Polyketide synthases and nonribosomal peptide synthetases: The emerging view from bacterial genomics

Natural Product Reports

Volumn 24, Issue 5, 2007, Pages 1073-1079

  Donadio, Stefano ^a   Monciardini, Paolo ^a   Sosio, Margherita ^a  

^a Ktedogen Srl   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE SYNTHASE; POLYKETIDE SYNTHASE;

BACTERIAL GENOME; CHEMICAL STRUCTURE; METABOLISM; REVIEW;

GENOME, BACTERIAL; MOLECULAR STRUCTURE; PEPTIDE SYNTHASES; POLYKETIDE SYNTHASES;

BACTERIA (MICROORGANISMS);

EID: 34848911303     PISSN: 02650568     EISSN: 14604752     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b514050c     Document Type: Review

References (299)

1. A. E. Allsop Curr. Opin. Biotechnol. 1998 9 637 642
2. D. McDevitt M. Rosenberg Trends Microbiol. 2001 9 611 617
3. A. Wack R. Rappuoli Curr. Opin. Immunol. 2005 17 411 418
4. D. Serruto R. Rappuoli FEBS Lett. 2006 580 2985 2992
5. R. McDaniel M. Welch C. R. Hutchinson Chem. Rev. 2005 105 543 558
6. K. J. Weissman P. F. Leadlay Nat. Rev. Microbiol. 2005 3 925 936
7. A. M. Hill Nat. Prod. Rep. 2006 23 256 320
8. J. Grunewald M. A. Marahiel Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2006 70 121 146
9. C. T. Walsh A. M. Gehring P. H. Weinreb L. E. Quadri R. S. Flugel Curr. Opin. Chem. Biol. 1997 1 309 315
10. R. Finking M. A. Marahiel Annu. Rev. Microbiol. 2004 58 453 488
11. G. Yadav R. S. Gokhale D. Mohanty J. Mol. Biol. 2003 328 335 363
12. T. Stachelhaus H. D. Mootz M. A. Marahiel Chem. Biol. 1999 6 493 505
13. G. L. Challis J. Ravel C. A. Townsend Chem. Biol. 2000 7 211 224
14. C. Rausch T. Weber O. Kohlbacher W. Wohlleben D. H. Huson Nucleic Acids Res. 2005 33 5799 5808
15. C. D. Reeves S. Murli G. W. Ashley M. Piagentini C. R. Hutchinson R. McDaniel Biochemistry 2001 40 15464 15470
16. P. Caffrey ChemBioChem 2003 4 654 657
17. P. Caffrey Chem. Biol. 2005 12 1060 1062
18. R. Reid M. Piagentini E. Rodriguez G. Ashley N. Viswanathan J. Carney D. V. Santi C. R. Hutchinson R. McDaniel Biochemistry 2003 42 72 79
19. S. J. Moss C. J. Martin B. Wilkinson Nat. Prod. Rep. 2004 21 575 593
20. H. Reichenbach G. Höfle Biotechnol. Adv. 1993 11 219 277
21. K. Gerth S. Pradella O. Perlova S. Beyer R. Müller J. Biotechnol. 2003 106 233 253
22. A. T. Bull A. C. Ward M. Goodfellow Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000 64 573 606
23. C. K. Stover X. Q. Pham A. L. Erwin S. D. Mizoguchi P. Warrener M. J. Hickey F. S. L. Brinkman W. O. Hufnagle D. J. Kowalik M. Lagrou R. L. Garber L. Goltry E. Tolentino S. Westbrock-Wadman Y. Yuan L. L. Brody S. N. Coulter K. R. Folger A. Kas K. Larbig R. Lim K. Smith D. Spencer G. K.-S. Wong Z. Wu I. T. Paulsenk J. Reizer M. H. Saier R. E. W. Hancock S. Lory M. V. Olson Nature 2000 406 959 964
24. J. H. Crosa C. T. Walsh Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2002 66 223 249
25. J. J. May T. M. Wendrich M. A. Marahiel J. Biol. Chem. 2001 276 7209 7217
26. D. Rauscher D. Expert B. F. Matzanke A. X. Trautwein J. Biol. Chem. 2002 277 2385 2395
27. J. R. Butterton M. H. Choi P. I. Watnick P. A. Carroll S. B. Calderwood J. Bacteriol. 2000 182 1731 1738
28. A. M. Cerdeno M. J. Bibb G. L. Challis Chem. Biol. 2001 8 817
29. M. G. Thomas M. D. Burkart C. T. Walsh Chem. Biol. 2002 9 171 184
30. C. T. Walsh S. Garneau-Tsodikova A. R. Howard-Jones Nat. Prod. Rep. 2006 23 517 531
31. A. K. P. Harris N. R. Williamson H. Slater A. Cox S. Abbasi I. Foulds H. T. Simonsen F. J. Leeper G. P. C. Salmond Microbiology 2004 150 3547 3560
32. H. Jeong J. H. Yim C. Lee S.-H. Choi Y. K. Park S. H. Yoon C.-G. Hur H.-Y. Kang D. Kim H. H. Lee K. H. Park S.-H. Park H.-S. Park H. K. Lee T. K. Oh J. F. Kim Nucleic Acids Res. 2005 33 7066 7073
33. U. Kaulmann C. Hertweck Angew. Chem., Int. Ed. 2002 41 1866 1869
34. B. A. Methé K. E. Nelson J. W. Deming B. Momen E. Melamud X. Zhang J. Moult R. Madupu W. C. Nelson R. J. Dodson L. M. Brinkac S. C. Daugherty A. S. Durkin R. T. DeBoy J. F. Kolonay S. A. Sullivan L. Zhou T. M. Davidsen M. Wu A. L. Huston M. Lewis B. Weaver J. F. Weidman H. Khouri T. R. Utterback T. V. Feldblyum C. M. Fraser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 10913 10918
35. A. Vezzi S. Campanaro M. D'Angelo F. Simonato N. Vitulo F. M. Lauro A. Cestaro G. Malacrida B. Simionati N. Cannata C. Romualdi D. H. Bartlett G. Valle Science 2005 307 1459 1461
36. S. D. Bentley K. F. Chater A. M. Cerdeno-Tarraga G. L. Challis N. R. Thomson K. D. James D. E. Harris M. A. Quail H. Kieser D. Harper A. Bateman S. Brown G. Chandra C. W. Chen M. Collins A. Cronin A. Fraser A. Goble J. Hidalgo T. Hornsby S. Howarth C. H. Huang T. Kieser L. Larke L. Murphy K. Oliver S. O'Neil E. Rabbinowitsch M. A. Rajandream K. Rutherford S. Rutter K. Seeger D. Saunders S. Sharp R. Squares S. Squares K. Taylor T. Warren A. Wietzorrek J. Woodward B. G. Barrell J. Parkhill D. A. Hopwood Nature 2002 417 141 147
37. S. L. Chen C.-S. Hung J. Xu C. S. Reigstad V. Magrini A. Sabo D. Blasiar T. Bieri R. R. Meyer P. Ozersky J. R. Armstrong R. S. Fulton J. P. Latreille J. Spieth T. M. Hooton E. R. Mardis S. J. Hultgren J. I. Gordon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 5977 5982
38. Brazilian National Genome Project Consortium Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 11660 11665
39. H. H. Barnes C. A. Ishimaru BioMetals 1999 12 83 87
40. K. S. Bell M. Sebaihia L. Pritchard M. T. G. Holden L. J. Hyman M. C. Holeva N. R. Thomson S. D. Bentley L. J. C. Churcher K. Mungall R. Atkin N. Bason K. Brooks T. Chillingworth K. Clark J. Doggett A. Fraser Z. Hance H. Hauser K. Jagels S. Moule H. Norbertczak D. Ormond C. Price M. A. Quail M. Sanders D. Walker S. Whitehead G. P. C. Salmond P. R. J. Birch J. Parkhill I. K. Toth Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 11105 11110
41. B. H. Bellaire P. H. Elzer S. Hagius J. Walker C. L. Baldwin R. M. Roop, II Infect. Immun. 2003 71 1794 1803
42. I. T. Paulsen C. M. Press J. Ravel D. Y. Kobayashi G. S. Myers D. V. Mavrodi R. T. DeBoy R. Seshadri Q. Ren R. Madupu R. J. Dodson A. S. Durkin L. M. Brinkac S. C. Daugherty S. A. Sullivan M. J. Rosovitz M. L. Gwinn L. Zhou D. J. Schneider S. W. Cartinhour W. C. Nelson J. Weidman K. Watkins K. Tran H. Khouri E. A. Pierson L. S. Pierson, 3rd L. S. Thomashow J. E. Loper Nat. Biotechnol. 2005 23 873 878
43. P. A. Sokol J. Clin. Microbiol. 1986 23 560 562
44. L. Farmer M. S. Thomas J. Bacteriol. 2004 186 270 277
45. M. T. G. Holden R. W. Titball S. J. Peacock A. M. Cerdeño- Tárraga T. Atkins L. C. Crossman T. Pitt C. Churcher K. Mungall S. D. Bentley M. Sebaihia N. R. Thomson N. Bason I. R. Beacham K. Brooks K. A. Brown N. F. Brown G. L. Challis I. Cherevach T. Chillingworth A. Cronin B. Crossett P. Davis D. DeShazer T. Feltwell A. Fraser Z. Hance H. Hauser S. Holroyd K. Jagels K. E. Keith M. Maddison S. Moule C. Price M. A. Quail E. Rabbinowitsch K. Rutherford M. Sanders M. Simmonds S. Songsivilai K. Stevens S. Tumapa M. Vesaratchavest S. Whitehead C. Yeats B. G. Barrell P. C. F. Oyston J. Parkhill Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14240 14245
46. H. S. Kim M. A. Schell Y. Yu R. L. Ulrich S. H. Sarria W. C. Nierman D. DeShazer BMC Genomics 2005 6 174
47. E. Kiss B. L. Reuhs J. S. Kim A. Kereszt G. Petrovics P. Putnoky I. S. Dusha R. W. Carlson A. Kondorosi J. Bacteriol. 1997 179 2132 2140
48. A. Kereszt E. Kiss B. L. Reuhs R. W. Carlson A. Kondorosi P. Putnoky J. Bacteriol. 1998 180 5426 5431
49. P. Chain J. Lamerdin F. Larimer W. Regala V. Lao M. Land L. Hauser A. Hooper M. Klotz J. Norton L. Sayavedra-Soto D. Arciero N. Hommes M. Whittaker D. Arp J. Bacteriol. 2003 185 2759 2773
50. J. Parkhill M. Sebaihia A. Preston L. D. Murphy N. Thomson D. E. Harris M. T. Holden C. M. Churcher S. D. Bentley K. L. Mungall A. M. Cerdeno-Tarraga L. Temple K. James B. Harris M. A. Quail A. Achtman R. Atkin S. Baker D. Basham N. Bason I. Cherevach T. Chillingworth M. Collins A. Cronin P. Davis J. Doggett T. Feltwell A. Goble N. Hamlin H. Hauser S. Holroyd K. Jagels S. Leather S. Moule H. Norberczak S. O'Neil D. Ormond C. Price E. Rabbinowitsch S. Rutter M. Sanders D. Saunders K. Seeger S. Sharp M. Simmonds J. Skelton R. Squares S. Squares K. Stevens L. Unwin S. Whitehead B. G. Barrell D. J. Maskell Nat. Genet. 2003 35 32 40
51. D. W. Wood J. C. Setubal R. Kaul D. E. Monks J. P. Kitajima V. K. Okura Y. Zhou L. Chen G. E. Wood N. F. Almeida, Jr. L. Woo Y. Chen I. T. Paulsen J. A. Eisen P. D. Karp D. Bovee, Sr. P. Chapman J. Clendenning G. Deatherage W. Gillet C. Grant T. Kutyavin R. Levy M. J. Li E. McClelland A. Palmieri C. Raymond G. Rouse C. Saenphimmachak Z. Wu P. Romero D. Gordon S. Zhang H. Yoo Y. Tao P. Biddle M. Jung W. Krespan M. Perry B. Gordon-Kamm L. Liao S. Kim C. Hendrick Z. Y. Zhao M. Dolan F. Chumley S. V. Tingey J. F. Tomb M. P. Gordon M. V. Olson E. W. Nester Science 2001 294 2317 2323
52. B. Goodner G. Hinkle S. Gattung N. Miller M. Blanchard B. Qurollo B. S. Goldman Y. Cao M. Askenazi C. Halling L. Mullin K. Houmiel J. Gordon M. Vaudin O. Iartchouk A. Epp F. Liu C. Wollam M. Allinger D. Doughty C. Scott C. Lappas B. Markelz C. Flanagan C. Crowell J. Gurson C. Lomo C. Sear G. Strub C. Cielo S. Slater Science. 2001 294 2323 2328
