A morphospace for synthetic organs and organoids: the possible and the actual

Integrative Biology (United Kingdom)

Volumn 8, Issue 4, 2016, Pages 485-503

  Ollé Vila, Aina ^a,b   Duran Nebreda, Salva ^a,b   Conde Pueyo, Núria ^a,b   Montañez, Raúl ^a,b   Solé, Ricard ^a,b,c  

^a UNIVERSITAT POMPEU FABRA   (Spain)

^b CSIC   (Spain)

^c SANTA FE INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTIFICIAL ORGAN; COGNITION; CYTOPLASM; ENVIRONMENT; HUMAN; PHYSICAL PHENOMENA; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; SYNTHETIC BIOLOGY; TISSUE ENGINEERING; ANIMAL; CELL LINEAGE; DEVELOPMENTAL BIOLOGY; GENETIC ASSOCIATION STUDY; GENETICS; LUNG; ORGANOGENESIS; PHYSIOLOGY; PROCEDURES; PROMOTER REGION; TISSUE DISTRIBUTION;

DNA;

ANIMALS; CELL LINEAGE; DEVELOPMENTAL BIOLOGY; DNA; GENETIC ASSOCIATION STUDIES; HUMANS; LUNG; ORGANOGENESIS; ORGANOIDS; PROMOTER REGIONS, GENETIC; SYNTHETIC BIOLOGY; TISSUE DISTRIBUTION; TISSUE ENGINEERING;

EID: 85042249402     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5ib00324e     Document Type: Review

References (278)

1. M. Agapakis P. Silver Mol. BioSyst. 2009 5 704 713
2. P. Alberch Geobios 1989 22 21 57
3. P. Anderson Science 1972 177 393 396
4. R. Gallagher T. Appenzeller D. Normile et al. Science 1999 284 79
5. N. Goldenfeld L. P. Kadanoff Science 1999 284 87 89
6. R. Solé and B. Goodwin, Signs of life: how complexity pervades biology, Basic Books, New York, 1st edn, 2000
7. N. Goldenfeld and C. Woese, 2010, arXiv preprint arXiv:1011.4125
8. T. Mora W. Bialek J. Stat. Phys. 2011 144 268 302
9. G. Tkačik O. Marre T. Mora D. Amodei M. J. Berry II W. Bialek J. Stat. Mech.: Theory Exp. 2013 2013 P03011
10. Y. Bar-Yam, Dynamics of complex systems, Addison-Wesley Reading, MA, 1997, vol. 213
11. M. Mitchell, Complexity: A guided tour, Oxford University Press, 2009
12. P. Walde H. Umakoshi P. Stano F. Mavelli Chem. Commun. 2014 50 10177 10197
13. P. Kollmannsberger C. Bidan J. Dunlop P. Fratzl Soft Matter 2011 7 9549 9560
14. E. Méhes T. Vicsek Integr. Biol. 2014 6 831 854
15. C. Detrain J.-L. Deneubourg Phys. Life Rev. 2006 3 162 187
16. I. Couzin Nature 2007 445 715
17. I. D. Couzin Trends Cognit. Sci. 2009 13 36 43
18. T. S. Deisboeck I. D. Couzin BioEssays 2009 31 190 197
19. E. Ben-Jacob Philos. Trans. R. Soc., A 2003 361 1283 1312
20. J. J. Hopfield Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1982 79 2554 2558
21. D. R. Chialvo Nat. Phys. 2010 6 744 750
22. E. Ingber D. W. Mow D. Butler L. Niklason J. Huard J. Mao I. Yannas D. Kaplan G. Vunjak-Novakovic Tissue Eng. 2006 12 3265 3283
23. E. R. Shamir A. J. Ewald Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2014 14 647 664
24. C. Willyard Nature 2015 523 520 522
25. R. Beckers, O. Holland and J.-L. Deneubourg, Artificial life IV, 1994, p. 189
26. M. Dorigo and T. Stützle, Ant Colony Optimization, MIT press, 2004
27. S. F. Gilbert S. Sarkar Dev. Dyn. 2000 219 1 9
28. B. C. Goodwin, How the leopard changed its spots: The evolution of complexity, Princeton University Press, 1994
29. B. Goodwin L. Trainor J. Theor. Biol. 1985 117 79 106
30. F. W. Cummings J. Theor. Biol. 1996 178 229 238
31. F. W. Cummings J. Theor. Biol. 2000 207 107 116
32. J. Jaeger D. Irons N. Monk Development 2008 135 3175 3183
33. F. Jacob Science 1977 196 1161 1166
