Post-translational modifications of histones that influence nucleosome dynamics

Chemical Reviews

Volumn 115, Issue 6, 2015, Pages 2274-2295

  Bowman, Gregory D ^a   Poirier, Michael G ^b  

^a JOHNS HOPKINS UNIVERSITY   (United States)

^b OHIO STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; CHROMOSOMES; CONTACTS (FLUID MECHANICS); DNA; DYNAMICS; MACHINERY; NUCLEIC ACIDS;

CHROMATIN IMMUNOPRECIPITATION; DNA-BINDING PROTEIN; ENERGY LANDSCAPE; NUCLEOSOME DYNAMICS; NUCLEOSOME SLIDING; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; RNA POLYMERASE II; TECHNICAL CHALLENGES;

PROTEINS;

HISTONE; NUCLEOSOME;

CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; NUCLEOSOME; PROTEIN PROCESSING;

HISTONES; HUMANS; NUCLEOSOMES; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL;

EID: 84925708107     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr500350x     Document Type: Review

References (356)

1. Richmond, T. J.; Davey, C. A. Nature 2003, 423, 145
2. Tan, S.; Davey, C. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 128
3. Widom, J. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1998, 27, 285
4. Luger, K. Chromosome Res. 2006, 14, 5
5. Polach, K. J.; Widom, J. J. Mol. Biol. 1995, 254, 130
6. Anderson, J. D.; Widom, J. J. Mol. Biol. 2000, 296, 979
7. Li, G.; Widom, J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 763
8. Lowary, P. T.; Widom, J. J. Mol. Biol. 1998, 276, 19
9. Widom, J. Q. Rev. Biophys. 2001, 34, 269
10. Segal, E.; Widom, J. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 443
11. Rothbart, S. B.; Strahl, B. D. Biochim. Biophys. Acta, Gene Regul. Mech. 2014, 1839, 627
12. Wozniak, G. G.; Strahl, B. D. Biochim. Biophys. Acta, Gene Regul. Mech. 2014.
13. Bannister, A. J.; Kouzarides, T. Cell Res. 2011, 21, 381
14. Olsen, C. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 3755
15. Cosgrove, M. S.; Boeke, J. D.; Wolberger, C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 1037
16. Cosgrove, M. S.; Wolberger, C. Biochem. Cell Biol. 2005, 83, 468
17. Mersfelder, E. L.; Parthun, M. R. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 2653
18. Talbert, P. B.; Henikoff, S. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010, 11, 264
19. Weber, C. M.; Henikoff, S. Genes Dev. 2014, 28, 672
20. Fan, J. Y.; Gordon, F.; Luger, K.; Hansen, J. C.; Tremethick, D. J. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 172
21. Chakravarthy, S.; Patel, A.; Bowman, G. D. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 8285
22. Zhou, J.; Fan, J. Y.; Rangasamy, D.; Tremethick, D. J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 1070
23. Bao, Y.; Konesky, K.; Park, Y. J.; Rosu, S.; Dyer, P. N.; Rangasamy, D.; Tremethick, D. J.; Laybourn, P. J.; Luger, K. EMBO J. 2004, 23, 3314
24. Loyola, A.; Almouzni, G. Trends Biochem. Sci. 2007, 32, 425
25. Loyola, A.; Almouzni, G. Biochim. Biophys. Acta, Gene Struct. Expression 2004, 1677, 3
26. Das, C.; Tyler, J. K.; Churchill, M. E. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 476
27. Avvakumov, N.; Nourani, A.; Côté, J. Mol. Cell 2011, 41, 502
28. Narlikar, G. J.; Sundaramoorthy, R.; Owen-Hughes, T. Cell 2013, 154, 490
29. Ryan, D. P.; Owen-Hughes, T. Curr. Opin. Chem. Biol. 2011, 15, 649
30. Bartholomew, B. Annu. Rev. Biochem. 2014, 83, 671
31. Strahl, B. D.; Allis, C. D. Nature 2000, 403, 41
32. Yun, M.; Wu, J.; Workman, J. L.; Li, B. Cell Res. 2011, 21, 564
33. Murawska, M.; Brehm, A. Transcription. 2011, 2, 244
34. Josling, G. A.; Selvarajah, S. A.; Petter, M.; Duffy, M. F. Genes (Basel) 2012, 3, 320
35. Petty, E.; Pillus, L. Trends Genet. 2013, 29, 621
36. Hansen, J. C.; Nyborg, J. K.; Luger, K.; Stargell, L. A. J. Cell. Physiol. 2010, 224, 289
37. Liu, W. H.; Churchill, M. E. Biochem. Soc. Trans. 2012, 40, 357
38. Das, C.; Tyler, J. K. Biochim. Biophys. Acta, Gene Regul. Mech. 2013, 1819, 332
39. Zhang, L.; Eugeni, E. E.; Parthun, M. R.; Freitas, M. A. Chromosoma 2003, 112, 77
40. Tropberger, P.; Schneider, R. Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20, 657
41. Arnaudo, A. M.; Garcia, B. A. Epigenet. Chromatin 2013, 6, 24
42. North, J. A.; Javaid, S.; Ferdinand, M. B.; Chatterjee, N.; Picking, J. W.; Shoffner, M.; Nakkula, R. J.; Bartholomew, B.; Ottesen, J. J.; Fishel, R.; Poirier, M. G. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 6465
43. Simon, M.; North, J. A.; Shimko, J. C.; Forties, R. A.; Ferdinand, M. B.; Manohar, M.; Zhang, M.; Fishel, R.; Ottesen, J. J.; Poirier, M. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 12711
44. Kalashnikova, A. A.; Porter-Goff, M. E.; Muthurajan, U. M.; Luger, K.; Hansen, J. C. J. R. Soc., Interface 2013, 10 20121022
45. Li, G.; Reinberg, D. Curr. Opin. Genet. Dev. 2011, 21, 175
46. Luger, K.; Dechassa, M. L.; Tremethick, D. J. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012, 13, 436
47. Pepenella, S.; Murphy, K. J.; Hayes, J. J. Chromosoma 2014, 123, 3
48. Tremethick, D. J. Cell 2007, 128, 651
