Molecular dynamics: Survey of methods for simulating the activity of proteins

Chemical Reviews

Volumn 106, Issue 5, 2006, Pages 1589-1615

  Adcock, Stewart A ^a   McCammon, J Andrew ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; MOLECULAR DYNAMICS;

BIOMOLECULES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION;

PROTEINS;

PROTEIN;

BIOCHEMISTRY; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER PROGRAM; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; METHODOLOGY; MOLECULAR BIOLOGY; PROTEIN BINDING; REVIEW;

BIOCHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULAR CONFORMATION; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEIN BINDING; PROTEINS; SOFTWARE;

EID: 33646943202     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr040426m     Document Type: Review

References (392)

1. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. Ann. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 435.
2. Karplus, M.; McCammon, J. A. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 646.
3. Norberg, J.; Nilsson, L. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 465.
4. Moraitakis, G.; Purkiss, A. G.; Goodfellow, J. M. Rep. Prog. Phys. 2003, 66, 383.
5. Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. Ann. Rev. Phys. Chem. 1992, 43, 407.
6. Simonson, T.; Archontis, G.; Karplus, M. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 430.
7. Alder, B. J.; Wainwright, T. E. J. Chem. Phys. 1957, 27, 1208.
8. Rahman, A. Phys. Rev. A 1964, 136, 405.
9. McCammon, J. A. Molecular Dynamics study of the bovine pancreatic trypsin inhibitor. In Models for Protein Dynamics; CECAM: Orsay, France, 1976; p 137.
10. McCammon, J. A.; Getin, B. R.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585.
11. Kremer, K. Macromol. Chem. Phys. 2003, 204, 257.
12. Rickman, J. M.; LeSar, R. Ann. Rev. Mater. Res. 2002, 32, 195.
13. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
14. Berendsen, H. J.; Hayward, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 165.
15. Kern, D.; Zuiderweg, E. R. P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 748.
16. Daggett, V. Chem. Rev. 2006, 106, 1898.
17. McQuarrie, D. A. Statistical Mechanics; Harper and Row: New York, 1976.
18. Callen, H. B. Thermodynamics and an Introduction to Thermostatistics; Wiley: New York, 1985.
19. Tiana, G.; Simona, F.; De Mori, G. M. S.; Broglia, R. A.; Colombo, G. Protein Sci. 2004, 13, 113.
20. Kim, H. W.; Shen, T. J.; Sun, D. P.; Ho, N. T.; Madrid, M.; Tam, M. F.; Zou, M.; Cottam, P. F.; Ho, C. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1994, 91, 11547.
21. Wang, W.; Donini, O.; Reyes, C. M.; Kollman, P. A. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 211.
22. Warshel, A. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 425.
23. Brooijmans, N.; Kuntz, I. D. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 355.
24. Roux, B. Acc. Chem. Res. 2004, 35, 366.
25. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. Mol. Membr. Biol. 2004, 21, 151.
26. Elcock, A. H. Numerical Comput. Methods, D: Methods Enzymol. 2004, 383, 166.
27. Day, R.; Daggett, V. Protein Simul. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 373.
28. Pettitt, B. M.; Makarov, V. A.; Andrews, B. K. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 218.
29. Wong, C. F.; McCammon, J. A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 87.
30. Koehl, P.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1999, 293, 1161.
31. Brunger, A. T.; Adams, P. D. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 404.
32. Linge, J. P.; Williams, M. A.; Spronk, C. A. E. M.; Bonvin, A. M. J. J.; Nilges, M. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2003, 50, 496.
33. Fan, H.; Mark, A. E. Protein Sci. 2004, 13, 211.
34. Born, M.; Oppenheimer, J. R. Ann. Phys. 1927, 84, 457.
35. Cheatham, T. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 360.
36. Ewig, C. S.; Berry, R.; Dinur, U.; Hill, J.-R.; Hwang, M.-J.; Li, H.; Liang, C.; Maple, J.; Peng, Z.; Stockfisch, T. P.; Thacher, T. S.; Yan, L.; Ni, X.; Hagler, A. T. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1782.
37. Sun, H. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7338.
38. Palmo, K.; Mannfors, B.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. Biopolymers 2003, 68, 383.
39. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
40. MacKerell, A. D., Jr.; Brooks, B.; Brooks, C. L., III; Nilsson, L.; Roux, B.; Won, Y.; Karplus, M. In The Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R. et al., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, 1998; Vol. 1, p 271.
41. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
42. Reed, T. M.; Gubbins, K. E. Statistical Mechanics; McGraw: New York, 1973.
43. Pettitt, B. M.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 1166.
44. MacKerell, A. D.; Wiorkiewiczkuczera, J.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1995, 117, 11946.
45. Feller, S. E.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7510.
46. Kuttel, M.; Brady, J. W.; Naidoo, K. J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1236.
47. Reiling, S.; Schlenkrich, M.; Brickmann, J. J. Comput. Chem. 1996, 17, 450.
48. Cournia, Z.; Vaiana, A. C.; Ullmann, G. M.; Smith, J. C. Pure Appl. Chem. 2004, 76, 189.
49. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 514.
50. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 520.
51. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 553.
52. McCammon, J. A.; Harvey, S. C. Dynamics of Proteins and Nucleic Acids; Cambridge University Press: Cambridge, 1987.
53. Leach, A. R. Molecular Modelling: Principles and Applications; Pearson Education: London, 2001.
54. Bolhuis, P. G.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. L. Ann. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 291.
55. Verlet, J. Phys. Rev. 1967, 159, 98.
56. Beeman, D. J. Comput. Phys. 1976, 20, 130.
57. Swope, W. C.; Andersen, H. C.; Berens, P. H.; Wilson, K. R. J. Chem. Phys. 1982, 76, 637-649.
58. Gear, C. W. Numerical Initial Value Problems in Ordinary Differential Equations; Prentice: New York, 1971.
59. Hockney, R. W. Methods Comput. Phys. 1970, 9, 136.
60. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1977, 34, 1311.
61. Wang, S. S.; Krumhansi, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 4287.
62. Adams, D. J. Chem. Phys. Lett. 1979, 62, 329.
63. Berkowitz, M.; McCammon, J. A. Chem. Phys. Lett. 1982, 90, 215.
64. Brooks, C. L.; Brunger, A.; Karplus, M. Biopolymers 1985, 24, 843.
65. Belch, A. C.; Berkowitz, M. Chem. Phys. Lett. 1985, 113, 278.
66. Beglov, D.; Roux, B. J. Phys. Chem. 1994, 100, 9050.
67. Banavali, N. K.; Im, W.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2002, 117, 7381.
68. Roux, B.; Beglov, D.; Im, W. Generalized Solvent Boundary Potentials for Computer Simulations. In Treatments of electrostatics interactions in computer simulations of condensed media; Santa Fe Workshop, Pratt, L. R., Hummer, G., Eds.; 1999; Vol. 492, p 473.
69. Schlick, T.; Barth, E.; Mandziuk, M. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 181.
70. Tuckerman, M.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990-2001.
71. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
72. Andersen, H. C. J. Comput. Phys. 1983, 52, 24-34.
73. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463.
74. van Gunsteren, W. F.; Karplus, M. Macromolecules 1982, 15, 1528.
75. Krautler, V.; van Gunsteren, W. F.; Hunenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2001, 22, 501.
76. Forester, T. R.; Smith, W. J. Comput. Chem. 1998, 19, 102.
77. Kutteh, R. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1394.
78. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford University Press: Oxford, 1987.
79. Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1980, 72, 8205.
80. Evans, D. J.; Morris, G. P. Chem. Phys. 1983, 77, 63.
81. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
82. Martyna, G. J.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1994, 101, 4177.
83. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613.
84. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. J. Mol. Biol. 2003, 329, 1035.
85. Gumbart, J.; Wang, Y.; Aksimentiev, A.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 423.
86. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161.
87. Simonson, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 243.
88. Feig, M.; Brooks, C. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 217.
89. Baker, N. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 137.
90. Levy, R. M.; Gallicchio E. Ann. Rev. Phys. Chem., 1998, 49, 531.
91. Lazardis, T.; Karplus, M. Biophys. Chem. 2003, 100, 367.
92. Roux, B.; Simonson, T. Biophys. Chem. 1999, 78, 1.
93. Bashford, D.; Case, D. A. Ann. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 129.
94. Sosa, C. P.; Hewitt, T.; Lee, M. R.; Case, D. A. J. Mol. Struct.: Theochem 2001, 549, 193.
95. Zhang, L. Y.; Gallicchio, E.; Friesner, R. A.; Levy, R. M. J. Comput. Chem. 2001, 22, 591.
96. Im, W.; Berneche, S.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2924.
97. Gallicchio, E.; Levy, R. M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 479.
98. Felts, A. K.; Harano, Y.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. Proteins: Struct., Funct., Bioinform. 2004, 56, 310.
99. Wagoner, J.; Baker, N. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1623.
100. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
101. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8910.
102. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269.
