Strategies for the discovery of new natural products by genome mining

ChemBioChem

Volumn 10, Issue 4, 2009, Pages 625-633

  Zerikly, Malek ^a   Challis, Gregory L ^a  

^a UNIVERSITY OF WARWICK   (United Kingdom)

Author keywords

Biosynthesis; Genomics; Natural products; Peptides; Polyketides

Indexed keywords

ANTIBIOTIC AGENT; ASPYRIDONE DERIVATIVE; CHLORAMPHENICOL; COELICHELIN; HALODURACIN; METHYLENOMYCIN FURAN 1; NATURAL PRODUCT; NEOMYCIN; ORFAMIDE A; SALINILACTAM A; STREPTOMYCIN; TETRACYCLINE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CHROMATIN ASSEMBLY AND DISASSEMBLY; DATA MINING; DNA SEQUENCE; DRUG IDENTIFICATION; DRUG SYNTHESIS; ENZYME RECONSTITUTION; GENE CLUSTER; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE INACTIVATION; GENETIC MANIPULATION; GENOMICS; PHYSICAL CHEMISTRY; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; SEQUENCE ANALYSIS; STREPTOMYCES COELICOLOR;

BIOLOGICAL PRODUCTS; DRUG DISCOVERY; ENZYMES; GENE SILENCING; GENOME; GENOMICS; METABOLOME; MODELS, MOLECULAR; MULTIGENE FAMILY; PROTEIN CONFORMATION;

EID: 65549083361     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200800389     Document Type: Article

References (39)

1. E. J. Bassett, M. S. Keith, G. J. Akmelagos, D. L. Martin, A. R. Villanueva, Science 1980, 209, 1532-1534.
2. D. J. Newman, G. M. Cragg, K. M. Snader, Nat. Prod. Rep. 2000, 17, 215-234.
3. A. Scorpio, T. E. Blank, W. A. Day, D. J. Chabot, Cell. Mol. Life Sci. 2006, 63, 2237-2248.
4. A. Fleming, Br. J. Exp. Pathol. 1929, 10, 226-236.
5. E. Chain, H. W. Florey, A. D. Gardner, N. G. Heatley, M. A. Jennings, J. Orr-Ewing, A. G. Sanders, Lancet 1940, 236, 226-228.
6. H. B. Bode, B. Bethe, R. Hofs, A. Zeeck, ChemBioChem 2002, 3, 619-627.
7. S. J. Rokem, A. E. Lantz, J. Nielsen, Nat. Prod. Rep. 2007, 24, 1262-1287.
8. M. A. Fischbach, C. T. Walsh, Chem. Rev. 2006, 106, 3468-3496.
9. C. Corre, G. L. Challis, Chem. Biol. 2007, 14, 7-9.
10. H. B. Bode, R. Müller, Angew. Chem. 2005, 117, 6988-7007;
11. H. B. Bode, R. Müller, Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 6828-6846.
12. B. Wilkinson, J. Micklefield, Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 379-386.
13. G. L. Challis, Microbiology 2008, 154, 1555-1569.
14. H. Gross, Appl. Microbiol. Biotechnol. 2007, 75, 267-277.
15. S. W. Haynes, G. L. Challis, Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2007, 10, 203-218.
16. S. F. Haydock, J. F. Aparicio, I. Molnar, T. Schwecke, L. E. Khaw, A. Konig, A. F. Marsden, I. S. Galloway, J. Staunton, P. F. Leadlay, FEBS Lett. 1995, 374, 246-248.
17. T. Stachelhaus, H. D. Mootz, M. A. Marahiel, Chem. Biol. 1999, 6, 493-505.
18. G. L. Challis, J. Ravel, C. A. Townsend, Chem. Biol. 2000, 7, 211-224.
19. T. Nguyen, K. Ishida, H. Jenke-Kodama, E. Dittmann, C. Gurgui, T. Hochmuth, S. Taudien, M. Platzer, C. Hertweck, J. Piel, Nat. Biotechnol. 2008, 26, 225-233.
20. D. A. Hopwood, Microbiology 1999, 145, 2183-2202.
21. S. D. Bentley, K. F. Chater, A.-M. Cerdeno-Tarraga, G. L. Challis, N. R. Thomson, K. D. James, D. E. Harris, M. A. Quail, H. Kieser, D. Harper, A. Bateman, S. Brown, G. Chandra, C. W. Chen, M. Collins, A. Cronin, A. Fraser, A. Goble, J. Hidalgo, T. Hornsby, S. Howarth, C.-H. Huang, T. Kieser, L. Larke, L. Murphy, K. Oliver, S. O'Neil, E. Rabbinowitsch, M.-A. Rajandream, K. Rutherford, S. Rutter, K. Seeger, D. Saunders, S. Sharp, R. Squares, S. Squares, K. Taylor, T. Warren, A. Wietzorrek, J. Woodward, B. G. Barrell, J. Parkhill, D. A. Hopwood, Nature 2002, 417, 141-147.
22. G. L. Challis, J. Ravel, FEMS Microbiol. Lett. 2000, 187, 111-114.
23. B. Gust, G. L. Challis, K. Fowler, T. Kieser, K. F. Chater, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 1541-1546.
24. S. Lautru, R. J. Deeth, L. Bailey, G. L. Challis, Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 265-269.
25. L. Song, F. Barona-Gomez, C. Corre, L. Xiang, D. W. Udwary, M. B. Austin, J. P. Noel, B. S. Moore, G. L. Challis, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14754-14755.
26. C. Corre, L. Song, S. O'Rourke, K. F. Chater, G. L. Challis, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 17510-17515.
27. G. C. Fazio, R. Xu, S. P. T. Matsuda, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5678-5679.
28. G. L. Challis, J. Med. Chem. 2008, 51, 2618-2628.
29. D. W. Udwary, L. Zeigler, R. N. Asolkar, V. Singan, A. Lapidus, W. Fenical, P. R. Jensen, B. S. Moore, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 10376-10381.
30. H. Gross, V. O. Stockwell, M. D. Henkels, B. Nowak-Thompson, J. E. Loper, W. H. Gerwick, Chem. Biol. 2007, 14, 53-63.
31. A. L. McClerren, L. E. Cooper, C. Quan, P. M. Thomas, N. L. Kelleher, W. A. van der Donk, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 17243-17248.
32. F. Malpartida, J. Niemi, R. Navarrete, D. A. Hopwood, Gene 1990, 93, 91-99.
33. S. C. Wenzel, F. Gross, Y. Zhang, J. Fu, A. F. Stewart, R. Müller, Chem. Biol. 2005, 12, 349-356.
34. J. W. Bok, D. Hoffmeister, L. A. Maggio-Hall, R. Murillo, J. D. Glasner, N. P. Keller, Chem. Biol. 2006, 13, 31-37.
35. S. Bergmann, J. Schuemann, K. Scherlach, C. Lange, A. A. Brakhage, C. Hertweck, Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 213-217.
36. R. B. Williams, J. C. Henrikson, A. R. Hoover, A. E. Lee, R. H. Cichewicz, Org. Biomol. Chem. 2008, 6, 1895-1897.
37. S. Rigali, F. Titgemeyer, S. Barends, S. Mulder, A. W. Thomae, D. A. Hopwood, G. P. van Wezel, EMBO Rep. 2008, 9, 670-675.
38. G. Wang, K. Hoska, K. Ochi, Appl. Environ. Microbiol. 2008, 74, 2834-2840.
39. W. Zhang, Y. Tang, J. Med. Chem. 2008, 51, 2629-2633.