Mass spectrometry identifiable cross-linking strategy for studying protein-protein interactions

Analytical Chemistry

Volumn 77, Issue 1, 2005, Pages 311-318

  Tang, Xiaoting ^a   Munske, Gerhard R ^a   Siems, William F ^a   Bruce, James E ^a  

^a WASHINGTON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LABILE BONDS; PROTEIN INTERACTION REPORTER (PIR); PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS;

CROSSLINKING; MASS SPECTROMETRY; SYNTHESIS (CHEMICAL);

PROTEINS;

PEPTIDE; RIBONUCLEASE; RIBONUCLEASE S; UNCLASSIFIED DRUG; VITRONECTIN;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; CHEMICAL BOND; CHEMICAL STRUCTURE; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE SYNTHESIS; PROTEIN CROSS LINKING; PROTEIN INTERACTION REPORTER; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; SOLID;

AMINO ACID SEQUENCE; CROSS-LINKING REAGENTS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEIN INTERACTION MAPPING; RIBONUCLEASES;

EID: 11844289583     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0488762     Document Type: Article

References (28)

1. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature 2002, 415, 180-183.
2. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-147.
3. Blagoev, B.; Kratchmarova, L.; Ong, S. E.; Nielsen, M.; Foster, L. J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 315-318.
4. Drewes, G.; Bouwmeester, T. Curr. Opin. Cell Biol. 2003, 15, 199-205.
5. Trester-Zedlitz, M.; Kamada, K.; Burley, S. K.; Fenyo, D.; Chait, B. T.; Muir, T. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2416-2425.
6. Rappsilber, J.; Siniossoglou, S.; Hurt, E. C.; Mann, M. Anal. Chem. 2000, 72, 267-275.
7. Lanman, J.; Lam, T. T.; Barnes, S.; Sakalian, M.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G.; Prevelige, P. E., Jr. J. Mol. Biol. 2003, 325, 759-772.
8. Schulz, D. M.; Ihling, C.; Clore, G. M.; Sinz, A. Biochemistry 2004, 43, 4703-4715.
9. Young, M. M.; Tang, N.; Hempel, J. C.; Oshiro, C. M.; Taylor, E. W.; Kuntz, I. D.; Gibson, B. W.; Dollinger, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5802-5806.
10. Back, J. W.; de Jong, L.; Muijsers, A. O.; de Koster, C. G. J. Mol. Biol. 2003, 331, 303-313.
11. Sinz, A. J. Mass Spectrom. 2003, 38, 1225-1237.
12. Double-Agents Cross-Linking Guide; Pierce Chemicals: Dallas, TX, 1999.
13. Swaim, C. L.; Smith, J. B.; Smith, D. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom 2004, 15, 736-749.
14. Schilling, B.; Row, R. H.; Gibson, B. W.; Guo, X.; Young, M. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 834-850.
15. Itoh, Y.; Cai, K.; Khorana, H. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4883-4887.
16. Alley, S. C.; Trakselis, M. A.; Mayer, M. U.; Ishmael, F. T.; Jones, A. D.; Benkovic, S. J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 39340-39349.
17. Bennett, K. L.; Kussmann, M.; Bjork, P.; Godzwon, M.; Mikkelsen, M.; Sorensen, P.; Roepstorff, P. Protein Sci. 2000, 9, 1503-1518.
18. Back, J. W.; Sanz, M. A.; De Jong, L.; De Koning, L. J.; Nijtmans, L. G.; De Koster, C. G.; Grivell, L. A.; Van Der Spek, H.; Muijsers, A. O. Protein Sci. 2002, 11, 2471-2478.
19. Muller, D. R.; Schindler, P.; Towbin, H.; Wirth, U.; Voshol, H.; Hoving, S.; Steinmetz, M. O. Anal. Chem. 2001, 73, 1927-1934.
20. Pearson, K. M.; Pannell, L. K.; Fales, H. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 149-159.
21. Taverner, T.; Hall, N. E.; O'Hair, R. A.; Simpson, R. J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 46487-46492.
22. Back, J. W.; Notenboom, V.; de Koning, L. J.; Muijsers, A. O.; Sixma, T. K.; de Koster, C. G.; de Jong, L. Anal. Chem. 2002, 74, 4417-4422.
23. Back, J. W.; Hartog, A. F.; Dekker, H. L.; Muijsers, A. O.; de Koning, L. J.; de Jong, L. J. Am Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 222-227.
24. Rink, H. Tetrahedron Lett. 1987, 28, 3787-3790.
25. Kirchner, M.; Li, Y.; Deng, H. 52nd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Nashville, TN, 2004.
26. Wyckoff, H. W.; Hardman, K. D.; Allewell, N. M.; Inagami, T.; Tsernoglou, D.; Johnson, L. N.; Richards, F. M. J. Biol. Chem. 1967, 242, 3749-3753.
27. Taylor, H. C.; Komoriya, A.; Chaiken, I. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 6423-6426.
28. Green, N. S.; Reisler, E.; Houk, K. N. Protein Sci. 2001, 10, 1293-1304.