Proteomics-based methods for discovery, quantification, and validation of protein-protein interactions

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 2, 2013, Pages 749-768

  Miteva, Yana V ^a   Budayeva, Hanna G ^a   Cristea, Ileana M ^a  

^a PRINCETON UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ANIMAL; CHEMISTRY; HUMAN; PROTEIN BINDING; PROTEOMICS; REVIEW;

ANIMALS; HUMANS; PROTEIN BINDING; PROTEINS; PROTEOMICS;

EID: 84872524590     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac3033257     Document Type: Review

References (245)

1. Greco, T. M.; Yu, F.; Guise, A. J.; Cristea, I. M. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.004317-M004110.004317
2. Li, T.; Diner, B. A.; Chen, J.; Cristea, I. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 10558-10563
3. Old, W. M.; Shabb, J. B.; Houel, S.; Wang, H.; Couts, K. L.; Yen, C. Y.; Litman, E. S.; Croy, C. H.; Meyer-Arendt, K.; Miranda, J. G.; Brown, R. A.; Witze, E. S.; Schweppe, R. E.; Resing, K. A.; Ahn, N. G. Mol. Cell 2009, 34, 115-131
4. Farley, A. R.; Powell, D. W.; Weaver, C. M.; Jennings, J. L.; Link, A. J. J. Proteome Res. 2011, 10, 1481-1494
5. Cristea, I. M.; Rozjabek, H.; Molloy, K. R.; Karki, S.; White, L. L.; Rice, C. M.; Rout, M. P.; Chait, B. T.; MacDonald, M. R. J. Virol. 2010, 84, 6720-6732
6. Tsai, Y. C.; Greco, T. M.; Boonmee, A.; Miteva, Y.; Cristea, I. M. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 60-76
7. Breitkreutz, A.; Choi, H.; Sharom, J. R.; Boucher, L.; Neduva, V.; Larsen, B.; Lin, Z.-Y.; Breitkreutz, B.-J.; Stark, C.; Liu, G.; Ahn, J.; Dewar-Darch, D.; Reguly, T.; Tang, X.; Almeida, R.; Qin, Z. S.; Pawson, T.; Gingras, A.-C.; Nesvizhskii, A. I.; Tyers, M. Science 2010, 328, 1043-1046
8. Alber, F.; Dokudovskaya, S.; Veenhoff, L. M.; Zhang, W.; Kipper, J.; Devos, D.; Suprapto, A.; Karni-Schmidt, O.; Williams, R.; Chait, B. T.; Sali, A.; Rout, M. P. Nature 2007, 450, 695-701
9. Hutchins, J. R. A.; Toyoda, Y.; Hegemann, B.; Poser, I.; Hériché, J.-K.; Sykora, M. M.; Augsburg, M.; Hudecz, O.; Buschhorn, B. A.; Bulkescher, J.; Conrad, C.; Comartin, D.; Schleiffer, A.; Sarov, M.; Pozniakovsky, A.; Slabicki, M. M.; Schloissnig, S.; Steinmacher, I.; Leuschner, M.; Ssykor, A.; Lawo, S.; Pelletier, L.; Stark, H.; Nasmyth, K.; Ellenberg, J.; Durbin, R.; Buchholz, F.; Mechtler, K.; Hyman, A. A.; Peters, J.-M. Science 2010, 328, 593-599
10. Babu, M.; Vlasblom, J.; Pu, S.; Guo, X.; Graham, C.; Bean, B. D.; Burston, H. E.; Vizeacoumar, F. J.; Snider, J.; Phanse, S.; Fong, V.; Tam, Y. Y.; Davey, M.; Hnatshak, O.; Bajaj, N.; Chandran, S.; Punna, T.; Christopolous, C.; Wong, V.; Yu, A.; Zhong, G.; Li, J.; Stagljar, I.; Conibear, E.; Wodak, S. J.; Emili, A.; Greenblatt, J. F. Nature 2012, 489, 585-589
11. Malovannaya, A.; Lanz, R. B.; Jung, S. Y.; Bulynko, Y.; Le, N. T.; Chan, D. W.; Ding, C.; Shi, Y.; Yucer, N.; Krenciute, G.; Kim, B. J.; Li, C.; Chen, R.; Li, W.; Wang, Y.; O'Malley, B. W.; Qin, J. Cell 2011, 145, 787-799
12. Moorman, N. J.; Sharon-Friling, R.; Shenk, T.; Cristea, I. M. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 851-860
13. Fernandez-Martinez, J.; Phillips, J.; Sekedat, M. D.; Diaz-Avalos, R.; Velazquez-Muriel, J.; Franke, J. D.; Williams, R.; Stokes, D. L.; Chait, B. T.; Sali, A.; Rout, M. P. J. Cell Biol. 2012, 196, 419-434
14. Zhao, J.; Yu, H.; Lin, L.; Tu, J.; Cai, L.; Chen, Y.; Zhong, F.; Lin, C.; He, F.; Yang, P. J. Proteomics 2011, 75, 588-602
15. Singh, V. K.; Munro, K.; Jia, Z. Cell. Signalling 2012, 24, 1790-1796
16. Liu, X.; Liu, D.; Qian, D.; Dai, J.; An, Y.; Jiang, S.; Stanley, B.; Yang, J.; Wang, B.; Liu, D. X. J. Biol. Chem. 2012, 287, 19599-19609
17. Carabetta, V. J.; Silhavy, T. J.; Cristea, I. M. J. Bacteriol. 2010, 192, 3713-3721
18. Carabetta, V. J.; Li, T.; Shakya, A.; Greco, T. M.; Cristea, I. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1050-1060
19. Dokudovskaya, S.; Waharte, F.; Schlessinger, A.; Pieper, U.; Devos, D. P.; Cristea, I. M.; Williams, R.; Salamero, J.; Chait, B. T.; Sali, A.; Field, M. C.; Rout, M. P.; Dargemont, C. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.006478-M006110.006478
20. Cristea, I. M.; Moorman, N. J.; Terhune, S. S.; Cuevas, C. D.; O'Keefe, E. S.; Rout, M. P.; Chait, B. T.; Shenk, T. J. Virol. 2010, 84, 7803-7814
21. Guise, A. J.; Greco, T. M.; Zhang, I. Y.; Yu, F.; Cristea, I. M. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1220-1229
22. Ni, Z.; Olsen, J. B.; Emili, A.; Greenblatt, J. F. Methods Mol. Biol. 2011, 781, 31-45
23. Domanski, M.; Molloy, K.; Jiang, H.; Chait, B. T.; Rout, M. P.; Jensen, T. H.; Lacava, J. BioTechniques 2012, 0, 1-6
24. Huh, W. K.; Falvo, J. V.; Gerke, L. C.; Carroll, A. S.; Howson, R. W.; Weissman, J. S.; O'Shea, E. K. Nature 2003, 425, 686-691
