Protein folding-simulation

Chemical Reviews

Volumn 106, Issue 5, 2006, Pages 1898-1916

  Daggett, Valerie ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL ANALYSIS; CONFORMATIONS; MOLECULAR SPECTROSCOPY; SOLVENTS;

DENATURED STATES; INTERMEDIATE STATES; PROTEIN FOLDING-SIMULATION; TRANSITION STATES;

PROTEINS;

PROTEIN;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; PROTEIN DENATURATION; PROTEIN FOLDING; REVIEW; THERMODYNAMICS;

COMPUTER SIMULATION; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN DENATURATION; PROTEIN FOLDING; PROTEINS; THERMODYNAMICS;

EID: 33646904758     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr0404242     Document Type: Review

References (184)

1. Tramontano, A. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 87.
2. Chivian, D.; Robertson, T.; Bonneau, R.; Baker, D. Methods Biochem. Anal. 2003, 44, 547.
3. Skolnick, J.; Kolinski, A. Comput. Methods Protein Folding 2002, 120, 131.
4. Pillardy, J.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Lee, J.; Ripoll, D. R.; Kazmierkiewicz, R.; Oldziej, S.; Wedemeyer, W. J.; Gibson, K. D.; Arnautova, Y. A.; Saunders: J.; Ye, Y. J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2329.
5. Pellegrini-Calace, M.; Carotti, A.; Jones, D. T. Proteins 2003, 50, 537.
6. Jones, D. T. Proteins 2001 (Suppl. 5) 127.
7. Fersht, A. R.; Kellis, J. T.; Matouschek, A. T. E. L.; Serrano, L. Nature 1990, 343, 602.
8. Kelly, J. W. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 323.
9. Dobson, C. M. Nature 2002, 418, 729.
10. Fink, A. L. Folding Des. 1998, 3, R9.
11. Prakash, S.; Matouschek, A. Trends Biochem. Sci. 2004, 29, 593.
12. Onuchic, J. N.; Nymeyer, H.; Garcia, A. E.; Chahine, J.; Socci, N. D. Adv. Protein Chem. 2000, 53, 87.
13. Thirumalai, D.; Klimov, D. K. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 197.
14. Wolynes, P. G.; Onuchic, J. N.; Thirumalai, D. Science 1995, 267, 1619.
15. Dill, K. A.; Bromberg, S.; Yue, K.; Fiebig, K. M.; Yee, D. P.; Thomas, P. D.; Chan, H. S. Protein Sci. 1995, 4, 561.
16. Godzik, A.; Kolinski, A.; Skolnick, J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1993, 7, 397.
17. Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2000, 97, 133.
18. Daggett, V.; Levitt, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 5142.
19. Vendruscolo, M.; Paci, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 82.
20. Karplus, M.; McCammon, J. A. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 646.
21. Brooks, C. L., 3rd. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1099.
22. Daggett, V. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 422.
23. Hansson, T.; Oostenbrink, C.; van Gunsteren, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 190.
24. Shea, J. E.; Brooks, C. L., 3rd. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 499.
25. Isralewitz, B.; Gao, M.; Schulten, K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 224.
26. Doniach, S.; Eastman, P. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 157.
27. Radford, S. E.; Dobson, C. M. Cell 1999, 97, 291.
28. Brooks, C. L., 3rd. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 222.
29. Fersht, A. R.; Matouschek, A.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 1992, 224, 771.
30. Daggett, V. F., A. R. In Mechanisms of Protein Folding, 2nd ed.; Pain, R. H., Ed.; Oxford University Press: Oxford UK, 2000; p 175.
31. Daggett, V.; Fersht, A. R. Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 18.
