Engineering novel metalloproteins: Design of metal-binding sites into native protein scaffolds

Chemical Reviews

Volumn 101, Issue 10, 2001, Pages 3047-3080

  Lu, Yi ^a,b   Berry, Steven M ^a   Pfister, Thomas D ^b  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN SCAFFOLDS;

CATALYSIS; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEINS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

ORGANOMETALLICS;

HEMOPROTEIN; LIGAND; METAL; METALLOPROTEIN; PEPTIDE LIBRARY;

AMINO ACID SEQUENCE; AUDIOVISUAL EQUIPMENT; BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; ENZYME SPECIFICITY; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; MUTAGENESIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN ENGINEERING; REVIEW; SEQUENCE ANALYSIS;

AMINO ACID SEQUENCE; BINDING SITES; COMPUTER SIMULATION; HEMEPROTEINS; LIGANDS; METALLOPROTEINS; METALS; MODELS, MOLECULAR; MODELS, STRUCTURAL; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MUTAGENESIS; PEPTIDE LIBRARY; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN ENGINEERING; SEQUENCE ANALYSIS, PROTEIN; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 0035471138     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr0000574     Document Type: Review

References (441)

1. Eisenberg, D.; Wilcox, W.; Eshita, S.M.; Pryciak, P.M.; Ho, S.P.; DeGrado, W.F. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 16-22.
2. Ho, S.P.; DeGrade, W.F.J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 6751-6758.
3. Regan, L.; DeGrade, W.F. Science 1988, 241, 976-978.
4. Hecht, M.H.; Richardson, J.S.; Richardson, D.C., Ogden, R.C. Science 1990, 249, 884-891.
5. Goraj, K.; Renard, A.; Martial, J.A. Protein Eng. 1990, 3, 259-266.
6. Pessi, A.; Bianchi, E.; Crameri, A.; Venturini, S.; Tramontano, A.; Sollazzo, M. Nature 1993, 362, 367-369.
7. Dahiyat, B.I.; Mayo, S.L. Science 1997, 278, 82-87.
8. Handel, T.; DeGrade, W.F.J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6710-6711.
9. Regan, L.; Clarke, N.D. Biochemistry 1990, 29, 10878-10883.
10. Robertson, D.E.; Farid, R.S.; Moser, C.C.; Urbauer, J.L.; Mulholland, S.E.; Pidikiti, R.; Lear, J.D.; Wand, A.J.; DeGrado, W.F.; Dutton, P.L. Nature 1994, 368, 425-432.
11. Lombardi, A.; Summa, C.M.; Geremia, S.; Randaccio, L.; Pavone, V.; DeGrade, W.F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 6298-6305.
12. Gibney, B.R.; Dutton, P.L. Adv. Inorg. Chem. 2001, 51, 409-455.
13. http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/count.html.
14. Thomson, A.J.; Gray, H.B. Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 155-158.
15. Lu, Y.; Valentine, J.S. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 495-500.
16. Tainer, J.A.; Roberts, V.A.; Getzoff, E.D. Curr. Opin. Biotechnol. 1991, 2, 582-591.
17. Tainer, J.A.; Roberts, V.A.; Getzoff, E.D. Curr. Opin. Biotechnol. 1992, 3, 378-387.
18. Berg, J.M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 585-588.
19. Regan, L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1993, 22, 257-281.
20. Regan, L. Trends Biochem. Sci. 1995, 20, 280-285.
21. Hellinga, H.W. In Protein Engineering; Cleland, J.L., Craik, C.S., Eds.; Wiley-Liss: New York, 1996; pp 369-398.
22. Hellinga, H.W. Curr. Opin. Biotechnol. 1996, 7, 437-441.
23. Regan, L. Adv. Mol. Cell Biol. 1997, 22A, 51-80.
24. Hellinga, H.W. Folding Des. 1998, 3, R1-R8.
25. Benson, D.E.; Wisz, M.S.; Hellinga, H.W. Curr. Opin. Biotechnol. 1998, 9, 370-376.
26. Cytochrome c: Evolutionary, Structural and Physiological Aspects; Moore, G.R.; Pettigrew, G.W., Eds.; Springer-Verlag: Berlin, 1990.
27. Scott, R.A.; Mauk, A.G. Cytochrome c: A Multidisciplinary Approach; University Science Books: Sausalito, CA, 1996.
28. Turano, P.; Lu, Y. In Handbaook on Metalloproteins; Bertini, I., Sigel, H., Sigel, A., Eds.; Marcel Dekker: New York, 2001; pp 269-356.
29. Martinez, S.E.; Huang, D.; Szczepaniak, A.; Cramer, W.A.; Smith, J.L. Structure 1994, 2, 95-105.
30. Lanzilotta, W.N.; Schuller, D.J.; Thorsteinsson, M.V.; Kerby, R.L.; Roberts, G.P.; Poulos, T.L. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 876-880.
31. Poulos, T.L.J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 356-359.
32. Goodin, D.B.J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 360-363.
33. Banci, L.; Rosato, A.; Turano, P.J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 364-367.
34. Gross, Z.J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 368-371.
35. Rietjens, I.M.C.M.; Osman, A.M.; Veeger, C.; Zakharieva, O.; Antony, J.; Grodzicki, M.; Trautwein, A.X.J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 372-376.
36. Weiss, R.; Mandon, D.; Wolter, T.; Trautwein, A.X.; Muther, M.; Bill, E.; Gold, A.; Jayaraj, K.; Terner, J.J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 377-383.
37. Allen, J.W.A.; Watmough, N.J.; Ferguson, S.J. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 885-888.
38. Sligar, S.G.; Egeberg, K.D.; Sage, J.T.; Morikis, D.; Champion, P.M.J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 7896-7897.
39. Mus-Veteau, I.; Dolla, A.; Guerlesquin, F.; Payan, F.; Czjzek, M.; Haser, R.; Bianco, P.; Haladjian, J.; Rapp-Giles, B.J.; et al.J. Biol. Chem. 1992, 267, 16851-16858.
40. Dolla, A.; Florens, L.; Bianco, P.; Haladjian, J.; Voordouw, G.; Forest, E.; Wall, J.; Guerlesquin, F.; Bruschi, M.J. Biol. Chem. 1994, 269, 6340-6346.
41. Barker, P.D.; Nerou, E.P.; Cheesman, M.R.; Thomson, A.J.; de Oliveira, P.; Hill, H.A.O. Biochemistry 1996, 35, 13618-13626.
42. Barker, P.D.; Freund, S.M.V. Biochemistry 1996, 35, 13627-13635.
43. Wasserman, G.F.; Nix, P.T.; Koul, A.K.; Warme, P.K. Biochim. Biophys. Acta 1980, 623, 457-460.
44. Raphael, A.L.; Gray, H.B. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1989, 6, 338-340.
45. Raphael, A.L.; Gray, H.B.J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1038-1040.
46. Wallace, C.J.A.; Clark-Lewis, I.J. Biol. Chem. 1992, 267, 3852-3861.
47. Wallace, C.J.A. FASEB J. 1993, 7, 505-515.
48. Mowat, C.G.; Miles, C.S.; Munro, A.W.; Cheesman, M.R.; Quaroni, L.G.; Reid, G.A.; Chapman, S.K.J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 584-592.
49. Sorrell, T.N.; Martin, P.K.; Bowden, E.F.J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 766-767.
50. Martin, P.K. Thesis, University North Carolina Chapel Hill, 1989; p 147.
51. Garcia, L.L.; Fredericks, Z.; Sorrell, T.N.; Pielak, G.J. New J. Chem. 1992, 16, 629-632.
52. Ubbink, M.; Campos, A.P.; Teixeira, M.; Hunt, N.I.; Hill, H.A.O.; Canters, G.W. Biochemistry 1994, 33, 10051-10059.
53. Nakai, M.; Ishiwatari, H.; Asada, A.; Bogaki, M.; Kawai, K.; Tanaka, Y.; Matsubara, H.J. Biochem. 1990, 108, 798-803.