53. K. A. Brayton L. S. Kappmeyer D. R. Herndon M. J. Dark D. L. Tibbals G. H. Palmer T. C. McGuire D. P. Knowles, Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 844 849
54. C. M. Alsmark A. C. Frank E. O. Karlberg B. A. Legault D. H. Ardell B. Canback A. S. Eriksson A. K. Naslund S. A. Handley M. Huvet B. La Scola M. Holmberg S. G. Andersson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 9716 9721
55. T. Kaneko Y. Nakamura S. Sato K. Minamisawa Y. Uchiumi S. Sasamoto A. Watanabe K. Idesawa M. Iriguchi K. Kawashima M. Kohara M. Matsumoto S. Shimpo H. Tsuruoka T. Wada M. Yamada S. Tabata DNA Res. 2002 9 189 197
56. S. M. Halling B. D. Peterson-Burch B. J. Bricker R. L. Zuerner Z. Qing L.-L. Li V. Kapur D. P. Alt S. C. Olsen J. Bacteriol. 2005 187 2715 2726
57. V. G. DelVecchio V. Kapatral R. J. Redkar G. Patra C. Mujer T. Los N. Ivanova I. Anderson A. Bhattacharyya A. Lykidis G. Reznik L. Jablonski N. Larsen M. D'Souza A. Bernal M. Mazur E. Goltsman E. Selkov P. H. Elzer S. Hagius D. O'Callaghan J. J. Letesson R. Haselkorn N. Kyrpides R. Overbeek Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 443 448
58. P. S. Chain D. J. Comerci M. E. Tolmasky F. W. Larimer S. A. Malfatti L. M. Vergez F. Aguero M. L. Land R. A. Ugalde E. Garcia Infect. Immun. 2005 73 8353 8361
59. I. T. Paulsen R. Seshadri K. E. Nelson J. A. Eisen J. F. Heidelberg T. D. Read R. J. Dodson L. Umayam L. M. Brinkac M. J. Beanan S. C. Daugherty R. T. Deboy A. S. Durkin J. F. Kolonay R. Madupu W. C. Nelson B. Ayodeji M. Kraul J. Shetty J. Malek S. E. Van Aken S. Riedmuller H. Tettelin S. R. Gill O. White S. L. Salzberg D. L. Hoover L. E. Lindler S. M. Halling S. M. Boyle C. M. Fraser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 13148 13153
60. W. C. Nierman T. V. Feldblyum M. T. Laub I. T. Paulsen K. E. Nelson J. A. Eisen J. F. Heidelberg M. R. Alley N. Ohta J. R. Maddock I. Potocka W. C. Nelson A. Newton C. Stephens N. D. Phadke B. Ely R. T. DeBoy R. J. Dodson A. S. Durkin M. L. Gwinn D. H. Haft J. F. Kolonay J. Smit M. B. Craven H. Khouri J. Shetty K. Berry T. Utterback K. Tran A. Wolf J. Vamathevan M. Ermolaeva O. White S. L. Salzberg J. C. Venter L. Shapiro C. M. Fraser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 4136 4141
61. R. Frutos A. Viari C. Ferraz A. Morgat S. Eychenie Y. Kandassamy I. Chantal A. Bensaid E. Coissac N. Vachiery J. Demaille D. Martinez J. Bacteriol. 2006 188 2533 2542
62. N. E. Collins J. Liebenberg E. P. de Villiers K. A. Brayton E. Louw A. Pretorius F. E. Faber H. van Heerden A. Josemans M. van Kleef H. C. Steyn M. F. van Strijp E. Zweygarth F. Jongejan J. C. Maillard D. Berthier M. Botha F. Joubert C. H. Corton N. R. Thomson M. T. Allsopp B. A. Allsopp Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 838 843
63. C. Prust M. Hoffmeister H. Liesegang A. Wiezer W. F. Fricke A. Ehrenreich G. Gottschalk U. Deppenmeier Nat. Biotechnol. 2005 23 195 200
64. T. Kaneko Y. Nakamura S. Sato E. Asamizu T. Kato S. Sasamoto A. Watanabe K. Idesawa A. Ishikawa K. Kawashima T. Kimura Y. Kishida C. Kiyokawa M. Kohara M. Matsumoto A. Matsuno Y. Mochizuki S. Nakayama N. Nakazaki S. Shimpo M. Sugimoto C. Takeuchi M. Yamada S. Tabata DNA Res. 2000 7 331 338
65. S. J. Giovannoni H. J. Tripp S. Givan M. Podar K. L. Vergin D. Baptista L. Bibbs J. Eads T. H. Richardson M. Noordewier M. S. Rappe J. M. Short J. C. Carrington E. J. Mathur Science. 2005 309 1242 1245
66. F. W. Larimer P. Chain L. Hauser J. Lamerdin S. Malfatti L. Do M. L. Land D. A. Pelletier J. T. Beatty A. S. Lang F. R. Tabita J. L. Gibson T. E. Hanson C. Bobst J. L. Torres C. Peres F. H. Harrison J. Gibson C. S. Harwood Nat. Biotechnol. 2004 22 55 61
67. H. Ogata S. Audic P. Renesto-Audiffren P. E. Fournier V. Barbe D. Samson V. Roux P. Cossart J. Weissenbach J. M. Claverie D. Raoult Science 2001 293 2093 2098
68. H. Ogata P. Renesto S. Audic C. Robert G. Blanc P. E. Fournier H. Parinello J. M. Claverie D. Raoult PLoS Biol. 2005 3 e248
69. S. G. Andersson A. Zomorodipour J. O. Andersson T. Sicheritz-Ponten U. C. Alsmark R. M. Podowski A. K. Naslund A. S. Eriksson H. H. Winkler C. G. Kurland Nature 1998 396 133 140
70. M. P. McLeod X. Qin S. E. Karpathy J. Gioia S. K. Highlander G. E. Fox T. Z. McNeill H. Jiang D. Muzny L. S. Jacob A. C. Hawes E. Sodergren R. Gill J. Hume M. Morgan G. Fan A. G. Amin R. A. Gibbs C. Hong X. J. Yu D. H. Walker G. M. Weinstock J. Bacteriol. 2004 186 5842 5855
71. M. A. Moran A. Buchan J. M. Gonzalez J. F. Heidelberg W. B. Whitman R. P. Kiene J. R. Henriksen G. M. King R. Belas C. Fuqua L. Brinkac M. Lewis S. Johri B. Weaver G. Pai J. A. Eisen E. Rahe W. M. Sheldon W. Ye T. R. Miller J. Carlton D. A. Rasko I. T. Paulsen Q. Ren S. C. Daugherty R. T. Deboy R. J. Dodson A. S. Durkin R. Madupu W. C. Nelson S. A. Sullivan M. J. Rosovitz D. H. Haft J. Selengut N. Ward Nature 2004 432 910 912
72. F. Galibert T. M. Finan S. R. Long A. Puhler P. Abola F. Ampe F. Barloy-Hubler M. J. Barnett A. Becker P. Boistard G. Bothe M. Boutry L. Bowser J. Buhrmester E. Cadieu D. Capela P. Chain A. Cowie R. W. Davis S. Dreano N. A. Federspiel R. F. Fisher S. Gloux T. Godrie A. Goffeau B. Golding J. Gouzy M. Gurjal I. Hernandez-Lucas A. Hong L. Huizar R. W. Hyman T. Jones D. Kahn M. L. Kahn S. Kalman D. H. Keating E. Kiss C. Komp V. Lelaure D. Masuy C. Palm M. C. Peck T. M. Pohl D. Portetelle B. Purnelle U. Ramsperger R. Surzycki P. Thebault M. Vandenbol F. J. Vorholter S. Weidner D. H. Wells K. Wong K. C. Yeh J. Batut Science 2001 293 668 672
73. M. Wu L. V. Sun J. Vamathevan M. Riegler R. Deboy J. C. Brownlie E. A. McGraw W. Martin C. Esser N. Ahmadinejad C. Wiegand R. Madupu M. J. Beanan L. M. Brinkac S. C. Daugherty A. S. Durkin J. F. Kolonay W. C. Nelson Y. Mohamoud P. Lee K. Berry M. B. Young T. Utterback J. Weidman W. C. Nierman I. T. Paulsen K. E. Nelson H. Tettelin S. L. O'Neill J. A. Eisen PloS Biol. 2004 2 E69
74. J. Foster M. Ganatra I. Kamal J. Ware K. Makarova N. Ivanova A. Bhattacharyya V. Kapatral S. Kumar J. Posfai T. Vincze J. Ingram L. Moran A. Lapidus M. Omelchenko N. Kyrpides E. Ghedin S. Wang E. Goltsman V. Joukov O. Ostrovskaya K. Tsukerman M. Mazur D. Comb E. Koonin B. Slatko PloS Biol. 2005 3 E121
75. J. S. Seo H. Chong H. S. Park K. O. Yoon C. Jung J. J. Kim J. H. Hong H. Kim J. H. Kim J. I. Kil C. J. Park H. M. Oh J. S. Lee S. J. Jin H. W. Um H. J. Lee S. J. Oh J. Y. Kim H. L. Kang S. Y. Lee K. J. Leeand H. S. Kang Nat. Biotechnol. 2005 23 63 68
76. I. González Carreró F. J. Sangari J. Agüero J. M. García Lobo Microbiology 2002 148 353 360
77. R. Rabus M. Kube J. Heider A. Beck K. Heitmann F. Widdel R. Reinhardt Arch. Microbiol. 2005 183 27 36
78. W. C. Nierman D. DeShazer H. S. Kim H. Tettelin K. E. Nelson T. Feldblyum R. L. Ulrich C. M. Ronning L. M. Brinkac S. C. Daugherty T. D. Davidsen R. T. Deboy G. Dimitrov R. J. Dodson A. S. Durkin M. L. Gwinn D. H. Haft H. Khouri J. F. Kolonay R. Madupu Y. Mohammoud W. C. Nelson D. Radune C. M. Romero S. Sarria J. Selengut C. Shamblin S. A. Sullivan O. White Y. Yu N. Zafar L. Zhou C. M. Fraser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14246 14251
79. H. Tettelin N. J. Saunders J. Heidelberg A. C. Jeffries K. E. Nelson J. A. Eisen K. A. Ketchum D. W. Hood J. F. Peden R. J. Dodson W. C. Nelson M. L. Gwinn R. DeBoy J. D. Peterson E. K. Hickey D. H. Haft S. L. Salzberg O. White R. D. Fleischmann B. A. Dougherty T. Mason A. Ciecko D. S. Parksey E. Blair H. Cittone E. B. Clark M. D. Cotton T. R. Utterback H. Khouri H. Qin J. Vamathevan J. Gill V. Scarlato V. Masignani M. Pizza G. Grandi L. Sun H. O. Smith C. M. Fraser E. R. Moxon R. Rappuoli J. C. Venter Science 2000 287 1809 1815
80. J. Parkhill M. Achtman K. D. James S. D. Bentley C. Churcher S. R. Klee G. Morelli D. Basham D. Brown T. Chillingworth R. M. Davies P. Davis K. Devlin T. Feltwell N. Hamlin S. Holroyd K. Jagels S. Leather S. Moule K. Mungall M. A. Quail M. A. Rajandream K. M. Rutherford M. Simmonds J. Skelton S. Whitehead B. G. Spratt B. G. Barrell Nature 2000 404 502 506
81. M. Salanoubat S. Genin F. Artiguenave J. Gouzy S. Mangenot M. Arlat A. Billault P. Brottier J. C. Camus L. Cattolico M. Chandler N. Choisne C. Claudel-Renard S. Cunnac N. Demange C. Gaspin M. Lavie A. Moisan C. Robert W. Saurin T. Schiex P. Siguier P. Thébault M. Whalen P. Wincker M. Levy J. Weissenbach C. A. Boucher Nature 2002 415 497 502
82. H. R. Beller P. S. Chain T. E. Letain A. Chakicherla F. W. Larimer P. M. Richardson M. A. Coleman A. P. Wood D. P. Kelly J. Bacteriol. 2006 188 1473 1488
83. V. Barbe D. Vallenet N. Fonknechten A. Kreimeyer S. Oztas L. Labarre S. Cruveiller C. Robert S. Duprat P. Wincker L. N. Ornston J. Weissenbach P. Marlière G. N. Cohen C. Médigue Nucleic Acids Res. 2004 32 5766 5779
84. R. Gil F. J. Silva E. Zientz F. Delmotte F. Gonzalez-Candelas A. Latorre C. Rausell J. Kramerbeek J. Gadau B. Hoelldobler R. C. H. J. van Ham R. Gross A. Moya Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 9388 9393
85. P. H. Degnan A. B. Lazarus J. J. Wernegreen Genome Res. 2005 15 1023 1033
86. S. Shigenobu H. Watanabe M. Hattori Y. Sakaki H. Ishikawa Nature 2000 407 81 86