34. R. V. Solé R. Ferrer-Cancho J. M. Montoya S. Valverde Complexity 2002 8 20 33
35. R. V. Solé S. Valverde Trends Ecol. Evol. 2006 21 419 422
36. C. Rodriguez-Caso M. A. Medina R. V. Solé FEBS J. 2005 272 6423 6434
37. S. C. Morris, Life's solution: inevitable humans in a lonely universe, Cambridge University Press, 2003
38. S. Hayakawa Y. Takaku J. S. Hwang T. Horiguchi H. Suga W. Gehring K. Ikeo T. Gojobori PLoS One 2015 10 e0118415
39. G. S. Gavelis S. Hayakawa R. A. White III T. Gojobori C. A. Suttle P. J. Keeling B. S. Leander Nature 2015 204 208 10.1038/nature1459
40. M. Eiraku N. Takata H. Ishibashi M. Kawada E. Sakakura S. Okuda K. Sekiguchi T. Adachi Y. Sasai Nature 2011 472 51 56
41. M. Eiraku T. Adachi Y. Sasai BioEssays 2012 34 17 25
42. T. Nakano S. Ando N. Takata M. Kawada K. Muguruma K. Sekiguchi K. Saito S. Yonemura M. Eiraku Y. Sasai Cell Stem Cell 2012 10 771 785
43. T. R. Gregory Evolution: Education and Outreach 2008 1 358 389
44. Y. Sasai Sci. Am. 2012 307 44 49
45. D. M. Raup A. Michelson Science 1965 147 1294 1295
46. D. M. Raup J. Paleontol. 1966 1178 1190
47. G. R. McGhee, Theoretical morphology: the concept and its applications, Columbia University Press, 1999
48. G. R. McGhee, The geometry of evolution: adaptive landscapes and theoretical morphospaces, Cambridge University Press, 2006
49. O. Shoval H. Sheftel G. Shinar Y. Hart O. Ramote A. Mayo E. Dekel K. Kavanagh U. Alon Science 2012 336 1157 1160
50. B. Corominas-Murtra J. Goñi R. V. Solé C. Rodrguez-Caso Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 13316 13321
51. B. Esteve-Altava D. Rasskin-Gutman C. R. Palevol 2014 13 41 50
52. A. Avena-Koenigsberger J. Goñi R. Solé O. Sporns J. R. Soc., Interface 2015 12 20140881
53. R. V. Solé and S. Valverde, Complex networks, Springer, 2004, pp. 189-207
54. C. J. Bashor A. A. Horwitz S. G. Peisajovich W. A. Lim Annu. Rev. Biophys. 2010 39 515
55. E. P. Widmaier, Vander's Human Physiology: The Mechanisms of Body Function., McGraw-Hill Higher Education, New York, 13th edn, 2014
56. X. Ouyang J. Chen Chem. Biol. 2010 17 590 606
57. W. Bacchus D. Aubel M. Fussenegger Mol. Syst. Biol. 2013 9 691
58. F. Lienert J. Lohmuller A. Garg P. Silver Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2014 15 95 107
59. Z. Kis S. Pereira T. Homma M. Pedigri R. Krams Interface 2015 12 20141000
60. M. Wieland M. Fussenegger Annu. Rev. Chem. Biomol. Eng. 2012 3 209 234
61. Y. Wang K. Wei C. Smolke Annu. Rev. Chem. Biomol. Eng. 2013 4 69 192
62. A. Keefe S. Pai A. Ellington Nat. Rev. Drug Discovery 2010 9 537 550
63. E. Mendenhall K. Williamson D. Reyon J. Zou O. Ram J. Joung B. Bernstein Nat. Biotechnol. 2013 31 1133 1136
64. S. Konermann M. Brigham A. Trevino P. Hsu M. Heidenreich L. Cong R. Platt D. Scott G. Church F. Zhang Nature 2013 22 472 476
65. A. Keung J. Joung A. Khalil J. Collins Nat. Rev. Genet. 2015 16 159 171
66. M. L. de Groote P. J. Verschure M. G. Rots Nucleic Acids Res. 2012 40 10596 10613
67. S. Culler K. Hoff C. Smolke Science 2010 330 1251 1255
68. S. Auslander D. Auslander M. Muller M. Wieland M. Fussenegger Nature 2012 487 123 127
69. Y. Li Y. Jiang H. Chen W. Liao Z. Li R. Weiss Z. Xie Nat. Chem. Biol. 2015 11 207 213
70. B. Kramer A. Viretta M. Daoud-El-Baba D. Aubel W. Weber M. Fussenegger Nat. Biotechnol. 2004 22 867 870
71. D. Greber M. El-Baba M. Fussenegger Nucleic Acids Res. 2008 36 e101