103. Guenot, J.; Kolman, P. A. Protein Sci. 1992, 1, 1185.
104. Steinback, P. J.; Brooks, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1993, 90, 9135.
105. Sen, S.; Nilsson, L. Biophys. J. 1999, 77, 1782.
106. Sankararamakrishnan, R.; Konvicka, K.; Mehler, E. L. Int. J. Quantum Chem. 2000, 77, 174.
107. Gilson, M. K. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 216.
108. Norberg, J.; Nilsson, L. Biophys. J. 2000, 79, 1537.
109. Walser, R.; Hunenberger, P. H.; van Gunsteren, W. F. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2001, 43, 509.
110. Brooks, C. L., III; Pettitt, B. M.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1985, 83, 5897.
111. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 1994, 15, 667.
112. Ewald, P. P. Ann. Phys. 1921, 64, 253.
113. Toukmaji, A. Y.; Board, J. A. Comput. Phys. Commun. 1996, 95, 73.
114. Sagui, C.; Darden, T. A. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 155.
115. Hunenberger, P. H.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 1856.
116. Weber, W.; Hunenberger, P. H.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3668.
117. Yeh, I. C.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3155.
118. Kawata, M.; Nagashima, U. Chem. Phys. Lett. 2001, 240, 165.
119. Rozanska, X.; Chipot, C. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9691.
120. Chao, S. D.; Kress, J. D.; Redondo, A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5558.
121. Holst, M.; Kozack, R. E.; Saied, F.; Subramaniam, S. J. Biomol. Struct. Dyn. 1994, 11, 1437.
122. Skeel, R. D.; Tezcan, I.; Hardy, D. J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 673.
123. Ermak, D. L.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1352.
124. Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 204.
125. Metropolis, N.; Rosenbluth, A.; Rosenbluth, R.; Teller, A.; Teller, E. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087.
126. Dinner, A. R. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1132.
127. Ulmschneider, J. P.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2003, 118, 4261.
128. Northrup, S. H.; McCammon, J. A. Biopolymers 1980, 19, 1001.
129. La Berge, L. J.; Tully, J. C. Chem. Phys. 2000, 260, 183.
130. Faller, R.; de Pablo, J. J. J. Chem. Phys. 2002, 116, 55.
131. Hampton, S. S.; Izaguirre, J. A. J. Comput. Phys. 2004, 200, 581-604.
132. Kirkpatrick, S.; Gelatt, C. D.; Vecchi, M. P. Science 1983, 220, 671.
133. Kostrowicki, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 7442.
134. Huber, T.; Torda, A.; van Gunsteren, W. J. Phys. Chem. 1997, 101, 5926.
135. Hart, R. K.; Pappu, R. V.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 2000, 20, 531.
136. Tai, K. Biophys. Chem. 2004, 107, 213.
137. De Groot, B.; van Aalten, D.; Scheek, R.; Amadei, A.; Vriend, G. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1997, 29, 240.
138. Garcia, A. E. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 2696.
139. Mongan, J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2004, 18, 433.
140. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249.
141. Shurki, A.; Warshel, A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 249.
142. Warshel, A. Chem. Rev. 2006, 106, 1737.
143. Lybrand, T. P.; McCammon, J. A.; Wipff, G. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1986, 83, 833.
144. Rodinger, T.; Pomes, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 164.
145. Kollman, P. Chem. Rev. 1993, 93, 2395.
146. Ajay, A.; Murcko, M. A. J. Med. Chem. 1995, 38, 4953.
147. Almlof, M.; Brandsdal, B. O.; Aqvist, J. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1242.
148. Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1997, 72, 1047.
149. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401.
150. Eriksson, M. A.; Pitera, J.; Kollman, P. A. J. Med. Chem. 1999, 42, 868.
151. Pitera, J. W.; Kollman, P. A. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2000, 41, 385.
152. Randmer, R. J.; Kollman, P. A. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1998, 12, 215.
153. Pearlman, D. A. J. Med. Chem. 1999, 42, 4313.
154. Pearlman, D. A.; Charifson, P. S. J. Med. Chem. 2001, 44, 502.
155. Banba, S.; Guo, Z. Y.; Brooks, C. L., III J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6903.
156. Damodaran, K. V.; Banba, S.; Brooks, C. L., III J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9316.
157. Rodiger, T.; Howell, P. L.; Pomes, R. J. Chem. Phys. 2005, 123, 034104.
158. Lazaridis, T.; Masunov, A.; Gandolfo, F. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2002, 47, 194.
159. Luo, H. B.; Gilson, M. K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2934.
160. Luo, H. B.; Sharp, K. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2002, 99, 10399.
161. Swanson, J. M. J.; Henchman, R. H.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2004, 86, 67.
162. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889.
