Marine proteomics: A critical assessment of an emerging technology

Journal of Natural Products

Volumn 75, Issue 10, 2012, Pages 1833-1837

  Slattery, Marc ^a,b   Ankisetty, Sridevi ^a   Corrales, Jone ^a   Marsh Hunkin, K Erica ^a   Gochfeld, Deborah J ^b   Willett, Kristine L ^a,b   Rimoldi, John M ^b  

^a UNIVERSITY OF MISSISSIPPI   (United States)

^b UNIVERSITY OF MISSISSIPPI   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DATA ANALYSIS; DEVELOPMENTAL BIOLOGY; DISEASE PREDISPOSITION; ENVIRONMENTAL CHANGE; EXPERIMENTAL DESIGN; FOOD SAFETY; INVERTEBRATE; MARINE ENVIRONMENT; MARINE PROTEOMIC; MARINE SPECIES; MOLECULAR GENETICS; NONHUMAN; PLANT; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; REVIEW; SEA FOOD; TANDEM MASS SPECTROMETRY; VERTEBRATE;

ANIMALS; AQUATIC ORGANISMS; ECOSYSTEM; INVERTEBRATES; MARINE BIOLOGY; PROTEOME; PROTEOMICS;

INVERTEBRATA; VERTEBRATA;

EID: 84868031249     PISSN: 01633864     EISSN: 15206025     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/np300366a     Document Type: Review

References (339)

1. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Francesco, V. D.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R.-R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z. Y.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.-H.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C.; Yao, A.; Ye, J.; Zhan, M.; Zhang, W.; Zhang, H.; Zhao, Q.; Zheng, L.; Zhong, F.; Zhong, W.; Zhu, S. C.; Zhao, S.; Gilbert, D.; Baumhueter, S.; Spier, G.; Carter, C.; Cravchik, A.; Woodage, T.; Ali, F.; An, H.; Awe, A.; Baldwin, D.; Baden, H.; Barnstead, M.; Barrow, I.; Beeson, K.; Busam, D.; Carver, A.; Center, A.; Cheng, M. L.; Curry, L.; Danaher, S.; Davenport, L.; Desilets, R.; Dietz, S.; Dodson, K.; Doup, L.; Ferriera, S.; Garg, N.; Gluecksmann, A.; Hart, B.; Haynes, J.; Haynes, C.; Heiner, C.; Hladun, S.; Hostin, D.; Houck, J.; Howland, T.; Ibegwam, C.; Johnson, J.; Kalush, F.; Kline, L.; Koduru, S.; Love, A.; Mann, F.; May, D.; McCawley, S.; McIntosh, T.; McMullen, I.; Moy, M.; Moy, L.; Murphy, B.; Nelson, K.; Pfannkoch, C.; Pratts, E.; Puri, V.; Qureshi, H.; Reardon, M.; Rodriguez, R.; Rogers, Y.-H.; Romblad, D.; Ruhfel, B.; Scott, R.; Sitter, C.; Smallwood, M.; Stewart, E.; Strong, R.; Suh, E.; Thomas, R.; Tint, N. N.; Tse, S.; Vech, C.; Wang, G.; Wetter, J.; Williams, S.; Williams, M.; Windsor, S.; Winn-Deen, E.; Wolfe, K.; Zaveri, J.; Zaveri, K.; Abril, J. F.; Guigó;, R.; Campbell, M. J.; Sjolander, K. V.; Karlak, B.; Kejariwal, A.; Mi, H.; Lazareva, B.; Hatton, T.; Narechania, A.; Diemer, K.; Muruganujan, A.; Guo, N.; Sato, S.; Bafna, V.; Istrail, S.; Lippert, R.; Schwartz, R.; Walenz, B.; Yooseph, S.; Allen, D.; Basu, A.; Baxendale, J.; Blick, L.; Caminha, M.; Carnes-Stine, J.; Caulk, P.; Chiang, Y.-H.; Coyne, M.; Dahlke, C.; Mays, A. D.; Dombroski, M.; Donnelly, M.; Ely, D.; Esparham, S.; Fosler, C.; Gire, H.; Glanowski, S.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gorokhov, M.; Graham, K.; Gropman, B.; Harris, M.; Heil, J.; Henderson, S.; Hoover, J.; Jennings, D.; Jordan, C.; Jordan, J.; Kasha, J.; Kagan, L.; Kraft, C.; Levitsky, A.; Lewis, M.; Liu, X.; Lopez, J.; Ma, D.; Majoros, W.; McDaniel, J.; Murphy, S.; Newman, M.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nodell, M.; Pan, S.; Peck, J.; Peterson, M.; Rowe, W.; Sanders, R.; Scott, J.; Simpson, M.; Smith, T.; Sprague, A.; Stockwell, T.; Turner, R.; Venter, E.; Wang, M.; Wen, M.; Wu, D.; Wu, M.; Xia, A.; Zandieh, A.; Zhu, X. Science 2001, 291, 1304-1351
2. Joyce, A. R.; Palsson, B. A. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006, 7, 198-210
3. Pandey, A.; Mann, M. Nature 2000, 405, 837-846
4. McDonald, W. H.; Yates Iii, J. R. Dis. Markers 2002, 18, 99-105
5. Jacobs, D. I.; Van Der Heijden, R.; Verpoorte, R. Phytochem. Anal. 2000, 11, 277-287
6. Pineiro, C.; Barros-Velazquez, J.; Vazquez, J.; Figueras, A.; Gallardo, J. M. J. Proteome Res. 2003, 2, 127-135
7. Dowling, V. A.; Sheehan, D. Proteomics 2006, 6, 5597-5604
8. Domon, B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 710-721
9. Finoulst, I.; Pinkse, M.; Van Dongen, W.; Verhaert, P. J. Biomed. Biotechnol. 2011, 2011, 1-14
10. Tomanek, L. Ann. Rev. Mar. Sci. 2011, 3, 373-399
11. Zhou, H.; Ning, Z.; E. Starr, A.; Abu-Farha, M.; Figeys, D. Anal. Chem. 2012, 84, 720-734
12. Han, X.; Aslanian, A.; Yates Iii, J. R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2008, 12, 483-490