87. R. C. Van Ham J. Kamerbeek C. Palacios C. Rausell F. Abascal U. Bastolla J. M. Fernandez L. Jimenez M. Postigo F. J. Silva J. Tamames E. Viguera A. Latorre A. Valencia F. Moran A. Moya Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 581 586
88. I. Tamas L. Klasson B. Canback A. K. Naslund A. S. Eriksson J. J. Wernegreen J. P. Sandstrom N. A. Moran S. G. Andersson Science 2002 296 2376 2379
89. R. Seshadri I. T. Paulsen J. A. Eisen T. D. Read K. E. Nelson W. C. Nelson N. L. Ward H. Tettelin T. M. Davidsen M. J. Beanan R. T. Deboy S. C. Daugherty L. M. Brinkac R. Madupu R. J. Dodson H. M. Khouri K. H. Lee H. A. Carty D. Scanlan R. A. Heinzen H. A. Thompson J. E. Samuel C. M. Fraser J. F. Heidelberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5455 5460
90. F. R. Blattner G. Plunkett, III C. A. Bloch N. T. Perna V. Burland M. Riley J. Collado-Vides J. D. Glasner C. K. Rode G. F. Mayhew J. Gregor N. W. Davis H. A. Kirkpatrick M. A. Goeden D. J. Rose B. Mau Y. Shao Science 1997 277 1453 1462
91. N. T. Perna G. Plunkett, III V. Burland B. Mau J. D. Glasner D. J. Rose G. F. Mayhew P. S. Evans J. Gregor H. A. Kirkpatrick G. Pósfai J. Hackett S. Klink A. Boutin Y. Shao L. Miller E. J. Grotbeck N. W. Davis A. Lim E. T. Dimalanta K. D. Potamousis J. Apodaca T. S. Anantharaman J. Lin G. Yen D. C. Schwartz R. A. Welch F. R. Blattner Nature 2001 409 529 535
92. R. A. Welch V. Burland G. Plunkett, III P. Redford P. Roesch D. Rasko E. L. Buckles S. R. Liou A. Boutin J. Hackett D. Stroud G. F. Mayhew D. J. Rose S. Zhou D. C. Schwartz N. T. Perna H. L. Mobley M. S. Donnenberg F. R. Blattner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 17020 17024
93. T. Hayashi K. Makino M. Ohnishi K. Kurokawa K. Ishii K. Yokoyama C.-G. Han E. Ohtsubo K. Nakayama T. Murata M. Tanaka T. Tobe T. Iida H. Takami T. Honda C. Sasakawa N. Ogasawara T. Yasunaga S. Kuhara T. Shiba M. Hattori H. Shinagawa DNA Res. 2001 8 11 22
94. P. Larsson P. C. Oyston P. Chain M. C. Chu M. Duffield H. H. Fuxelius E. Garcia G. Halltorp D. Johansson K. E. Isherwood P. D. Karp E. Larsson Y. Liu S. Michell J. Prior R. Prior S. Malfatti A. Sjostedt K. Svensson N. Thompson L. Vergez J. K. Wagg B. W. Wren L. E. Lindler S. G. Andersson M. Forsman R. W. Titball Nat. Genet. 2005 37 153 159
95. A. Harrison D. W. Dyer A. Gillaspy W. C. Ray R. Mungur M. B. Carson H. Zhong J. Gipson M. Gipson L. S. Johnson L. Lewis L. O. Bakaletz R. S. Munson, Jr. J. Bacteriol. 2005 187 4627 4636
96. R. D. Fleischmann M. D. Adams O. White R. A. Clayton E. F. Kirkness A. R. Kerlavage C. J. Bult J. F. Tomb B. A. Dougherty J. M. Merrick K. McKenney G. G. Sutton W. FitzHugh C. A. Fields J. D. Gocayne J. D. Scott R. Shirley L. I. Liu A. Glodek J. M. Kelley J. F. Weidman C. A. Phillips T. Spriggs E. Hedblom M. D. Cotton T. Utterback M. C. Hanna D. T. Nguyen D. M. Saudek R. C. Brandon L. D. Fine J. L. Fritchman J. L. Fuhrmann N. S. Geoghagen C. L. Gnehm L. A. McDonald K. V. Small C. M. Fraser H. O. Smith J. C. Venter Science 1995 269 496 512
97. S. Hou J. H. Saw K. S. Lee T. A. Freitas C. Belisle Y. Kawarabayasi S. P. Donachie A. Pikina M. Y. Galperin E. V. Koonin K. S. Makarova M. V. Omelchenko A. Sorokin Y. I. Wolf Q. X. Li Y. S. Keum S. Campbell J. Denery S. Aizawa S. Shibata A. Malahoff M. Alam Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 18036 18041
98. C. Cazalet C. Rusniok H. Bruggemann N. Zidane A. Magnier L. Ma M. Tichit S. Jarraud C. Bouchier F. Vandenesch F. Kunst J. Etienne P. Glaser C. Buchrieser Nat. Genet. 2004 36 1165 1173
99. M. Chien I. Morozova S. Shi H. Sheng J. Chen S. M. Gomez G. Asamani K. Hill J. Nuara M. Feder J. Rineer J. J. Greenberg V. Steshenko S. H. Park B. Zhao E. Teplitskaya J. R. Edwards S. Pampou A. Georghiou I.-C. Chou W. Iannuccilli M. E. Ulz D. H. Kim A. Geringer-Sameth C. Goldsberry P. Morozov S. G. Fischer G. Segal X. Qu A. Rzhetsky P. Zhang E. Cayanis P. J. De Jong J. Ju S. Kalachikov H. A. Shuman J. J. Russo Science 2004 305 1966 1968
100. S. H. Hong J. S. Kim S. Y. Lee Y. H. In S. S. Choi J. K. Rih C. H. Kim H. Jeong C. G. Hur J. J. Kim Nat. Biotechnol. 2004 22 1275 1281
101. N. Ward Ø. Larsen J. Sakwa L. Bruseth H. Khouri A. S. Durkin G. Dimitrov L. Jiang D. Scanlan K. H. Kang M. Lewis K. E. Nelson B. Methé M. Wu J. F. Heidelberg I. T. Paulsen D. Fouts J. Ravel H. Tettelin Q. Ren T. Read R. T. DeBoy R. Seshadri S. L. Salzberg H. B. Jensen N. K. Birkeland W. C. Nelson R. J. Dodson S. H. Grindhaug I. Holt I. Eidhammer I. Jonasen S. Vanaken T. Utterback T. V. Feldblyum C. M. Fraser I. R. Lillehaug J. A. Eisen PLoS Biol. 2004 2 1616 1628
102. B. J. May Q. Zhang L. L. Li M. L. Paustian T. S. Whittam V. Kapur Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 3460 3465
103. E. Duchaud C. Rusniok L. Frangeul C. Buchrieser A. Givaudan S. Taourit S. Bocs C. Boursaux-Eude M. Chandler J. F. Charles E. Dassa R. Derose S. Derzelle G. Freyssinet S. Gaudriault C. Medigue A. Lanois K. Powell P. Siguier R. Vincent V. Wingate M. Zouine P. Glaser N. Boemare A. Danchin F. Kunst Nat. Biotechnol. 2003 21 1307 1313
104. K. E. Nelson C. Weinel I. T. Paulsen R. J. Dodson H. Hilbert V. A. P. Martins dos Santos D. E. Fouts S. R. Gill M. Pop M. Holmes L. Brinkac M. Beanana R. T. DeBoy S. Daugherty J. Kolonay R. Maduou W. Nelson O. White J. Peterson H. Khouri I. Hance P. Chris Lee E. Holtzapple D. Scanlan K. Tran A. Moazzez T. Utterback M. Rizzo K. Lee D. Kosack D. Moestl H. Welder J. Lauber D. Stjepandic J. Hoheisel M. Straetz S. Heim C. Kiewitz J. Eisen K. N. Timmis A. Düsterhöft B. Tümmler C. M. Fraser Environ. Microbiol. 2002 4 799 808
105. H. Feil W. S. Feil P. Chain F. Larimer G. DiBartolo A. Copeland A. Lykidis S. Trong M. Nolan E. Goltsman J. Thiel S. Malfatti J. E. Loper A. Lapidus J. C. Detter M. Land P. M. Richardson N. C. Kyrpides N. Ivanova W. E. Lindow Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 11064 11069
106. V. Joardar M. Lindeberg R. W. Jackson J. Selengut R. Dodson L. M. Brinkac S. C. Daugherty R. DeBoy A. S. Durkin M. G. Giglio R. Madupu W. C. Nelson M. J. Rosovitz S. Sullivan J. Crabtree T. Creasy T. Davidsen D. H. Haft N. Zafar L. Zhou R. Halpin T. Holley H. Khouri T. Feldblyum O. White C. M. Fraser A. K. Chatterjee S. Cartinhour D. J. Schneider J. Mansfield A. Collmer C. R. Buell J. Bacteriol. 2005 187 6488 6498
107. C. R. Buell V. Joardar M. Lindeberg J. Selengut I. T. Paulsen M. L. Gwinn R. J. Dodson R. T. Deboy A. S. Durkin J. F. Kolonay R. Madupu S. Daugherty L. Brinkac M. J. Beanan D. H. Haft W. C. Nelson T. Davidsen N. Zafar L. Zhou J. Liu Q. Yuan H. Khouri N. Fedorova B. Tran D. Russell K. Berry T. Utterback S. E. Van Aken T. V. Feldblyum M. D'Ascenzo W. L. Deng A. R. Ramos J. R. Alfano S. Cartinhour A. K. Chatterjee T. P. Delaney S. G. Lazarowitz G. B. Martin D. J. Schneider X. Tang C. L. Bender O. White C. M. Fraser A. Collmer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 10181 10186
108. C.-H. Chiu P. Tang C. Chu S. Hu Q. Bao J. Yu Y.-Y. Chou H.-S. Wang Y.-S. Lee Nucleic Acids Res. 2005 33 1690 1698
109. M. McClelland K. E. Sanderson S. W. Clifton P. Latreille S. Porwollik A. Sabo R. Meyer T. Bieri P. Ozersky M. McLellan C. R. Harkins C. Wang C. Nguyen A. Berghoff G. Elliott S. Kohlberg C. Strong F. Du J. Carter C. Kremizki D. Layman S. Leonard H. Sun L. Fulton W. Nash T. Miner P. Minx K. Delehaunty C. Fronick V. Magrini M. Nhan W. Warren L. Florea J. Spieth R. K. Wilson Nat. Genet. 2004 36 1268 1274
110. J. Parkhill G. Dougan K. D. James N. R. Thomson D. Pickard J. Wain C. Churcher K. L. Mungall S. D. Bentley M. T. G. Holden M. Sebaihia S. Baker D. Basham K. Brooks T. Chillingworth P. Connerton A. Cronin P. Davis R. M. Davies L. Dowd N. White J. Farrar T. Feltwell N. Hamlin A. Haque T. T. Hien S. Holroyd K. Jagels A. Krogh T. S. Larsen S. Leather S. Moule P. O'Gaora C. Parry M. Quail K. Rutherford M. Simmonds J. Skelton K. Stevens S. Whitehead B. G. Barrell Nature 2001 413 848 852
111. W. Deng S.-R. Liou G. Plunkett, III G. F. Mayhew D. J. Rose V. Burland V. Kodoyianni D. C. Schwartz F. R. Blattner J. Bacteriol. 2003 185 2330 2337
112. M. McClelland K. E. Sanderson J. Spieth S. W. Clifton P. Latreille L. Courtney S. Porwollik J. Ali M. Dante F. Du S. Hou D. Layman S. Leonard C. Nguyen K. Scott A. Holmes N. Grewal E. Mulvaney E. Ryan H. Sun L. Florea W. Miller T. Stoneking M. Nhan R. Waterston R. K. Wilson Nature 2001 413 852 856
113. J. F. Heidelberg I. T. Paulsen K. E. Nelson E. J. Gaidos W. C. Nelson T. D. Read J. A. Eisen R. Seshadri N. Ward B. Methe R. A. Clayton T. Meyer A. Tsapin J. Scott M. Beanan L. Brinkac S. Daugherty R. T. DeBoy R. J. Dodson A. S. Durkin D. H. Haft J. F. Kolonay R. Madupu J. D. Peterson L. A. Umayam O. White A. M. Wolf J. Vamathevan J. Weidman M. Impraim K. Lee K. Berry C. Lee J. Mueller H. Khouri J. Gill T. R. Utterback L. A. McDonald T. V. Feldblyum H. O. Smith J. C. Venter K. H. Nealson C. M. Fraser Nat. Biotechnol. 2002 20 1118 1123
114. F. Yang J. Yang X. Zhang L. Chen Y. Jiang Y. Yan X. Tang J. Wang Z. Xiong J. Dong Y. Xue Y. Zhu X. Xu L. Sun S. Chen H. Nie J. Peng J. Xu Y. Wang Z. Yuan Y. Wen Z. Yao Y. Shen B. Qiang Y. Hou J. Yu Q. Jin Nucleic Acids Res. 2005 33 6445 6458
115. J. Wei M. B. Goldberg V. Burland M. M. Venkatesan W. Deng G. Fournier G. F. Mayhew G. Plunkett, III D. J. Rose A. Darling B. Mau N. T. Perna S. M. Payne L. J. Runyen-Janecky S. Zhou D. C. Schwartz F. R. Blattner Infect. Immun. 2003 71 2775 2786