163. Lee, M. R.; Duan, Y.; Kollman, P. A. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2000, 39, 309.
164. Baker, N. A.; Sept, D.; Joseph, S.; Holst, M. J.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2001, 98, 10037.
165. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144.
166. Debrunner, P. G.; Frauenfelder, H. Ann. Rev. Phys. Chem. 1982, 33, 283.
167. McCammon, J. A.; Lee, C. Y.; Northrup, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 2232.
168. Isralewitz, B.; Gao, M.; Schulten, K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 224.
169. Isralewitz, B.; Baudry, J.; Gullingsrud, J.; Kosztin, D.; Schulten, K. J. Mol. Graphics Modelling 2001, 19, 13.
170. Prins, J. F.; Hermans, J.; Mann, G.; Nyland, G.; Simons, M. Future Generation Comput. Syst. 1999, 15, 485.
171. Hermans, J.; Yun, R. H.; Leech, J.; Cavanaugh, D. SIGMA documentation, 8080/HERMANS/software/SIGMA/; University of North Carolina, 1994; http:// hekto.med.unc.edu.
172. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
173. Grayson, P.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Biophys. J. 2003, 85, 36.
174. Binning, G.; Quate, C. F.; Gerber, G. Phys. Rev. Lett. 1986, 56, 930.
175. Ashkin, A.; Dziedzic, J. M. Science 1987, 235, 1517.
176. Evans, E.; Ritchie, K.; Merkel, R. Biophys. J. 1995, 68, 2580.
177. Evans, E. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 105.
178. Balsera, M.; Stepaniants, S.; Izrailev, S.; Oono, Y.; Schulten, K. Biophys. J. 1997, 73, 1281.
179. Evans, E.; Ritchie, K. Biophys. J. 1997, 72, 1541.
180. Gullingsrud, J. R.; Braun, R.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 151, 190.
181. Park, S.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5946.
182. Jarzynski, C. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 2690.
183. Jarzynski, C. Phys. Rev. E 1997, 56, 5018.
184. Park, S.; Khalili-Araghi, F.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3559.
185. Jensen, M. O.; Park, S.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2002, 99, 6731.
186. Liphardt, J.; Dumont, S.; Smith, S. B.; Tinoco, I., Jr.; Bustamante, C. Science 2002, 296, 1832.
187. Kruger, P.; Verheyden, S.; Declerck, P. J.; Engelborghs, Y. Protein Sci. 2001, 10, 798.
188. Ferrara, P.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2000, 39, 252.
189. Ponder, J. W.; Case, D. A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27.
190. MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584.
191. Ewig, C. S.; Thacher, T. S.; Hagler, A. T. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6998.
192. Beachy, M.; Chassman, D.; Murphy, R.; Halgren, T.; Friesner, R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5908.
193. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
194. Bayly, C. I.; Ciepak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
195. Cornell, W. D.; Ciepak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620.
196. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
197. Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1048.
198. Wang, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1219.
199. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.
200. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C., Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
201. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
202. Rizzo, R. C.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4827.
203. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
204. Halgren, T. A.; Damm, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 236.
205. Rick, S. W.; Stuart, S. J. Rev. Comput. Chem. 2002, 18, 89.
206. Stern, H. A.; Kaminski, G. A.; Banks, J. L.; Zhou, R.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4730.
207. Ridard, J.; Levy, B. J. Comput. Chem. 1999, 20, 473.
208. Banks, J. L.; Kaminski, G. A.; Zhou, R.; Mainz, D. T.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 741.
209. Dang, L. X. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 620.
210. Yoshii, N.; Miyauchi, R.; Niura, S.; Okazaki, S. Chem. Phys. Lett. 2000, 317, 414.
211. Llanta, E.; Ando, K.; Rey, R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7783.
212. Rick, S. W. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2276.
213. Guillot, B.; Guissani, Y. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6720.
214. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2001, 114, 9337.
215. Mannfors, B.; Palmo, K.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 2000, 556, 1.
216. Lamoureux, G.; MacKerell, A. D., Jr.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5185.
217. Lamoureux, G.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3025.
218. van Maaren, P. J.; van der Spoel, D. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 2618.
