Principles of protein-protein interactions: What are the preferred ways for proteins to interact?

Chemical Reviews

Volumn 108, Issue 4, 2008, Pages 1225-1244

  Keskin, Ozlem ^a,d   Gursoy, Attila ^a   Ma, Buyong ^b   Nussinov, Ruth ^b,c,d  

^a KOÇ UNIVERSITY   (Turkey)

^b SAIC FREDERICK INC   (United States)

^c TEL AVIV UNIVERSITY   (Israel)

^d NATIONAL CANCER INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASSOCIATION REACTIONS; ATOMS; MOLECULAR INTERACTIONS; MOLECULAR STRUCTURE; SOLVENTS;

PROTEIN ASSOCIATIONS; PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS;

PROTEINS;

PROTEIN;

ALLOSTERISM; BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; METABOLISM; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; REVIEW;

ALLOSTERIC REGULATION; BINDING SITES; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS;

EID: 43149092276     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr040409x     Document Type: Review

References (225)

1. Aytuna, A. S.; Gursoy, A.; Keskin, O. Bioinformatics 2005, 21, 2850.
2. Malmstrom, L.; Riffle, M.; Strauss, C. E.; Chivian, D.; Davis, T. N.; Bonneau, R.; Baker, D. PLoS Biol. 2007, 5, e76.
3. Nariai, N.; Kolaczyk, E. D.; Kasif, S. PLoS ONE 2007, 2, e337.
4. Punta, M.; Forrest, L. R.; Bigelow, H.; Kemytsky, A.; Liu, J.; Rost, B. Methods 2007, 41, 460.
5. Sharan, R.; Ulitsky, I.; Shamir, R. Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 88.
6. Watson, J. D.; Sanderson, S.; Ezersky, A.; Savchenko, A.; Edwards, A.; Orengo, C.; Joachimiak, A.; Laskowski, R. A.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 2007, 367, 1511.
7. Ewing, R. M.; Chu, P.; Elisma, F.; Li, H.; Taylor, P.; Climie, S.; McBroom-Cerajewski, L.; Robinson, M. D.; O'Connor, L.; Li, M.; Taylor, R.; Dharsee, M.; Ho, Y.; Heilbut, A.; Moore, L.; Zhang, S.; Ornatsky, O.; Bukhman, Y. V.; Ethier, M.; Sheng, Y.; Vasilescu, J.; Abu-Farha, M.; Lambert, J. P.; Duewel, H. S.; Stewart, II; Kuehl, B.; Hogue, K.; Colwill, K.; Gladwish, K.; Muskat, B.; Kinach, R.; Adams, S. L.; Moran, M. F.; Morin, G. B.; Topaloglou, T.; Figeys, D. Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 89.
8. Hart, G. T.; Ramani, A. K.; Marcotte, E. M. Genome Biol. 2006, 7, 120.
9. Kim, P. M.; Lu, L. J.; Xia, Y.; Gerstein, M. B. Science 2006, 314, 1938.
10. Rachlin, J.; Cohen, D. D.; Cantor, C.; Kasif, S. Mol. Syst. Biol. 2006, 2, 66.
11. Yip, A. M.; Horvath, S. BMC Bioinformatics 2007, 8, 22.
12. Cho, K. I.; Lee, K.; Lee, K. H.; Kim, D.; Lee, D. Proteins 2006, 65, 593.
13. Keskin, O.; Nussinov, R. Structure 2007, 15, 341.
14. Maerkl, S. J.; Quake, S. R. Science 2007, 315, 233.
15. Mintseris, J.; Weng, Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 10930.
16. Morell, M.; Espargaro, A.; Aviles, F. X.; Ventura, S. Proteomics 2007, 7, 1023.
17. Nooren, I. M.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 2003, 325, 991.
18. Sprinzak, E.; Altuvia, Y.; Margalit, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 14718.
19. Tsai, C. J.; Lin, S. L.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. Protein Sci. 1997, 6, 53.
20. Tsai, C. J.; Xu, D.; Nussinov, R. Protein Sci. 1997, 6, 1793.
21. Young, L.; Jernigan, R. L.; Covell, D. G. Protein Sci. 1994, 3, 717.