32. Daggett, V.; Fersht, A. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2003, 4, 497.
33. Dinner, A. R.; Sali, A.; Smith, L. J.; Dobson, C. M.; Karplus, M. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 331.
34. Fersht, A. R.; Daggett, V. Cell 2002, 108, 573.
35. Dobson, C. M.; Karplus, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 92.
36. Li, A.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 1996, 257, 412.
37. Lazaridis, T.; Karplus, M. Science 1997, 278, 1928.
38. Day, R.; Bennion, B. J.; Ham, S.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 2002, 322, 189.
39. Gsponer, J.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2001, 309, 285.
40. Tsai, J.; Levitt, M.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1999, 291, 215.
41. White, G. W.; Gianni, S.; Grossmann, J. G.; Jemth, P.; Fersht, A. R.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 2005, 350, 757.
42. Day, R.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13445.
43. Huang, G. S.; Oas, T. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 6878.
44. Munoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196.
45. Mayor, U.; Johnson, C. M.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13518.
46. Neidigh, J. W.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 425.
47. Struthers, M.; Ottesen, J. J.; Imperiali, B. Fold Des. 1998, 3, 95.
48. Wang, M.; Tang, Y.; Sato, S.; Vugmeyster, L.; McKnight, C. J.; Raleigh, D. P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6032.
49. Nguyen, H.; Jager, M.; Moretto, A.; Gruebele, M.; Kelly, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3948.
50. Callender, R.; Dyer, R. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 628.
51. Gnanakaran, S.; Nymeyer, H.; Portman, J.; Sanbonmatsu, K. Y.; Garcia, A. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 168.
52. Snow, C. D.; Nguyen, H.; Pande, V. S.; Gruebele, M. Nature 2002, 420, 102.
53. Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14122.
54. Paci, E.; Clarke, J.; Steward, A.; Vendruscolo, M.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 394.
55. Simmerling, C.; Strockbine, B.; Roitberg, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11258.
56. Qiu, L.; Pabit, S. A.; Roitberg, A. E.; Hagen, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12952.
57. Snow, C. D.; Zagrovic, B.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14548.
58. Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Duan, Y. J. Mol. Biol. 2003, 327, 711.
59. Pitera, J. W.; Swope, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7587.
60. De Young, L. R.; Dill, K. A.; Fink, A. L. Biochemistry 1993, 32, 3877.
61. Fan, P.; Bracken, C.; Baum, J. Biochemistry 1993, 32, 1573.
62. Yang, Y.; Mayo, K. H. Biochemistry 1993, 32, 8661.
63. Buck, M.; Radford, S. E.; Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 1994, 237, 247.
64. Uversky, V. N.; Ptitsyn, O. B. Biochemistry 1994, 33, 2782.
65. Waterhous, D. V.; Johnson, W. C., Jr. Biochemistry 1994, 33, 2121.
66. Alonso, D. O. V.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 1995, 247, 501.
67. Caflisch, A.; Karplus, M. Structure 1999, 7, 477.
68. Tirado-Rives, J.; Orozco, M.; Jorgensen, W. L. Biochemistry 1997, 36, 7313.
69. Toba, S.; Hartsough, D. S.; Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6490.
70. Colombo, G.; Toba, S.; Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 3486.
71. Bennion, B. J.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5142.
72. Bennion, B. J.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6433.