219. Patel, S.; Brooks, C. L., III J. Comput. Chem. 2004, 25, 1.
220. Patel, S.; Brooks, C. L., III J. Comput. Chem. 2004, 25, 1504.
221. Grossfield, A.; Ren, P. Y.; Ponder, J. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15671.
222. Ponder, J. W.; Richards, F. M. J. Comput. Chem. 1987, 8, 1016.
223. Garcia-Moreno, B.; Fitch, C. A. Methods Enzymol. 2004, 380, 20.
224. Nielsen, J. E.; McCammon, J. A. Protein Sci. 2003, 12, 313.
225. Kuhn, B.; Kollman, P. A.; Stahl, M. J. Comput. Chem. 2004, 2, 1865.
226. Antosiewicz, J.; McCammon, J. A.; Gilson, M. K. J. Mol. Biol. 1994, 238, 415.
227. Oberoi, H.; Allewell, N. M. Biophys. J. 1993, 65, 48.
228. Baptista, A. M.; Martel, P. J.; Petersen, S. B. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1997, 27, 523.
229. Börjesson, U.; Hünenberger, P. H. J. Chem. Phys. 2001, 114, 9706.
230. Burgi, R.; Kollman, P. A.; Van Gunsteren, W. F. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2002, 47, 469.
231. Baptista, A. M.; Teixeira, V. H.; Soares, C. M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 4184.
232. Walczak, A. M.; Antosiewicz, J. M. Phys. Rev. E 2002, 66, 051911.
233. Mongan, J.; Case, D. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 157.
234. Mongan, J.; Case, D. A.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 2038.
235. Berne, B. J.; Straub, J. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 181.
236. Elber, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 151.
237. Crippen, G. M.; Scheraga, H. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1969, 64, 42.
238. Grubmuller, H. Phys. Rev. E 1995, 52, 2893.
239. Schulze, B. G.; Grubmuller, H.; Evanseck, J. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8700.
240. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187.
241. Huber, T.; Torda, A. E.; Van Gunsteren, W. F. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994, 8, 695.
242. Steiner, M. M.; Genilloud, P. A.; Wilkins, J. W. Phys. Rev. B 1998, 57, 10236.
243. Rahman, J. A.; Tully, J. C. J. Chem. Phys. 2002, 116, 8750.
244. Rahman, J. A.; Tully, J. C. Chem. Phys. 2002, 285, 277.
245. Voter, A. F. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 3908.
246. Voter, A. F. J. Chem. Phys. 1997, 106, 4665.
247. Hamelberg, D.; Mongan, J.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11919.
248. Piela, L.; Kostrowicki, J.; Scheraga, H. J. Phys. Chem. 1989, 93, 3339.
249. Kostrowicki, J.; Piela, L.; Cherayil, B.; Scheraga, H. J. Phys. Chem. 1991, 95, 4113.
250. Wawak, R.; Wimmer, M.; Scheraga, H. J. Phys. Chem. 1992, 96, 5138.
251. Pappu, R. V.; Hart, R. K.; Ponder, J. W. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9725.
252. Bruccoleri, R. E.; Karplus, M. Biopolymers 1990, 29, 1847.
253. Czerminski, R.; Elber, R. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1991, 10, 70.
254. Ulitsky, A.; Elber, R. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1034.
255. Simmerling, C.; Miller, J. L.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7149.
256. Huber, T.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 5937.
257. Mitsutake, A.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Biopolymers 2001, 60, 96.
258. Sanbonmatsu, K. J.; Garcia, A. E. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2002, 46, 225.
259. Frantz, D. D.; Freeman, D. L.; Doll, J. D. J. Chem. Phys. 1990, 93, 2769.
260. Hansmann, U. H. Chem. Phys. Lett. 1997, 281, 140.
261. Wu, X. W.; Wang, S. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7238.
262. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880.