25. Zhang, X.; Guo, C.; Chen, Y.; Shulha, H. P.; Schnetz, M. P.; LaFramboise, T.; Bartels, C. F.; Markowitz, S.; Weng, Z.; Scacheri, P. C.; Wang, Z. Nat. Methods 2008, 5, 163-165
26. Poser, I.; Sarov, M.; Hutchins, J. R.; Heriche, J. K.; Toyoda, Y.; Pozniakovsky, A.; Weigl, D.; Nitzsche, A.; Hegemann, B.; Bird, A. W.; Pelletier, L.; Kittler, R.; Hua, S.; Naumann, R.; Augsburg, M.; Sykora, M. M.; Hofemeister, H.; Zhang, Y.; Nasmyth, K.; White, K. P.; Dietzel, S.; Mechtler, K.; Durbin, R.; Stewart, A. F.; Peters, J. M.; Buchholz, F.; Hyman, A. A. Nat. Methods 2008, 5, 409-415
27. Ciotta, G.; Hofemeister, H.; Maresca, M.; Fu, J.; Sarov, M.; Anastassiadis, K.; Stewart, A. F. Methods 2011, 53, 113-119
28. Selimi, F.; Cristea, I. M.; Heller, E.; Chait, B. T.; Heintz, N. PLoS Biol. 2009, 7, e83
29. Brizzard, B. BioTechniques 2008, 44, 693-695
30. Trinkle-Mulcahy, L. Proteomics 2012, 12, 1623-1638
31. Wang, Z. Methods Mol. Biol. (Clifton, N.J.) 2009, 567, 87-98
32. Zhang, L.; Hernan, R.; Brizzard, B. Mol. Biotechnol. 2001, 19, 313-321
33. Law, J. A.; Ausin, I.; Johnson, L. M.; Vashisht, A. A.; Zhu, J. K.; Wohlschlegel, J. A.; Jacobsen, S. E. Current Biol. 2010, 20, 951-956
34. Ewing, R. M.; Chu, P.; Elisma, F.; Li, H.; Taylor, P.; Climie, S.; McBroom-Cerajewski, L.; Robinson, M. D.; O'Connor, L.; Li, M.; Taylor, R.; Dharsee, M.; Ho, Y.; Heilbut, A.; Moore, L.; Zhang, S.; Ornatsky, O.; Bukhman, Y. V.; Ethier, M.; Sheng, Y.; Vasilescu, J.; Abu-Farha, M.; Lambert, J. P.; Duewel, H. S.; Stewart, B., II; Kuehl, K.; Hogue, K.; Colwill, K.; Gladwish, B.; Muskat, R.; Kinach, S. L.; Adams, M. F.; Moran, G. B.; Morin, T.; Topaloglou; Figeys, D. Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 89
35. Cristea, I. M.; Williams, R.; Chait, B. T.; Rout, M. P. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1933-1941
36. Cheeseman, I. M.; Niessen, S.; Anderson, S.; Hyndman, F.; Yates, J. R., 3rd; Oegema, K.; Desai, A. Genes Dev. 2004, 18, 2255-2268
37. Bloom, J.; Cristea, I. M.; Procko, A. L.; Lubkov, V.; Chait, B. T.; Snyder, M.; Cross, F. R. J. Biol. Chem. 2011, 286, 5434-5445
38. Goldberg, A. D.; Banaszynski, L. A.; Noh, K. M.; Lewis, P. W.; Elsaesser, S. J.; Stadler, S.; Dewell, S.; Law, M.; Guo, X.; Li, X.; Wen, D.; Chapgier, A.; DeKelver, R. C.; Miller, J. C.; Lee, Y. L.; Boydston, E. A.; Holmes, M. C.; Gregory, P. D.; Greally, J. M.; Rafii, S.; Yang, C.; Scambler, P. J.; Garrick, D.; Gibbons, R. J.; Higgs, D. R.; Cristea, I. M.; Urnov, F. D.; Zheng, D.; Allis, C. D. Cell 2010, 140, 678-691
39. Conlon, F. L.; Miteva, Y.; Kaltenbrun, E.; Waldron, L.; Greco, T. M.; Cristea, I. M. Methods Mol. Biol. (Clifton, N.J.) 2012, 917, 369-390
40. Heller, E. A.; Zhang, W.; Selimi, F.; Earnheart, J. C.; Slimak, M. A.; Santos-Torres, J.; Ibanez-Tallon, I.; Aoki, C.; Chait, B. T.; Heintz, N. PLoS One 2012, 7, e39572
41. Cheeseman, I. M.; Desai, A. Sci. STKE 2005, 2005, pl1
42. Cristea, I. M.; Carroll, J.-W. N.; Rout, M. P.; Rice, C. M.; Chait, B. T.; MacDonald, M. R. J. Biol. Chem. 2006, 281, 30269-30278
43. Terhune, S. S.; Moorman, N. J.; Cristea, I. M.; Savaryn, J. P.; Cuevas-Bennett, C.; Rout, M. P.; Chait, B. T.; Shenk, T. PLoS Pathogens 2010, 6, e1000965
44. Youn, S.; Li, T.; McCune, B. T.; Edeling, M. A.; Fremont, D. H.; Cristea, I. M.; Diamond, M. S. J. Virol. 2012, 86, 7360-7371
45. Kramer, T.; Greco, T. M.; Enquist, L. W.; Cristea, I. M. J. Virol. 2011, 85, 6427-6441
46. Rothbauer, U.; Zolghadr, K.; Muyldermans, S.; Schepers, A.; Cardoso, M. C.; Leonhardt, H. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 282-289
47. Pichler, G.; Leonhardt, H.; Rothbauer, U. Methods Mol. Biol. (Clifton, N.J.) 2012, 911, 475-483
48. Rigaut, G.; Shevchenko, A.; Rutz, B.; Wilm, M.; Mann, M.; Séraphin, B. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 1030-1032
49. Gloeckner, C. J.; Boldt, K.; Schumacher, A.; Ueffing, M. Methods Mol. Biol. (Clifton, N.J.) 2009, 564, 359-372
50. Burckstummer, T.; Bennett, K. L.; Preradovic, A.; Schutze, G.; Hantschel, O.; Superti-Furga, G.; Bauch, A. Nat. Methods 2006, 3, 1013-1019
51. Andres, C.; Agne, B.; Kessler, F. Methods Mol. Biol. 2011, 775, 31-49
52. Pflieger, D.; Bigeard, J.; Hirt, H. Proteomics 2011, 11, 1824-1833
53. Lester, J. T.; DeLuca, N. A. J. Virol. 2011, 85, 5733-5744
54. Robb, N. C.; Chase, G.; Bier, K.; Vreede, F. T.; Shaw, P. C.; Naffakh, N.; Schwemmle, M.; Fodor, E. J. Virol. 2011, 85, 5228-5231
55. Wu, R.; Zhou, M.; Wu, H. Appl. Environ. Microbiol. 2010, 76, 7966-7971
56. Li, Y. Biotechnol. Appl. Biochem. 2010, 55, 73-83
57. Xu, X.; Song, Y.; Li, Y.; Chang, J.; Zhang, H.; An, L. Protein Expression Purif. 2010, 72, 149-156
58. Gavin, A.-C.; Maeda, K.; Kühner, S. Curr. Opin. Biotechnol. 2011, 22, 42-49
59. Gloeckner, C. J.; Boldt, K.; Schumacher, A.; Roepman, R.; Ueffing, M. Proteomics 2007, 7, 4228-4234
