kolstad, B. Westerreng, V. G. H. Eijsink, S. J. Horn, M. Sorliie, F. Zerbetto, WO/2012/01915 2011;
74. A. Amore, V. Faraco, Renewable Sustainable Energy Rev. 2012, 16, 3286;
75. E. A. Bayer, G. Gefen, M. Anbar, E. A. Bayer, G. Gefen, M. Anbar, WO2013114362-A1 2013, US2014335573-A1 2014.
76. L. Viikari, Koivula Vehmaanperä, Biomass Bioenergy 2012, 46, 13.
77. A. Peer, S. P. Smith, E. A. Bayer, R. Lamed, I. Borovok, FEMS Microbiol. Lett. 2009, 291, 1.
78. B. Dassa, I. Borovok, V. Ruimy-Israeli, R. Lamed, H. J. Flint, S. H. Duncan, B. Henrissat, P. Coutinho, M. Morrison, P. Mosoni, C. J. Yeoman, B. A. White, E. A. Bayer, PLoS One 2014, 9, e99221.
79. M. Czjzek, H. P. Fierobe, V. Receveur-Brechot, in Cellulases, Vol. 510 (Ed: H. J. Gilbert), Elsevier Academic Press Inc, San Diego 2012, 183.
80. M. Mueller, S. Jenni, N. Ban, Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 572;
81. I. Noach, F. Frolow, O. Alber, R. Lamed, L. J. W. Shimon, E. A. Bayer, J. Mol. Biol. 2009, 391, 86.
82. M. A. Currie, K. Cameron, F. M. V. Dias, H. L. Spencer, E. A. Bayer, C. M. G. A. Fontes, S. P. Smith, Z. Jia, J. Biol. Chem. 2013, 288, 7978.
83. M. A. Currie, J. J. Adams, F. Faucher, E. A. Bayer, Z. Jia, S. P. Smith, J. Biol. Chem. 2012, 287, 26953.
84. M. Hammel, H. P. Fierober, M. Czjzek, V. Kurkal, J. C. Smith, E. A. Bayer, S. Finet, V. Receveur-Brechot, J. Biol. Chem. 2005, 280, 38562.
85. C. McCabe, X. Zhao, W. S. Adney, M. E. Himmel, in Computational Modeling in Lignocellulosic Biofuel Production, Vol. 1052 (Eds: M. R. Nimlos, M. F. Crowley), 2010, 119;
86. M. E. Himmel, M. F. Ruth, C. E. Wyman, Curr. Opin. Biotechnol. 1999, 10, 358.
87. Y. H. P. Zhang, M. E. Himmel, J. R. Mielenz, Biotechnol. Adv. 2006, 24, 452.
88. S. K. Kracun, J. Schuckel, B. Westereng, L. G. Thygesen, R. N. Monrad, V. G. H. Eijsink, W. G. T. Willats, Biotechnol. Biofuels 2015, 8, 1;
89. Q. Li, A. M. Coffman, L. K. Ju, Enzyme Microb. Technol. 2015, 72, 42;
90. M. Maki, K. T. Leung, W. Qin, Int. J. Biol. Sci. 2009, 5, 500;
91. Y. H. P. Zhang, J. Hong, X. Ye, in Biofuels: Methods and Protocols, Vol. 581 (Ed: J. R. Mielenz), 2009, 213;
92. S. Tian, Z. Wang, Z. Fan, L. Zuo, J. Wang, Afr. J. Biotechnol. 2011, 10, 7122;
93. M. Dashtban, M. Maki, K. T. Leung, C. Mao, W. Qin, Crit. Rev. Biotechnol. 2010, 30, 302.
94. K. H. Malinowska, T. Verdorfer, A. Meinhold, L. F. Milles, V. Funk, H. E. Gaub, M. A. Nash, ChemSusChem 2014, 7, 2825;
95. K. H. Malinowska, T. Rind, T. Verdorfer, H. E. Gaub, M. A. Nash, Anal. Chem. 2015, 87, 7133.
96. P. Bubner, J. Dohr, H. Plank, C. Mayrhofer, B. Nidetzky, J. Biol. Chem. 2012, 287, 2759;
97. P. Bubner, H. Plank, B. Nidetzky, Biotechnol. Bioeng. 2013, 110, 1529.
98. G. J. Kleywegt, J. Y. Zou, C. Divne, G. J. Davies, I. Sinning, J. Stahlberg, T. Reinikainen, M. Srisodsuk, T. T. Teeri, T. A. Jones, J. Mol. Biol. 1997, 272, 383.
99. W. Ubhayasekera, I. G. Munoz, A. Vasella, J. Stahlberg, S. L. Mowbray, FEBS J. 2005, 272, 1952.
100. G. Vaaje-Kolstad, B. Westereng, S. J. Horn, Z. Liu, H. Zhai, M. Sorlie, V. G. H. Eijsink, Science 2010, 330, 219;
101. J. A. Langston, T. Shaghasi, E. Abbate, F. Xu, E. Vlasenko, M. D. Sweeney, Appl. Environ. Microbiol. 2011, 77, 7007;
102. C. M. Phillips, W. T. Beeson, J. H. Cate, M. A. Marletta, ACS Chem. Biol. 2011, 6, 1399;
103. R. J. Quinlan, M. D. Sweeney, L. Lo Leggio, H. Otten, J.-C. N. Poulsen, K. S. Johansen, K. B. R. M. Krogh, C. I. Jorgensen, M. Tovborg, A. Anthonsen, T. Tryfona, C. P. Walter, P. Dupree, F. Xu, G. J. Davies, P. H. Walton, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 15079;
104. B. Westereng, J. W. Agger, S. J. Horn, G. Vaaje-Kolstad, F. L. Aachmann, Y. H. Stenstrom, V. G. H. Eijsink, J. Chromatogr. A 2013, 1271, 144.
