Computer-aided drug design applied to beta and gamma secretase inhibitors-perspectives for new Alzheimer disease therapy

Current Enzyme Inhibition

Volumn 2, Issue 4, 2006, Pages 311-328

  Avram, Speranta ^a   Milac, Adina L ^b   Mihailescu, Dan F ^a   Dabu, Aurelia ^c   Flonta, Maria L ^a  

^a UNIVERSITY OF BUCHAREST   (Romania)

^b INSTITUTE OF BIOCHEMISTRY OF THE ROMANIAN ACADEMY   (Romania)

^c CAROL DAVILA UNIVERSITY OF MEDICINE AND PHARMACY   (Romania)

Author keywords

Alzheimer's disease; Computational chemistry; Gamma and beta secretases inhibition

Indexed keywords

ALZHEIMER DISEASE VACCINE; AMYLOID BETA PROTEIN; AMYLOID BETA PROTEIN[1-42]; ANTILIPEMIC AGENT; BENZODIAZEPINE DERIVATIVE; BENZOFURAN DERIVATIVE; BETA SECRETASE; BETA SECRETASE INHIBITOR; CHELATING AGENT; CLIOQUINOL; DOCKING PROTEIN; ENZYME INHIBITOR; ESTROGEN; FLURBIPROFEN; GAMMA SECRETASE; GAMMA SECRETASE INHIBITOR; HYDROXYMETHYLGLUTARYL COENZYME A REDUCTASE INHIBITOR; HYPOCHOLESTEROLEMIC AGENT; IBUPROFEN; INDOMETACIN; JMV 1195; JMV 2764; KMI 008; MV 167; MW 167; NONSTEROID ANTIINFLAMMATORY AGENT; OLIGOSACCHARIDE; TAU PROTEIN; TETRAPEPTIDE; UNCLASSIFIED DRUG; UNINDEXED DRUG; URETHAN DERIVATIVE;

ALZHEIMER DISEASE; ANTIINFLAMMATORY ACTIVITY; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; CHROMOSOME ABERRATION; CLINICAL TRIAL; COMPARATIVE MOLECULAR FIELD ANALYSIS; COMPARATIVE MOLECULAR SIMILARITY INDICES ANALYSIS; COMPUTER AIDED DESIGN; DEMENTIA; DISEASE PREDISPOSITION; DRUG DESIGN; ENZYME ACTIVITY; ENZYME INHIBITION; ENZYME PHOSPHORYLATION; HUMAN; MOLECULAR DYNAMICS; NEUROFIBRILLARY TANGLE; NEUROPATHOLOGY; NONHUMAN; PATHOGENESIS; PROTEIN DEGRADATION; QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION; REVIEW;

EID: 33750696316     PISSN: 15734080     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/157340806778699307     Document Type: Review

References (137)

1. Harrison, T.; Beher, D. Prog. Med. Chem., 2003, 41, 99-127.
2. Blennow, K. J. Intern. Med., 2004, 256, 224-234.
3. Blennow, K. NeuroRx., 2004, 1, 213-225.
4. Roberts, S. B. Adv. Drug Deliv. Rev., 2002, 54, 1579-1588.
5. Maiorini, A. F.; Gaunt, M. J.; Jacobsen, T. M.; McKay, A. E.; Waldman, L. D.; Raffa, R. B. J. Clin. Pharm. Ther., 2002, 27, 169-183.
6. Ghiso, J.; Frangione, B. Adv., Drug Deliv. Rev., 2002, 54, 1539-1551.
7. Morris, J. C. Geriatrics, 2005, Suppl, 9-14.
8. Bertram, L.; Tanzi, R. E. Pharmacol. Res., 2004, 50, 385-396.
9. Michaelis, M. L. J. Pharmacol. Exp. Ther., 2003, 304, 897-904.
10. Chandra, V.; Bharucha, N. E.; Schoenberg, B. S. Neurology, 1986, 36, 209-211.
11. Wolfson, C.; Wolfson, D. B.; Asgharian, M.; M'Lan, C. E.; Ostbye, T.; Rockwood, K.; Hogan, D. B. N. Engl. J. Med., 2001, 344, 1111-1116.