263. Moroni, D.; Bolhuis, P. G.; van Erp, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4055.
264. Kamiya, N.; Hugo, J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1098.
265. Crippen, G. M. J. Comput. Chem. 1982, 3, 471.
266. Van Schaik, R.; Berendsen, H.; Torda, A.; van Gunsteren, W. J. Mol. Biol. 1993, 234, 751.
267. Krivov, S. V.; Chekmarev, S. F.; Karplus, M. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 038101.
268. Andricioaei, I.; Straub, J. E. J. Chem. Phys. 1997, 107, 9117.
269. Verkhivker, G.; Elber, R.; Nowak, W. J. Phys. Chem. 1992, 97, 7838.
270. Simmerling, C.; Fox, T.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5771.
271. Garel, T.; Niel, J. C.; Orland, H.; Smith, J.; Velikson, B. J. Chim. Phys. Phys.-Chim. Biol. 1991, 88, 2479.
272. Luo, Z. W.; Butcher, D. J.; Huang, Z. W. Protein Eng. 1997, 10, 1039.
273. Keasar, C.; Elber, R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11550.
274. Keasar, C.; Elber, R.; Skolnick, J. Folding Des. 1997, 2, 247.
275. Stultz, C. M.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1999, 37, 512.
276. Shirts, M. R.; Pande, V. S. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 4983.
277. Huber, G. A.; McCammon, J. A. Phys. Rev. E 1997, 55, 4822.
278. Snow, C. D.; Nguyen, V. S.; Pande, M.; Gruebele, M. Nature 2002, 420, 102.
279. Miranker, A.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1991, 11, 29.
280. Joseph-McCarthy, D.; Alvarez, J. C. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2003, 51, 189.
281. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
282. Zhou, R.; Berne, B. J.; Germain, R. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2001, 98, 14931.
283. Fieg, M.; MacKerell, A. D., Jr.; Brooks, C. L., III J. Phys. Chem. B 1999, 107, 2831.
284. Rao, F.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 4025.
285. Wu, X.; Wang, S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9401.
286. Shinoda, W.; Mikami, M. Chem. Phys. Lett. 2001, 335, 265.
287. Lahiri, A.; Nilsson, L.; Laaksonen, A. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5993.
288. Andricioaei, I.; Dinner, A. R.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1074.
289. Chun, H. M.; Padilla, C. E.; Chin, D. N.; Watanabe, M.; Karlov, V. I.; Alper, H. E.; Soosaar, K.; Blair, K. B.; Becker, O. M.; Caves, L. S. D.; Nagle, R.; Haney, D. N.; Farmer, B. L. J. Comput. Chem. 2000, 21, 159.
290. Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1990, 93, 1287.
291. Space, B.; Rabitz, H.; Askar, A. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9070.
292. Nadler, W.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 1985, 82, 151.
293. Tirion, M. M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 1905.
294. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144.
295. Kundu, S.; Sorensen, D. C.; Phillips, G. N., Jr. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2004, 57, 726.
296. Kostov, K. S.; Freed, K. F. J. Chem. Phys. 1997, 106, 771.
297. Dauber-Osguthorpe, P.; Maunder, C. M.; Osguthorpe, D. J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1996, 10, 177.
298. Phillips, S. C.; Essex, J. W.; Edge, C. M. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2586.
299. Phillips, S. C.; Swain, M. T.; Wiley, A. P.; Essex, J. C.; Edge, C. M. J. Chem. Phys. 2003, 107, 2098.
300. Elber, R.; Meller, J.; Olender, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 899.
301. Elber, R.; Ghosh, A.; Cardenas, A. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 396.
302. Kleinjung, J.; Bayley, P.; Fraternali, F. FEBS Lett. 2000, 470, 257.
303. Bahar, I.; Atilgan, A. R.; Erman, B. Folding Des. 1997, 2, 173.
304. Atilgan, A. R.; Durell, S. R.; Jernigan, R. L.; Demirel, M. C.; Keskin, O.; Bahar, I. Biophys. J. 2001, 80, 505.
305. Doruker, P.; Jernigan, R. L.; Bahar, I. J. Comput. Chem. 2002, 23, 119.
306. Isin, B.; Doruker, P.; Bahar, I. Biophys. J. 2002, 82, 569.
307. Bahar, I.; Jernigan, R. L. Biochemistry 1999, 38, 3478.
308. Bahar, I.; Erman, B.; Jernigan, R. L.; Atilgan, A. R.; Covell, D. G. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1023.
309. Ming, D.; Kong, Y.; Wakil, S. J.; Brink, J.; Ma, J. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2002, 99, 7895.
310. Zhang, Z.; Shi, Y.; Liu, Y. Biophys. J. 2003, 84, 3583.
311. He, J.; Zhang, Z.; Shi, Y.; Liu, H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 4005.
312. Sessions, R. B.; Dauber-Osguthorpe, P.; Osguthorpe, D. J. J. Mol. Biol. 1989, 210, 617.
313. Schlick, T. Structure 2001, 9, R45.
314. Marchi, M.; Procacci, P. J. Chem. Phys. 1998, 109, 5194.
315. Samuelson, S.; Martyna, G. J. J. Phys. Chem. B 1998, 103, 1752.
316. Zhou, R.; Harder, E.; Xu, H.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2348.
317. Grubmuller, H.; Tavan, P. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1534.
318. Cheng, A.; Metz, K. M., Jr. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 5396.
319. Eastman, P.; Doniach, S. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1998, 30, 215.
320. Elezgaray, J.; Marcou, G.; Sanejouand, Y. H. Phys. Rev. E 2002, 66, 031908 (Part 1).
321. Straatsma, T. P.; Philippopoulos, M.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 2000, 128, 377.
322. Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. IBM Syst. J. 2001, 40, 328.
323. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43.
324. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Modelling 2001, 7, 306.