13. Yates, J. R.; Ruse, C. I.; Nakorchevsky, A. Annu. Rev. Biomed. Eng. 2009, 11, 49-79
14. Reid, G. E.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 663-675
15. Calligaris, D.; Villard, C.; Lafitte, D. J. Proteomics 2011, 74, 920-934
16. Macek, B.; Waanders, L. F.; Olsen, J. V.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 949-958
17. Wu, S. L.; Kim, J.; Hancock, W. S.; Karger, B. J. Proteome Res. 2005, 4, 1155-1170
18. Castagnola, M.; Cabras, T.; Iavarone, F.; Fanali, C.; Nemolato, S.; Peluso, G.; Laura Bosello, S.; Faa, G.; Ferraccioli, G.; Messana, I. Expert Rev. Proteomics 2012, 9, 33-46
19. Peterson, D. S. Mass Spectrom. Rev. 2007, 26, 19-34
20. Inutan, E. D.; Richards, A. L.; Wager-Miller, J.; Mackie, K.; McEwen, C. N.; Trimpin, S. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, 1-8
21. Bettmer, J.; Montes Bayó;n, M.; Ruiz Encinar, J.; Fernández Sánchez, M. L.; Fernández de la Campa, M. d. R.; Sanz Medel, A. J. Proteomics 2009, 72, 989-1005
22. Schweder, T.; Markert, S.; Hecker, M. Electrophoresis 2008, 29, 2603-2616
23. Markowitz, V. M.; Chen, I.-M. A.; Palaniappan, K.; Chu, K.; Szeto, E.; Grechkin, Y.; Ratner, A.; Jacob, B.; Huang, J.; Williams, P.; Huntemann, M.; Anderson, I.; Mavromatis, K.; Ivanova, N. N.; Kyrpides, N. C. Nucleic Acids Res. 2012, 40, D115-D122
24. Novitsky, J. A.; Morita, R. Y. Mar. Biol. 1978, 48, 289-295
25. Amy, P. S.; Morita, R. Y. App1. Environ. Microbiol. 1983, 45, 1748-1752
26. Nyström, T.; Flärdh, K.; Kjelleberg, S. J. Bacteriol. 1990, 172, 7085-7097
27. Lemus, J. D.; McFall-Ngai, M. J. App1. Environ. Microbiol 2000, 66, 4091-4097
28. Evans, F. F.; Raftery, M. J.; Egan, S.; Kjelleberg, S. J. Proteome Res. 2007, 6, 967-975
29. Markert, S.; Arndt, C.; Felbeck, H.; Becher, D.; Sievert, S. M.; Hügler, M.; Albrecht, D.; Robidart, J.; Bench, S.; Feldman, R. A.; Hecker, M.; Schweder, T. Science 2007, 315, 247-250
30. Morris, R. M.; Nunn, B. L.; Frazar, C.; Goodlett, D. R.; Ting, Y. S.; Rocap, G. ISME J. 2010, 4, 673-685
31. Burg, D.; Ng, C.; Ting, L.; Cavicchioli, R. Environ. Microbiol. 2011, 13, 1934-1955
32. Goodchild, A.; Saunders, N. F. W.; Ertan, H.; Raftery, M.; Guilhaus, M.; Curmi, P. M. G.; Cavicchioli, R. Mol. Microbiol. 2004, 53, 309-321
33. Goodchild, A.; Raftery, M.; Saunders, N. F. W.; Guilhaus, M.; Cavicchioli, R. J. Proteome Res. 2004, 3, 1164-1176
34. Goodchild, A.; Raftery, M.; Saunders, N. F. W.; Guilliaus, M.; Cavicchioli, R. J. Proteome Res. 2005, 4, 473-480
35. Saunders, N. F. W.; Goodchild, A.; Raftery, M.; Guilhaus, M.; Curmi, P. M. G.; Cavicchioli, R. J. Proteome Res. 2005, 4, 464-472
36. Pandhal, J.; Wright, P. C.; Biggs, C. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 996-1005
37. Gonzales, A. D.; Light, Y. K.; Zhang, Z.; Iqbal, T.; Lane, T. W.; Martino, A. Can. J. Bot. 2005, 83, 735-745
38. Paul, S.; Dutta, A.; Bag, S. K.; Das, S.; Dutta, C. BMC Genomics 2010, 11, 103
39. Hallegraeff, G. M. In Manual on Harmful Marine Microalgae; Hallegraeff, G. M.; Anderson, D. M.; Cembella, A. D., Eds.; Imprimerie Landais: Paris, France, 2005; pp 25-49.
40. Akimoto, H.; Wu, C.; Kinumi, T.; Ohmiya, Y. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 315, 306-312
41. Chan, L. L.; Sit, W. H.; Lam, P. K. S.; Hsieh, D. P. H.; Hodgkiss, I. J.; Wan, J. M. F.; Ho, A. Y. T.; Choi, N. M. C.; Wang, D. Z.; Dudgeon, D. Proteomics 2006, 6, 654-666
42. Wang, D.-Z.; Lin, L.; Gu, H.-F.; Chan, L. L.; Hong, H.-S. Harmful Algae 2008, 7, 106-113
43. Lee, F. W.-F.; Ho, K.-C.; Mak, Y.-L.; Lo, S. C.-L. Harmful Algae 2011, 12, 1-10
44. Shim, J. B.; Klochkova, T. A.; Han, J. W.; Kim, G. H.; Yoo, Y. D.; Jeong, H. J. Algae 2011, 26, 87-96
45. Bertomeu, T.; Woodland hastings, J.; Morse, D. J. Phycol. 2003, 39, 1254-1260
46. Le Bihan, T.; Martin, S. F.; Chirnside, E. S.; van Ooijen, G.; Barrios-Llerena, M. E.; O'Neill, J. S.; Shliaha, P. V.; Kerr, L. E.; Millar, A. J. J. Proteomics 2011, 74, 2060-2070
47. Barrios-Llerena, M. E.; Pritchard, J. C.; Kerr, L. E.; Le Bihan, T. J. Proteomics 2011, 74, 2798-2809
48. Wong, P. F.; Tan, L. J.; Nawi, H.; AbuBakar, S. J. Phycol. 2006, 42, 113-120
49. Kim, E. Y.; Kim, D. G.; Kim, Y. R.; Hwang, H. J.; Nam, T. J.; Kong, I. S. J. Appl. Phycol. 2011, 23, 123-130
50. Contreras, L.; Moenne, A.; Gaillard, F.; Potin, P.; Correa, J. A. Aquat. Toxicol. 2010, 96, 85-89
51. Ritter, A.; Ubertini, M.; Romac, S.; Gaillard, F.; Delage, L.; Mann, A.; Cock, J. M.; Tonon, T.; Correa, J. A.; Potin, P. Proteomics 2010, 10, 2074-2088