49. Hall, M. A.; Shundrovsky, A.; Bai, L.; Fulbright, R. M.; Lis, J. T.; Wang, M. D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 124
50. Forties, R. A.; North, J. A.; Javaid, S.; Tabbaa, O. P.; Fishel, R.; Poirier, M. G.; Bundschuh, R. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 8306
51. Fierz, B.; Muir, T. W. Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 417
52. Neumann, H.; Hancock, S. M.; Buning, R.; Routh, A.; Chapman, L.; Somers, J.; Owen-Hughes, T.; van Noort, J.; Rhodes, D.; Chin, J. W. Mol. Cell 2009, 36, 153
53. Dawson, P. E.; Muir, T. W.; Clark-Lewis, I.; Kent, S. B. Science 1994, 266, 776
54. Muir, T. W.; Sondhi, D.; Cole, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 6705
55. Shogren-Knaak, M. A.; Peterson, C. L. Methods Enzymol. 2004, 375, 62
56. Shogren-Knaak, M.; Ishii, H.; Sun, J. M.; Pazin, M. J.; Davie, J. R.; Peterson, C. L. Science 2006, 311, 844
57. Manohar, M.; Mooney, A. M.; North, J. A.; Nakkula, R. J.; Picking, J. W.; Edon, A.; Fishel, R.; Poirier, M. G.; Ottesen, J. J. J. Biol. Chem. 2009, 284, 23312
58. Azzaz, A. M.; Vitalini, M. W.; Thomas, A. S.; Price, J. P.; Blacketer, M. J.; Cryderman, D. E.; Zirbel, L. N.; Woodcock, C. L.; Elcock, A. H.; Wallrath, L. L.; Shogren-Knaak, M. A. J. Biol. Chem. 2014, 289, 6850
59. McGinty, R. K.; Kim, J.; Chatterjee, C.; Roeder, R. G.; Muir, T. W. Nature 2008, 453, 812
60. Chatterjee, C.; McGinty, R. K.; Fierz, B.; Muir, T. W. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 267
61. Shimko, J. C.; North, J. A.; Bruns, A. N.; Poirier, M. G.; Ottesen, J. J. J. Mol. Biol. 2011, 408, 187
62. Simon, M. D.; Chu, F.; Racki, L. R.; de la Cruz, C. C.; Burlingame, A. L.; Panning, B.; Narlikar, G. J.; Shokat, K. M. Cell 2007, 128, 1003
63. Li, F.; Allahverdi, A.; Yang, R.; Lua, G. B.; Zhang, X.; Cao, Y.; Korolev, N.; Nordenskiold, L.; Liu, C. F. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 9611
64. Allfrey, V. G.; Faulkner, R.; Mirsky, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1964, 51, 786
65. Pogo, B. G.; Allfrey, V. G.; Mirsky, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1966, 55, 805
66. Hansen, J. C.; Ausio, J.; Stanik, V. H.; van Holde, K. E. Biochemistry 1989, 28, 9129
67. Schwarz, P. M.; Hansen, J. C. J. Biol. Chem. 1994, 269, 16284
68. Allan, J.; Harborne, N.; Rau, D. C.; Gould, H. J. Cell Biol. 1982, 93, 285
69. Fletcher, T. M.; Hansen, J. C. J. Biol. Chem. 1995, 270, 25359
70. Simpson, R. T. Cell 1978, 13, 691
71. Tse, C.; Sera, T.; Wolffe, A. P.; Hansen, J. C. Mol. Cell. Biol. 1998, 18, 4629
72. Chahal, S. S.; Matthews, H. R.; Bradbury, E. M. Nature 1980, 287, 76
73. Kraus, W. L.; Kadonaga, J. T. Genes Dev. 1998, 12, 331
74. Dorigo, B.; Schalch, T.; Bystricky, K.; Richmond, T. J. J. Mol. Biol. 2003, 327, 85
75. Li, G.; Levitus, M.; Bustamante, C.; Widom, J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 46
76. Tims, H. S.; Gurunathan, K.; Levitus, M.; Widom, J. J. Mol. Biol. 2011, 411, 430
77. Chereji, R. V.; Morozov, A. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2014, 111, 5236
78. North, J. A.; Shimko, J. C.; Javaid, S.; Mooney, A. M.; Shoffner, M. A.; Rose, S. D.; Bundschuh, R.; Fishel, R.; Ottesen, J. J.; Poirier, M. G. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 10215
79. Poirier, M. G.; Bussiek, M.; Langowski, J.; Widom, J. J. Mol. Biol. 2008, 379, 772
80. Poirier, M. G.; Oh, E.; Tims, H. S.; Widom, J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 938
81. Luo, Y.; North, J. A.; Rose, S. D.; Poirier, M. G. Nucleic Acids Res. 2014, 42, 3017
82. Zheng, C.; Hayes, J. J. Biopolymers 2003, 68, 539
83. Mutskov, V.; Gerber, D.; Angelov, D.; Ausio, J.; Workman, J.; Dimitrov, S. Mol. Cell. Biol. 1998, 18, 6293
84. Angelov, D.; Vitolo, J. M.; Mutskov, V.; Dimitrov, S.; Hayes, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 6599
85. Lee, D. Y.; Hayes, J. J.; Pruss, D.; Wolffe, A. P. Cell 1993, 72, 73
86. Vettese-Dadey, M.; Walter, P.; Chen, H.; Juan, L. J.; Workman, J. L. Mol. Cell. Biol. 1994, 14, 970
87. Polach, K. J.; Lowary, P. T.; Widom, J. J. Mol. Biol. 2000, 298, 211
88. Yang, Z.; Zheng, C.; Thiriet, C.; Hayes, J. J. Mol. Cell. Biol. 2005, 25, 241
89. Yang, Z.; Zheng, C.; Hayes, J. J. J. Biol. Chem. 2007, 282, 7930
90. Ferreira, H.; Somers, J.; Webster, R.; Flaus, A.; Owen-Hughes, T. Mol. Cell. Biol. 2007, 27, 4037
91. Andresen, K.; Jimenez-Useche, I.; Howell, S. C.; Yuan, C.; Qiu, X. PLoS One 2013, 8 e78587
92. Luger, K.; Mader, A. W.; Richmond, R. K.; Sargent, D. F.; Richmond, T. J. Nature 1997, 389, 251
93. Davey, C. A.; Sargent, D. F.; Luger, K.; Maeder, A. W.; Richmond, T. J. J. Mol. Biol. 2002, 319, 1097
94. Cary, P. D.; Moss, T.; Bradbury, E. M. Eur. J. Biochem. 1978, 89, 475
95. Hilliard, P. R., Jr.; Smith, R. M.; Rill, R. L. J. Biol. Chem. 1986, 261, 5992
96. Zhou, B. R.; Feng, H.; Ghirlando, R.; Kato, H.; Gruschus, J.; Bai, Y. J. Mol. Biol. 2012, 421, 30
97. Gao, M.; Nadaud, P. S.; Bernier, M. W.; North, J. A.; Hammel, P. C.; Poirier, M. G.; Jaroniec, C. P. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 15278