325. Scott, W. R. P.; Hunenberger, P. H.; Tironi, I. G.; Mark, A. E.; Billeter, S. R.; Fennen, J.; Torda, A. E.; Huber, T.; Kruger, P.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3596.
326. Kalé, L.; Skeel, R.; Bbandarkar, M.; Brunner, R.; Gursoy, A.; Krawetz, N.; Phillips, J.; Shinozaki, A.; Varadarajan, K.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 151, 283.
327. Kalé, L. V.; Kumar, S.; Zheng, G. B.; Lee, C. W. Computer Science - ICCS 2003, PT IV, Proceedings lecture notes in computer science 2003, 2660, 23.
328. Balaeff, A.; Mahadevan, L.; Schulten, K. Struct. 2004, 12, 123.
329. Phillips, J. C.; Zheng, G.; Kumar, S.; Kalé, L. V. NAMD: Biomolecular Simulation on Thousands of Processors. In Proceedings of SC2002; 2002.
330. Duke, R. E.; Pedersen, L. G. PMEMD 3.1; University of North Carolina - Chapel Hill: Chapel Hill, NC, 2003.
331. Stone, J.; Gullingsrud, J.; Grayson, P.; Schulten, K. In 2001 ACM Symposium on Interactive 3D Graphics; Hughes, J. F., Sequin, C. H., Eds.; ACM SIGGRAPH:, New York, 2001; p 191.
332. Nelson, M. T.; Humphrey, W.; Gursoy, A.; Dalke, A.; Kale, L. V.; Skeel, R. D.; Schulten, K. Int. J. Supercomput. Appl. High Perform. Comput. 1996, 10, 251.
333. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. R.; Cheatham, T. E., III; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
334. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668.
335. Cheatham, T. E.; Young, M. A. Biopolymers 2001, 56, 232.
336. Bhanot, G.; Chen, D.; Gara, A.; Vranas, P. Nucl. Phys. B - Proceed. Suppl. 2003, 119, 114.
337. Xu, A.; Horwich, A. L.; Sigler, P. B. Nature 1997, 388, 741.
338. Ma, J. P.; Sigler, P. B.; Xu, Z. H.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2000, 302, 303.
339. Ranson, N. A.; Farr, G. W.; Roseman, A. M.; Gower, B.; Fenton, W. A.; Horwich, H. L.; Saibil, H. R. Cell 2001, 107, 869.
340. Sansom, M. S. P.; Shrivastava, I. H.; Ranatunga, K. M.; Smith, G. R. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 368.
341. Sansom, M. S. P.; Shrivastava, I. H.; Bright, J. N.; Tate, J.; Capener, C. E.; Biggin, P. C. Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. 2002, 1565, 294.