52. Kim, G. H.; Shim, J. B.; Klochkova, T. A.; West, J. A.; Zuccarello, G. C. J. Phycol. 2008, 44, 1519-1528
53. Bucalossi, D.; Leonzio, C.; Casini, S.; Fossi, M. C.; Marsili, L.; Ancora, S.; Wang, W.; Scali, M. Mar. Environ. Res. 2006, 62, S327-S331
54. Migliore, L.; Rotini, A.; Randazzo, D.; Albanese, N. N.; Giallongo, A. BMC Ecol. 2007, 7, 6
55. Mazzuca, S.; Spadafora, A.; Filadoro, D.; Vannini, C.; Marsoni, M.; Cozza, R.; Bracale, M.; Pangaro, T.; Innocenti, A. M. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 2009, 374, 113-122
56. Tada, Y.; Kashimura, T. Plant. Cell Physiol. 2009, 50, 439-446
57. Shepard, J. L.; Olsson, B.; Tedengren, M.; Bradley, B. P. Mar. Environ. Res. 2000, 50, 337-340
58. Olsson, B.; Bradley, B. P.; Gilek, M.; Reimer, O.; Shepard, J. L.; Tedengren, M. Hydrobiologia 2004, 514, 15-27
59. Apraiz, I.; Mi, J.; Cristobal, S. I. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1274-1285
60. Cao, A.; Fuentes, J.; Comesaña, P.; Casas, S. M.; Villalba, A. Aquaculture 2009, 295, 149-156
61. Thiyagarajan, V.; Wong, T.; Qian, P. Y. J. Proteome Res. 2009, 8, 2708-2719
62. Zhang, Y.; Xu, Y.; Arellano, S. M.; Xiao, K.; Qian, P. Y. J. Proteome Res 2010, 9, 3146-3157
63. Tomanek, L.; Zuzow, M. J.; Ivanina, A. V.; Beniash, E.; Sokolova, I. M. J. Exp. Biol. 2011, 214, 1836-1844
64. Wong, K. K. W.; Lane, A. C.; Leung, P. T. Y.; Thiyagarajan, V. Comp. Biochem. Physiol. D 2011, 6, 310-321
65. Diz, A. P.; Dudley, E.; MacDonald, B. W.; Piña, B.; Kenchington, E. L. R.; Zouros, E.; Skibinski, D. O. F. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 132-144
66. Martí;nez-Fernández, M.; De La Cadena, M. P.; Rolán-Alvarez, E. BMC Evol. Biol. 2010, 10, 65
67. Wang, H.; Zhang, H.; Wong, Y. H.; Voolstra, C.; Ravasi, T.; Bajic, V. B.; Qian, P. Y. Proteomics 2010, 10, 2972-2981
68. Barneah, O.; Benayahu, Y.; Weis, V. M. Mar. Biotechnol. 2006, 8, 11-16
69. deBoer, M. L.; Krupp, D. A.; Weis, V. M. Comp. Biochem. Physiol. D 2007, 2, 63-73
70. Peng, S. E.; Luo, Y. J.; Huang, H. J.; Lee, I. T.; Hou, L. S.; Chen, W. N. U.; Fang, L. S.; Chen, C. S. Coral Reefs 2008, 27, 133-142
71. Barshis, D. J.; Stillman, J. H.; Gates, R. D.; Toonen, R. J.; Smith, L. W.; Birkeland, C. Mol. Ecol. 2010, 19, 1705-1720
72. Peng, S. E.; Wang, Y. B.; Wang, L. H.; Chen, W. N. U.; Lu, C. Y.; Fang, L. S.; Chen, C. S. Proteomics 2010, 10, 1002-1016
73. Peng, S. E.; Chen, W. N. U.; Chen, H. K.; Lu, C. Y.; Mayfield, A. B.; Fang, L. S.; Chen, C. S. Proteomics 2011, 11, 3540-3555
74. Pollack, K.; Balazs, K.; Ogunseitan, O. Environ. Sci. Technol. 2009, 43, 2085-2091
75. Tentori, E.; Thomson, M. Proc. 11th Intl. Coral Reef Symp. 2008, 1, 157-161
76. Wojdyla, K.; Rogowska-Wrzesinska, A.; Wrzesinski, K.; Roepstorff, P. J. Proteomics 2011, 75, 44-55
77. Rahman, M. A.; Isa, Y.; Uehara, T. Proteomics 2005, 5, 885-893
78. Rahman, M. A.; Oomori, T. Connect. Tissue Res. 2009, 50, 285-293
79. Wilkesman, J. G.; Schröder, H. C. Electrophoresis 2007, 28, 429-436
80. Monti, G.; De Napoli, L.; Mainolfi, P.; Barone, R.; Guida, M.; Marino, G.; Amoresano, A. Anal. Chem. 2005, 77, 2587-2594
81. Schiavone, R.; Zilli, L.; Storelli, C.; Vilella, S. Eur. Food Res. Technol. 2008, 227, 1403-1410
82. Addis, M. F.; Cappuccinelli, R.; Tedde, V.; Pagnozzi, D.; Porcu, M. C.; Bonaglini, E.; Roggio, T.; Uzzau, S. Aquaculture 2010, 309, 245-252
83. Addis, M. F.; Cappuccinelli, R.; Tedde, V.; Pagnozzi, D.; Viale, I.; Meloni, M.; Salati, F.; Roggio, T.; Uzzau, S. Proteome Sci. 2010, 8, 50
84. Bohne-Kjersem, A.; Skadsheim, A.; Goksayr, A.; Grasvik, B. E. Mar. Environ. Res. 2009, 68, 268-277
85. Bohne-Kjersem, A.; Bache, N.; Meier, S.; Nyhammer, G.; Roepstorff, P.; Şle, Ã.; Goksayr, A.; Grasvik, B. E. Aquat. Toxicol. 2010, 96, 280-289
86. Ward, D. G.; Wei, W.; Cheng, Y.; Billingham, L. J.; Martin, A.; Johnson, P. J.; Lyons, B. P.; Feist, S. W.; Stentiford, G. D. Environ. Sci. Technol. 2006, 40, 4031-4036
87. Jiang, X. W.; Li, X.; Lam, P. K. S.; Cheng, S. H.; Schlenk, D.; Mitcheson, Y. S. D.; Li, Y.; Gu, J. D.; Chan, L. L. Harmful Algae 2012, 13, 65-71
88. Kristoffersen, B. A.; Nerland, A.; Nilsen, F.; Kolarevic, J.; Finn, R. N. Mol. Biol. Evol. 2009, 26, 1029-1044
89. Lee, J.; Valkova, N.; White, M. P.; Kültz, D. Comp. Biochem. Physiol. D 2006, 1, 328-343
90. Dowd, W. W.; Wood, C. M.; Kajimura, M.; Walsh, P. J.; Kültz, D. Comp. Biochem. Physiol. D 2008, 3, 118-127
