Structural convergence among diverse, toxic β-sheet ion channels

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 29, 2010, Pages 9445-9451

  Jang, Hyunbum ^a   Teran Arce, Fernando ^b   Ramachandran, Srinivasan ^b   Capone, Ricardo ^b   Lal, Ratnesh ^b   Nussinov, Ruth ^a,c  

^a SAIC FREDERICK INC   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^c TEL AVIV UNIVERSITY   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CALCIUM; IONS; LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS; ORGANIC ACIDS; TOXIC MATERIALS;

AFM; AMINO ACID SEQUENCE; BI-LAYER; CALCIUM OVERLOAD; CELL DAMAGE; CHANNEL DIMENSION; CHANNEL SIZES; DIFFERENT SIZES; INTRIGUING QUESTIONS; ION CHANNEL; ION CONDUCTANCE; IONIC FLUXES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; OPTIMAL CHANNELS; PEPTIDE SEQUENCES; PROTEGRIN-1; SINGLE CHANNELS; U-SHAPED;

PEPTIDES;

EID: 77954949785     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp104073k     Document Type: Article

References (55)

1. Quist, A.; Doudevski, I.; Lin, H.; Azimova, R.; Ng, D.; Frangione, B.; Kagan, B.; Ghiso, J.; Lal, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 10427-10432
2. Arispe, N.; Pollard, H. B.; Rojas, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 10573-10577
3. Arispe, N.; Pollard, H. B.; Rojas, E. Mol. Cell. Biochem. 1994, 140, 119-125
4. Arispe, N.; Pollard, H. B.; Rojas, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 1710-1715
5. Arispe, N.; Diaz, J. C.; Flora, M. Biophys. J. 2008, 95, 4879-4889
6. Capone, R.; Quiroz, F. G.; Prangkio, P.; Saluja, I.; Sauer, A. M.; Bautista, M. R.; Turner, R. S.; Yang, J.; Mayer, M. Neurotox. Res. 2009, 16, 1-13
7. Hirakura, Y.; Lin, M. C.; Kagan, B. L. J. Neurosci. Res. 1999, 57, 458-466
8. Hirakura, Y.; Yiu, W. W.; Yamamoto, A.; Kagan, B. L. Amyloid 2000, 7, 194-199
9. Kawahara, M.; Arispe, N.; Kuroda, Y.; Rojas, E. Biophys. J. 1997, 73, 67-75
10. Kawahara, M.; Kuroda, Y. Brain Res. Bull. 2000, 53, 389-397
11. Kawahara, M.; Kuroda, Y.; Arispe, N.; Rojas, E. J. Biol. Chem. 2000, 275, 14077-14083
12. Kourie, J. I.; Henry, C. L.; Farrelly, P. Cell. Mol. Neurobiol. 2001, 21, 255-284
13. Lin, H.; Zhu, Y. J.; Lal, R. Biochemistry 1999, 38, 11189-11196
14. Lin, H.; Bhatia, R.; Lal, R. FASEB J. 2001, 15, 2433-2444
15. Rhee, S. K.; Quist, A. P.; Lal, R. J. Biol. Chem. 1998, 273, 13379-13382
16. Simakova, O.; Arispe, N. J. Biochemistry 2006, 45, 5907-5915
17. Zhu, Y. J.; Lin, H.; Lal, R. FASEB J. 2000, 14, 1244-1254
18. Kagan, B. L. Science 2005, 307, 42-43; author reply pp 42-43
19. Selkoe, D. J. Nature 1991, 354, 432-433
20. Kayed, R.; Sokolov, Y.; Edmonds, B.; McIntire, T. M.; Milton, S. C.; Hall, J. E.; Glabe, C. G. J. Biol. Chem. 2004, 279, 46363-46366
21. Sokolov, Y.; Kozak, J. A.; Kayed, R.; Chanturiya, A.; Glabe, C.; Hall, J. E. J. Gen. Physiol. 2006, 128, 637-647
22. Bucciantini, M.; Giannoni, E.; Chiti, F.; Baroni, F.; Formigli, L.; Zurdo, J.; Taddei, N.; Ramponi, G.; Dobson, C. M.; Stefani, M. Nature 2002, 416, 507-511
23. Walsh, D. M.; Klyubin, I.; Fadeeva, J. V.; Cullen, W. K.; Anwyl, R.; Wolfe, M. S.; Rowan, M. J.; Selkoe, D. J. Nature 2002, 416, 535-539
