Molecular understanding of a potential functional link between antimicrobial and amyloid peptides

Soft Matter

Volumn 10, Issue 38, 2014, Pages 7425-7451

  Zhang, Mingzhen ^a   Zhao, Jun ^a   Zheng, Jie ^a,b  

^a University of Akron   (United States)

^b SynBio Research Platform   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMYLOID PEPTIDES; FUNCTIONAL LINKS; MOLECULAR UNDERSTANDING;

AMYLOID; ANTIMICROBIAL CATIONIC PEPTIDE;

ANIMAL; CELL MEMBRANE; CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; STRUCTURAL HOMOLOGY; STRUCTURE ACTIVITY RELATION;

AMYLOID; ANIMALS; ANTIMICROBIAL CATIONIC PEPTIDES; CELL MEMBRANE; HUMANS; STRUCTURAL HOMOLOGY, PROTEIN; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP;

EID: 84907144296     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4sm00907j     Document Type: Review

References (316)

1. C. Leuschner W. Hansel Curr. Pharm. Des. 2004 10 2299 2310
2. C. M. Dobson Trends Biochem. Sci. 1999 24 329 332
3. C. D. Fjell J. A. Hiss R. E. W. Hancock G. Schneider Nat. Rev. Drug Discovery 2012 11 37 51
4. S. M. Butterfield H. A. Lashuel Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 5628 5654
5. M. Bucciantini E. Giannoni F. Chiti F. Baroni L. Formigli J. Zurdo N. Taddei G. Ramponi C. M. Dobson M. Stefani Nature 2002 416 507 511
6. A. A. Strömstedt L. Ringstad A. Schmidtchen M. Malmsten Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2010 15 467 478
7. M. Zasloff Nature 2002 415 389 395
8. R. E. W. Hancock R. Lehrer Trends Biotechnol. 1998 16 82 88
9. M. Pasupuleti M. Roupe V. Rydengård K. Surewicz W. K. Surewicz A. Chalupka M. Malmsten O. E. Sörensen A. Schmidtchen PLoS One 2009 4 e7358
10. S. J. Soscia J. E. Kirby K. J. Washicosky S. M. Tucker M. Ingelsson B. Hyman M. A. Burton L. E. Goldstein S. Duong R. E. Tanzi R. D. Moir PLoS One 2010 5 e9505
11. N. B. Last A. D. Miranker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 6382 6387
12. H. Jang F. T. Arce M. Mustata S. Ramachandran R. Capone R. Nussinov R. Lal Biophys. J. 2011 100 1775 1783
13. B. L. Kagan H. Jang R. Capone F. T. Arce S. Ramachandran R. Lal R. Nussinov Mol. Pharmaceutics 2012 9 708 717
14. Y. Hirakura I. Carreras J. D. Sipe B. L. Kagan Amyloid 2002 9 13 23
15. H. Chu M. Pazgier G. Jung S.-P. Nuccio P. A. Castillo M. F. de Jong M. G. Winter S. E. Winter J. Wehkamp B. Shen N. H. Salzman M. A. Underwood R. M. Tsolis G. M. Young W. Lu R. I. Lehrer A. J. Bäumler C. L. Bevins Science 2012 337 477 481
16. C. Code Y. Domanov A. Jutila P. K. J. Kinnunen Biophys. J. 2008 95 215 224
17. R. Kayed E. Head J. L. Thompson T. M. McIntire S. C. Milton C. W. Cotman C. G. Glabe Science 2003 300 486 489
18. H. Jang J. Zheng R. Lal R. Nussinov Trends Biochem. Sci. 2008 33 91 100
19. J. R. Brender S. Salamekh A. Ramamoorthy Acc. Chem. Res. 2012 45 454 462
20. M. Sakono T. Zako FEBS J. 2010 277 1348 1358
21. G. M. Shankar B. L. Bloodgood M. Townsend D. M. Walsh D. J. Selkoe B. L. Sabatini J. Neurosci. 2007 27 2866 2875
22. R. Bhatia H. A. I. Lin R. Lal FASEB J. 2000 14 1233 1243
23. A. Quist I. Doudevski H. Lin R. Azimova D. Ng B. Frangione B. Kagan J. Ghiso R. Lal Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 10427 10432
24. R. Lal H. Lin A. P. Quist Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007 1768 1966 1975
25. L. Connelly H. Jang F. T. Arce R. Capone S. A. Kotler S. Ramachandran B. L. Kagan R. Nussinov R. Lal J. Phys. Chem. B 2012 116 1728 1735
26. H. Jang F. T. Arce S. Ramachandran R. Capone R. Azimova B. L. Kagan R. Nussinov R. Lal Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 6538 6543
27. Y. Zhang Y. Luo Y. Deng Y. Mu G. Wei PLoS One 2012 7 e38191
28. Y. Sokolov J. A. Kozak R. Kayed A. Chanturiya C. Glabe J. E. Hall J. Gen. Physiol. 2006 128 637 647