98. Kouzarides, T. Cell 2007, 128, 693
99. Suganuma, T.; Workman, J. L. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 473
100. Li, B.; Carey, M.; Workman, J. L. Cell 2007, 128, 707
101. Rossetto, D.; Truman, A. W.; Kron, S. J.; Côté, J. Clin. Cancer Res. 2010, 16, 4543
102. Swygert, S. G.; Peterson, C. L. Biochim. Biophys. Acta, Gene Regul. Mech. 2014, 1839, 728
103. MacAlpine, D. M.; Almouzni, G. Cold Spring Harbor Perspect. Biol. 2013, 5 a010207
104. Budhavarapu, V. N.; Chavez, M.; Tyler, J. K. Epigenet. Chromatin 2013, 6, 32
105. Anderson, J. D.; Lowary, P. T.; Widom, J. J. Mol. Biol. 2001, 307, 977
106. Brower-Toland, B.; Wacker, D. A.; Fulbright, R. M.; Lis, J. T.; Kraus, W. L.; Wang, M. D. J. Mol. Biol. 2005, 346, 135
107. Lee, J. Y.; Wei, S.; Lee, T. H. J. Biol. Chem. 2011, 286, 11099
108. Bintu, L.; Ishibashi, T.; Dangkulwanich, M.; Wu, Y. Y.; Lubkowska, L.; Kashlev, M.; Bustamante, C. Cell 2012, 151, 738
109. Kan, P. Y.; Lu, X.; Hansen, J. C.; Hayes, J. J. Mol. Cell. Biol. 2007, 27, 2084
110. Kan, P. Y.; Caterino, T. L.; Hayes, J. J. Mol. Cell. Biol. 2009, 29, 538
111. Pepenella, S.; Murphy, K. J.; Hayes, J. J. J. Biol. Chem. 2014, 289, 27342
112. Xu, F.; Zhang, K.; Grunstein, M. Cell 2005, 121, 375
113. Xie, W.; Song, C.; Young, N. L.; Sperling, A. S.; Xu, F.; Sridharan, R.; Conway, A. E.; Garcia, B. A.; Plath, K.; Clark, A. T.; Grunstein, M. Mol. Cell 2009, 33, 417
114. Das, C.; Lucia, M. S.; Hansen, K. C.; Tyler, J. K. Nature 2009, 459, 113
115. Dawson, M. A.; Bannister, A. J.; Göttgens, B.; Foster, S. D.; Bartke, T.; Green, A. R.; Kouzarides, T. Nature 2009, 461, 819
116. Jang, S. M.; Azebi, S.; Soubigou, G.; Muchardt, C. EMBO Rep. 2014, 15, 686
117. Chen, C. C.; Carson, J. J.; Feser, J.; Tamburini, B.; Zabaronick, S.; Linger, J.; Tyler, J. K. Cell 2008, 134, 231
118. Li, Q.; Zhou, H.; Wurtele, H.; Davies, B.; Horazdovsky, B.; Verreault, A.; Zhang, Z. Cell 2008, 134, 244
119. Baker, S. P.; Phillips, J.; Anderson, S.; Qiu, Q.; Shabanowitz, J.; Smith, M. M.; Yates, J. R., 3rd; Hunt, D. F.; Grant, P. A. Nat. Cell Biol. 2010, 12, 294
120. Hurd, P. J.; Bannister, A. J.; Halls, K.; Dawson, M. A.; Vermeulen, M.; Olsen, J. V.; Ismail, H.; Somers, J.; Mann, M.; Owen-Hughes, T.; Gout, I.; Kouzarides, T. J. Biol. Chem. 2009, 284, 16575
121. Adams, C. C.; Workman, J. L. Mol. Cell. Biol. 1995, 15, 1405
122. Polach, K. J.; Widom, J. J. Mol. Biol. 1996, 258, 800
123. Watanabe, S.; Resch, M.; Lilyestrom, W.; Clark, N.; Hansen, J. C.; Peterson, C.; Luger, K. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1799, 480
124. Andrews, A. J.; Chen, X.; Zevin, A.; Stargell, L. A.; Luger, K. Mol. Cell 2010, 37, 834
125. Su, D.; Hu, Q.; Li, Q.; Thompson, J. R.; Cui, G.; Fazly, A.; Davies, B. A.; Botuyan, M. V.; Zhang, Z.; Mer, G. Nature 2012, 483, 104
126. Winkler, D. D.; Zhou, H.; Dar, M. A.; Zhang, Z.; Luger, K. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 10139
127. Dawson, M. A.; Foster, S. D.; Bannister, A. J.; Robson, S. C.; Hannah, R.; Wang, X.; Xhemalce, B.; Wood, A. D.; Green, A. R.; Göttgens, B.; Kouzarides, T. Cell. Rep. 2012, 2, 470
128. Casadio, F.; Lu, X.; Pollock, S. B.; LeRoy, G.; Garcia, B. A.; Muir, T. W.; Roeder, R. G.; Allis, C. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 14894
129. Strahl, B. D.; Grant, P. A.; Briggs, S. D.; Sun, Z. W.; Bone, J. R.; Caldwell, J. A.; Mollah, S.; Cook, R. G.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Allis, C. D. Mol. Cell. Biol. 2002, 22, 1298
130. Morris, S. A.; Rao, B.; Garcia, B. A.; Hake, S. B.; Diaz, R. L.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Allis, C. D.; Lieb, J. D.; Strahl, B. D. J. Biol. Chem. 2007, 282, 7632
131. Musselman, C. A.; Lalonde, M. E.; Côté, J.; Kutateladze, T. G. Nat. Struct. Mol. Biol. 2012, 19, 1218
132. Wagner, E. J.; Carpenter, P. B. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012, 13, 115
133. Musselman, C. A.; Gibson, M. D.; Hartwick, E. W.; North, J. A.; Gatchalian, J.; Poirier, M. G.; Kutateladze, T. G. Nat. Commun. 2013, 4, 2969
134. Park, J. H.; Cosgrove, M. S.; Youngman, E.; Wolberger, C.; Boeke, J. D. Nat. Genet. 2002, 32, 273
135. Ng, H. H.; Feng, Q.; Wang, H.; Erdjument-Bromage, H.; Tempst, P.; Zhang, Y.; Struhl, K. Genes Dev. 2002, 16, 1518
136. van Leeuwen, F.; Gafken, P. R.; Gottschling, D. E. Cell 2002, 109, 745
137. Fry, C. J.; Norris, A.; Cosgrove, M.; Boeke, J. D.; Peterson, C. L. Mol. Cell. Biol. 2006, 26, 9045
138. Armache, K. J.; Garlick, J. D.; Canzio, D.; Narlikar, G. J.; Kingston, R. E. Science 2011, 334, 977
139. Xu, F.; Zhang, Q.; Zhang, K.; Xie, W.; Grunstein, M. Mol. Cell 2007, 27, 890
140. Hyland, E. M.; Cosgrove, M. S.; Molina, H.; Wang, D.; Pandey, A.; Cottee, R. J.; Boeke, J. D. Mol. Cell. Biol. 2005, 25, 10060
141. Kruger, W.; Peterson, C. L.; Sil, A.; Coburn, C.; Arents, G.; Moudrianakis, E. N.; Herskowitz, I. Genes Dev. 1995, 9, 2770
142. Muthurajan, U. M.; Bao, Y.; Forsberg, L. J.; Edayathumangalam, R. S.; Dyer, P. N.; White, C. L.; Luger, K. EMBO J. 2004, 23, 260