116. Q. Jin Z. Yuan J. Xu Y. Wang Y. Shen W. Lu J. Wang H. Liu J. Yang F. Yang X. Zhang J. Zhang G. Yang H. Wu D. Qu J. Dong L. Sun Y. Xue A. Zhao Y. Gao J. Zhu B. Kan K. Ding S. Chen H. Cheng Z. Yao B. He R. Chen D. Ma B. Qiang Y. Wen Y. Hou J. Yu Nucleic Acids Res. 2002 30 4432 4441
117. J. F. Heidelberg J. A. Eisen W. C. Nelson R. A. Clayton M. L. Gwinn R. J. Dodson D. H. Haft E. K. Hickey J. D. Peterson L. Umayam S. R. Gill K. E. Nelson T. D. Read H. Tettelin D. Richardson M. D. Ermolaeva J. Vamathevan S. Bass H. Qin I. Dragoi P. Sellers L. McDonald T. Utterback R. D. Fleishmann W. C. Nierman O. White S. L. Salzberg H. O. Smith R. R. Colwell J. J. Mekalanos J. C. Venter C. M. Fraser Nature 2000 406 477 483
118. E. G. Ruby M. Urbanowski J. Campbell A. Dunn M. Faini R. Gunsalus P. Lostroh C. Lupp J. McCann D. Millikan A. Schaefer E. Stabb A. Stevens K. Visick C. Whistler E. P. Greenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 3004 3009
119. K. Makino K. Oshima K. Kurokawa K. Yokoyama T. Uda K. Tagomori Y. Iijima M. Najima M. Nakano A. Yamashita Y. Kubota S. Kimura T. Yasunaga T. Honda H. Shinagawa M. Hattori T. Iida Lancet 2003 361 743 749
120. C.-Y. Chen K.-M. Wu Y.-C. Chang C.-H. Chang H.-C. Tsai T.-L. Liao Y.-M. Liu H.-J. Chen A. B.-T. Shen J.-C. Li T.-L. Su C.-P. Shao C.-T. Lee L. I. Hor S.-F. Tsai Genome Res. 2003 13 2577 2587
121. L. Akman A. Yamashita H. Watanabe K. Oshima T. Shiba M. Hattori S. Aksoy Nat. Genet. 2002 32 402 407
122. A. C. R. da Silva J. A. Ferro F. C. Reinach C. S. Farah L. R. Furlan R. B. Quaggio C. B. Monteiro-Vitorello M. A. Van Sluys N. F. Almeida L. M. C. Alves A. M. do Amaral M. C. Bertolini L. E. A. Camargo G. Camarotte F. Cannavan J. Cardozo F. Chambergo L. P. Ciapina R. M. B. Cicarelli L. L. Coutinho J. R. Cursino-Santos H. El-Dorry J. B. Faria A. J. S. Ferreira R. C. C. Ferreira M. I. T. Ferro E. F. Formighieri M. C. Franco C. C. Greggio A. Gruber A. M. Katsuyama L. T. Kishi R. P. Leite E. G. M. Lemos M. V. F. Lemos E. C. Locali M. A. Machado A. M. B. N. Madeira N. M. Martinez-Rossi E. C. Martins J. Meidanis C. F. M. Menck C. Y. Miyaki D. H. Moon L. M. Moreira M. T. M. Novo V. K. Okura M. C. Oliveira V. R. Oliveira H. A. Pereira A. Rossi J. A. D. Sena C. Silva R. F. de Souza L. A. F. Spinola M. A. Takita R. E. Tamura E. C. Teixeira R. I. D. Tezza M. Trindade dos Santos D. Truffi S. M. Tsai F. F. White J. C. Setubal J. P. Kitajima Nature 2002 417 459 463
123. W. Qian Y. Jia S.-X. Ren Y.-Q. He J.-X. Feng L.-F. Lu Q. Sun G. Ying D.-J. Tang H. Tang W. Wu P. Hao L. Wang B.-L. Jiang S. Zeng W.-Y. Gu G. Lu L. Rong Y. Tian Z. Yao G. Fu B. Chen R. Fang B. Qiang Z. Chen G.-P. Zhao J.-L. Tang C. He Genome Res. 2005 15 757 767
124. F. Thieme R. Koebnik T. Bekel C. Berger J. Boch D. Büttner C. Caldana L. Gaigalat A. Goesmann S. Kay O. Kirchner C. Lanz B. Linke A. C. McHardy F. Meyer G. Mittenhuber D. H. Nies U. Niesbach-Klösgen T. Patschkowski C. Rückert O. Rupp S. Schneiker S. C. Schuster F.-J. Vorhölter E. Weber A. Pühler U. Bonas D. Bartels O. Kaiser J. Bacteriol. 2005 197 7254 7266
125. B.-M. Lee Y.-J. Park D.-S. Park H.-W. Kang J.-G. Kim E.-S. Song I.-C. Park U.-H. Yoon J.-H. Hahn B.-S. Koo G.-B. Lee H. Kim H.-S. Park K.-O. Yoon J.-H. Kim C.-H. Jung N.-H. Koh J.-S. Seo S.-J. Go Nucleic Acids Res. 2005 33 577 586
126. A. J. Simpson F. C. Reinach P. Arruda F. A. Abreu M. Acencio R. Alvarenga L. M. Alves J. E. Araya G. S. Baia C. S. Baptista M. H. Barros E. D. Bonaccorsi S. Bordin J. M. Bove M. R. Briones M. R. Bueno A. A. Camargo L. E. Camargo D. M. Carraro H. Carrer N. B. Colauto C. Colombo F. F. Costa M. C. Costa C. M. Costa-Neto L. L. Coutinho M. Cristofani E. Dias-Neto C. Docena H. El-Dorry A. P. Facincani A. J. Ferreira V. C. Ferreira J. A. Ferro J. S. Fraga S. C. Franca M. C. Franco M. Frohme L. R. Furlan M. Garnier G. H. Goldman M. H. Goldman S. L. Gomes A. Gruber P. L. Ho J. D. Hoheisel M. L. Junqueira E. L. Kemper J. P. Kitajima J. E. Krieger E. E. Kuramae F. Laigret M. R. Lambais L. C. Leite E. G. Lemos M. V. Lemos S. A. Lopes C. R. Lopes J. A. Machado M. A. Machado A. M. Madeira H. M. Madeira C. L. Marino M. V. Marques E. A. Martins E. M. Martins A. Y. Matsukuma C. F. Menck E. C. Miracca C. Y. Miyaki C. B. Monteriro-Vitorello D. H. Moon M. A. Nagai A. L. Nascimento L. E. Netto A. Nhani, Jr. F. G. Nobrega L. R. Nunes M. A. Oliveira M. C. de Oliveira R. C. de Oliveira D. A. Palmieri A. Paris B. R. Peixoto G. A. Pereira H. A. Pereira, Jr. J. B. Pesquero R. B. Quaggio P. G. Roberto V. Rodrigues A. J. de M. Rosa V. E. de Rosa, Jr. R. G. de Sa R. V. Santelli H. E. Sawasaki A. C. da Silva A. M. da Silva F. R. da Silva W. A. da Silva, Jr. J. F. da Silveira M. L. Silvestri W. J. Siqueira A. A. de Souza A. P. de Souza M. F. Terenzi D. Truffi S. M. Tsai M. H. Tsuhako H. Vallada M. A. Van Sluys S. Verjovski-Almeida A. L. Vettore M. A. Zago M. Zatz J. Meidanis J. C. Setubal Nature 2000 406 151 157
127. M. A. Van Sluys M. C. de Oliveira C. B. Monteiro-Vitorello C. Y. Miyaki L. R. Furlan L. E. Camargo A. C. da Silva D. H. Moon M. A. Takita E. G. Lemos M. A. Machado M. I. Ferro F. R. da Silva M. H. Goldman G. H. Goldman M. V. Lemos H. El-Dorry S. M. Tsai H. Carrer D. M. Carraro R. C. de Oliveira L. R. Nunes W. J. Siqueira L. L. Coutinho E. T. Kimura E. S. Ferro R. Harakava E. E. Kuramae C. L. Marino E. Giglioti I. L. Abreu L. M. Alves A. M. do Amaral G. S. Baia S. R. Blanco M. S. Brito F. S. Cannavan A. V. Celestino A. F. da Cunha R. C. Fenille J. A. Ferro E. F. Formighieri L. T. Kishi S. G. Leoni A. R. Oliveira V. E. Rosa, Jr. F. T. Sassaki J. A. Sena A. A. de Souza D. Truffi F. Tsukumo G. M. Yanai L. G. Zaros E. L. Civerolo A. J. Simpson N. F. Almeida, Jr. J. C. Setubal J. P. Kitajima J. Bacteriol. 2003 185 1018 1026
128. J. Parkhill B. W. Wren N. R. Thomson R. W. Titbal M. T. G. Holden M. B. Prentice M. Sebaihia K. D. James C. Churcher K. L. Mungall S. Baker D. Basham S. D. Bentley K. Brooks A. M. Cerdeño-Tárraga T. Chillingworth A. Cronin R. M. Davies P. Davis G. Dougan T. Feltwell N. Hamlin S. Holroyd K. Jagels A. V. Karlyshev S. Leather S. Moule P. C. F. Oyston M. Quail K. Rutherford M. Simmonds J. Skelton K. Stevens S. Whitehead B. G. Barrell Nature 2003 413 523 527
129. W. Deng V. Burland G. Plunkett, III A. Boutin G. F. Mayhew P. Liss N. T. Perna D. J. Rose B. Mau S. Zhou D. C. Schwartz J. D. Fetherston L. E. Lindler R. Brubaker G. V. Plano S. C. Straley K. A. McDonough M. L. Nilles J. S. Matson F. R. Blattner R. D. Perry J. Bacteriol. 2002 184 4601 4611
130. Y. Song Z. Tong J. Wang L. Wang Z. Guo Y. Han J. Zhang D. Pei D. Zhou H. Qin X. Pang Y. Han J. Zhai M. Li B. Cui Z. Qi L. Jin R. Dai F. Chen S. Li C. Ye X. Du W. Lin J. Wang J. Yu H. Yang J. Wang P. Huang R. Yang DNA Res. 2004 11 179 197
131. P. S. G. Chain E. Carniel F. W. Larimer J. Lamerdin P. O. Stoutland W. M. Regala A. M. Georgescu L. M. Vergez M. L. Land V. L. Motin R. R. Brubaker J. Fowler J. Hinnebusch M. Marceau C. Medigue M. Simonet V. Chenal-Francisque B. Souza D. Dacheux J. M. Elliott A. Derbise L. J. Hauser E. Garcia Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 13826 13831
132. T. A. Ciche M. Blackburn J. R. Carney J. C. Ensign Appl. Environ. Microbiol. 2003 69 4706 4713
133. J. M. Meyer Arch. Microbiol. 2000 174 135 142
134. J. Ravel P. Cornelis Trends Microbiol. 2003 11 195 200
135. C. R. Howell R. D. Stipanovic Phytopathology 1980 70 712 715
136. B. Nowak-Thompson N. Chaney J. S. Wing S. J. Gould J. E. Loper J. Bacteriol. 1999 181 2166 2174
137. H. Gross V. O. Stockwell M. D. Henkels B. Nowak-Thompson J. E. Loper W. H. Gerwick Chem. Biol. 2007 14 1 11
138. C. L. Bender F. Alarcon-Chaidez D. C. Gross Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1999 63 266 292
139. I. Grgurina F. Mariotti V. Fogliano M. Gallo A. Scaloni N. S. Iacobellis P. Lo Cantore L. Mannina V. van Axel Castelli M. L. Greco A. Graniti Biochim. Biophys. Acta 2002 1597 81 89
140. A. Bultreys I. Gheysen E. de Hoffmann Appl. Environ. Microbiol. 2006 72 3814 3825
141. L. Gardan C. Gouy R. Christen R. Samson Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003 53 381 391
142. R. H. Ffrench-Constant N. Waterfield V. Burland N. T. Perna P. J. Daborn D. Bowen F. R. Blattner Appl. Environ. Microbiol. 2000 66 3310 3329
143. M. Achtman K. Zurth G. Morelli G. Torrea A. Guiyoule E. Carniel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 14043 14048
144. A. A. DiSpirito J. A. Zahn D. W. Graham H. J. Kim C. K. Larive T. S. Derrick C. D. Cox A. Taylor J. Bacteriol. 1998 180 3606 3613
145. C. M. Tellez K. P. Gaus D. W. Graham R. G. Arnold R. Z. Guzman Appl. Environ. Microbiol. 1998 64 1115 1122
146. C. M. Litwin T. W. Rayback J. Skinner Infect. Immun. 1996 64 2834 2838
147. S. Rendulic P. Jagtap A. Rosinus M. Eppinger C. Baar C. Lanz H. Keller C. Lambert K. J. Evans A. Goesmann F. Meyer R. E. Sockett S. C. Schuster Science 2004 303 689 692
148. R. Rabus A. Ruepp T. Frickey T. Rattei B. Fartmann M. Stark M. Bauer A. Zibat T. Lombardot I. Becker J. Amann K. Gellner H. Teeling W. D. Leuschner F. O. Glockner A. N. Lupas R. Amann H. P. Klenk Environ. Microbiol. 2004 6 887 902