29. S. Dante T. Hauß A. Brandt N. A. Dencher J. Mol. Biol. 2008 376 393 404
30. R. Kayed Y. Sokolov B. Edmonds T. M. McIntire S. C. Milton J. E. Hall C. G. Glabe J. Biol. Chem. 2004 279 46363 46366
31. J. A. Lemkul D. R. Bevan FEBS J. 2009 276 3060 3075
32. D. Eliezer J. Gen. Physiol. 2006 128 631 633
33. R. Capone F. Quiroz P. Prangkio I. Saluja A. Sauer M. Bautista R. Turner J. Yang M. Mayer Neurotoxic. Res. 2009 16 1 13
34. E. Y. Chi C. Ege A. Winans J. Majewski G. Wu K. Kjaer K. Y. C. Lee Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 72 1 24
35. C. Ege K. Y. C. Lee Biophys. J. 2004 87 1732 1740
36. G. Valincius F. Heinrich R. Budvytyte D. J. Vanderah D. J. McGillivray Y. Sokolov J. E. Hall M. Loche Biophys. J. 2008 95 4845 4861
37. J. McLaurin A. Chakrabartty Eur. J. Biochem. 1997 245 355 363
38. M. Elena K. Andreas B. Alfred M. Helmuth B. Gerald ChemBioChem 2005 6 1817 1824
39. X. Yu J. Zheng J. Mol. Biol. 2012 421 561 571
40. C. M. Yip E. A. Elton A. A. Darabie M. R. Morrison J. McLaurin J. Mol. Biol. 2001 311 723 734
41. W. C. Wimley S. H. White Biochemistry 2000 39 4432 4442
42. M. Mihajlovic T. Lazaridis Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2010 1798 1485 1493
43. M. Hong Acc. Chem. Res. 2006 39 176 183
44. B. Bechinger Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1999 1462 157 183
45. F. Porcelli R. Verardi L. Shi K. A. Henzler-Wildman A. Ramamoorthy G. Veglia Biochemistry 2008 47 5565 5572
46. S. Qian W. Wang L. Yang H. W. Huang Biophys. J. 2008 94 3512 3522
47. Y. Miller B. Ma R. Nussinov Chem. Rev. 2010 110 4820 4838
48. S. A. Kotler P. Walsh J. R. Brender A. Ramamoorthy Chem. Soc. Rev. 2014 10.1039/c3cs60431d
49. W. C. Wimley ACS Chem. Biol. 2010 5 905 917
50. R. E. W. Hancock A. Patrzykat Curr. Drug Targets: Infect. Disord. 2002 2 79 83
51. Z. Wang G. S. Wang Nucleic Acids Res. 2004 32 D590 D592
52. G. Wang X. Li Z. Wang Nucleic Acids Res. 2009 37 D933 D937
53. S. Thomas S. Karnik R. S. Barai V. K. Jayaraman S. Idicula-Thomas Nucleic Acids Res. 2010 38 D774 D780
54. T. Xu S. M. Levitz R. D. Diamond F. G. Oppenheim Infect. Immun. 1991 59 2549 2554
55. M. E. Selsted M. J. Novotny W. L. Morris Y. Q. Tang W. Smith J. S. Cullor J. Biol. Chem. 1992 267 4292 4295
56. C. Lawyer S. Pai M. Watabe P. Borgia T. Mashimo L. Eagleton K. Watabe FEBS Lett. 1996 390 95 98
57. R. Gennaro B. Skerlavaj D. Romeo Infect. Immun. 1989 57 3142 3146
58. B. Agerberth J.-Y. Lee T. Bergman M. Carlquist H. G. Boman V. Mutt H. JÖRnvall Eur. J. Biochem. 1991 202 849 854
59. Y. Chen C. T. Mant S. W. Farmer R. E. W. Hancock M. L. Vasil R. S. Hodges J. Biol. Chem. 2005 280 12316 12329
60. C. M. Shepherd H. J. Vogel D. P. Tieleman Biochem. J. 2003 370 233 243
61. A. S. Ladokhin S. H. White J. Mol. Biol. 1999 285 1363 1369
62. M. B. Ulmschneider M. S. P. Sansom A. Di Nola Biophys. J. 2006 90 1650 1660
63. J. Zhao C. Zhao G. Liang M. Zhang J. Zheng J. Chem. Inf. Model. 2013 53 3280 3296
64. W. C. Wimley S. H. White Nat. Struct. Mol. Biol. 1996 3 842 848
65. A. S. Ladokhin S. H. White J. Mol. Biol. 2001 309 543 552
66. Y. O. Posokhov P. A. Gottlieb M. J. Morales F. Sachs A. S. Ladokhin Biophys. J. 2007 93 L20 L22
67. W. C. Wimley K. Hristova A. S. Ladokhin L. Silvestro P. H. Axelsen S. H. White J. Mol. Biol. 1998 277 1091 1110
68. M. Fernández-Vidal S. Jayasinghe A. S. Ladokhin S. H. White J. Mol. Biol. 2007 370 459 470
69. J. Kyte R. F. Doolittle J. Mol. Biol. 1982 157 105 132
70. A. Kyrychenko M. V. Rodnin Y. O. Posokhov A. Holt B. Pucci J. A. Killian A. S. Ladokhin J. Mol. Biol. 2012 416 328 334
71. Z. Wang G. Wang Nucleic Acids Res. 2004 32 D590 D592
72. G. Wang J. Biol. Chem. 2008 283 32637 32643
73. R. L. Fahrner T. Dieckmann S. S. L. Harwig R. I. Lehrer D. Eisenberg J. Feigon Chem. Biol. 1996 3 543 550