72. D. Greber M. Fussenegger Nucleic Acids Res. 2010 38 e174
73. M. Tigges T. Marquez-Lago J. Stelling M. Fussenegger Nature 2009 457 309 312
74. W. Weber J. Stelling M. Rimann B. Keller M. Daoud-El Baba C. Weber D. Aubel M. Fussenegger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2643 2648
75. D. Burrill M. Inniss P. Boyle P. Silver Genes Dev. 2012 26 1486 1497
76. S. Regot J. Macia N. Conde K. Furukawa J. Kjellén T. Peeters S. Hohmann E. Nadal F. Posas R. Solé Nature 2011 469 207 211
77. Y. Benenson Nanotechnology 2011 6 465 467
78. R. Daniel J. Rubens R. Sarpeshkar L. TK Nature 2013 497 619 623
79. M. Win C. Smolke Science 2008 322 456 460
80. P. D. Hsu D. A. Scott J. A. Weinstein F. A. Ran S. Konermann V. Agarwala Y. Li E. J. Fine X. Wu O. Shalem et al. Nat. Biotechnol. 2013 31 827 832
81. V. Pattanayak S. Lin J. P. Guilinger E. Ma J. A. Doudna D. R. Liu Nat. Biotechnol. 2013 31 839 843
82. M. Bibikova K. Beumer J. Trautman D. Carroll Science 2003 300 764
83. M. Porteus D. Baltimore Science 2003 300 763
84. M. Christian T. Cermak E. L. Doyle C. Schmidt F. Zhang A. Hummel A. J. Bogdanove D. F. Voytas Genetics 2010 186 757 761
85. J. Doudna E. Charpentier Science 2014 346 1258096
86. P. Mali K. M. Esvelt G. M. Church Nat. Methods 2013 10 957 963
87. Y. Fu J. Foden C. Khayter M. Maeder D. Reyon J. Joung J. Sander Nat. Biotechnol. 2013 31 822 826
88. J. P. Guilinger V. Pattanayak D. Reyon S. Q. Tsai J. D. Sander J. K. Joung D. R. Liu Nat. Methods 2014 11 429
89. R. Gabriel A. Lombardo A. Arens J. C. Miller P. Genovese C. Kaeppel A. Nowrouzi C. C. Bartholomae J. Wang G. Friedman et al. Nat. Biotechnol. 2011 29 816 823
90. C. Kuscu S. Arslan R. Singh J. Thorpe M. Adli Nat. Biotechnol. 2014 32 677 683
91. N. Kouprina W. Earnshaw H. Masumoto V. Larionov Cell. Mol. Life Sci. 2013 70 1135 1148
92. M. Maeder J. Angstman M. Richardson S. Linder V. Cascio S. Tsai Q. Ho J. Sander D. Reyon B. Bernstein J. Costello M. Wilkinson J. Joung Nat. Biotechnol. 2013 31 1137 1142
93. P. Thakore A. D'Ippolito L. Song A. Safi N. Shivakumar A. Kabadi T. Reddy G. Crawford C. Gersbach Nat. Methods 2015 12 1143 1149
94. D. Holoch D. Moazed Nat. Rev. Genet. 2015 16 71 84
95. A. Khalil T. Lu C. Bashor C. Ramirez N. Pyenson J. Joung J. Collins Cell 2012 150 647 658
96. M. L. Maeder S. J. Linder D. Reyon J. F. Angstman Y. Fu J. D. Sander J. K. Joung Nat. Methods 2013 10 243 245
97. F. Zhang L. Cong S. Lodato S. Kosuri G. M. Church P. Arlotta Nat. Biotechnol. 2011 29 149 153
98. R. R. Beerli B. Dreier C. F. Barbas Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 1495 1500
99. E. J. Olson J. J. Tabor Nat. Chem. Biol. 2014 10 502 511
100. F. J. Isaacs J. J. Collins Nat. Biotechnol. 2005 23 306 307
101. T. S. Bayer C. D. Smolke Nat. Biotechnol. 2005 23 337 343
102. A. Serganov D. J. Patel Nat. Rev. Genet. 2007 8 776 790
103. J. Liang R. Bloom C. Smolke Mol. Cell 2011 43 915 926
104. A. Reinke R. Grant A. Keating J. Am. Chem. Soc. 2010 132 6025 6031
105. G. Kapp S. Liu A. Stein D. Wong A. Reményi B. Yeh J. Fraser J. Taunton W. Lim T. Kortemme Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 5277 5282
106. W. Lim Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010 11 393 403
107. G. Struhl A. Adachi Cell 1998 93 649 660