105. P. Tomme, H. Vantilbeurgh, G. Pettersson, J. Vandamme, J. Vandekerckhove, J. Knowles, T. Teeri, M. Claeyssens, Eur. J. Biochem. 1988, 170, 575.
106. R. Lamed, E. Setter, R. Kenig, E. A. Bayer, Biotechnol. Bioeng. 1983, 13, 163;
107. R. Lamed, E. Setter, E. A. Bayer, J. Bacteriol. 1983, 156, 828.
108. E. A. Bayer, R. Kenig, R. Lamed, J. Bacteriol. 1983, 156, 818.
109. C. M. G. A. Fontes, H. J. Gilbert, in Annu. Rev. Biochem., Vol. 79 (Eds: R. D. Kornberg, C. R. H. Raetz, J. E. Rothman, J. W. Thorner), 2010, 655.
110. M. Hammel, H. P. Fierobe, M. Czjzek, J. C. Smith, V. Receveur-Brechot, Eur. Biophys. J. 2005, 34, 723.
111. J. J. Adams, M. A. Currie, S. Ali, E. A. Bayer, Z. Jia, S. P. Smith, J. Mol. Biol. 2010, 396, 833.
112. T. K. Ng, J. G. Zeikus, Appl. Environ. Microbiol. 1981, 42, 231.
113. A. L. Demain, M. Newcomb, J. H. D. Wu, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2005, 69, 124.
114. R. Lamed, J. Naimark, E. Morgenstern, E. A. Bayer, J. Bacteriol. 1987, 169, 3792.
115. R. H. Doi, Y. Tamaru, Chem. Rec. 2001, 1, 24.
116. R. H. Doi, A. Kosugi, K. Murashima, Y. Tamaru, S. O. Han, J. Bacteriol. 2003, 185, 5907.
117. J. P. Belaich, C. Tardif, A. Belaich, C. Gaudin, J. Biotechnol. 1997, 57, 3.
118. M. Kakiuchi, A. Isui, K. Suzuki, T. Fujino, E. Fujino, T. Kimura, S. Karita, K. Saki, K. Ohmiya, J. Bacteriol. 1998, 180, 4303.
119. J. Nolling, G. Breton, M. V. Omelchenko, K. S. Makarova, Q. D. Zeng, R. Gibson, H. M. Lee, J. Dubois, D. Y. Qiu, J. Hitti, Y. I. Wolf, R. L. Tatusov, F. Sabathe, L. Doucette-Stamm, P. Soucaille, M. J. Daly, G. N. Bennett, E. V. Koonin, D. R. Smith, G. T. C. S. C. P. Finishing, J. Bacteriol. 2001, 183, 4823;
120. F. Sabathe, A. Belaich, P. Soucaille, FEMS Microbiol. Lett. 2002, 217, 15;
121. F. Sabathe, P. Soucaille, J. Bacteriol. 2003, 185, 1092.
122. M. Pohlschroder, S. B. Leschine, E. Canaleparola, J. Bacteriol. 1994, 176, 70;
123. M. Pohlschroder, E. Canaleparola, S. B. Leschine, J. Bacteriol. 1995, 177, 6625.
124. L. Artzi, E. Morag, Y. Barak, R. Lamed, E. A. Bayer, mBio 2015, 6, e00411.
125. L. Artzi, B. Dassa, I. Borovok, M. Shamshoum, R. Lamed, E. A. Bayer, Biotechnol. Biofuels 2014, 7, 1.
126. S. Y. Ding, E. A. Bayer, D. Steiner, Y. Shoham, R. Lamed, J. Bacteriol. 1999, 181, 6720.
127. S. Y. Ding, E. A. Bayer, D. Steiner, Y. Shoham, R. Lamed, J. Bacteriol. 2000, 182, 4915.
128. H. Ohara, S. Karita, T. Kimura, K. Sakka, K. Ohmiya, Biosci. Biotechnol. Biochem. 2000, 64, 254;
129. H. Ohara, J. Noguchi, S. Karita, T. Kimura, K. Sakka, K. Ohmiya, Biosci. Biotechnol. Biochem. 2000, 64, 80.
130. J. Kirby, J. C. Martin, A. S. Daniel, H. J. Flint, FEMS Microbiol. Lett. 1997, 149, 213.
131. S. Y. Ding, M. T. Rincon, R. Lamed, J. C. Martin, S. I. McCrae, V. Aurilia, Y. Shoham, E. A. Bayer, H. J. Flint, J. Bacteriol. 2001, 1, 1945.
132. A. Mechaly, H. P. Fierobe, A. Belaich, J. P. Belaich, R. Lamed, Y. Shoham, E. A. Bayer, J. Biol. Chem. 2001, 276, 19678.
