The Filling Potential Method: A Method for Estimating the Free Energy Surface for Protein-Ligand Docking

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 47, 2003, Pages 13201-13210

  Fukunishi, Yoshifumi ^a   Mikami, Yoshiaki ^a,b   Nakamura, Haruki ^a,c  

^a NATIONAL INSTITUTE OF ADVANCED INDUSTRIAL SCIENCE AND TECHNOLOGY AIST   (Japan)

^b Koto ku   (Japan)

^c OSAKA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; BINDING ENERGY; COMPUTER SIMULATION; PERMITTIVITY; PROTEINS; STATISTICAL METHODS; SURFACE TREATMENT;

FREE ENERGY SURFACES; PROTEIN-LIGAND INTERACTIONS;

FREE ENERGY;

EID: 0344121638     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp035478e     Document Type: Article

References (47)

1. Taylor, R. D.; Jewsbury, P. J.; Essex, J. W. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2002, 16, 151-166.
2. Simonson, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 243-252.
3. Pierotti, R. A. Chem. Rev. 1976, 76, 717-726.
4. Eisenberg, D.; McLachlan, A. D. Nature 1986, 319, 199-203.
5. Ooi, T.; Oobatake, M.; Nemethy, G.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 3086-3091.
6. Calimet, N.; Schaefer, M.; Simonson, T. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001, 45, 144-158.
7. Fukunishi, Y.; Suzuki, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5634-5636.
8. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Pohorille, A.; Pratt, L. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 1996, 93, 8951-8956.
9. Rashin, A. A. J. Phys. Chem. 1989, 93, 4664-4669.
10. Bash, P.; Singh, C.; Brown, F. K.; Langridge, R.; Kollman, P. A. Science 1987, 235, 574-576.
11. Bash, P. A.; Singh, U. C.; Langridge, R.; Kollman, P. A. Science 1987, 236, 564-568.
12. Sneddon, S. F.; Tobias, D. J.; Brooks, C. L., III J. Mol. Biol. 1989, 216, 817-820.
13. Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 1992, 43, 407-435.
14. Beveridge, D. L.; DiCapua, F. M. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1989, 92, 18-431.
15. Kong, X.; Brooks, C. L., III J. Chem. Phys. 1996, 105, 2414-2423.
16. McCammon, J. A.; Harvey, S. C. Dynamics of Proteins and Nucleic Acids; Cambridge University Press: New York, 1987.
17. Brooks, C. L., III; Karplus, M.;Pettitt, B. M. Proteins; Wiley. New York, 1988.
18. Mangoni, R.; Roccatano, D.; Di Nola, A. Proteins 1999, 35, 153-162.
19. Di Nola, A.; Roccatano, D.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1994, 19, 174-182.
20. Heymann, B.; Grubmüller, H. Biophys. J. 2001, 61, 1295-1313.
21. Heymann, B.; Grubmüller, H. Phys. Rev. Lett. 2000, 84, 6126-6129.
22. Grubmüller, H.; Heymann, B.; Tavan, P. Science 1996, 271, 997-999.
23. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Lett. B 1991, 267, 249-253.
24. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Rev. Lett. 1992, 65, 9-12.
25. Nakajima, N.; Higo, J.; Kidera, A.; Nakamura, H. Chem. Phys. Lett. 1997, 275, 297-301.
26. Andricioaei, I.; Straub, J. E. Phys. Rev. E 1996, 53, 3055-3058.
27. Pak, Y.; Wang, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 354-359.
28. Fukuda, I.; Nakamura, H. Phys. Rev. E 2002, 65, 26105-26109.
29. Cvijovic, D.; Klinowski, J. Science 1995, 267, 664-666.
30. Huber, T.; Torda, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994, 8, 695-708.
31. Ge, R. P.; Qin, Y. F. JOTA 1987, 54, 241-252.
32. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swndsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Compt. Chem. 1992, 13, 1011-1021.
33. Kumar, S.; Payne, P. W.; Vasquez, M. J. Compt. Chem. 1996, 17, 1269-1275.
34. Verkhivker, G. M.; Rejto, P. A.; Bouzida, D.; Arthurs, S.; Colson, A. B. ; Freer, S. T.; Gehlhaar, D. K.; Larson, V.; Luty, B. A.; Matrone, T.; Rose, P. W. J. Mol. Recognit. 1999, 12, 371-389.
35. Grubmüller, H. Phys. Rev. E 1995, 52, 2893-2906.
36. Voter, A. F. Phys. Rev. Lett. 1997, 75, 3908-3911.
37. Voter, A. F. J. Chem. Phys. 1997, 106, 4665-4677.
38. Morikami, K.; Nakai, T.; Kidera, A.; Saito, M.; Nakamura, H. Comput. Chem. 1992, 16, 243-248.
39. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074.
40. Aqvist, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8021-8024.
41. Darden, T.; Pearlman, D.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys., 1998, 109, 10921-10935.
42. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. J.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
43. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E., Jr.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. M.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A.9; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
44. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
45. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
46. Payne, V. A.; Matubayasi, N.; Murphy, L. R.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 2054-2060.
47. Hausrath, A. C.; Matthews, B. W. Acta Crystallogr., Sect. D 2002, 58, 1002-1007.