342. Roux, B.; Allen, T.; Berneche, S.; Im, W. Q. Rev. Biophys. 2004, 37, 15.
343. Zhong, Q. F.; Husslein, T.; Moore, P. B.; Newns, D. M.; Pattnaik, P.; Klein, M. I. FEBS Lett. 1998, 434, 265.
344. Newns, D.; Zhong, Q.; Moore, P.; Husslein, T.; Pattnaik, P.; Klein, M. Parallel Comput. 2000, 26, 965.
345. Elcock, A. H.; Sept, D.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1504.
346. Brooijmans, N.; Kuntz, I. D. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 335.
347. Halperin, I.; Ma, B. Y.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2002, 47, 409.
348. Wong, C. F.; McCammon, J. A. Ann. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2003, 43, 31.
349. Teodoro, M. L.; Kavraki, L. E. Curr. Pharm. Des. 2003, 20, 1635.
350. Carlson, H. A. Curr. Pharm. Des. 2002, 8, 1571.
351. Carlson, H. A.; McCammon, J. A. Mol. Pharmacol. 2000, 57, 213.
352. Kua, J.; Zhang, Y. K.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 14, 8260.
353. Kua, J.; Zhang, Y. K.; Eslami, A. C.; Butler, J. R.; McCammon, J. A. Protein Sci. 2003, 12, 2675.
354. Nakajima, N.; Higo, J.; Kidera, A.; Nakamura, H. Chem. Phys. 1997, 278, 297.
355. Pak, Y.; Wang, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 354.
356. Di Nola, A.; Roccatano, D.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1994, 19, 174.
357. Mangoni, M.; Roccatano, D.; Di Nola, A. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1999, 35, 153.
358. Goodsell D S.; Morris G M.; Olson A. J. J. Mol. Recognit. 1996, 9, 1.
359. Vieth, M.; Hirst, J. D.; Dominy, B. N.; Daigler, H.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1623.
360. Vieth, M.; Hirst, J. D.; Kolinski, A.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1612.
361. Carlson, H. A.; Masukawa, K. M.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1999, 103, 10213.
362. Lin, J. H.; Perryman, A. L.; Schames, J. R.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5632.
363. Lin, J. H.; Perryman, A. L.; Schames, J. R.; McCammon, J. A. Biopolymers 2003, 68, 47.
364. Varady, J.; Wu, X.; Wang, S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4863.
365. Broughton, H. B. J. Mol. Graphics Modelling 2000, 18, 247.
366. Fukunishi, Y.; Mikami, Y.; Nakamura, H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13201.
367. Zacharias, M. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2004, 54, 759.
368. Wang, J.; Kollman, P. A.; Kuntz, I. D. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1999, 36, 1.
369. Beierlein, F.; Lanig, H.; Schurer, G.; Horn, A. H. C.; Clark, T. Mol. Phys. 2003, 101, 2469.
370. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639.
371. Miranker, A.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1991, 11, 29.
372. Das, B.; Helms, V.; Lounnas, V.; Wade, R. C. J. Inorg. Biochem. 2000, 81, 121.
373. Carlson, H. A.; Masukawa, K. M.; Rubins, K.; Bushman, F. D.; Jorgensen, W. L.; Lins, R. D.; Briggs, J. M.; McCammon, J. A. J. Med. Chem. 2000, 43, 2100.
374. Jorgensen, W. L. BOSS; Yale University: New Haven, CT, 1997.
375. Mustata. G. I.: Briggs. J. M. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2002. 16, 935
376. Shuker, S. B.; Hajduk, P. J.; Meadows, R. P.; Fesik, S. W. Science 1996, 274, 1531.
377. Erlanson, D. A.; Braisted, A. C.; Raphael, D. R.; Randal, M.; Stroud, R. M.; Gorden, E. M.; Wells, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2000, 97, 9367.
378. Guo, Z. Y.; Brooks, C. L., III J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1920.
379. Hodge, C. N.; Straatsma, T. P.; McCammon, J. A.; Wlodawer, A. Rational Design of HIV Protease Inhibitors; In "Structural Biology of Viruses", W. Chiu, R. M. Burnett, and R. Garcea, Eds., Oxford University Press: Oxford, 1997, pp 451-473.
380. Hazuda, D. J.; Anthony, N. J.; Gomez, R. P.; Jolly, S. M.; Wai, J. S.; Zhuang, L.; Fisher, T. E.; Embrey, M.; Guare, J. P., Jr.; Egbertson, M. S.; Vacca, J. P.; Huff, J. R.; Felock, P. J.; Witmer, M. V.; Stillmock, K. A.; Danovich, R.; Grobler, J.; Miller, M. D.; Espeseth, A. S.; Jin, L.; Chen, I. W.; Lin, J. H.; Kassahun, K.; Ellis, J. D.; Wong, B. L.; Xu, W.; Pearson, P. G.; Schleif, W. A.; Cortese, R.; Emini, E.; Summa, V.; Holloway, M. K.; Young, S. D. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2004, 101, 11233.
381. Barreca, M. L.; Lee, K. W.; Chimirri, A.; Briggs, J. M. Biophys. J. 2003, 84, 1450.
382. Ni, H.; Sotriffer, C. A.; McCammon, J. A. J. Med. Chem. 2001, 44, 3043.
383. Lins, R. D.; Briggs, J. M.; Straatsma, T. P.; Carlson, H. A.; Greenwald, J.; Choe, S.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1999, 76, 2999.
384. Schames, J. R.; Henchman, R. H.; Siegel, J. S.; Sotriffer, C. A.; Ni, H.; McCammon, J. A. J. Medicinal Chem. 2004, 47, 1879.
385. Palmer, R. G. Adv. Phys. 1982, 31, 669.
386. Heinz, T. N.; Hunenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1474.
387. Im, W.; Beglov, D.; Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1998, 111, 59.
388. Luo, R.; David, L.; Gilson, M. K. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1244.
389. Gilson, M. K.; Davies, M. E.; Luty, B. A.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 3591.
390. Baker, N. A. Methods Enzymol. 2004, 383, 94.
391. Tai, K.; Murdock, S.; Wu, B.; Ng, H. H.; Johnston, S.; Fangohr, H.; Cox, S. J.; Jeffreys, P.; Essex, J. W.; Sansom, M. S. P. Org. Biomol. Chem. 2004, 2, 3219.
392. Goldgur, Y.; Craigie, R.; Cohen, G. H.; Fujiwara, T.; Yoshinaga, T.; Fujishita, T.; Sugimoto, H.; Endo, T.; Murai, H.; Davies, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1999, 96, 13040.