74. D. M. Hoover K. R. Rajashankar R. Blumenthal A. Puri J. J. Oppenheim O. Chertov J. Lubkowski J. Biol. Chem. 2000 275 32911 32918
75. A. Rozek C. L. Friedrich R. E. W. Hancock Biochemistry 2000 39 15765 15774
76. C. N. Pace J. M. Scholtz Biophys. J. 1998 75 422 427
77. K. Matsuzaki K.-i. Sugishita M. Harada N. Fujii K. Miyajima Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1997 1327 119 130
78. N. Uematsu K. Matsuzaki Biophys. J. 2000 79 2075 2083
79. A. Aumelas M. Mangoni C. Roumestand L. Chiche E. Despaux G. Grassy B. Calas A. Chavanieu Eur. J. Biochem. 1996 237 575 583
80. H. Jang B. Ma T. B. Woolf R. Nussinov Biophys. J. 2006 91 2848 2859
81. H. Jang B. Ma R. Lal R. Nussinov Biophys. J. 2008 95 4631 4642
82. S. Wi C. Kim J. Phys. Chem. B 2008 112 11402 11414
83. R. Mani S. D. Cady M. Tang A. J. Waring R. I. Lehrer M. Hong Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 16242 16247
84. C. Hill J. Yee M. Selsted D. Eisenberg Science 1991 251 1481 1485
85. S. H. White W. C. Wimley M. E. Selsted Curr. Opin. Struct. Biol. 1995 5 521 527
86. S. Ludtke K. He H. Huang Biochemistry 1995 34 16764 16769
87. S. M. Gregory A. Cavenaugh V. Journigan A. Pokorny P. F. F. Almeida Biophys. J. 2008 94 1667 1680
88. D. Andreu R. B. Merrifield H. Steiner H. G. Boman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1983 80 6475 6479
89. C. Auvynet C. E. Amri C. Lacombe F. Bruston J. Bourdais P. Nicolas Y. Rosenstein FEBS J. 2008 275 4134 4151
90. J. Zheng B. Ma R. Nussinov Phys. Biol. 2006 3 P1 P4
91. Y. Matsunaga A. Fujii A. Awasthi J. Yokotani T. Takakura T. Yamada Regul. Pept. 2004 120 227 236
92. P. Soto M. A. Griffin J.-E. Shea Biophys. J. 2007 93 3015 3025
93. D. J. Gordon K. L. Sciarretta S. C. Meredith Biochemistry 2001 40 8237 8245
94. J. Ghanta C.-L. Shen L. L. Kiessling R. M. Murphy J. Biol. Chem. 1996 271 29525 29528
95. T. L. Lowe A. Strzelec L. L. Kiessling R. M. Murphy Biochemistry 2001 40 7882 7889
96. E. Hughes R. M. Burke A. J. Doig J. Biol. Chem. 2000 275 25109 25115
97. L. A. Scrocchi K. Ha Y. Chen L. Wu F. Wang P. E. Fraser J. Struct. Biol. 2003 141 218 227
98. G. G. Glenner E. D. Eanes C. A. Wiley Biochem. Biophys. Res. Commun. 1988 155 608 614
99. P. Westermark U. Engström K. H. Johnson G. T. Westermark C. Betsholtz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 5036 5040
100. M. R. Nilsson D. P. Raleigh J. Mol. Biol. 1999 294 1375 1385
101. L. A. Scrocchi Y. Chen S. Waschuk F. Wang S. Cheung A. A. Darabie J. McLaurin P. E. Fraser J. Mol. Biol. 2002 318 697 706
102. Z. Zhang H. Chen L. Lai Bioinformatics 2007 23 2218 2225
103. M. López de la Paz L. Serrano Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 87 92
104. M. López de la Paz K. Goldie J. Zurdo E. Lacroix C. M. Dobson A. Hoenger L. Serrano Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 16052 16057
105. M. I. Ivanova M. J. Thompson D. Eisenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 4079 4082
106. F. Bemporad G. Calloni S. Campioni G. Plakoutsi N. Taddei F. Chiti Acc. Chem. Res. 2006 39 620 627
107. A. Caflisch Curr. Opin. Chem. Biol. 2006 10 437 444
108. A.-M. Fernandez-Escamilla F. Rousseau J. Schymkowitz L. Serrano Nat. Biotechnol. 2004 22 1302 1306
109. A. P. Pawar K. F. Dubay J. Zurdo F. Chiti M. Vendruscolo C. M. Dobson J. Mol. Biol. 2005 350 379 392
110. L. Goldschmidt P. K. Teng R. Riek D. Eisenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 3487 3492
111. M. J. Thompson S. A. Sievers J. Karanicolas M. I. Ivanova D. Baker D. Eisenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 4074 4078
112. N. de Groot I. Pallares F. Aviles J. Vendrell S. Ventura BMC Struct. Biol. 2005 5 18
113. H.-H. Tsai K. Gunasekaran R. Nussinov Structure 2006 14 1059 1072
114. L. Cruz B. Urbanc J. M. Borreguero N. D. Lazo D. B. Teplow H. E. Stanley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 18258 18263
