Energy storage in cellulase linker peptides?

ACS Symposium Series

Volumn 1052, Issue , 2010, Pages 119-134

  McCabe, Clare ^a   Zhao, Xiongce ^b   Adney, William S ^c   Himmel, Michael E ^c  

^a VANDERBILT UNIVERSITY   (United States)

^b OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

^c NATIONAL RENEWABLE ENERGY LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ENZYMATIC HYDROLYSIS; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; PEPTIDES;

CELLOBIOHYDROLASE I; CELLULOSE SUBSTRATES; FREE-ENERGY CALCULATIONS; HYDROLYSIS PROCESS; HYDROLYZE CELLULOSE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MULTI-DOMAIN ENZYMES; SPATIAL CONFORMATION;

CELLULOSE;

EID: 84905497365     PISSN: 00976156     EISSN: 19475918     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-2010-1052.ch006     Document Type: Conference Paper

References (51)

1. Himmel, M. E.; Ding, S. Y.; Johnson, D. K.; Adney, W. S.; Nimlos, M. R.; Brady, J. W.; Foust, T. D. Science 2007, 315, 804-807.
2. McCabe, C.; Schulthess, T.; Hirschfeld, P.; Chen, J.; McIlroy, A.; Weigand, G.; Gogotsi, Y.; Felmy, A.; Nichols, J.; Zacharia, T.; Polansky, W. M.; Strayer, M. Scientific Impacts and Opportunities For Computing; Office of Advanced Scientific Computing Research, Office of Science, Department of Energy, 2008.
3. Ding, S. Y.; Xu, Q.; Crowley, M.; Zeng, Y.; Nimlos, M.; Lamed, R.; Bayer, E. A.; Himmel, M. E. Curr. Opin. Biotechnol. 2008, 19, 218-227.
4. Hui, J. P. M.; White, T. C.; Thibault, P. Glycobiology 2002, 12, 837-849.
5. Zhang, Y. H. P.; Lynd, L. R. Biotechnol. Bioeng. 2004, 88, 797-824.
6. Nakazawa, H.; Okada, K.; Kobayashi, R.; Kubota, T.; Onodera, T.; Ochiai, N.; Omata, N.; Ogasawara, W.; Okada, H.; Morikawa, Y. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2008, 81, 681-689.
7. Henrissat, B.; Driguez, H.; Viet, C.; Schulein, M. Bio-Technology 1985, 3, 722-726.
8. Cen, P. L.; Xia, L. M. Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. 1999, 65, 69.
9. Jeoh, T.; Michener, W.; Himmel, M. E.; Decker, S. R.; Adney, W. S. Biotechnol. Biofuels 2008, 1-10.
10. Gilbert, H. J.; Stalbrand, H.; Brumer, H. Curr. Opin. Plant Biol. 2008, 11, 338-348.
11. Harhangi, H. R.; Freelove, A. C. J.; Ubhayasekera, W.; van Dinther, M.; Steenbakkers, P. J. M.; Akhmanova, A.; van der Drift, C.; Jetten, M. S. M.; Mowbray, S. L.; Gilbert, H. J.; den Camp, H. Biochim. Biophys. Acta, Gene Struct. Expression 2003, 1628, 30-39.
12. Coutinho, J. B.; Gilkes, N. R.; Kilburn, D. G.; Warren, R. A. J.; Miller, R. C. FEMS Microbiol. Lett. 1993, 113, 211-218.
13. Hall, J.; Black, G. W.; Ferreira, L. M. A.; Millwardsadler, S. J.; Ali, B. R. S.; Hazlewood, G. P.; Gilbert, H. J. Biochem. J. 1995, 309, 749-756.
14. Shoseyov, O.; Shani, Z.; Levy, I. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2006, 70, 283.
15. Gilkes, N. R.; Henrissat, B.; Kilburn, D. G.; Miller, R. C.; Warren, R. A. J. Microbiol. Rev. 1991, 55, 303-315.
16. Srisodsuk, M.; Reinikainen, T.; Penttila, M.; Teeri, T. T. J. Biol. Chem. 1993, 268, 20756-20761.
17. Quentin, M.; Ebbelaar, M.; Derksen, J.; Mariani, C.; van der Valk, H. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2002, 58, 658-662.
18. Argos, P. J. Mol. Biol. 1990, 211, 943-958.
19. Nevalainen, H.; Harrison, M.; Jardine, D.; Zachara, N. E.; Paloheimo, M.; Suominen, P.; Gooley, A. A.; Packer, N. H. TRICEL 97 conference Carbohydrates from Trichoderma reesei and Other Microorganisms; The Royal Society of Chemistry: Cambridge, U.K., Ghent, Belgium, 1997.