60. Rees, J. S.; Lowe, N.; Armean, I. M.; Roote, J.; Johnson, G.; Drummond, E.; Spriggs, H.; Ryder, E.; Russell, S.; Johnston, D., St; Lilley, K. S. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110 002386
61. Maine, G. N.; Gluck, N.; Zaidi, I. W.; Burstein, E. Cold Spring Harb. Protoc. 2009, 10.1101/pdb.prot5318
62. Ruigrok, V. J. B.; Levisson, M.; Eppink, M. H. M.; Smidt, H.; van der Oost, J. Biochem. J. 2011, 436, 1-13
63. DeGrasse, J. A. PLoS One 2012, 7, e33410
64. Wiens, M.; Schroder, H. C.; Wang, X.; Link, T.; Steindorf, D.; Muller, W. E. Biochemistry 2011, 50, 1981-1990
65. Bantscheff, M.; Eberhard, D.; Abraham, Y.; Bastuck, S.; Boesche, M.; Hobson, S.; Mathieson, T.; Perrin, J.; Raida, M.; Rau, C.; Reader, V.; Sweetman, G.; Bauer, A.; Bouwmeester, T.; Hopf, C.; Kruse, U.; Neubauer, G.; Ramsden, N.; Rick, J.; Kuster, B.; Drewes, G. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 1035-1044
66. Bantscheff, M.; Hopf, C.; Savitski, M. M.; Dittmann, A.; Grandi, P.; Michon, A. M.; Schlegl, J.; Abraham, Y.; Becher, I.; Bergamini, G.; Boesche, M.; Delling, M.; Dumpelfeld, B.; Eberhard, D.; Huthmacher, C.; Mathieson, T.; Poeckel, D.; Reader, V.; Strunk, K.; Sweetman, G.; Kruse, U.; Neubauer, G.; Ramsden, N. G.; Drewes, G. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 255-265
67. Westblade, L. F.; Minakhin, L.; Kuznedelov, K.; Tackett, A. J.; Chang, E. J.; Mooney, R. A.; Vvedenskaya, I.; Wang, Q. J.; Fenyo, D.; Rout, M. P.; Landick, R.; Chait, B. T.; Severinov, K.; Darst, S. A. J. Proteome Res. 2008, 7, 1244-1250
68. Yaciuk, P. Methods Mol. Med. 2007, 131, 103-111
69. Archambault, V.; Li, C. X.; Tackett, A. J.; Wasch, R.; Chait, B. T.; Rout, M. P.; Cross, F. R. Mol. Biol. Cell 2003, 14, 4592-4604
70. Grabski, A. C. Methods Enzymol. 2009, 463, 285-303
71. Altelaar, A. F.; Heck, A. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2012, 16, 206-213
72. Trinkle-Mulcahy, L.; Boulon, S.; Lam, Y. W.; Urcia, R.; Boisvert, F. M.; Vandermoere, F.; Morrice, N. A.; Swift, S.; Rothbauer, U.; Leonhardt, H.; Lamond, A. J. Cell Biol. 2008, 183, 223-239
73. Everberg, H.; Leiding, T.; Schioth, A.; Tjerneld, F.; Gustavsson, N. J. Chromatogr., A 2006, 1122, 35-46
74. Norris, J. L.; Porter, N. A.; Caprioli, R. M. Anal. Chem. 2003, 75, 6642-6647
75. Peach, M.; Marsh, N.; Macphee, D. J. Methods Mol. Biol. 2012, 869, 37-47
76. Ayyar, B. V.; Arora, S.; Murphy, C.; O'Kennedy, R. Methods (San Diego, Calif.) 2012, 56, 116-129
77. Wisniewski, J. R.; Zougman, A.; Nagaraj, N.; Mann, M. Nat. Methods 2009, 6, 359-362
78. Antrobus, R.; Borner, G. H. PLoS One 2011, 6, e18218
79. van den Heuvel, R. H.; Heck, A. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 519-526
80. Barrera, N. P.; Robinson, C. V. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 247-271
81. Breuker, K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 18145-18152
82. Chait, B. T. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 239-246
83. Robinson, C. V. Cold Spring Harb. Protoc. 2009, 10.1101/pdb.prot5180
84. Jia, W.; Shaffer, J. F.; Harris, S. P.; Leary, J. A. J. Proteome Res. 2010, 9, 1843-1853
85. Fonslow, B. R.; Kang, S. A.; Gestaut, D. R.; Graczyk, B.; Davis, T. N.; Sabatini, D. M.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2010, 82, 6643-6651
86. Prasad, R.; Williams, J. G.; Hou, E. W.; Wilson, S. H. Nucleic Acids Res. 2012, 10.1093/nar/gks898
87. Li, B. Z.; Huang, Z.; Cui, Q. Y.; Song, X. H.; Du, L.; Jeltsch, A.; Chen, P.; Li, G.; Li, E.; Xu, G. L. Cell Res. 2011, 21, 1172-1181
88. Strambio-de-Castillia, C.; Tetenbaum-Novatt, J.; Imai, B. S.; Chait, B. T.; Rout, M. P. J. Proteome Res. 2005, 4, 2250-2256
89. Dubois, F.; Vandermoere, F.; Gernez, A.; Murphy, J.; Toth, R.; Chen, S.; Geraghty, K. M.; Morrice, N. A.; MacKintosh, C. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2487-2499
90. Darie, C. C.; Deinhardt, K.; Zhang, G.; Cardasis, H. S.; Chao, M. V.; Neubert, T. A. Proteomics 2011, 11, 4514-4528
91. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M.; Wu, C.; Sweet, S. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; LeDuc, R. D.; Compton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011, 480, 254-258
92. Camacho-Carvajal, M. M.; Wollscheid, B.; Aebersold, R.; Steimle, V.; Schamel, W. W. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 176-182
93. Huang, R.; Yu, M.; Li, C. Y.; Zhan, Y. Q.; Xu, W. X.; Xu, F.; Ge, C. H.; Li, W.; Yang, X. M. Proteomics: Clin. Appl. 2012, 6, 467-475
94. Domon, B.; Aebersold, R. Science 2006, 312, 212-217
95. Walther, T. C.; Mann, M. J. Cell Biol. 2010, 190, 491-500
96. Mallick, P.; Kuster, B. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 695-709
97. Wu, Z.; Moghaddas Gholami, A.; Kuster, B. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111 016675
98. Luo, Y.; Li, T.; Yu, F.; Kramer, T.; Cristea, I. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 34-46