115. G. Wei J.-E. Shea Biophys. J. 2006 91 1638 1647
116. D. Zanuy B. Ma R. Nussinov Biophys. J. 2003 84 1884 1894
117. T. Sato P. Kienlen-Campard M. Ahmed W. Liu H. Li J. I. Elliott S. Aimoto S. N. Constantinescu J. N. Octave S. O. Smith Biochemistry 2006 45 5503 5516
118. J. Zheng B. Ma C.-J. Tsai R. Nussinov Biophys. J. 2006 91 824 833
119. E. D. Ross A. Minton R. B. Wickner Nat. Cell Biol. 2005 7 1039 1044
120. M. F. Perutz T. Johnson M. Suzuki J. T. Finch Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 5355 5358
121. E. Gazit FASEB J. 2002 16 77 83
122. O. S. Makin E. Atkins P. Sikorski J. Johansson L. C. Serpell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 315 320
123. R. Azriel E. Gazit J. Biol. Chem. 2001 276 34156 34161
124. G. Wei N. Mousseau P. Derreumaux Biophys. J. 2004 87 3648 3656
125. A. T. Petkova Y. Ishii J. J. Balbach O. N. Antzutkin R. D. Leapman F. Delaglio R. Tycko Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 16742 16747
126. A. K. Paravastu R. D. Leapman W.-M. Yau R. Tycko Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18349 18354
127. K. Iwata T. Fujiwara Y. Matsuki H. Akutsu S. Takahashi H. Naiki Y. Goto Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 18119 18124
128. N. Ferguson J. Becker H. Tidow S. Tremmel T. D. Sharpe G. Krause J. Flinders M. Petrovich J. Berriman H. Oschkinat A. R. Fersht Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 16248 16253
129. N. F. Dupuis C. Wu J.-E. Shea M. T. Bowers J. Am. Chem. Soc. 2009 131 18283 18292
130. C. Wu J.-E. Shea PLoS Comput. Biol. 2013 9 e1003211
131. S. Luca W.-M. Yau R. Leapman R. Tycko Biochemistry 2007 46 13505 13522
132. A. Naito I. Kawamura Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007 1768 1900 1912
133. B. Ma R. Nussinov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 14126 14131
134. J. Zheng B. Ma Y. Chang R. Nussinov Front. Biosci. 2008 13 3919 3930
135. X. Yu Q. Wang J. Zheng Biophys. J. 2010 99 666 674
136. J. Zheng X. Yu J. Wang J.-C. Yang Q. Wang J. Phys. Chem. B 2010 114 463 470
137. L. Li J. Zheng Int. J. Liq. State Sci. 2009 1 1 13
138. J. Zheng H. Jang B. Ma R. Nussinov J. Phys. Chem. B 2008 112 6856 6865
139. X. Yu J. Zheng PLoS One 2011 6 e20575
140. Y. Masuda K. Irie K. Murakami H. Ohigashi R. Ohashi K. Takegoshi T. Shimizu T. Shirasawa Bioorg. Med. Chem. 2005 13 6803 6809
141. B. Tarus J. E. Straub D. Thirumalai J. Am. Chem. Soc. 2006 128 16159 16168
142. J. Zhao X. Yu G. Liang J. Zheng Biomacromolecules 2011 12 210 220
143. N.-V. Buchete R. Tycko G. Hummer J. Mol. Biol. 2005 353 804 821
144. N.-V. Buchete G. Hummer Biophys. J. 2007 92 3032 3039
145. G. Reddy J. E. Straub D. Thirumalai Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 21459 21464
146. D. Thirumalai G. Reddy J. E. Straub Acc. Chem. Res. 2012 45 83 92
147. J. A. Lemkul D. R. Bevan ACS Chem. Neurosci. 2012 3 845 856
148. R. I. Lehrer T. Ganz Curr. Opin. Immunol. 1999 11 23 27
149. M. Stefani FEBS J. 2010 277 4602 4613
150. X. Yu Q. Wang Q. Pan F. Zhou J. Zheng Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 8878 8889
151. L. A. Kurgan W. Stach J. Ruan J. Theor. Biol. 2007 248 354 366
152. J. L. Fauchere V. Pliska Eur. J. Med. Chem. 1983 18 369 375
153. M. Pasupuleti A. Schmidtchen A. Chalupka L. Ringstad M. Malmsten PLoS One 2009 4 e5285
154. K. Hilpert R. Volkmer-Engert T. Walter R. E. W. Hancock Nat. Biotechnol. 2005 23 1008 1012
155. P. Gkeka L. Sarkisov J. Phys. Chem. B 2009 114 826 839
156. J. Lear Z. Wasserman W. DeGrado Science 1988 240 1177 1181
157. H. J. Pownall A. Hu A. M. Gotto J. J. Albers J. T. Sparrow Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1980 77 3154 3158
158. J. P. Bradshaw M. J. M. Darkes T. A. Harroun J. Katsaras R. M. Epand Biochemistry 2000 39 6581 6585
