Natural products as mediators of disease

Natural Product Reports

Volumn 34, Issue 2, 2017, Pages 194-219

  Garg, Neha ^a   Luzzatto Knaan, Tal ^a   Melnik, Alexey V ^a   Caraballo Rodríguez, Andrés Mauricio ^b   Floros, Dimitrios J ^c   Petras, Daniel ^a   Gregor, Rachel ^d   Dorrestein, Pieter C ^a   Phelan, Vanessa V ^a,e  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^b UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^d BEN GURION UNIVERSITY OF THE NEGEV   (Israel)

^e UNIVERSITY OF COLORADO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL PRODUCT;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HUMAN; MICROFLORA;

BIOLOGICAL PRODUCTS; HUMANS; MICROBIOTA; MOLECULAR STRUCTURE;

EID: 85012074236     PISSN: 02650568     EISSN: 14604752     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c6np00063k     Document Type: Review

References (344)

1. G. T. Carter Nat. Prod. Rep. 2011 28 1783 1789
2. A. L. Harvey R. Edrada-Ebel R. J. Quinn Nat. Rev. Drug Discovery 2015 14 111 129
3. D. J. Newman G. M. Cragg J. Nat. Prod. 2016 79 629 661
4. V. L. Challinor H. B. Bode Ann. N. Y. Acad. Sci. 2015 1354 82 97
5. M. S. Donia P. Cimermancic C. J. Schulze L. C. Wieland Brown J. Martin M. Mitreva J. Clardy R. G. Linington M. A. Fischbach Cell 2014 158 1402 1414
6. M. H. Medema M. A. Fischbach Nat. Chem. Biol. 2015 11 639 648
7. J. Qin R. Li J. Raes M. Arumugam K. S. Burgdorf C. Manichanh T. Nielsen N. Pons F. Levenez T. Yamada D. R. Mende J. Li J. Xu S. Li D. Li J. Cao B. Wang H. Liang H. Zheng Y. Xie J. Tap P. Lepage M. Bertalan J. M. Batto T. Hansen D. Le Paslier A. Linneberg H. B. Nielsen E. Pelletier P. Renault T. Sicheritz-Ponten K. Turner H. Zhu C. Yu M. Jian Y. Zhou Y. Li X. Zhang N. Qin H. Yang J. Wang S. Brunak J. Dore F. Guarner K. Kristiansen O. Pedersen J. Parkhill J. Weissenbach P. Bork S. D. Ehrlich Nature 2010 464 59 65
8. G. Sharon N. Garg J. Debelius R. Knight P. C. Dorrestein S. K. Mazmanian Cell Metab. 2014 20 719 730
9. R. Sender S. Fuchs R. Milo Cell 2016 164 337 340
10. F. Backhed R. E. Ley J. L. Sonnenburg D. A. Peterson J. I. Gordon Science 2005 307 1915 1920
11. G. Clarke E. M. Quigley J. F. Cryan T. G. Dinan Trends Mol. Med. 2009 15 478 489
12. S. Greenblum P. J. Turnbaugh E. Borenstein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 594 599
13. P. J. Kennedy J. F. Cryan T. G. Dinan G. Clarke World J. Gastroenterol. 2014 20 14105 14125
14. G. Major R. Spiller Curr. Opin. Endocrinol., Diabetes Obes. 2014 21 15 21
15. V. K. Ridaura J. J. Faith F. E. Rey J. Cheng A. E. Duncan A. L. Kau N. W. Griffin V. Lombard B. Henrissat J. R. Bain M. J. Muehlbauer O. Ilkayeva C. F. Semenkovich K. Funai D. K. Hayashi B. J. Lyle M. C. Martini L. K. Ursell J. C. Clemente W. Van Treuren W. A. Walters R. Knight C. B. Newgard A. C. Heath J. I. Gordon Science 2013 341 1241214
16. P. J. Turnbaugh M. Hamady T. Yatsunenko B. L. Cantarel A. Duncan R. E. Ley M. L. Sogin W. J. Jones B. A. Roe J. P. Affourtit M. Egholm B. Henrissat A. C. Heath R. Knight J. I. Gordon Nature 2009 457 480 484
17. J. U. Scher S. B. Abramson Nat. Rev. Rheumatol. 2011 7 569 578
18. J. U. Scher A. Sczesnak R. S. Longman N. Segata C. Ubeda C. Bielski T. Rostron V. Cerundolo E. G. Pamer S. B. Abramson C. Huttenhower D. R. Littman eLife 2013 2 e01202
19. X. Zhang D. Zhang H. Jia Q. Feng D. Wang D. Liang X. Wu J. Li L. Tang Y. Li Z. Lan B. Chen H. Zhong H. Xie Z. Jie W. Chen S. Tang X. Xu X. Wang X. Cai S. Liu Y. Xia X. Qiao J. Y. Al-Aama H. Chen L. Wang Q. J. Wu F. Zhang W. Zheng M. Zhang G. Luo W. Xue L. Xiao Y. Yin H. Yang J. Wang K. Kristiansen L. Liu T. Li Q. Huang Nat. Med. 2015 21 895 905
20. L. Dethlefsen M. McFall-Ngai D. A. Relman Nature 2007 449 811 818
21. M. R. Williams R. L. Gallo Curr. Allergy Asthma Rep. 2015 15 65
22. J. Davies J. Antibiot. 2013 66 361 364
23. V. V. Phelan W. T. Liu K. Pogliano P. C. Dorrestein Nat. Chem. Biol. 2012 8 26 35
24. L. A. Hawver S. A. Jung W. L. Ng FEMS Microbiol. Rev. 2016 40 738 752
25. S. Heeb M. P. Fletcher S. R. Chhabra S. P. Diggle P. Williams M. Camara FEMS Microbiol. Rev. 2011 35 247 274
26. T. Wongsuk P. Pumeesat N. Luplertlop J. Basic Microbiol. 2016 56 440 447
27. J. H. Crosa C. T. Walsh Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2002 66 223 249
28. M. A. Fischbach H. Lin D. R. Liu C. T. Walsh Nat. Chem. Biol. 2006 2 132 138
29. A. Koh F. De Vadder P. Kovatcheva-Datchary F. Backhed Cell 2016 165 1332 1345
30. W. J. Lee K. Hase Nat. Chem. Biol. 2014 10 416 424
31. J. Tan C. McKenzie M. Potamitis A. N. Thorburn C. R. Mackay L. Macia Adv. Immunol. 2014 121 91 119
32. E. P. Balskus Nat. Prod. Rep. 2015 32 1534 1540
33. H. B. Bode Angew. Chem. 2015 54 10408 10411
34. A. Fleming Bull. W. H. O. 2001 79 780 790
35. A. E. Clatworthy E. Pierson D. T. Hung Nat. Chem. Biol. 2007 3 541 548
36. P. Cimermancic M. H. Medema J. Claesen K. Kurita L. C. Wieland Brown K. Mavrommatis A. Pati P. A. Godfrey M. Koehrsen J. Clardy B. W. Birren E. Takano A. Sali R. G. Linington M. A. Fischbach Cell 2014 158 412 421
37. S. R. Gill M. Pop R. T. Deboy P. B. Eckburg P. J. Turnbaugh B. S. Samuel J. I. Gordon D. A. Relman C. M. Fraser-Liggett K. E. Nelson Science 2006 312 1355 1359
38. A. Bouslimani C. Porto C. M. Rath M. Wang Y. Guo A. Gonzalez D. Berg-Lyon G. Ackermann G. J. Moeller Christensen T. Nakatsuji L. Zhang A. W. Borkowski M. J. Meehan K. Dorrestein R. L. Gallo N. Bandeira R. Knight T. Alexandrov P. C. Dorrestein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 E2120 E2129