24. Singh, R.; Barman, A.; Prabhakar, R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2990-2999
25. Nunan, J.; Small, D. H. FEBS Lett. 2000, 483, 6-10
26. Thinakaran, G.; Koo, E. H. J. Biol. Chem. 2008, 283, 29615-29619
27. Jang, H.; Arce, F. T.; Ramachandran, S.; Capone, R.; Azimova, R.; Kagan, B. L.; Nussinov, R.; Lal, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 6538-6543
28. Lalowski, M.; Golabek, A.; Lemere, C. A.; Selkoe, D. J.; Wisniewski, H. M.; Beavis, R. C.; Frangione, B.; Wisniewski, T. J. Biol. Chem. 1996, 271, 33623-33631
29. Jang, H.; Zheng, J.; Nussinov, R. Biophys. J. 2007, 93, 1938-1949
30. Jang, H.; Zheng, J.; Lal, R.; Nussinov, R. Trends Biochem. Sci. 2008, 33, 91-100
31. Jang, H.; Arce, F. T.; Capone, R.; Ramachandran, S.; Lal, R.; Nussinov, R. Biophys. J. 2009, 97, 3029-3037
32. Jang, H.; Ma, B.; Lal, R.; Nussinov, R. Biophys. J. 2008, 95, 4631-4642
33. Mustata, M.; Capone, R.; Jang, H.; Arce, F. T.; Ramachandran, S.; Lal, R.; Nussinov, R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 14938-14945
34. Luhrs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Dobeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17342-17347
35. Petkova, A. T.; Yau, W. M.; Tycko, R. Biochemistry 2006, 45, 498-512
36. Ma, B.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14126-14131
37. Iwata, K.; Fujiwara, T.; Matsuki, Y.; Akutsu, H.; Takahashi, S.; Naiki, H.; Goto, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 18119-18124
38. Ferguson, N.; Becker, J.; Tidow, H.; Tremmel, S.; Sharpe, T. D.; Krause, G.; Flinders, J.; Petrovich, M.; Berriman, J.; Oschkinat, H.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 16248-16253
39. Lin, M. C.; Mirzabekov, T.; Kagan, B. L. J. Biol. Chem. 1997, 272, 44-47
40. Hirakura, Y.; Azimov, R.; Azimova, R.; Kagan, B. L. J. Neurosci. Res. 2000, 60, 490-494
41. Hirakura, Y.; Kagan, B. L. Amyloid 2001, 8, 94-100
42. Zheng, J.; Ma, B.; Nussinov, R. Phys. Biol. 2006, 3, P1-4
43. Zheng, J.; Jang, H.; Ma, B.; Tsai, C. J.; Nussinov, R. Biophys. J. 2007, 93, 3046 - 3057.
44. Zheng, J.; Jang, H.; Ma, B.; Nussinov, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6856-6865
45. Capone, R.; Mustata, M.; Jang, H.; Arce, F. T.; Nussinov, R.; Lal, R. Biophys. J. 2010, 98, 2644-2652
46. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
47. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
48. Smart, O. S.; Goodfellow, J. M.; Wallace, B. A. Biophys. J. 1993, 65, 2455-2460
49. Frishman, D.; Argos, P. Proteins 1995, 23, 566-579
50. Wriggers, W.; Mehler, E.; Pitici, F.; Weinstein, H.; Schulten, K. Biophys. J. 1998, 74, 1622-1639
51. Brogden, K. A. Nat. Rev. Microbiol. 2005, 3, 238-250
52. Roux, B. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2005, 34, 153-171
53. Tombola, F.; Pathak, M. M.; Isacoff, E. Y. Annu. Rev. Cell. Dev. Biol. 2006, 22, 23-52
54. Chakrabarti, N.; Neale, C.; Payandeh, J.; Pai, E. F.; Pomes, R. Biophys. J. 2010, 98, 784-792
55. Miller, Y.; Ma, B.; Nussinov, R. Chem. Rev. 2010, (in press) DOI: 10.1021/cr900377t.