How Well Does a Restrained Electrostatic Potential (RESP) Model Perform in Calculating Conformational Energies of Organic and Biological Molecules?

Journal of Computational Chemistry

Volumn 21, Issue 12, 2000, Pages 1049-1074

  Wang, Junmei ^b   Cieplak, Piotr ^a,b   Kollman, Peter A ^b  

^a UNIVERSITY OF WARSAW   (Poland)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001398008     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1096-987X(200009)21:12<1049::AID-JCC3>3.0.CO;2-F     Document Type: Article

References (58)

1. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179-5197.
2. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J Am Chem Soc 1984, 106, 765-784.
3. Burkert, U.; Allinger, N. L. Molecular Mechanics; American Chemical Society: Washington, DC, 1982.
4. Allinger, N. L. J Am Chem Soc 1977, 99, 8127.
5. Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J.-H. J Am Chem Soc 1989, 111, 8551-8566.
6. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J Am Chem Soc 1988, 110, 1657-1666.
7. Clark, M.; Cramer, R. D., III; van Opdenbosch, N. J Comput Chem 1989, 10, 982.
8. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comput Chem 1983, 4, 187-217.
9. Lifson, S.; Hagler, A. T.; Dauber, P. J Am Chem Soc 1979, 101, 5111-5121.
10. Hwang, M. J.; Stockfish, T. P.; Halgler, A. T. J Am Chem Soc 1994, 116, 2515-2525.
11. Momany, F. M.; Rone, R. J Comput Chem 1992, 13, 888-900.
12. Mayo, S. L.; Olafson, B. D.; Goddard, W. A., III J Phys Chem 1990, 94, 8879.
13. Rappé, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A., III; Skiff, W. M. J Am Chem Soc 1992, 114, 10024-10035.
14. Halgren, T. A. J Comput Chem 1996, 17, 490-519.
15. Halgren, T. A. J Comput Chem 1996, 17, 520-552.
16. Halgren, T. A. J Comput Chem 1996, 17, 553-586.
17. Halgren, T. A. J Comput Chem 1996, 17, 587-615.
18. Halgren, T. A. J Comput Chem 1996, 17, 615-641.
19. Halgren, T. A. J Comput Chem 1999, 20, 730-748.
20. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J Phys Chem 1993, 97, 10269-10280.
21. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1993, 9620-9631.
22. Fox, T.; Kollman, P. A. J Phys Chem 1998, 102, 8070-8079.
23. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1995, 16, 1357-1377.
24. Gundertofie, K.; Liljefors, T.; Norrby, P.-O.; Pettersson, I. J Comput Chem 1996, 17, 429-449.
25. Howard, A. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1995, 16, 243-261.
26. Rychnovsky, S. D.; Yang, G.; Powers, J. P. J Org Chem 1993, 58, 5251-5255.
27. Beachy, M. D.; Chasman, D.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Friesner, R. A. J Am Chem Soc 1997, 119, 5908-5920.
28. Gould, I. R.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1992, 13, 971-978.
29. Cornell, W. D.; Gould, I. R.; Kollman, P. A. J Mol Struct Theochem 1997, 392, 101-109.
30. Halgren, T. A. J Comput Chem 1999, 20, 720-729.
31. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T. A.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. GAUSSIAN-94; Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 1995.
32. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Ferguson, D. M.; Radmer, R. J.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER-5; University of California at San Francisco, San Francisco, CA, 1997.
33. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J Chem Phys 1995, 103, 8577-8593.
34. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J Chem Phys 1983, 79, 926-935.
35. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1977, 23, 327-341.
36. Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J Mol Biol 1981, 151, 535-556.
37. Liang, G.; Fox, P. C.; Bowen, J. P. J Comput Chem 1996, 17, 940-953.
38. Norrby, P. O.; Liljefors, T. J Comput Chem 1996, 19, 1146-1166.
39. Faller, R.; Schmitz, H.; Biermann, O.; Müller-Plathe, F. J Comput Chem 1999, 20, 1009-1017.
40. Radom, L.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J Am Chem Soc 1972, 94, 2371-2381.
41. Brunck, T. K.; Weinhold, F. J Am Chem Soc 1979, 101, 1700-1709.
42. Heenan, R. K.; Bartell, L. S. J Chem Phys 1983, 78, 1270-1274.
43. Cornell, W. D.; Ha, M. P.; Sun, Y.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1996, 17, 1541-1548.
44. Carreira, L. A.; Jiang, G. L.; Person, W. B.; Willis, J. N. J Chem Phys 1972, 56, 1440.
45. Allinger, N. L.; Grev, R. S.; Yates, B. F.; Schaefer, H. F., III J Am Chem Soc 1990, 112, 114-118.
46. Hirota, E.; Emdo, Y.; Saito, S.; Duncan, J. J Mol Spectrosc 1981, 89, 285-295.
47. Payne, P.; Allen, L. C. Modern Theoretical Chemistry: Applications of Electronic Structure Theory; Plenum: New York, 1987; Chapter 2.
48. Lowe, J. P. Prog Phys Org Chem 1968, 6, 1.
49. Applequist, J.; Carl, J. R.; Fung, K.-K. J Am Chem Soc 1972, 94, 2952.
50. Cremer, D.; Pople, J. J Am Chem Soc 1975, 97, 1354-1358.
51. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer: Tokyo, 1984.
52. Cheatham, T. E., III; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J Biomol Struct Dynam 1999, 16, 845-862.
53. Fox, T; Kollman, P. A. Prot Struct Funct Genet 1996, 25, 315-334.
54. Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J Mol Biol 1996, 259, 434-444.
55. Hobza, P.; Kabelác, M.; Šponer, J.; Mejzlík, P.; Vondrášek, J. J Comput Chem 1997, 18, 1136-1150.
56. Kuyper, L.; Ashton, D.; Merz, K. M., Jr.; Kollman, P. A. J Phys Chem 1991, 95, 6661-6666.
57. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J Phys Chem 1987, 91, 6269-6271.
58. Dixon, R. W.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1997, 18, 1632-1646.