54. Darrouzet, E.; Mandaci, S.; Li, J.; Qin, H.; Knaff, D.B.; Daldal, F. Biochemistry 1999, 38, 7908-7917.
55. Ferrer, J.C.; Guillemette, J.G.; Bogumil, R.; Inglis, S.C.; Smith, M.; Mauk, A.G.J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 7507-7508.
56. Bren, K.L.; Gray, H.B.J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10382-10383.
57. Banci, L.; Bertini, I.; Bren, K.L.; Gray, H.B.; Turano, P. Chem. Biol. 1995, 2, 377-383.
58. Bren, K.L.; Gray, H.B.; Banci, L.; Bertini, I.; Turano, P.J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8067-8073.
59. Lu, Y.; Casimiro, D.R.; Bren, K.L.; Richards, J.H.; Gray, H.B. Proc. Natl. Acad. Sci.U.S.A. 1993, 90, 11456-11459.
60. Uno, T.; Yukinari, A.; Moriyama, Y.; Ishikawa, Y.; Tomisugi, Y.; Brannigan, J.A.; Wilkinson, A.J.J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 512-513.
61. Qin, J.; La Mar, G.N.; Dou, Y.; Admiraal, S.J.; Ikeda-Saito, M.J. Biol. Chem. 1994, 269, 1083-1090.
62. Lloyd, E.; Hildebrand, D.P.; Tu, K.M.; Mauk, A.G.J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6434-6438.
63. Dou, Y.; Admiraal, S.J.; Ikeda-Saito, M.; Krzywda, S.; Wilkinson, A.J.; Li, T.; Olson, J.S.; Prince, R.C.; Picketing, I.J.; George, G.N.J. Biol. Chem. 1995, 270, 15993-16001.
64. Ortiz de Montellano, P.R.; Wilks, A. Adv. Inorg. Chem. 2001, 51, 359-407.
65. Ikeda-Saito, M.; Fujii, H.; Matera, K.M.; Takahashi, S.; Migita, C.T.; Rousseau, D.L.; Yoshida, T. Keio Univ. Symp. Life Sci. Med. 1998, 1, 304-314.
66. Poulos, T.L.; Li, H.; Raman, C.S.; Schuller, D.J. Adv. Inorg. Chem. 2001, 51, 243-293.
67. Raven, E.L.; Mauk, A.G. Adv. Inorg. Chem. 2001, 51, 1-49.
68. Hildebrand, D.P.; Tang, H.-I.; Luo, Y.; Hunter, C.L.; Smith, M.; Brayer, G.D.; Mauk, A.G.J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12909-12915.
69. Murakami, T.; Morishima, I.; Matsui, T.; Ozaki, S.-i.; Watanabe, Y. Chem. Commun. 1998, 773-774.
70. Murakami, T.; Morishima, I.; Matsui, T.; Ozaki, S.-i.; Hara, I.; Yang, H.-J.; Watanabe, Y.J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2007-2011.
71. Rodriguez, J.C.; Rivera, M. Biochemistry 1998, 37, 13082-13090.
72. Rodriguez, J.C.; Desilva, T.; Rivera, M. Chem. Lett. 1998, 353-354.
73. Rice, J.K.; Fearnley, I.M.; Barker, P.D. Biochemistry 1999, 38, 16847-16856.
74. Avila, L.; Huang, H.-w.; Rodriguez, J.C.; Moeenne-Loccoz, P.; Rivera, M.J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7618-7619.
75. Sigman, J.A.; Wang, X.; Lu, Y.J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6945-6946.
76. Sono, M.; Roach, M.P.; Coulter, E.D.; Dawson, J.H. Chem. Rev. 1996, 96, 2841-2887.
77. Shelver, D.; Thorsteinsson, M.V.; Kerby, R.L.; Chung, S.Y.; Roberts, G.P.; Reynolds, M.F.; Parks, R.B.; Burstyn, J.N. Biochemistry 1999, 38, 2669-2678.
78. Dawson, J.H. Science 1988, 240, 433-439.
79. Adachi, S.; Nagano, S.; Watanabe, Y.; Ishimori, K.; Morishima, I. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991, 180, 138-144.
80. Adachi, S.; Nagano, S.; Ishimorl, K.; Watanabe, Y.; Morishima, I.; Egawa, T.; Kitagawa, T.; Makino, R. Biochemistry 1993, 32, 241-252.
81. Hildebrand, D.P.; Ferrer, J.C.; Tang, H.-L.; Smith, M.; Mauk, A.G. Biochemistry 1995, 34, 11598-11605.
82. Matsui, T.; Nagano, S.; Ishimori, K.; Watanabe, Y.; Morishima, I. Biochemistry 1996, 35, 13118-13124.
83. Choudhury, K.; Sundaramoorthy, M.; Hickman, A.; Yonetani, T.; Woehl, E.; Dunn, M.F.; Poulos, T.L.J. Biol. Chem. 1994, 269, 20239-20249.
84. Finzel, B.C.; Poulos, T.L.; Kraut, J.J. Biol. Chem. 1984, 259, 13027-13036.
85. Poulos, T.L.; Finzel, B.C.; Gunsalus, I.C.; Wagner, G.C.; Kraut, J.J. Biol. Chem. 1985, 260, 16122-16130.
86. Sundaramoorthy, M.; Terner, J.; Poulos, T.L. Structure 1995, 3, 1367-1377.
87. Cupp-Vickery, J.R.; Poules, T.L. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 144-153.
88. Hasemann, C.A.; Ravichandran, K.G.; Peterson, J.A.; Deisen-hofer, J.J. Mol. Biol. 1994, 236, 1169-1185.
89. Ravichandran, K.G.; Boddupalli, S.S.; Hasemann, C.A.; Peterson, J.A.; Deisenhofer, J. Science 1993, 261, 731-736.
90. Goodin, D.B.; McRee, D.E. Biochemistry 1993, 32, 3313-3324.
91. Sigman, J.A.; Pond, A.E.; Dawson, J.H.; Lu, Y. Biochemistry 1999, 38, 11122-11129.
92. Liu, Y.; Moeenne-Loccoz, P.; Hildebrand, D.P.; Wilks, A.; Loehr, T.M.; Mauk, A.G.; Ortiz de Montellano, P.R. Biochemistry 1999, 38, 8, 3733-3743.
93. Uno, T.; Yukinari, A.; Tomisugi, Y.; Ishikawa, Y.; Makino, R.; Brannigan, J.A.; Wilkinson, A.J.J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2458-2459.
94. Yi, X.; Mroczko, M.; Manoj, K.M.; Wang, X.; Hager, L.P. Proc. Natl. Acad. Sci.U.S.A. 1999, 96, 12412-12417.
95. Yoshioka, S.; Takahashi, S.; Hori, H.; Ishimori, K.; Morishima, I. Eur.J. Biochem. 2001, 268, 252-259.
96. Auclair, K.; Moeenne-Loccoz, P.; Ortiz de Montellano, P.R.J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4877-4885.
97. Egeberg, K.D.; Springer, B.A.; Martinis, S.A.; Sligar, S.G.; Morikis, D.; Champion, P.M. Biochemistry 1990, 29, 9783-9791.
98. Hildebrand, D.P.; Burk, D.L.; Maurus, R.; Ferrer, J.C.; Brayer, G.D.; Mauk, A.G. Biochemistry 1995, 34, 1997-2005.
99. Sundaramoorthy, M.; Choudhury, K.; Edwards, S.L.; Poulos, T.L.J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7755-7757.
100. Choudhury, K.; Sundaramoorthy, M.; Mauro, J.M.; Poulos, T.L.J. Biol. Chem. 1992, 267, 25656-25659.
101. Goodin, D.B.; Davidson, M.G.; Roe, J.A.; Mauk, A.G.; Smith, M. Biochemistry 1991, 30, 4953-4962.
102. Barrick, D. Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 6, 411-418.
103. Ozaki, S.-i.; Matsui, T.; Watanabe, Y.J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8, 9784-9785.
104. Ozaki, S.-I.; Matsui, T.; Watanabe, Y.J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6666-6667.
105. Matsui, T.; Ozaki, S.-I.; Liong, E.; Phillips, G.N., Jr.; Watanabe, Y.J. Biol. Chem. 1999, 274, 2838-2844.
106. Liu, Y.; Lightning, L.K.; Huang, H.-W.; Moenne-Loccoz, P.; Schuller, D.J.; Poulos, T.L.; Loehr, T.M.; De Montellano, P.R.O. J. Biol. Chem. 2000, 275, 34501-34507.