108. G. Barnea W. Strapps G. Herrada Y. Berman J. Ong B. Kloss R. Axel K. Lee Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 64 69
109. S. Dong S. Rogan B. Roth Nat. Protoc. 2010 5 561 573
110. H. Mootz E. Blum A. Tyszkiewicz T. Muir J. Am. Chem. Soc. 2003 125 10561 10569
111. L. Berrade Y. Kwon J. Camarero ChemBioChem 2010 11 1368 1372
112. D. Selgrade J. Lohmueller F. Lienert P. Silver J. Am. Chem. Soc. 2013 135 7713 7719
113. S. Wend H. Wagner K. Müller M. Zurbriggen W. Weber G. Radziwill ACS Synth. Biol. 2014 3 280 285
114. V. Mironov R. P. Visconti V. Kasyanov G. Forgacs C. J. Drake R. R. Markwald Biomaterials 2009 30 2164 2174
115. C. Evans Adv. Drug Delivery Rev. 2012 64 1331 1340
116. A. Shamloo N. Mohammadaliha M. Mohseni J. Biotechnol. 2015 212 71 89
117. A. C. Luca S. Mersch R. Deenen S. Schmidt I. Messner K.-L. Schäfer S. E. Baldus W. Huckenbeck R. P. Piekorz W. T. Knoefel et al. PLoS One 2013 8 e59689
118. C. P. Soares V. Midlej M. E. W. de Oliveira M. Benchimol M. L. Costa C. Mermelstein PLoS One 2012 7 e38147
119. K. M. Hakkinen J. S. Harunaga A. D. Doyle K. M. Yamada Tissue Eng., Part A 2010 17 713 724
120. D.-H. Kim P. P. Provenzano C. L. Smith A. Levchenko J. Cell Biol. 2012 197 351 360
121. J. Visser F. P. Melchels J. E. Jeon E. M. van Bussel L. S. Kimpton H. M. Byrne W. J. Dhert P. D. Dalton D. W. Hutmacher J. Malda Nat. Commun. 2015 6 6933
122. H. G. Sundararaghavan R. L. Saunders D. A. Hammer J. A. Burdick Biotechnol. Bioeng. 2013 110 1249 1254
123. L. Moroni R. Schotel D. Hamann J. R. de Wijn C. A. van Blitterswijk Adv. Funct. Mater. 2008 18 53 60
124. G. Hochleitner T. Jüngst T. D. Brown K. Hahn C. Moseke F. Jakob P. D. Dalton J. Groll Biofabrication 2015 7 035002
125. A. J. Engler S. Sen H. L. Sweeney D. E. Discher Cell 2006 126 677 689
126. G. C. Ingavle S. H. Gehrke M. S. Detamore Biomaterials 2014 35 3558 3570
127. D.-H. Kim D. Wirtz FASEB J. 2013 27 1351 1361
128. P. Rørth Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2009 25 407 429
129. J. M. Halbleib W. J. Nelson Genes Dev. 2006 20 3199 3214
130. M. Eiraku K. Watanabe M. Matsuo-Takasaki M. Kawada S. Yonemura M. Matsumura T. Wataya A. Nishiyama K. Muguruma Y. Sasai Cell Stem Cell 2008 3 519 532
131. M. A. Lancaster M. Renner C.-A. Martin D. Wenzel L. S. Bicknell M. E. Hurles T. Homfray J. M. Penninger A. P. Jackson J. A. Knoblich Nature 2013 501 373 379
132. K. R. Koehler E. Hashino Nat. Protoc. 2014 9 1229 1244
133. T. Takebe K. Sekine M. Enomura H. Koike M. Kimura T. Ogaeri R. Zhang Y. Ueno Y. Zheng N. Koike S. Aoyama Y. Adachi H. Taniguchi Nature 2013 499 481 484
134. J. R. Spence C. N. Mayhew S. A. Rankin M. F. Kuhar J. E. Vallance K. Tolle E. E. Hoskins V. V. Kalinichenko S. I. Wells A. M. Zorn et al. Nature 2011 470 105 109
135. T. Sato R. G. Vries H. J. Snippert M. van de Wetering N. Barker D. E. Stange J. H. van Es A. Abo P. Kujala P. J. Peters et al. Nature 2009 459 262 265
136. K. W. McCracken E. M. Catá C. M. Crawford K. L. Sinagoga M. Schumacher B. E. Rockich Y.-H. Tsai C. N. Mayhew J. R. Spence Y. Zavros et al. Nature 2014 516 400 404
137. S. F. Boj C.-I. Hwang L. A. Baker I. I. C. Chio D. D. Engle V. Corbo M. Jager M. Ponz-Sarvise H. Tiriac M. S. Spector et al. Cell 2015 160 324 338
138. M. Takasato P. Er M. Becroft J. Vanslambrouck E. Stanley A. Elefanty M. Little Nat. Cell Biol. 2014 16 118 126