99. Liu, H.; Yuan, Y.; Guo, H.; Mitchelson, K.; Zhang, K.; Xie, L.; Qin, W.; Lu, Y.; Wang, J.; Guo, Y.; Zhou, Y.; He, F. J. Proteome Res. 2012, 11, 4803-4813
100. Daniels, D. L.; Mendez, J.; Mosley, A. L.; Ramisetty, S. R.; Murphy, N.; Benink, H.; Wood, K. V.; Urh, M.; Washburn, M. P. J. Proteome Res. 2012, 11, 564-575
101. Yang, M.; Chen, Y.; Zhou, Y.; Wang, L.; Zhang, H.; Bi, L. J.; Zhang, X. E. PLoS One 2012, 7, e36666
102. Malovannaya, A.; Li, Y.; Bulynko, Y.; Jung, S. Y.; Wang, Y.; Lanz, R. B.; O'Malley, B. W.; Qin, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 2431-2436
103. Hutchins, J. R.; Toyoda, Y.; Hegemann, B.; Poser, I.; Heriche, J. K.; Sykora, M. M.; Augsburg, M.; Hudecz, O.; Buschhorn, B. A.; Bulkescher, J.; Conrad, C.; Comartin, D.; Schleiffer, A.; Sarov, M.; Pozniakovsky, A.; Slabicki, M. M.; Schloissnig, S.; Steinmacher, I.; Leuschner, M.; Ssykor, A.; Lawo, S.; Pelletier, L.; Stark, H.; Nasmyth, K.; Ellenberg, J.; Durbin, R.; Buchholz, F.; Mechtler, K.; Hyman, A. A.; Peters, J. M. Science 2010, 328, 593-599
104. Braun, P. Proteomics 2012, 12, 1499-1518
105. Gavin, A. C.; Aloy, P.; Grandi, P.; Krause, R.; Boesche, M.; Marzioch, M.; Rau, C.; Jensen, L. J.; Bastuck, S.; Dumpelfeld, B.; Edelmann, A.; Heurtier, M. A.; Hoffman, V.; Hoefert, C.; Klein, K.; Hudak, M.; Michon, A. M.; Schelder, M.; Schirle, M.; Remor, M.; Rudi, T.; Hooper, S.; Bauer, A.; Bouwmeester, T.; Casari, G.; Drewes, G.; Neubauer, G.; Rick, J. M.; Kuster, B.; Bork, P.; Russell, R. B.; Superti-Furga, G. Nature 2006, 440, 631-636
106. Krogan, N. J.; Cagney, G.; Yu, H.; Zhong, G.; Guo, X.; Ignatchenko, A.; Li, J.; Pu, S.; Datta, N.; Tikuisis, A. P.; Punna, T.; Peregrin-Alvarez, J. M.; Shales, M.; Zhang, X.; Davey, M.; Robinson, M. D.; Paccanaro, A.; Bray, J. E.; Sheung, A.; Beattie, B.; Richards, D. P.; Canadien, V.; Lalev, A.; Mena, F.; Wong, P.; Starostine, A.; Canete, M. M.; Vlasblom, J.; Wu, S.; Orsi, C.; Collins, S. R.; Chandran, S.; Haw, R.; Rilstone, J. J.; Gandi, K.; Thompson, N. J.; Musso, G.; Onge, P., St; Ghanny, S.; Lam, M. H.; Butland, G.; Altaf-Ul, A. M.; Kanaya, S.; Shilatifard, A.; O'Shea, E.; Weissman, J. S.; Ingles, C. J.; Hughes, T. R.; Parkinson, J.; Gerstein, M.; Wodak, S. J.; Emili, A.; Greenblatt, J. F. Nature 2006, 440, 637-643
107. Collins, S. R.; Kemmeren, P.; Zhao, X. C.; Greenblatt, J. F.; Spencer, F.; Holstege, F. C.; Weissman, J. S.; Krogan, N. J. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 439-450
108. Mewes, H. W.; Amid, C.; Arnold, R.; Frishman, D.; Guldener, U.; Mannhaupt, G.; Munsterkotter, M.; Pagel, P.; Strack, N.; Stumpflen, V.; Warfsmann, J.; Ruepp, A. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D41-44
109. Jeronimo, C.; Forget, D.; Bouchard, A.; Li, Q.; Chua, G.; Poitras, C.; Therien, C.; Bergeron, D.; Bourassa, S.; Greenblatt, J.; Chabot, B.; Poirier, G. G.; Hughes, T. R.; Blanchette, M.; Price, D. H.; Coulombe, B. Mol. Cell 2007, 27, 262-274
110. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567
111. Rinner, O.; Mueller, L. N.; Hubalek, M.; Muller, M.; Gstaiger, M.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 345-352
112. Paoletti, A. C.; Parmely, T. J.; Tomomori-Sato, C.; Sato, S.; Zhu, D.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W.; Florens, L.; Washburn, M. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 18928-18933
113. Sardiu, M. E.; Cai, Y.; Jin, J.; Swanson, S. K.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W.; Florens, L.; Washburn, M. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 1454-1459
114. Wang, M.; Weiss, M.; Simonovic, M.; Haertinger, G.; Schrimpf, S. P.; Hengartner, M. O.; von Mering, C. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 492-500
115. Muganda, P.; Mendoza, O.; Hernandez, J.; Qian, Q. J. Virol. 1994, 68, 8028-8034
116. Sowa, M. E.; Bennett, E. J.; Gygi, S. P.; Harper, J. W. Cell 2009, 138, 389-403
117. Christianson, J. C.; Olzmann, J. A.; Shaler, T. A.; Sowa, M. E.; Bennett, E. J.; Richter, C. M.; Tyler, R. E.; Greenblatt, E. J.; Harper, J. W.; Kopito, R. R. Nat. Cell Biol. 2012, 14, 93-105
118. Rahman, S.; Sowa, M. E.; Ottinger, M.; Smith, J. A.; Shi, Y.; Harper, J. W.; Howley, P. M. Mol. Cell. Biol. 2011, 31, 2641-2652
119. White, E. A.; Sowa, M. E.; Tan, M. J.; Jeudy, S.; Hayes, S. D.; Santha, S.; Munger, K.; Harper, J. W.; Howley, P. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, E260-267
120. Choi, H.; Larsen, B.; Lin, Z. Y.; Breitkreutz, A.; Mellacheruvu, D.; Fermin, D.; Qin, Z. S.; Tyers, M.; Gingras, A. C.; Nesvizhskii, A. I. Nat. Methods 2011, 8, 70-73
121. Jager, S.; Cimermancic, P.; Gulbahce, N.; Johnson, J. R.; McGovern, K. E.; Clarke, S. C.; Shales, M.; Mercenne, G.; Pache, L.; Li, K.; Hernandez, H.; Jang, G. M.; Roth, S. L.; Akiva, E.; Marlett, J.; Stephens, M.; D'Orso, I.; Fernandes, J.; Fahey, M.; Mahon, C.; O'Donoghue, A. J.; Todorovic, A.; Morris, J. H.; Maltby, D. A.; Alber, T.; Cagney, G.; Bushman, F. D.; Young, J. A.; Chanda, S. K.; Sundquist, W. I.; Kortemme, T.; Hernandez, R. D.; Craik, C. S.; Burlingame, A.; Sali, A.; Frankel, A. D.; Krogan, N. J. Nature 2012, 481, 365-370
122. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596
123. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386
124. Tackett, A. J.; DeGrasse, J. A.; Sekedat, M. D.; Oeffinger, M.; Rout, M. P.; Chait, B. T. J. Proteome Res. 2005, 4, 1752-1756
125. Byrum, S.; Smart, S. K.; Larson, S.; Tackett, A. J. Methods Mol. Biol. 2012, 833, 143-152
126. Selbach, M.; Mann, M. Nat. Methods 2006, 3, 981-983
127. Zheng, P.; Zhong, Q.; Xiong, Q.; Yang, M.; Zhang, J.; Li, C.; Bi, L. J.; Ge, F. J. Proteomics 2012, 75, 1055-1066
128. Meixner, A.; Boldt, K.; Van Troys, M.; Askenazi, M.; Gloeckner, C. J.; Bauer, M.; Marto, J. A.; Ampe, C.; Kinkl, N.; Ueffing, M. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110 001172
129. Kaake, R. M.; Wang, X.; Huang, L. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 1650-1665
130. Wang, X.; Huang, L. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 46-57
131. Gunaratne, J.; Goh, M. X.; Swa, H. L.; Lee, F. Y.; Sanford, E.; Wong, L. M.; Hogue, K. A.; Blackstock, W. P.; Okumura, K. The J. Biol. Chem. 2011, 286, 18093-18103
132. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999
133. Ranish, J. A.; Brand, M.; Aebersold, R. Methods Mol. Biol. 2007, 359, 17-35
134. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169
135. Zieske, L. R. J. Exp. Bot. 2006, 57, 1501-1508
136. The UniProt Consortium. Nucleic Acids Res. 2011, 39, D214-D219
137. Wu, C. H.; Yeh, L. S.; Huang, H.; Arminski, L.; Castro-Alvear, J.; Chen, Y.; Hu, Z.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Vinayaka, C. R.; Zhang, J.; Barker, W. C. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 345-347
138. Pruitt, K. D.; Tatusova, T.; Brown, G. R.; Maglott, D. R. Nucleic Acids Res. 2012, 40, D130-135
139. Chatr-aryamontri, A.; Ceol, A.; Palazzi, L. M.; Nardelli, G.; Schneider, M. V.; Castagnoli, L.; Cesareni, G. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D572-D574
140. Hermjakob, H.; Montecchi-Palazzi, L.; Lewington, C.; Mudali, S.; Kerrien, S.; Orchard, S.; Vingron, M.; Roechert, B.; Roepstorff, P.; Valencia, A.; Margalit, H.; Armstrong, J.; Bairoch, A.; Cesareni, G.; Sherman, D.; Apweiler, R. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D452-455
141. Kerrien, S.; Aranda, B.; Breuza, L.; Bridge, A.; Broackes-Carter, F.; Chen, C.; Duesbury, M.; Dumousseau, M.; Feuermann, M.; Hinz, U.; Jandrasits, C.; Jimenez, R. C.; Khadake, J.; Mahadevan, U.; Masson, P.; Pedruzzi, I.; Pfeiffenberger, E.; Porras, P.; Raghunath, A.; Roechert, B.; Orchard, S.; Hermjakob, H. Nucleic Acids Res. 2012, 40, D841-846
142. Güldener, U.; Münsterkötter, M.; Oesterheld, M.; Pagel, P.; Ruepp, A.; Mewes, H.-W.; Stümpflen, V. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D436-441
143. Mellor, J. C.; Yanai, I.; Clodfelter, K. H.; Mintseris, J.; DeLisi, C. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 306-309
144. Hu, Z.; Hung, J.-H.; Wang, Y.; Chang, Y.-C.; Huang, C.-L.; Huyck, M.; DeLisi, C. Nucleic Acids Res. 2009, 37, W115-W121
145. Peri, S.; Navarro, J. D.; Amanchy, R.; Kristiansen, T. Z.; Jonnalagadda, C. K.; Surendranath, V.; Niranjan, V.; Muthusamy, B.; Gandhi, T. K. B.; Gronborg, M.; Ibarrola, N.; Deshpande, N.; Shanker, K.; Shivashankar, H. N.; Rashmi, B. P.; Ramya, M. A.; Zhao, Z.; Chandrika, K. N.; Padma, N.; Harsha, H. C.; Yatish, A. J.; Kavitha, M. P.; Menezes, M.; Choudhury, D. R.; Suresh, S.; Ghosh, N.; Saravana, R.; Chandran, S.; Krishna, S.; Joy, M.; Anand, S. K.; Madavan, V.; Joseph, A.; Wong, G. W.; Schiemann, W. P.; Constantinescu, S. N.; Huang, L.; Khosravi-Far, R.; Steen, H.; Tewari, M.; Ghaffari, S.; Blobe, G. C.; Dang, C. V.; Garcia, J. G. N.; Pevsner, J.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Deshpande, K. S.; Chinnaiyan, A. M.; Hamosh, A.; Chakravarti, A.; Pandey, A. Genome Res. 2003, 13, 2363-2371
146. Salwinski, L.; Miller, C. S.; Smith, A. J.; Pettit, F. K.; Bowie, J. U.; Eisenberg, D. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D449-451
147. Goll, J.; Rajagopala, S. V.; Shiau, S. C.; Wu, H.; Lamb, B. T.; Uetz, P. Bioinformatics 2008, 24, 1743-1744
148. Stark, C.; Breitkreutz, B.-J.; Chatr-Aryamontri, A.; Boucher, L.; Oughtred, R.; Livstone, M. S.; Nixon, J.; Van Auken, K.; Wang, X.; Shi, X.; Reguly, T.; Rust, J. M.; Winter, A.; Dolinski, K.; Tyers, M. Nucleic Acids Res. 2011, 39, D698-704