91. Dowd, W. W.; Harris, B. N.; Cech, J. J., Jr.; Kültz, D. J. Exp. Biol. 2010, 213, 210-224
92. Dowd, W. W.; Renshaw, G. M. C.; Cech, J. J., Jr.; Kültz, D. Physiol. Genomics 2010, 42, 93-114
93. Gonzalez, E. G.; Krey, G.; Espiñeira, M.; Diez, A.; Puyet, A.; Bautista, J. M. J. Proteome Res. 2010, 9, 6392-6404
94. Forné, I.; Abián, J.; Cerdà, J. Fish Proteome Analysis Proteomics 2010, 10, 858-872
95. Newman, D. J.; Cragg, G. M. J. Nat. Prod. 2012, 75, 311-335
96. Davidson, S. K.; Allen, S. W.; Lim, G. E.; Anderson, C. M.; Haygood, M. G. Appl. Environ. Microbiol. 2001, 67, 4531-37
97. Flatt, P. M.; Gautschi, W. H.; Thacker, R. W.; Musafija-Girt, M.; Crews, P.; Gerwick, W. H. Mar. Biol. 2005, 147, 761-774
98. Chiang, Y. M.; Chang, S. L.; Oakley, B. R.; Wang, C. C. C. Curr. Opin. Chem. Biol. 2011, 15, 137-143
99. Meier, J. L.; Niessen, S.; Hoover, H. S.; Foley, T. L.; Cravatt, B. F.; Burkart, M. D. ACS Chem. Biol. 2009, 4, 948-957
100. Bumpus, S. B.; Evans, B. S.; Thomas, P. M.; Ntai, I; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2010, 27, 951-956
101. Simmons, T. L.; Coates, R. C.; Clark, B. R.; Engene, N.; Gonzalez, D.; Esqueazi, E.; Dorrestein, P. C.; Gerwick, W. H. Proc. Natl. Acad. Sci. 2008, 105, 4587-4594
102. Carlson, E. E. ACS Chem. Biol. 2010, 5, 639-653
103. Rix, U.; Superti-Furga, G. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 616-624
104. Verhelst, S. H. L.; Bogyo, M. BioTechniques. 2005, 38, 1-3
105. Katayama, H.; Oda, Y. J. Chromatogr. B 2007, 855, 21-27
106. Margarucci, L.; Monti, M. C.; Tosco, A.; Riccio, R.; Casapullo, A. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 3960-3963
107. Margarucci, L.; Monti, M. C.; Mencarelli, A.; Cassiano, C.; Fiorucci, S.; Riccio, R.; Zampella, A.; Casapullo, A. Mol. Bio. Syst. 2012, 8, 1412-1417
108. Radeke, H. S.; Snapper, M. L. Bioorg. Med. Chem. 1998, 6, 1227-1232
109. Radeke, H. S.; Digits, C. A.; Casaubon, R. L.; Snapper, M. L. Chem. Biol. 1999, 6, 639-647
110. Piggott, A. M.; Karuso, P. Mar. Drugs 2005, 3, 36-63
111. Piggott, A. M.; Karuso, P. ChemBioChem 2008, 9, 524-530
112. Bodzon-Kulakowska, A.; Bierczynska-Krzysik, A.; Dylag, T.; Drabik, A.; Suder, P.; Noga, M.; Jarzebinska, J.; Silberring, J. J. Chromatogr., B 2007, 849, 1-31
113. Canas, B.; Pineiro, C.; Calvo, E.; Lopez-Ferrer, D.; Gallardo, J. M. J. Chromatogr., A 2007, 1153, 235-258
114. Käll, L.; Vitek, O. PLoS Comput. Biol. 2011, 7, e1002277
115. Chan, L. L.; Lo, S. C. L.; Hodgkiss, I. J. Proteomics 2002, 2, 1169-1186
116. Shaw, M. M.; Riederer, B. M. Proteomics 2003, 3, 1408-1417
117. Wang, H.; Qian, W. J.; Mottaz, H. M.; Clauss, T. R. W.; Anderson, D. J.; Moore, R. J.; Camp, Ii, D. G.; Khan, A. H.; Sforza, D. M.; Pallavicini, M.; Smith, D. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2005, 4, 2397-2403
118. Chen, E. I.; Cociorva, D.; Norris, J. L.; Yates Iii, J. R. J. Proteome Res. 2007, 6, 2529-2538
119. Cilia, M.; Fish, T.; Yang, X.; McLaughlin, M.; Thannhauser, T. W.; Gray, S., A J. Biomol. Tech. 2009, 20, 201-215
120. Link, A. J.; Fleischer, T. C.; Weaver, C. M.; Gerbasi, V. R.; Jennings, J. L. Methods 2005, 35, 274-290
121. Mbeunkui, F.; Goshe, M. B. Proteomics 2011, 11, 898-911
122. Polson, C.; Sarkar, P.; Incledon, B.; Raguvaran, V.; Grant, R. J. Chromatogr., B 2003, 785, 263-275
123. Jiang, L.; He, L.; Fountoulakis, M. J. Chromatogr., A 2004, 1023, 317-320
124. Gó;mez-Vidal, S.; Tena, M.; Lopez-Llorca, L. V.; Salinas, J. Electrophoresis 2008, 29, 448-456
125. Wang, D.-Z.; Lin, L.; Chan, L. L.; Hong, H.-S. Harmful Algae 2009, 8, 685-691
126. Solis, N.; Cordwell, S. J. Proteomics 2011, 11, 3169-3189
127. Bradford, M. M. Anal. Biochem. 1976, 72, 248-254
128. Choudhary, G.; Wu, S.-L.; Shieh, P.; Hancock, W. S. J. Proteome Res. 2002, 2, 59-67
129. Ló;pez, J. L. Mar. Ecol.: Prog. Ser. 2007, 332, 275-279
130. Sriyam, S.; Sinchaikul, S.; Tantipaiboonwong, P.; Tzao, C.; Phutrakul, S.; Chen, S. T. J. Chromatogr., B 2007, 849, 91-104
131. Ló;pez, J. L. J. Chromatogr., B 2007, 849, 190-202
132. Spadafora, A.; Filadoro, D.; Mazzuca, S.; Bracale, M.; Marsoni, M.; Cardilio, M.; Innocenti, A. M. Plant Biosyst. 2008, 142, 213-218
133. Chan, L. L.; Hodgkiss, I. J.; Lu, S.; Lo, S. C. L. Proteomics 2004, 4, 180-192
134. Lee, F. W. F.; Lo, S. C. L. J. Microbiol. Methods 2008, 73, 26-32
135. Thiyagarajan, V.; Qian, P. Y. Proteomics 2008, 8, 3164-3172
136. Nilsen, M. M.; Meier, S.; Andersen, O. K.; Hjelle Mar. Pollut. Bull. 2011, 62, 2507-2511