149. J. F. Heidelberg R. Seshadri S. A. Haveman C. L. Hemme I. T. Paulsen J. F. Kolonay J. A. Eisen N. Ward B. Methe L. M. Brinkac S. C. Daugherty R. T. Deboy R. J. Dodson A. S. Durkin R. Madupu W. C. Nelson S. A. Sullivan D. Fouts D. H. Haft J. Selengut J. D. Peterson T. M. Davidsen N. Zafar L. Zhou D. Radune G. Dimitrov M. Hance K. Tran H. Khouri J. Gill T. R. Utterback T. V. Feldblyum J. D. Wall G. Voordouw C. M. Fraser Nat. Biotechnol. 2004 22 554 559
150. B. A. Methe K. E. Nelson J. A. Eisen I. T. Paulsen W. Nelson J. F. Heidelberg D. Wu M. Wu N. Ward M. J. Beanan R. J. Dodson R. Madupu L. M. Brinkac S. C. Daugherty R. T. DeBoy A. S. Durkin M. Gwinn J. F. Kolonay S. A. Sullivan D. H. Haft J. Selengut T. M. Davidsen N. Zafar O. White B. Tran C. Romero H. A. Forberger J. Weidman H. Khouri T. V. Feldblyum T. R. Utterback S. E. Van Aken D. R. Lovley C. M. Fraser Science 2003 302 1967 1969
151. J. Parkhill B. W. Wren K. Mungall J. M. Ketley C. Churcher D. Basham T. Chillingworth R. M. Davies T. Feltwell S. Holroyd K. Jagels A. V. Karlyshev S. Moule M. J. Pallen C. W. Penn M. A. Quail M. A. Rajandream K. M. Rutherford A. H. van Vliet S. Whitehead B. G. Barrell Nature 2000 403 665 668
152. D. E. Fouts E. F. Mongodin R. E. Mandrell W. G. Miller D. A. Rasko J. Ravel L. M. Brinkac R. T. DeBoy C. T. Parker S. C. Daugherty R. J. Dodson A. S. Durkin R. Madupu S. A. Sullivan J. U. Shetty M. A. Ayodeji A. Shvartsbeyn M. C. Schatz J. H. Badger C. M. Fraser K. E. Nelson PloS Biol. 2005 3 E15
153. S. Suerbaum C. Josenhans T. Sterzenbach B. Drescher P. Brandt M. Bell M. Droge B. Fartmann H. P. Fischer Z. Ge A. Horster R. Holland K. Klein J. Konig L. Macko G. L. Mendz G. Nyakatura D. B. Schauer Z. Shen J. Weber M. Frosch J. G. Fox Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 7901 7906
154. J. F. Tomb O. White A. R. Kerlavage R. A. Clayton G. G. Sutton R. D. Fleischmann K. A. Ketchum H. P. Klenk S. Gill B. A. Dougherty K. Nelson J. Quackenbush L. Zhou E. F. Kirkness S. Peterson B. Loftus D. Richardson R. Dodson H. G. Khalak A. Glodek K. McKenney L. M. Fitzegerald N. Lee M. D. Adams E. K. Hickey D. E. Berg J. D. Gocayne T. R. Utterback J. D. Peterson J. M. Kelley M. D. Cotton J. M. Weidman C. Fujii C. Bowman L. Watthey E. Wallin W. S. Hayes M. Borodovsky P. D. Karp H. O. Smith C. M. Fraser J. C. Venter Nature 1997 388 539 547
155. R. A. Alm L. S. Ling D. T. Moir B. L. King E. D. Brown P. C. Doig D. R. Smith B. Noonan B. C. Guild B. L. de Jonge G. Carmel P. J. Tummino A. Caruso M. Uria-Nickelsen D. M. Mills C. Ives R. Gibson D. Merberg S. D. Mills Q. Jiang D. E. Taylor G. F. Vovis T. J. Trust Nature 1999 397 176 180
156. C. Baar M. Eppinger G. Raddatz J. Simon C. Lanz O. Klimmek R. Nandakumar R. Gross A. Rosinus H. Keller P. Jagtap B. Linke F. Meyer H. Lederer S. C. Schuster Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 11690 11695
157. T. D. Read S. N. Peterson N. Tourasse L. W. Baillie I. T. Paulsen K. E. Nelson H. Tettelin D. E. Fouts J. A. Eisen S. R. Gill E. K. Holtzapple O. A. Okstad E. Helgason J. Rilstone M. Wu J. F. Kolonay M. J. Beanan R. J. Dodson L. M. Brinkac M. Gwinn R. T. DeBoy R. Madpu S. C. Daugherty A. S. Durkin D. H. Haft W. C. Nelson J. D. Peterson M. Pop H. M. Khouri D. Radune J. L. Benton Y. Mahamoud L. Jiang I. R. Hance J. F. Weidman K. J. Berry R. D. Plaut A. M. Wolf K. L. Watkins W. C. Nierman A. Hazen R. Cline C. Redmond J. E. Thwaite O. White S. L. Salzberg B. Thomason A. M. Friedlander T. M. Koehler P. C. Hanna A. B. Kolsto C. M. Fraser Nature 2003 423 81 86
158. D. A. Rasko M. R. Altherr C. S. Han J. Ravel FEMS Microbiol. Rev. 2005 29 303 329
159. D. A. Rasko J. Ravel O. A. Økstad E. Helgason R. Z. Cer L. Jiang K. A. Shores D. E. Fouts N. J. Tourasse S. V. Angiuoli J. Kolonay W. C. Nelson A.-B. Kolstø C. M. Fraser T. D. Read Nucleic Acids Res. 2004 32 977 988
160. N. Ivanova A. Sorokin I. Anderson N. Galleron B. Candelon V. Kapatral A. Bhattacharyya G. Reznik N. Mikhailova A. Lapidus L. Chu M. Mazur E. Goltsman N. Larsen M. D'Souza T. Walunas Y. Grechkin G. Pusch R. Haselkorn M. Fonstein S. D. Ehrlich R. Overbeek N. Kyrpides Nature 2003 423 87 91
161. H. Takami K. Nakasone Y. Takaki G. Maeno R. Sasaki N. Masui F. Fuji C. Hirama Y. Nakamura N. Ogasawara S. Kuhara K. Horikoshi Nucleic Acids Res. 2000 28 4317 4331
162. M. W. Rey P. Ramaiya B. A. Nelson S. D. Brody-Karpin E. J. Zaretsky M. Tang A. Lopez de Leon H. Xiang V. Gusti I. G. Clausen P. B. Olsen M. D. Rasmussen J. T. Andersen P. L. Jorgensen T. S. Larsen A. Sorokin A. Bolotin A. Lapidus N. Galleron S. D. Ehrlich R. M. Berka Genome Biol. 2004 5 R77
163. B. Veith C. Herzberg S. Steckel J. Feesche K. H. Maurer P. Ehrenreich S. Bäumer A. Henne H. Liesegang R. Merkl A. Ehrenreich G. Gottschalk J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2004 7 204 211
164. F. Kunst N. Ogasawara I. Moszer A. M. Albertini G. Alloni V. Azevedo M. G. Bertero P. Bessieres A. Bolotin S. Borchert R. Borriss L. Boursier A. Brans M. Braun S. C. Brignell S. Bron S. Brouillet C. V. Bruschi B. Caldwell V. Capuano N. M. Carter S. K. Choi J. J. Codani I. F. Connerton A. Danchin, et al. Nature 1997 390 249 256
165. N. Shankar A. S. Baghdayan M. S. Gilmore Nature 2002 417 746 750
166. H. Takami Y. Takaki G.-J. Chee S. Nishi S. Shimamura H. Suzuki S. Matsui I. Uchiyama Nucleic Acids Res. 2004 32 6292 6303
167. E. Altermann W. M. Russell M. A. Azcarate-Peril R. Barrangou B. L. Buck O. McAuliffe N. Souther A. Dobson T. Duong M. Callanan S. Lick A. Hamrick R. Cano T. R. Klaenhammer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 3906 3912
168. R. D. Pridmore B. Berger F. Desiere D. Vilanova C. Barretto A. C. Pittet M. C. Zwahlen M. Rouvet E. Altermann R. Barrangou B. Mollet A. Mercenier T. Klaenhammer F. Arigoni M. A. Schell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 2512 2517
169. M. Kleerebezem J. Boekhorst R. van Kranenburg D. Molenaar O. P. Kuipers R. Leer R. Tarchini S. A. Peters H. M. Sandbrink M. W. Fiers W. Stiekema R. M. Lankhorst P. A. Bron S. M. Hoffer M. N. Groot R. Kerkhoven M. de Vries B. Ursing W. M. de Vos R. J. Siezen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 1990 1995
170. S. Chaillou M. C. Champomier-Verges M. Cornet A. M. Crutz-Le Coq A. M. Dudez V. Martin S. Beaufils E. Darbon-Rongere R. Bossy V. Loux M. Zagorec Nat. Biotechnol. 2005 23 1527 1533
171. A. Bolotin P. Wincker S. Mauger O. Jaillon K. Malarme J. Weissenbach S. D. Erlich A. Sorokin Genome Res. 2001 11 731 753
172. P. Glaser L. Frangeul C. Buchrieser C. Rusniok A. Amend F. Baquero P. Berche H. Bloecker P. Brandt T. Chakraborty A. Charbit F. Chetouani E. Couve A. de Daruvar P. Dehoux E. Domann G. Dominguez-Bernal E. Duchaud L. Durant O. Dussurget K. D. Entian H. Fsihi F. Garcia-del Portillo P. Garrido L. Gautier W. Goebel N. Gomez-Lopez T. Hain J. Hauf D. Jackson L. M. Jones U. Kaerst J. Kreft M. Kuhn F. Kunst G. Kurapkat E. Madueno A. Maitournam J. M. Vicente E. Ng H. Nedjari G. Nordsiek S. Novella B. de Pablos J. C. Perez-Diaz R. Purcell B. Remmel M. Rose T. Schlueter N. Simoes A. Tierrez J. A. Vazquez-Boland H. Voss J. Wehland P. Cossart Science 2001 294 849 852
173. E. Nelson D. E. Fouts E. F. Mongodin J. Ravel R. T. DeBoy J. F. Kolonay D. A. Rasko S. V. Angiuoli S. R. Gill I. T. Paulsen J. Peterson O. White W. C. Nelson W. Nierman M. J. Beanan L. M. Brinkac S. C. Daugherty R. J. Dodson A. S. Durkin R. Madupu D. H. Haft J. Selengut S. Van Aken H. Khouri N. Fedorova H. Forberger B. Tran S. Kathariou L. D. Wonderling G. A. Uhlich D. O. Bayles J. B. Luchansky C. M. Fraser Nucleic Acids Res. 2004 32 2386 2395
174. H. Takami Y. Takaki I. Uchiyama Nucleic Acids Res. 2002 30 3927 3935
175. S. R. Gill D. E. Fouts G. L. Archer E. F. Mongodin R. T. Deboy J. Ravel I. T. Paulsen J. F. Kolonay L. Brinkac M. Beanan R. J. Dodson S. C. Daugherty R. Madupu S. V. Angiuoli A. S. Durkin D. H. Haft J. Vamathevan H. Khouri T. Utterback C. Lee G. Dimitrov L. Jiang H. Qin J. Weidman K. Tran K. Kang I. R. Hance K. E. Nelson C. M. Fraser J. Bacteriol. 2005 187 2426 2438
176. M. T. Holden E. J. Feil J. A. Lindsay S. J. Peacock N. P. Day M. C. Enright T. J. Foster C. E. Moore L. Hurst R. Atkin A. Barron N. Bason S. D. Bentley C. Chillingworth T. Chillingworth C. Churcher L. Clark C. Corton A. Cronin J. Doggett L. Dowd T. Feltwell Z. Hance B. Harris H. Hauser S. Holroyd K. Jagels K. D. James N. Lennard A. Line R. Mayes S. Moule K. Mungall D. Ormond M. A. Quail E. Rabbinowitsch K. Rutherford M. Sanders S. Sharp M. Simmonds K. Stevens S. Whitehead B. G. Barrell B. G. Spratt J. Parkhill Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 9786 9791
177. T. Baba F. Takeuchi M. Kuroda H. Yuzawa K. Aoki A. Oguchi Y. Nagai N. Iwama K. Asano T. Naimi H. Kuroda L. Cui K. Yamamoto K. Hiramatsu Lancet 2002 359 1819 1827
178. M. Kuroda T. Ohta I. Uchiyama T. Baba H. Yuzawa I. Kobayashi L. Cui A. Oguchi K. Aoki Y. Nagai J. Lian T. Ito M. Kanamori H. Matsumaru A. Maruyama H. Murakami A. Hosoyama Y. Mizutani-Ui N. K. Takahashi T. Sawano R. Inoue C. Kaito K. Sekimizu H. Hirakawa S. Kuhara S. Goto J. Yabuzaki M. Kanehisa A. Yamashita K. Oshima K. Furuya C. Yoshino T. Shiba M. Hattori N. Ogasawara H. Hayashi K. Hiramatsu Lancet 2001 357 1225 1240