149. Alfarano, C.; Andrade, C. E.; Anthony, K.; Bahroos, N.; Bajec, M.; Bantoft, K.; Betel, D.; Bobechko, B.; Boutilier, K.; Burgess, E.; Buzadzija, K.; Cavero, R.; D'Abreo, C.; Donaldson, I.; Dorairajoo, D.; Dumontier, M. J.; Dumontier, M. R.; Earles, V.; Farrall, R.; Feldman, H.; Garderman, E.; Gong, Y.; Gonzaga, R.; Grytsan, V.; Gryz, E.; Gu, V.; Haldorsen, E.; Halupa, A.; Haw, R.; Hrvojic, A.; Hurrell, L.; Isserlin, R.; Jack, F.; Juma, F.; Khan, A.; Kon, T.; Konopinsky, S.; Le, V.; Lee, E.; Ling, S.; Magidin, M.; Moniakis, J.; Montojo, J.; Moore, S.; Muskat, B.; Ng, I.; Paraiso, J. P.; Parker, B.; Pintilie, G.; Pirone, R.; Salama, J. J.; Sgro, S.; Shan, T.; Shu, Y.; Siew, J.; Skinner, D.; Snyder, K.; Stasiuk, R.; Strumpf, D.; Tuekam, B.; Tao, S.; Wang, Z.; White, M.; Willis, R.; Wolting, C.; Wong, S.; Wrong, A.; Xin, C.; Yao, R.; Yates, B.; Zhang, S.; Zheng, K.; Pawson, T.; Ouellette, B. F. F.; Hogue, C. W. V. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D418-424
150. Han, K.; Park, B.; Kim, H.; Hong, J.; Park, J. Bioinformatics 2004, 20, 2466-2470
151. Prokisch, H.; Andreoli, C.; Ahting, U.; Heiss, K.; Ruepp, A.; Scharfe, C.; Meitinger, T. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D705-711
152. Orchard, S.; Kerrien, S.; Abbani, S.; Aranda, B.; Bhate, J.; Bidwell, S.; Bridge, A.; Briganti, L.; Brinkman, F. S.; Cesareni, G.; Chatr-aryamontri, A.; Chautard, E.; Chen, C.; Dumousseau, M.; Goll, J.; Hancock, R. E.; Hannick, L. I.; Jurisica, I.; Khadake, J.; Lynn, D. J.; Mahadevan, U.; Perfetto, L.; Raghunath, A.; Ricard-Blum, S.; Roechert, B.; Salwinski, L.; Stumpflen, V.; Tyers, M.; Uetz, P.; Xenarios, I.; Hermjakob, H. Nat. Methods 2012, 9, 345-350
153. Chautard, E.; Fatoux-Ardore, M.; Ballut, L.; Thierry-Mieg, N.; Ricard-Blum, S. Nucleic Acids Res. 2011, 39, D235-240
154. Fu, W.; Sanders-Beer, B. E.; Katz, K. S.; Maglott, D. R.; Pruitt, K. D.; Ptak, R. G. Nucleic Acids Res. 2009, 37, D417-422
155. Hermjakob, H.; Montecchi-Palazzi, L.; Bader, G.; Wojcik, J.; Salwinski, L.; Ceol, A.; Moore, S.; Orchard, S.; Sarkans, U.; von Mering, C.; Roechert, B.; Poux, S.; Jung, E.; Mersch, H.; Kersey, P.; Lappe, M.; Li, Y.; Zeng, R.; Rana, D.; Nikolski, M.; Husi, H.; Brun, C.; Shanker, K.; Grant, S. G. N.; Sander, C.; Bork, P.; Zhu, W.; Pandey, A.; Brazma, A.; Jacq, B.; Vidal, M.; Sherman, D.; Legrain, P.; Cesareni, G.; Xenarios, I.; Eisenberg, D.; Steipe, B.; Hogue, C.; Apweiler, R. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 177-183
156. Kerrien, S.; Orchard, S.; Montecchi-Palazzi, L.; Aranda, B.; Quinn, A. F.; Vinod, N.; Bader, G. D.; Xenarios, I.; Wojcik, J.; Sherman, D.; Tyers, M.; Salama, J. J.; Moore, S.; Ceol, A.; Chatr-Aryamontri, A.; Oesterheld, M.; Stumpflen, V.; Salwinski, L.; Nerothin, J.; Cerami, E.; Cusick, M. E.; Vidal, M.; Gilson, M.; Armstrong, J.; Woollard, P.; Hogue, C.; Eisenberg, D.; Cesareni, G.; Apweiler, R.; Hermjakob, H. BMC Biology 2007, 5, 44
157. Jones, A. R.; Eisenacher, M.; Mayer, G.; Kohlbacher, O.; Siepen, J.; Hubbard, S. J.; Selley, J. N.; Searle, B. C.; Shofstahl, J.; Seymour, S. L.; Julian, R.; Binz, P. A.; Deutsch, E. W.; Hermjakob, H.; Reisinger, F.; Griss, J.; Vizcaino, J. A.; Chambers, M.; Pizarro, A.; Creasy, D. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111 014381
158. von Mering, C.; Huynen, M.; Jaeggi, D.; Schmidt, S.; Bork, P.; Snel, B. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 258-261
159. Su, C.; Peregrin-Alvarez, J. M.; Butland, G.; Phanse, S.; Fong, V.; Emili, A.; Parkinson, J. Nucleic Acids Res. 2008, 36, D632-636
160. Smoot, M. E.; Ono, K.; Ruscheinski, J.; Wang, P.-L.; Ideker, T. Bioinformatics 2011, 27, 431-432
161. Askenazi, M.; Li, S.; Singh, S.; Marto, J. A. Proteomics 2010, 10, 1880-1885
162. Secrier, M.; Pavlopoulos, G.; Aerts, J.; Schneider, R. BMC Bioinf. 2012, 13, 45
163. Satagopam, V. P.; Theodoropoulou, M. C.; Stampolakis, C. K.; Pavlopoulos, G. A.; Papandreou, N. C.; Bagos, P. G.; Schneider, R.; Hamodrakas, S. J. Database: J. Biol. Databases cCuration 2010, 2010, baq019
164. Barrell, D.; Dimmer, E.; Huntley, R. P.; Binns, D.; O'Donovan, C.; Apweiler, R. Nucleic Acids Res. 2009, 37, D396-403
165. Zeeberg, B.; Feng, W.; Wang, G.; Wang, M.; Fojo, A.; Sunshine, M.; Narasimhan, S.; Kane, D.; Reinhold, W.; Lababidi, S.; Bussey, K.; Riss, J.; Barrett, J.; Weinstein, J. Genome Biol. 2003, 4, R28
166. Boyle, E. I.; Weng, S.; Gollub, J.; Jin, H.; Botstein, D.; Cherry, J. M.; Sherlock, G. Bioinformatics 2004, 20, 3710-3715
167. Bindea, G.; Mlecnik, B.; Hackl, H.; Charoentong, P.; Tosolini, M.; Kirilovsky, A.; Fridman, W.-H.; Pageàs, F.; Trajanoski, Z.; Galon, J. Bioinformatics 2009, 25, 1091-1093
168. Maere, S.; Heymans, K.; Kuiper, M. Bioinformatics 2005, 21, 3448-3449
169. Dennis, G., Jr.; Sherman, B. T.; Hosack, D. A.; Yang, J.; Gao, W.; Lane, H. C.; Lempicki, R. A. Genome Biol. 2003, 4
170. Echeverria, P. C.; Bernthaler, A.; Dupuis, P.; Mayer, B.; Picard, D. PLoS One 2011, 6, e26044
171. Doolittle, J. M.; Gomez, S. M. PLoS Neglected Trop. Dis. 2011, 5, e954
172. Rappsilber, J. J. Struct. Biol. 2011, 173, 530-540