133. J. J. Adams, G. Pal, Z. Jia, S. P. Smith, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 305.
134. F. Schaeffer, M. Matuschek, G. Guglielmi, I. Miras, P. M. Alzari, P. Beguin, Biochemistry 2002, 41, 2106.
135. C. Schoeler, K. H. Malinowska, R. C. Bernardi, L. F. Milles, M. A. Jobst, E. Durner, W. Ott, D. B. Fried, E. A. Bayer, K. Schulten, H. E. Gaub, M. A. Nash, Nat. Commun. 2014, 5, 1.
136. I. Noach, F. Frolow, H. Jakoby, S. Rosenheck, L. W. Shimon, R. Lamed, E. A. Bayer, J. Mol. Biol. 2005, 348, 1.
137. S. P. Smith, E. A. Bayer, Curr. Opin. Struc. Biol. 2013, 23, 686.
138. O. Salama-Alber, M. K. Jobby, S. Chitayat, S. P. Smith, B. A. White, L. J. W. Shimon, R. Lamed, F. Frolow, E. A. Bayer, J. Biol. Chem. 2013, 288, 16827.
139. A. Karpol, M. K. Jobby, M. Slutzki, I. Noach, S. Chitayat, S. P. Smith, E. A. Bayer, FEBS Lett. 2013, 587, 30.
140. O. Alber, I. Noach, M. T. Rincon, H. J. Flint, L. J. W. Shimon, R. Lamed, F. Frolow, E. A. Bayer, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009, 77, 699.
141. B. L. Lytle, B. F. Volkman, W. M. Westler, J. H. D. Wu, Arch. Biochem. Biophys. 2000, 379, 237;
142. B. L. Lytle, B. F. Volkman, W. M. Westler, M. P. Heckman, J. H. D. Wu, J. Mol. Biol. 2001, 307, 745.
143. M. Sara, U. B. Sleytr, J. Bacteriol. 2000, 182, 859.
144. H. Engelhardt, J. Peters, J. Struct. Biol. 1998, 124, 276.
145. S. Chauvaux, M. Matuschek, P. Beguin, J. Bacteriol. 1999, 181, 2455.
146. T. Fujino, P. Beguin, J. P. Aubert, J. Bacteriol. 1993, 175, 1891.
147. M. Lemaire, H. Ohayon, P. Gounon, T. Fujino, P. Beguin, J. Bacteriol. 1995, 177, 2451.
148. Q. Xu, W. C. Gao, S. Y. Ding, R. Kenig, Y. Shoham, E. A. Bayer, R. Lamed, J. Bacteriol. 2003, 185, 4548.
149. Q. Xu, Y. Barak, R. Kenig, Y. Shoham, E. A. Bayer, R. Lamed, J. Bacteriol. 2004, 186, 5782.
150. Q. Xu, E. A. Bayer, M. Goldman, R. Kenig, Y. Shoham, R. Lamed, J. Bacteriol. 2004, 186, 968.
151. M. T. Rincon, S. Y. Ding, S. I. McCrae, J. C. Martin, V. Aurilia, R. Lamed, Y. Shoham, E. A. Bayer, H. J. Flint, J. Bacteriol. 2003, 185, 703.
152. M. T. Rincon, T. Cepeljnik, J. C. Martin, Y. Barak, R. Lamed, E. A. Bayer, H. J. Flint, J. Bacteriol. 2007, 189, 4774.
153. C. Sanchez, H. Arribart, M. M. Giraud Guille, Nat. Mater. 2005, 4, 277.
154. M. T. Rincon, T. Cepeljnik, J. C. Martin, R. Lamed, Y. Barak, E. A. Bayer, H. J. Flint, J. Bacteriol. 2005, 187, 7569.
155. M. T. Rincon, S. Y. Ding, S. I. McCrae, J. C. Martin, V. Aurilia, R. Lamed, Y. Shoham, E. A. Bayer, H. J. Flint, in Genetics, Biotechnology of Lignocellulose Degradation and Biomass Utilization, (Ed: K. Ohmiya, K. Sakka, S. Karita, T. Kimura, M. Sakka), Uni Publishers Co., Ltd., Tokyo, Japan 2004, 241.
156. M. T. Rincon, J. C. Martin, V. Aurilia, S. I. McCrae, G. J. Rucklidge, M. D. Reid, E. A. Bayer, R. Lamed, H. J. Flint, J. Bacteriol. 2004, 186, 2576.
157. G. Guglielmi, P. Beguin, FEMS Microbiol. Lett. 1998, 161, 209.
158. R. H. Doi, in Incredible Anaerobes: From Physiology to Genomics to Fuels, Vol. 1125 (Eds: J. Wiegel, R. J. Maier, M. W. W. Adams), 2008, 267.
159. B. Garcia-Alvarez, R. Melero, F. M. V. Dias, J. A. M. Prates, C. Fontes, S. P. Smith, M. J. Romao, A. L. Carvalho, O. Llorca, J. Mol. Biol. 2011, 407, 571.
160. A. Valbuena, J. Oroz, R. Hervas, A. Manuel Vera, D. Rodriguez, M. Menendez, J. I. Sulkowska, M. Cieplak, M. Carrion-Vazquez, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106, 13791.