139. C. Xinaris V. Benedetti P. Rizzo M. Abbate D. Corna N. Azzollini S. Conti M. Unbekandt J. Davies M. Morigi A. Benigni G. Remuzzi J. Am. Soc. Nephrol. 2012 23 1857 1868
140. R. Takebe T. Zhang H. Koike M. Kimura E. Yoshizawa M. Enomura N. Koike K. Sekine H. Taniguchi Nat. Protoc. 2014 9 396 409
141. R. A. Foty M. S. Steinberg Dev. Biol. 2005 278 255 263
142. M. Steinberg, T. Poole, Cell behavior, 1982, vol. 583, p. 607
143. D. Beysens G. Forgacs J. Glazier Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 9467 9471
144. G. Forgacs and S. A. Newman, Biological physics of the developing embryo, Cambridge University Press, 2005
145. S. A. Newman R. Bhat Phys. Biol. 2008 5 015008
146. J. C. Mombach J. A. Glazier R. C. Raphael M. Zajac Phys. Rev. Lett. 1995 75 2244
147. S. A. Newman Science 2012 338 217 219
148. B. Guillotin F. Guillemot Trends Biotechnol. 2011 29 183 190
149. E. D. Miller K. Li T. Kanade L. E. Weiss L. M. Walker P. G. Campbell Biomaterials 2011 32 2775 2785
150. E. D. Ker B. Chu J. A. Phillippi B. Gharaibeh J. Huard L. E. Weiss P. G. Campbell Biomaterials 2011 32 3413 3422
151. B. M. Brewer M. Shi J. F. Edd D. J. Webb D. Li Biomed. Microdevices 2014 16 311 323
152. S. Hosmane I. H. Yang A. Ruffin N. Thakor A. Venkatesan Lab Chip 2010 10 741 747
153. E. M. Lucchetta J. H. Lee L. A. Fu N. H. Patel R. F. Ismagilov Nature 2005 434 1134 1138
154. N. Tandon C. Cannizzaro P.-H. G. Chao R. Maidhof A. Marsano H. T. H. Au M. Radisic G. Vunjak-Novakovic Nat. Protoc. 2009 4 155 173
155. R. Renault N. Sukenik S. Descroix L. Malaquin J.-L. Viovy J.-M. Peyrin S. Bottani P. Monceau E. Moses M. Vignes PLoS One 2015 10 e0120680
156. M. Baker Nature 2011 471 661 665
157. S. N. Bhatia D. E. Ingber Nat. Biotechnol. 2014 32 760 772
158. D. Huh H. J. Kim J. P. Fraser D. E. Shea M. Khan A. Bahinski G. A. Hamilton D. E. Ingber Nat. Protoc. 2013 8 2135 2157
159. D. Huh G. A. Hamilton D. E. Ingber Trends Cell Biol. 2011 21 745 754
160. A. Grosberg P. W. Alford M. L. McCain K. K. Parker Lab Chip 2011 11 4165 4173
161. D. Huh B. D. Matthews A. Mammoto H. Y. Hsin D. E. Ingber Science 2010 328 1662 1668
162. C. Zhang Z. Zhao N. A. Abdul Rahim D. van Noort H. Yu Lab Chip 2009 9 3185
163. S. F. Badylak D. Taylor K. Uygun Annu. Rev. Biomed. Eng. 2011 13 27 53
164. H. C. Ott T. S. Matthiesen S.-K. Goh L. D. Black S. M. Kren T. I. Netoff D. A. Taylor Nat. Med. 2008 14 213 221
165. B. E. Uygun A. Soto-Gutierrez H. Yagi M.-L. Izamis M. A. Guzzardi C. Shulman J. Milwid N. Kobayashi A. Tilles F. Berthiaume et al. Nat. Med. 2010 16 814 820
166. T. H. Petersen E. A. Calle L. Zhao E. J. Lee L. Gui M. B. Raredon K. Gavrilov T. Yi Z. W. Zhuang C. Breuer et al. Science 2010 329 538 541
167. H. C. Ott B. Clippinger C. Conrad C. Schuetz I. Pomerantseva L. Ikonomou D. Kotton J. P. Vacanti Nat. Med. 2010 16 927 933
168. I. T. Ozbolat Trends Biotechnol. 2015 33 395 400
169. T. Xu J. Jin C. Gregory J. J. Hickman T. Boland Biomaterials 2005 26 93 99
170. Y. Nishiyama M. Nakamura C. Henmi K. Yamaguchi S. Mochizuki H. Nakagawa K. Takiura J. Biomech. Eng. 2009 131 035001
171. J. Yang M. Yamato T. Shimizu H. Sekine K. Ohashi M. Kanzaki T. Ohki K. Nishida T. Okano Biomaterials 2007 28 5033 5043
172. C. Norotte F. S. Marga L. E. Niklason G. Forgacs Biomaterials 2009 30 5910 5917
173. K. Jakab C. Norotte F. Marga K. Murphy G. Vunjak-Novakovic G. Forgacs Biofabrication 2010 2 022001