22. Norel, R.; Sheinerman, F.; Pettey, D.; Honig, B. Protein Sci. 2001, 10, 2147.
23. Sheinerman, F. B.; Honig, B. J. Mol. Biol. 2002, 318, 161.
24. Sheinerman, F. B.; Norel, R.; Honig, B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 153.
25. Xu, D.; Lin, S. L.; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 1997, 265, 68.
26. Kleanthous, C. Protein-protein recognition; Oxford University Press: Oxford, New York, 2000.
27. Bahadur, R. P.; Chakrabarti, P.; Rodier, F.; Janin, J. J. Mol. Biol. 2004, 336, 943.
28. Halperin, I.; Ma, B.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Proteins 2002, 47, 409.
29. Halperin, I.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Structure 2004, 12, 1027.
30. Janin, J.; Rodier, F.; Chakrabarti, P.; Bahadur, R. P. Acta Crystallogr., Sect. D 2007, 63, 1.
31. Jones, S.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1997, 272, 133.
32. Keskin, O.; Ma, B.; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 2005, 345, 1281.
33. Keskin, O.; Ma, B.; Rogale, K.; Gunasekaran, K.; Nussinov, R. Phys. Biol. 2005, 2, S24.
34. Laskowski, R. A.; Luscombe, N. M.; Swindells, M. B.; Thornton, J. M. Protein Sci. 1996, 5, 2438.
35. Mintz, S.; Shulman-Peleg, A.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. Proteins 2005, 61, 6.
36. Nooren, I. M.; Thornton, J. M. EMBO J. 2003, 22, 3486.
37. Reichmann, D.; Rahat, O.; Cohen, M.; Neuvirth, H.; Schreiber, G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 67.
38. Haliloglu, T.; Keskin, O.; Ma, B.; Nussinov, R. Biophys. J. 2005, 88, 1552.
39. Li, X.; Keskin, O.; Ma, B.; Nussinov, R.; Liang, J. J. Mol. Biol. 2004, 344, 781.
40. Neuvirth, H.; Raz, R.; Schreiber, G. J. Mol. Biol. 2004, 338, 181.
41. Reichmann, D.; Cohen, M.; Abramovich, R.; Dym, O.; Lim, D.; Strynadka, N. C.; Schreiber, G. J. Mol. Biol. 2007, 365, 663.
42. Reichmann, D.; Rahat, O.; Albeck, S.; Meged, R.; Dym, O.; Schreiber, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 57.
43. Gunasekaran, K.; Ma, B.; Nussinov, R. Proteins 2004, 57, 433.
44. Chong, P. A.; Ozdamar, B.; Wrana, J. L.; Forman-Kay, J. D. J. Biol. Chem. 2004, 279, 40707.
45. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005, 6, 197.
46. Dyson, H. J.; Wright, P. E. IUBMB Life 2006, 58, 107.
47. Gunasekaran, K.; Tsai, C. J.; Kumar, S.; Zanuy, D.; Nussinov, R. Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 81.
48. Kortemme, T.; Kelly, M. J.; Kay, L. E.; Forman-Kay, J.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 2000, 297, 1217.
49. Mittag, T.; Forman-Kay, J. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 3.
50. Shortle, D.; Ackerman, M. S. Science 2001, 293, 487.
51. Dosztanyi, Z.; Chen, J.; Dunker, A. K.; Simon, I.; Tompa, P. J. Proteome Res. 2006, 5, 2985.
52. Camacho, C. J.; Ma, H.; Champ, P. C. Proteins 2006, 63, 868.
53. Camacho, C. J.; Vajda, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 36.
54. Joerger, A. C.; Fersht, A. R. Oncogene 2007, 26, 2226.
55. Kim, E.; Deppert, W. Oncogene 2007, 26, 2185.
56. Inbar, Y.; Benyamini, H.; Nussinov, R.; Wolfson, H. J. Phys. Biol. 2005, 2, S156.
57. Inbar, Y.; Benyamini, H.; Nussinov, R.; Wolfson, H. J. J. Mol. Biol. 2005, 349, 435.
58. Schneidman-Duhovny, D.; Nussinov, R.; Wolfson, H. J. Curr. Med. Chem. 2004, 11, 91.
