Application of a multiple time step algorithm to biomolecular systems

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 103, Issue 25, 1999, Pages 5396-5405

  Cheng, Ailan ^a   Merz Jr , Kenneth M ^a  

^a PENNSYLVANIA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000628431     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp990231w     Document Type: Article

References (34)

1. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
2. van Gunsteren, W. F.; Karplus, M. Macromolecules 1982, 15, 1528-1544.
3. Toxvaerd, S. J. Chem. Phys. 1987, 87, 6140-6143.
4. Swindoll, R. D.; Haile, J. M. J. Comput. Phys. 1984, 53, 289-298.
5. Teleman, O.; Jönnson, B. J. Comput. Chem. 1986, 7, 58-66.
6. Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1990, 93, 1287-1291.
7. Tuckerman, M. E.; Berne, B. J.; Rossi, A. J. Chem. Phys. 1991, 94, 1465-1469.
8. Tuckerman, M. E.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1991, 95, 8362-8364.
9. Tuckerman, M. E.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1991, 94, 6811-6815.
10. Tuckerman, M.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990-2001.
11. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1995, 87, 1117-1157.
12. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
13. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1655-1666.
14. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; S. Profeta, J.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
15. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
16. Watanabe, M.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1993, 99, 8063-8074.
17. Humphreys, D. D.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 6885-6892.
18. Watanabe, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 5680-5697.
19. Procacci, P.; Marchi, M. J. Chem. Phys. 1995, 104, 3003-3012.
20. Martyna, G. J.; Klein, M. L.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635-2643.
21. Cheng, A.; Merz, K. M., Jr. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1927-1937.
22. Cheng, A.; Stanton, R. S.; Vincent, J. J.; Damodaran, K. V.; Dixon, S. L.; Hartsough, D. S.; Best, S. A.; Merz, K. M., Jr. ROAR 1.0, 1997.
23. Trotter, H. F. Proc. Am. Math. Soc. 1959, 10, 545-551.
24. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon Press: Oxford, UK, 1987.
25. Mazur, A. K. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 473-479.
26. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; III, T. E. C.; Ross, W. S.; Simmerling, C.; Darden, T.; Merz, K. M., Jr.; Stanton, R. V.; Cheng, A.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Ferguson, D. M.; Radmer, R.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P.; Kollman, P. A. AMBER 5, 1997.
27. Cheng, A.; Merz, K. M., Jr. Biophys. J. 1997, 73, 2851-2873.
28. Damodaran, K. V.; Merz, K. M., Jr. Reviews in Computational Chemistry; VCH Publishers: New York, 1994; Volume V.
29. Damodaran, K. V.; Merz, K. M., Jr. Langmuir 1993, 9, 1179-1183.
30. Damodaran, K. V.; Merz, K. M., Jr. Biophys. J. 1994, 66, 1076-1087.
31. Damodaran, K. V.; Merz, K. M., Jr. Computer Simulation of Lipid Systems; Damodaran, K. V., Merz, K. M., Jr., Eds.; VCH Publishers: New York, 1994; Vol. 5, pp 269-298.
32. Jorgensen, W. L.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 569-578.
33. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
34. Procacci, P.; Marchi, M.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1998, 108, 8799-8803.