161. M. Budayova, J. P. Astier, S. Veesler, M. Czjzek, A. Belaich, R. Boistelle, J. Cryst. Growth 1999, 196, 297.
162. O. Shoseyov, M. Takagi, M. A. Goldstein, R. H. Doi, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 3483;
163. U. T. Gerngross, M. P. M. Romaniec, T. Kobayashi, N. S. Huskisson, A. L. Demain, Mol. Microbiol. 1993, 8, 325.
164. R. H. Doi, A. Kosugi, Nat. Rev. Microbiol. 2004, 2, 541.
165. W. H. Schwarz, Appl. Microbiol. Biotechnol. 2001, 56, 634.
166. G. J. Gerwig, P. Dewaard, J. P. Kamerling, J. F. G. Vliegenthart, E. Morgenstern, R. Lamed, E. A. Bayer, J. Biol. Chem. 1989, 264, 1027;
167. G. J. Gerwig, J. P. Kamerling, J. F. G. Vliegenthart, E. Morag, R. Lamed, E. A. Bayer, Eur. J. Biochem. 1991, 196, 115.
168. G. J. Gerwig, J. P. Kamerling, J. F. G. Vliegenthart, E. Morag, R. Lamed, E. A. Bayer, J. Biol. Chem. 1993, 268, 26956;
169. G. J. Gerwig, J. P. Kamerling, J. F. G. Vliegenthart, E. Morag, R. Lamed, E. A. Bayer, Eur. J. Biochem. 1992, 205, 799.
170. F. Mingardon, A. Chanal, C. Tardif, E. A. Bayer, H.-P. Fierobe, Appl. Environ. Microbiol. 2007, 73, 7138.
171. M. Voronov-Goldman, O. Yaniv, O. Gul, H. Yoffe, O. Salama-Alber, M. Slutzki, M. Levy-Assaraf, S. Jindou, L. J. W. Shimon, I. Borovok, E. A. Bayer, R. Lamed, F. Frolow, FEBS Lett. 2015, 589, 1569.
172. M. Slutzki, D. Reshef, Y. Barak, R. Haimovitz, S. Rotem-Bamberger, R. Lamed, E. A. Bayer, O. Schueler-Furman, J. Biol. Chem. 2015, 290, 13654.
173. J. Stern, M. Anbar, S. Morais, R. Lamed, E. A. Bayer, Carbohydr. Res. 2014, 389, 78;
174. R. Borne, E. A. Bayer, S. Pages, S. Perret, H.-P. Fierobe, FEBS J. 2013, 280, 5764.
175. Y. Vazana, S. Morais, Y. Barak, R. Lamed, E. A. Bayer, Appl. Environ. Microbiol. 2010, 76, 3236.
176. A. Koivula, T. Reinikainen, L. Ruohonen, A. Valkeajarvi, M. Claeyssens, O. Teleman, G. J. Kleywegt, M. Szardenings, J. Rouvinen, T. A. Jones, T. T. Teeri, Protein Eng. 1996, 9, 691.
177. L. Poidevin, J. Feliu, A. Doan, J. G. Berrin, M. Bey, P. M. Coutinho, B. Henrissat, E. Record, S. Heiss-Blanquet, Appl. Environ. Microbiol. 2013, 79, 4220.
178. M. Rief, M. Gautel, F. Oesterhelt, J. M. Fernandez, H. E. Gaub, Science 1997, 276, 1109.
179. M. Otten, W. Ott, M. A. Jobst, L. F. Milles, T. Verdorfer, D. A. Pippig, M. A. Nash, H. E. Gaub, Nat. Methods 2014, 11, 1127.
180. S. W. Stahl, M. A. Nash, D. B. Fried, M. Slutzki, Y. Barak, E. A. Bayer, H. E. Gaub, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, 20431;
181. M. A. Jobst, C. Schoeler, K. Malinowska, M. A. Nash, J. Visualized Exp. 2013, 82, e50950.
182. J. R. King, C. M. Bowers, E. J. Toone, Langmuir 2015, 31, 3431.
183. F. J. Kolpak, J. Blackwell, Polymer 1978, 19, 132.
184. S. Aravindanath, S. Sreenivasan, P. B. Iyer, J. Polym. Sci., Part C: Polym. Lett. 1986, 24, 207.
185. A. D. French, G. P. Johnson, Cellulose 2004, 11, 449;
186. S. Mendonca, G. P. Johnson, A. D. French, R. A. Laine, J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4115.
187. Y. J. Bomble, G. T. Beckham, J. F. Matthews, M. R. Nimlos, M. E. Himmel, M. F. Crowley, J. Biol. Chem. 2011, 286, 5614.
188. M. Wojciechowski, D. Thompson, M. Cieplak, J. Chem. Phys. 2014, 141, 245103.
189. A. D. MacKerell, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
190. N. Go, Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1983, 12, 183.
191. S. J. Marrink, A. H. de Vries, A. E. Mark, J. Phys. Chem. B. 2004, 108, 750;
192. S. J. Marrink, H. J. Risselada, S. Yefimov, D. P. Tieleman, A. H. de Vries, J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812.