174. C. M. Smith A. L. Stone R. L. Parkhill R. L. Stewart M. W. Simpkins A. M. Kachurin W. L. Warren S. K. Williams Tissue Eng. 2004 10 1566 1576
175. K. Jakab B. Damon A. Neagu A. Kachurin G. Forgacs Biorheology 2006 43 509 516
176. K. Jakab C. Norotte B. Damon F. Marga A. Neagu C. L. Besch-Williford A. Kachurin K. H. Church H. Park V. Mironov et al. Tissue Eng., Part A 2008 14 413 421
177. A. F. Black F. Berthod N. L'heureux L. Germain F. A. Auger FASEB J. 1998 12 1331 1340
178. H. C. Ko B. K. Milthorpe C. D. McFarland Eur. Cells Mater. 2007 14 1 19
179. R. E. Unger K. Peters Q. Huang A. Funk D. Paul C. Kirkpatrick Biomaterials 2005 26 3461 3469
180. S. Levenberg J. Rouwkema M. Macdonald E. S. Garfein D. S. Kohane D. C. Darland R. Marini C. A. van Blitterswijk R. C. Mulligan P. A. D'Amore et al. Nat. Biotechnol. 2005 23 879 884
181. M. Radisic H. Park F. Chen J. E. Salazar-Lazzaro Y. Wang R. Dennis R. Langer L. E. Freed G. Vunjak-Novakovic Tissue Eng. 2006 12 2077 2091
182. Y. Yu Y. Zhang I. T. Ozbolat Trans. ASME, Ser. B 2014 136 061013
183. D. B. Kolesky R. L. Truby A. Gladman T. A. Busbee K. A. Homan J. A. Lewis Adv. Mater. 2014 26 2966
184. H.-W. Kang S. J. Lee I. K. Ko C. Kengla J. J. Yoo A. Atala Nat. Biotechnol. 2016 34 312 319
185. R. Doursat H. Sayama O. Michel Nat. Comput. 2013 12 517 535
186. J.-D. H. Chenli Liu X. Fu L. Liu X. Ren C. K. L. Chau S. Li L. Xiang H. Zeng G. Chen L.-H. Tang P. Lenz X. Cui W. Huang T. Hwa Science 2011 334 238 242
187. C. Willyard, Rise Of The Organoids, 2015
188. S. Sia B. Gillette G. Yang Birth Defects Res., Part C 2007 81 354 361
189. D. Hutmacher B. Holzapfel E. De-Juan-Pardo B. Pereira S. Ellem D. Loessner G. Risbridger Curr. Opin. Biotechnol. 2015 35 127 132
190. E. Cachat J. A. Davies J. Bioeng. Biomed. Sci. 2011 S2 003 10.4172/2155-9538.S2-003
191. E. Cachat W. Liu P. Hohenstein J. A. Davies J. Biol. Eng. 2014 8 1 11
192. M. Miller M. Hafner E. Sontag N. Davidsohn S. Subramanian P. E. Purnick D. Lauffenburger R. Weiss PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002579
193. A. H. Chau J. M. Walter J. Gerardin C. Tang W. A. Lim Cell 2012 151 320 332
194. J. S. Park B. Rhau A. Hermann K. A. McNally C. Zhou D. Gong O. D. Weiner B. R. Conklin J. Onuffer W. A. Lim Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 5896 5901
195. C. Elfgang R. Eckert H. Lichtenberg-Fraté A. Butterweck O. Traub R. A. Klein D. F. Hülser K. Willecke J. Cell Biol. 1995 129 805 817
196. J. Fang Y.-Y. Zhu E. Smiley J. Bonadio J. P. Rouleau S. A. Goldstein L. K. McCauley B. L. Davidson B. J. Roessler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 5753 5758
197. J. Bonadio E. Smiley P. Patil S. Goldstein Nat. Med. 1999 5 753 759
198. L. D. Shea E. Smiley J. Bonadio D. J. Mooney Nat. Biotechnol. 1999 17 551 554
199. M. Karlsson W. Weber M. Fussenegger Methods Enzymol. 2011 497 239 253
200. K. Jakobus S. Wend W. Weber Chem. Soc. Rev. 2012 41 1000 1018
201. M. Ehrbar R. Schoenmakers E. H. Christen M. Fussenegger W. Weber Nat. Mater. 2008 7 800 804
202. Z. Xie L. Wroblewska L. Prochazka R. Weiss Y. Benenson Science 2011 333 1307 1311
203. M. S. Mannoor Z. Jiang T. James Y. L. Kong K. A. Malatesta W. O. Soboyejo N. Verma D. H. Gracias M. C. McAlpine Nano Lett. 2013 13 2634 2639