107. Lightning, L.K.; Huang, H.-W.; Moenne-Loccoz, P.; Loehr, T.M.; Schuller, D.J.; Poulos, T.L.; De Montellano, P.R.O. J. Biol. Chem. 2001, 276, 10612-10619.
108. Fujii, H.; Zhang, X.; Tomita, T.; Ikeda-Saito, M.; Yoshida, T. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6475-6484.
109. Iron Porphyrins; Lever, A.B.P., Gray, H.B., Eds.; Addison-Wesley: Reading, MA, 1983.
110. The Porphyrin Handbook; Kadish, K.M., Smith, K.M., Guilard, R., Eds.; Academic Press: San Diego, CA, 2000.
111. Sano, S. Porphyrins 1979, 7, 377-402.
112. Neya, S. Phthalocyanines 1996, 4, 447-479.
113. Venkatesh, B.; Manoharan, P.T.; Rifkind, J.M. Prog. Inorg. Chem. 1998, 47, 563-684.
114. Hayashi, T.; Hitomi, Y.; Takimura, T.; Tomokuni, A.; Mizutani, T.; Hisaeda, Y.; Ogoshi, H. Coord. Chem. Rev. 1999, 190-192, 961-974.
115. Page, M.D.; Sambongi, Y.; Ferguson, S.J. Trends Biochem. Sci. 1998, 23, 103-108.
116. Kranz, R.; Lill, R.; Goldman, B.; Bonnard, G.; Merchant, S. Mol. Microbiol. 2001, 29, 383-396.
117. Barker, P.D.; Ferrer, J.C.; Mylrajan, M.; Loehr, T.M.; Feng, R.; Konishi, Y.; Funk, W.D.; MacGillivray, R.T.A.; Mauk, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 6542-6546.
118. Barker, P.D.; Nerou, E.P.; Freund, S.M.V.; Fearnley, I.M. Biochemistry 1995, 34, 15191-15203.
119. Arnesano, F.; Banci, L.; Bertini, I.; Ciofi-Baffoni, S.; de Woodyear, T.; Johnson, C.M.; Barker, P.D. Biochemistry 2000, 39, 1499-1514.
120. Tomlinson, E.J.; Ferguson, S.J. J. Biol. Chem. 2000, 275, 32530-32534.
121. Tomlinson, E.J.; Ferguson, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5156-5160.
122. Barker, P.D.; Ferguson, S.J. Structure 1999, 7, R281-R290.
123. Dolla, A.; Florens, L.; Bruschi, M.; Dudich, I.V.; Makarov, A.A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1995, 211, 742-747.
124. Hawkins, B.K.; Hilgen-Willis, S.; Pielak, G.J.; Dawson, J.H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3111-3112.
125. Malkin, R.; Malmstrom, B.G. Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. 1970, 33, 177-244.
126. Fee, J.A. Struct. Bonding 1975, 23, 1-60.
127. Copper Proteins; Spiro, T.G., Ed.; John Wiley and Sons: New York, 1981; Vol. 3.
128. Copper Proteins and Copper Enzymes; Lontie, R., Ed.; CRC Press: Boca Raton, 1984; Vols. 1-3.
129. Beinert, H. Eur. J. Biochem. 1997, 245, 521-532.
130. Brown, K.; Tegoni, M.; Prudencio, M.; Pereira, A.S.; Besson, S.; Moura, J.J.; Moura, I.; Cambillau, C. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 191-195.
131. Valentine, J.S.; Gralla, E.B. Science 1997, 278, 817-818.
132. O'Halloran, T.V.; Culotta, V.C. J. Biol. Chem. 2000, 275, 25057-25060.
133. Rosenzweig, A.C. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 119-128.
134. Valentine, J.S.; Pantoliano, M.W. In Copper Proteins; Spiro, T.G., Ed.; Wiley: New York, 1981; pp 291-358.
135. Lamb, A.L.; Wernimont, A.K.; Pufahl, R.A.; Culotta, V.C.; O'Halloran, T.V.; Rosenzweig, A.C. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 724-729.
136. Lamb, A.L.; Wernimont, A.K.; Pufahl, R.A.; O'Halloran, T.V.; Rosenzweig, A.C. Biochemistry 2000, 39, 1589-1595.
137. Schmidt, P.J.; Ramos-Gomez, M.; Culotta, V.C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 36952-36956.
138. Gray, H.B.; Solomon, E.I. In Copper Proteins; Spiro, T.G., Ed.; Wiley: New York, 1981; pp 1-39.
139. Gray, H.B.; Malmstrom, B.G.; Williams, R.J.P. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 551-559.
140. Freeman, H.C. Coord. Chem. 1981, 21, 29-51.
141. Adman, E.T. Adv. Protein Chem. 1991, 42, 145-197.
142. Nar, H.; Messerschmidt, A.; Huber, R.; van der Kamp, M.; Canters, G.W. J. Mol. Biol. 1991, 221, 765-772.
143. Solomon, E.I.; Baldwin, M.J.; Lowery, M.D. Chem. Rev. 1992, 92, 521-542.
144. Lu, Y.; Gralla, E.B.; Roe, J.A.; Valentine, J.S. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3560-3562.
145. Lu, Y.; LaCroix, L.B.; Lowery, M.D.; Solomon, E.I.; Bender, C.J.; Peisach, J.; Roe, J.A.; Gralla, E.B.; Valentine, J.S. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5907-5918.
146. Han, J.; Loehr, T.M.; Lu, Y.; Valentine, J.S.; Averill, B.A.; Sanders-Loehr, J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 4256-4263.
147. Lu, Y.; Roe, J.A.; Gralla, E.B.; Valentine, J.S. In Bioinorganic Chemistry of Copper; Karlin, K.D., Tyeklar, Z., Eds.; Chapman & Hall: New York, 1993; pp 64-77.
148. Lu, Y.; Roe, J.A.; Bender, C.J.; Peisach, J.; Banci, L.; Bertini, I.; Gralla, E.B.; Valentine, J.S. Inorg. Chem. 1996, 35, 1692-1700.
149. Banci, L.; Bertini, I.; Borsari, M.; Viezzoli, M.S.; Hallewell, R.A. Eur. J. Biochem. 1995, 232, 220-225.
150. LaCroix, L.B.; Randall, D.W.; Nersissian, A.M.; Hoitink, C.W.G.; Canters, G.W.; Valentine, J.S.; Solomon, E.I. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9621-9631.
151. Randall, D.W.; Gamelin, D.R.; LaCroix, L.B.; Solomon, E.I. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 16-29.
152. Mizoguchi, T.J.; Di Bilio, A.J.; Gray, H.B.; Richards, J.H. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10076-10078.
153. Faham, S.; Mizoguchi, T.J.; Adman, E.T.; Gray, H.B.; Richards, J.H.; Rees, D.C. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 464-469.
154. Piccioli, M.; Luchinat, C.; Mizoguchi, T.J.; Ramirez, B.E.; Gray, H.B.; Richards, J.H. Inorg. Chem. 1995, 34, 737-742.
155. DeBeer, S.; Kiser, C.N.; Mines, G.A.; Richards, J.H.; Gray, H.B.; Solomon, E.I.; Hedman, B.; Hodgson, K.O. Inorg. Chem. 1999, 38, 433-438.
156. den Blaauwen, T.; Van de Kamp, M.; Canters, G.W. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5050-5052.
157. den Blaauwen, T.; Canters, G.W. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 1121-1129.
158. van Pouderoyen, G.; Andrew, C.R.; Loehr, T.M.; Sanders-Loehr, J.; Mazumdar, S.; Hill, H.A.O.; Canters, G.W. Biochemistry 1996, 35, 1397-1407.