39. N. Fierer M. Hamady C. L. Lauber R. Knight Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 17994 17999
40. E. A. Grice H. H. Kong S. Conlan C. B. Deming J. Davis A. C. Young G. G. Bouffard R. W. Blakesley P. R. Murray E. D. Green M. L. Turner J. A. Segre Science 2009 324 1190 1192
41. A. L. Cogen V. Nizet R. L. Gallo Br. J. Dermatol. 2008 158 442 455
42. K. Findley E. A. Grice PLoS Pathog. 2014 10 e1004436
43. A. Nakabayashi Y. Sei J. Guillot Med. Mycol. 2000 38 337 341
44. C. W. Saunders A. Scheynius J. Heitman PLoS Pathog. 2012 8 e1002701
45. S. Falcocchio C. Ruiz F. I. J. Pastor L. Saso P. Diaz J. Mol. Catal. B: Enzym. 2006 40 132 137
46. C. N. Burkhart C. G. Burkhart Int. J. Dermatol. 2003 42 925 927
47. E. M. Gribbon W. J. Cunliffe K. T. Holland J. Gen. Microbiol. 1993 139 1745 1751
48. U. Jappe Acta Derm.-Venereol. 2003 83 241 248
49. T. Coenye E. Peeters H. J. Nelis Res. Microbiol. 2007 158 386 392
50. Y. Achermann E. J. Goldstein T. Coenye M. E. Shirtliff Clin. Microbiol. Rev. 2014 27 419 440
51. R. P. Allaker J. Greenman R. H. Osborne Microbios 1986 48 165 172
52. S. M. Puhvel M. Sakamoto J. Invest. Dermatol. 1978 71 324 329
53. M. Shu Y. Wang J. Yu S. Kuo A. Coda Y. Jiang R. L. Gallo C. M. Huang PLoS One 2013 8 e55380
54. L. C. Wieland Brown M. G. Acker J. Clardy C. T. Walsh M. A. Fischbach Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 2549 2553
55. J. Q. Gong L. Lin T. Lin F. Hao F. Q. Zeng Z. G. Bi D. Yi B. Zhao Br. J. Dermatol. 2006 155 680 687
56. C. Hauser B. Wuethrich L. Matter J. A. Wilhelm W. Sonnabend K. Schopfer Dermatologica 1985 170 35 39
57. C. K. Sen G. M. Gordillo S. Roy R. Kirsner L. Lambert T. K. Hunt F. Gottrup G. C. Gurtner M. T. Longaker Wound Repair Regen. 2009 17 763 771
58. D. Church S. Elsayed O. Reid B. Winston R. Lindsay Clin. Microbiol. Rev. 2006 19 403 434
59. S. Erol U. Altoparlak M. N. Akcay F. Celebi M. Parlak Burns 2004 30 357 361
60. P. I. Ramzy D. N. Herndon S. E. Wolf O. Irtun J. P. Barret R. J. Ramirez J. P. Heggers Arch. Surg. 1998 133 1275 1280
61. R. Wurtz M. Karajovic E. Dacumos B. Jovanovic M. Hanumadass Burns 1995 21 181 184
62. J. T. Trent D. Federman R. S. Kirsner Ostomy/Wound Management 2001 47 28 34
63. L. Johansson P. Thulin D. E. Low A. Norrby-Teglund Clin. Infect. Dis. 2010 51 58 65
64. E. M. Molloy P. D. Cotter C. Hill D. A. Mitchell R. P. Ross Nat. Rev. Microbiol. 2011 9 670 681
65. S. W. Lee D. A. Mitchell A. L. Markley M. E. Hensler D. Gonzalez A. Wohlrab P. C. Dorrestein V. Nizet J. E. Dixon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 5879 5884
66. V. Datta S. M. Myskowski L. A. Kwinn D. N. Chiem N. Varki R. G. Kansal M. Kotb V. Nizet Mol. Microbiol. 2005 56 681 695
67. P. N. Jimenez G. Koch J. A. Thompson K. B. Xavier R. H. Cool W. J. Quax Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2012 76 46 65
68. S. McGrath D. S. Wade E. C. Pesci FEMS Microbiol. Lett. 2004 230 27 34
69. H. Huse M. Whiteley Chem. Rev. 2011 111 152 159
70. G. Soberon-Chavez F. Lepine E. Deziel Appl. Microbiol. Biotechnol. 2005 68 718 725
71. M. Mentel E. G. Ahuja D. V. Mavrodi R. Breinbauer L. S. Thomashow W. Blankenfeldt ChemBioChem 2009 10 2295 2304
72. M. Muller Z. Li P. K. Maitz Burns 2009 35 500 508
73. G. Y. Liu A. Essex J. T. Buchanan V. Datta H. M. Hoffman J. F. Bastian J. Fierer V. Nizet J. Exp. Med. 2005 202 209 215
74. A. Pelz K. P. Wieland K. Putzbach P. Hentschel K. Albert F. Gotz J. Biol. Chem. 2005 280 32493 32498
75. B. Wieland C. Feil E. Gloria-Maercker G. Thumm M. Lechner J. M. Bravo K. Poralla F. Gotz J. Bacteriol. 1994 176 7719 7726
76. D. J. Gonzalez C. Y. Okumura A. Hollands R. Kersten K. Akong-Moore M. A. Pence C. L. Malone J. Derieux B. S. Moore A. R. Horswill J. E. Dixon P. C. Dorrestein V. Nizet J. Biol. Chem. 2012 287 13889 13898
77. D. J. Gonzalez L. Vuong I. S. Gonzalez N. Keller D. McGrosso J. H. Hwang J. Hung A. Zinkernagel J. E. Dixon P. C. Dorrestein V. Nizet Mol. Cell. Proteomics 2014 13 1262 1272
78. R. Wang K. R. Braughton D. Kretschmer T. H. Bach S. Y. Queck M. Li A. D. Kennedy D. W. Dorward S. J. Klebanoff A. Peschel F. R. DeLeo M. Otto Nat. Med. 2007 13 1510 1514
79. D. Kretschmer A. K. Gleske M. Rautenberg R. Wang M. Koberle E. Bohn T. Schoneberg M. J. Rabiet F. Boulay S. J. Klebanoff K. A. van Kessel J. A. van Strijp M. Otto A. Peschel Cell Host Microbe 2010 7 463 473
80. M. Rautenberg H. S. Joo M. Otto A. Peschel Faseb J. 2011 25 1254 1263
81. G. Y. Cheung K. Rigby R. Wang S. Y. Queck K. R. Braughton A. R. Whitney M. Teintze F. R. DeLeo M. Otto PLoS Pathog. 2010 6 e1001133
82. A. L. Cogen K. Yamasaki K. M. Sanchez R. A. Dorschner Y. Lai D. T. MacLeod J. W. Torpey M. Otto V. Nizet J. E. Kim R. L. Gallo J. Invest. Dermatol. 2010 130 192 200
83. Y. Lai A. L. Cogen K. A. Radek H. J. Park D. T. Macleod A. Leichtle A. F. Ryan A. Di Nardo R. L. Gallo J. Invest. Dermatol. 2010 130 2211 2221
84. R. L. Gallo and T. Nakatsuji, Firmocidin, an antimicrobial molecule produced by staphylococcus epidermidis, US Pat., Appl US20150290209, 2015
85. K. M. George D. Chatterjee G. Gunawardana D. Welty J. Hayman R. Lee P. L. Small Science 1999 283 854 857
86. A. Mve-Obiang R. E. Lee F. Portaels P. L. Small Infect. Immun. 2003 71 774 783
87. A. C. Chany C. Tresse V. Casarotto N. Blanchard Nat. Prod. Rep. 2013 30 1527 1567
88. H. Hong C. Demangel S. J. Pidot P. F. Leadlay T. Stinear Nat. Prod. Rep. 2008 25 447 454