20. Shen, H.; Schmuck, M.; Pilz, I.; Gilkes, N. R.; Kilburn, D. G.; Miller, R. C.; Warren, R. A. J. J. Biol. Chem. 1991, 266, 11335-11340.
21. Abuja, P. M.; Pilz, I.; Claeyssens, M.; Tomme, P. Biochem. .Biophys. Res. Commun. 1988, 156, 180-185.
22. Abuja, P. M.; Schmuck, M.; Pilz, I.; Tomme, P.; Claeyssens, M.; Esterbauer, H. Eur. Biophys. J. Biophys. Lett. 1988, 15, 339-342.
23. Pilz, I.; Schwarz, E.; Kilburn, D. G.; Miller, R. C.; Warren, R. A. J.; Gilkes, N. R. Biochem. J. 1990, 271, 277-280.
24. Receveur, V.; Czjzek, M.; Schulein, M.; Panine, P.; Henrissat, B. J. Biol. Chem. 2002, 277, 40887-40892.
25. von Ossowski, I.; Eaton, J. T.; Czjzek, M.; Perkins, S. J.; Frandsen, T. P.; Schulein, M.; Panine, P.; Henrissat, B.; Receveur-Brechot, V. Biophys. J. 2005, 88, 2823-2832.
26. Violot, S.; Aghajari, N.; Czjzek, M.; Feller, G.; Sonan, G. K.; Gouet, P.; Gerday, C.; Haser, R.; Receveur-Brechot, V. J. Mol. Biol. 2005, 348, 1211-1224.
27. Black, G. W.; Rixon, J. E.; Clarke, J. H.; Hazlewood, G. P.; Theodorou, M. K.; Morris, P.; Gilbert, H. J. Biochem. J. 1996, 319, 515-520.
28. Black, G. W.; Rixon, J. E.; Clarke, J. H.; Hazlewood, G. P.; Ferreira, L. M. A.; Bolam, D. N.; Gilbert, H. J. J. Biotechnol. 1997, 57, 59-69.
29. Poon, D. K. Y.; Withers, S. G.; McIntosh, L. P. J. Biol. Chem. 2007, 282, 2091-2100.
30. Kofke, D. A.; Frenkel, D. In Handbook of Molecular Modeling; Yip, S., Ed.; Kluwer Academic Publishers: Dordrecht, 2004.
31. Kofke, D. A. Fluid Phase Equilib. 2005, 228-229, 41-48.
32. Anfinsen, C. B. Science 1973, 181, 223.
33. Wolfson, H. J.; Shatsky, M.; Schneidman-Duhovny, D.; Dror, O.; Shulman- Peleg, A.; Ma, B. Y.; Nussinov, R. Curr. Protein Pept. Sci. 2005, 6, 171-183.
34. Ciccotti, G.; Ferrario, M.; Hynes, J. T.; Kapral, R. Chem. Phys. 1989, 129, 241-251.
35. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199.
36. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021.
37. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275-282.
38. MacKerell, A. D.; Banavali, N.; Foloppe, N. Biopolymers 2000, 56, 257-265.
39. Kuttel, M.; Brady, J. W.; Naidoo, K. J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1236-1243.
40. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335-340.
41. Nishiyama, Y.; Langan, P.; Chanzy, H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9074-9082.
42. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Comput. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
43. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
44. Ryckaert, J.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
45. Grossfield, A. WHAM: the weighted histogram analysis method, version 2.0.1. http://membrane.urmc.rochester.edu/content/wham.
46. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
47. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33
48. Zhao, X. C.; Rignall, T.; McCabe, C.; Adney, W. S.; Himmel, M. E. Chem. Phys. Lett. 2008, 460, 284-288.
49. Beckham, G. T.; Bomble, Y. J.; Matthews, J. F.; Resch, M. G.; Yarbrough, J. S.; Decker, S. R.; Bul, L.; Taylor, C. B.; Zhao, X. C.; McCabe, C.; Wohlert, J.; Bergenstråhle, M.; Brady, J. W.; Adney, W. S.; Himmel, M. E.; Crowley, M F. Biophys. J. 2010, in press.
50. Zhong, L.; Matthews, J. F.; Crowley, M. F.; Rignall, T.; Talon, C.; Cleary, J. M.; Walker, R. C.; Chukkapalli, G.; McCabe, C.; Nimlos, M. R.; Brooks, C. L.; Himmel, M. E.; Brady, J. W. Cellulose 2008, 15, 261-273.
51. Ting, C. L.; Makarov, D. E.; Wang, Z. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4970-4977.