73. Soares, C. M.; Teixeira, V. H.; Baptista, A. M. Biophys. J. 2003, 84, 1628.
74. Roccatano, D.; Wong, T. S.; Schwaneberg, U.; Zacharias, M. Biopolymers 2005, 78, 259.
75. Schellman, J. A. Biopolymers 1978, 17, 1305.
76. Timasheff, S. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 9721.
77. Timasheff, S. N. Biochemistry 2002, 41, 13473.
78. Tobi, D.; Elber, R.; Thirumalai, D. Biopolymers 2003, 68, 359.
79. Makhatadze, G. I.; Privalov, P. L. J. Mol. Biol. 1992, 226, 491.
80. Anderson, C. F.; Felitsky, D. J.; Hong, J.; Record, M. T. Biophys. Chem. 2002, 101-102, 497.
81. Schellman, J. A. Biophys. Chem. 2002, 96, 91.
82. Arakawa, T.; Timasheff, S. N. Biochemistry 1984, 23, 5912.
83. Tanford, C. Adv. Protein Chem. 1970, 24, 1.
84. Creighton, T. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1991, 1, 5.
85. Alonso, D. O. V.; Dill, K. A. Biochemistry 1991, 30, 5974.
86. Robinson, D. R.; Jencks, W. P. J. Am. Chem. Soc. 1965, 87, 2462.
87. VonHippel, H.; Schleich, T. Acc. Chem. Res. 1969, 2, 257.
88. Yancey, P. H.; Clark, M. E.; Hand, S. C.; Bowlus, R. D.; Somero, G. N. Science 1982, 217, 1214.
89. Withers, P. C.; Morrison, G.; Guppy, M. Physiol. Zool. 1994, 67, 693.
90. Barton, K. N.; Buhr, M. M.; Ballantyne, J. S. Am. J. Physiol. 1999, 276, R397.
91. Yancey, P. H.; Somero, G. N. J. Exp. Zool. 1980, 212, 205.
92. Yancey, P. H.; Burg, M. B. Am. J. Physiol. 1990, 258, R198.
93. Yancey, P. H.; Siebenaller, J. F. J. Exp. Biol. 1999, 202, 3597.
94. Lin, T. Y.; Timasheff, S. N. Protein Sci. 1996, 5, 372.
95. Wang, A.; Bolen, D. W. Biophys. J. 1996, 71, 2117.
96. Baskakov, I.; Bolen, D. W. Biophys. J. 1998, 74, 2658.
97. Baskakov, I.; Wang, A.; Bolen, D. W. Biophys. J. 1998, 74, 2666.
98. Lin, T. Y.; Timasheff, S. N. Biochemistry 1994, 33, 12695.
99. Zou, Q.; Bennion, B. J.; Daggett, V.; Murphy, K. P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1192.
100. Minton, A. P. J. Biol. Chem. 2001, 276, 10577.
101. Dedmon, M. M.; Patel, C. N.; Young, G. B.; Pielak, G. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12681.
102. Dunker, A. K.; Brown, C. J.; Lawson, J. D.; Iakoucheva, L. M.; Obradovic, Z. Biochemistry 2002, 41, 6573.
103. Jackson, S. E.; Fersht, A. R. Biochemistry 1991, 30, 10428.
104. Otzen, D. E.; Itzhaki, L. S.; Elmasry, N. F.; Jackson, S. E.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 10422.
105. Itzhaki, L. S.; Otzen, D. E.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1995, 254, 260.
106. Gay, G. D.; Ruizsanz, J.; Neira, J. L.; Itzhaki, L. S.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 3683.
107. Li, A.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 10430.
108. Daggett, V.; Li, A.; Itzhaki, L. S.; Otzen, D. E.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1996, 257, 430.
109. Settanni, G.; Rao, F.; Caflisch, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 628.
110. Ladurner, A. G.; Itzhaki, L. S.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 8473.
111. Kazmirski, S. L.; Wong, K. B.; Freund, S. M. V.; Tan, Y. J.; Fersht, A. R.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4349.
112. Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 10869.
113. Haar, L. G., J. S.; Kell, G. S. NBS/NRC Steam Tables; Hemisphere Publication Corporation: Washington D. C., 1984.
114. Levitt, M.; Hirshberg, M.; Sharon, R.; Laidig, K. E.; Daggett, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5051.
