Synthetic adenine receptors: Direct calculation of binding affinity and entropy

Journal of the American Chemical Society

Volumn 122, Issue 12, 2000, Pages 2934-2937

  Luo, Ray ^a,b   Gilson, Michael K ^a  

^a UNIVERSITY OF MARYLAND BIOTECHNOLOGY INSTITUTE   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENOSINE RECEPTOR;

ARTICLE; ENTROPY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STABILITY; RECEPTOR AFFINITY; SOLVATION;

EID: 0034728563     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja994034m     Document Type: Article

References (39)

1. Gilson, M. K.; Given, J. A.; Head, M. S. Chem. Biol. 1997, 4, 87-92.
2. Head, M. S.; Given, J. A.; Gilson, M. K. J. Phys. Chem. 1997, 101, 1609-1618.
3. Luo, R.; Head, M. S.; Moult, J.; Gilson, M. K. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6138-6146.
4. Luo, R.; David, L.; Hung, H.; Devaney, J.; Gilson, M. K. J. Phys. Chem. 1999, 103, 727-736.
5. Luo, R.; Head, M. S.; Given, J. A.; Gilson, M. K. Biophys. Chem. 1999, 78, 183-193.
6. David, L.; Luo, R.; Head, M. S.; Gilson, M. K. J. Phys. Chem. 1999, 103, 1031-1044.
7. Mardis, K. L.; Glemza, A. J.; Brune, B. J.; Payne, G. F.; Gilson, M. K. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 9879-9887.
8. Mardis, K.; Luo, R.; David, L.; Potter, M.; Glemza, A.; Payne, G.; Gilson, M. K. J. Biomolec. Struct. Dyn., in press.
9. Rotello, V. M.; Viani, E. A.; Deslongchamps, G.; Murray, B. A.; Rebek, J., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 797-798.
10. Kato, Y.; Conn, M. M.; Rebek, J., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 1208-1212.
11. Jorgensen, W. L.; Buckner, J. K.; Boudon, S.; Tirado-Rives, J. J. Chem. Phys. 1988, 89, 3742-3746.
12. McQuarrie, D. A. Statistical Mechanics; Harper & Row: New York, 1973.
13. Spolar, R. S.; Record, M. T., Jr. Science 1994, 263, 777-784.
14. Gurney, R. W. Ionic Processes in Solutions; McGraw-Hill: New York, 1953.
15. Kauzmann, W. Adv. Prot. Chem. 1959, 14, 1-63.
16. Murphy, K. P.; Xie, D.; Thompson, K. S.; Amzel, L. M.; Freire, E. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1994, 18, 63-67.
17. Amzel, L. M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997, 28, 144-149.
18. Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1997, 72, 1047-1069.
19. Molecular Simulations Inc., Waltham, MA.
20. Press, W. H.; Flannery, B. P.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T. Numerical Recipes. The art of scientific computing; Cambridge University Press: Cambridge, 1989.
21. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comp. Chem. 1983, 4, 187-217.
22. MacKerell, A. D., Jr.; Wiókiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946-11975.
23. MacKerell, A.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R.; Evanseck, J.; Field, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D.; Prodhom, B.; Reiher, W.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
24. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comp. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
25. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129.
26. Gilson, M. K.; Honig, B. J. Comput.-Aided. Mol. Des. 1990, 5, 5-20.
27. Qiu, D.; Shenkin, P. S.; Hollinger, F. P.; Still, W. C. J. Phys. Chem. 1997, 101, 3005-3014.
28. Friedman, R. A.; Honig, B. Biophys. J. 1995, 69, 1528-1535.
29. Warwicker, J.; Watson, H. C. J. Mol. Biol. 1982, 157, 671-679.
30. Klapper, I.; Hagstrom, R.; Fine, R.; Sharp, K.; Honig, B. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 47-79.
31. Gilson, M. K.; Sharp, K. A.; Honig, B. H. J. Comput. Chem. 1988, 9, 327-335.
32. Davis, M. E.; Madura, J. D.; Luty, B. A.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 1991, 62, 187-197.
33. Hermans, J.; Shankar, S. Isr. J. Chem. 1986, 27, 225-227.
34. Roux, B.; Nina, M.; Pomes, R.; Smith, J. C. Biophys. J. 1996, 71, 670-681.
35. Hermans, J.; Wang, L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2707-2714.
36. Böhm, H.-J. J. Comput.-Aided. Mol. Des. 1994, 8, 243-256.
37. Hill, T. L. An Introduction to Statistical Thermodynamics; Dover: New York, 1986.
38. Williams, D. H.; Cox, J. P. L.; Doig, A. J.; Gardner, M.; Gerhard, U.; Kaye, P. T.; Lal, A. R.; Nicholls, I. A.; Salter, C. J.; Mitchell, R. C. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7020-7030.
39. Mammen, M.; Shaknovich, E. I.; Deutch, J. M.; Whitesides, G. M. J. Org. Chem. 1998, 63, 3821-3830.