89. Y. Kishi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 6703 6708
90. J. En M. Goto K. Nakanaga M. Higashi N. Ishii H. Saito S. Yonezawa H. Hamada P. L. Small Infect. Immun. 2008 76 2002 2007
91. E. Marion O. R. Song T. Christophe J. Babonneau D. Fenistein J. Eyer F. Letournel D. Henrion N. Clere V. Paille N. C. Guerineau J. P. Saint Andre P. Gersbach K. H. Altmann T. P. Stinear Y. Comoglio G. Sandoz L. Preisser Y. Delneste E. Yeramian L. Marsollier P. Brodin Cell 2014 157 1565 1576
92. R. P. Dickson J. R. Erb-Downward G. B. Huffnagle Expert Rev. Respir. Med. 2013 7 245 257
93. V. Friaza C. la Horra M. J. Rodriguez-Dominguez J. Martin-Juan R. Canton E. J. Calderon R. Del Campo J. Microbiol. Methods 2010 82 98 101
94. J. A. Aas B. J. Paster L. N. Stokes I. Olsen F. E. Dewhirst J. Clin. Microbiol. 2005 43 5721 5732
95. F. E. Dewhirst T. Chen J. Izard B. J. Paster A. C. Tanner W. H. Yu A. Lakshmanan W. G. Wade J. Bacteriol. 2010 192 5002 5017
96. M. A. Ghannoum R. J. Jurevic P. K. Mukherjee F. Cui M. Sikaroodi A. Naqvi P. M. Gillevet PLoS Pathog. 2010 6 e1000713
97. X. Xu J. He J. Xue Y. Wang K. Li K. Zhang Q. Guo X. Liu Y. Zhou L. Cheng M. Li Y. Li Y. Li W. Shi X. Zhou Environ. Microbiol. 2015 17 699 710
98. A. E. Duran-Pinedo J. Frias-Lopez Microbes Infect. 2015 17 505 516
99. W. G. Wade Pharmacol. Res. 2013 69 137 143
100. J. P. Burton C. N. Chilcott C. J. Moore G. Speiser J. R. Tagg J. Appl. Microbiol. 2006 100 754 764
101. K. F. Ross C. W. Ronson J. R. Tagg Appl. Environ. Microbiol. 1993 59 2014 2021
102. M. Upton J. R. Tagg P. Wescombe H. F. Jenkinson J. Bacteriol. 2001 183 3931 3938
103. A. Barbour J. Tagg O. K. Abou-Zied K. Philip Sci. Rep. 2016 6 31749
104. K. Abbe S. Takahashi T. Yamada J. Bacteriol. 1982 152 175 182
105. M. C. Badet B. Richard G. Dorignac J. Appl. Microbiol. 2001 90 1015 1018
106. P. M. Joyner J. Liu Z. Zhang J. Merritt F. Qi R. H. Cichewicz Org. Biomol. Chem. 2010 8 5486 5489
107. N. Takahashi Y. Iwami T. Yamada Oral Microbiol. Immunol. 1991 6 299 304
108. A. B. Berezow R. P. Darveau Periodontology 2000 2011 55 36 47
109. A. E. Duran-Pinedo T. Chen R. Teles J. R. Starr X. Wang K. Krishnan J. Frias-Lopez ISME J. 2014 8 1659 1672
110. S. A. Khan E. F. Kong T. F. Meiller M. A. Jabra-Rizk PLoS Pathog. 2015 11 e1004952
111. E. Schiffmann B. A. Corcoran S. M. Wahl Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1975 72 1059 1062
112. O. Takeuchi S. Akira Cell 2010 140 805 820
113. S. Boutin S. Y. Graeber M. Weitnauer J. Panitz M. Stahl D. Clausznitzer L. Kaderali G. Einarsson M. M. Tunney J. S. Elborn M. A. Mall A. H. Dalpke PLoS One 2015 10 e0116029
114. E. S. Charlson K. Bittinger A. R. Haas A. S. Fitzgerald I. Frank A. Yadav F. D. Bushman R. G. Collman Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2011 184 957 963
115. R. P. Dickson G. B. Huffnagle PLoS Pathog. 2015 11 e1004923
116. S. J. Siegel J. N. Weiser Annu. Rev. Microbiol. 2015 69 425 444
117. A. Zipperer M. C. Konnerth C. Laux A. Berscheid D. Janek C. Weidenmaier M. Burian N. A. Schilling C. Slavetinsky M. Marschal M. Willmann H. Kalbacher B. Schittek H. Brotz-Oesterhelt S. Grond A. Peschel B. Krismer Nature 2016 535 511 516
118. C. I. Chang Y. Chelliah D. Borek D. Mengin-Lecreulx J. Deisenhofer Science 2006 311 1761 1764
119. K. E. Luker A. N. Tyler G. R. Marshall W. E. Goldman Mol. Microbiol. 1995 16 733 743
120. K. E. Luker J. L. Collier E. W. Kolodziej G. R. Marshall W. E. Goldman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 2365 2369
121. B. T. Cookson H. L. Cho L. A. Herwaldt W. E. Goldman Infect. Immun. 1989 57 2223 2229
122. B. T. Cookson A. N. Tyler W. E. Goldman Biochemistry 1989 28 1744 1749
123. W. E. Goldman D. G. Klapper J. B. Baseman Infect. Immun. 1982 36 782 794
124. L. N. Heiss J. R. Lancaster Jr. J. A. Corbett W. E. Goldman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 267 270
125. S. Dawid A. M. Roche J. N. Weiser Infect. Immun. 2007 75 443 451
126. S. Dawid M. E. Sebert J. N. Weiser J. Bacteriol. 2009 191 1509 1518
127. J. A. Garcia-Rodriguez M. J. Fresnadillo Martinez J. Antimicrob. Chemother. 2002 50 S2 59 73
128. C. G. Whitney M. M. Farley J. Hadler L. H. Harrison N. M. Bennett R. Lynfield A. Reingold P. R. Cieslak T. Pilishvili D. Jackson R. R. Facklam J. H. Jorgensen A. Schuchat N. Engl. J. Med. 2003 348 1737 1746
129. A. L. Bisno M. A. Gerber J. M. Gwaltney Jr. E. L. Kaplan R. H. Schwartz Clin. Infect. Dis. 2002 35 113 125
130. D. Herbert E. W. Todd Br. J. Exp. Pathol. 1944 25 242 254
131. M. Yoshino S. Y. Murayama K. Sunaoshi T. Wajima M. Takahashi J. Masaki I. Kurokawa K. Ubukata J. Clin. Microbiol. 2010 48 635 638
132. J. M. Beck V. B. Young G. B. Huffnagle Transl. Res. 2012 160 258 266
133. P. S. Hasleton J. Anat. 1972 112 391 400
134. E. S. Charlson J. M. Diamond K. Bittinger A. S. Fitzgerald A. Yadav A. R. Haas F. D. Bushman R. G. Collman Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2012 186 536 545
135. A. Morris J. M. Beck P. D. Schloss T. B. Campbell K. Crothers J. L. Curtis S. C. Flores A. P. Fontenot E. Ghedin L. Huang K. Jablonski E. Kleerup S. V. Lynch E. Sodergren H. Twigg V. B. Young C. M. Bassis A. Venkataraman T. M. Schmidt G. M. Weinstock H. I. V. M. P. Lung Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2013 187 1067 1075
136. Y. J. Huang S. Nariya J. M. Harris S. V. Lynch D. F. Choy J. R. Arron H. Boushey J. Allergy Clin. Immunol. 2015 136 874 884