193. M. Balsera, S. Stepaniants, S. Izrailev, Y. Oono, K. Schulten, Biophys. J. 1997, 73, 1281.
194. J. I. Sulkowska, M. Cieplak, J. Phys.: Condens. Matter 2007, 19, 283201.
195. M. Sikora, J. I. Sulkowska, M. Cieplak, PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000547.
196. L. Peplowski, M. Sikora, W. Nowak, M. Cieplak, J. Chem. Phys. 2011, 134, 085102;
197. M. Sikora, M. Cieplak, Phys. Rev. Lett. 2012, 109, 208101.
198. M. Chwastyk, A. Galera-Prat, M. Sikora, A. Gomez-Sicilia, M. Carrion-Vazquez, M. Cieplak, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2014, 82, 717.
199. M. Wojciechowski, P. Szymczak, M. Carrión-Vázquez, M. Cieplak, Biophys. J. 2014, 107, 1661.
200. M. Sikora, M. Cieplak, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011, 79, 1786;
201. B. Rozycki, L. Mioduszewski, M. Cieplak, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2014, 82, 3144.
202. B. A. Hall, M. S. P. Sansom, J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2465.
203. F. Mayer, M. P. Coughlan, Y. Mori, L. G. Ljungdahl, Appl. Environ. Microbiol. 1987, 53, 2785.
204. K. T. Simons, R. Bonneau, I. Ruczinski, D. Baker, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1999, 37, 171;
205. C. A. Rohl, C. E. M. Strauss, K. M. S. Misura, D. Baker, in Methods in Enzymology, Vol. 383 (Eds: B. Ludwig, L. J. Michael), Academic Press, 2004, 66;
206. J. Meiler, D. Baker, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 538.
207. T. Reinikainen, L. Ruohonen, T. Nevanen, L. Laaksonen, P. Kraulis, T. A. Jones, J. K. C. Knowles, T. T. Teeri, Proteins: Struct., Funct., Genet. 1992, 14, 475.
208. A. L. Creagh, E. Ong, E. Jervis, D. G. Kilburn, C. A. Haynes, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 12229;
209. J. L. Henshaw, D. N. Bolam, V. M. R. Pires, M. Czjzek, B. Henrissat, L. M. A. Ferreira, C. Fontes, H. J. Gilbert, J. Biol. Chem. 2004, 279, 21552;
210. R. Lamed, J. Tormo, A. J. Chirino, E. Morag, E. A. Bayer, J. Mol. Biol. 1994, 244, 236;
211. P. Tomme, D. P. Driver, E. A. Amandoron, R. C. Miller, R. Antony, J. Warren, D. G. Kilburn, J. Bacteriol. 1995, 177, 4356;
212. J. Tormo, R. Lamed, A. J. Chirino, E. Morag, E. A. Bayer, Y. Shoham, T. A. Steitz, EMBO J. 1996, 15, 5739.
213. M. Linder, T. T. Teeri, J. Biotechnol. 1997, 57, 15.
214. N. Din, I. J. Forsythe, L. D. Burtnick, N. R. Gilkes, R. C. Miller, R. A. J. Warren, D. G. Kilburn, Mol. Microbiol. 1994, 11, 747.
215. B. Fan, J. Maranas, Cellulose 2015, 22, 31.
216. V. H. Rusu, R. Baron, R. D. Lins, J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 5068.
217. S. Markutsya, A. Devarajan, J. Y. Baluyut, T. L. Windus, M. S. Gordon, M. H. Lamm, J. Chem. Phys. 2013, 138, 214108.
218. L. Bu, G. T. Beckham, M. F. Crowley, C. H. Chang, J. F. Matthews, Y. J. Bomble, W. S. Adney, M. E. Himmel, M. R. Nimlos, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10994;
219. L. T. Bu, M. E. Himmel, M. R. Nimlos, in Computational Modeling in Lignocellulosic Biofuel Production, Vol. 1052 (Eds: M. R. Nimlos, M. F. Crowley), 2010, 99.
220. J. L. Sarver, J. E. Townsend, G. Rajapakse, L. Jen-Jacobson, S. Saxena, J. Phys. Chem. B 2012, 116, 4024.
221. F. P. Reis, A. Barbas, A. A. Klauer-King, B. Tsanova, D. Schaeffer, E. Lopez-Vinas, P. Gomez-Puertas, A. van Hoof, C. M. Arraiano, PLoS One 2013, 8, e76504.
222. F. Beck, P. Unverdorben, S. Bohn, A. Schweitzer, G. Pfeifer, E. Sakata, S. Nickell, J. M. Plitzko, E. Villa, W. Baumeister, F. Forster, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, 14870;
223. H. Ishida, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2014, 82, 1985.
224. J. Jitonnom, M. A. L. Limb, A. J. Mulholland, J. Phys. Chem. B 2014, 118, 4771;
225. J. Jitonnom, V. S. Lee, P. Nimmanpipug, H. A. Rowlands, A. J. Mulholland, Biochemistry 2011, 50, 4697.
226. R. Bernardi, I. Cann, K. Schulten, Biotechnol. Biofuels 2014, 7, 1.
227. R. Car, M. Parrinello, Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
228. G. M. Torrie, J. P. Valleau, Chem. Phys. Lett. 1974, 28, 578;
229. S. Kumar, D. Bouzida, R. H. Swendsen, P. A. Kollman, J. M. Rosenberg, J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011.