12. Lai, F.; Kammann, E.; Rebeck, G. W.; Anderson, A.; Chen, Y.; Nixon, R. A. Neurology, 1999, 53, 331-336.
13. Zlokovic, B. V. Adv. Drug Deliv. Rev., 2002, 54, 1553-1559.
14. Gandy, S. Neurobiol, Aging., 2002, 23, 1009-1016.
15. de la Torre, J. C. Stroke, 2002, 33, 1152-1162.
16. Grammas, P.; Yamada, M.; Zlokovic, B. J. Alzheimers Dis., 2002, 4, 217-223.
17. Evin, G.; Weidemann, A. Peptides, 2002, 23, 1285-1297.
18. Nukina, N.; Ihara, Y. J. Biochem. (Tokyo), 1986, 99, 1541-1544.
19. Selkoe, D. J. Physiol. Rev., 2001, 81, 741-766.
20. Spillantini, M. G.; Crowther, R. A.; Goedert, M. Acta Neuropathol. (Berl), 1996, 92, 42-48.
21. Tanzi, R. E.; Gusella, J. F.; Watkins, P. C.; Bruns, G. A.; St George-Hyslop, P.; Van Keuren, M. L.; Patterson, D.; Pagan, S.; Kurnit, D. M.; Neve, R. L. Science, 1987, 235, 880-884.
22. Rumble, B.; Retallack, R.; Hilbich, C.; Simms, G.; Multhaup, G.; Martins, R.; Hockey, A.; Montgomery, P.; Beyreuther, K.; Masters, C. L. N. Engl. J. Med, 1989, 320, 1446-1452.
23. Wolfe, M. S. J. Med Chem., 2001, 44, 2039-2060.
24. Esler, W. P.; Wolfe, M. S. Science, 2001, 293, 1449-1454.
25. Czech, C.; Tremp, G.; Pradier, L. Prog. Neurobiol., 2000, 60, 363-384.
26. Okuizumi, K.; Onodera, O.; Namba, Y.; Ikeda, K.; Yamamoto, T.; Seki, K.; Ueki, A.; Nanko, S.; Tanaka, H.; Takahashi, H.; Oyanagi, K.; Mizusawa, H.; Kanazawa, I.; Tsuji, S. Nat. Genet., 1995, 11, 207-209.
27. Myers, A.; Wavrant De-Vrieze, F.; Holmans, P.; Hamshere, M.; Crook, R.; Compton, D.; Marshall, H.; Meyer, D.; Shears, S.; Booth, J.; Ramic, D.; Knowles, H.; Morris, J. C.; Williams, N.; Norton, N.; Abraham, R.; Kehoe, P.; Williams, H.; Rudrasingham, V.; Rice, F.; Giles, P.; Tunstall, N.; Jones, L.; Lovestone, S.; Williams, J.; Owen, M. J.; Hardy, J.; Goate, A., 2002, 114, 235-244.
28. Moorhead, P. S.; Heyman, A. Am. J. Med. Genet., 1983, 14, 545-556.
29. Glenner, G. G.; Wong, C. W. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1984, 120, 885-890.
30. Masters, C. L.; Simms, G.; Weinman, N. A.; Multhaup, G.; McDonald, B. L.; Beyreuther, K. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1985, 82, 4245-4249.
31. Haass, C.; Schlossmacher, M. G.; Hung, A. Y.; Vigo-Pelfrey, C.; Mellon, A.; Ostaszewski, B. L.; Lieberburg, I.; Koo, E. H.; Schenk, D.; Teplow, D. B. Nature, 1992, 359, 322-325.
32. Haass, C.; Selkoe, D. J. Cell, 1993, 75, 1039-1042.
33. Kang, J.; Lemaire, H. G.; Unterbeck, A.; Salbaum, J. M.; Masters, C. L.; Grzeschik, K. H.; Multhaup, G.; Beyreuther, K.; Muller-Hill, B. Nature, 1987, 325, 733-736.