179. Y. Q. Zhang S. X. Ren H. L. Li Y. X. Wang G. Fu J. Yang Z. Q. Qin Y. G. Miao W. Y. Wang R. S. Chen Y. Shen Z. Chen Z. H. Yuan G. P. Zhao D. Qu A. Danchin Y. M. Wen Mol. Microbiol. 2003 49 1577 1593
180. F. Takeuchi S. Watanabe T. Baba H. Yuzawa T. Ito Y. Morimoto M. Kuroda L. Cui M. Takahashi A. Ankai S. Baba S. Fukui J. C. Lee K. Hiramatsu J. Bacteriol. 2005 187 7292 7308
181. M. Kuroda A. Yamashita H. Hirakawa M. Kumano K. Morikawa M. Higashide A. Maruyama Y. Inose K. Matoba H. Toh S. Kuhara M. Hattori T. Ohta Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 13272 13277
182. H. Tettelin V. Masignani M. J. Cieslewicz J. A. Eisen S. Peterson M. R. Wessels I. T. Paulsen K. E. Nelson I. Margarit T. D. Read L. C. Madoff A. M. Wolf M. J. Beanan L. M. Brinkac S. C. Daugherty R. T. DeBoy A. S. Durkin J. F. Kolonay R. Madupu M. R. Lewis D. Radune N. B. Fedorova D. Scanlan H. Khouri S. Mulligan H. A. Carty R. T. Cline S. E. Van Aken J. Gill M. Scarselli M. Mora E. T. Iacobini C. Brettoni G. Galli M. Mariani F. Vegni D. Maione D. Rinaudo R. Rappuoli J. L. Telford D. L. Kasper G. Grandi C. M. Fraser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12391 12396
183. H. Tettelin V. Masignani M. J. Cieslewicz C. Donati D. Medini N. L. Ward S. V. Angiuoli J. Crabtree A. L. Jones A. S. Durkin R. T. Deboy T. M. Davidsen M. Mora M. Scarselli I. Margarity Ros J. D. Peterson C. R. Hauser J. P. Sundaram W. C. Nelson R. Madupu L. M. Brinkac R. J. Dodson M. J. Rosovitz S. A. Sullivan S. C. Daugherty D. H. Haft J. Selengut M. L. Gwinn L. Zhou N. Zafar H. Khouri D. Radune G. Dimitrov K. Watkins K. J. O'Connor S. Smith T. R. Utterback O. White C. E. Rubens G. Grandi L. C. Madoff D. L. Kasper J. L. Telford M. R. Wessels R. Rappuoli C. M. Fraser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 13950 13955
184. P. Glaser C. Rusniok C. Buchrieser F. Chevalier L. Frangeul T. Msadek M. Zouine E. Couve L. Lalioui C. Poyart P. Trieu-Cuot F. Kunst Mol. Microbiol. 2002 45 1499 1513
185. D. Ajdic W. M. McShan R. E. McLaughlin G. Savic J. Chang M. B. Carson C. Primeaux R. Tian S. Kenton H. Jia S. Lin Y. Qian S. Li H. Zhu F. Najar H. Lai J. White B. A. Roe J. J. Ferretti Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 14434 14439
186. J. Hoskins W. E. Alborn, Jr. J. Arnold L. C. Blaszczak S. Burgett B. S. DeHoff S. T. Estrem L. Fritz D. J. Fu W. Fuller C. Geringer R. Gilmour J. S. Glass H. Khoja A. R. Kraft R. E. Lagace D. J. LeBlanc L. N. Lee E. J. Lefkowitz J. Lu P. Matsushima S. M. McAhren M. McHenney K. McLeaster C. W. Mundy T. I. Nicas F. H. Norris M. O'Gara R. B. Peery G. T. Robertson P. Rockey P. M. Sun M. E. Winkler Y. Yang M. Young-Bellido G. Zhao C. A. Zook R. H. Baltz S. R. Jaskunas P. R. Rosteck, Jr. P. L. Skatrud J. I. Glass J. Bacteriol. 2001 183 5709 5717
187. H. Tettelin K. E. Nelson I. T. Paulsen J. A. Eisen T. D. Read S. Peterson J. Heidelberg R. T. DeBoy D. H. Haft R. J. Dodson A. S. Durkin M. Gwinn J. F. Kolonay W. C. Nelson J. D. Peterson L. A. Umayam O. White S. L. Salzberg M. R. Lewis D. Radune E. Holtzapple H. Khouri A. M. Wolf T. R. Utterback C. L. Hansen L. A. McDonald T. V. Feldblyum S. Angiuoli T. Dickinson E. K. Hickey I. E. Holt B. J. Loftus F. Yang H. O. Smith J. C. Venter B. A. Dougherty D. A. Morrison S. K. Hollingshead C. M. Fraser Science 2001 293 498 506
188. J. J. Ferretti W. M. McShan D. Ajdic D. J. Savic G. Savic K. Lyon C. Primeaux S. Sezate A. N. Suvorov S. Kenton H. S. Lai S. P. Lin Y. Qian H. G. Jia F. Z. Najar Q. Ren H. Zhu L. Song J. White X. Yuan S. W. Clifton B. A. Roe R. McLaughlin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 4658 4663
189. P. Sumby S. F. Porcella A. G. Madrigal K. D. Barbian K. Virtaneva S. M. Ricklefs D. E. Sturdevant M. R. Graham J. Vuopio-Varkila N. P. Hoe J. M. Musser J. Infect. Dis. 2005 192 771 782
190. M. Green S. Zhang S. F. Porcella M. J. Nagiec K. D. Barbian S. B. Beres R. B. LeFebvre J. M. Musser J. Infect. Dis. 2005 192 760 770
191. D. J. Banks S. F. Porcella K. D. Barbian S. B. Beres L. E. Philips J. M. Voyich F. R. DeLeo J. M. Martin G. A. Somerville J. M. Musser J. Infect. Dis. 2004 190 727 738
192. S. B. Beres G. L. Sylva K. D. Barbian B. Lei J. S. Hoff N. D. Mammarella M. Y. Liu J. C. Smoot S. F. Porcella L. D. Parkins D. S. Campbell T. M. Smith J. K. McCormick D. Y. Leung P. M. Schlievert J. M. Musser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 10078 10083
193. J. C. Smoot K. D. Barbian J. J. Van Gompel L. M. Smoot M. S. Chaussee G. L. Sylva D. E. Sturdevant S. M. Ricklefs S. F. Porcella L. D. Parkins S. B. Beres D. S. Campbell T. M. Smith Q. Zhang V. Kapur J. A. Daly L. G. Veasy J. M. Musser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 4668 4673
194. I. Nakagawa K. Kurokawa A. Yamashita M. Nakata Y. Tomiyasu N. Okahashi S. Kawabata K. Yamazaki T. Shiba T. Yasunaga H. Hayashi M. Hattori S. Hamada Genome Res. 2003 13 1042 1055
195. A. Bolotin B. Quinquis P. Renault A. Sorokin S. D. Ehrlich S. Kulakauskas A. Lapidus E. Goltsman M. Mazur G. D. Pusch M. Fonstein R. Overbeek N. Kyprides B. Purnelle D. Prozzi K. Ngui D. Masuy F. Hancy S. Burteau M. Boutry J. Delcour A. Goffeau P. Hols Nat. Biotechnol. 2004 22 1554 1558
196. K. Tsuge T. Ano M. Hirai Y. Nakamura M. Shoda Antimicrob. Agents Chemother. 1999 43 2183 2192
197. D. Mootz R. Finking M. A. Marahiel J. Biol. Chem. 2001 276 37289 37298
198. F. Peypoux J. M. Bonmatin J. Wallach Appl. Microbiol. Biotechnol. 1999 51 553 563
199. C. Scotti M. Piatti A. Cuzzoni P. Perani A. Tognoni G. Grandi A. Galizzi A. M. Albertini Gene 1993 130 65 71
200. T. Stein Mol. Microbiol. 2005 56 845 857
201. J. Hofemeister B. Conrad B. Adler B. Hofemeister J. Feesche N. Kucheryava G. Steinborn P. Franke N. Grammel A. Zwintscher F. Leenders G. Hitzeroth J. Vater Mol. Genet. Genomics. 2004 272 363 378
202. D. Konz S. Doekel M. A. Marahiel J. Bacteriol. 1999 181 133 140
203. D. Konz A. Klens K. Schorgendorfer M. A. Marahiel Chem. Biol. 1997 4 927 937
204. S. Cendrowski W. MacArthur P. Hanna Mol. Microbiol. 2004 51 407 417
205. R.-Y. Park M.-H. Choi H.-Y. Sun S.-H. Shin Biol. Pharm. Bull. 2005 28 1132 1135
206. E. H. Duitman L. W. Hamoen M. Rembold G. Venema H. Seitz W. Saenger F. Bernhard R. Reinhardt M. Schmidt C. Ullrich T. Stein F. Leenders J. Vater Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 13294 13299
207. M. Ehling-Schulz N. Vukov A. Schulz R. Shaheen M. Andersson E. Märtlbauer S. Scherer Appl. Environ. Microbiol. 2005 71 105 113
208. E. A. B. Emmert A. K. Klimowicz M. G. Thomas J. Hadelsman Appl. Environ. Microbiol. 2004 70 104 113
209. M. Wu Q. Ren A. S. Durkin S. C. Daugherty L. M. Brinkac R. J. Dodson R. Madupu S. A. Sullivan J. F. Kolonay D. H. Haft W. C. Nelson L. J. Tallon K. M. Jones L. E. Ulrich J. M. Gonzalez I. B. Zhulin F. T. Robb J. A. Eisen PLoS Genet. 2005 1 E65
210. J. Nolling G. Breton M. V. Omelchenko K. S. Makarova Q. Zeng R. Gibson H. M. Lee J. Dubois D. Qiu J. Hitti Y. I. Wolf R. L. Tatusov F. Sabathe L. Doucette-Stamm P. Soucaille M. J. Daly G. N. Bennett E. V. Koonin D. R. Smith J. Bacteriol. 2001 183 4823 4838
211. T. Shimizu K. Ohtani H. Hirakawa K. Ohshima A. Yamashita T. Shiba N. Ogasawara M. Hattori S. Kuhara H. Hayashi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 996 1001
212. H. Bruggemann S. Baumer W. F. Fricke A. Wiezer H. Liesegang I. Decker C. Herzberg R. Martinez-Arias R. Merkl A. Henne G. Gottschalk Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 1316 1321
213. Q. Bao Y. Tian W. Li Z. Xu Z. Xuan S. Hu W. Dong J. Yang Y. Chen Y. Xue Y. Xu X. Lai L. Huang X. Dong Y. Ma L. Ling H. Tan R. Chen J. Wang J. Yu H. Yang Genome Res. 2002 12 689 700
214. K. Oshima S. Kakizawa H. Nishigawa H. Y. Jung W. Wei S. Suzuki R. Arashida D. Nakata S. Miyata M. Ugaki S. Namba Nat. Genet. 2004 36 27 29
215. L. Papazisi T. S. Gorton G. Kutish P. F. Markham G. F. Browning D. Kim Nguyen S. Swartzell A. Madan G. Mahairas S. J. Geary Microbiology 2003 149 2307 2316
216. rd J. V. Venter Science 1995 270 397 403
217. F. C. Minion E. J. Lefkowitz M. L. Madsen B. J. Cleary S. M. Swartzell G. G. Mahairas J. Bacteriol. 2004 186 7123 7133
218. A. T. Vasconcelos H. B. Ferreira C. V. Bizarro S. L. Bonatto M. O. Carvalho P. M. Pinto D. F. Almeida L. G. Almeida R. Almeida L. Alves-Filho E. N. Assuncao V. A. Azevedo M. R. Bogo M. M. Brigido M. Brocchi H. A. Burity A. A. Camargo S. S. Camargo M. S. Carepo D. M. Carraro J. C. de Mattos Cascardo L. A. Castro G. Cavalcanti G. Chemale R. G. Collevatti C. W. Cunha B. Dallagiovanna B. P. Dambros O. A. Dellagostin C. Falcao F. Fantinatti-Garboggini M. S. Felipe L. Fiorentin G. R. Franco N. S. Freitas D. Frias T. B. Grangeiro E. C. Grisard C. T. Guimaraes M. Hungria S. N. Jardim M. A. Krieger J. P. Laurino L. F. Lima M. I. Lopes E. L. Loreto H. M. Madeira G. P. Manfio A. Q. Maranhao C. T. Martinkovics S. R. Medeiros M. A. Moreira M. Neiva C. E. Ramalho-Neto M. F. Nicolas S. C. Oliveira R. F. Paixao F. O. Pedrosa S. D. Pena M. Pereira L. Pereira-Ferrari I. Piffer L. S. Pinto D. P. Potrich A. C. Salim F. R. Santos R. Schmitt M. P. Schneider A. Schrank I. S. Schrank A. F. Schuck H. N. Seuanez D. W. Silva R. Silva S. C. Silva C. M. Soares K. R. Souza R. C. Souza C. C. Staats M. B. Steffens S. M. Teixeira T. P. Urmenyi M. H. Vainstein L. W. Zuccherato A. J. Simpson A. Zaha J. Bacteriol. 2005 187 5568 5577