159. Chang, T.K.; Iverson, S.A.; Rodrigues, C.G.; Kiser, C.N.; Lew, A.Y.C.; Germanas, J.P.; Richards, J.H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 1325-1329.
160. Kartsson, B.G.; Nordling, M.; Pascher, T.; Tsai, L.-C.; Sjolin, L.; Lundberg, L.G. Protein Eng. 1991, 4, 343-349.
161. Murphy, L.M.; Strange, R.W.; Karlsson, B.G.; Lundberg, L.G.; Pascher, T.; Reinhammar, B.; Hasnain, S.S. Biochemistry 1993, 32, 1965-1975.
162. Vidakovic, M.; Germanas, J.P. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1995, 34, 1622-1624.
163. Bonander, N.; Karlsson, B.G.; Vänngård, T. Biochemistry 1996, 35, 2429-2436.
164. Canters, G.W.; Gilardi, G. FEBS Lett. 1993, 325, 39-48.
165. Wallar, B.J.; Lipscomb, J.D. Chem. Rev. 1996, 96, 2625-2657.
166. deMare, F.; Nordlund, P.; Gupta, N.; Shenvi, N.V.; Cui, X.; Kurtz, D.M., Jr. Inorg. Chim. Acta 1997, 263, 255-262.
167. Nordland, P.; Eklund, H. J. Mol. Biol. 1993, 232, 123-164.
168. Rosenzweig, A.C.; Frederick, C.A.; Lippard, S.J.; Nordlund, P. Nature 1993, 366, 537-543.
169. Rosenzweig, A.C.; Nordlund, P.; Takahara, P.M.; Frederick, C.A.; Lippard, S.J. Chem. Biol. 1995, 2, 632.
170. deMare, F.; Kurtz, D.M., Jr.; Nordlund, P. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 539-546.
171. Ormo, M.; deMare, F.; Regnstrom, K.; Aberg, A.; Sahlin, M.; Ling, J.; Loehr, T.M.; Sanders-Loehr, J.; Sjoberg, B.M. J. Biol. Chem. 1992, 267, 8711-8714.
172. Johnson, M.K. In Encyclopedia of Inorganic Chemistry; King, R.B., Ed.; John Wiley & Sons: Chichester, 1994; pp 1896-1915.
173. Beinert, H.; Holm, R.H.; Munck, E. Science 1997, 277, 653-659.
174. Johnson, M.K. Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 173-181.
175. Bian, S.; Cowan, J.A. Coord. Chem. Rev. 1999, 190-192, 1049-1066.
176. Johnson, M.K.; Spire, T.G.; Mortenson, L.E. J. Biol. Chem. 1982, 257, 2447-2452.
177. Kent, T.A.; Moura, I.; Moura, J.J.G.; Lipscomb, J.D.; Huynh, B.H.; LeGall, J.; Xavier, A.V.; Muenck, E. FEBS Lett. 1982, 138, 55-58.
178. Moura, J.J.G.; Moura, I.; Kent, T.A.; Lipscomb, J.D.; Huynh, B.H.; LeGall, J.; Xavier, A.V.; Munck, E. J. Biol. Chem. 1982, 257, 6259-6267.
179. Moura, J.J.G.; LeGall, J.; Xavier, A.V. Eur. J. Biochem. 1984, 141, 319-322.
180. Anderson, G.L.; Howard, J.B. Biochemistry 1984, 23, 2118-2122.
181. Kennedy, M.C.; Kent, T.A.; Emptage, M.; Merkle, H.; Beinert, H.; Munck, E. J. Biol. Chem. 1984, 259, 14463-14471.
182. Moura, I.; Moura, J.J.G.; Munck, E.; Papaefthymiou, V.; LeGall, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 108, 349-351.
183. Fu, W.; Morgan, T.V.; Mortenson, L.E.; Johnson, M.K. FEBS Lett. 1991, 284, 165-168.
184. Rothery, R.A.; Weiner, J.H. Biochemistry 1991, 30, 8296-8305.
185. Manodori, A.; Cecchini, G.; Sehroder, I.; Gunsalus, R.P.; Werth, M.T.; Johnson, M.K. Biochemistry 1992, 31, 2703-2712.
186. Zhao, J.; Li, N.; Warren, P.V.; Golbeck, J.H.; Bryant, D.A. Biochemistry 1992, 31, 5093-5099.
187. Warren, P.V.; Smart, L.B.; McIntosh, L.; Golbeck, J.H. Biochemistry 1993, 32, 4411-4419.
188. Bertini, I.; Briganti, F.; Calzolai, L.; Messori, L.; Scozzafava, A. FEBS Lett. 1993, 332, 268-272.
189. Benelli, B.; Bertini, I.; Capozzi, F.; Luchinat, C. Gazz. Chim. Ital. 1994, 124, 469-474.
190. Finnegan, M.G.; Conover, R.C.; Park, J.-B.; Zhou, Z.H.; Adams, M.W.W.; Johnson, M.K. Inorg. Chem. 1995, 34, 5358-5369.
191. Mehari, T.; Qiao, F.; Scott, M.P.; Nellis, D.F.; Zhao, J.; Bryant, D.A.; Golbeck, J.H. J. Biol. Chem. 1995, 270, 28108-28117.
192. Duin, E.C.; Lafferty, M.E.; Crouse, B.R.; Allen, R.M.; Sanyal, I.; Flint, D.H.; Johnson, M.K. Biochemistry 1997, 36, 11811-11820.
193. Iwasaki, T.; Oshima, T. FEBS Lett. 1997, 417, 223-226.
194. Khoroshilova, N.; Popescu, C.; Munck, E.; Beinert, H.; Kiley, P.J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 6087-6092.
195. Aono, S.; Bentrop, D.; Bertini, I.; Luchinat, C.; Macinai, R. FEBS Lett. 1997, 412, 501-505.
196. Gao-Sheridan, H.S.; Kemper, M.A.; Khayat, R.; Tilley, G.J.; Armstrong, F.A.; Sridhar, V.; Prasad, G.S.; Stout, C.D.; Burgess, B.K. J. Biol. Chem. 1998, 273, 33692-33701.
197. Rousset, M.; Montet, Y.; Guigliarelli, B.; Forget, N.; Asso, M.; Bertrand, P.; Fontecilla-Camps, J.C.; Hatchikian, E.C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 11625-11630.
198. Bingemann, R.; Klein, A. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 6612-6618.
199. Iwasaki, T.; Watanabe, E.; Ohmori, D.; Imai, T.; Urushiyama, A.; Akiyama, M.; Hayashi-Iwasaki, Y.; Cosper, N.J.; Scott, R.A. J. Biol. Chem. 2000, 275, 25391-25401.
200. Durussel, I.; Pauls, T.L.; Cox, J.A.; Berchtold, M.W. Eur. J. Biochem. 1996, 242, 256-263.
201. Pauls, T.L.; Durussel, I.; Clark, I.D.; Szabo, A.G.; Berchtold, M.W.; Cox, J.A. Eur. J. Biochem. 1996, 242, 249-255.
202. Reid, R.E.; Proeyshyn, R.M. Arch. Biochem. Biophys. 1995, 323, 115-119.
203. Jeltsch, A.; Wenz, C.; Wende, W.; Selent, U.; Pingoud, A. Trends Biotechnol. 1996, 14, 235-238.
204. Vipond, I.B.; Moon, B.-J.; Halford, S.E. Biochemistry 1996, 35, 1712-1721.
205. Kostrewa, D.; Winkler, F.K. Biochemistry 1995, 34, 683-696.
206. Murphy, J.E.; Xu, X.; Kantrowitz, E.R. J. Biol. Chem. 1993, 268, 21497-21500.
207. Miller, A.-F.; Sorkin, D.L. Corem Mol. Cell. Biophys. 1997, 9, 1-48.
208. Whittaker, J.W. In Metal Ions in Biological Systems: Sigel, A., Sigel, H., Eds.; 2000; Vol. 37, pp 587-611.
209. Vance, C.K.; Miller, A.F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 461-467.
210. Edward, R.A.; Whittaker, M.M.; Whittaker, J.W.; Jameson, G.B.; Baker, E.N. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9684-9685.