34. Rossjohn, J.; Cappai, R.; Feil, S. C.; Henry, A.; McKinstry, W. J.; Galatis, D.; Hesse, L.; Multhaup, G.; Beyreuther, K.; Masters, C. L.; Parker, M. W. Nat. Struct. Biol, 1999, 6, 327-331.
35. Caporaso, G. L.; Gandy, S. E.; Buxbaum, J. D.; Ramabhadran, T. V.; Greengard, P. Proc. Natl. Acad Sci. USA, 1992, 89, 3055-3059.
36. Walter, J.; Capell, A.; Hung, A. Y.; Langen, H.; Schnolzer, M.; Thinakaran, G.; Sisodia, S. S.; Selkoe, D. J.; Haass, C. J. Biol. Chem., 1997, 272, 1896-1903.
37. Multhaup, G.; Mechler, H.; Masters, C. L. J. Mol. Recognit., 1995, 8, 247-257.
38. Small, D. H.; Nurcombe, V.; Reed, G.; Clarris, H.; Moir, R.; Beyreuther, K.; Masters, C. L. J. Neurosci., 1994, 14, 2117-2127.
39. Beher, D.; Hesse, L.; Masters, C. L.; Multhaup, G. J. Biol. Chem., 1996, 271, 1613-1620.
40. Higaki, J.; Quon, D.; Zhong, Z.; Cordell, B. Neuron, 1995, 14, 651-659.
41. Bush, A. I.; Multhaup, G.; Moir, R. D.; Williamson, T. G.; Small, D. H.; Rumble, B.; Pollwein, P.; Beyreuther, K.; Masters, C. L. J. Biol. Chem., 1993, 268, 16109-16112.
42. Culvenor, J. G.; Friedhuber, A.; Fuller, S. J.; Beyreuther, K.; Masters, C. L. Exp. Cell. Res., 1995, 220, 474-481.
43. Nunan, J.; Small, D. H. FEBS Lett., 2000, 483, 6-10.
44. Buxbaum, J. D.; Liu, K. N.; Luo, Y.; Slack, J. L.; Stocking, K. L.; Peschon, J. J.; Johnson, R. S.; Castner, B. J.; Cerretti, D. P.; Black, R. A. J. Biol. Chem., 1998, 273, 27765-27767.
45. Lammich, S.; Kojro, E.; Postina, R.; Gilbert, S.; Pfeiffer, R.; Jasionowski, M.; Haass, C.; Fahrenholz, F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 3922-3927.
46. Vassar, R.; Bennett, B. D.; Babu-Khan, S.; Kahn, S.; Mendiaz, E. A.; Denis, P.; Teplow, D. B.; Ross, S.; Amarante, P.; Loeloff, R.; Luo, Y.; Fisher, S.; Fuller, J.; Edenson, S.; Lile, J.; Jarosinski, M. A.; Biere, A. L.; Curran, E.; Burgess, T.; Louis, J. C.; Collins, F.; Treanor, J.; Rogers, G.; Citron, M. Science, 1999, 286, 735-741.
47. Kienlen-Campard, P.; Miolet, S.; Tasiaux, B.; Octave, J. N. J. Biol. Chem., 2002, 277, 15666-15670.
48. Klafki, H. W.; Wiltfang, J.; Staufenbiel, M. Anal. Biochem., 1996, 237, 24-29.
49. Gandy, S.; Petanceska, S. Adv. Exp. Med. Biol., 2001, 487, 85-100.
50. Asami-Odaka, A.; Ishibashi, Y.; Kikuchi, T.; Kitada, C.; Suzuki, N. Biochemistry, 1995, 34, 10272-10278.
51. Verdile, G.; Fuller, S.; Atwood, C. S.; Laws, S. M.; Gandy, S. E.; Martins, R. N. Pharmacol. Res., 2004, 50, 397-409.