230. C. Micheletti, A. Laio, M. Parrinello, Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 170601.
231. H. T. Dong, X. H. Qian, in Computational Modeling in Lignocellulosic Biofuel Production, Vol. 1052 (Eds: M. R. Nimlos, M. F. Crowley), 2010, 1.
232. CPMD, http://www.cpmd.org/, Copyright IBM Corp 1990–2015, Copyright MPI fur Festkorperforschung Stuttgart 1997–2001. (accessed: November 2015).
233. M. Saharay, H. B. Guo, J. C. Smith, H. Guo, in Computational Modeling in Lignocellulosic Biofuel Production, Vol. 1052 (Eds: M. R. Nimlos, M. F. Crowley), 2010, 135.
234. P. Lian, H. B. Guo, J. C. Smith, D. Q. Wei, H. Guo, Cellulose 2014, 21, 937.
235. X. L. Pan, W. Liu, J. Y. Liu, J. Phys. Chem. B 2013, 117, 484.
236. J. Liu, X. Wang, D. Xu, J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1462.
237. M. Saharay, H. Guo, J. C. Smith, PLoS One 2010, 5, e12947.
238. O. Guvench, S. N. Greene, G. Kamath, J. W. Brady, R. M. Venable, R. W. Pastor, A. D. Mackerell Jr., J. Comput. Chem. 2008, 29, 2543;
239. O. Guvench, E. Hatcher, R. M. Venable, R. W. Pastor, A. D. MacKerell Jr., J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2353;
240. O. Guvench, S. S. Mallajosyula, E. P. Raman, E. Hatcher, K. Vanommeslaeghe, T. J. Foster, F. W. Jamison, A. D. MacKerell, J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3162;
241. E. Hatcher, O. Guvench, A. D. MacKerell, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12466;
242. E. R. Hatcher, O. Guvench, A. D. MacKerell, J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1315;
243. S. S. Mallajosyula, A. D. MacKerell, J. Phys. Chem. B 2011, 115, 11215;
244. E. P. Raman, O. Guvench, A. D. MacKerell, J. Phys. Chem. B 2010, 114, 12981.
245. R. D. Lins, P. H. Hunenberger, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1400.
246. K. N. Kirschner, A. B. Yongye, S. M. Tschampel, J. Gonzalez-Outeirino, C. R. Daniels, B. L. Foley, R. J. Woods, J. Comput. Chem. 2008, 29, 622.
247. J. F. Matthews, M. E. Himmel, J. W. Brady, in Computational Modeling in Lignocellulosic Biofuel Production, Vol. 1052 (Eds: M. R. Nimlos, M. F. Crowley), 2010, 17;
248. J. F. Matthews, G. T. Beckham, M. Bergenstrahle-Wohlert, J. W. Brady, M. E. Himmel, M. F. Crowley, J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 735.
249. C. W. Fu, Y. P. Wang, T. Y. Fang, T. H. Lin, PLoS One 2013, 8, e68565.
250. D. Sitkoff, K. A. Sharp, B. Honig, J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978;
251. G. D. Hawkins, C. J. Cramer, D. G. Truhlar, Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 122;
252. G. D. Hawkins, C. J. Cramer, D. G. Truhlar, J. Phys. Chem. 1996, 100, 19824;
253. J. Weiser, P. S. Shenkin, W. C. Still, J. Comput. Chem. 1999, 20, 217;
254. P. A. Kollman, I. Massova, C. Reyes, B. Kuhn, S. H. Huo, L. Chong, M. Lee, T. Lee, Y. Duan, W. Wang, O. Donini, P. Cieplak, J. Srinivasan, D. A. Case, T. E. Cheatham, Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889;
255. A. Onufriev, D. Bashford, D. A. Case, J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3712.
256. M. R. Nimlos, G. T. Beckham, J. F. Matthews, L. T. Bu, M. E. Himmel, M. F. Crowley, J. Biol. Chem. 2012, 287, 20603.
257. T. Li, S. H. Yan, L. S. Yao, J. Mol. Model. 2012, 18, 1355.
258. G. T. Beckham, J. F. Matthews, Y. J. Bomble, L. T. Bu, W. S. Adney, M. E. Himmel, M. R. Nimlos, M. F. Crowley, J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1447.
259. N. F. Bras, N. M. F. S. A. Cerqueira, P. A. Fernandes, M. J. Ramos, Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 2030.
260. H. Shiiba, S. Hayashi, T. Yui, Cellulose 2012, 19, 635;
261. T. Yui, H. Shiiba, Y. Tsutsumi, S. Hayashi, T. Miyata, F. Hirata, J. Phys. Chem. B 2010, 114, 49.
262. M. Alahuhta, Q. Xu, Y. J. Bomble, R. Brunecky, W. S. Adney, S.-Y. Ding, M. E. Himmel, V. V. Lunin, J. Mol. Biol. 2010, 402, 374.
263. D. D. Boehr, R. Nussinov, P. E. Wright, Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 789.
264. P. Andric, A. S. Meyer, P. A. Jensen, K. Dam-Johansen, Biotechnol. Adv. 2010, 28, 308.
265. L. Bu, G. T. Beckham, M. R. Shirts, M. R. Nimlos, W. S. Adney, M. E. Himmel, M. F. Crowley, J. Biol. Chem. 2011, 286, 18161.