59. Fuentes, E. J.; Gilmore, S. A.; Mauldin, R. V.; Lee, A. L. J. Mol. Biol. 2006, 364, 337.
60. James, L. C.; Roversi, P.; Tawfik, D. S. Science 2003, 299, 1362.
61. Lindner, A. B.; Eshhar, Z.; Tawfik, D. S. J. Mol. Biol. 1999, 285, 421.
62. Ma, B.; Kumar, S.; Tsai, C. J.; Nussinov, R. Protein Eng. 1999, 12, 713.
63. Demchenko, A. P. J. Mol. Recognit. 2001, 14, 42.
64. Fetler, L.; Kantrowitz, E. R.; Vachette, P. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 495.
65. Kumar, S.; Ma, B.; Tsai, C. J.; Sinha, N.; Nussinov, R. Protein Sci. 2000, 9, 10.
66. Popovych, N.; Sun, S.; Ebright, R. H.; Kalodimos, C. G. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 831.
67. Binkowski, T. A.; Joachimiak, A.; Liang, J. Protein Sci. 2005, 14, 2972.
68. Dundas, J.; Ouyang, Z.; Tseng, J.; Binkowski, A.; Turpaz, Y.; Liang, J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, W116.
69. Glaser, F.; Rosenberg, Y.; Kessel, A.; Pupko, T.; Ben-Tal, N. Proteins. 2005, 58, 610.
70. Jones, S.; Marin, A.; Thornton, J. M. Protein Eng. 2000, 13, 77.
71. Nimrod, G.; Glaser, F.; Steinberg, D.; Ben-Tal, N.; Pupko, T. Bioinformatics 2005, 21 (Suppl 1), i328.
72. Shanahan, H. P.; Thornton, J. M. Biopolymers 2005, 78, 318.
73. Dill, K. A.; Fiebig, K. M.; Chan, H. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 1942.
74. Kolinski, A.; Galazka, W.; Skolnick, J. Proteins 1996, 26, 271.
75. Tsai, C. J.; Nussinov, R. Protein Sci. 1997, 6, 1426.
76. Clackson, T.; Wells, J. A. Science 1995, 267, 383.
77. Karpusas, M.; Baase, W. A.; Matsumura, M.; Matthews, B. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 8237.
78. Albeck, S.; Unger, R.; Schreiber, G. J. Mol. Biol. 2000, 298, 503.
79. ) Pal, G.; Ultsch, M. H.; Clark, K. P.; Currell, B.; Kossiakoff, A. A.; Sidhu, S. S. J. Mol. Biol. 2005, 347, 489.
80. Teufel, D. P.; Kao, R. Y.; Acharya,: K. R.; Shapiro, R. Biochemistry 2003, 42, 1451.
81. Yang, J.; Swaminathan, C. P.; Huang, Y.; Guan, R.; Cho, S.; Kieke, M. C.; Kranz, D. M.; Mariuzza, R. A.; Sundberg, E. J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 50412.
82. Yang, P. L.; Schultz, P. G. J. Mol. Biol. 1999, 294, 1191.
83. e, S.; Krishnadev, O.; Srinivasan, N.; Rekha, N. BMC Struct. Biol. 2005, 5, 15.
84. Gao, Y.; Wang, R.; Lai, L. J. Mol. Model. 2004, 10, 44.
85. Kim, W. K.; Henschel, A.; Winter, C.; Schroeder, M. PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e124.
86. Lu, H.; Lu, L.; Skolnick, J. Biophys. J. 2003, 84, 1895.
87. Ogmen, U.; Keskin, O.; Aytuna, A. S.; Nussinov, R.; Gursoy, A. Nucleic Acids Res. 2005, 33, W331.
88. Saha, R. P.; Bahadur, R. P.; Chakrabarti, P. J. Proteome Res. 2005, 4, 1600.
89. Bordner, A. J.; Abagyan, R. Proteins 2005, 60, 353.
90. Elcock, A. H.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2990.
91. Korn, A. P.; Burnett, R. M. Proteins 1991, 9, 37.
92. Kufareva, I.; Budagyan, L.; Raush, E.; Totrov, M.; Abagyan, R. Proteins 2007, 67, 400.
93. Lo Conte, L.; Chothia, C.; Janin, J. J. Mol. Biol. 1999, 285, 2177.
94. Jones, S.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1997, 272, 121.
95. Li, Y.; Huang, Y.; Swaminathan, C. P.; Smith-Gill, S. J.; Mariuzza, R. A. Structure 2005, 13, 297.
96. Ofran, Y.; Rost, B. J. Mol. Biol. 2003, 325, 377.