52. Blennow, K.; Vanmechelen, E.; Hampel, H. Mol. Neurobiol., 2001, 24, 87-97.
53. Lewczuk, P.; Esselmann, H.; Meyer, M.; Wollscheid, V.; Neumann, M.; Otto, M.; Maler, J. M.; Ruther, E.; Kornhuber, J.; Wiltfang, J. Rapid Commun. Mass. Spectrom., 2003, 17, 1291-1296.
54. Vigo-Pelfrey, C.; Lee, D.; Keim, P.; Lieberburg, I.; Schenk, D. B. J. Neurochem., 1993, 61, 1965-1968.
55. Wiltfang, J.; Esselmann, H.; Bibl, M.; Smirnov, A.; Otto, M.; Paul, S.; Schmidt, B.; Klafki, H. W.; Maler, M.; Dyrks, T.; Bienert, M.; Beyermann, M.; Ruther, E.; Kornhuber, J. J. Neurochem., 2002, 81, 481-496.
56. Cuajungco, M. P.; Goldstein, L. E.; Nunomura, A.; Smith, M. A.; Lim, J. T.; Atwood, C. S.; Huang, X.; Farrag, Y. W.; Perry, G.; Bush, A. I. J. Biol. Chem., 2000, 275, 19439-19442.
57. Rottkamp, C. A.; Raina, A. K.; Zhu, X.; Gaier, E.; Bush, A. I.; Atwood, C. S.; Chevion, M.; Perry, G.; Smith, M. A. Free Radic. Biol. Med, 2001, 30, 447-450.
58. Curtain, C. C.; Ali, F. E.; Smith, D. G.; Bush, A. I.; Masters, C. L.; Barnham, K. J. J. Biol. Chem., 2003, 278, 2977-2982.
59. Gouras, G. K.; Tsai, J.; Naslund, J.; Vincent, B.; Edgar, M.; Checler, F.; Greenfield, J. P.; Haroutunian, V.; Buxbaum, J. D.; Xu, H.; Greengard, P.; Relkin, N. R. Am. J. Pathol., 2000, 156, 15-20.
60. Cotman, C. W.; Su, J. H. Brain. Pathol., 1996, 6, 493-506.
61. Refolo, L. M.; Malester, B.; LaFrancois, J.; Bryant-Thomas, T.; Wang, R.; Tint, G. S.; Sambamurti, K.; Duff, K.; Pappolla, M. A. Neurobiol. Dis., 2000, 7, 321-331.
62. Lim, G. P.; Yang, F.; Chu, T.; Chen, P.; Beech, W.; Teter, B.; Tran, T.; Ubeda, O.; Ashe, K. H.; Frautschy, S. A.; Cole, G. M. J. Neurosci., 2000, 20, 5709-5714.
63. Cherny, R. A.; Atwood, C. S.; Xilinas, M. E.; Gray, D. N.; Jones, W. D.; McLean, C. A.; Barnham, K. J.; Volitakis, I.; Fraser, F. W.; Kim, Y.; Huang, X.; Goldstein, L. E.; Moir, R. D., Lim, J. T.; Beyreuther, K.; Zheng, H.; Tanzi, R. E.; Masters, C. L.; Bush, A. I. Neuron, 2001, 30, 665-676.
64. Bard, F.; Cannon, C.; Barbour, R.; Burke, R. L.; Games, D.; Grajeda, H.; Guido, T.; Hu, K.; Huang, J.; Johnson-Wood, K.; Khan, K.; Kholodenko, D.; Lee, M.; Lieberburg, I.; Motter, R.; Nguyen, M.; Soriano, F.; Vasquez, N.; Weiss, K.; Welch, B.; Seubert, P.; Schenk, D.; Yednock, T. Nat. Med., 2000, 6, 916-919.
65. Wilquet, V.; De Strooper, B. Curr. Opin. Neurobiol., 2004, 14, 582-588.
66. Hussain, I.; Powell, D.; Howlett, D. R.; Tew, D. G.; Meek, T. D.; Chapman, C.; Gloger, I. S.; Murphy, K. E.; Southan, C. D.; Ryan, D. M.; Smith, T. S.; Simmons, D. L.; Walsh, F. S.; Dingwall, C.; Christie, G. Mol. Cell. Neurosci, 1999, 14, 419-427.