159. Y. K. Reshetnyak O. A. Andreev U. Lehnert D. M. Engelman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 6460 6465
160. A. Ramamoorthy S. Thennarasu D.-K. Lee A. Tan L. Maloy Biophys. J. 2006 91 206 216
161. S. Bhattacharjya A. Ramamoorthy FEBS J. 2009 276 6465 6473
162. A. Ramamoorthy D.-K. Lee T. Narasimhaswamy R. P. R. Nanga Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2010 1798 223 227
163. M. Hong Y. Su Protein Sci. 2011 20 641 655
164. X. Chen Z. Chen Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2006 1758 1257 1273
165. C. W. Avery E. F. Palermo A. McLaughlin K. Kuroda Z. Chen Anal. Chem. 2011 83 1342 1349
166. A. S. Ladokhin M. E. Selsted S. H. White Biochemistry 1999 38 12313 12319
167. J. Turner Y. Cho N. N. Dinh A. J. Waring R. I. Lehrer Antimicrob. Agents Chemother. 1998 42 2206 2214
168. S. J. Marrink A. H. de Vries D. P. Tieleman Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 149 168
169. P. La Rocca P. C. Biggin D. P. Tieleman M. S. P. Sansom Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1999 1462 185 200
170. E. Matyus C. Kandt D. P. Tieleman Curr. Med. Chem. 2007 14 2789 2798
171. G. Illya M. Deserno Biophys. J. 2008 95 4163 4173
172. S. J. Irudayam M. L. Berkowitz Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2012 1818 2975 2981
173. H. Bouvrais P. Méléard T. Pott K. J. Jensen J. Brask J. H. Ipsen Biophys. Chem. 2008 137 7 12
174. G. Guigas M. Weiss Biophys. J. 2006 91 2393 2398
175. A. Zemel A. Ben-Shaul S. May Biophys. J. 2004 86 3607 3619
176. E. Gazit I. R. Miller P. C. Biggin M. S. P. Sansom Y. Shai J. Mol. Biol. 1996 258 860 870
177. R. G. Panchal M. L. Smart D. N. Bowser D. A. Williams S. Petrou Curr. Pharm. Biotechnol. 2002 3 99 115
178. R. F. Epand W. L. Maloy A. Ramamoorthy R. M. Epand Biochemistry 2010 49 4076 4084
179. R. M. Epand R. F. Epand Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 289 294
180. S. M. Gregory A. Pokorny P. F. F. Almeida Biophys. J. 2009 96 116 131
181. H. W. Huang Biochemistry 2000 39 8347 8352
182. Y. Wu K. He S. J. Ludtke H. W. Huang Biophys. J. 1995 68 2361 2369
183. W. T. Heller A. J. Waring R. I. Lehrer T. A. Harroun T. M. Weiss L. Yang H. W. Huang Biochemistry 2000 39 139 145
184. K. Matsuzaki K.-i. Sugishita N. Ishibe M. Ueha S. Nakata K. Miyajima R. M. Epand Biochemistry 1998 37 11856 11863
185. A. Mecke D.-K. Lee A. Ramamoorthy B. G. Orr M. M. Banaszak Holl Biophys. J. 2005 89 4043 4050
186. K. A. Brogden Nat. Rev. Microbiol. 2005 3 238 250
187. B. Bechinger K. Lohner Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2006 1758 1529 1539
188. Y. Shai Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1999 1462 55 70
189. D.-K. Lee J. R. Brender M. F. M. Sciacca J. Krishnamoorthy C. Yu A. Ramamoorthy Biochemistry 2013 52 3254 3263
190. P. Yang A. Ramamoorthy Z. Chen Langmuir 2011 27 7760 7767
191. A. Bhunia P. N. Domadia J. Torres K. J. Hallock A. Ramamoorthy S. Bhattacharjya J. Biol. Chem. 2010 285 3883 3895
192. B. S. Vad K. Bertelsen C. H. Johansen J. M. Pedersen T. Skrydstrup N. C. Nielsen D. E. Otzen Biophys. J. 2010 98 576 585
193. F. Porcelli B. Buck D.-K. Lee K. J. Hallock A. Ramamoorthy G. Veglia J. Biol. Chem. 2004 279 45815 45823
194. U. H. N. Dürr U. S. Sudheendra A. Ramamoorthy Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2006 1758 1408 1425
195. J. R. Brender K. Hartman K. R. Reid R. T. Kennedy A. Ramamoorthy Biochemistry 2008 47 12680 12688
196. J. D. Knight J. A. Hebda A. D. Miranker Biochemistry 2006 45 9496 9508
197. L. Ringstad A. Schmidtchen M. Malmsten Langmuir 2006 22 5042 5050
198. L. Ringstad L. Kacprzyk A. Schmidtchen M. Malmsten Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007 1768 715 727
199. L. Ringstad E. A. Nordahl A. Schmidtchen M. Malmsten Biophys. J. 2007 92 87 98