143. Flaus, A.; Rencurel, C.; Ferreira, H.; Wiechens, N.; Owen-Hughes, T. EMBO J. 2004, 23, 343
144. Horn, P. J.; Crowley, K. A.; Carruthers, L. M.; Hansen, J. C.; Peterson, C. L. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 167
145. Hsieh, F. K.; Fisher, M.; Ujvari, A.; Studitsky, V. M.; Luse, D. S. EMBO Rep. 2010, 11, 705
146. North, J. A.; Simon, M.; Ferdinand, M. B.; Shoffner, M. A.; Picking, J. W.; Howard, C. J.; Mooney, A. M.; van Noort, J.; Poirier, M. G.; Ottesen, J. J. Nucleic Acids Res. 2014, 42, 4922
147. Schnitzler, G.; Sif, S.; Kingston, R. E. Cell 1998, 94, 17
148. Phelan, M. L.; Schnitzler, G. R.; Kingston, R. E. Mol. Cell. Biol. 2000, 20, 6380
149. Ulyanova, N. P.; Schnitzler, G. R. Mol. Cell. Biol. 2005, 25, 11156
150. Dechassa, M. L.; Sabri, A.; Pondugula, S.; Kassabov, S. R.; Chatterjee, N.; Kladde, M. P.; Bartholomew, B. Mol. Cell 2010, 38, 590
151. Engeholm, M.; de Jager, M.; Flaus, A.; Brenk, R.; van Noort, J.; Owen-Hughes, T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 151
152. Kang, B.; Pu, M.; Hu, G.; Wen, W.; Dong, Z.; Zhao, K.; Stillman, B.; Zhang, Z. Genes Dev. 2011, 25, 1359
153. Daujat, S.; Weiss, T.; Mohn, F.; Lange, U. C.; Ziegler-Birling, C.; Zeissler, U.; Lappe, M.; Schubeler, D.; Torres-Padilla, M. E.; Schneider, R. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 777
154. Di Cerbo, V. eLife 2014, 3 e01632
155. Ye, J.; Ai, X.; Eugeni, E. E.; Zhang, L.; Carpenter, L. R.; Jelinek, M. A.; Freitas, M. A.; Parthun, M. R. Mol. Cell 2005, 18, 123
156. Yang, X.; Yu, W.; Shi, L.; Sun, L.; Liang, J.; Yi, X.; Li, Q.; Zhang, Y.; Yang, F.; Han, X.; Zhang, D.; Yang, J.; Yao, Z.; Shang, Y. Mol. Cell 2011, 44, 39
157. García-Giménez, J. L.; Òlaso, G.; Hake, S. B.; Bönisch, C.; Wiedemann, S. M.; Markovic, J.; Dasi, F.; Gimeno, A.; Pérez-Quilis, C.; Palacios, O.; Capdevila, M.; Viña, J.; Pallardó, F. V. Antioxid. Redox Signaling 2013, 19, 1305
158. Böhm, V.; Hieb, A. R.; Andrews, A. J.; Gansen, A.; Rocker, A.; Tóth, K.; Luger, K.; Langowski, J. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 3093
159. DAmours, D.; Desnoyers, S.; DSilva, I.; Poirier, G. G. Biochem. J. 1999, 342 (Pt 2) 249
160. Kraus, W. L.; Lis, J. T. Cell 2003, 113, 677
161. Rouleau, M.; Aubin, R. A.; Poirier, G. G. J. Cell. Sci. 2004, 117, 815
162. Kraus, W. L.; Hottiger, M. O. Mol. Aspects Med. 2013, 34, 1109
163. Barkauskaite, E.; Jankevicius, G.; Ladurner, A. G.; Ahel, I.; Timinszky, G. FEBS J. 2013, 280, 3491
164. Karlberg, T.; Langelier, M. F.; Pascal, J. M.; Schüler, H. Mol. Aspects Med. 2013, 34, 1088
165. Ogata, N.; Ueda, K.; Kawaichi, M.; Hayaishi, O. J. Biol. Chem. 1981, 256, 4135
166. Adamietz, P.; Rudolph, A. J. Biol. Chem. 1984, 259, 6841
167. Mathis, G.; Althaus, F. R. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1987, 143, 1049
168. Huletsky, A.; de Murcia, G.; Muller, S.; Hengartner, M.; Menard, L.; Lamarre, D.; Poirier, G. G. J. Biol. Chem. 1989, 264, 8878
169. Realini, C. A.; Althaus, F. R. J. Biol. Chem. 1992, 267, 18858
170. Poirier, G. G.; de Murcia, G.; Jongstra-Bilen, J.; Niedergang, C.; Mandel, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 3423
171. Tulin, A.; Spradling, A. Science 2003, 299, 560
172. Petesch, S. J.; Lis, J. T. Cell 2008, 134, 74
173. Petesch, S. J.; Lis, J. T. Mol. Cell 2012, 45, 64
174. Langelier, M. F.; Pascal, J. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2013, 23, 134
175. Clark, N. J.; Kramer, M.; Muthurajan, U. M.; Luger, K. J. Biol. Chem. 2012, 287, 32430
176. Ohgushi, H.; Yoshihara, K.; Kamiya, T. J. Biol. Chem. 1980, 255, 6205
177. Benjamin, R. C.; Gill, D. M. J. Biol. Chem. 1980, 255, 10502
178. Boulikas, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 3499
179. Pinnola, A.; Naumova, N.; Shah, M.; Tulin, A. V. J. Biol. Chem. 2007, 282, 32511
180. Kim, M. Y.; Mauro, S.; Gévry, N.; Lis, J. T.; Kraus, W. L. Cell 2004, 119, 803
181. Kotova, E.; Lodhi, N.; Jarnik, M.; Pinnola, A. D.; Ji, Y.; Tulin, A. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 6205
182. Bürkle, A.; Virág, L. Mol. Aspects Med. 2013, 34, 1046
183. Ahel, D.; Horejsi, Z.; Wiechens, N.; Polo, S. E.; Garcia-Wilson, E.; Ahel, I.; Flynn, H.; Skehel, M.; West, S. C.; Jackson, S. P.; Owen-Hughes, T.; Boulton, S. J. Science 2009, 325, 1240
184. Gottschalk, A. J.; Timinszky, G.; Kong, S. E.; Jin, J.; Cai, Y.; Swanson, S. K.; Washburn, M. P.; Florens, L.; Ladurner, A. G.; Conaway, J. W.; Conaway, R. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 13770
185. Gottschalk, A. J.; Trivedi, R. D.; Conaway, J. W.; Conaway, R. C. J. Biol. Chem. 2012, 287, 43527
186. Tulin, A.; Stewart, D.; Spradling, A. C. Genes Dev. 2002, 16, 2108
187. Guetg, C.; Scheifele, F.; Rosenthal, F.; Hottiger, M. O.; Santoro, R. Mol. Cell 2012, 45, 790
188. Gamble, M. J.; Kraus, W. L. Cell Cycle 2010, 9, 2568
189. Shroff, H.; White, H.; Betzig, E. Current Protocols in Cell Biology; John Wiley & Sons: New York, 2013; Chapter 4, Unit 4.21.