97. Bahadur, R. P.; Chakrabarti, P.; Rodier, F.; Janin, J. Proteins 2003, 53, 708.
98. Cunningham, B. C.; Wells, J. A. Science 1989, 244, 1081.
99. Clackson, T.; Ultsch, M. H.; Wells, J. A.; de Vos, A. M. J. Mol. Biol. 1998, 277, 1111.
100. Cho, S.; Swaminathan, C. P.; Yang, J.; Kerzic, M. C.; Guan, R.; Kieke, M. C.; Kranz, D. M.; Mariuzza, R. A.; Sundberg, E. J. Structure 2005, 13, 1775.
101. Thorn, K. S.; Bogan, A. A. Bioinformatics 2001, 17, 284.
102. Guerois, R.; Nielsen, J. E.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 2002, 320, 369.
103. Kortemme, T.; Baker, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14116.
104. Hu, Z.; Ma, B.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Proteins 2000, 39, 331.
105. Ma, B.; Elkayam, T.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5772.
106. Bogan, A. A.; Thom, K. S. J. Mol. Biol. 1998, 280, 1.
107. Schreiber, G.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1995, 248, 478.
108. Clodfelter, K. H.; Waxman, D. J.; Vajda, S. Biochemistry 2006, 45, 9393.
109. Rajamanj, D.; Tbiel, S.; Vajda, S.; Camacho, C. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 11287.
110. Smith, G. R.; Sternberg, M. J.; Bates, P. A. J. Mol. Biol. 2005, 347, 1077.
111. Erdemli, S. B.; Yogurtcu, O. N.; Turkay, M.; Nussinov, R.; Keskin, O. Biophys. J. 2008.
112. Landon, M. R.; Lancia, D. R., Jr.; Yu, J.; Thiel, S. C.; Vajda, S. J. Med. Chem. 2007, 50, 1231.
113. Keskin, O.; Tsai, C. J.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Protein Sci. 2004, 13, 1043.
114. Keskin, O.; Nussinov, R. Protein Eng. Des. Sel. 2005, 18, 11.
115. Moult, J.; Melamud, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 384.
116. Andreeva, A.; Howorth, D.; Brenner, S. E.; Hubbard, T. J.; Chothia, C.; Murzin, A. G. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D226.
117. Finkelstein, A. V.; Ptitsyn, O. B. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1987, 50, 171.
118. Kohn, K. W.; Aladjem, M. I. Mol. Syst. Biol. 2006, 2, 2006 0002.
119. Kohn, K. W.; Aladjem, M. I.; Weinstein, J. N.; Pommier, Y. Mol. Biol. Cell 2006, 17, 1.
120. Bullock, A. N.; Debreczeni, J. E.; Edwards, A. M.; Sundstrom, M.; Knapp, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 7637.
121. Kamura, T.; Maenaka, K.; Kotoshiba, S.; Matsumoto, M.; Kohda, D.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W.; Nakayama, K. I. Genes Dev. 2004, 18, 3055.
122. Beckett, D. Biochemistry 2004, 43, 7983.
123. Beckett, D. Phys. Biol. 2005, 2, S67.
124. Block, P.; Paem, J.; Hullermeier, E.; Sanschagrin, P.; Sotriffer, C. A.; Klebe, G. Proteins 2006, 65, 607.
125. Winter, C.; Henschel, A.; Kim, W. K.; Schroeder, M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D310.
126. Gunasekaran, K.; Tsai, C. J.; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 2004, 341, 1327.
127. Pappu, R. V.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12565.
128. Baldwin, R. L.; Zimm, B. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12391.
129. Tran, H. T.; Wang, X.; Pappu, R. V. Biochemistry 2005, 44, 11369.
130. Wang, X.; Vitalis, A.; Wyczalkowski, M. A.; Pappu, R. V. Proteins 2006, 63, 297.
131. Keskin, O.; Yuret, D.; Gursoy, A.; Turkay, M.; Erman, B. Proteins 2004, 55, 992.