67. Tienari, P. J.; Ida, N.; Ikonen, E.; Simons, M.; Weidemann, A.; Multhaup, G.; Masters, C. L.; Dotti, C. G.; Beyreuther, K. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 4125-4130.
68. Sisodia, S. S.; Koo, E. H.; Beyreuther, K.; Unterbeck, A.; Price, D. L. Science, 1990, 248, 492-495.
69. Citron, M. Neurobiol. Aging., 2002, 23, 1017-1022.
70. Haniu, M.; Denis, P.; Young, Y.; Mendiaz, E. A.; Fuller, J.; Hui, J. O.; Bennett, B. D.; Kahn, S.; Ross, S.; Burgess, T.; Katta, V.; Rogers, G.; Vassar, R.; Citron, M. J. Biol. Chem., 2000, 275, 21099-21106.
71. Bennett, B. D.; Denis, P.; Haniu, M.; Teplow, D. B.; Kahn, S.; Louis, J. C.; Citron, M.; Vassar, R. J. Biol. Chem., 2000, 275, 37712-37717.
72. Citron, M. Nat. Neurosci., 2002, 5, 1055-1057.
73. Wolfe, M. S. Curr. Top. Med. Chem., 2002, 2, 371-383.
74. Farzan, M.; Schnitzler, C. E.; Vasilieva, N.; Leung, D.; Choe, H. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 9712-9717.
75. Citron, M. Trends Pharmacol. Sci., 2004, 25, 92-97.
76. Basi, G.; Frigon, N.; Barbour, R.; Doan, T.; Gordon, G.; McConlogue, L.; Sinha, S.; Zeller, M. J. Biol. Chem., 2003, 278, 31512-31520.
77. Hong, L.; Koelsch, G.; Lin, X.; Wu, S.; Terzyan, S.; Ghosh, A. K.; Zhang, X. C.; Tang, J. Science, 2000, 290, 150-153.
78. Sinha, S.; Anderson, J. P.; Barbour, R.; Basi, G. S.; Caccavello, R.; Davis, D.; Doan, M.; Dovey, H. F.; Frigon, N.; Hong, J.; Jacobson-Croak, K.; Jewett, N.; Keim, P.; Knops, J.; Lieberburg, I.; Power, M.; Tan, H.; Tatsuno, G.; Tung, J.; Schenk, D.; Seubert, P.; Suomensaari, S. M.; Wang, S.; Walker, D.; Zhao, J.; McConlogue, L.; John, V. Nature, 1999, 402, 537-540.
79. Rajamani, R.; Reynolds, C. H. Bioorg. Med Chem. Lett., 2004, 14, 4843-4846.
80. Hong, L.; Turner, R. T., 3rd; Koelsch, G.; Shin, D.; Ghosh, A. K.; Tang, J. Biochemistry, 2002, 41, 10963-10967.
81. Shuto, D.; Kasai, S.; Kimura, T.; Liu, P.; Hidaka, K.; Hamada, T.; Shibakawa, S.; Hayashi, Y.; Hattori, C.; Szabo, B.; Ishiura, S.; Kiso, Y. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2003, 13, 4273-4276.
82. Kimura, T.; Shuto, D.; Hamada, Y.; Igawa, N.; Kasai, S.; Liu, P.; Hidaka, K.; Hamada, T.; Hayashi, Y.; Kiso, Y. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2005, 15, 211-215.
83. Lefranc-Jullien, S.; Lisowski, V.; Hernandez, J. F.; Martinez, J.; Checler, F. Br. J. Pharmacol., 2005, 145, 228-235.
84. Espeseth, A. S.; Xu, M.; Huang, Q.; Coburn, C. A.; Jones, K. L.; Ferrer, M.; Zuck, P. D.; Strulovici, B.; Price, E. A.; Wit, G.; Wolfe, A. L.; Lineberger, J. E.; Sardana, M.; Tugusheva, K.; Pietrak, B. L.; Crouthamel, M. C.; Lai, M. T.; Dodson, E. C.; Bazzo, R.; Shi, X. P.; Simon, A. J.; Li, Y.; Hazuda, D. J. J. Biol. Chem., 2005, 280, 17792-17797.