190. Oddone, A.; Vilanova, I. V.; Tam, J.; Lakadamyali, M. Microsc. Res. Tech. 2014, 77, 502
191. Gao, L.; Shao, L.; Chen, B. C.; Betzig, E. Nat. Protoc. 2014, 9, 1083
192. Flaus, A.; Martin, D. M.; Barton, G. J.; Owen-Hughes, T. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 2887
193. Hauk, G.; Bowman, G. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 719
194. Hopfner, K. P.; Gerhold, C. B.; Lakomek, K.; Wollmann, P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2012, 22, 225
195. Schwanbeck, R.; Xiao, H.; Wu, C. J. Biol. Chem. 2004, 279, 39933
196. Zofall, M.; Persinger, J.; Kassabov, S. R.; Bartholomew, B. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 339
197. Saha, A.; Wittmeyer, J.; Cairns, B. R. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 747
198. Dang, W.; Bartholomew, B. Mol. Cell. Biol. 2007, 27, 8306
199. Dechassa, M. L.; Hota, S. K.; Sen, P.; Chatterjee, N.; Prasad, P.; Bartholomew, B. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 4412
200. Deindl, S.; Hwang, W. L.; Hota, S. K.; Blosser, T. R.; Prasad, P.; Bartholomew, B.; Zhuang, X. Cell 2013, 152, 442
201. Ho, L.; Crabtree, G. R. Nature 2010, 463, 474
202. Allen, H. F.; Wade, P. A.; Kutateladze, T. G. Cell. Mol. Life Sci. 2013, 70, 3513
203. Euskirchen, G.; Auerbach, R. K.; Snyder, M. J. Biol. Chem. 2012, 287, 30897
204. Taverna, S. D.; Li, H.; Ruthenburg, A. J.; Allis, C. D.; Patel, D. J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 1025
205. Patel, D. J.; Wang, Z. Annu. Rev. Biochem. 2013, 82, 81
206. Altaf, M.; Auger, A.; Monnet-Saksouk, J.; Brodeur, J.; Piquet, S.; Cramet, M.; Bouchard, N.; Lacoste, N.; Utley, R. T.; Gaudreau, L.; Côté, J. J. Biol. Chem. 2010, 285, 15966
207. Ruthenburg, A. J.; Li, H.; Patel, D. J.; Allis, C. D. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 983
208. Wang, Z.; Patel, D. J. J. Biol. Chem. 2011, 286, 18363
209. Ruthenburg, A. J.; Li, H.; Milne, T. A.; Dewell, S.; McGinty, R. K.; Yuen, M.; Ueberheide, B.; Dou, Y.; Muir, T. W.; Patel, D. J.; Allis, C. D. Cell 2011, 145, 692
210. Zegerman, P.; Canas, B.; Pappin, D.; Kouzarides, T. J. Biol. Chem. 2002, 277, 11621
211. Zeng, L.; Zhang, Q.; Li, S.; Plotnikov, A. N.; Walsh, M. J.; Zhou, M. M. Nature 2010, 466, 258
212. Eustermann, S.; Yang, J. C.; Law, M. J.; Amos, R.; Chapman, L. M.; Jelinska, C.; Garrick, D.; Clynes, D.; Gibbons, R. J.; Rhodes, D.; Higgs, D. R.; Neuhaus, D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 777
213. Stern, M.; Jensen, R.; Herskowitz, I. J. Mol. Biol. 1984, 178, 853
214. Laurent, B. C.; Treitel, M. A.; Carlson, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 2687
215. Laurent, B. C.; Carlson, M. Genes Dev. 1992, 6, 1707
216. Peterson, C. L.; Herskowitz, I. Cell 1992, 68, 573
217. Hirschhorn, J. N.; Brown, S. A.; Clark, C. D.; Winston, F. Genes Dev. 1992, 6, 2288
218. Côté, J.; Quinn, J.; Workman, J. L.; Peterson, C. L. Science 1994, 265, 53
219. Imbalzano, A. N.; Schnitzler, G. R.; Kingston, R. E. J. Biol. Chem. 1996, 271, 20726
220. Kwon, H.; Imbalzano, A. N.; Khavari, P. A.; Kingston, R. E.; Green, M. R. Nature 1994, 370, 477
221. Cairns, B. R.; Lorch, Y.; Li, Y.; Zhang, M.; Lacomis, L.; Erdjument-Bromage, H.; Tempst, P.; Du, J.; Laurent, B.; Kornberg, R. D. Cell 1996, 87, 1249
222. Owen-Hughes, T.; Utley, R. T.; Côté, J.; Peterson, C. L.; Workman, J. L. Science 1996, 273, 513
223. Brownell, J. E.; Zhou, J.; Ranalli, T.; Kobayashi, R.; Edmondson, D. G.; Roth, S. Y.; Allis, C. D. Cell 1996, 84, 843
224. Grant, P. A.; Duggan, L.; Côté, J.; Roberts, S. M.; Brownell, J. E.; Candau, R.; Ohba, R.; Owen-Hughes, T.; Allis, C. D.; Winston, F.; Berger, S. L.; Workman, J. L. Genes Dev. 1997, 11, 1640
225. Hassan, A. H.; Neely, K. E.; Workman, J. L. Cell 2001, 104, 817
226. Carey, M.; Li, B.; Workman, J. L. Mol. Cell 2006, 24, 481
227. Ferreira, H.; Flaus, A.; Owen-Hughes, T. J. Mol. Biol. 2007, 374, 563
228. Chatterjee, N.; Sinha, D.; Lemma-Dechassa, M.; Tan, S.; Shogren-Knaak, M. A.; Bartholomew, B. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 8378
229. Hassan, A. H.; Prochasson, P.; Neely, K. E.; Galasinski, S. C.; Chandy, M.; Carrozza, M. J.; Workman, J. L. Cell 2002, 111, 369
230. Awad, S.; Hassan, A. H. Ann. N.Y. Acad. Sci. 2008, 1138, 366
231. Kasten, M.; Szerlong, H.; Erdjument-Bromage, H.; Tempst, P.; Werner, M.; Cairns, B. R. EMBO J. 2004, 23, 1348
232. Yoshinaga, S. K.; Peterson, C. L.; Herskowitz, I.; Yamamoto, K. R. Science 1992, 258, 1598
233. Neely, K. E.; Hassan, A. H.; Wallberg, A. E.; Steger, D. J.; Cairns, B. R.; Wright, A. P.; Workman, J. L. Mol. Cell 1999, 4, 649
234. Natarajan, K.; Jackson, B. M.; Zhou, H.; Winston, F.; Hinnebusch, A. G. Mol. Cell 1999, 4, 657