137. A. Riiser Allergy, Asthma, Clin. Immunol. 2015 11 35
138. Z. Wang M. Bafadhel K. Haldar A. Spivak D. Mayhew B. E. Miller R. Tal-Singer S. L. Johnston M. Y. Ramsheh M. R. Barer C. E. Brightling J. R. Brown Eur. Respir. J. 2016 47 1082 1092
139. R. Dy S. Sethi Curr. Opin. Pulm. Med. 2016 22 196 202
140. Y. J. Huang J. J. LiPuma Clin. Chest Med. 2016 37 59 67
141. L. J. Caverly J. Zhao J. J. LiPuma Pediatr Pulmonol 2015 50 40 S31 S38
142. Y. C. Liu K. G. Chan C. Y. Chang Front. Microbiol. 2015 6 1226
143. P. A. Beare R. J. For L. W. Martin I. L. Lamont Mol. Microbiol. 2003 47 195 207
144. A. Price-Whelan L. E. Dietrich D. K. Newman Nat. Chem. Biol. 2006 2 71 78
145. L. Zulianello C. Canard T. Kohler D. Caille J. S. Lacroix P. Meda Infect. Immun. 2006 74 3134 3147
146. R. C. Hunter V. Klepac-Ceraj M. M. Lorenzi H. Grotzinger T. R. Martin D. K. Newman Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2012 47 738 745
147. H. L. Barr N. Halliday M. Camara D. A. Barrett P. Williams D. L. Forrester R. Simms A. R. Smyth D. Honeybourne J. L. Whitehouse E. F. Nash J. Dewar A. Clayton A. J. Knox A. W. Fogarty Eur. Respir. J. 2015 46 1046 1054
148. R. A. Quinn V. V. Phelan K. L. Whiteson N. Garg B. A. Bailey Y. W. Lim D. J. Conrad P. C. Dorrestein F. L. Rohwer ISME J. 2016 10 1483 1498
149. J. W. Bok D. Hoffmeister L. A. Maggio-Hall R. Murillo J. D. Glasner N. P. Keller Chem. Biol. 2006 13 31 37
150. J. C. Frisvad T. O. Larsen Front. Microbiol. 2015 6 1485
151. P. J. Donnelly R. K. Stewart S. L. Ali A. A. Conlan K. R. Reid D. Petsikas T. E. Massey Carcinogenesis 1996 17 2487 2494
152. D. L. Eaton E. P. Gallagher Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 1994 34 135 172
153. T. E. Massey G. B. Smith A. S. Tam Exp. Lung Res. 2000 26 673 683
154. R. Singh D. P. Hsieh Arch. Biochem. Biophys. 1977 178 285 292
155. S. K. Dolan G. O'Keeffe G. W. Jones S. Doyle Trends Microbiol. 2015 23 419 428
156. J. A. Sugui J. Pardo Y. C. Chang K. A. Zarember G. Nardone E. M. Galvez A. Mullbacher J. I. Gallin M. M. Simon K. J. Kwon-Chung Eukaryotic Cell 2007 6 1562 1569
157. H. S. Choi J. S. Shim J. A. Kim S. W. Kang H. J. Kwon Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007 359 523 528
158. D. H. Scharf T. Heinekamp N. Remme P. Hortschansky A. A. Brakhage C. Hertweck Appl. Microbiol. Biotechnol. 2012 93 467 472
159. R. Amin A. Dupuis S. D. Aaron F. Ratjen Chest 2010 137 171 176
160. L. W. Leclair D. A. Hogan Med. Mycol. 2010 48 1 S125 S132
161. D. Shoseyov K. G. Brownlee S. P. Conway E. Kerem Chest 2006 130 222 226
162. W. J. Moree V. V. Phelan C. H. Wu N. Bandeira D. S. Cornett B. M. Duggan P. C. Dorrestein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 13811 13816
163. B. Briard P. Bomme B. E. Lechner G. L. Mislin V. Lair M. C. Prevost J. P. Latge H. Haas A. Beauvais Sci. Rep. 2015 5 8220
164. H. Zheng J. Kim M. Liew J. K. Yan O. Herrera J. W. Bok N. L. Kelleher N. P. Keller Y. Wang Curr. Biol. 2015 25 29 37
165. J. A. Ferreira J. C. Penner R. B. Moss J. A. Haagensen K. V. Clemons A. M. Spormann H. Nazik K. Cohen N. Banaei E. Carolino D. A. Stevens PLoS One 2015 10 e0134692
166. A. Zumla M. Raviglione R. Hafner C. F. von Reyn N. Engl. J. Med. 2013 368 745 755
167. A. A. Velayati M. R. Masjedi P. Farnia P. Tabarsi J. Ghanavi A. H. Ziazarifi S. E. Hoffner Chest 2009 136 420 425
168. B. Lechartier J. Rybniker A. Zumla S. T. Cole EMBO Mol. Med. 2014 6 158 168
169. S. T. Cole R. Brosch J. Parkhill T. Garnier C. Churcher D. Harris S. V. Gordon K. Eiglmeier S. Gas C. E. Barry 3rd F. Tekaia K. Badcock D. Basham D. Brown T. Chillingworth R. Connor R. Davies K. Devlin T. Feltwell S. Gentles N. Hamlin S. Holroyd T. Hornsby K. Jagels A. Krogh J. McLean S. Moule L. Murphy K. Oliver J. Osborne M. A. Quail M. A. Rajandream J. Rogers S. Rutter K. Seeger J. Skelton R. Squares S. Squares J. E. Sulston K. Taylor S. Whitehead B. G. Barrell Nature 1998 393 537 544
170. J. J. De Voss K. Rutter B. G. Schroeder H. Su Y. Zhu C. E. Barry 3rd Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 1252 1257
171. L. E. Quadri J. Sello T. A. Keating P. H. Weinreb C. T. Walsh Chem. Biol. 1998 5 631 645
172. K. A. Brown C. Ratledge Biochim. Biophys. Acta 1975 385 207 220
173. J. A. Ferreras K. L. Stirrett X. Lu J. S. Ryu C. E. Soll D. S. Tan L. E. Quadri Chem. Biol. 2008 15 51 61
174. J. M. Pang E. Layre L. Sweet A. Sherrid D. B. Moody A. Ojha D. R. Sherman J. Bacteriol. 2012 194 715 721
175. A. K. Azad T. D. Sirakova N. D. Fernandes P. E. Kolattukudy J. Biol. Chem. 1997 272 16741 16745
176. M. B. Reed P. Domenech C. Manca H. Su A. K. Barczak B. N. Kreiswirth G. Kaplan C. E. Barry 3rd Nature 2004 431 84 87
177. O. A. Trivedi P. Arora A. Vats M. Z. Ansari R. Tickoo V. Sridharan D. Mohanty R. S. Gokhale Mol. Cell 2005 17 631 643
178. L. Tsenova E. Ellison R. Harbacheuski A. L. Moreira N. Kurepina M. B. Reed B. Mathema C. E. Barry 3rd G. Kaplan J. Infect. Dis. 2005 192 98 106
179. V. Rao N. Fujiwara S. A. Porcelli M. S. Glickman J. Exp. Med. 2005 201 535 543
180. R. Blumberg F. Powrie Sci. Transl. Med. 2012 4 137rv7
181. P. B. Eckburg E. M. Bik C. N. Bernstein E. Purdom L. Dethlefsen M. Sargent S. R. Gill K. E. Nelson D. A. Relman Science 2005 308 1635 1638
182. A. B. Shreiner J. Y. Kao V. B. Young Curr. Opin. Gastroenterol. 2015 31 69 75
183. J. J. Faith J. L. Guruge M. Charbonneau S. Subramanian H. Seedorf A. L. Goodman J. C. Clemente R. Knight A. C. Heath R. L. Leibel M. Rosenbaum J. I. Gordon Science 2013 341 1237439