173. Leitner, A.; Walzthoeni, T.; Kahraman, A.; Herzog, F.; Rinner, O.; Beck, M.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 1634-1649
174. Singh, P.; Panchaud, A.; Goodlett, D. R. Anal. Chem. 2010, 82, 2636-2642
175. Chen, X.; Chen, Y. H.; Anderson, V. E. Anal. Biochem. 1999, 273, 192-203
176. Rappsilber, J.; Siniossoglou, S.; Hurt, E. C.; Mann, M. Anal. Chem. 2000, 72, 267-275
177. Young, M. M.; Tang, N.; Hempel, J. C.; Oshiro, C. M.; Taylor, E. W.; Kuntz, I. D.; Gibson, B. W.; Dollinger, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5802-5806
178. Rinner, O.; Seebacher, J.; Walzthoeni, T.; Mueller, L. N.; Beck, M.; Schmidt, A.; Mueller, M.; Aebersold, R. Nat. Methods 2008, 5, 315-318
179. Sharon, M.; Taverner, T.; Ambroggio, X. I.; Deshaies, R. J.; Robinson, C. V. PLoS Biol. 2006, 4, e267
180. Chen, Z. A.; Jawhari, A.; Fischer, L.; Buchen, C.; Tahir, S.; Kamenski, T.; Rasmussen, M.; Lariviere, L.; Bukowski-Wills, J. C.; Nilges, M.; Cramer, P.; Rappsilber, J. EMBO J. 2010, 29, 717-726
181. Fu, C. Y.; Uetrecht, C.; Kang, S.; Morais, M. C.; Heck, A. J.; Walter, M. R.; Prevelige, P. E., Jr. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 1764-1773
182. Herzog, F.; Kahraman, A.; Boehringer, D.; Mak, R.; Bracher, A.; Walzthoeni, T.; Leitner, A.; Beck, M.; Hartl, F. U.; Ban, N.; Malmstrom, L.; Aebersold, R. Science 2012, 337, 1348-1352
183. Tardiff, D. F.; Abruzzi, K. C.; Rosbash, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 19948-19953
184. Singh, P.; Shaffer, S. A.; Scherl, A.; Holman, C.; Pfuetzner, R. A.; Larson Freeman, T. J.; Miller, S. I.; Hernandez, P.; Appel, R. D.; Goodlett, D. R. Anal. Chem. 2008, 80, 8799-8806
185. Hernandez, P.; Gras, R.; Frey, J.; Appel, R. D. Proteomics 2003, 3, 870-878
186. McIlwain, S.; Draghicescu, P.; Singh, P.; Goodlett, D. R.; Noble, W. S. J. Proteome Res. 2010, 9, 2488-2495
187. Panchaud, A.; Singh, P.; Shaffer, S. A.; Goodlett, D. R. J. Proteome Res. 2010, 9, 2508-2515
188. Maiolica, A.; Cittaro, D.; Borsotti, D.; Sennels, L.; Ciferri, C.; Tarricone, C.; Musacchio, A.; Rappsilber, J. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 2200-2211
189. Chu, F.; Baker, P. R.; Burlingame, A. L.; Chalkley, R. J. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 25-31
190. Lee, Y. J.; Lackner, L. L.; Nunnari, J. M.; Phinney, B. S. J. Proteome Res. 2007, 6, 3908-3917
191. Nadeau, O. W.; Wyckoff, G. J.; Paschall, J. E.; Artigues, A.; Sage, J.; Villar, M. T.; Carlson, G. M. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 739-749
192. Yang, B.; Wu, Y. J.; Zhu, M.; Fan, S. B.; Lin, J.; Zhang, K.; Li, S.; Chi, H.; Li, Y. X.; Chen, H. F.; Luo, S. K.; Ding, Y. H.; Wang, L. H.; Hao, Z.; Xiu, L. Y.; Chen, S.; Ye, K.; He, S. M.; Dong, M. Q. Nat. Methods 2012, 9, 904-906
193. Walzthoeni, T.; Claassen, M.; Leitner, A.; Herzog, F.; Bohn, S.; Forster, F.; Beck, M.; Aebersold, R. Nat. Methods 2012, 9, 901-903
194. Tang, X.; Munske, G. R.; Siems, W. F.; Bruce, J. E. Anal. Chem. 2005, 77, 311-318
195. Chu, F.; Mahrus, S.; Craik, C. S.; Burlingame, A. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10362-10363
196. Chowdhury, S. M.; Du, X.; Tolic, N.; Wu, S.; Moore, R. J.; Mayer, M. U.; Smith, R. D.; Adkins, J. N. Anal. Chem. 2009, 81, 5524-5532
197. Nessen, M. A.; Kramer, G.; Back, J.; Baskin, J. M.; Smeenk, L. E.; de Koning, L. J.; van Maarseveen, J. H.; de Jong, L.; Bertozzi, C. R.; Hiemstra, H.; de Koster, C. G. J. Proteome Res. 2009, 8, 3702-3711
198. Collins, C. J.; Schilling, B.; Young, M.; Dollinger, G.; Guy, R. K. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 4023-4026
199. Petrotchenko, E. V.; Olkhovik, V. K.; Borchers, C. H. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1167-1179
200. Petrotchenko, E. V.; Borchers, C. H. BMC Bioinf. 2010, 11, 64
201. Kao, A.; Chiu, C. L.; Vellucci, D.; Yang, Y.; Patel, V. R.; Guan, S.; Randall, A.; Baldi, P.; Rychnovsky, S. D.; Huang, L. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110 002212
202. Sinz, A.; Wang, K. Anal. Biochem. 2004, 331, 27-32
203. Back, J. W.; Hartog, A. F.; Dekker, H. L.; Muijsers, A. O.; de Koning, L. J.; de Jong, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 222-227
204. Yang, L.; Tang, X.; Weisbrod, C. R.; Munske, G. R.; Eng, J. K.; von Haller, P. D.; Kaiser, N. K.; Bruce, J. E. Anal. Chem. 2010, 82, 3556-3566
205. Zhang, H.; Tang, X.; Munske, G. R.; Tolic, N.; Anderson, G. A.; Bruce, J. E. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 409-420
206. Soderblom, E. J.; Goshe, M. B. Anal. Chem. 2006, 78, 8059-8068
207. Gardner, M. W.; Vasicek, L. A.; Shabbir, S.; Anslyn, E. V.; Brodbelt, J. S. Anal. Chem. 2008, 80, 4807-4819
208. Zelter, A.; Hoopmann, M. R.; Vernon, R.; Baker, D.; MacCoss, M. J.; Davis, T. N. J. Proteome Res. 2010, 9, 3583-3589
209. Lambert, W.; Rutsdottir, G.; Hussein, R.; Bernfur, K.; Kjellstrom, S.; Emanuelsson, C. Cell Stress Chaperones 2013, 18, 75-85