137. Rajan, B.; Fernandes, J. M. O.; Caipang, C. M. A.; Kiron, V.; Rombout, J. H. W. M.; Brinchmann, M. F. Fish Shellfish Immunol. 2011, 31, 224-231
138. Nesvizhskii, A. I.; Vitek, O.; Aebersold, R. Nat. Methods 2007, 4, 787-797
139. Webb-Robertson, B. J.; McCue, L. A.; Beagley, N.; McDermott, J. E.; Wunschel, D. S.; Varnum, S. M.; Hu, J. Z.; Isern, N. G.; Buchko, G. W.; McAteer, K.; Pounds, J. G.; Skerrett, S. J.; Liggitt, D.; Frevert, C. W. Pacific Symp. Biocomput. 2009, 451-463
140. Perkins, D. N.; Pappin, D. J. C.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567
141. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates Iii, J. R. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 1994, 5, 976-989
142. Elias, J. E.; Haas, W.; Faherty, B. K.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2005, 2, 667-675
143. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X.; Shi, W.; Bryant, S. H. J. Proeome. Res. 2004, 3, 958-964
144. Craig, R.; Beavis, R. C. Bioinformatics 2004, 20, 1466-1467
145. Old, W. M.; Meyer-Arendt, K.; Aveline-Wolf, L.; Pierce, K. G.; Mendoza, A.; Sevinsky, J. R.; Resing, K. A.; Ahn, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1487-1502
146. Xu, D.; Suenaga, N.; Edelmann, M. J.; Fridman, R.; Muschel, R. J.; Kessler, B. M. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 2215-2228
147. Pereira, S. B.; Ow, S. Y.; Barrios-Llerena, M. E.; Wright, P. C.; Moradas-Ferreira, P.; Tamagnini, P. J. Proteomics 2011, 75, 270-283
148. Kurata, Y.; Kimura, Y.; Yamanaka, Y.; Ishikawa, A.; Okamoto, H.; Masaoka, T.; Nagoya, H.; Araki, K.; Moriyama, S.; Hirano, H.; Mori, T. J. Proteomics 2011, 75, 1718-1731
149. Fröhlich, T.; Arnold, G. J.; Fritsch, R.; Mayr, T.; Laforsch, C. BMC Genomics 2009, 10, 171
150. Leekitcharoenphon, P.; Taweemuang, U.; Palittapongarnpim, P.; Kotewong, R.; Supasiri, T.; Sonthayanon, B. BMC Res. Notes 2010, 3, 295
151. Gygi, S. P.; Corthals, G. L.; Zhang, Y.; Rochon, Y.; Aebersold, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 9390-9395
152. Steel, L. F.; Haab, B. B.; Hanash, S. M. J. Chromatogr., B 2005, 815, 275-284
153. Wang, Y.; Li, H.; Chen, S. Front. Biol. Chin. 2010, 5, 195-203
154. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2007, 4, 207-214
155. Cairns, D. A. Proteomics 2011, 11, 1037-1048
156. Hunt, S. M. N.; Thomas, M. R.; Sebastian, L. T.; Pedersen, S. K.; Harcourt, R. L.; Sloane, A. J.; Wilkins, M. R. J. Proteome Res. 2005, 4, 809-819
157. Oberg, A. L.; Vitek, O. J. Proteome Res. 2009, 8, 2144-2156
158. Valledor, L.; Jorrí;n, J. Back to the Basics J. Proteomics 2011, 74, 1-18
159. Levin, Y. Proteomics 2011, 11, 2565-2567
160. Lilley, K. S.; Deery, M. J.; Gatto, L. Proteomics 2011, 11, 1017-1025
161. Hurlbert, S. H. Ecol. Monogr. 1984, 54, 187-211
162. Alvares, K.; Dixit, S. N.; Lux, E.; Barss, J.; Veis, A. J. Exp. Zool., Part B 2007, 308, 357-370
163. Amelina, H.; Apraiz, I.; Sun, W.; Cristobal, S. J. Proteome Res. 2007, 6, 2094-2104
164. Karp, N. A.; Spencer, M.; Lindsay, H.; O'Dell, K.; Lilley, K. S. J. Proteome Res. 2005, 4, 1867-1871
165. Diz, A. P.; Truebano, M.; Skibinski, D. O. F. Electrophoresis 2009, 30, 2967-2975
166. Escoffier, P.; Paris, L.; Bodaghi, B.; Danis, M.; Mazier, D.; Marinach-Patrice, C. J. Proteome Res. 2010, 9, 789-797
167. Stead, D. A.; Paton, N. W.; Missier, P.; Embury, S. M.; Hedeler, C.; Jin, B.; Brown, A. J. P.; Preece, A. Briefings Bioinf. 2008, 9, 174-188
168. Wilkins, M. R.; Appel, R. D.; Van Eyk, J. E.; Chung, M. C. M.; Görg, A.; Hecker, M.; Huber, L. A.; Langen, H.; Link, A. J.; Paik, Y. K.; Patterson, S. D.; Pennington, S. R.; Rabilloud, T.; Simpson, R. J.; Weiss, W.; Dunn, M. J. G Proteomics 2006, 6, 4-8
169. Taylor, C. F.; Paton, N. W.; Lilley, K. S.; Binz, P.-A.; Julian, R. K.; Jones, A. R.; Zhu, W.; Apweiler, R.; Aebersold, R.; Deutsch, E. W.; Dunn, M. J.; Heck, A. J. R.; Leitner, A.; Macht, M.; Mann, M.; Martens, L.; Neubert, T. A.; Patterson, S. D.; Ping, P.; Seymour, S. L. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 887-893
170. Rodriguez, H.; Snyder, M.; Uhlén, M.; Andrews, P.; Beavis, R.; Borchers, C.; Chalkley, R. J.; Sang, Y. C.; Cottingham, K.; Dunn, M.; Dylag, T.; Edgar, R.; Hare, P.; Heck, A. J. R.; Hirsch, R. F.; Kennedy, K.; Kolar, P.; Kraus, H. J.; Mallick, P.; Nesvizhskii, A.; Ping, P.; Pontén, F.; Yang, L.; Yates, J. R.; Stein, S. E.; Hermjakob, H.; Kinsinger, C. R.; Apweiler, R. The Amsterdam Principles J. Proteome Res. 2009, 8, 3689-3692