211. Martn, M.E.; Byers, B.R.; Olson, M.O.J.; Salin, M.L.; Arceneaux, J.E.L.; Tolbert, C. J. Biol. Chem. 1986, 261, 9361-9367.
212. Schmidt, M.; Meier, B.; Parak, F. J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 532-541.
213. Whittaker, M.M.; Whittaker, J.W. J. Biol. Chem. 1998, 273, 22188-22193.
214. Bunting, K.; Cooper, J.B.; Badasso, M.O.; Tickle, I.J.; Newton, M.; Wood, S.P.; Zhang, Y.; Young, D. Eur. J. Biochem. 1998, 251, 795-803.
215. Hiraoka, B.Y.; Yamakura, F.; Sugio, S.; Nakayama, K. Biochem. J. 2000, 345, 345-350.
216. Schwartz, A.L.; Yikilmaz, E.; Vance, C.K.; Vathyam, S.; Koder, R.L.; Miller, A.-F. J. Inorg. Biochem. 2000, 80, 247-256.
217. Lombardi, A.; Marasco, D.; Maglio, O.; Di Costanzo, L.; Nastri, F.; Pavone, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 11922-11927.
218. Clarke, N.D.; Yuan, S.-M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 256-263.
219. Hellinga, H.W.; Richards, F.M. J. Mol. Biol. 1991, 222, 763-785.
220. Desjarlais, J.R.; Clarke, N.D. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 471-475.
221. Bertini, I.; Luchinat, C. Adv. Inorg. Biochem. 1984, 6, 71-111.
222. Maret, W.; Vallee, B.L. In Methods in Enzymology; Riordan, J.F., Vallee, B.L., Eds.; Academic Press: San Diego, CA, 1993; Vol. 226, pp 52-71.
223. Handel, T.M.; Williams, S.A.; DeGrade, W.F. Science 1993, 261, 879-885.
224. Klemba, M.; Regan, L. Biochemistry 1995, 34, 10094-10100.
225. Klemba, M.; Gardner, K.H.; Marine, S.; Clarke, N.D.; Regan, L. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 368-373.
226. Wisz, M.S.; Garrett, C.Z.; Hellinga, H.W. Biochemistry 1998, 37, 8269-8277.
227. Marino, S.F.; Regan, L. Chem. Biol. 1999, 6, 649-665.
228. Christianson, D.W.; Fierke, C.A. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 331-339.
229. Farinas, E.; Regan, L. Protein Sci. 1998, 7, 1939-1946.
230. (230) Benson, D.E.; Wisz, M.S.; Liu, W.; Hellinga, H.W. Biochemistry 1998, 37, 7070-7076.
231. (231) Coldren, C.D.; Hellinga, H.W.; Caradonna, J.P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 6635-6640.
232. Hellinga, H.W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10055-10066.
233. Hellinga, H.W.; Caradonna, J.P.; Richards, F.M. J. Mol. Biol. 1991, 222, 787-803.
234. Pinto, A.L.; Hellinga, H.W.; Caradonna, J.P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 5562-5567.
235. Benson, D.E.; Wisz, M.S.; Hellinga, H.W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 6292-6297.
236. Glusker, J.P. Adv. Protein Chem. 1991, 42, 1-76.
237. Karlin, S.; Zhu, Z.-Y.; Karlin, K.D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 14225-14230.
238. Karlin, K.D.; Zhu, Z.-Y.; Karlin, S. J. Biol. Inorg. Chem. 1998, 3, 172-187.
239. Hatfull, G.F.; Sanderson, M.R.; Freemont, P.S.; Raccuia, P.R.; Grindley, N.D.F.; Steitz, T.A. J. Mol. Biol. 1989, 208, 661-667.
240. Winkler, J.R.; Gray, H.B. Chem. Rev. 1992, 92, 369-379.
241. Telford, J.R.; Wittung-Stafshede, P.; Gray, H.B.; Winkler, J.R. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 755-763.
242. Corey, D.R.; Schultz, P.G. J. Biol. Chem. 1989, 264, 3666-3669.
243. Yellen, G.; Sodickson, D.; Chen, T.Y.; Jurman, M.E. Biophys. J. 1994, 66, 1068-1075.
244. Liu, Y.; Holmgren, M.; Jurman, M.E.; Yellen, G. Neuron 1997, 19, 175-184.
245. Backx, P.H.; Yue, D.T.; Lawrence, J.H.; Marban, E.; Tomaselli, G.F. Science 1992, 257, 248-251.
246. Lü, Q.; Miller, C. Science 1995, 268, 304-307.
247. Kasianowicz, J.J.; Burden, D.L.; Han, L.C.; Cheley, S.; Bayley, H. Biophys. J. 1999, 76, 887-845.
248. Bayley, H.; Braha, O.; Gu, L.-Q. Adv. Mater. 2000, 12, 139-142.
249. Bayley, H.; Martin, C.R. Chem. Rev. 2000, 100, 2575-2594.
250. Arnold, F.H. Bio/Technology 1991, 9, 151-156.
251. Methods: A Companion to Methods in Enzymology; Arnold, F.H., Ed.; 1992; Vol. 4, pp 1-103.
252. Arnold, F.H.; Haymore, B.L. Science 1991, 252, 1796-1797.
253. Haymore, B.L.; Bild, G.,S.; Salsgiver, W.J.; Staten, N.R.; Krivi, G.G. Methods 1992, 4, 25-40.
254. Smith, M.C. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1991, 646, 315-321.
255. Walker, B.; Kasianowicz, J.; Krishnasastry, M.; Bayley, H. Protein Eng. 1994, 7, 655-662.
256. Bayley, H. Bioorg. Chem. 1995, 23, 340-354.
257. Walker, B.; Braha, O.; Cheley, S.; Bayley, H. Chem. Biol. 1995, 2, 99-105.
258. Russo, M.J.; Bayley, H.; Toner, M. Nat. Biotechnol. 1997, 15, 278-282.
259. Voss, J.; Hubbell, W.L.; Kaback, H.R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 12300-12303.
260. Sousa, C.; Cebolla, A.; de Lorenzo, V. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1017-1020.
261. Kotrba, P.; Doleckova, L.; De Lorenzo, V.; Ruml, T. Appl. Environ. Microbiol. 1999, 65, 1092-1098.
262. Cruz, N.; Le Borgne, S.; Hernandez-Chavez, G.; Gosset, G.; Valle, F.; Bolivar, F. Biotechnol. Lett. 2000, 22, 623-629.
263. Ill, C.R.; Keivens, V.M.; Hale, J.E.; Nakamura, K.K.; Jue, R.A.; Cheng, S.; Melcher, E.D.; Drake, B.; Smith, M.C. Biophys. J. 1993, 64, 919-924.
264. Vénien-Bryan, C.; Balavoine, F.; Toussaint, B.; Mioskowski, C.; Hewat, E.A.; Helme, B.; Vignais, P.M. J. Mol. Biol. 1997, 274, 687-692.
265. Frey, W.; Schief, W.R., Jr.; Pack, D.W.; Chen, C.-T.; Chilkoti, A.; Stayton, P.; Vogel, V.; Arnold, F.H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4937-4941.
266. Noji, H.; Yasuda, R.; Yoshida, M.; Kinosita, K., Jr. Nature 1997, 386, 299-302.
267. Gershon, P.D.; Khilko, S. J. Immunol. Methods 1995, 183, 65-76.
268. Sigal, G.B.; Bamdad, C.; Barberis, A.; Strominger, J.; White-sides, G.M. Anal. Chem. 1996, 68, 490-497.
269. Nieba, L.; Nieba-Axmann, S.E.; Persson, A.; Hamalainen, M.; Edebratt, F.; Hansson, A.; Lidholm, J.; Magnusson, K.; Karlsson, A.F.; Pluckthun, A. Ana Biochem. 1997, 252, 217-228.
270. Voss, J.; Salwinski, L.; Kaback, H.R.; Hubbell, W.L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 12295-12299.