266. J. Xu, M. F. Crowley, J. C. Smith, Protein Sci. 2009, 18, 949.
267. J. Xu, J. C. Smith, Protein, Eng., Des. Sel. 2010, 23, 759.
268. M. J. Harrison, A. S. Nouwens, D. R. Jardine, N. E. Zachara, A. A. Gooley, H. Nevalainen, N. H. Packer, Eur. J. Biochem. 1998, 256, 119;
269. J. P. Hu, P. Lanthier, T. C. White, S. G. McHugh, M. Yaguchi, R. Roy, P. Thibault, J. Chromatogr. B: Biomed. Sci. Appl. 2001, 752, 349;
270. I. Stals, K. Sandra, S. Geysens, R. Contreras, J. Van Beeumen, M. Claeyssens, Glycobiology 2004, 14, 713.
271. J. C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, C. Chipot, R. D. Skeel, L. Kalé, K. Schulten, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781.
272. A. D. MacKerell, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiórkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
273. C. M. Payne, M. G. Resch, L. Q. Chen, M. F. Crowley, M. E. Himmel, L. E. Taylor, M. Sandgren, J. Stahlberg, I. Stals, Z. P. Tan, G. T. Beckham, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2013, 110, 14646.
274. B. C. Knott, M. H. Momeni, M. F. Crowley, L. F. Mackenzie, A. W. Gotz, M. Sandgren, S. G. Withers, J. Stahlberg, G. T. Beckham, J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 321;
275. G. T. Beckham, J. Stahlberg, B. C. Knott, M. E. Himmel, M. F. Crowley, M. Sandgren, M. Sorlie, C. M. Payne, Curr. Opin. Biotechnol. 2014, 27, 96.
276. B. C. Knott, M. F. Crowley, M. E. Himmel, J. Stahlberg, G. T. Beckham, J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 8810.
277. J. Stahlberg, C. Divne, A. Koivula, K. Piens, M. Claeyssens, T. T. Teeri, T. A. Jones, J. Mol. Biol. 1996, 264, 337.
278. W. Materi, D. S. Wishart, Drug Discovery Today 2007, 12, 295.
279. U. Heiz, U. Landman, Nanocatalysis, Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg 2007.
280. E. A. Bayer, E. Morag, R. Lamed, Trends Biotechnol. 1994, 12, 379.
281. E. A. Bayer, R. Lamed, Biodegradation 1992, 3, 171;
282. K. Ohmiya, K. Sakka, T. Kimura, K. Morimoto, J. Biosci. Bioeng. 2003, 95, 549.
283. F. Tao, L. Nguyen, S. Zhang, in Metal Nanoparticles for Catalysis: Advances and Applications, The Royal Society of Chemistry London, 2014, 1;
284. B. R. Cuenya, Thin Solid Films 2010, 518, 3127;
285. D. Wang, W. Q. Niu, M. H. Tan, M. B. Wu, X. J. Zheng, Y. P. Li, N. Tsubaki, ChemSusChem 2014, 7, 1398.
286. A. L. Demain, J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2009, 36, 319.
287. S. Morais, E. Morag, Y. Barak, D. Goldman, Y. Hadar, R. Lamed, Y. Shoham, D. B. Wilson, E. A. Bayer, mBio 2012, 3, e00508.
288. H. P. Fierobe, E. A. Bayer, C. Tardif, M. Czjzek, A. Mechaly, A. Balaich, R. Lamed, Y. Shoham, J. P. Belaich, J. Biol. Chem. 2002, 277, 49621.
289. H. P. Fierobe, E. A. Bayer, C. Tardif, M. Czjzek, A. Mechaly, A. Belaich, R. Lamed, Y. Shoham, J. P. Belaich, J. Biol. Chem. 2002, 277, 49621.
290. H. P. Fierobe, F. Mingardon, A. Mechaly, A. Belaich, M. T. Rincon, R. Lamed, C. Tardif, J. P. Belaich, E. A. Bayer, J. Biol. Chem. 2005, 280, 16325.
291. K. Murashima, C. L. Chen, A. Kosugi, Y. Tamaru, R. H. Doi, S. L. Wong, J. Bacteriol. 2002, 184, 76.
292. J. Cha, S. Matsuoka, H. Chan, H. Yukawa, M. Inui, R. H. Doi, J. Microbiol. Biotechnol. 2007, 17, 1782.
293. H. P. Fierobe, S. Pages, A. Belaich, S. Champ, D. Lexa, J. P. Belaich, Biochemistry 1999, 38, 12822.
294. R. Koukiekolo, H. Y. Cho, A. Kosugi, M. Inui, H. Yukawa, R. H. Doi, Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 3504.
295. F. Mingardon, A. Chanal, C. Tardif, E. A. Bayer, H. P. Fierobe, Appl. Environ. Microbiol 2007, 73, 7138.
296. A. B. Boraston, D. N. Bolam, H. J. Gilbert, G. J. Davies, Biochem. J. 2004, 382, 769.
297. J. Caspi, D. Irwin, R. Lamed, Y. Shoham, H. P. Fierobe, D. B. Wilson, E. A. Bayer, Biocatal. Biotransform. 2006, 24, 3.