235. Yudkovsky, N.; Logie, C.; Hahn, S.; Peterson, C. L. Genes Dev. 1999, 13, 2369
236. Wu, D. Y.; Krumm, A.; Schubach, W. H. J. Virol. 2000, 74, 8893
237. Métivier, R.; Penot, G.; Hübner, M. R.; Reid, G.; Brand, H.; Kos, M.; Gannon, F. Cell 2003, 115, 751
238. Nagaich, A. K.; Walker, D. A.; Wolford, R.; Hager, G. L. Mol. Cell 2004, 14, 163
239. Cui, K.; Tailor, P.; Liu, H.; Chen, X.; Ozato, K.; Zhao, K. Mol. Cell. Biol. 2004, 24, 4476
240. Fryer, C. J.; Archer, T. K. Nature 1998, 393, 88
241. de La Serna, I. L.; Carlson, K. A.; Hill, D. A.; Guidi, C. J.; Stephenson, R. O.; Sif, S.; Kingston, R. E.; Imbalzano, A. N. Mol. Cell. Biol. 2000, 20, 2839
242. Boeger, H.; Griesenbeck, J.; Strattan, J. S.; Kornberg, R. D. Mol. Cell 2003, 11, 1587
243. Utley, R. T.; Côté, J.; Owen-Hughes, T.; Workman, J. L. J. Biol. Chem. 1997, 272, 12642
244. Flaus, A.; Owen-Hughes, T. Mol. Cell. Biol. 2003, 23, 7767
245. Kassabov, S. R.; Zhang, B.; Persinger, J.; Bartholomew, B. Mol. Cell 2003, 11, 391
246. Bruno, M.; Flaus, A.; Stockdale, C.; Rencurel, C.; Ferreira, H.; Owen-Hughes, T. Mol. Cell 2003, 12, 1599
247. Lorch, Y.; Zhang, M.; Kornberg, R. D. Cell 1999, 96, 389
248. Lorch, Y.; Maier-Davis, B.; Kornberg, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 3090
249. Kuryan, B. G.; Kim, J.; Tran, N. N.; Lombardo, S. R.; Venkatesh, S.; Workman, J. L.; Carey, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 1931
250. Lorch, Y.; Griesenbeck, J.; Boeger, H.; Maier-Davis, B.; Kornberg, R. D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 881
251. Lusser, A.; Urwin, D. L.; Kadonaga, J. T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 160
252. Patel, A.; Chakravarthy, S.; Morrone, S.; Nodelman, I. M.; McKnight, J. N.; Bowman, G. D. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 1637
253. Jiang, C.; Pugh, B. F. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 161
254. Schneider, R.; Bannister, A. J.; Myers, F. A.; Thorne, A. W.; Crane-Robinson, C.; Kouzarides, T. Nat. Cell Biol. 2004, 6, 73
255. Santos-Rosa, H.; Schneider, R.; Bannister, A. J.; Sherriff, J.; Bernstein, B. E.; Emre, N. C.; Schreiber, S. L.; Mellor, J.; Kouzarides, T. Nature 2002, 419, 407
256. Billon, P.; Côté, J. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1819, 290
257. Bartke, T.; Vermeulen, M.; Xhemalce, B.; Robson, S. C.; Mann, M.; Kouzarides, T. Cell 2010, 143, 470
258. Lin, J. J.; Lehmann, L. W.; Bonora, G.; Sridharan, R.; Vashisht, A. A.; Tran, N.; Plath, K.; Wohlschlegel, J. A.; Carey, M. Genes Dev. 2011, 25, 2198
259. Sims, R. J., 3rd; Chen, C. F.; Santos-Rosa, H.; Kouzarides, T.; Patel, S. S.; Reinberg, D. J. Biol. Chem. 2005, 280, 41789
260. Flanagan, J. F.; Blus, B. J.; Kim, D.; Clines, K. L.; Rastinejad, F.; Khorasanizadeh, S. J. Mol. Biol. 2007, 369, 334
261. Radman-Livaja, M.; Quan, T. K.; Valenzuela, L.; Armstrong, J. A.; van Welsem, T.; Kim, T.; Lee, L. J.; Buratowski, S.; van Leeuwen, F.; Rando, O. J.; Hartzog, G. A. PLoS Genet. 2012, 8 e1002811
262. Gkikopoulos, T.; Schofield, P.; Singh, V.; Pinskaya, M.; Mellor, J.; Smolle, M.; Workman, J. L.; Barton, G. J.; Owen-Hughes, T. Science 2011, 333, 1758
263. Flanagan, J. F.; Mi, L. Z.; Chruszcz, M.; Cymborowski, M.; Clines, K. L.; Kim, Y.; Minor, W.; Rastinejad, F.; Khorasanizadeh, S. Nature 2005, 438, 1181
264. Khorosjutina, O.; Wanrooij, P. H.; Walfridsson, J.; Szilagyi, Z.; Zhu, X.; Baraznenok, V.; Ekwall, K.; Gustafsson, C. M. J. Biol. Chem. 2010, 285, 29729
265. Sims, R. J., 3rd; Millhouse, S.; Chen, C. F.; Lewis, B. A.; Erdjument-Bromage, H.; Tempst, P.; Manley, J. L.; Reinberg, D. Mol. Cell 2007, 28, 665
266. Kelley, D. E.; Stokes, D. G.; Perry, R. P. Chromosoma 1999, 108, 10
267. Krogan, N. J.; Kim, M.; Ahn, S. H.; Zhong, G.; Kobor, M. S.; Cagney, G.; Emili, A.; Shilatifard, A.; Buratowski, S.; Greenblatt, J. F. Mol. Cell. Biol. 2002, 22, 6979
268. Simic, R.; Lindstrom, D. L.; Tran, H. G.; Roinick, K. L.; Costa, P. J.; Johnson, A. D.; Hartzog, G. A.; Arndt, K. M. EMBO J. 2003, 22, 1846
269. Warner, M. H.; Roinick, K. L.; Arndt, K. M. Mol. Cell. Biol. 2007, 27, 6103
270. Skene, P. J.; Hernandez, A. E.; Groudine, M.; Henikoff, S. eLife 2014, 3 e0202
271. Studitsky, V. M.; Kassavetis, G. A.; Geiduschek, E. P.; Felsenfeld, G. Science 1997, 278, 1960
272. Kireeva, M. L.; Hancock, B.; Cremona, G. H.; Walter, W.; Studitsky, V. M.; Kashlev, M. Mol. Cell 2005, 18, 97
273. Hodges, C.; Bintu, L.; Lubkowska, L.; Kashlev, M.; Bustamante, C. Science 2009, 325, 626
274. Stockdale, C.; Flaus, A.; Ferreira, H.; Owen-Hughes, T. J. Biol. Chem. 2006, 281, 16279
275. McKnight, J. N.; Jenkins, K. R.; Nodelman, I. M.; Escobar, T.; Bowman, G. D. Mol. Cell. Biol. 2011, 31, 4746