271. Umana, P.; Kellis, J.T., Jr.; Arnold, F.H. ACS Symp. Ser. 1993, 516, 102-108.
272. Kellis, J.T., Jr.; Todd, R.J.; Arnold, F.H. Bio/Technology 1991, 9, 994-995.
273. Suh, S.S.; Haymore, B.L.; Arnold, F.H. Protein Eng. 1991, 4, 301-305.
274. Todd, R.J.; Van Dam, M.E.; Casimiro, D.; Haymore, B.L.; Arnold, F.H. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1991, 10, 156-161.
275. Kuroki, R.; Taniyama, Y.; Seko, C.; Nakamura, H.; Kikuchi, M.; Ikehara, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 6903-6907.
276. Kuroki, R.; Kawakita, S.; Nakamura, H.; Yutani, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 6803-6807.
277. Inaka, K.; Kuroki, R.; Kikuchi, M.; Matsushima, M. J. Biol. Chem. 1991, 266, 20666-20671.
278. Koshiba, T.; Tsumoto, K.; Masaki, K.; Kawano, K.; Nitta, K.; Kumagai, I. Protein Eng. 1998, 11, 683-690.
279. Kuroki, R.; Yutani, K. J. Biol. Chem. 1998, 273, 34310-34315.
280. Kuroki, R.; Nitta, K.; Yutani, K. J. Biol. Chem. 1992, 267, 24297-24301.
281. Romoser, V.A.; Hinkle, P.M.; Persechini, A. J. Biol. Chem. 1997, 272, 13270-13274.
282. Miyawaki, A.; Llopis, J.; Helm, R.; McCaffery, J.M.; Adams, J.A.; Ikura, M.; Tsien, R.Y. Nature 1997, 388, 882-887.
283. Miyawaki, A.; Griesbeck, O.; Heim, R.; Tsien, R.Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2135-2140.
284. Allen, G.J.; Kwak, J.M.; Chu, S.P.; Llopis, J.; Tsien, R.Y.; Harper, J.F.; Schroeder, J.I. Plant J. 1999, 19, 735-747.
285. Norregaard, L.; Visiers, I.; Loland, C.J.; Ballesteros, J.; Weinstein, H.; Gerber, U. Biochemistry 2000, 39, 15836-15846.
286. Jung, K.; Voss, J.; He, M.; Hubbell, W.L.; Kaback, H.R. Biochemistry 1995, 34, 6272-6277.
287. He, M.M.; Voss, J.; Hubbell, W.L.; Kaback, H.R. Biochemistry 1995, 34, 15667-15670.
288. He, M.M.; Voss, J.; Hubbell, W.L.; Kaback, H.R. Biochemistry 1995, 34, 15661-15666.
289. Voss, J.; Hubbell, W.L.; Kaback, H.R. Biochemistry 1998, 37, 211-216.
290. Thirstrup, K.; Elling, C.E.; Hjorth, S.A.; Schwartz, T.W. J. Biol. Chem. 1996, 271, 7875-7878.
291. Sheikh, S.P.; Zvyaga, T.A.; Lichtarge, O.; Sakmar, T.P.; Bourne, H.R. Nature 1996, 383, 347-350.
292. Sheikh, S.P.; Vilardarga, J.-P.; Baranski, T.J.; Lichtarge, O.; Iiri, T.; Meng, E.C.; Nissenson, R.A.; Bourne, H.R. J. Biol. Chem. 1999, 274, 17033-17041.
293. Elling, C.E.; Moeller Nielsen, S.; Schwartz, T.W. Nature 1995, 374, 74-77.
294. Elling, C.E.; Schwartz, T.W. EMRO J. 1996, 15, 6213-6219.
295. Elling, C.E.; Thirstrup, K.; Nielsen, S.M.; Hjorth, S.A.; Schwartz, T.W. Folding Des. 1997, 2, S76-S80.
296. Holst, B.; Elling, C.E.; Schwartz, T.W. Mol. Pharm. 2000, 58, 263-270.
297. Elling, C.E.; Thirstrup, K.; Holst, B.; Schwartz, T.W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 12322-12327.
298. Jensen, K.K.; Martini, L.; Schwartz, T.W. Biochemistry 2001, 40, 938-945.
299. Matthews, D.J.; Wells, J.A. Chem. Biol. 1994, 1, 25-30.
300. Browner, M.F.; Hockos, D.; Fletterick, R. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 327-333.
301. Muheim, A.; Todd, R.J.; Casimiro, D.R.; Gray, H.B.; Arnold, F.H. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5312-5313.
302. Wray, J.W.; Baase, W.A.; Ostheimer, G.J.; Zhang, X.J.; Matthews, B.W. Protein Eng. 2000, 13, 313-321.
303. Lu, Y.; Casimiro, D.R.; Bren, K.L.; Richards, J.H.; Gray, H.B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 11456-11459.
304. Higaki, J.N.; Fletterick, R.J.; Craik, C.S. Trends Biochem. Sci. 1992, 17, 100-104.
305. Higaki, J.N.; Haymore, B.L.; Chen, S.; Fletterick, R.J.; Craik, C.S. Biochemistry 1990, 29, 8582-8586.
306. McGrath, M.E.; Haymore, B.L.; Summers, N.L.; Craik, C.S.; Fletterick, R.J. Biochemistry 1993, 32, 1914-1919.
307. Tanaka, T.; Kikuchi, Y.; Matsuzawa, H.; Ohta, T. Biosci., Biotechnol, Biochem. 2000, 64, 2008-2011.
308. Willett, W.S.; Gillmor, S.A.; Perona, J.J.; Fletterick, R.J.; Craik, C.S. Biochemistry 1995, 34, 2172-2180.
309. Willett, W.S.; Brinen, L.S.; Fletterick, R.J.; Craik, C.S. Biochemistry 1996, 35, 5992-5998.
310. Brinen, L.S.; Willett, W.S.; Craik, C.S.; Fletterick, R.J. Biochemistry 1996, 35, 5999-6009.
311. Briand, L.; Chobert, J.M.; Tauzin, J.; Declerck, N.; Leonil, J.; Molle, D.; Tran, V.; Haertle, T. Protein Eng. 1997, 10, 551-560.
312. Braha, O.; Walker, B.; Cheley, S.; Kasianowicz, J.J.; Song, L.; Gouaux, J.E.; Bayley, H. Chem. Biol. 1997, 4, 497-505.
313. Braha, O.; Gu, L.-Q.; Zhou, L.; Lu, X.; Cheley, S.; Bayley, H. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1005-1007.
314. Vita, C.; Roumestand, C.; Tom, F.; Menez, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 6404-6408.
315. Pierret, B.; Virelizier, H.; Vita, C. Int. J. Pept. Protein Res. 1995, 46, 471-479.
316. Drakopoulou, E.; Zinn-Justin, S.; Guenneugues, M.; Leon, C.; Segalas, I.; Gilquin, B.; Menez, A.; Vita, C. Perspect. Protein Eng. '96, [Int. Conf.], 5th 1996, 18.
317. Welinder, K.G. Curr. Opin. Struct. Biol. 1992, 2, 388-393.
318. Sundaramoorthy, M.; Kishi, K.; Gold, M.H.; Poulos, T.L. J. Biol. Chem. 1994, 269, 32759-32767.
319. Gold, M.H.; Wariishi, H.; Valli, K. ACS Symp. Ser. 1989, 389, 127-140.
320. Cai, D.; Tien, M. J. Biotechnol. 1993, 30, 79-90.
321. Kishi, K.; Kusters-van Someren, M.; Mayfield, M.B.; Sun, J.; Loehr, T.M.; Gold, M.H. Biochemistry 1996, 35, 8986-8994.
322. Sundaramoorthy, M.; Kishi, K.; Gold, M.H.; Poulos, T.L. J. Biol. Chem. 1997, 272, 17574-17580.
323. Whitwam, R.E.; Brown, K.R.; Musick, M.; Natan, M.J.; Tien, M. Biochemistry 1997, 36, 9766-9773.
324. Yeung, B.K.; Wang, X.; Sigman, J.A.; Petillo, P.A.; Lu, Y. Chem. Biol. 1997, 4, 215-221.
325. Wang, X.; Lu, Y. Biochemistry 1999, 38, 9146-9157.
326. Gengenbach, A.; Syn, S.; Wang, X.; Lu, Y. Biochemistry 1999, 38, 11425-11432.
327. Wilcox, S.K.; Putnam, C.D.; Sastry, M.; Blankenship, J.; Chazin, W.J.; McRee, D.E.; Goodin, D.B. Biochemistry 1998, 37, 16853-16862.