171. Wilkins, M. R.; Arthur, J. W.; Junius, F. K.; Harrison, M. J.; Traini, M. D.; Bizannes, P.; Doggett, P. E.; McDonald, W. Expert Rev. Proteomics 2008, 5, 663-678
172. Mann, M. Nat. Methods 2009, 6, 717-719
173. Mischak, H.; Allmaier, G.; Apweiler, R.; Attwood, T.; Baumann, M.; Benigni, A.; Bennett, S. E.; Bischoff, R.; Bongcam-Rudloff, E.; Capasso, G.; Coon, J. J.; D'Haese, P.; Dominiczak, A. F.; Dakna, M.; Dihazi, H.; Ehrich, J. H.; Fernandez-Llama, P.; Fliser, D.; Frokiaer, J.; Garin, J.; Girolami, M.; Hancock, W. S.; Haubitz, M.; Hochstrasser, D.; Holman, R. R.; Ioannidis, J. P. A.; Jankowski, J.; Julian, B. A.; Klein, J. B.; Kolch, W.; Luider, T.; Massy, Z.; Mattes, W. B.; Molina, F.; Monsarrat, B.; Novak, J.; Peter, K.; Rossing, P.; Sánchez-Carbayo, M.; Schanstra, J. P.; Semmes, O. J.; Spasovski, G.; Theodorescu, D.; Thongboonkerd, V.; Vanholder, R.; Veenstra, T. D.; Weissinger, E.; Yamamoto, T.; Vlahou, A. Sci. Trans. Med. 2010, 2, 1-6
174. Kinsinger, C. R.; Apffel, J.; Baker, M.; Bian, X.; Borchers, C. H.; Bradshaw, R.; Brusniak, M. Y.; Chan, D. W.; Deutsch, E. W.; Domon, B.; Gorman, J.; Grimm, R.; Hancock, W.; Hermjakob, H.; Horn, D.; Hunter, C.; Kolar, P.; Kraus, H. J.; Langen, H.; Linding, R.; Moritz, R. L.; Omenn, G. S.; Orlando, R.; Pandey, A.; Ping, P.; Rahbar, A.; Rivers, R.; Seymour, S. L.; Simpson, R. J.; Slotta, D.; Smith, R. D.; Stein, S. E.; Tabb, D. L.; Tagle, D.; Yates, J. R.; Rodriguez, H. J. Proteome Res. 2012, 11, 1412-1419
175. Caffrey, R. E. Methods Mol. Biol. (Clifton, N.J.) 2010, 641, 167-183
176. Hu, J.; Coombes, K. R.; Morris, J. S.; Baggerly, K. A. Briefings Funct. Genomics Proteomics 2005, 3, 322-331
177. Patel, V. J.; Thalassinos, K.; Slade, S. E.; Connolly, J. B.; Crombie, A.; Murrell, J. C.; Scrivens, J. H. J. Proteome Res. 2009, 8, 3752-3759
178. Morris, J. S.; Baggerly, K. A.; Gutstein, H. B.; Coombes, K. R. Methods Mol. Biol. (Clifton, N.J.) 2010, 641, 143-166
179. Bell, A. W.; Deutsch, E. W.; Au, C. E.; Kearney, R. E.; Beavis, R.; Sechi, S.; Nilsson, T.; Bergeron, J. J. M.; Beardslee, T. A.; Chappell, T.; Meredith, G.; Sheffield, P.; Gray, P.; Hajivandi, M.; Pope, M.; Predki, P.; Kullolli, M.; Hincapie, M.; Hancock, W. S.; Jia, W.; Song, L.; Li, L.; Wei, J.; Yang, B.; Wang, J.; Ying, W.; Zhang, Y.; Cai, Y.; Qian, X.; He, F.; Meyer, H. E.; Stephan, C.; Eisenacher, M.; Marcus, K.; Langenfeld, E.; May, C.; Carr, S. A.; Ahmad, R.; Zhu, W.; Smith, J. W.; Hanash, S. M.; Struthers, J. J.; Wang, H.; Zhang, Q.; An, Y.; Goldman, R.; Carlsohn, E.; van der Post, S.; Hung, K. E.; Sarracino, D. A.; Parker, K.; Krastins, B.; Kucherlapati, R.; Bourassa, S.; Poirier, G. G.; Kapp, E.; Patsiouras, H.; Moritz, R.; Simpson, R.; Houle, B.; LaBoissiere, S.; Metalnikov, P.; Nguyen, V.; Pawson, T.; Wong, C. C. L.; Cociorva, D.; Yates Iii, J. R.; Ellison, M. J.; Lopez-Campistrous, A.; Semchuk, P.; Wang, Y.; Ping, P.; Elia, G.; Dunn, M. J.; Wynne, K.; Walker, A. K.; Strahler, J. R.; Andrews, P. C.; Hood, B. L.; Bigbee, W. L.; Conrads, T. P.; Smith, D.; Borchers, C. H.; Lajoie, G. A.; Bendall, S. C.; Speicher, K. D.; Speicher, D. W.; Fujimoto, M.; Nakamura, K.; Paik, Y. K.; Cho, S. Y.; Kwon, M. S.; Lee, H. J.; Jeong, S. K.; Chung, A. S.; Miller, C. A.; Grimm, R.; Williams, K.; Dorschel, C.; Falkner, J. A.; Martens, L.; Vizcaí;no, J. A. Nat. Methods 2009, 6, 423-430
180. Albrecht, D.; Kniemeyer, O.; Brakhage, A. A.; Guthke, R. Proteomics 2010, 10, 1202-1211
181. Apraiz, I.; Leoni, G.; Lindenstrand, D.; Persson, J. O.; Cristobal, S. J. Proteomics Bioinf. 2009, 2, 255-261
182. Grouneva, I.; Rokka, A.; Aro, E.-M. J. Proteome Res. 2011, 10, 5338-5353
183. Hockin, N. L.; Mock, T.; Mulholland, F.; Kopriva, S.; Malin, G. Plant Physiol. 2012, 158, 299-312
184. Matallana-Surget, S.; Joux, F.; Raftery, M. J.; Cavicchioli, R. Environ. Microbiol. 2009, 11, 2660-2675
185. Rochfort., S. J. Nat. Prod. 2005, 68, 1813-1820
186. Veldhoen, N.; Ikonomou, M. G.; Helbing, C. C. Ecotox. Environ. Safe 2012, 76, 23-38
187. Sanchez, B. C.; Ralston-Hooper, K.; Sepú;lveda, M. S. Environ. Toxicol. Chem. 2011, 30, 274-282
188. Bumpus, S. B.; Evans, B. S.; Thomas, P. M.; Ntai, I.; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 951-956
189. Prabhat, A.; Reni, J.; Chou, D. T. H. Chem. Biol. 2002, 9, 145-156
190. Leao, P. N.; Vasconcelos, M. T. S. D.; Vasconcelos, V. M. Crit. Rev. Microbiol. 2009, 35, 271-282