276. Torigoe, S. E.; Urwin, D. L.; Ishii, H.; Smith, D. E.; Kadonaga, J. T. Mol. Cell 2011, 43, 638
277. Havas, K.; Flaus, A.; Phelan, M.; Kingston, R.; Wade, P. A.; Lilley, D. M.; Owen-Hughes, T. Cell 2000, 103, 1133
278. Sheinin, M. Y.; Li, M.; Soltani, M.; Luger, K.; Wang, M. D. Nat. Commun. 2013, 4, 2579
279. Ma, J.; Bai, L.; Wang, M. D. Science 2013, 340, 1580
280. Kireeva, M. L.; Walter, W.; Tchernajenko, V.; Bondarenko, V.; Kashlev, M.; Studitsky, V. M. Mol. Cell 2002, 9, 541
281. Belotserkovskaya, R.; Oh, S.; Bondarenko, V. A.; Orphanides, G.; Studitsky, V. M.; Reinberg, D. Science 2003, 301, 1090
282. Kulaeva, O. I.; Gaykalova, D. A.; Pestov, N. A.; Golovastov, V. V.; Vassylyev, D. G.; Artsimovitch, I.; Studitsky, V. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 1272
283. Bintu, L.; Kopaczynska, M.; Hodges, C.; Lubkowska, L.; Kashlev, M.; Bustamante, C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 1394
284. Dangkulwanich, M.; Ishibashi, T.; Bintu, L.; Bustamante, C. Chem. Rev. 2014, 114, 3203
285. Kulaeva, O. I.; Hsieh, F. K.; Chang, H. W.; Luse, D. S.; Studitsky, V. M. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1829, 76
286. Rando, O. J.; Winston, F. Genetics 2012, 190, 351
287. Workman, J. L. Genes Dev. 2006, 20, 2009
288. Smolle, M.; Workman, J. L. Biochim. Biophys. Acta, Gene Regul. Mech. 2013, 1829, 84
289. Li, B.; Howe, L.; Anderson, S.; Yates, J. R., 3rd; Workman, J. L. J. Biol. Chem. 2003, 278, 8897
290. Krogan, N. J.; Kim, M.; Tong, A.; Golshani, A.; Cagney, G.; Canadien, V.; Richards, D. P.; Beattie, B. K.; Emili, A.; Boone, C.; Shilatifard, A.; Buratowski, S.; Greenblatt, J. Mol. Cell. Biol. 2003, 23, 4207
291. Xiao, T.; Hall, H.; Kizer, K. O.; Shibata, Y.; Hall, M. C.; Borchers, C. H.; Strahl, B. D. Genes Dev. 2003, 17, 654
292. Schaft, D.; Roguev, A.; Kotovic, K. M.; Shevchenko, A.; Sarov, M.; Shevchenko, A.; Neugebauer, K. M.; Stewart, A. F. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2475
293. Carrozza, M. J.; Li, B.; Florens, L.; Suganuma, T.; Swanson, S. K.; Lee, K. K.; Shia, W. J.; Anderson, S.; Yates, J.; Washburn, M. P.; Workman, J. L. Cell 2005, 123, 581
294. Keogh, M. C. Cell 2005, 123, 593
295. Govind, C. K.; Qiu, H.; Ginsburg, D. S.; Ruan, C.; Hofmeyer, K.; Hu, C.; Swaminathan, V.; Workman, J. L.; Li, B.; Hinnebusch, A. G. Mol. Cell 2010, 39, 234
296. Smolle, M.; Venkatesh, S.; Gogol, M. M.; Li, H.; Zhang, Y.; Florens, L.; Washburn, M. P.; Workman, J. L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2012, 19, 884
297. Vary, J. C., Jr.; Gangaraju, V. K.; Qin, J.; Landel, C. C.; Kooperberg, C.; Bartholomew, B.; Tsukiyama, T. Mol. Cell. Biol. 2003, 23, 80
298. Venkatesh, S.; Smolle, M.; Li, H.; Gogol, M. M.; Saint, M.; Kumar, S.; Natarajan, K.; Workman, J. L. Nature 2012, 489, 452
299. Bulger, M.; Ito, T.; Kamakaka, R. T.; Kadonaga, J. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 11726
300. Ito, T.; Bulger, M.; Pazin, M. J.; Kobayashi, R.; Kadonaga, J. T. Cell 1997, 90, 145
301. Fyodorov, D. V.; Kadonaga, J. T. Nature 2002, 418, 897
302. Fyodorov, D. V.; Blower, M. D.; Karpen, G. H.; Kadonaga, J. T. Genes Dev. 2004, 18, 170
303. Kassabov, S. R.; Henry, N. M.; Zofall, M.; Tsukiyama, T.; Bartholomew, B. Mol. Cell. Biol. 2002, 22, 7524
304. Yang, J. G.; Madrid, T. S.; Sevastopoulos, E.; Narlikar, G. J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 1078
305. Dion, M. F.; Kaplan, T.; Kim, M.; Buratowski, S.; Friedman, N.; Rando, O. J. Science 2007, 315, 1405
306. Rufiange, A.; Jacques, P. E.; Bhat, W.; Robert, F.; Nourani, A. Mol. Cell 2007, 27, 393
307. Kaplan, T.; Liu, C. L.; Erkmann, J. A.; Holik, J.; Grunstein, M.; Kaufman, P. D.; Friedman, N.; Rando, O. J. PLoS Genet. 2008, 4 e1000270
308. Lee, J. S.; Garrett, A. S.; Yen, K.; Takahashi, Y. H.; Hu, D.; Jackson, J.; Seidel, C.; Pugh, B. F.; Shilatifard, A. Genes Dev. 2012, 26, 914
309. Weake, V. M.; Workman, J. L. Mol. Cell 2008, 29, 653
310. Hwang, W. W.; Venkatasubrahmanyam, S.; Ianculescu, A. G.; Tong, A.; Boone, C.; Madhani, H. D. Mol. Cell 2003, 11, 261
311. Robzyk, K.; Recht, J.; Osley, M. A. Science 2000, 287, 501
312. Wood, A.; Krogan, N. J.; Dover, J.; Schneider, J.; Heidt, J.; Boateng, M. A.; Dean, K.; Golshani, A.; Zhang, Y.; Greenblatt, J. F.; Johnston, M.; Shilatifard, A. Mol. Cell 2003, 11, 267
313. Laribee, R. N.; Krogan, N. J.; Xiao, T.; Shibata, Y.; Hughes, T. R.; Greenblatt, J. F.; Strahl, B. D. Curr. Biol. 2005, 15, 1487
314. Wood, A.; Schneider, J.; Dover, J.; Johnston, M.; Shilatifard, A. Mol. Cell 2005, 20, 589
315. Pavri, R.; Zhu, B.; Li, G.; Trojer, P.; Mandal, S.; Shilatifard, A.; Reinberg, D. Cell 2006, 125, 703
316. Lee, J. S.; Shukla, A.; Schneider, J.; Swanson, S. K.; Washburn, M. P.; Florens, L.; Bhaumik, S. R.; Shilatifard, A. Cell 2007, 131, 1084