85. Hanessian, S.; Yun, H.; Hou, Y.; Tintelnot-Blomley, M. J. Org. Chem., 2005, 70, 6746-6756.
86. Lee, H. J.; Seong, Y. H.; Bae, K. H.; Kwon, S. H.; Kwak, H. M.; Nho, S. K.; Kim, K. A.; Hur, J. M.; Lee, K. B.; Kang, Y. H.; Song, K. S. Arch. Pharm. Res., 2005, 28, 799-803.
87. Periz, G.; Fortini, M. E. J. Neurosci. Res, 2004, 77, 309-322.
88. Fortini, M. E. Curr. Opin. Cell. Biol., 2001, 13, 627-634.
89. Beher, D.; Shearman, M. S. Biochem. Soc. Trans., 2002, 30, 534-537.
90. De Strooper, B. Neuron, 2003, 38, 9-12.
91. Small, D. H. Peptides, 2002, 23, 1317-1321.
92. Pollack, S. J.; Lewis, H. Curr. Opin. Investig. Drugs, 2005, 6, 35-47.
93. Iwatsubo, T. Curr. Opin. Neurobiol., 2004, 14, 379-383.
94. LaVoie, M. J.; Fraering, P. C.; Ostaszewski, B. L.; Ye, W.; Kimberly, W. T.; Wolfe, M. S.; Selkoe, D. J. J. Biol. Chem., 2003, 278, 37213-37222.
95. Edbauer, D.; Winkler, E.; Regula, J. T.; Pesold, B.; Steiner, H.; Haass, C. Nat. Cell. Biol., 2003, 5, 486-488.
96. Wolfe, M. S.; Xia, W.; Ostaszewski, B. L.; Diehl, T. S.; Kimberly, W. T.; Selkoe, D. J. Nature, 1999, 398, 513-517.
97. Berezovska, O.; Jack, C.; McLean, P.; Aster, J. C.; Hicks, C.; Xia, W.; Wolfe, M. S.; Kimberly, W. T.; Weinmaster, G.; Selkoe, D. J.; Hyman, B. T. J. Neurochem., 2000, 75, 583-593.
98. Nyabi, O.; Bentahir, M.; Horre, K.; Herreman, A.; Gottardi-Littell, N.; Van Broeckhoven, C.; Merchiers, P.; Spittaels, K.; Annaert, W.; De Strooper, B. J. Biol. Chem., 2003, 278, 43430-43436.
99. Petit, A.; Bihel, F.; Alves da Costa, C.; Pourquie, O.; Checler, F.; Kraus, J. L. Nat. Cell. Biol., 2001, 3, 507-511.
100. Weihofen, A.; Lemberg, M. K.; Friedmann, E.; Rueeger, H.; Schmitz, A.; Paganetti, P.; Rovelti, G.; Martoglio, B. J. Biol. Chem., 2003, 278, 16528-16533.
101. Semeels, L.; Dejaegere, T.; Craessaerts, K.; Horre, K.; Jorissen, E.; Tousseyn, T.; Hebert, S.; Coolen, M.; Martens, G.; Zwijsen, A.; Annaert, W.; Hartmann, D.; De Strooper, B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 1719-1724.
102. Moore, C. L.; Leatherwood, D. D.; Diehl, T. S.; Selkoe, D. J.; Wolfe, M. S. J. Med. Chem., 2000, 43, 3434-3442.
103. Bihel, F.; Quelever, G.; Lelouard, H.; Petit, A.; Alves da Costa, C.; Pourquie, O.; Cbecler, F.; Thellend, A.; Pierre, P.; Kraus, J. L. Bioorg. Med. Chem., 2003, 11, 3141-3152.