184. P. C. Dorrestein S. K. Mazmanian R. Knight Immunity 2014 40 824 832
185. N. W. Palm M. R. de Zoete T. W. Cullen N. A. Barry J. Stefanowski L. Hao P. H. Degnan J. Hu I. Peter W. Zhang E. Ruggiero J. H. Cho A. L. Goodman R. A. Flavell Cell 2014 158 1000 1010
186. A. F. Andersson M. Lindberg H. Jakobsson F. Backhed P. Nyren L. Engstrand PLoS One 2008 3 e2836
187. E. M. Bik P. B. Eckburg S. R. Gill K. E. Nelson E. A. Purdom F. Francois G. Perez-Perez M. J. Blaser D. A. Relman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 732 737
188. S. Kato S. Fujimura K. Kimura T. Nishio S. Hamada T. Minoura M. Oda Dig. Dis. Sci. 2006 51 641 646
189. J. G. Kusters A. H. van Vliet E. J. Kuipers Clin. Microbiol. Rev. 2006 19 449 490
190. D. A. Keire P. Anton K. F. Faull E. Ruth J. H. Walsh P. Chew D. Quisimoro M. Territo J. R. Reeve Jr. J. Biol. Chem. 2001 276 48847 48853
191. A. Sheh J. G. Fox Gut Microbes 2013 4 505 531
192. J. Viala C. Chaput I. G. Boneca A. Cardona S. E. Girardin A. P. Moran R. Athman S. Memet M. R. Huerre A. J. Coyle P. S. DiStefano P. J. Sansonetti A. Labigne J. Bertin D. J. Philpott R. L. Ferrero Nat. Immunol. 2004 5 1166 1174
193. I. T. Vermeer M. M. Gerrits E. J. Moonen L. G. Engels J. W. Dallinga J. C. Kleinjans J. M. van Maanen E. J. Kuipers J. G. Kusters Helicobacter 2002 7 163 169
194. C. A. Lozupone J. I. Stombaugh J. I. Gordon J. K. Jansson R. Knight Nature 2012 489 220 230
195. M. Begley C. G. Gahan C. Hill FEMS Microbiol. Rev. 2005 29 625 651
196. P. Gerard Pathogens 2013 3 14 24
197. C. M. Rath T. Alexandrov S. K. Higginbottom J. Song M. E. Milla M. A. Fischbach J. L. Sonnenburg P. C. Dorrestein Anal. Chem. 2012 84 9259 9267
198. E. P. Neis C. H. Dejong S. S. Rensen Nutrients 2015 7 2930 2946
199. J. C. Clemente L. K. Ursell L. W. Parfrey R. Knight Cell 2012 148 1258 1270
200. M. S. Donia M. A. Fischbach Science 2015 349 1254766
201. E. K. McCranie B. O. Bachmann Nat. Prod. Rep. 2014 31 1026 1042
202. S. I. Patzer M. R. Baquero D. Bravo F. Moreno K. Hantke Microbiology 2003 149 2557 2570
203. A. Zschuttig K. Zimmermann J. Blom A. Goesmann C. Pohlmann F. Gunzer PLoS One 2012 7 e33351
204. E. M. Nolan M. A. Fischbach A. Koglin C. T. Walsh J. Am. Chem. Soc. 2007 129 14336 14347
205. E. Strahsburger M. Baeza O. Monasterio R. Lagos Antimicrob. Agents Chemother. 2005 49 3083 3086
206. X. Thomas D. Destoumieux-Garzon J. Peduzzi C. Afonso A. Blond N. Birlirakis C. Goulard L. Dubost R. Thai J. C. Tabet S. Rebuffat J. Biol. Chem. 2004 279 28233 28242
207. T. Secher C. Brehin E. Oswald Am. J. Physiol.: Gastrointest. Liver Physiol. 2016 311 G123 G129
208. J. P. Nougayrede S. Homburg F. Taieb M. Boury E. Brzuszkiewicz G. Gottschalk C. Buchrieser J. Hacker U. Dobrindt E. Oswald Science 2006 313 848 851
209. J. C. Arthur E. Perez-Chanona M. Muhlbauer S. Tomkovich J. M. Uronis T. J. Fan B. J. Campbell T. Abujamel B. Dogan A. B. Rogers J. M. Rhodes A. Stintzi K. W. Simpson J. J. Hansen T. O. Keku A. A. Fodor C. Jobin Science 2012 338 120 123
210. X. Bian J. Fu A. Plaza J. Herrmann D. Pistorius A. F. Stewart Y. Zhang R. Muller ChemBioChem 2013 14 1194 1197
211. C. A. Brotherton E. P. Balskus J. Am. Chem. Soc. 2013 135 3359 3362
212. X. Bian A. Plaza Y. Zhang R. Muller Chem. Sci. 2015 6 3154 3160
213. C. A. Brotherton M. Wilson G. Byrd E. P. Balskus Org. Lett. 2015 17 1545 1548
214. A. R. Healy M. I. Vizcaino J. M. Crawford S. B. Herzon J. Am. Chem. Soc. 2016 138 5426 5432
215. Z. R. Li Y. Li J. Y. Lai J. Tang B. Wang L. Lu G. Zhu X. Wu Y. Xu P. Y. Qian ChemBioChem 2015 16 1715 1719
216. M. I. Vizcaino J. M. Crawford Nat. Chem. 2015 7 411 417
217. L. Zha M. R. Wilson C. A. Brotherton E. P. Balskus ACS Chem. Biol. 2016 11 1287 1295
218. Z. R. Li J. Li J. P. Gu J. Y. Lai B. M. Duggan W. P. Zhang Z. L. Li Y. X. Li R. B. Tong Y. Xu D. H. Lin B. S. Moore P. Y. Qian Nat. Chem. Biol. 2016 12 773 775
219. P. R. Weiglmeier P. Rosch H. Berkner Toxins 2010 2 2213 2229
220. S. Yoshimura H. Ikemura H. Watanabe S. Aimoto Y. Shimonishi S. Hara T. Takeda T. Miwatani Y. Takeda FEBS Lett. 1985 181 138 142
221. F. A. Klipstein R. F. Engert R. A. Houghten Infect. Immun. 1983 42 838 841
222. T. Takao N. Tominaga Y. Shimonishi S. Hara T. Inoue A. Miyama Biochem. Biophys. Res. Commun. 1984 125 845 851
223. T. Takeda Y. Peina A. Ogawa S. Dohi H. Abe G. B. Nair S. C. Pal FEMS Microbiol. Lett. 1991 64 23 27
224. G. Schneditz J. Rentner S. Roier J. Pletz K. A. Herzog R. Bucker H. Troeger S. Schild H. Weber R. Breinbauer G. Gorkiewicz C. Hogenauer E. L. Zechner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 13181 13186
225. A. Darby K. Lertpiriyapong U. Sarkar U. Seneviratne D. S. Park E. R. Gamazon C. Batchelder C. Cheung E. M. Buckley N. S. Taylor Z. Shen S. R. Tannenbaum J. S. Wishnok J. G. Fox PLoS One 2014 9 e100542
226. N. Mohr H. Budzikiewicz Tetrahedron 1982 38 147 152
227. T. Shioiri T. Aoyama N. Yamagami N. Shimizu N. Mori K. Kohda Anti-Cancer Drug Des. 1995 10 167 176
228. M. J. Hamilton A. R. Weingarden M. J. Sadowsky A. Khoruts Am. J. Gastroenterol. 2012 107 761 767
229. F. Rohlke C. M. Surawicz N. Stollman J. Clin. Gastroenterol. 2010 44 567 570
230. S. S. Yoon L. J. Brandt J. Clin. Gastroenterol. 2010 44 562 566
231. J. Bien V. Palagani P. Bozko Ther. Adv. Gastroenterol. 2013 6 53 68
232. C. G. Buffie I. Jarchum M. Equinda L. Lipuma A. Gobourne A. Viale C. Ubeda J. Xavier E. G. Pamer Infect. Immun. 2012 80 62 73