191. Ostrowski, M.; Fegatella, F.; Wasinger, V.; Guilhaus, M.; Corthals, G. L.; Cavicchioli, R. Proteomics 2004, 4, 1779-1788
192. Ting, L.; Williams, T. J.; Cowley, M. J.; Lauro, F. M.; Guilhaus, M.; Raftery, M. J.; Cavicchioli, R. Environ. Microbiol. 2010, 12, 2658-2676
193. Kao, D. Y.; Cheng, Y. C.; Kuo, T. Y.; Lin, S. B.; Lin, C. C.; Chow, L. P.; Chen, W. J. J. Appl. Microbiol. 2009, 106, 2079-2085
194. Kim, E. Y.; Kim, Y. R.; Kim, D. G.; Kong, I. S. Bioproc. Biosyst. Eng. 2011, 35, 273-282
195. Santos, de O; Alves, E.; Dias, N.; Mazotto, G. M.; Vermelho, A. M.; Vora, A.; Wilson, G. J.; Beltran, B.; Bourne, V. H.; Le Roux, D. G.; Thompson, F. F. L. ISME J 2011, 5, 1471-1483
196. Uttakleiv Ŗder, I. L.; Paulsen, S. M.; Smalås, A. O.; Willassen, N. P. Microb. Pathogenesis 2007, 42, 36-45
197. Binesse, J.; Delsert, C.; Saulnier, D.; Champomier-Vergès, M. C.; Zagorec, M.; Munier-Lehmann, H.; Mazel, D.; Le Roux, F. Appl. Environ. Microbiol. 2008, 74, 7108-7117
198. Miyamoto, K.; Kosakai, K.; Ikebayashi, S.; Tsuchiya, T.; Yamamoto, S.; Tsujibo, H. Microb. Pathog. 2009, 46, 171-177
199. Christie-Oleza, J. A.; Fernandez, B.; Nogales, B.; Bosch, R.; Armengaud, J. ISME J. 2012, 6, 124-135
200. Christie-Oleza, J. A.; Armengaud, J. Mar. Drugs 2010, 8, 2223-2239
201. Hoke, D. E.; Zhang, K. K.; Egan, S.; Hatfaludi, T.; Buckle, A. M.; Adler, B. Environ. Microbiol. Rep. 2011, 3, 405-413
202. Gade, D.; Thiermann, J.; Markowsky, D.; Rabus, R. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2003, 5, 240-251
203. Wilmes, B.; Kock, H.; Glagla, S.; Albrecht, D.; Voigt, B.; Markert, S.; Gardebrecht, A.; Bode, R.; Danchin, A.; Feller, G.; Hecker, M.; Schweder, T. App. Environ. Microbiol. 2011, 77, 1276-1283
204. Gade, D.; Gobom, J.; Rabus, R. Proteomics 2005, 5, 3672-3683
205. Hieu, C. X.; Voigt, B.; Albrecht, D.; Becher, D.; Lombardot, T.; Glöckner, F. O.; Amann, R.; Hecker, M.; Schweder, T. Proteomics 2008, 8, 1608-1623
206. Gade, D.; Thiermann, J.; Markowsky, D.; Rabus, R. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2003, 5, 240-251
207. Huang, C.; Zhang, Y.; Jiao, N. Curr. Microbiol. 2010, 61, 141-147
208. Poirier, I.; Jean, N.; Guary, J. C.; Bertrand, M. Sci. Total Environ. 2008, 406, 76-87
209. Smith, D. P.; Kitner, J. B.; Norbeck, A. D.; Clauss, T. R.; Lipton, M. S.; Schwalbach, M. S.; Steindler, L.; Nicora, C. D.; Smith, R. D.; Giovannoni, S. J. PloS One 2010, 5, e10487
210. Sowell, S. M.; Norbeck, A. D.; Lipton, M. S.; Nicora, C. D.; Callister, S. J.; Smith, R. D.; Barofsky, D. F.; Giovannoni, S. J. Appl. Environ. Microbiol. 2008, 74, 4091-4100
211. Taylor, L. E.; Henrissat, B.; Coutinho, P. M.; Ekborg, N. A.; Hutcheson, S. W.; Weiner, R. M. J. Bacteriol. 2006, 188, 3849-3861
212. Zhang, Y.; Jiao, N.; Colquhoun, D. R.; Halden, R. U.; Chen, F. Aquat. Microb. Ecol. 2009, 55, 203-207
213. Stapels, M. D.; Cho, J. C.; Giovannoni, S. J.; Barofsky, D. F. J. Biomol. Tech. 2004, 15, 191-198
214. Kan, J.; Hanson, T. E.; Ginter, J. M.; Wang, K.; Chen, F. Saline Syst. 2005, 1, 1-13
215. Dieckmann, R.; Graeber, I.; Kaesler, I.; Szewzyk, U.; von Dohren, H. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2005, 67, 539-548
216. Thomas, T.; Egan, S.; Burg, D.; Ng, C.; Ting, L.; Cavicchioli, R. Mar. Ecol.: Prog. Ser. 2007, 332, 291-299
217. Wilmes, P.; Bond, P. L. Trends Microbiol. 2006, 14, 92-97
218. Pandhal, J.; Snijders, A. P. L.; Wright, P. C.; Biggs, C. A. Proteomics 2008, 8, 2266-2284
219. Pandhal, J.; Ow, S. Y.; Wright, P. C.; Biggs, C. A. J. Proteome Res. 2009, 8, 818-828
220. Sandh, G.; Ran, L.; Xu, L.; Sundqvist, G.; Bulone, V.; Bergman, B. Proteomics 2011, 11, 406-419
221. Saito, M. A.; Bertrand, E. M.; Dutkiewicz, S.; Bulygin, V. V.; Moran, D. M.; Monteiro, F. M.; Follows, M. J.; Valois, F. W.; Waterbury, J. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 2184-2189
222. Mary, I.; Oliver, A.; Skipp, P.; Holland, R.; Topping, J.; Tarran, G.; Scanlan, D. J.; O'Connor, C. D.; Whiteley, A. S.; Burkill, P. H.; Zubkov, M. V. FEMS Microbiol. Ecol. 2010, 74, 10-18
223. Pandhal, J.; Wright, P. C.; Biggs, C. A. Saline Syst. 2008, 4, 1-18
224. Clokie, M. R. J.; Thalassinos, K.; Boulanger, P.; Slade, S. E.; Stoilova-McPhie, S.; Cane, M.; Scrivens, J. H.; Mann, N. H. Microbiology 2008, 154, 1775-1782
225. Zivanovic, Y.; Armengaud, J.; Lagorce, A.; Leplat, C.; Guérin, P.; Dutertre, M.; Anthouard, V.; Forterre, P.; Wincker, P.; Confalonieri, F. Genome Biol. 2009, 10, R70