204. J. R. Gallant L. L. Traeger J. D. Volkening H. Moffett P.-H. Chen C. D. Novina G. N. Phillips R. Anand G. B. Wells M. Pinch et al. Science 2014 344 1522 1525
205. B. Fritzsch Science 2014 345 631 632
206. M. Sipper Computer 1999 32 18 26
207. A. I. Penzo-Méndez B. Z. Stanger Cold Spring Harbor Perspect. Biol. 2015 7 a019240
208. N. Fausto J. S. Campbell K. J. Riehle Hepatology 2006 43 S45 S53
209. H. Y. Gaisano P. E. MacDonald M. Vranic Front. Physiol. 2012 3 1 12
210. A. Kolmogorov IEEE Prob. Info. Trans. 1965 1 1 7
211. H. Atlan M. Koppel Bull. Math. Biol. 1990 52 335 348
212. G. Tononi G. M. Edelman O. Sporns Trends Cognit. Sci. 1998 2 474 484
213. J. M. Claverie Science 2001 291 1255 1257
214. E. Szathmáry F. Jordán C. Pál Science 2001 292 1315 1316
215. J. W. Valentine A. G. Collins C. P. Meyer Paleobiology 1994 20 131 142
216. T. Bonner, The Evolution of Complexity by means of natural selection, Pinceton University Press, New Jersey, 1st edn, 1988
217. M. C. Mccarthy B. J. Enquist Evol. Ecol. Res. 2005 7 681 696
218. D. W. McShea Evolution 1996 477 492
219. T. M. Cover, Elements of information theory, John Wiley and Sons, New Jersey, 1st edn, 2006
220. R. Lohaus N. L. Geard J. Wiles R. B. Azevedo Proc. R. Soc. London, Ser. B 2007 274 1741 1751
221. N. Geard S. Bullock R. Lohaus R. B. Azevedo J. Wiles Complexity 2011 16 48 57
222. R. B. Azevedo R. Lohaus V. Braun M. Gumbel M. Umamaheshwar P.-M. Agapow W. Houthoofd U. Platzer G. Borgonie H.-P. Meinzer et al. Nature 2005 433 152 156
223. A. D. Lander K. K. Gokoffski F. Y. Wan Q. Nie A. L. Calof PLoS Biol. 2009 7 e1000015
224. C. H. Waddington, The strategy of the genes, Routledge, 2014, vol. 20
225. R. A. Foty G. Forgacs C. M. Pfleger M. S. Steinberg Phys. Rev. Lett. 1994 72 2298
226. M. Marchetti J. Joanny S. Ramaswamy T. Liverpool J. Prost M. Rao R. A. Simha Rev. Mod. Phys. 2013 85 1143
227. T. E. Angelini E. Hannezo X. Trepat M. Marquez J. J. Fredberg D. A. Weitz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 4714 4719
228. D. Gonzalez-Rodriguez K. Guevorkian S. Douezan F. Brochard-Wyart Science 2012 338 910 917
229. R. Wiener, Cybernetics: or control and communication in the animal and the machine, Hermann-Cie and Camb. Mass. (MIT Press), Paris, 1st edn, 1948
230. W. R. Ashby, et al., An introduction to cybernetics, Chapman & Hail Ltd, London, 1956
231. W. R. Ashby, Design for a Brain, Springer Science & Business Media, 1960
232. J. Von Neumann, Automata studies, 1956, vol. 34, pp. 43-98
233. S. Forrest and S. A. Hofmeyr, Santa Fe Institute Studies in the Sciences of Complexity-Proceedings, 2001, pp. 361-388
234. A. Pascual-Leone A. Amedi F. Fregni L. B. Merabet Annu. Rev. Neurosci. 2005 28 377 401
235. D. Callejas C. J. Mann E. Ayuso R. Lage I. Grifoll C. Roca A. Andaluz R. Ruiz-de Gopegui J. Montané S. Muńoz et al. Diabetes 2013 10.2337/db12-1113
236. G. Michalopoulos Compr. Physiol. 2013 3 485 513
237. R. Gebhardt M. Matz-Soja World J. Gastroenterol. 2014 20 8491 8504
238. I. Chen V. Rathi D. DeAndrade P. Jay Physiol. Genomics 2013 45 69 78
239. O. Martínez M. H. Reyes-Valdés Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 9709 9714
240. G. Theraulaz E. Bonabeau J.-L. Deneubourg Complexity 1998 3 15 25
241. T. S. Deisboeck I. D. Couzin BioEssays 2009 31 190 197
242. B. Hölldobler and E. O. Wilson, The ants, Harvard University Press, 1990