233. C. G. Buffie V. Bucci R. R. Stein P. T. McKenney L. Ling A. Gobourne D. No H. Liu M. Kinnebrew A. Viale E. Littmann M. R. van den Brink R. R. Jenq Y. Taur C. Sander J. R. Cross N. C. Toussaint J. B. Xavier E. G. Pamer Nature 2015 517 205 208
234. M. B. Francis C. A. Allen R. Shrestha J. A. Sorg PLoS Pathog. 2013 9 e1003356
235. J. A. Sorg A. L. Sonenshein J. Bacteriol. 2010 192 4983 4990
236. J. A. Sorg A. L. Sonenshein J. Bacteriol. 2008 190 2505 2512
237. K. H. Wilson J. Clin. Microbiol. 1983 18 1017 1019
238. S. M. Collins M. Surette P. Bercik Nat. Rev. Microbiol. 2012 10 735 742
239. T. R. Sampson S. K. Mazmanian Cell Host Microbe 2015 17 565 576
240. W. H. Moos D. V. Faller D. N. Harpp I. Kanara J. Pernokas W. R. Powers K. Steliou BioRes. Open Access 2016 5 137 145
241. Q. Li J. M. Zhou Neuroscience 2016 324 131 139
242. M. Berger J. A. Gray B. L. Roth Annu. Rev. Med. 2009 60 355 366
243. J. A. Bravo P. Forsythe M. V. Chew E. Escaravage H. M. Savignac T. G. Dinan J. Bienenstock J. F. Cryan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 16050 16055
244. M. Irsfeld M. Spadafore B. M. Prüss WebmedCentral 2013 4 4409
245. R. Wall J. F. Cryan R. P. Ross G. F. Fitzgerald T. G. Dinan C. Stanton Adv. Exp. Med. Biol. 2014 817 221 239
246. J. R. Brestoff D. Artis Nat. Immunol. 2013 14 676 684
247. A. N. Thorburn L. Macia C. R. Mackay Immunity 2014 40 833 842
248. J. B. Adams L. J. Johansen L. D. Powell D. Quig R. A. Rubin BMC Gastroenterol. 2011 11 22
249. D. L. Coury P. Ashwood A. Fasano G. Fuchs M. Geraghty A. Kaul G. Mawe P. Patterson N. E. Jones Pediatrics 2012 130 2 S160 S168
250. E. Y. Hsiao Harv. Rev. Psychiatr. 2014 22 104 111
251. S. W. Hulbert Y. H. Jiang Neuroscience 2016 321 3 23
252. E. Y. Hsiao S. W. McBride S. Hsien G. Sharon E. R. Hyde T. McCue J. A. Codelli J. Chow S. E. Reisman J. F. Petrosino P. H. Patterson S. K. Mazmanian Cell 2013 155 1451 1463
253. L. Altieri C. Neri R. Sacco P. Curatolo A. Benvenuto F. Muratori E. Santocchi C. Bravaccio C. Lenti M. Saccani R. Rigardetto M. Gandione A. Urbani A. M. Persico Biomarkers 2011 16 252 260
254. A. M. Persico V. Napolioni Neurotoxicol. Teratol. 2013 36 82 90
255. Y. Belkaid T. W. Hand Cell 2014 157 121 141
256. S. Yoshimoto T. M. Loo K. Atarashi H. Kanda S. Sato S. Oyadomari Y. Iwakura K. Oshima H. Morita M. Hattori K. Honda Y. Ishikawa E. Hara N. Ohtani Nature 2013 499 97 101
257. G. Kuwata K. Hiramatsu K. Samejima K. Iwasaki K. Takahashi K. Koizumi S. Horiguchi S. S. Moriya M. Kobayashi M. Kawakita J. Cancer Res. Clin. Oncol. 2013 139 925 932
258. Z. Wang E. Klipfell B. J. Bennett R. Koeth B. S. Levison B. Dugar A. E. Feldstein E. B. Britt X. Fu Y. M. Chung Y. Wu P. Schauer J. D. Smith H. Allayee W. H. Tang J. A. DiDonato A. J. Lusis S. L. Hazen Nature 2011 472 57 63
259. I. W. Wu K. H. Hsu C. C. Lee C. Y. Sun H. J. Hsu C. J. Tsai C. Y. Tzen Y. C. Wang C. Y. Lin M. S. Wu Nephrol., Dial., Transplant. 2011 26 938 947
260. W. R. Wikoff A. T. Anfora J. Liu P. G. Schultz S. A. Lesley E. C. Peters G. Siuzdak Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 3698 3703
261. L. J. Cohen H. S. Kang J. Chu Y. H. Huang E. A. Gordon B. V. Reddy M. A. Ternei J. W. Craig S. F. Brady Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 E4825 E4834
262. L. Q. Le J. H. Kabarowski Z. Weng A. B. Satterthwaite E. T. Harvill E. R. Jensen J. F. Miller O. N. Witte Immunity 2001 14 561 571
263. M. P. Barrett R. J. Burchmore A. Stich J. O. Lazzari A. C. Frasch J. J. Cazzulo S. Krishna Lancet 2003 362 1469 1480
264. G. Huet C. Richet D. Demeyer H. Bisiau B. Soudan D. Tetaert K. K. Han P. Degand Biochim. Biophys. Acta 1992 1138 213 221
265. J. Mengaud H. Ohayon P. Gounon R. M. Mege P. Cossart Cell 1996 84 923 932
266. K. Kristensson M. Nygard G. Bertini M. Bentivoglio Prog. Neurobiol. 2010 91 152 171
267. W. Masocha K. Kristensson Virulence 2012 3 202 212
268. K. S. Doran A. Banerjee O. Disson M. Lecuit Cold Spring Harbor Perspect. Med. 2013 3 a010090
269. M. Lecuit Clin. Microbiol. Infect. 2005 11 430 436
270. R. Brun J. Blum F. Chappuis C. Burri Lancet 2010 375 148 159
271. E. M. Cornford W. D. Bocash L. D. Braun P. D. Crane W. H. Oldendorf A. J. MacInnis J. Clin. Invest. 1979 63 1241 1248
272. J. R. Seed T. M. Seed J. Sechelski Comp. Biochem. Physiol., C: Comp. Pharmacol. 1978 60 175 185
273. J. A. Vazquez-Boland M. Kuhn P. Berche T. Chakraborty G. Dominguez-Bernal W. Goebel B. Gonzalez-Zorn J. Wehland J. Kreft Clin. Microbiol. Rev. 2001 14 584 640
274. C. Geoffroy J. L. Gaillard J. E. Alouf P. Berche Infect. Immun. 1987 55 1641 1646
275. P. D. Cotter L. A. Draper E. M. Lawton K. M. Daly D. S. Groeger P. G. Casey R. P. Ross C. Hill PLoS Pathog. 2008 4 e1000144
276. A. Ronald Am. J. Med. 2002 113 14 19
277. E. E. Hilt K. McKinley M. M. Pearce A. B. Rosenfeld M. J. Zilliox E. R. Mueller L. Brubaker X. Gai A. J. Wolfe P. C. Schreckenberger J. Clin. Microbiol. 2014 52 871 876
278. D. E. Nelson B. Van Der Pol Q. Dong K. V. Revanna B. Fan S. Easwaran E. Sodergren G. M. Weinstock L. Diao J. D. Fortenberry PLoS One 2010 5 e14116
279. A. J. Wolfe E. Toh N. Shibata R. Rong K. Kenton M. Fitzgerald E. R. Mueller P. Schreckenberger Q. Dong D. E. Nelson L. Brubaker J. Clin. Microbiol. 2012 50 1376 1383
280. W. E. Stamm N. Engl. J. Med. 2001 345 1055 1057
281. T. M. Hooton N. Engl. J. Med. 2012 366 1028 1037
282. G. R. Nielubowicz H. L. Mobley Nat. Rev. Urol. 2010 7 430 441
283. K. A. Kline A. L. Lewis Microbiol. Spectrum 2016 4 10.1128/microbiolspec.UTI-0012-2012