200. A. A. Strömstedt M. Pasupuleti A. Schmidtchen M. Malmsten Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 1916 1923
201. K. R. MacKenzie Chem. Rev. 2006 106 1931 1977
202. N. Arispe J. C. Diaz O. Simakova Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007 1768 1952 1965
203. Y. Gong L. Chang K. L. Viola P. N. Lacor M. P. Lambert C. E. Finch G. A. Krafft W. L. Klein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 10417 10422
204. R. M. Murphy Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007 1768 1923 1934
205. H. Lin R. Bhatia R. Lal FASEB J. 2001 15 2433 2444
206. H. A. Lashuel D. Hartley B. M. Petre T. Walz P. T. Lansbury Nature 2002 418 291
207. N. Arispe H. B. Pollard E. Rojas Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 10573 10577
208. Y. Hirakura B. L. Kagan Amyloid 2001 8 94 100
209. M. Kawahara Y. Kuroda Brain Res. Bull. 2000 53 389 397
210. E. Sparr M. F. M. Engel D. V. Sakharov M. Sprong J. Jacobs B. de Kruijff J. W. M. Höppener J. A. Killian FEBS Lett. 2004 577 117 120
211. J. R. Brender U. H. N. Dürr D. Heyl M. B. Budarapu A. Ramamoorthy Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007 1768 2026 2029
212. M. F. M. Sciacca J. R. Brender D.-K. Lee A. Ramamoorthy Biochemistry 2012 51 7676 7684
213. M. Michikawa J.-S. Gong Q.-W. Fan N. Sawamura K. Yanagisawa J. Neurosci. 2001 21 7226 7235
214. K. Sasahara K. Morigaki T. Okazaki D. Hamada Biochemistry 2012 51 6908 6919
215. C. H. Davis M. L. Berkowitz Biophys. J. 2009 96 785 797
216. C. H. Davis M. L. Berkowitz J. Phys. Chem. B 2009 113 14480 14486
217. C. H. Davis M. L. Berkowitz Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010 78 2533 2545
218. R. Huang S. Vivekanandan J. R. Brender Y. Abe A. Naito A. Ramamoorthy J. Mol. Biol. 2012 416 108 120
219. S. B. Fowler S. Poon R. Muff F. Chiti C. M. Dobson J. Zurdo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 10105 10110
220. S. S. S. Wang T. A. Good D. L. Rymer Protein Sci. 2005 14 1419 1428
221. A. A. Nicolai V. C. Svetlana I. Urule S. W. Christopher V. V. Alexei J. Neurochem. 1997 69 1746 1752
222. C. Cecchi D. Nichino M. Zampagni C. Bernacchioni E. Evangelisti A. Pensalfini G. Liguri A. Gliozzi M. Stefani A. Relini Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 2204 2216
223. A. Colell A. Fernández J. Fernández-Checa J. Bioenerg. Biomembr. 2009 41 417 423
224. S.-R. Ji Y. Wu S.-f. Sui J. Biol. Chem. 2002 277 6273 6279
225. M.-S. Lin L.-Y. Chen S. S. S. Wang Y. Chang W.-Y. Chen Colloids Surf., B 2008 65 172 177
226. T. Okada K. Ikeda M. Wakabayashi M. Ogawa K. Matsuzaki J. Mol. Biol. 2008 382 1066 1074
227. J. A. Lemkul D. R. Bevan Protein Sci. 2011 20 1530 1545
228. M. F. M. Engel H. Yigittop R. C. Elgersma D. T. S. Rijkers R. M. J. Liskamp B. de Kruijff J. W. M. Höppener J. A. Killian J. Mol. Biol. 2006 356 783 789
229. K. Balali-Mood R. H. Ashley T. Hauß J. P. Bradshaw FEBS Lett. 2005 579 1143 1148
230. E. M. Jones M. Dubey P. J. Camp B. C. Vernon J. Biernat E. Mandelkow J. Majewski E. Y. Chi Biochemistry 2012 51 2539 2550
231. J. A. Lemkul D. R. Bevan Arch. Biochem. Biophys. 2008 470 54 63
232. F. Tofoleanu N.-V. Buchete Prion 2012 6 339 345
233. F. Tofoleanu N.-V. Buchete J. Mol. Biol. 2012 421 572 586
234. M. F. M. Engel L. Khemtemourian C. C. Kleijer H. J. D. Meeldijk J. Jacobs A. J. Verkleij B. de Kruijff J. A. Killian J. W. M. Hoppener Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 6033 6038
235. B. Huang J. He J. Ren X.-Y. Yan C.-M. Zeng Biochemistry 2009 48 5794 5800
236. S. Grudzielanek A. Velkova A. Shukla V. Smirnovas M. Tatarek-Nossol H. Rehage A. Kapurniotu R. Winter J. Mol. Biol. 2007 370 372 384
237. M. M. Sousa I. Cardoso R. Fernandes A. Guimarães M. J. Saraiva Am. J. Pathol. 2001 159 1993 2000