317. Kim, J.; Guermah, M.; McGinty, R. K.; Lee, J. S.; Tang, Z.; Milne, T. A.; Shilatifard, A.; Muir, T. W.; Roeder, R. G. Cell 2009, 137, 459
318. Wyce, A.; Xiao, T.; Whelan, K. A.; Kosman, C.; Walter, W.; Eick, D.; Hughes, T. R.; Krogan, N. J.; Strahl, B. D.; Berger, S. L. Mol. Cell 2007, 27, 275
319. Fierz, B.; Chatterjee, C.; McGinty, R. K.; Bar-Dagan, M.; Raleigh, D. P.; Muir, T. W. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 113
320. Henry, K. W.; Wyce, A.; Lo, W. S.; Duggan, L. J.; Emre, N. C.; Kao, C. F.; Pillus, L.; Shilatifard, A.; Osley, M. A.; Berger, S. L. Genes Dev. 2003, 17, 2648
321. Daniel, J. A.; Torok, M. S.; Sun, Z. W.; Schieltz, D.; Allis, C. D.; Yates, J. R., 3rd; Grant, P. A. J. Biol. Chem. 2004, 279, 1867
322. Fleming, A. B.; Kao, C. F.; Hillyer, C.; Pikaart, M.; Osley, M. A. Mol. Cell 2008, 31, 57
323. Jin, J.; Bai, L.; Johnson, D. S.; Fulbright, R. M.; Kireeva, M. L.; Kashlev, M.; Wang, M. D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 745
324. Kulaeva, O. I.; Hsieh, F. K.; Studitsky, V. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 11325
325. Watanabe, S.; Radman-Livaja, M.; Rando, O. J.; Peterson, C. L. Science 2013, 340, 195
326. Shen, X.; Mizuguchi, G.; Hamiche, A.; Wu, C. Nature 2000, 406, 541
327. Mizuguchi, G.; Shen, X.; Landry, J.; Wu, W. H.; Sen, S.; Wu, C. Science 2004, 303, 343
328. Kobor, M. S.; Venkatasubrahmanyam, S.; Meneghini, M. D.; Gin, J. W.; Jennings, J. L.; Link, A. J.; Madhani, H. D.; Rine, J. PLoS Biol. 2004, 2 e131
329. Morrison, A. J.; Shen, X. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2009, 10, 373
330. Watanabe, S.; Peterson, C. L. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 2010, 75, 35
331. Li, B.; Pattenden, S. G.; Lee, D.; Gutierrez, J.; Chen, J.; Seidel, C.; Gerton, J.; Workman, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 18385
332. Raisner, R. M.; Hartley, P. D.; Meneghini, M. D.; Bao, M. Z.; Liu, C. L.; Schreiber, S. L.; Rando, O. J.; Madhani, H. D. Cell 2005, 123, 233
333. Zhang, H.; Roberts, D. N.; Cairns, B. R. Cell 2005, 123, 219
334. Guillemette, B.; Bataille, A. R.; Gevry, N.; Adam, M.; Blanchette, M.; Robert, F.; Gaudreau, L. PLoS Biol. 2005, 3 e384
335. Luk, E.; Vu, N. D.; Patteson, K.; Mizuguchi, G.; Wu, W. H.; Ranjan, A.; Backus, J.; Sen, S.; Lewis, M.; Bai, Y.; Wu, C. Mol. Cell 2007, 25, 357
336. Luk, E.; Ranjan, A.; Fitzgerald, P. C.; Mizuguchi, G.; Huang, Y.; Wei, D.; Wu, C. Cell 2010, 143, 725
337. Papamichos-Chronakis, M.; Watanabe, S.; Rando, O. J.; Peterson, C. L. Cell 2011, 144, 200
338. Jamai, A.; Imoberdorf, R. M.; Strubin, M. Mol. Cell 2007, 25, 345
339. Wu, W. H.; Alami, S.; Luk, E.; Wu, C. H.; Sen, S.; Mizuguchi, G.; Wei, D.; Wu, C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 1064
340. Ranjan, A.; Mizuguchi, G.; FitzGerald, P. C.; Wei, D.; Wang, F.; Huang, Y.; Luk, E.; Woodcock, C. L.; Wu, C. Cell 2013, 154, 1232
341. Wu, W. H.; Wu, C. H.; Ladurner, A.; Mizuguchi, G.; Wei, D.; Xiao, H.; Luk, E.; Ranjan, A.; Wu, C. J. Biol. Chem. 2009, 284, 6200
342. Hong, J.; Feng, H.; Wang, F.; Ranjan, A.; Chen, J.; Jiang, J.; Ghirlando, R.; Xiao, T. S.; Wu, C.; Bai, Y. Mol. Cell 2014, 53, 498
343. Babiarz, J. E.; Halley, J. E.; Rine, J. Genes Dev. 2006, 20, 700
344. Keogh, M. C.; Mennella, T. A.; Sawa, C.; Berthelet, S.; Krogan, N. J.; Wolek, A.; Podolny, V.; Carpenter, L. R.; Greenblatt, J. F.; Baetz, K.; Buratowski, S. Genes Dev. 2006, 20, 660
345. Millar, C. B.; Xu, F.; Zhang, K.; Grunstein, M. Genes Dev. 2006, 20, 711
346. Sarcinella, E.; Zuzarte, P. C.; Lau, P. N.; Draker, R.; Cheung, P. Mol. Cell. Biol. 2007, 27, 6457
347. van Attikum, H.; Fritsch, O.; Hohn, B.; Gasser, S. M. Cell 2004, 119, 777
348. Papamichos-Chronakis, M.; Peterson, C. L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 338
349. Draker, R.; Sarcinella, E.; Cheung, P. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 3529
350. Wright, D. E.; Wang, C. Y.; Kao, C. F. Front. Biosci., Landmark Ed. 2012, 17, 1051
351. Wang, Y. Cell 2009, 138, 660
352. Bozhenok, L.; Wade, P. A.; Varga-Weisz, P. EMBO J. 2002, 21, 2231
353. Xiao, A.; Li, H.; Shechter, D.; Ahn, S. H.; Fabrizio, L. A.; Erdjument-Bromage, H.; Ishibe-Murakami, S.; Wang, B.; Tempst, P.; Hofmann, K.; Patel, D. J.; Elledge, S. J.; Allis, C. D. Nature 2009, 457, 57
354. Cai, Y.; Jin, J.; Florens, L.; Swanson, S. K.; Kusch, T.; Li, B.; Workman, J. L.; Washburn, M. P.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W. J. Biol. Chem. 2005, 280, 13665
355. Makde, R. D.; England, J. R.; Yennawar, H. P.; Tan, S. Nature 2010, 467, 562
356. Ulyanova, N. P.; Schnitzler, G. R. J. Biol. Chem. 2007, 282, 1018