243. M. Lutolf J. Hubbell Nat. Biotechnol. 2005 23 47 55
244. H. M. P. Consortium et al. Nature 2012 486 207 214
245. C. S. Smillie M. B. Smith J. Friedman O. X. Cordero L. A. David E. J. Alm Nature 2011 480 241 244
246. A. Adamatzky, Physarum machines: computers from slime mould, World Scientific, 2010, vol. 74
247. J. Macia R. Sole PLoS One 2014 9 e81248
248. J. Macia R. Manzoni N. Conde A. Urrios E. de Nadal R. Solé F. Posas PLoS Comput. Biol. 2016 12 e1004685
249. H. M. P. Consortium et al. Nature 2012 486 207 214
250. C. T. Fernando A. M. Liekens L. E. Bingle C. Beck T. Lenser D. J. Stekel J. E. Rowe J. R. Soc., Interface 2009 6 463 469
251. J. W. Kotula S. J. Kerns L. A. Shaket L. Siraj J. J. Collins J. C. Way P. A. Silver Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 4838 4843
252. R. V. Solé and J. Bascompte, Self-Organization in Complex Ecosystems (MPB-42), Princeton University Press, 2006, vol. 42
253. I. A. Rodriguez-Brenes D. Wodarz N. L. Komarova J. R. Soc., Interface 2013 10 20130410
254. Y. Sun Q. Wang Soft Matter 2013 9 2172 2186
255. P. Hogeweg J. Theor. Biol. 2000 203 317 333
256. A. Neagu V. Mironov I. Kosztin B. Barz M. Neagu R. A. Moreno-Rodriguez R. R. Markwald G. Forgacs Biosystems 2010 100 23 30
257. S. Forrest and S. Hofmeyr, Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO), Morgan-Kaufmann, San Francisco, CA, 1999, pp. 1289-1296
258. D. Basanta M. Miodownik B. Baum PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000030
259. S. Newman S. Christley T. Glimm H. Hentschel B. Kazmierczak Y. Zhang J. Zhu M. Alber Curr. Top. Dev. Biol. 2008 81 311 340
260. S. Hester J. Belmonte J. Gens S. Clendenon J. Glazier PLoS Comput. Biol. 2011 7 e1002155
261. A. Goldbeter O. Pourquié J. Theor. Biol. 2008 251 574 585
262. J. Lewis Curr. Biol. 2003 13 1398 1408
263. J. Dubrulle M. McGrew O. Pourquié Cell 2001 106 219 232
264. J. Cooke E. Zeeman J. Theor. Biol. 1976 58 455 476
265. R. Baker S. Schnella P.-K. Mainia Dev. Biol. 2006 293 116 126
266. R. V. Solé P. Fernández S. A. Kauffman Int. J. Dev. Biol. 2003 47 685 693
267. T. Abdulla R. Imms J.-L. Dillenseger J.-M. Schleich R. Summers IRBM 2011 32 306 310
268. K. Polyak R. A. Weinberg Nat. Rev. Cancer 2009 9 265 273
269. M. K. Jolly M. Boareto B. Huang D. Jia M. Lu E. Ben-Jacob J. N. Onuchic H. Levine Front. Oncol. 2015 5 155
270. N. Aceto A. Bardia D. T. Miyamoto M. C. Donaldson B. S. Wittner J. A. Spencer M. Yu A. Pely A. Engstrom H. Zhu et al. Cell 2014 158 1110 1122
271. R. Solé D. R. Amor S. Duran-Nebreda N. Conde-Pueyo M. Carbonell R. Montañez Biosystems 2016 10.1016/j.biosystems.2016.01.002
272. M. S. Pankey V. N. Minin G. C. Imholte M. A. Suchard T. H. Oakley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 E4736 E4742
273. J. R. Gallant L. L. Traeger J. D. Volkening H. Moffett P.-H. Chen C. D. Novina G. N. Phillips R. Anand G. B. Wells M. Pinch et al. Science 2014 344 1522 1525
274. R. C. Berwick A. D. Friederici N. Chomsky J. J. Bolhuis Trends Cognit. Sci. 2013 17 89 98
275. R. V. Solé S. Valverde M. R. Casals S. A. Kauffman D. Farmer N. Eldredge Complexity 2013 18 15 27
276. R. V. Solé S. Valverde C. Rodriguez-Caso Evolution: Education and Outreach 2011 4 415 426
277. J. Davies J. Anat. 2008 212 707 719
278. M. A. Fischbach J. A. Bluestone W. A. Lim Sci. Transl. Med. 2013 5 179ps7