238. J. R. Brender E. L. Lee M. A. Cavitt A. Gafni D. G. Steel A. Ramamoorthy J. Am. Chem. Soc. 2008 130 6424 6429
239. E. Gazit W.-J. Lee P. T. Brey Y. Shai Biochemistry 1994 33 10681 10692
240. N. Rangarajan S. Bakshi J. C. Weisshaar Biochemistry 2013 52 6584 6594
241. B. Bechinger J. Membr. Biol. 1997 156 197 211
242. K. Matsuzaki K. Sugishita N. Fujii K. Miyajima Biochemistry 1995 34 3423 3429
243. T. M. Domingues K. A. Riske A. Miranda Langmuir 2010 26 11077 11084
244. B. Mattei A. Miranda K. R. Perez K. A. Riske Langmuir 2014 30 3513 3521
245. C. El Amri C. Lacombe K. Zimmerman A. Ladram M. Amiche P. Nicolas F. Bruston Biochemistry 2006 45 14285 14297
246. Z. O. Shenkarev S. V. Balandin K. I. Trunov A. S. Paramonov S. V. Sukhanov L. I. Barsukov A. S. Arseniev T. V. Ovchinnikova Biochemistry 2011 50 6255 6265
247. H. Zhao A. C. Rinaldi A. Di Giulio M. Simmaco P. K. J. Kinnunen Biochemistry 2002 41 4425 4436
248. A. K. Mahalka P. K. J. Kinnunen Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 1600 1609
249. X. Chen J. Wang C. B. Kristalyn Z. Chen Biophys. J. 2007 93 866 875
250. W. C. Wimley S. H. White Biochemistry 1999 39 161 170
251. B. Leitgeb A. Szekeres L. Manczinger C. Vágvölgyi L. Kredics Chem. Biodiversity 2007 4 1027 1051
252. Y. Bessin N. Saint L. Marri D. Marchini G. Molle Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2004 1667 148 156
253. D. Raimondo G. Andreotti N. Saint P. Amodeo G. Renzone M. Sanseverino I. Zocchi G. Molle A. Motta A. Scaloni Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 6309 6314
254. C. Hamai T. Yang S. Kataoka P. S. Cremer S. M. Musser Biophys. J. 2006 90 1241 1248
255. K. Matsuzaki S. Yoneyama O. Murase K. Miyajima Biochemistry 1996 35 8450 8456
256. M. P. dos Santos Cabrera D. S. Alvares N. B. Leite B. Monson de Souza M. S. Palma K. A. Riske J. o. Ruggiero Neto Langmuir 2011 27 10805 10813
257. S. H. White W. C. Wimley Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999 28 319 365
258. N. Arispe E. Rojas H. B. Pollard Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 567 571
259. J. C. Diaz O. Simakova K. A. Jacobson N. Arispe H. B. Pollard Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 3348 3353
260. H. Jang J. Zheng R. Nussinov Biophys. J. 2007 93 1938 1949
261. H. Jang F. T. Arce R. Capone S. Ramachandran R. Lal R. Nussinov Biophys. J. 2009 97 3029 3037
262. H. Jang F. T. Arce S. Ramachandran R. Capone R. Lal R. Nussinov J. Phys. Chem. B 2010 114 9445 9451
263. T. A. Mirzabekov M.-c. Lin B. L. Kagan J. Biol. Chem. 1996 271 1988 1992
264. M. Mustata R. Capone H. Jang F. T. Arce S. Ramachandran R. Lal R. Nussinov J. Am. Chem. Soc. 2009 131 14938 14945
265. H. A. Lashuel B. M. Petre J. Wall M. Simon R. J. Nowak T. Walz J. P. T. Lansbury J. Mol. Biol. 2002 322 1089 1102
266. L. Wang H. A. Lashuel T. Walz W. Colón Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 15947 15952
267. P. E. S. Smith J. R. Brender A. Ramamoorthy J. Am. Chem. Soc. 2009 131 4470 4478
268. R. Soong J. R. Brender P. M. Macdonald A. Ramamoorthy J. Am. Chem. Soc. 2009 131 7079 7085
269. A. K. Paravastu A. T. Petkova R. Tycko Biophys. J. 2006 90 4618 4629
270. C. S. Goldsbury G. J. S. Cooper K. N. Goldie S. A. Muller E. L. Saafi W. T. M. Gruijters M. P. Misur A. Engel U. Aebi J. Kistler J. Struct. Biol. 1997 119 17 27
271. J. S. Pedersen C. B. Andersen D. E. Otzen FEBS J. 2010 277 4591 4601
272. A. Demuro E. Mina R. Kayed S. C. Milton I. Parker C. G. Glabe J. Biol. Chem. 2005 280 17294 17300
273. H. Jang F. T. Arce S. Ramachandran R. Capone R. Lal R. Nussinov J. Mol. Biol. 2010 404 917 934
274. J. Zhao Y. Luo H. Jang X. Yu G. Wei R. Nussinov J. Zheng Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2012 1818 3121 3130
275. Z. Chang Y. Luo Y. Zhang G. Wei J. Phys. Chem. B 2010 115 1165 1174