328. Gengenbach, A.; Wang, X.; Lu, Y. In Fundamentals and Catalysis of Oxidative Delignification Processes; Argyropoulos, D.S., Ed.; American Chemical Society: Washington, DC, 2001; Vol. 785, pp 487-500.
329. Poulos, T.L.; Fenna, R.E. In Metalloenzymes Involving Amino Acid-Residue and Related Radicals; Sigel,H., Sigel,A., Eds.; Marcel Dekker: New York, 1994; Vol. 30, pp 25-75.
330. Dunford, H.B. Heme Peroxidases; Wiley-VCH: New York, 1999.
331. Sivaraja, M.; Goodin, D.B.; Smith, M.; Hoffman, B.M. Science 1989, 245, 738-740.
332. Patterson, W.R.; Poulos, T.L. Biochemistry 1995, 34, 4331-4341.
333. Patterson, W.R.; Poulos, T.L.; Goodin, D.B. Biochemistry 1995, 34, 4342-4345.
334. Miller, M.A.; Hah, G.W.; Kraut, J. Proc. Natl. Acad. Sci.U.S.A. 1994, 91, 11118-11122.
335. Fitzgerald, M.M.; Churchill, M.J.; McRee, D.E.; Goodin, D.B. Biochemistry 1994, 33, 3807-3818.
336. Bonagura, C.A.; Sundaramoorthy, M.; Pappa, H.; Patterson, W.R.; Poulos, T.L. Biochemistry 1996, 35, 6107-6115.
337. Jensen, G.M.; Bunte, S.W.; Warshel, A.; Goodin, D.B.J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8221-8228.
338. Bonagura, C.A.; Sundaramoorthy, M.; Bhaskar, B.; Poulos, T.L. Biochemistry 1999, 38, 5538-5545.
339. Bonagura, C.A.; Bhaskar, B.; Sundaramoorthy, M.; Poulos, T.L. J. Biol. Chem. 1999, 274, 37827-37833.
340. Perrier, V.; Burlacu-Miron, S.; Bourgeois, S.; Surewicz, W.K.; Gilles, A.-M. J. Biol. Chem. 1998, 273, 19097-19101.
341. Burlacu-Miron, S.; Perrier, V.; Gilles, A.-M.; Pistotnik, E.; Craescu, C.T. J. Biol. Chem. 1998, 273, 19102-19107.
342. Müller, H.N.; Skerra, A. Biochemistry 1994, 33, 14126-14135.
343. Hedstrom, L. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 608-611.
344. Russel, R.B. Protein Eng. 1994, 7, 1407-1410.
345. Thornton, J.M.; Sibanda, B.L.; Edwards, M.S.; Bariow, D.J. BioEssays 1988, 8, 63-69.
346. Hynes, T.R.; Kautz, R.A.; Goodman, M.A.; Gill, J.F.; Fox, R.O. Nature 1989, 339, 73-76.
347. Wallace, C.J.A. J. Biol. Chem. 1987, 262, 16767-16770.
348. Kuipers, O.P.; Thunnissen, M.M.G.M.; De Geus, P.; Dijkstra, B.W.; Drenth, J.; Verheij, H.M.; De Haas, G.H. Science 1989, 244, 82-85.
349. Hedstrom, L.; Szilagyi, L.; Rutter, W.J. Science 1992, 255, 1249-1253.
350. El Hawrani, A.S.; Moreton, K.M.; Sessions, R.B.; Clarke, A.R.; Holbrook, J.J. Trends Biotechnol. 1994, 12, 207-211.
351. Regan, L. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 494-499.
352. Toma, S.; Campagnoli, S.; Margarit, I.; Gianna, R.; Grandi, G.; Bolognesi, M.; De Filippis, V.; Fontana, A. Biochemistry 1991, 30, 97-106.
353. Braxton, S.; Wells, J.A. Biochemistry 1992, 31, 7796-7801.
354. Halfon, S.; Craik, C.S. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1227-1228.
355. van der Oost, J.; Lappalainen, P.; Musacchio, A.; Warne, A.; Lemieux, L.; Rumbley, J.; Gennis, R.B.; Aasa, R.; Pascher, T.; Malmström, B.G.; Saraste, M. EMBO J. 1992, 11, 3209-3217.
356. Wilmanns, M.; Lappalainen, P.; Kelly, M.; Sauer-Eriksson, E.; Saraste, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 11955-11959.
357. Kelly, M.; Lappalainen, P.; Talbo, G.; Haltia, T.; van der Oost, J.; Saraste, M. J. Biol. Chem. 1993, 268, 16781-16787.
358. Steffens, G.J.; Buse, G. Hoppe-Seyler's Z. Physiol. Chem. 1979, 360, 613-619.
359. Dennison, C.; Vijgenboom, E.; de Vries, S.; van der Oost, J.; Canters, G.W. FEBS Lett. 1995, 365, 92-94.
360. Hay, M.; Richards, J.H.; Lu, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 461-464.
361. Dennison, C.; Vijgenboom, E.; Hagen, W.R.; Canters, G.W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7406-7407.
362. Zickermann, V.; Wittershagen, A.; Kolbesen, B.O.; Ludwig, B. Biochemistry 1997, 36, 3232-3236.
363. Robinson, H.; Ang, M.C.; Gao, Y.-G.; Hay, M.T.; Lu, Y.; Wang, A.H. J. Biochemistry 1999, 38, 5677-5683.
364. Farver, O.; Lu, Y.; Ang, M.C.; Pecht, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 899-902.
365. Roberts, V.A.; Iverson, B.L.; Iverson, S.A.; Benkovic, S.J.; Lerner, R.A.; Getzoff, E.D.; Tainer, J.A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 6654-6658.
366. Iverson, B.L.; Iverson, S.A.; Roberts, V.A.; Getzoff, E.D.; Tainer, J.A.; Benkovic, S.J.; Lerner, R.A. Science 1990, 249, 659-662.
367. Wade, W.S.; Koh, J.S.; Han, N.; Hoekstra, D.M.; Lerner, R.A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 4449-4456.
368. Stewart, J.D.; Roberts, V.A.; Crowder, M.W.; Getzoff, E.D.; Benkovic, S.J. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 415-416.
369. Roberts, V.A.; Getzeff, E.D. FASEB J. 1995, 9, 94-100.
370. Crowder, M.W.; Stewart, J.D.; Roberts, V.A.; Bender, C.J.; Tevelrakh, E.; Peisach, J.; Getzoff, E.D.; Gaffney, B.J.; Benkovic, S.J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5627-5634.
371. Babcock, G.T.; Wikström, M. Nature 1992, 356, 301-309.
372. Ferguson-Miller, S.; Babcock, G.T. Chem. Rev. 1996, 96, 2889-2907.
373. Shaw, R.W.; Hansen, R.E.; Beinert, H. J. Biol. Chem. 1978, 253, 6637-6640.
374. Brudvig, G.W.; Morse, R.H.; Chan, S.I. J. Magn. Reson. 1986, 67, 189-201.
375. Salerno, J.C.; Bolgiano, B.; Poole, R.K.; Gennis, R.B.; Ingledew, W.J. J. Biol. Chem. 1990, 265, 4364-4368.
376. Watmough, N.J.; Cheesman, M.R.; Gennis, R.B.; Greenwood, C.; Thomson, A.J. FEBS Lett. 1993, 319, 151-154.
377. Day, E.P.; Peterson, J.; Sendova, M.S.; Schoonover, J.; Palmer, G. Biochemistry 1993, 32, 7855-7860.
378. Sigman, J.A.; Kwok, B.C.; Gengenbach, A.; Lu, Y. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8949-8950.
379. Sigman, J.A.; Kwok, B.C.; Lu, Y. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8192-8196.
380. Richmond, T.A.; Takahashi, T.T.; Shimkhada, R.; Bernsdorf, J. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 268, 462-465.