219. J. D. Jaffe N. Stange-Thomann C. Smith D. DeCaprio S. Fisher J. Butler S. Calvo T. Elkins M. G. FitzGerald N. Hafez C. D. Kodira J. Major S. Wang J. Wilkinson R. Nicol C. Nusbaum B. Birren H. C. Berg G. M. Church Genome Res. 2004 14 1447 1461
220. J. Westberg A. Persson A. Holmberg A. Goesmann J. Lundeberg K. E. Johansson B. Pettersson M. Uhlen Genome Res. 2004 14 221 227
221. Y. Sasaki J. Ishikawa A. Yamashita K. Oshima T. Kenri K. Furuya C. Yoshino A. Horino T. Shiba T. Sasaki M. Hattori Nucleic Acids Res. 2002 30 5293 5300
222. T. Dandekar M. Huynen J. T. Regula B. Ueberle C. U. Zimmermann M. A. Andrade T. Doerks L. Sanchez-Pulido B. Snel M. Suyama Y. P. Yuan R. Herrmann P. Bork Nucleic Acids Res. 2000 28 3278 3288
223. R. Himmelreich H. Hilbert H. Plagens E. Pirkl B. C. Li R. Herrmann Nucleic Acids Res. 1996 24 4420 4449
224. I. Chambaud R. Heilig S. Ferris V. Barbe D. Samson F. Galisson I. Moszer K. Dybvig H. Wroblewski A. Viari E. P. Rocha A. Blanchard Nucleic Acids Res. 2001 29 2145 2153
225. J. I. Glass E. J. Lefkowitz J. S. Glass C. R. Heiner E. Y. Chen G. H. Cassell Nature 2000 407 757 762
226. M. A. Schell M. Karmirantzou B. Snel D. Vilanova B. Berger G. Pessi M.-C. Zwahlen F. Desiere P. Bork M. Delley R. D. Pridmore F. Arigoni Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 14422 14427
227. A. M. Cerdeno-Tarraga A. Efstratiou L. G. Dover M. T. Holden M. Pallen S. D. Bentley G. S. Besra C. Churcher K. D. James A. De Zoysa T. Chillingworth A. Cronin L. Dowd T. Feltwell N. Hamlin S. Holroyd K. Jagels S. Moule M. A. Quail E. Rabbinowitsch K. M. Rutherford N. R. Thomson L. Unwin S. Whitehead B. G. Barrell J. Parkhill Nucleic Acids Res. 2003 31 6516 6523
228. Y. Nishio Y. Nakamura Y. Kawarabayasi Y. Usuda E. Kimura S. Sugimoto K. Matsui A. Yamagishi H. Kikuchi K. Ikeo T. Gojobori Genome Res. 2003 13 1572 1579
229. J. Kalinowski B. Bathe D. Bartels N. Bischoff M. Bott A. Burkovski N. Dusch L. Eggeling B. J. Eikmanns L. Gaigalat A. Goesmann M. Hartmann K. Huthmacher R. Krämer B. Linke A. C. McHardy F. Meyer B. Möckel W. Pfefferle A. Pühler D. A. Rey C. Rückert O. Rupp H. Sahm V. F. Wendisch I. Wiegräbe A. Tauch J. Biotechnol. 2003 104 5 25
230. A. Tauch O. Kaiser T. Hain A. Goesmann B. Weisshaar A. Albersmeier T. Bekel N. Bischoff I. Brune T. Chakraborty J. Kalinowski F. Meyer O. Rupp S. Schneiker P. Viehoever A. Pühler J. Bacteriol. 2005 187 4671 4682
231. C. B. Monteiro-Vitorello L. E. Camargo M. A. Van Sluys J. P. Kitajima D. Truffi A. M. do Amaral R. Harakava J. C. de Oliveira D. Wood M. C. de Oliveira C. Miyaki M. A. Takita A. C. da Silva L. R. Furlan D. M. Carraro G. Camarotte N. F. Almeida, Jr. H. Carrer L. L. Coutinho H. A. El-Dorry M. I. Ferro P. R. Gagliardi E. Giglioti M. H. Goldman G. H. Goldman E. T. Kimura E. S. Ferro E. E. Kuramae E. G. Lemos M. V. Lemos S. M. Mauro M. A. Machado C. L. Marino C. F. Menck L. R. Nunes R. C. Oliveira G. G. Pereira W. Siqueira A. A. de Souza S. M. Tsai A. S. Zanca A. J. Simpson S. M. Brumbley J. C. Setubal Mol. Plant-Microbe Interact. 2004 17 827 836
232. L. Li J. P. Bannantine Q. Zhang A. Amonsin B. J. May D. Alt N. Banerji S. Kanjilal V. Kapur Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 12344 12349
233. A. Tauch O. Kaiser T. Hain A. Goesmann B. Weisshaar A. Albersmeier T. Bekel N. Bischoff I. Brune T. Chakraborty J. Kalinowski F. Meyer O. Rupp S. Schneiker P. Viehoever A. Puhler J. Bacteriol. 2005 187 4671 4682
234. S. T. Cole K. Eiglmeier J. Parkhill K. D. James N. R. Thomson P. R. Wheeler N. Honore T. Garnier C. Churcher D. Harris K. Mungall D. Basham D. Brown T. Chillingworth R. Connor R. M. Davies K. Devlin S. Duthoy T. Feltwell A. Fraser N. Hamlin S. Holroyd T. Hornsby K. Jagels C. Lacroix J. Maclean S. Moule L. Murphy K. Oliver M. A. Quail M. A. Rajandream K. M. Rutherford S. Rutter K. Seeger S. Simon M. Simmonds J. Skelton R. Squares S. Squares K. Stevens K. Taylor S. Whitehead J. R. Woodward B. G. Barrell Nature 2001 409 1007 1011
235. R. D. Fleischmann D. Alland J. A. Eisen L. Carpenter O. White J. Peterson R. DeBoy R. Dodson M. Gwinn D. Haft E. Hickey J. F. Kolonay W. C. Nelson L. A. Umayam M. Ermolaeva S. L. Salzberg A. Delcher T. Utterback J. Weidman H. Khouri J. Gill A. Mikula W. Bishai W. R. Jacobs, Jr. J. C. Venter C. M. Fraser J. Bacteriol. 2002 184 5479 5490
236. S. T. Cole R. Brosch J. Parkhill T. Garnier C. Churcher D. Harris S. V. Gordon K. Eiglmeier S. Gas C. E. Barry, 3rd F. Tekaia K. Badcock D. Basham D. Brown T. Chillingworth R. Connor R. Davies K. Devlin T. Feltwell S. Gentles N. Hamlin S. Holroyd T. Hornsby K. Jagels A. Krogh J. McLean S. Moule L. Murphy K. Oliver J. Osborne M. A. Quail M. A. Rajandream J. Rogers S. Rutter K. Seeger J. Skelton R. Squares S. Squares J. E. Sulston K. Taylor W. Whitehead B. G. Barrell Nature 1998 11 393 537 544
237. J. Ishikawa A. Yamashita Y. Mikami Y. Hoshino H. Kurita K. Hotta T. Shiba M. Hattori Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14925 14930
238. H. Bruggemann A. Henne F. Hoster H. Liesegang A. Wiezer A. Strittmatter S. Hujer P. Durre G. Gottschalk Science 2004 305 671 673
239. H. Ikeda J. Ishikawa A. Hanamoto M. Shinose H. Kikuchi T. Shiba Y. Sakaki M. Hattori S. Omura Nat. Biotechnol. 21 526 531
240. K. Ueda A. Yamashita J. Ishikawa M. Shimada T. Watsuji K. Morimura H. Ikeda M. Hattori T. Beppu Nucleic Acids Res. 2004 32 4937 4944
241. D. Raoult H. Ogata S. Audic C. Robert K. Suhre M. Drancourt J. M. Claverie Genome Res. 2003 13 1800 1809
242. S. D. Bentley M. Maiwald L. D. Murphy M. J. Pallen C. A. Yeats L. G. Dover H. T. Norbertczak G. S. Besra M. A. Quail D. E. Harris A. von Herbay A. Goble S. Rutter R. Squares S. Squares B. G. Barrell J. Parkhill D. A. Relman Lancet 2003 361 637 644
243. O. H. Shiratori M.-J. Park Y. Saito Y. Kumon N. Yamashita A. Hirata H. Nishida K. Ueda T. Beppu Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000 50 1829 1832
244. R.-Y. Park M.-H. Choi H.-Y. Sun S.-H. Shin Biol. Pharm. Bull. 2005 28 1132 1135
245. D. Portevin C. de Sousa-D'Auria H. Montrozier C. Houssin A. Stella M.-A. Lanéelle F. Bardou C. Guilhot M. Daffé J. Biol. Chem. 2005 280 8862 8874
246. K. Takayama C. Wang G. S. Besra Clin. Microbiol. Rev. 2005 18 81 101
247. L. E. N. Quadri J. Sello T. A. Keating P. H. Weinreb C. Walsh Chem. Biol. 1998 5 631 645
248. R. Krithika U. Marathe P. Saxena M. Z. Ansari D. Mohanty R. S. Gokhale Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 2069 2074
249. I. Matsunaga A. Bhatt D. C. Young T. Y. Cheng S. J. Eyles G. S. Besra V. Briken S. A. Porcelli C. E. Costello W. R. Jacobs, Jr. D. B. Moody J. Exp. Med. 2004 200 1559 1569
250. D. E. Minnikin L. Kremer L. G. Dover G. S. Besra Chem. Biol. 2002 9 545 553
251. O. A. Trivedi P. Arora A. Vats M. Z. Ansari R. Tickoo V. Sridharan D. Mohanty R. S. Gokhale Mol. Cell 2005 17 631 643
252. M. Mathur P. E. Kolattukudy J. Biol. Chem. 1992 267 19388 19395
253. P. Constant E. Perez W. Malaga M. A. Laneelle O. Saurel M. Daffe C. Guilhot J. Biol. Chem. 2002 277 38148 38158
254. T. D. Sirakova A. K. Thirumala V. S. Dubey H. Sprecher P. E. Kolattukudy J. Biol. Chem. 2001 276 16833 16839
255. G. S. Hotter B. J. Wards P. Mouat G. S. Besra J. Gomes M. Singh S. Bassett P. Kawakami P. R. Wheeler G. W. de Lisle D. M. Collins J. Bacteriol. 2005 187 2267 2277
256. S. Omura H. Ikeda J. Ishikawa A. Hanamoto C. Takahashi M. Shinose Y. Takahashi H. Horikawa H. Nakazawa T. Osonoe H. Kikuchi T. Shiba Y. Sakaki M. Hattori Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 12215 12220
257. H. Ikeda T. Nonomiya M. Usami T. Ohta S. Omura Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9509 9514
258. G. L. Challis J. Ravel FEMS Microbiol. Lett. 2000 187 111 114
259. S. Lautru R. Deeth L. M. Bailey G. L. Challis Nat. Chem. Biol. 2005 1 265 269
260. E. Takano H. Kinoshita V. Mersinias G. Bucca G. Hotchkiss T. Nihira C. P. Smith M. Bibb W. Wohlleben K. Chater Mol. Microbiol. 2005 56 465 479
261. K. Pawlik M. Kotowska K. F. Chater K. Kuczek E. Takano Arch. Microbiol. 2007 187 87 99
262. A. Rantala D. P. Fewer M. Hisbergues L. Rouhiainen J. Vaitomaa T. Börner K. Sivonen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 568 573
263. B. A. Neilan E. Dittmann L. Rouhiainen R. A. Bass V. Schaub K. Sivonen T. Börner J. Bacteriol. 1999 181 4089 4097
264. I. M. Ehrenreich J. B. Waterbury E. A. Webb Appl. Environ. Microbiol. 2005 71 7401 7413
265. T. Kaneko Y. Nakamura C. P. Wolk T. Kuritz S. Sasamoto A. Watanabe M. Iriguchi A. Ishikawa K. Kawashima T. Kimura Y. Kishida M. Kohara M. Matsumoto A. Matsuno A. Muraki N. Nakazaki S. Shimpo M. Sugimoto M. Takazawa M. Yamada M. Yasuda S. Tabata DNA Res. 2001 8 205 213
266. Y. Nakamura T. Kaneko S. Sato M. Mimuro H. Miyashita T. Tsuchiya S. Sasamoto A. Watanabe K. Kawashima Y. Kishida C. Kiyokawa M. Kohara M. Matsumoto A. Matsuno N. Nakazaki S. Shimpo C. Takeuchi M. Yamada S. Tabata DNA Res. 2003 10 137 145
267. G. Rocap F. W. LarimeR J. Lamerdin S. Malfatti P. Chain N. A. Ahlgren A. Arellano M. Coleman L. Hauser W. R. Hess Z. I. Johnson M. Land D. Lindell A. F. Post W. Regala M. Shah S. L. Shaw C. Steglich M. B. Sullivan C. S. Ting A. Tolonen E. A. Webb E. R. Zinser S. W. Chisholm Nature 2003 424 1042 1047