115. Ferguson, N.; Pires, J. R.; Toepert, F.; Johnson, C. M.; Pan, Y. P.; Volkmer-Engert, R.; Schneider-Mergener, J.; Daggett, V.; Oschkinat, H.; Fersht, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 13008.
116. Mayor, U.; Guydosh, N. R.; Johnson, C. M.; Grossmann, J. G.; Sato, S.; Jas, G. S.; Freund, S. M.; Alonso, D. O.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Nature 2003, 421, 863.
117. DeMarco, M. L.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 2293.
118. Gianni, S.; Guydosh, N. R.; Khan, F.; Caldas, T. D.; Mayor, U.; White, G. W.; DeMarco, M. L.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13286.
119. Jemth, P.; Gianni, S.; Day, R.; Li, B.; Johnson, C. M.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sc. U.S.A. 2004, 101, 6450.
120. Jemth, P.; Day, R.; Gianni, S.; Khan, F.; Allen, M.; Daggett, V.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 2005, 350, 363.
121. Zhu, Y.; Alonso, D. O.; Maki, K.; Huang, C. Y.; Lahr, S. J.; Daggett, V.; Roder, H.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15486.
122. DeMarco, M. L.; Alonso, D. O.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 2004, 341, 1109.
123. Roccatano, D.; Daidone, I.; Ceruso, M. A.; Bossa, C.; Nola, A. D. Biophys. J. 2003, 84, 1876.
124. Zaks, A.; Klibanov, A. M. Science 1984, 224, 1249.
125. Affleck, R.; Haynes, C. A.; Clark, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 5167.
126. Burke, P. A.; Griffin, R. G.; Klibanov, A. M. Biotechnol. Bioeng. 1993, 42, 87.
127. Fitzpatrick, P. A.; Steinmetz, A. C.; Ringe, D.; Klibanov, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 8653.
128. Yennawar, N. H.; Yennawar, H. P.; Farber, G. K. Biochemistry 1994, 33, 7326.
129. Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Protein Sci. 1998, 7, 860.
130. Laidig, K. E.; Daggett, V. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5616.
131. Muller, N. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 23.
132. Kauzmann, W. Adv. Protein Chem. 1959, 14, 1.
133. Tanford, C.; De, P. K. J. Biol. Chem. 1961, 236, 1711.
134. Wang, A.; Bolen, D. W. Biochemistry 1997, 36, 9101.
135. Timasheff, S. N. Biochemistry 1992, 31, 9857.
136. Timasheff, S. N. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1993, 22, 67.
137. Timasheff, S. N. Adv. Protein Chem. 1998, 51, 355.
138. Whittington, S. J.; Chellgren, B. W.; Hermann, V. M.; Creamer, T. P. Biochemistry 2005, 44, 6269.
139. Kim, Y. S.; Jones, L. S.; Dong, A.; Kendrick, B. S.; Chang, B. S.; Manning, M. C.; Randolph, T. W.; Carpenter, J. F. Protein Sci. 2003, 12, 1252.
140. Carrion-Vazquez, M.; Oberhauser, A. F.; Fowler, S. B.; Marszalek, P. E.; Broedel, S. E.; Clarke, J.; Fernandez, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3694.
141. Lu, H.; Schulten, K. Biophys. J. 2000, 79, 51.
142. Paci, E.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1999, 288, 441.
143. Fowler, S. B.; Clarke, J. Structure 2001, 9, 355.
144. Brockwell, D. J.; Beddard, G. S.; Clarkson, J.; Zinober, R. C.; Blake, A. W.; Trinick, J.; Olmsted, P. D.; Smith, D. A.; Radford, S. E. Biophys. J. 2002, 83, 458.
145. Fowler, S. B.; Best, R. B.; Toca Herrera, J. L.; Rutherford, T. J.; Steward, A.; Paci, E.; Karplus, M.; Clarke, J. J. Mol. Biol. 2002, 322, 841.
146. Best, R. B.; Li, B.; Steward, A.; Daggett, V.; Clarke, J. Biophys. J. 2001, 81, 2344.
147. Serrano, L.; Matouschek, A.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1992, 224, 805.
148. Matouschek, A.; Kellis, J. T., Jr.; Serrano, L.; Bycroft, M.; Fersht, A. R. Nature 1990, 346, 440.
149. Matthews, J. M.; Fersht, A. R. Biochemistry 1995, 34, 6805.