276. J. Zhao R. Hu M. F. M. Sciacca J. R. Brender H. Chen A. Ramamoorthy J. Zheng Phys. Chem. Chem. Phys. 2014 16 2368 2377
277. R. Capone M. Mustata H. Jang F. T. Arce R. Nussinov R. Lal Biophys. J. 2010 98 2644 2652
278. M. R. Nilsson C. M. Dobson Biochemistry 2003 42 375 382
279. H. Zhao A. Jutila T. Nurminen S. A. Wickstrom J. Keski-Oja P. K. J. Kinnunen Biochemistry 2005 44 2857 2863
280. H. Zhao R. Sood A. Jutila S. Bose G. Fimland J. Nissen-Meyer P. K. J. Kinnunen Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2006 1758 1461 1474
281. K. Hartman J. R. Brender K. Monde A. Ono M. L. Evans N. Popovych M. R. Chapman A. Ramamoorthy PeerJ 2013 1 e5
282. J. S. Olsen J. T. M. DiMaio T. M. Doran C. Brown B. L. Nilsson S. Dewhurst J. Biol. Chem. 2012 287 11842 11849
283. H. Jenssen C. D. Fjell A. Cherkasov R. E. W. Hancock J. Pept. Sci. 2008 14 110 114
284. G. Liang Y. Liu B. Shi J. Zhao J. Zheng PLoS One 2013 8 e67844
285. A. E. Roher J. D. Lowenson S. Clarke A. S. Woods R. J. Cotter E. Gowing M. J. Ball Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 10836 10840
286. S. Chimon Y. Ishii J. Am. Chem. Soc. 2005 127 13472 13473
287. C. Goldsbury K. Goldie J. Pellaud J. Seelig P. Frey S. A. Muller J. Kistler G. J. S. Cooper U. Aebi J. Struct. Biol. 2000 130 352 362
288. J. J. W. Wiltzius S. A. Sievers M. R. Sawaya D. Cascio D. Popov C. Riekel D. Eisenberg Protein Sci. 2008 17 1467 1474
289. H. Heise W. Hoyer S. Becker O. C. Andronesi D. Riedel M. Baldus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 15871 15876
290. M. Goedert Nat. Rev. Neurosci. 2001 2 492 501
291. C. M. Beach M. C. De Beer J. D. Sipe L. D. Loose F. C. De Beer Biochem. J. 1992 282 615 620
292. F. J. Stevens Amyloid 2004 11 71 80
293. G. Lee N. Cowan M. Kirschner Science 1988 239 285 288
294. N. Hirokawa Y. Shiomura S. Okabe J. Cell Biol. 1988 107 1449 1459
295. G. J. Cooper Endocr. Rev. 1994 15 163 201
296. G. W. Platt V. J. McParland A. P. Kalverda S. W. Homans S. E. Radford J. Mol. Biol. 2005 346 279 294
297. C. M. Dobson Nature 2005 435 747 749
298. P. Walsh P. Neudecker S. Sharpe J. Am. Chem. Soc. 2010 132 7684 7695
299. F. López García R. Zahn R. Riek K. Wüthrich Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 8334 8339
300. J. Johansson Biochim. Biophys. Acta, Mol. Basis Dis. 1998 1408 161 172
301. N. Mandard P. Bulet A. Caille S. Daffre F. Vovelle Eur. J. Biochem. 2002 269 1190 1198
302. M. A. Fázio V. X. Oliveira P. Bulet M. T. M. Miranda S. Daffre A. Miranda Pept. Sci. 2006 84 205 218
303. T. A. Cross, in Methods Enzymol., ed., B. F. Gregg, Academic Press, 1997, vol. 289, pp. 672-696, IN673-IN674
304. D. D. Busath Annu. Rev. Physiol. 1993 55 473 501
305. D. A. Kelkar A. Chattopadhyay Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007 1768 2011 2025
306. D. E. Shalev A. Mor I. Kustanovich Biochemistry 2002 41 7312 7317
307. R. Feder A. Dagan A. Mor J. Biol. Chem. 2000 275 4230 4238
308. C. B. Park K.-S. Yi K. Matsuzaki M. S. Kim S. C. Kim Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 8245 8250
309. G.-S. Yi C. B. Park S. C. Kim C. Cheong FEBS Lett. 1996 398 87 90
310. R. K. Arni R. J. Ward Toxicon 1996 34 827 841
311. B. v. den Berg M. Tessari R. Boelens R. Dijkman G. H. de Hass R. Kaptein H. M. Verheij Nat. Struct. Mol. Biol. 1995 2 402 406
312. Y. Matoba Y. Katsube M. Sugiyama J. Biol. Chem. 2002 277 20059 20069
313. T. J. Falla D. N. Karunaratne R. E. W. Hancock J. Biol. Chem. 1996 271 19298 19303
314. M. V. Sawai H. P. Jia L. Liu V. Aseyev J. M. Wiencek P. B. McCray T. Ganz W. R. Kearney B. F. Tack Biochemistry 2001 40 3810 3816
315. M. Mandal R. Nagaraj J. Pept. Res. 2002 59 95 104
316. M. Bruix M. A. Jimenez J. Santoro C. Gonzalez F. J. Colilla E. Mendez M. Rico Biochemistry 1993 32 715 724