284. M. Demir I. Kaleli Clin. Microbiol. Infect. 2004 10 1011 1014
285. J. P. Henderson J. R. Crowley J. S. Pinkner J. N. Walker P. Tsukayama W. E. Stamm T. M. Hooton S. J. Hultgren PLoS Pathog. 2009 5 e1000305
286. K. N. Raymond E. A. Dertz S. S. Kim Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 3584 3588
287. M. A. Vagrali Indian J. Pathol. Bacteriol. 2009 52 126 127
288. P. Gajer R. M. Brotman G. Bai J. Sakamoto U. M. Schütte X. Zhong S. S. Koenig L. Fu Z. S. Ma X. Zhou Z. Abdo L. J. Forney J. Ravel Sci. Transl. Med. 2012 4 132ra152
289. J. Ravel P. Gajer Z. Abdo G. M. Schneider S. S. Koenig S. L. McCulle S. Karlebach R. Gorle J. Russell C. O. Tacket R. M. Brotman C. C. Davis K. Ault L. Peralta L. J. Forney Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 1 4680 4687
290. J. M. Marrazzo Anaerobe 2011 17 186 190
291. G. V. Sridharan K. Choi C. Klemashevich C. Wu D. Prabakaran L. B. Pan S. Steinmeyer C. Mueller M. Yousofshahi R. C. Alaniz K. Lee A. Jayaraman Nat. Commun. 2014 5 5492
292. L. K. Ursell H. J. Haiser W. Van Treuren N. Garg L. Reddivari J. Vanamala P. C. Dorrestein P. J. Turnbaugh R. Knight Gastroenterology 2014 146 1470 1476
293. G. Clarke R. M. Stilling P. J. Kennedy C. Stanton J. F. Cryan T. G. Dinan Mol. Endocrinol. 2014 28 1221 1238
294. J. A. Gilbert R. A. Quinn J. Debelius Z. Z. Xu J. Morton N. Garg J. K. Jansson P. C. Dorrestein R. Knight Nature 2016 535 94 103
295. D. S. Wishart Nat. Rev. Drug Discovery 2016 15 473 484
296. B. B. Misra J. J. van der Hooft Electrophoresis 2016 37 86 110
297. B. C. Covington J. A. McLean B. O. Bachmann Nat. Prod. Rep. 2016 10.1039/c6np00048g
298. D. K. Derewacz B. C. Covington J. A. McLean B. O. Bachmann ACS Chem. Biol. 2015 10 1998 2006
299. C. R. Goodwin B. C. Covington D. K. Derewacz C. R. McNees J. P. Wikswo J. A. McLean B. O. Bachmann Chem. Biol. 2015 22 661 670
300. C. R. Goodwin S. D. Sherrod C. C. Marasco B. O. Bachmann N. Schramm-Sapyta J. P. Wikswo J. A. McLean Anal. Chem. 2014 86 6563 6571
301. T. Kelder J. H. Stroeve S. Bijlsma M. Radonjic G. Roeselers Nutr. Diabetes 2014 4 e122
302. K. Faust J. F. Sathirapongsasuti J. Izard N. Segata D. Gevers J. Raes C. Huttenhower PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002606
303. K. Faust J. Raes Nat. Rev. Microbiol. 2012 10 538 550
304. C. Lozupone K. Faust J. Raes J. J. Faith D. N. Frank J. Zaneveld J. I. Gordon R. Knight Genome Res. 2012 22 1974 1984
305. S. Weiss W. Van Treuren C. Lozupone K. Faust J. Friedman Y. Deng L. C. Xia Z. Z. Xu L. Ursell E. J. Alm A. Birmingham J. A. Cram J. A. Fuhrman J. Raes F. Sun J. Zhou R. Knight ISME J. 2016 10 1669 1681
306. I. H. McHardy M. Goudarzi M. Tong P. M. Ruegger E. Schwager J. R. Weger T. G. Graeber J. L. Sonnenburg S. Horvath C. Huttenhower D. P. McGovern A. J. Fornace Jr. J. Borneman J. Braun Microbiome 2013 1 17
307. M. D. Ritchie E. R. Holzinger R. Li S. A. Pendergrass D. Kim Nat. Rev. Genet. 2015 16 85 97
308. E. A. Franzosa T. Hsu A. Sirota-Madi A. Shafquat G. Abu-Ali X. C. Morgan C. Huttenhower Nat. Rev. Microbiol. 2015 13 360 372
309. K. L. Kurita E. Glassey R. G. Linington Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 11999 12004
310. K. L. Kurita R. G. Linington J. Nat. Prod. 2015 78 587 596
311. M. H. Medema R. Kottmann P. Yilmaz M. Cummings J. B. Biggins K. Blin I. de Bruijn Y. H. Chooi J. Claesen R. C. Coates P. Cruz-Morales S. Duddela S. Dusterhus D. J. Edwards D. P. Fewer N. Garg C. Geiger J. P. Gomez-Escribano A. Greule M. Hadjithomas A. S. Haines E. J. Helfrich M. L. Hillwig K. Ishida A. C. Jones C. S. Jones K. Jungmann C. Kegler H. U. Kim P. Kotter D. Krug J. Masschelein A. V. Melnik S. M. Mantovani E. A. Monroe M. Moore N. Moss H. W. Nutzmann G. Pan A. Pati D. Petras F. J. Reen F. Rosconi Z. Rui Z. Tian N. J. Tobias Y. Tsunematsu P. Wiemann E. Wyckoff X. Yan G. Yim F. Yu Y. Xie B. Aigle A. K. Apel C. J. Balibar E. P. Balskus F. Barona-Gomez A. Bechthold H. B. Bode R. Borriss S. F. Brady A. A. Brakhage P. Caffrey Y. Q. Cheng J. Clardy R. J. Cox R. De Mot S. Donadio M. S. Donia W. A. van der Donk P. C. Dorrestein S. Doyle A. J. Driessen M. Ehling-Schulz K. D. Entian M. A. Fischbach L. Gerwick W. H. Gerwick H. Gross B. Gust C. Hertweck M. Hofte S. E. Jensen J. Ju L. Katz L. Kaysser J. L. Klassen N. P. Keller J. Kormanec O. P. Kuipers T. Kuzuyama N. C. Kyrpides H. J. Kwon S. Lautru R. Lavigne C. Y. Lee B. Linquan X. Liu W. Liu A. Luzhetskyy T. Mahmud Y. Mast C. Mendez M. Metsa-Ketela J. Micklefield D. A. Mitchell B. S. Moore L. M. Moreira R. Muller B. A. Neilan M. Nett J. Nielsen F. O'Gara H. Oikawa A. Osbourn M. S. Osburne B. Ostash S. M. Payne J. L. Pernodet M. Petricek J. Piel O. Ploux J. M. Raaijmakers J. A. Salas E. K. Schmitt B. Scott R. F. Seipke B. Shen D. H. Sherman K. Sivonen M. J. Smanski M. Sosio E. Stegmann R. D. Sussmuth K. Tahlan C. M. Thomas Y. Tang A. W. Truman M. Viaud J. D. Walton C. T. Walsh T. Weber G. P. van Wezel B. Wilkinson J. M. Willey W. Wohlleben G. D. Wright N. Ziemert C. Zhang S. B. Zotchev R. Breitling E. Takano F. O. Glockner Nat. Chem. Biol. 2015 11 625 631
312. S. F. Altschul W. Gish W. Miller E. W. Myers D. J. Lipman J. Mol. Biol. 1990 215 403 410
313. R. D. Finn J. Clements S. R. Eddy Nucleic Acids Res. 2011 39 W29 W37
314. F. Hufsky K. Scheubert S. Bocker Nat. Prod. Rep. 2014 31 807 817