150. Daggett, V.; Li, A. J.; Fersht, A. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12740.
151. Li, A.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 1998, 275, 677.
152. Bond, C. J.; Wong, K. B.; Clarke, J.; Fersht, A. R.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 13409.
153. Wong, K. B.; Clarke, J.; Bond, C. J.; Neira, J. L.; Freund, S. M.; Fersht, A. R.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 2000, 296, 1257.
154. Khan, F.; Chuang, J. I.; Gianni, S.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 2003, 333, 169.
155. Zhuang, X.; Rief, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 88.
156. Deniz, A. A.; Laurence, T. A.; Beligere, G. S.; Dahan, M.; Martin, A. B.; Chemla, D. S.; Dawson, P. E.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5179.
157. Day, R.; Beek, D. A.; Armen, R. S.; Daggett, V. Protein Sci. 2003, 12, 2150.
158. Dinner, A. R.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1999, 292, 403.
159. Ding, F.; Dokholyan, N. V.; Buldyrev, S. V.; Stanley, H. E.; Shakhnovich, E. I. Biophys. J. 2002, 83, 3525.
160. Gsponer, J.; Caflisch, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6719.
161. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
162. Plaxco, K. W.; Simons, K. T.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1998, 277, 985.
163. De Jong, D.; Riley, R.; Alonso, D. O.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 2002, 319, 229.
164. Beck, D. A.; Daggett, V. Methods 2004, 34, 112.
165. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford University Press: Oxford, 1987.
166. Day, R., Daggett, V. 2006, submitted for publication.
167. Leeson, D. T.; Gai, F.; Rodriguez, H. M.; Gregoret, L. M.; Dyer, R. B. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2000, 97, 2527.
168. Frauenfelder, H.; Hartmann, H.; Karplus, M.; Kuntz, I. D., Jr.; Kuriyan, J.; Parak, F.; Petsko, G. A.; Ringe, D.; Tilton, R. F., Jr.; Connolly, M. L.; et al. Biochemistry 1987, 26, 254-261.
169. Tilton, R. F., Jr.; Dewan, J. C.; Petsko, G. A. Biochemistry 1992, 31, 2469-2481.
170. Rhoades, E.; Gussakovsky, E.; Haran, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3197-3202.
171. Yoda, T.; Saito, M.; Arai, M.; Horii, K.; Tsumoto, K.; Matsushima, M.; Kumagai, I.; Kuwajima, K. Proteins 2001, 42, 49-65.
172. Pikkemaat, M. G.; Linssen, A. B.; Berendsen, H. J.; Janssen, D. B. Protein Eng. 2002, 15, 185-192.
173. Liu, H. L.; Wang, W. C. Protein Eng. 2003, 16, 19-25.
174. Kazmirski, S. L.; Alonso, D. O.; Cohen, F. E.; Prusiner, S. B.; Daggett, V. Chem. Biol. 1995, 2, 305.
175. Kazmirski, S. L.; Isaacson, R. L.; An, C.; Buckle, A.; Johnson, C. M.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 112.
176. Alonso, D. O. V.; DeArmond, S. J.; Cohen, F. E.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2985.
177. Alonso, D. O. V.; An, C.; Daggett, V. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2002, 360, 1165.
178. Armen, R. S.; DeMarco, M. L.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2004, 101, 11622.
179. Armen, R. S.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Structure 2004, 12, 1847.
180. Yang, M.; Lei, M.; Huo, S. Protein Sci. 2003, 12, 1222.
181. Yang, M.; Lei, M.; Bruschweiler, R.; Huo, S. Biophys. J. 2005, 89, 433.
182. Bennion, B. J.; DeMarco, M. L.; Daggett, V. Biochemistry 2004, 43, 12955.
183. Gsponer, J.; Ferrara, P.; Caflisch, A. J. Mol. Graphics Modell. 2001, 20, 169.
184. Ferrin, T. E.; Huang, C. C.; Jarvis, L. E.; Langridge, R. J. Mol. Graphics 1988, 6, 13.