268. A. Dufresne M. Salanoubat F. Partensky F. Artiguenave I. M. Axmann V. Barbe S. Duprat M. Y. Galperin E. V. Koonin F. Le Gall K. S. Makarova M. Ostrowski S. Oztas C. Robert I. B. Rogozin D. J. Scanlan N. Tandeau de Marsac J. Weissenbach P. Wincker Y. I. Wolf W. R. Hess Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 10020 10025
269. B. Palenik B. Brahamsha F. W. Larimer M. Land L. Hauser P. Chain J. Lamerdin W. Regala E. E. Allen J. McCarren I. Paulsen A. Dufresne F. Partensky E. A. Webb J. Waterbury Nature 2003 424 1037 1042
270. T. Kaneko S. Sato H. Kotani A. Tanaka E. Asamizu Y. Nakamura N. Miyajima M. Hirosawa M. Sugiura S. Sasamoto T. Kimura T. Hosouchi A. Matsuno A. Muraki N. Nakazaki K. Naruo S. Okumura S. Shimpo C. Takeuchi T. Wada A. Watanabe M. Yamada M. Yasuda S. Tabata DNA Res. 1996 3 109 136
271. Y. Nakamura T. Kaneko S. Sato M. Ikeuchi H. Katoh S. Sasamoto A. Watanabe M. Iriguchi K. Kawashima T. Kimura Y. Kishida C. Kiyokawa M. Kohara M. Matsumoto A. Matsuno N. Nakazaki S. Shimpo M. Sugimoto C. Takeuchi M. Yamada S. Tabata DNA Res. 2002 9 123 130
272. E. L. Campbell M. F. Cohen J. C. Meeks Arch. Microbiol. 1997 167 251 258
273. F. O. Glockner M. Kube M. Bauer H. Teeling T. Lombardot W. Ludwig D. Gade A. Beck K. Borzym K. Heitmann R. Rabus H. Schlesner R. Amann R. Reinhardt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 8298 8303
274. A. M. Cerdeno-Tarraga S. Patrick L. C. Crossman G. Blakely V. Abratt N. Lennard I. Poxton B. Duerden B. Harris M. A. Quail A. Barron L. Clark C. Corton J. Doggett M. T. Holden N. Larke A. Line A. Lord H. Norbertczak D. Ormond C. Price E. Rabbinowitsch J. Woodward B. Barrell J. Parkhill Science 2005 307 1463 1465
275. T. Kuwahara A. Yamashita H. Hirakawa H. Nakayama H. Toh N. Okada S. Kuhara M. Hattori T. Hayashi Y. Ohnishi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14919 14924
276. J. Xu M. K. Bjursell J. Himrod S. Deng L. K. Carmichael H. C. Chiang L. V. Hooper J. I. Gordon Science 2003 299 2074 2076
277. K. E. Nelson R. D. Fleischmann R. T. DeBoy I. T. Paulsen D. E. Fouts J. A. Eisen S. C. Daugherty R. J. Dodson A. S. Durkin M. Gwinn D. H. Haft J. F. Kolonay W. C. Nelson T. Mason L. Tallon J. Gray D. Granger H. Tettelin H. Dong J. L. Galvin M. J. Duncan F. E. Dewhirst C. M. Fraser J. Bacteriol. 2003 185 5591 5601
278. E. F. Mongodin K. E. Nelson S. Daugherty R. T. Deboy J. Wister H. Khouri J. Weidman D. A. Walsh R. T. Papke G. Sanchez Perez A. K. Sharma C. L. Nesbo D. MacLeod E. Bapteste W. F. Doolittle R. L. Charlebois B. Legault F. Rodriguez-Valera Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 18147 18152
279. G. Deckert P. V. Warren T. Gaasterland W. G. Young A. L. Lenox D. E. Graham R. Overbeek M. A. Snead M. Keller M. Aujay R. Huber R. A. Feldman J. M. Short G. J. Olsen R. V. Swanson Nature 1998 392 353 358
280. T. D. Read R. C. Brunham C. Shen S. R. Gill J. F. Heidelberg O. White E. K. Hickey J. Peterson T. Utterback K. Berry S. Bass K. Linher J. Weidman H. Khouri B. Craven C. Bowman R. Dodson M. Gwinn W. Nelson R. DeBoy J. Kolonay G. McClarty S. L. Salzberg J. Eisen C. M. Fraser Nucleic Acids Res. 2000 28 1397 1406
281. J. H. Carlson S. F. Porcella G. McClarty H. D. Caldwell Infect. Immun. 2005 73 6407 6418
282. R. S. Stephens S. Kalman C. Lammel J. Fan R. Marathe L. Aravind W. Mitchell L. Olinger R. L. Tatusov Q. Zhao E. V. Koonin R. W. Davis Science 1998 282 754 759
283. N. R. Thomson C. Yeats K. Bell M. T. Holden S. D. Bentley M. Livingstone A. M. Cerdeno-Tarraga B. Harris J. Doggett D. Ormond K. Mungall K. Clarke T. Feltwell Z. Hance M. Sanders M. A. Quail C. Price B. G. Barrell J. Parkhill D. Longbottom Genome Res. 2005 15 629 640
284. T. D. Read G. S. Myers R. C. Brunham W. C. Nelson I. T. Paulsen J. Heidelberg E. Holtzapple H. Khouri N. B. Federova H. A. Carty L. A. Umayam D. H. Haft J. Peterson M. J. Beanan O. White S. L. Salzberg R. C. Hsia G. McClarty R. G. Rank P. M. Bavoil C. M. Fraser Nucleic Acids Res. 2003 31 2134 2147
285. S. Kalman W. Mitchell R. Marathe C. Lammel J. Fan R. W. Hyman L. Olinger J. Grimwood R. W. Davis R. S. Stephens Nat. Genet. 1999 21 385 389
286. M. Shirai H. Hirakawa M. Kimoto M. Tabuchi F. Kishi K. Ouchi T. Shiba K. Ishii M. Hattori S. Kuhara T. Nakazawa Nucleic Acids Res. 2000 28 2311 2314
287. M. Horn A. Collingro S. Schmitz-Esser C. L. Beier U. Purkhold B. Fartmann P. Brandt G. J. Nyakatura M. Droege D. Frishman T. Rattei H. W. Mewes M. Wagner Science 2004 304 728 730
288. J. A. Eisen K. E. Nelson I. T. Paulsen J. F. Heidelberg M. Wu R. J. Dodson R. Deboy M. L. Gwinn W. C. Nelson D. H. Haft E. K. Hickey J. D. Peterson A. S. Durkin J. L. Kolonay F. Yang I. Holt L. A. Umayam T. Mason M. Brenner T. P. Shea D. Parksey W. C. Nierman T. V. Feldblyum C. L. Hansen M. B. Craven D. Radune J. Vamathevan H. Khouri O. White T. M. Gruber K. A. Ketchum J. C. Venter H. Tettelin D. A. Bryant C. M. Fraser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 9509 9514
289. O. White J. A. Eisen J. F. Heidelberg E. K. Hickey J. D. Peterson R. J. Dodson D. H. Haft M. L. Gwinn W. C. Nelson D. L. Richardson K. S. Moffat H. Qin L. Jiang W. Pamphile M. Crosby M. Shen J. J. Vamathevan P. Lam L. McDonald T. Utterback C. Zalewski K. S. Makarova L. Aravind M. J. Daly K. W. Minton R. D. Fleischmann K. A. Ketchum K. E. Nelson S. Salzberg H. O. Smith J. C. Venter C. M. Fraser Science 1999 286 1571 1577
290. A. Henne H. Bruggemann C. Raasch A. Wiezer T. Hartsch H. Liesegang A. Johann T. Lienard O. Gohl R. Martinez-Arias C. Jacobi V. Starkuviene S. Schlenczeck S. Dencker R. Huber H. P. Klenk W. Kramer R. Merkl G. Gottschalk H. J. Fritz Nat. Biotechnol. 2004 22 547 553
291. V. Kapatral I. Anderson N. Ivanova G. Reznik T. Los A. Lykidis A. Bhattacharyya A. Bartman W. Gardner G. Grechkin L. Zhu O. Vasieva L. Chu Y. Kogan O. Chaga E. Goltsman A. Bernal N. Larsen M. D'Souza T. Walunas G. Pusch R. Haselkorn M. Fonstein N. Kyrpides R. Overbeek J. Bacteriol. 2002 184 2005 2018
292. C. M. Fraser S. Casjens W. M. Huang G. G. Sutton R. Clayton R. Lathigra O. White K. A. Ketchum R. Dodson E. K. Hickey M. Gwinn B. Dougherty J. F. Tomb R. D. Fleischmann D. Richardson J. Peterson A. R. Kerlavage J. Quackenbush S. Salzberg M. Hanson R. van Vugt N. Palmer M. D. Adams J. Gocayne J. Weidman T. Utterback L. Watthey L. McDonald P. Artiach C. Bowman S. Garland C. Fuji M. D. Cotton K. Horst K. Roberts B. Hatch H. O. Smith J. C. Venter Nature 1997 390 580 586
293. G. Glockner R. Lehmann A. Romualdi S. Pradella U. Schulte-Spechtel M. Schilhabel B. Wilske J. Suhnel M. Platzer Nucleic Acids Res. 2004 32 6038 6046
294. A. L. Nascimento A. I. Ko E. A. Martins C. B. Monteiro-Vitorello P. L. Ho D. A. Haake S. Verjovski-Almeida R. A. Hartskeerl M. V. Marques M. C. Oliveira C. F. Menck L. C. Leite H. Carrer L. L. Coutinho W. M. Degrave O. A. Dellagostin H. El-Dorry E. S. Ferro M. I. Ferro L. R. Furlan M. Gamberini E. A. Giglioti A. Goes-Neto G. H. Goldman M. H. Goldman R. Harakava S. M. Jeronimo I. L. Junqueira-de-Azevedo E. T. Kimura E. E. Kuramae E. G. Lemos M. V. Lemos C. L. Marino L. R. Nunes R. C. de Oliveira G. G. Pereira M. S. Reis A. Schriefer W. J. Siqueira P. Sommer S. M. Tsai A. J. Simpson J. A. Ferro L. E. Camargo J. P. Kitajima J. C. Setubal M. A. Van Sluys J. Bacteriol. 2004 186 2164 2172
295. S. X. Ren G. Fu X. G. Jiang R. Zeng Y. G. Miao H. Xu Y. X. Zhang H. Xiong G. Lu L. F. Lu H. Q. Jiang J. Jia Y. F. Tu J. X. Jiang W. Y. Gu Y. Q. Zhang Z. Cai H. H. Sheng H. F. Yin Y. Zhang G. F. Zhu M. Wan H. L. Huang Z. Qian S. Y. Wang W. Ma Z. J. Yao Y. Shen B. Q. Qiang Q. C. Xia X. K. Guo A. Danchin I. Saint Girons R. L. Somerville Y. M. Wen M. H. Shi Z. Chen J. G. Xu G. P. Zhao Nature 2003 422 888 893
296. R. Seshadri G. S. Myers H. Tettelin J. A. Eisen J. F. Heidelberg R. J. Dodson T. M. Davidsen R. T. DeBoy D. E. Fouts D. H. Haft J. Selengut Q. Ren L. M. Brinkac R. Madupu J. Kolonay S. A. Durkin S. C. Daugherty J. Shetty A. Shvartsbeyn E. Gebregeorgis K. Geer G. Tsegaye J. Malek B. Ayodeji S. Shatsman M. P. McLeod D. Smajs J. K. Howell S. Pal A. Amin P. Vashisth T. Z. McNeill Q. Xiang E. Sodergren E. Baca G. M. Weinstock S. J. Norris C. M. Fraser I. T. Paulsen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 5646 5651
297. C. M. Fraser S. J. Norris G. M. Weinstock O. White G. G. Sutton R. Dodson M. Gwinn E. K. Hickey R. Clayton K. A. Ketchum E. Sodergren J. M. Hardham M. P. McLeod S. Salzberg J. Peterson H. Khalak D. Richardson J. K. Howell M. Chidambaram Y. Utterback L. McDonald P. Artiach C. Bowman M. D. Cotton C. Fujii S. Garland B. Hatch K. Horst K. Roberts M. Sandusky J. Weidman H. O. Smith J. C. Venter Science 1998 281 375 388
298. K. E. Nelson R. A. Clayton S. R. Gill M. L. Gwinn R. J. Dodson D. H. Haft E. K. Hickey J. D. Peterson W. C. Nelson K. A. Ketchum L. McDonald T. R. Utterback J. A. Malek K. D. Linher M. M. Garrett A. M. Stewart M. D. Cotton M. S. Pratt C. A. Phillips D. Richardson J. Heidelberg G. G. Sutton R. D. Fleischmann J. A. Eisen O. White S. L. Salzberg H. O. Smith J. C. Venter C. M. Fraser Nature 1999 399 323 329
299. G. L. Challis D. A. Hopwood Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 14555 14561