Application of a Molecular Dynamics Simulation Method with a Generalized Effective Potential to the Flexible Molecular Docking Problems

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 2, 2000, Pages 354-359

  Pak, Youngshang ^a   Wang, Shaomeng ^a  

^a GEORGETOWN UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000302276     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp993073h     Document Type: Article

References (28)

1. Goodsell, D. S.; Olson, A. J. Proteins 1990, 8, 195.
2. Caflisch, A.; Fischer, S.; Karplus, M. J. Comp. Chem. 1997, 18, 723.
3. Liu, M.; Wang, S. J. Comput.-Aided Mol. Design 1999, 13, 435.
4. Di Nola, N.; Roccatano, D.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1994, 19, 174.
5. Oshiro, C. M.; Kuntz, I. D.; Dixon, J. S. J. Comput.-Aided Mol. Design 1995, 9, 113.
6. Vieth, M.; Hirst, J. D.; Kolinski, A.; Brooks, C. L., III J. Comp. Chem. 1998, 19, 1612.
7. Vieth, M.; Hirst, J. D.; Dominy, B. N.; Daigler, H.; Brooks, C. L., III J. Comp. Chem. 1998, 19, 1623.
8. Pak, Y.; Wang, S. J. Chem. Phys. 1999, 111, 4359.
9. Tsallis, C. J. Stat. Phys. 1988, 52, 479.
10. Curado, E. M. F.; Tsallis, C. J. Phys. A 1991, 24, L69.
11. Ewing, T. J. A.; Kuntz, I. D. J. Comp. Chem. 1997, 18, 1175.
12. Jones, G.; Willen, P.; Glen, R. C.; Leach, A. R.; Taylor, R. J. Mol. Biol. 1997, 207, 727.
13. Rarey, M.; Kramer, B.; Lengauer, T.; Klebe, G. J. Mol. Biol. 1996, 261, 470.
14. Ren, J.; Esnouf, R.; Hopkins, A.; Willcox, B.; Jones, Y.; Ross, C.; Stammer, D.; Stuart, D. J. Med. Chem. 1996, 39, 1589.
15. Harel, M.; Schalk, L.; Ehret-Sabatier, F.; Bouet, M.; Goeldner, M.; Hirth, C.; Axelsen, P. H.; Silman, I.; Sussman, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9031.
16. Weber, P. C.; Ohlendorf, D. H.; Wendoloski, J. J.; Salemme, F. R. Science 1989, 243, 85.
17. Nakajima, N.; Higo, J.; Kidera, A.; Nakamura, H. Chem. Phys. Lett. 1997, 278, 297.
18. Apostolakis, J.; Pluckthun, A.; Caflish, A. J. Comput. Chem. 1998, 19, 21.
19. Sandak, B.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. Prot. Struct. Funct. Genet. 1998, 32, 159.
20. Zhang, G.; Kanzanietz, M. G.; Blumberg, P. M., Hurley, J. M. Cell 1995, 81, 917.
21. Andricioaei, I.; Straub, J. E. Phys. Rev. E 1996, 53, R3055.
22. Andricioaei, I.; Straub, J. E. J. Chem. Phys. 1997, 107, 9117.
23. Liu, Z.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1993, 99, 6071.
24. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
25. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
26. QUANTA; Molecular Simulations Inc.: San Diego, CA, 1997.
27. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
28. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.