381. Petrounia, I.P.; Arnold, F.H. Curr. Opin. Biotechnol. 2000, 11, 325-330.
382. Tobin, M.B.; Gustafsson, C.; Huisman, G.W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 421-427.
383. Kolkman, J.A.; Stemmer, W.P.C. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 423-428.
384. Stemmer, W.P.C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 10747-10751.
385. Zhao, H.; Arnold, F.H. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 480-485.
386. Olsen, M.; Iverson, B.; Georgiou, G. Curr. Opin. Biotechnol. 2000, 11, 331-337.
387. Smith, G.P. Science 1985, 228, 1315-1317.
388. Smith, G.P.; Petrenko, V.A. Chem. Rev. 1997, 97, 391-410.
389. O'Neil, K.; Hoess, R.H. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 443-449.
390. Boder, E.T.; Wittrup, K.D. Methods Enzymol. 2000, 328, 430-444.
391. Roberts, R.W.; Szostak, J.W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 12297-12302.
392. Hanes, J.; Pluckthun, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4937-4942.
393. Pedersen, H.; Holder, S.; Sutherlin, D.P.; Schwitter, U.; King, D.S.; Schultz, P.G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 10523-10528.
394. Ostermeier, M.; Nixon, A.E.; Shim, J.H.; Benkovic, S.J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3562-3567.
395. Lerner, R.A.; Benkovic, S.J.; Schultz, P.G. Science 1991, 252, 659-667.
396. Schultz, P.G.; Lerner, R.A. Science 1995, 269, 1835-1842.
397. Chen, R. Trends Biotechnol. 2001, 19, 13-14.
398. Rebar, E.J.; Pabo, C.O. Science 1994, 263, 671-673.
399. Choo, Y.; King, A. Proc. Natl. Aced. Sci. U.S.A. 1994, 91, 11163-11167.
400. Choo, Y.; Klug, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 11168-11172.
401. Jamieson, A.C.; Kim, S.-H.; Wells, J.A. Biochemistry 1994, 33, 3, 5689-5695.
402. Wu, H.; yang, W.-P.; Barbas, C.F., III Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 344-348.
403. Jamieson, A.C.; Wang, H.; Kim, S.-H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 12834-12839.
404. Segal, D.J.; Barbas, C.F., III Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 34-39.
405. Wolfe, S.A.; Nekludova, L.; Pabo, C.O. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct 2000, 29, 183-212.
406. Greisman, H.A.; Pabo, C.O. Science 1997, 275, 657-661.
407. Segal, D.J.; Dreier, B.; Beerli, R.R.; Barbas, C.F., III Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2758-2763.
408. Choo, Y.; Sanchez-Garcia, I.; Klug, A. Nature 1994, 372, 642-645.
409. Hunt, J.A.; Fierke, C.A. J. Biol. Chem. 1997, 272, 20364-20372.
410. Schwabacher, A.W.; Weinhouse, M.I.; Auditor, M.T.M.; Lerner, R.A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 2344-2346.
411. Keinan, E.; Sinha, S.C.; Sinha-Bagchi, A.; Benory, E.; Ghozi, M.C.; Eshhar, Z.; Green, B.S. Pure Appl. Chem. 1990, 62, 2013-2019.
412. Harada, A.; Okamoto, K.; Kamachi, M.; Honda, T.; Miwatani, T. Chem. Lett. 1990, 917-918.
413. Uda, T.; Okawa, Y.; Umenobu, T.; Hifumi, E.; Ogino, K. Chem. Lett. 1993, 1923-1926.
414. Cochran, A.G.; Schultz, P.G. Science 1990, 249, 781-783.
415. Harada, A.; Yamaguchi, H.; Okamoto, K.; Fukushima, H.; Shiotsuki, K.; Kamachi, M. Photochem. Photobiol. 1999, 70, 298-302.
416. Yamaguchi, H.; Kamachi, M.; Harada, A. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 3829-3831.
417. Cochran, A.G.; Schultz, P.G. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9414-9415.
418. Imanaka, T.; Takagi, M. ACS Symp. Ser. 1995, 604, 138-143.
419. Takagi, M.; Kohda, K.; Hamuro, T.; Harada, A.; Yamaguchi, H.; Kamachi, M.; Imanaka, T. FEBS Lett. 1995, 375, 273-276.
420. Kohda, K.; Kakehi, M.; Ohtsuji, Y.; Tagaki, M.; Imanaka, T. FEBS Lett. 1997, 407, 280-284.
421. Harada, A.; Fukushima, H.; Shiotsuki, K.; Yamaguchi, H.; Oka, F.; Kamachi, M. Inorg. Chem. 1997, 36, 6099-6102.
422. Kawamura-Konishi, Y.; Asano, A.; Yamazaki, M.; Tashiro, H.; Suzuki, H. J. Mol. Catal. B: Enzymol. 1998, 4, 181-190.
423. de Lauzon, S.; Desfosses, B.; Mansuy, D.; Mahy, J.-P. FEBS Lett. 1999, 443, 229-234.
424. Liu, X.; Chen, S.; Feng, Y.; Gao, G.; Yang, T. Ann, N.Y. Acad. Sci. 1998, 864, 273-275.
425. Nimri, S.; Keinan, E. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8978-8982.
426. Ohkubo, K.; Ishida, H.; Sagawa, T.; Urabe, K.; Seri, K.; Suga, M. Chem. Lett. 1993, 61-64.
427. Harada, A.; Okamoto, K.; Kamachi, M. Chem. Lett. 1991, 953-956.
428. Keinan, E.; Benory, E.; Sinha, S.C.; Sinha-Bagchi, A.; Eren, D.; Eshhar, Z.; Green, B.S. Inorg. Chem. 1992, 31, 5433-5438.
429. Kawamura-Konishi, Y.; Neya, S.; Funasaki, N.; Suzuki, H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1996, 225, 537-544.
430. Kawamura-Konishi, Y.; Hosomi, N.; Neya, S.; Sugano, S.; Funasaki, N.; Suzuki, H. J. Biochem. 1996, 119, 857-862.
431. Stevens, R.C.; Hsieh-Wilson, L.C.; Santarsiero, B.D.; Wedemayer, G.J.; Spiller, B.; Wang, L.H.; Barnes, D.; Ulrich, H.D.; Patten, P.A.; Remesberg, F.E.; Schultz, P.G. Isr. J. Chem. 1996, 36, 121-132.
432. Blackwood, M.E., Jr.; Rush, T.S., III.; Romesberg, F.; Schultz, P.G.; Spiro, T.G. Biochemistry 1998, 37, 779-782.
433. De Lauzon, S.; Quilez, R.; Lion, L.; Desfosses, B.; Desfosses, B.; Lee, I.; Sari, M.-A.; Benkovic, S.J.; Mansuy, D.; Mahy, J.-P. Eur. J. Biochem. 1998, 257, 121-130.
434. Romesberg, F.E.; Santarsiero, B.D.; Spiller, B.; Yin, J.; Barnes, D.; Schultz, P.G.; Stevens, R.C. Biochemistry 1998, 37, 14404-14409.
435. Wan, L.; Twitchett, M.B.; Eltis, L.D.; Mauk, A.G.; Smith, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 12825-12831.
436. Joe, H.; Lin, Z.; Arnold, F.H. Nature 1999, 399, 670-673.
437. Joe, H.; Arisawa, A.; Lin, Z.; Arnold, F.H. Chem. Biol. 1999, 6, 699-706.
438. Bertini, I.; Gray, H.B.; Lippard, S.J.; Valentine, J.S. Bioinorganic Chemistry; University Science Books: Sausalito, CA, 1994.
439. Lippard, S.J.; Berg, J.M. Principles of Bioinorganic Chemistry; University Science Books: Mill Valley, CA, 1994.
440. Cowan, J.A. Inorganic Biochemistry, an Introduction; VCH: New York, 1993.
441. Kast, P.; Hilvert, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 470-479.