104. Ravi Keerti, A.; Ashok Kumar, B.; Parthasarathy, T.; Uma, V. Bioorg. Med. Chem., 2005, 13, 1873-1878.
105. Seiffert, D.; Bradley, J. D.; Rominger, C. M.; Rominger, D. H.; Yang, F.; Meredith, J. E., Jr.; Wang, Q.; Roach, A. H.; Thompson, L. A.; Spitz, S. M.; Higaki, J. N.; Prakash, S. R.; Combs, A. P.; Copeland, R. A.; Arneric, S. P.; Hartig, P. R.; Robertson, D. W.; Cordell, B.; Stern, A. M.; Olson, R. E.; Zaczek, R. J. Biol. Chem., 2000, 275, 34086-34091.
106. Dovey, H. F.; John, V.; Anderson, J. P.; Chen, L. Z.; de Saint Andrieu, P.; Fang, L. Y.; Freedman, S. B.; Folmer, B.; Goldbach, E.; Holsztynska, E. J.; Hu, K. L.; Johnson-Wood, K. L.; Kennedy, S. L.; Kholodenko, D.; Knops, J. E.; Latimer, L. H.; Lee, M.; Liao, Z.; Lieberburg, I. M.; Motter, R. N.; Mutter, L. C.; Nietz, J.; Quinn, K. P.; Sacchi, K. L.; Seubert, P. A.; Shopp, G. M.; Thorsett, E. D.; Tung, J. S.; Wu, J.; Yang, S.; Yin, C. T.; Schenk, D. B.; May, P. C.; Altstiel, L. D.; Bender, M. H.; Boggs, L. N.; Britton, T. C.; Clemens, J. C.; Czilli, D. L.; Dieckman-McGinty, D. K.; Droste, J. 0J.; Fuson, K. S.; Gitter, B. D.; Hyslop, P. A.; Johnstone, E. M.; Li, W. Y.; Little, S. P.; Mabry, T. E.; Miller, F. D.; Audia, J. E. J. Neurochem., 2001, 76, 173-181.
107. Eriksen, J. L.; Sagi, S. A.; Smith, T. E.; Weggen, S.; Das, P.; McLendon, D. C.; Ozols, V. V.; Jessing, K. W.; Zavitz, K. H.; Koo, E. H.; Golde, T. E. J. Clin. Invest., 2003, 112, 440-449.
108. Wong, G. T.; Manfra, D.; Poulet, F. M.; Zhang, Q.; Josien, H.; Bara, T.; Engstrom, L.; Pinzon-Ortiz, M.; Fine, J. S.; Lee, H. J.; Zhang, L.; Higgins, G. A.; Parker, E. M. J. Biol. Chem., 2004, 279, 12876-12882.
109. Sparey, T.; Beher, D.; Best, J.; Bibs, M.; Castro, J. L.; Clarke, E.; Hannam, J.; Harrison, T.; Lewis, H.; Madin, A.; Shearman, M.; Sohal, B.; Tsou, N.; Welch, C.; Wrigley, J. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2005, 15, 4212-4216.
110. Frederic, C.; Cristine Ada, C.; Erwan, A.; David, A.; Cecile, D.; Michael, F.; Jean-Francois, H.; Martinez, J.; Solveig, L. J.; Philippe, M.; Andrea, P.; Agnes, P.; Christopher, P.; Philippe, R.; Peter, S. G.; Sherwin, W. Curr. Alzheimer Res., 2005, 2, 327-334.
111. Ripoll, D. R.; Faerman, C. H.; Axelsen, P. H.; Silman, I.; Sussman, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, 90, 5128-5132.
112. Marrocco, M. Appl. Opt., 2005, 44, 2879-2886.
113. Mathiowetz, A. M.; Jain, A.; Karasawa, N.; Goddard, W. A., 3rd. Proteins, 1994, 20, 227-247.
114. Hayashi, Y.; Sakaguchi, K.; Kobayashi, M.; Kikuchi, Y.; Ichiishi, E. Bioinformatics, 2003, 19, 1514-1523.
115. Neve, K. A.; Cumbay, M. G.; Thompson, K. R.; Yang, R.; Buck, D. C.; Watts, V. J.; DuRand, C. J.; Teeter, M. M. Mol. Pharmacol., 2001, 60, 373-381.