132. Bowers, P. M.; Pellegrini, M.; Thompson, M. J.; Fierro, J.; Yeates, T. O.; Eisenberg, D. Genome Biol. 2004, 5, R35.
133. Huang, T. W.; Tien, A. C.; Huang, W. S.; Lee, Y. C.; Peng, C. L.; Tseng, H. H.; Kao, C. Y.; Huang, C. Y. Bioinformatics 2004, 20, 3273.
134. Han, D. S.; Kim, H. S.; Jang, W. H.; Lee, S. D.; Suh, J. K. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6312.
135. Berman, H.; Henrick, K.; Nakamura, H.; Markley, J. L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D301.
136. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P,; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141.
137. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature 2002, 415, 180.
138. Salwinski, L.; Miller, C. S.; Smith, A. J.; Pettit, F. K.; Bowie, J. U.; Eisenberg, D. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D449.
139. Uetz, P.; Giot, L.; Cagney, G.; Mansfield, T. A.; Judson, R. S.; Knight, J. R.; Lockshon, D.; Narayan, V.; Srinivasan, M.; Pochart, P.; Qureshi-Emili, A.; Li, Y.; Godwin, B.; Conover, D.; Kalbfleisch, T.; Vijayadamodar, G.; Yang, M.; Johnston, M.; Fields, S.; Rothberg, J. M. Nature 2000, 403, 623.
140. Fontes, M. R.; Teh, T.; Kobe, B. J. Mol. Biol. 2000, 297, 1183.
141. Kobe, B. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 388.
142. Bayliss, R.; Littlewood, T.; Strawn, L. A.; Wente, S. R.; Stewart, M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 50597.
143. Cingolani, G.; Bednenko, J.; Gillespie, M. T.; Gerace, L. Mol. Cell 2002, 10, 1345.
144. Fazi, B.; Cope, M. J.; Douangamath, A.; Ferracuti, S.; Schirwitz, K.; Zucconi, A.; Drubin, D. G.; Wilmanns, M.; Cesareni, G.; Castagnoli, L. J. Biol. Chem. 2002, 277, 5290.
145. Gao, Y. G.; Yan, X. Z.; Song, A. X.; Chang, Y. G.; Gan, X. C.; Jiang, N.; Zhang, Q.; Hu, H. Y. Structure 2006, 14, 1755.
146. Lewitzky, M.; Harkiolaki, M.; Domart, M. C.; Jones, E. Y.; Feller, S. M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 28724.
147. Yuan, T.; Vogel, H. J. J. Biol. Chem. 1998, 273, 30328.
148. Ishida, H.; Nakashima, K.; Kumaki, Y.; Nakata, M.; Hikichi, K.; Yazawa, M. Biochemistry 2002, 41, 15536.
149. Zhang, M.; Yuan, T. Biochem. Cell. Biol. 1998, 76, 313.
150. Garcia, B. A.; Hake, S. B.; Diaz, R. L.; Kauer, M.; Morris, S. A.; Recht, J.; Shabanowitz, J.; Mishra, N.; Strahl, B. D.; Allis, C. D.; Hunt, D. F. J. Biol. Chem. 2007, 282, 7641.
151. Taverna, S. D.; Ueberheide, B. M.; Liu, Y.; Tackett, A. J.; Diaz, R. L.; Shabanowitz, J.; Chait, B. T.; Hunt, D. F.; Allis, C. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2086.
152. Orlicky, S.; Tang, X.; Willems, A.; Tyers, M.; Sicheri, F. Cell 2003, 112, 243.
153. Smith, T. F.; Gaitatzes, C.; Saxena, K.; Neer, E. J. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 181.
154. Groft, C. M.; Beckmann, R.; Sali, A.; Burley, S. K. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 1156.
155. Sagermann, M.; Stevens, T. H.; Matthews, B. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 7134.
156. Main, E. R.; Lowe, A. R.; Mochrie, S. G.; Jackson, S. E.; Regan, L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 464.
157. Magliery; T. J.; Regan, L. BMC Bioinformatics 2005, 6, 240.
158. Voges, D.; Zwickl, P.; Baumeister, W. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 1015.