298. J. Caspi, D. Irwin, R. Lamed, Y. C. Li, H. P. Fierobe, D. B. Wilson, E. A. Bayer, J. Biotechnol. 2008, 135, 351.
299. J. Caspi, Y. Barak, R. Haimovitz, D. Irwin, R. Lamed, D. B. Wilson, E. A. Bayer, Appl. Environ. Microbiol. 2009, 75, 7335.
300. J. Caspi, Y. Barak, R. Haimovitz, H. Gilary, D. C. Irwin, R. Lamed, D. B. Wilson, E. A. Bayer, Syst. Biol. Synth. Biol. 2010, 4, 193.
301. M. Hammel, H. P. Fierobe, M. Czjzek, S. Finet, V. Receveur-Brechot, J. Biol. Chem. 2004, 279, 55985.
302. Y. Vazana, Y. Barak, T. Unger, Y. Peleg, M. Shamshoum, T. Ben-Yehezkel, Y. Mazor, E. Shapiro, R. Lamed, E. A. Bayer, Biotechnol. Biofuels 2013, 6, 18.
303. Q. Xu, S. Y. Ding, R. Brunecky, Y. J. Bomble, M. E. Himmel, J. O. Baker, Biotechnol. Biofuels 2013, 6, 9.
304. J. Krauss, V. V. Zverlov, W. H. Schwarz, Appl. Environ. Microbiol. 2012, 78, 4301.
305. R. Schulz, B. Lindner, L. Petridis, J. C. Smith, J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2798.
306. L. Petridis, S. V. Pingali, V. Urban, W. T. Heller, H. M. O'Neil, M. Foston, A. Ragauskas, J. C. Smith, Phys. Rev. E 2011, 83, 061911.
307. L. Petridis, R. Schulz, J. C. Smith, J. Am. Chem Soc. 2011, 133, 20277.
308. B. Lindner, L. Petridis, R. Schulz, J. C. Smith, Biomacromolecules 2013, 14, 3390.
309. W. Roche. The Kaleidoscope: or, Literary and Scientific Mirror. 1825, VI (275), 105.
310. Y. Tamaru, H. Miyake, K. Kuroda, A. Nakanishi, Y. Kawade, K. Yamamoto, M. Uemura, Y. Fujita, R. H. Doi, M. Ueda, J. Bacteriol. 2010, 192, 901.
311. R. Waeonukul, A. Kosugi, C. Tachaapaikoon, P. Pason, K. Ratanakhanokchai, P. Prawitwong, L. Deng, M. Saito, Y. Mori, Bioresour. Technol. 2012, 107, 352.
312. L.-H. Fan, Z.-J. Zhang, X.-Y. Yu, Y.-X. Xue, T.-W. Tan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, 13260.
313. T. D. Anderson, J. I. Miller, H.-P. Fierobe, R. T. Clubb, Appl. Environ. Microbiol. 2013, 79, 867.
314. S. Mitsuzawa, H. Kagawa, Y. Li, S. L. Chan, C. D. Paavola, J. D. Trent, J. Biotechnol. 2009, 143, 139.
315. A. Heyman, Y. Barak, J. Caspi, D. B. Wilson, A. Altmana, E. A. Bayer, O. Shoseyov, J. Biotechnol. 2007, 131, 433.
316. E. S. Cunha, C. L. Hatem, D. Barrick, Appl. Environ. Microbiol. 2013, 79, 6684.
317. S. Morais, A. Heyman, Y. Barak, J. Caspi, D. B. Wilson, R. Lamed, O. Shoseyov, E. A. Bayer, J. Biotechnol. 2010, 147, 205.
318. S. Y. Ding, Y. S. Liu, Y. N. Zeng, M. E. Himmel, J. O. Baker, E. A. Bayer, Science 2012, 338, 1055;
319. a) H. Y. Cho, H. Yukawa, M. Inui, R. H. Doi, S. L. Wong, Appl. Environ. Microbiol. 2004, 70, 5704;
320. J. E. Hyeon, W. J. Jeon, S. Y. Whang, S. O. Han, Enzyme Microb. Technol. 2011, 48, 371.
321. D.-M. Kim, M. Umetsu, K. Takai, T. Matsuyama, N. Ishida, H. Takahashi, R. Asano, I. Kumagai, Small 2011, 7, 656.
322. S.-L. Tsai, M. Park, W. Chen, Biotechnol. J. 2013, 8, 257.
323. C. Blanchette, C. I. Lacayo, N. O. Fischer, M. Hwang, M. P. Thelen, PLoS One 2012, 7, e42116.
324. Y. Mori, S. Ozasa, M. Kitaoka, S. Noda, T. Tanaka, H. Ichinose, N. Kamiya, Chem. Commun. 2013, 49, 6971.
325. Q. Sun, B. Madan, S.-L. Tsai, M. P. DeLisa, W. Chen, Chem. Commun. 2014, 50, 1423.
326. European Renewable Energy Council. Renewable Energy Technology Roadmap 20% by 2020. http://www.erec.org/fileadmin/erec_docs/Documents/Publications/Renewable_Energy_Technology_Roadmap.pdf (accessed: September 2015).