Computer simulation studies of finite temperature conformational equilibrium in alanine-based peptides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 103, Issue 10, 1999, Pages 1752-1766

  Samuelson, S ^a   Martyna, G J ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000639219     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp983840x     Document Type: Article

References (46)

1. Rohl, C. A.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1994, 33, 7760.
2. Millhauser, G.; Martinez, G. J. Struct. Biol. 1995, 114, 23.
3. Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Biochemistry 1991, 30, 3864.
4. Tobias, D. J.; Brooks, C. L., III. Biochemistry 1991, 30, 6059.
5. Protein Folding; Creighton, T. E., Ed.; W. H. Freeman and Company: New York, 1992.
6. Bryngelson, J. D.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 7524.
7. Millhauser, G. L.; Stenland, C. J.; Bolin, K. A.; van de Ven, J. M. J. Biomol. NMR 1996, 7, 331.
8. Fiori, W. R.; Millhauser, G. L. Biopolymers 1995, 37, 243.
9. Yoder, G.; Pancoska, P.; Keiderling, T. A. Biochemistry 1997, 36, 15123.
10. Groebke, K.; Renold, P.; Tsang, K. Y.; Allen, T. J.; McClure, K. F.; Kemp, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4025.
11. Smythe, M. L.; Nakaie, C. R.; Garland, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10555.
12. Wood, T. D.; Chorush, R. A.; Wampler, F. M., III; Little, D. P.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2426.
13. Liu, Y. S.; Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Hoaglund, C. S.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1997, 69, A728.
14. Bowers, M. T.; Marshall, A. G.; McLafferty, F. W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12897.
15. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286.
16. Miick, S. M.; Casteel, K. M.; Millhauser, G. L. Biochemistry 1993, 32, 8014.
17. Millhauser, G. L. Biochemistry 1995, 34, 3873.
18. Toniolo, C.; Benedetti, E. Trends Biochem. Sci. 1991, 16, 350.
19. Pavone, V.; Benedetti, E.; Biblasio, B.; Peone, C.; Santini, A.; Bavoso, A.; Toniolo, C.; Crisma, M.; Sartore, L. J. Biomol. Struct. Dyn. 1990, 7, 1321.
20. Petsko, A.; Ringe, D. Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 1984, 13, 331.
21. Tuckerman, M.; Martyna, G. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990.
22. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1996, 87, 1117.
23. Martyna, G. J.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1994, 101, 4177.
24. Samuelson, S.; Martyna, G. J. Two-dimensional umbrella sampling techniques for the computer simulation study of helical peptides at thermal equilibrium: The 3K(I) peptide in vacuo and solution. J. Phys. Chem., accepted.
25. Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10141.
26. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Mertz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
27. MacKerell, A., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dumbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kcuhnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
28. Samuelson, S. O.; Tobias, D. J.; Martyna, G. J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7592.
29. Hughs, A.; Tuckerman, M. E.; Samuelson, S.; Tobias, D. J.; Yarne, D.; Klein, M. L.; Martyna, G. J. Mol. Phys., to be submitted.
30. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. Chem. Phys. Lett. 1974, 28, 578.
31. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon Press: Oxford, 1989.
32. Scheinerman, F. B.; Brooks, C. L., III. J. Mol. Biol. 1998, 278, 439.
33. Boczko, E. M.; Brooks, C. L., III. Science 1995, 269, 393.
34. Ferrenberg, A. M.; Swendsen, R. H. Phys. Rev. Lett. 1989, 63, 1195.
35. Kumar, S.; Bouzida, J.; Swendsen, R.; Kollman, P.; Rosenbreg. J. J. Comput. Chem. 1992, 13, 169.
36. Boczko, E. M.; Brooks, C. L., III. J. Phys. Chem. 1993, 97, 4509.
37. Roux, B. Comp. Phys. Comm. 1995, 91, 275.
38. Nosé, S.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1983, 50, 1055.
39. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695.
40. Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1980, 72, 2384.
41. Tobias, D. J.; Martyna, G. J.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. 1993, 97, 12959.
42. McQuarrie, D. A. Statistical Mechanics; Harper & Row: New York, 1976.
43. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
44. Wyttenbach, T.; Bushnell, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5098.
45. Pauling, L.; Corey, R. B.; Branson, H. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 205.
46. Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2426.