116. Oprea, T. I.; Waller, C. L.; Marshall, G. R. J. Med. Chem., 1994, 37, 2206-2215.
117. Connolly, M. L. Biopolymers, 1992, 32, 1215-1236.
118. Padron, J. A.; Carrasco, R.; Pellon, R. F. J. Pharm. Pharm. Sci., 2002, 5, 258-266.
119. Keseru, G. M.; Molnar, L. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 120-128.
120. Cramer, R. D., 3rd; Patterson, D. E.; Bunce, J. D. Prog. Clin. Biol. Res., 1989, 291, 161-165.
121. Ferrara, P.; Gohlke, H.; Price, D. J.; Klebe, G.; Brooks, C. L., 3rd. J. Med Chem., 2004, 47, 3032-3047.
122. Klebe, G.; Abraham, U.; Mietzner, T. J. Med. Chem., 1994, 37, 4130-4146.
123. Kurogi, Y.; Guner, O. F. Curr. Med. Chem., 2001, 8, 1035-1055.
124. Snyder, R. D.; Hendry, L. B. Environ. Mol. Mulagen., 2005, 45, 100-105.
125. Kuntz, I. D.; Blaney, J. M.; Oatley, S. J.; Langridge, R.; Ferrin, T. E. J. Mol. Biol., 1982, 161, 269-288.
126. Knegtel, R. M.; Kuntz, I. D.; Oshiro, C. M. J. Mol. Biol., 1997, 266, 424-440.
127. Carlson, H. A.; Masukawa, K. M.; Rubins, K.; Bushman, F. D.; Jorgensen, W. L.; Lins, R. D.; Briggs, J. M.; McCammon, J. A. J. Med. Chem., 2000, 43, 2100-2114.
128. Giordanetto, F.; Cotesta, S.; Catana, C.; Trosset, J. Y.; Vulpetti, A.; Stouten, P. F.; Kroemer, R. T. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 882-893.
129. Oshiro, C. M.; Kuntz, I. D.; Dixon, J. S. J. Comput. Aided Mol. Des., 1995, 9, 113-130.
130. Shoichet, B. K.; McGovern, S. L.; Wei, B.; Irwin, J. J. Curr. Opin. Chem. Biol., 2002, 6, 439-446.
131. Krumrine, J.; Raubacher, F.; Brooijmans, N.; Kuntz, I. Methods Biochem. Anal., 2003, 44, 443-476.
132. Gundersen, E.; Fan, K.; Haas, K.; Huryn, D.; Steven Jacobsen, J.; Kreft, A.; Martone, R.; Mayer, S.; Sonnenberg-Reines, J.; Sun, S. C.; Zhou, H. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2005, 15, 1891-1894.
133. Prasad, C. V.; Vig, S.; Smith, D. W.; Gao, Q.; Polson, C. T.; Corsa, J. A.; Guss, V. L.; Loo, A.; Barten, D. M.; Zheng, M.; Felsenstein, K. M.; Roberts, S. B. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2004, 14, 3535-3538.
134. Park, H.; Lee, S. J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 16416-16422.
135. Hu, J.; Cwi, C. L.; Smiley, D. L.; Timm, D.; Erickson, J. A.; McGee, J. E.; Yang, H. C.; Mendel, D.; May, P. C.; Shapiro, M.; McCarthy, J. R. Moorg. Med. Chem. Lett., 2003, 13, 4335-4339.
136. Ghosh, A. K.; Devasamudram, T.; Hong, L.; DeZutter, C.; Xu, X.; Weerasena, V.; Koelsch, G.; Bilcer, G.; Tang, J. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2005, 15, 15-20.
137. Zuo, Z.; Luo, X.; Zhu, W.; Shen, J.; Shen, X.; Jiang, H.; Chen, K. Bioorg. Med. Chem., 2005, 13, 2121-2131.