159. Liu, J.; Pan, Y.; Ma, B.; Nussinov, R. Structure 2006, 14, 1811.
160. Boggon, T. J.; Eck, M. J. Oncogene 2004, 23, 7918.
161. Krogan, N. J.; Peng, W. T.; Cagney, G.; Robinson, M. D.; Haw, R.; Zhong, G.; Guo, X.; Zhang, X.; Canadien, V.; Richards, D. P.; Beattie, B. K.; Lalev, A.; Zhang, W.; Davierwala, A. P.; Mnaimneh, S.; Starostine, A.; Tikuisis, A. P.; Grigull, J.; Datta, N.; Bray, J. E.; Hughes, T. R.; Emili, A.; Greenblatt, J. F. Mol. Cell 2004, 13, 225.
162. Krause, R.; von Mering, C.; Bork, P.; Dandekar, T. Bioessays 2004, 26, 1333.
163. Demirel, M. C.; Keskin, O. J. Biomol. Struct. Dyn. 2005, 22, 381.
164. Ekman, D.; Light, S.; Bjorklund, A. K.; Elofsson, A. Genome Biol. 2006, 7, R45.
165. Bloom, J. D.; Adami, C. BMC Evol. Biol. 2003, 3, 21.
166. Caffrey, D. R.; Somaroo, S.; Hughes, J. D.; Mintseris, J.; Huang, E. S. Protein Sci. 2004, 13, 190.
167. Fraser, H. B.; Hirsh, A. E.; Steinmetz, L. M.; Scharfe, C.; Feldman, M. W. Science 2002, 296, 750.
168. Jordan, I. K.; Wolf, Y. I.; Koonin, E. V. BMC Evol. Biol. 2003, 3, 1.
169. Grigoriev, A. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 4157.
170. Futreal, P. A.; Liu, Q.; Shattuck-Eidens, D.; Cochran, C.; Harshman, K.; Tavtigian, S.; Bennett, L. M.; Haugen-Strano, A.; Swensen, J.; Miki, Y., et al. Science 1994, 266, 120.
171. Miki, Y.; Swensen, J.; Shattuck-Eidens, D.; Futreal, P. A.; Harshman, K.; Tavtigian, S.; Liu, Q.; Cochran, C.; Bennett, L. M.; Ding, W., et al. Science 1994, 266, 66.
172. Koonin, E. V.; Altschul, S. F.; Bork, P. Nat. Genet. 1996, 13, 266.
173. Derbyshire, D. J.; Basu, B. P.; Serpell, L. C.; Joo, W. S.; Date, T.; Iwabuchi, K.; Doherty, A. J. EMBO J. 2002, 21, 3863.
174. Joo, W. S.; Jeffrey, P. D.; Cantor, S. B.; Finnin, M. S.; Livingston, D. M.; Pavletich, N. P. Genes Dev. 2002, 16, 583.
175. Sibanda, B. L.; Critchlow, S. E.; Begun, J.; Pei, X. Y.; Jackson, S. P.; Blundell, T. L.; Pellegrini, L. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 1015.
176. Glover, J. N.; Williams, R. S.; Lee, M. S. Trends Biochem. Sci. 2004, 29, 579.
177. Chai, Y. L.; Cui, J.; Shao, N.; Shyam, E.; Reddy, P.; Rao, V. N. Oncogene 1999, 18, 263.
178. Hartman, A. R.; Ford, J. M. J. Mol. Med. 2003, 81, 700.
179. MacLachlan, T. K.; Takimoto, R.; El-Deiry, W. S. Mol. Cell. Biol. 2002, 22, 4280.
180. Navaraj, A.; Mori, T.; El-Deiry, W. S. Cancer Biol. Ther. 2005, 4, 1409.
181. Mark, W. Y.; Liao, J. C.; Lu, Y.; Ayed, A.; Laister, R.; Szymczyna, B.; Chakrabartty, A.; Arrowsmith, C. H. J. Mol. Biol. 2005, 345, 275.
182. Iwabuchi, K.; Bartel, P. L.; Li, B.; Marraccino, R.; Fields, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 6098.
183. Ekblad, C. M.; Friedler, A.; Veprintsev, D.; Weinberg, R. L.; Itzhaki, L. S. Protein Sci. 2004, 13, 617.
184. Bai, Y.; Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Englander, S. W. Science 1995, 269, 192.
185. Kim, K. S.; Woodward, C. Biochemistry 1993, 32, 9609.
186. Woodward, C. Trends Biochem. Sci. 1993, 18, 359.
187. Elber, R. Biophys. J. 2007, 92, L85.
188. Elber, R.; Karplus, M. Science 1987, 235, 318.
189. Selivanova, G.; Wiman, K. G. Oncogene 2007, 26, 2243.
190. Hupp, T. R.; Lane, D. P. Curr. Biol. 1994, 4, 865.
191. Lu, X.; Lane, D. P. Cell 1993, 75, 765.
192. Espinosa, J. M.; Emerson, B. M. Mol. Cell 2001, 8, 57.