315. J. Chu X. Vila-Farres D. Inoyama M. Ternei L. J. Cohen E. A. Gordon B. V. Reddy Z. Charlop-Powers H. A. Zebroski R. Gallardo-Macias M. Jaskowski S. Satish S. Park D. S. Perlin J. S. Freundlich S. F. Brady Nat. Chem. Biol. 2016 10.1038/nchembio.2207
316. K. Blin M. H. Medema D. Kazempour M. A. Fischbach R. Breitling E. Takano T. Weber Nucleic Acids Res. 2013 41 W204 W212
317. M. H. Medema K. Blin P. Cimermancic V. de Jager P. Zakrzewski M. A. Fischbach T. Weber E. Takano R. Breitling Nucleic Acids Res. 2011 39 W339 W346
318. T. Weber K. Blin S. Duddela D. Krug H. U. Kim R. Bruccoleri S. Y. Lee M. A. Fischbach R. Muller W. Wohlleben R. Breitling E. Takano M. H. Medema Nucleic Acids Res. 2015 43 W237 W243
319. C. Rausch T. Weber O. Kohlbacher W. Wohlleben D. H. Huson Nucleic Acids Res. 2005 33 5799 5808
320. M. Roettig M. H. Medema K. Blin T. Weber C. Rausch O. Kohlbacher Nucleic Acids Res. 2011 39 W362 W367
321. R. D. Kersten Y. L. Yang Y. Xu P. Cimermancic S. J. Nam W. Fenical M. A. Fischbach B. S. Moore P. C. Dorrestein Nat. Chem. Biol. 2011 7 794 802
322. R. D. Kersten N. Ziemert D. J. Gonzalez B. M. Duggan V. Nizet P. C. Dorrestein B. S. Moore Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 E4407 E4416
323. M. H. Medema Y. Paalvast D. D. Nguyen A. Melnik P. C. Dorrestein E. Takano R. Breitling PLoS Comput. Biol. 2014 10 e1003822
324. M. Wang J. J. Carver V. V. Phelan L. M. Sanchez N. Garg Y. Peng D. D. Nguyen J. Watrous C. A. Kapono T. Luzzatto-Knaan C. Porto A. Bouslimani A. V. Melnik M. J. Meehan W. T. Liu M. Crusemann P. D. Boudreau E. Esquenazi M. Sandoval-Calderon R. D. Kersten L. A. Pace R. A. Quinn K. R. Duncan C. C. Hsu D. J. Floros R. G. Gavilan K. Kleigrewe T. Northen R. J. Dutton D. Parrot E. E. Carlson B. Aigle C. F. Michelsen L. Jelsbak C. Sohlenkamp P. Pevzner A. Edlund J. McLean J. Piel B. T. Murphy L. Gerwick C. C. Liaw Y. L. Yang H. U. Humpf M. Maansson R. A. Keyzers A. C. Sims A. R. Johnson A. M. Sidebottom B. E. Sedio A. Klitgaard C. B. Larson P. C. Boya D. Torres-Mendoza D. J. Gonzalez D. B. Silva L. M. Marques D. P. Demarque E. Pociute E. C. O'Neill E. Briand E. J. Helfrich E. A. Granatosky E. Glukhov F. Ryffel H. Houson H. Mohimani J. J. Kharbush Y. Zeng J. A. Vorholt K. L. Kurita P. Charusanti K. L. McPhail K. F. Nielsen L. Vuong M. Elfeki M. F. Traxler N. Engene N. Koyama O. B. Vining R. Baric R. R. Silva S. J. Mascuch S. Tomasi S. Jenkins V. Macherla T. Hoffman V. Agarwal P. G. Williams J. Dai R. Neupane J. Gurr A. M. Rodriguez A. Lamsa C. Zhang K. Dorrestein B. M. Duggan J. Almaliti P. M. Allard P. Phapale L. F. Nothias T. Alexandrov M. Litaudon J. L. Wolfender J. E. Kyle T. O. Metz T. Peryea D. T. Nguyen D. VanLeer P. Shinn A. Jadhav R. Muller K. M. Waters W. Shi X. Liu L. Zhang R. Knight P. R. Jensen B. O. Palsson K. Pogliano R. G. Linington M. Gutierrez N. P. Lopes W. H. Gerwick B. S. Moore P. C. Dorrestein N. Bandeira Nat. Biotechnol. 2016 34 828 837
325. E. P. Trautman J. M. Crawford Curr. Top. Med. Chem. 2016 16 1705 1716
326. K. Duhrkop H. Shen M. Meusel J. Rousu S. Bocker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 12580 12585
327. M. Heinonen H. Shen N. Zamboni J. Rousu Bioinformatics 2012 28 2333 2341
328. H. P. Browne S. C. Forster B. O. Anonye N. Kumar B. A. Neville M. D. Stares D. Goulding T. D. Lawley Nature 2016 533 543 546
329. M. A. Oberhardt R. Zarecki S. Gronow E. Lang H. P. Klenk U. Gophna E. Ruppin Nat. Commun. 2015 6 8493
330. S. H. Duncan G. L. Hold H. J. Harmsen C. S. Stewart H. J. Flint Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002 52 2141 2146
331. A. L. Goodman G. Kallstrom J. J. Faith A. Reyes A. Moore G. Dantas J. I. Gordon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 6252 6257
332. C. D. Sibley M. E. Grinwis T. R. Field C. S. Eshaghurshan M. M. Faria S. E. Dowd M. D. Parkins H. R. Rabin M. G. Surette PLoS One 2011 6 e22702
333. J. C. Stearns C. J. Davidson S. McKeon F. J. Whelan M. E. Fontes A. B. Schryvers D. M. Bowdish J. D. Kellner M. G. Surette ISME J. 2015 9 1268
334. J. T. Lau F. J. Whelan I. Herath C. H. Lee S. M. Collins P. Bercik M. G. Surette Genome Med. 2016 8 72
335. J. C. Lagier F. Armougom M. Million P. Hugon I. Pagnier C. Robert F. Bittar G. Fournous G. Gimenez M. Maraninchi J. F. Trape E. V. Koonin B. La Scola D. Raoult Clin. Microbiol. Infect. 2012 18 1185 1193
336. K. Zengler G. Toledo M. Rappe J. Elkins E. J. Mathur J. M. Short M. Keller Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 15681 15686
337. L. L. Ling T. Schneider A. J. Peoples A. L. Spoering I. Engels B. P. Conlon A. Mueller T. F. Schaberle D. E. Hughes S. Epstein M. Jones L. Lazarides V. A. Steadman D. R. Cohen C. R. Felix K. A. Fetterman W. P. Millett A. G. Nitti A. M. Zullo C. Chen K. Lewis Nature 2015 517 455 459
338. L. J. Barkal A. B. Theberge C. J. Guo J. Spraker L. Rappert J. Berthier K. A. Brakke C. C. C. Wang D. J. Beebe N. P. Keller E. Berthier Nat. Commun. 2016 7 10610
339. A. D'Onofrio J. M. Crawford E. J. Stewart K. Witt E. Gavrish S. Epstein J. Clardy K. Lewis Chem. Biol. 2010 17 254 264
340. S. Bertrand N. Bohni S. Schnee O. Schumpp K. Gindro J. L. Wolfender Biotechnol. Adv. 2014 32 1180 1204
341. J. V. Fritz M. S. Desai P. Shah J. G. Schneider P. Wilmes Microbiome 2013 1 14
342. P. Shah J. V. Fritz E. Glaab M. S. Desai K. Greenhalgh A. Frachet M. Niegowska M. Estes C. Jager C. Seguin-Devaux F. Zenhausern P. Wilmes Nat. Commun. 2016 7 11535
343. P. J. Rutledge G. L. Challis Nat. Rev. Microbiol. 2015 13 509 523
344. N. Koppel E. P. Balskus Cell Chem. Biol. 2016 23 18 30