Assessing energy functions for flexible docking

Journal of Computational Chemistry

Volumn 19, Issue 14, 1998, Pages 1612-1622

  Vieth, Michal ^a,b   Hirst, Jonathan D ^a   Kolinski, Andrzej ^a,c   Brooks III, Charles L ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b ELI LILLY AND COMPANY   (United States)

^c UNIVERSITY OF WARSAW   (Poland)

Author keywords

Docking; Energy functions; Molecular dynamics; Scoring functions; Simulated annealing

Indexed keywords

EID: 0000231302     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1612::AID-JCC7>3.0.CO;2-M     Document Type: Article

References (40)

1. R. C. Jackson, Curr. Opin. Biotechnol., 6, 646 (1995).
2. D. A. Gschwend, A. C. Good, and I. D. Kuntz, J. Mol. Recogn., 9, 175 (1996).
3. G. Jones and P. Willet, Curr. Opin. Biotechnol., 6, 652 (1995).
4. I. D. Kuntz, J. M. Blaney, S. J. Oatley, R. Langridge, and T. E. Ferrin, J. Mol. Biol., 161, 269 (1982).
5. D. E. Clark and D. R. Westhead, J. Comput.-Aided Mol. Design, 10, 337 (1996).
6. G. Bohm, Biophys. Chem., 59, 1 (1996).
7. D. S. Goodsell and A. J. Olson, Proteins, 8, 195 (1990).
8. N. Di Nola, D. Roccatano, and H. J. C. Berendsen, Proteins, 19, 174 (1994).
9. G. Jones, P. Willey, and R. C. Glen, J. Comput.-Aided Mol. Design, 9, 532 (1995).
10. R. S. Judson, E. P. Jaeger, and A. M. Treasurywala, J. Mol. Struct., 308, 191 (1994).
11. R. S. Judson, Y. T. Tan, E. Mori, C. Melius, E. P. Jeager, A. M. Treasurywala, and A. Mathiowetz, J. Comput. Chem., 16, 1405 (1995).
12. J. D. Hirst, B. Dominy, Z. Guo, M. Vieth, and C. L. Brooks III, Am. Chem. Symp. Series (in press).
13. M. Vieth, J. D. Hirst, B. N. Dominy, H. Daigler, and C. L. Brooks III. J. Comput. Chem. (this issue).
14. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus, J. Comput. Chem., 4, 187 (1983).
15. K. P. Clark and Ajay, J. Comput. Chem., 16, 1210 (1995).
16. A. Caflisch, S. Fischer, and M. Karplus, J. Comput. Chem., 18, 723 (1997).
17. M. Miller, J. Schneider, B. K. Sathynarayana, M. V. Toth, G. R. Marshall, L. Clawson, L. Selk, S. B. H. Kent, and A. Wlodawer, Science, 246, 1149 (1989).
18. P. C. Weber, D. H. Ohlendorf, J. J. Wendoloski, and F. R. Salemme, Science, 243, 85 (1989).
19. H. A. Gabb, R. M. Jackson, and M. J. E. Sternberg, J. Mol. Biol., 272, 106 (1997).
20. M. Marquart, J. Walter, J. Deisenhofer, W. Bode, and R. Huber, Acta Cryst., 39, 480 (1983).
21. E. A. Padlan, G. H. Cohen, and D. R. Davies, Ann. Immunol. (Paris), 136, 271 (1985).
22. W. I. Weis, A. T. Bruenger, J. J. Skehel, and D. C. Wiley, J. Mol. Biol., 212, 737 (1990).
23. M. E. M. Noble, R. K. Wierenga, A. M. Lambeir, F. R. Opperdoes, M. W. H. Thunnissen, K. H. Kalk, H. Groendijk, and W. G. J. Hol, Proteins, 10, 50 (1991).
24. Quanta, Molecular Simulations Inc., San Diego, CA, 1997.
25. Parameter files for ligands are available through anoynmous ftp from ftp.scripps.edu/ficio/parameters/ or www. scripps.edu/brooks/ficio/parameters/parameters.html, 1997.
26. B. K. Shoichet and I. D. Kuntz, J. Mol. Biol., 221, 327 (1991).
27. P. H. Walls and M. J. E. Sternberg, J. Mol. Biol., 228, 277 (1992).
28. M. Nilges, G. M. Clore, and A. M. Gronenbom, FEBS Lett., 229, 317 (1988).
29. C. A. Laughton, Prof. Eng., 7, 235 (1994).
30. J. Apostolakis, A. Pluckthun, and A. Caflisch, J. Comput. Chem., 19, 21 (1998).
31. J. Warwicker and H. C. Watson, J. Mol. Biol., 157, 671 (1982).
32. L. A. Mirny and E. I. Shakhnovich, J. Mol. Biol., 264, 1164 (1996).
33. A. M. Gutin, V. I. Abkevich, and E. I. Shakhnovich, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92, 1282 (1995).
34. A. Godzik, Prot. Eng., 8, 409 (1995).
35. A. Godzik, A. Kolinski, and J. Skolnick, J. Comput.-Aided Mol. Design, 78, 397 (1993).
36. D. Jones and J. Thornton, J. Comput.-Aided Mol. Des., 7, 439 (1993).
37. R. Luthy, J. U. Bowie, and D. Eisenberg, Nature, 356, 83 (1992).
38. J. U. Bowie, R. Luthy, and D. Eisenberg, Science, 253, 164 (1991).
39. G. M. Verkhivker, P. A. Rejto, D. K. Gehlhaar, and S. T. Freer, Proteins, 25, 342 (1996).
40. A. Miranker and M. Karplus, Proteins, 11, 29 (1991).