193. McKinney, K.; Mattia, M.; Gottifredi, V.; Prives, C. Mol. Cell 2004, 16, 413.
194. McKinney, K.; Prives, C. Mol. Cell. Biol. 2002, 22, 6797.
195. Fields, S.; Jang, S. K. Science 1990, 249, 1046.
196. Bell, S.; Klein, C.; Muller, L.; Hansen, S.; Buchner, J. J. Mol. Biol. 2002, 322, 917.
197. Paltoglou, S.; Roberts, B. J. Oncogene 2007, 26, 604.
198. Hofmann, K. P.; Spahn, C. M.; Heinrich, R.; Heinemann, U. Trends Biochem. Sci. 2006, 31, 497.
199. Bork, P.; Serrano, L. Cell 2005, 121, 507.
200. Yip, C. K.; Kimbrough, T. G.; Felise, H. B.; Vuckovic, M.; Thomas, N. A.; Pfuetzner, R. A.; Frey, E. A.; Finlay, B. B.; Miller, S. I.; Strynadka, N. C. Nature 2005, 435, 702.
201. Alber, F.; Dokudovskaya, S.; Veenhoff, L. M.; Zhang, W.; Kipper, J.; Devos, D.; Suprapto, A.; Karni-Schmidt, O.; Williams, R.; Chait, B. T.; Rout, M. P.; Sali, A. Nature 2007, 450, 683.
202. Alber, F.; Dokudovskaya, S.; Veenhoff, L. M.; Zhang, W.; Kipper, J.; Devos, D.; Suprapto, A.; Karni-Schmidt, O.; Williams, R.; Chait, B. T.; Sali, A.; Rout, M. P. Nature 2007, 450, 695.
203. Mintseris, J.; Weng, Z. Proteins 2003, 53, 629.
204. Ponstingl, H.; Henrick, K.; Thornton, J. M. Proteins 2000, 41, 47.
205. Cho, Y.; Gorina, S.; Jeffrey, P. D.; Pavletich, N. P. Science 1994, 265, 346.
206. Ho, W. C.; Fitzgerald, M. X.; Marmorstein, R. J. Biol. Chem. 2006, 281, 20494.
207. Kitayner, M.; Rozenberg, H.; Kessler, N.; Rabinovich, D.; Shaulov, L.; Haran, T. E.; Shakked, Z. Mol. Cell 2006, 22, 741.
208. Bradford, J. R.; Needham, C. J.; Bulpitt, A. J.; Westhead, D. R. J. Mol. Biol. 2006, 362, 365.
209. Liang, S.; Zhang, C.; Liu, S.; Zhou, Y. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3698.
210. Bowie, J. U.; Luthy, R.; Eisenberg, D. Science 1991, 253, 164.
211. Jones, S.; Thornton, J. M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 3.
212. Bilodeau, P. S.; Winistorfer, S. C.; Allaman, M. M.; Surendhran, K.; Kearney, W. R.; Robertson, A. D.; Piper, R. C. J. Biol. Chem. 2004, 279, 54808.
213. Zhu, G.; Zhai, P.; He, X.; Wakeham, N.; Rodgers, K.; Li, G.; Tang, J.; Zhang, X. C. EMBO J. 2004, 23, 3909.
214. Wright, C. S.; Zhao, Q.; Rastinejad, F. J. Mol. Biol. 2003, 331, 951.
215. Schueler-Furman, O.; Wang, C.; Bradley, P.; Misura, K.; Baker, D. Science 2005, 310, 638.
216. Korkin, D.; Davis, F. P.; Alber, F.; Luong, T.; Shen, M. Y.; Lucic, V.; Kennedy, M. B.; Sali, A. PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e153.
217. Aloy, P.; Ceulemans, H.; Stark, A.; Russell, R. B. J. Mol. Biol. 2003, 332, 989.
218. Henschel, A.; Kim, W. K.; Schroeder, M. Bioinformatics 2006, 22, 550.
219. Van Regenmortel, M. H. J. Mol. Recognit. 1999, 12, 1.
220. Keskin, O.; Jernigan, R. L.; Bahar, I. Biophys. J. 2000, 78, 2093.
221. Ma, B.; Shatsky, M.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. Protein Sci. 2002, 11, 184.
222. Ma, B.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 364.
223. Sinha, N.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 3139.
224. Fukuhara, N.; Fernandez, E.; Ebert, J.; Conti, E.; Svergun, D. J. Biol. Chem. 2004, 279, 2176.
225. Xenarios, I.; Rice, D. W.; Salwinski, L.; Baron, M. K.; Marcotte, E. M.; Eisenberg, D. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 289.