210. Bruce, J. E. Proteomics 2012, 12, 1565-1575
211. Guerrero, C.; Tagwerker, C.; Kaiser, P.; Huang, L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 366-378
212. Smith, A. L.; Friedman, D. B.; Yu, H.; Carnahan, R. H.; Reynolds, A. B. PLoS One 2011, 6, e16206
213. Smart, S. K.; Mackintosh, S. G.; Edmondson, R. D.; Taverna, S. D.; Tackett, A. J. Protein Sci. 2009, 18, 1987-1997
214. Schmitt-Ulms, G.; Hansen, K.; Liu, J.; Cowdrey, C.; Yang, J.; DeArmond, S. J.; Cohen, F. E.; Prusiner, S. B.; Baldwin, M. A. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 724-731
215. Bai, Y.; Markham, K.; Chen, F.; Weerasekera, R.; Watts, J.; Horne, P.; Wakutani, Y.; Bagshaw, R.; Mathews, P. M.; Fraser, P. E.; Westaway, D.; George-Hyslop, P., St; Schmitt-Ulms, G. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 15-34
216. Tang, X.; Bruce, J. E. Mol. BioSyst. 2010, 6, 939-947
217. Zheng, C.; Yang, L.; Hoopmann, M. R.; Eng, J. K.; Tang, X.; Weisbrod, C. R.; Bruce, J. E. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110 006841
218. Chavez, J. D.; Cilia, M.; Weisbrod, C. R.; Ju, H. J.; Eng, J. K.; Gray, S. M.; Bruce, J. E. J. Proteome Res. 2012, 11, 2968-2981
219. Suchanek, M.; Radzikowska, A.; Thiele, C. Nat. Methods 2005, 2, 261-267
220. Singh, G. P.; Ganapathi, M.; Dash, D. Proteins 2007, 66, 761-765
221. Collins, S. R.; Miller, K. M.; Maas, N. L.; Roguev, A.; Fillingham, J.; Chu, C. S.; Schuldiner, M.; Gebbia, M.; Recht, J.; Shales, M.; Ding, H.; Xu, H.; Han, J.; Ingvarsdottir, K.; Cheng, B.; Andrews, B.; Boone, C.; Berger, S. L.; Hieter, P.; Zhang, Z.; Brown, G. W.; Ingles, C. J.; Emili, A.; Allis, C. D.; Toczyski, D. P.; Weissman, J. S.; Greenblatt, J. F.; Krogan, N. J. Nature 2007, 446, 806-810
222. Gupta, R.; Kus, B.; Fladd, C.; Wasmuth, J.; Tonikian, R.; Sidhu, S.; Krogan, N. J.; Parkinson, J.; Rotin, D. Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 116
223. Cloutier, P.; Al-Khoury, R.; Lavallee-Adam, M.; Faubert, D.; Jiang, H.; Poitras, C.; Bouchard, A.; Forget, D.; Blanchette, M.; Coulombe, B. Methods 2009, 48, 381-386
224. Cojocaru, M.; Bouchard, A.; Cloutier, P.; Cooper, J. J.; Varzavand, K.; Price, D. H.; Coulombe, B. J. Biol. Chem. 2011, 286, 5012-5022
225. Jackson, P. K. Cell 2009, 138, 222-224
226. Glatter, T.; Schittenhelm, R. B.; Rinner, O.; Roguska, K.; Wepf, A.; Junger, M. A.; Kohler, K.; Jevtov, I.; Choi, H.; Schmidt, A.; Nesvizhskii, A. I.; Stocker, H.; Hafen, E.; Aebersold, R.; Gstaiger, M. Mol. Syst. Biol. 2011, 7, 547
227. Choi, H.; Glatter, T.; Gstaiger, M.; Nesvizhskii, A. I. J. Proteome Res. 2012, 11, 2619-2624
228. Jager, S.; Kim, D. Y.; Hultquist, J. F.; Shindo, K.; LaRue, R. S.; Kwon, E.; Li, M.; Anderson, B. D.; Yen, L.; Stanley, D.; Mahon, C.; Kane, J.; Franks-Skiba, K.; Cimermancic, P.; Burlingame, A.; Sali, A.; Craik, C. S.; Harris, R. S.; Gross, J. D.; Krogan, N. J. Nature 2012, 481, 371-375
229. Lee, D. J.; Busby, S. J.; Westblade, L. F.; Chait, B. T. J. Bacteriol. 2008, 190, 1284-1289
230. Winter, C.; Henschel, A.; Kim, W. K.; Schroeder, M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D310-314
231. Hoffmann, R.; Valencia, A. Nat. Genet. 2004, 36, 664
232. Ruepp, A.; Waegele, B.; Lechner, M.; Brauner, B.; Dunger-Kaltenbach, I.; Fobo, G.; Frishman, G.; Montrone, C.; Mewes, H. W. Nucleic Acids Res. 2010, 38, D497-501
233. Brown, K. R.; Jurisica, I. Bioinformatics 2005, 21, 2076-2082
234. Lynn, D. J.; Chan, C.; Naseer, M.; Yau, M.; Lo, R.; Sribnaia, A.; Ring, G.; Que, J.; Wee, K.; Winsor, G. L.; Laird, M. R.; Breuer, K.; Foroushani, A. K.; Brinkman, F. S. L.; Hancock, R. E. W. BMC Syst. Biol. 2010, 4, 117
235. Persico, M.; Ceol, A.; Gavrila, C.; Hoffmann, R.; Florio, A.; Cesareni, G. BMC Bioinf. 2005, 6 (Suppl 4) S21
236. Rain, J. C.; Selig, L.; De Reuse, H.; Battaglia, V.; Reverdy, C.; Simon, S.; Lenzen, G.; Petel, F.; Wojcik, J.; Schächter, V.; Chemama, Y.; Labigne, A.; Legrain, P. Nature 2001, 409, 211-215
237. Murali, T.; Pacifico, S.; Yu, J.; Guest, S.; Roberts, G. G., 3rd; Finley, R. L., Jr. Nucleic Acids Res. 2011, 39, D736-743
238. Hooper, S. D.; Bork, P. Bioinformatics 2005, 21, 4432-4433
239. Wu, J.; Vallenius, T.; Ovaska, K.; Westermarck, J.; Mäkelä, T. P.; Hautaniemi, S. Nat. Methods 2009, 6, 75-77
240. Theocharidis, A.; van Dongen, S.; Enright, A. J.; Freeman, T. C. Nat. Protoc. 2009, 4, 1535-1550
241. Ho, E.; Webber, R.; Wilkins, M. R. J. Proteome Res. 2008, 7, 104-112
242. Goel, A.; Li, S. S.; Wilkins, M. R. Proteomics 2011, 11, 2672-2682
243. Tatusov, R. L.; Koonin, E. V.; Lipman, D. J. Science (New York, N.Y.) 1997, 278, 631-637
244. Al-Shahrour, F.; Diaz-Uriarte, R.; Dopazo, J. Bioinformatics 2004, 20, 578-580
245. Montojo, J.; Zuberi, K.; Rodriguez, H.; Kazi, F.; Wright, G.; Donaldson, S. L.; Morris, Q.; Bader, G. D. Bioinformatics 2010, 26, 2927-2928