226. Carvalho, R. N.; Lettieri, T. BMC Genomics 2011, 12, Art. No. 159.
227. Grouneva, I.; Rokka, A.; Aro, E. M. J. Proteome Res 2011, 10, 5338-5353
228. Lyon, B. R.; Lee, P. A.; Bennett, J. M.; di Tullio, G. R.; Janech, M. G. Plant Physiol. 2011, 157, 1926-1941
229. Jones, B. M.; Edwards, R. J.; Skipp, P. J.; O'Connor, C. D.; Iglesias-Rodriguez, M. D. Mar. Biotechnol. 2011, 13, 496-504
230. Chan, L. L.; Hodgkiss, I. J.; Lam, P. K. S.; Wan, J. M. F.; Chou, H. N.; Lum, J. H. K.; Lo, M. G. Y.; Mak, A. S. C.; Sit, W. H.; Lo, S. C. L. Proteomics 2005, 5, 1580-1593
231. Chan, L. L.; Hodgkiss, I. J.; Wan, J. M. F.; Lum, J. H. K.; Mak, A. S. C.; Sit, W. H.; Lo, S. C. L. Proteomics 2004, 4, 3214-3226
232. Lei, Q.-Y.; Lü, S.-H. Mar. Pollut. Bull. 2011, 62, 2692-2699
233. Wagner, V.; Gessner, G.; Mittag, M. Chronobiol. Int. 2005, 22, 403-415
234. Lee, F. W. F.; Lo, S. C. L. Curr. Proteomics 2007, 4, 67-78
235. Dyhrman, S. T. Harmful Algae 2008, 8, 167-174
236. Jamers, A.; Blust, R.; De Coen, W. Aquat. Toxicol. 2009, 92, 114-121
237. Cui, L.; Chai, Y.; Li, J.; Liu, H.; Zhang, L.; Xue, L. J. Appl. Phycol. 2010, 22, 563-568
238. Kim, Y. K.; Yoo, W. I.; Lee, S. H.; Lee, M. Y. Ecotoxicology 2005, 14, 589-596
239. Martin, S. F.; Munagapati, V. S.; Salvo-Chirnside, E.; Kerr, L. E.; Le Bihan, T. J. Proteome Res. 2012, 11, 476-486
240. Contreras, L.; Ritter, A.; Dennett, G.; Boehmwald, F.; Guitton, N.; Pineau, C.; Moenne, A.; Potin, P.; Correa, J. A. J. Phycol. 2008, 44, 1315-1321
241. Marie, B.; Marie, A.; Jackson, D. J.; Dubost, L.; Degnan, B. M.; Milet, C.; Marin, F. Proteome Sci. 2010, 8, Art. No. 54.
242. Zhou, J.; Cai, Z. H.; Li, L.; Gao, Y. F.; Hutchinson, T. H. Chemosphere 2010, 79, 595-604
243. Liu, Y.; Tam, N. F. Y.; Guan, Y.; Yasojima, M.; Zhou, J.; Gao, B. Ecotoxicology 2011, 20, 1233-1245
244. Bédouet, L.; Marie, A.; Berland, S.; Marie, B.; Auzoux-Bordenave, S.; Marin, F.; Milet, C. Mar. Biotechnol. 2012, 14, 446-458
245. Rodrí;guez-Ortega, M. J.; Grasvik, B. E.; Rodrí;guez-Ariza, A.; Goksayr, A.; Ló;pez-Barea, J. Proteomics 2003, 3, 1535-1543
246. Chora, S.; McDonagh, B.; Sheehan, D.; Starita-Geribaldi, M.; Roméo, M.; Bebianno, M. J. Chemosphere 2010, 81, 1212-1217
247. Romero-Ruiz, A.; Carrascal, M.; Alhama, J.; Gó;mez-Ariza, J. L.; Abian, J.; Ló;pez-Barea, J. Proteomics 2006, 6 (Suppl. 1) S245-255
248. Marie, B.; Trinkler, N.; Zanella-Cléon, I.; Guichard, N.; Becchi, M.; Paillard, C.; Marin, F. Mar. Biotechnol. 2011, 13, 955-962
249. Company, R.; Antú;nez, O.; Bebianno, M. J.; Cajaraville, M. P.; Torreblanca, A. J. Proteomics 2011, 74, 2909-2919
250. Apraiz, I.; Mi, J.; Bourin, S.; Cristobal, S. Mar. Environ. Res. 2006, 62 (Suppl. 1) S38-S39
251. Apraiz, I.; Cajaraville, M. P.; Cristobal, S. Mar. Pollut. Bull. 2009, 58, 1815-1826
252. Bjarnstad, A.; Larsen, B. K.; Skadsheim, A.; Jones, M. B.; Andersen, O. K. J. Toxicol. Environ. Health-Part A 2006, 69, 77-96
253. Knigge, T.; Monsinjon, T.; Andersen, O. K. Proteomics 2004, 4, 2722-2727
254. Letendre, J.; Dupont-Rouzeyrol, M.; Hanquet, A. C.; Durand, F.; Budzinski, H.; Chan, P.; Vaudry, D.; Rocher, B. Comp. Biochem. Physiol. D: Genomics Proteomics 2011, 6, 357-369
255. McDonagh, B.; Sheehan, D. Mar. Environ. Res. 2008, 66, 193-195
256. Nzoughet, J. K.; Hamilton, J. T. G.; Botting, C. H.; Douglas, A.; Devine, L.; Nelson, J.; Elliott, C. T. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 1811-1822
257. Tomanek, L.; Zuzow, M. J. J. Exp. Biol. 2010, 213, 3559-3574
258. Diz, A. P.; Skibinski, D. O. F. Proteomics 2007, 7, 2111-2120
259. Fuentes, J.; Ló;pez, J. L.; Mosquera, E.; Vázquez, J.; Villalba, A.; álvarez, G. Aquaculture 2002, 213, 233-251
260. Ló;pez, J. L.; Marina, A.; álvarez, G.; Vázquez, J. Proteomics 2002, 2, 1658-1665
261. Ló;pez, J. L.; Marina, A.; Vázquez, J.; Alvarez, G. Mar. Biol. 2002, 141, 217-223
262. Dondero, F.; Negri, A.; Boatti, L.; Marsano, F.; Mignone, F.; Viarengo, A. Sci. Total Environ. 2010, 408, 3775-3786
263. Hamer, B.; Paviçić;-Hamer, D.; Müller, W. E. G.; Zahn, R. K.; Batel, R. Fresen. Environ. Bull. 2005, 14, 605-611
264. Ló;pez, J. L.; Abalde, S. L.; Fuentes, J. Mar. Biotechnol. 2005, 7, 396-404
265. Mi, J.; Orbea, A.; Syme, N.; Ahmed, M.; Cajaraville, M. P.; Cristobal, S. Proteomics 2005, 5, 3954-3965
266. Leung, P. T. Y.; Wang, Y.; Mak, S. S. T.; Ng, W. C.; Leung, K. M. Y. Aquat. Toxicol. 2011, 105, 49-61
267. Ronzitti, G.; Milandri, A.; Scortichini, G.; Poletti, R.; Rossini, G. P. Toxicon 2008, 52, 705-713
268. Cristobal, S. Methods Mol. Biol. (Clifton, N.J.) 2008, 410, 123-135
269. Ló;pez, J. L. J. Chromatogr. B 2005, 815, 261-274
270. Marie, B.; Zanella-Cléon, I.; Guichard, N.; Becchi, M.; Marin, F. Mar. Biotechnol. 2011, 13, 1159-1168
271. Li, Y.; Siddiqui, G.; Wikfors, G. H. Aquaculture 2010, 309, 258-264
272. Bédouet, L.; Marie, A.; Dubost, L.; Péduzzi, J.; Duplat, D.; Berland, S.; Puisségur, M.; Boulzaguet, H.; Rousseau, M.; Milet, C.; Lopez, E. Mar. Biotechnol. 2007, 9, 638-649
273. Guo, Y. W.; Zhang, Y.; Huang, X.; Gao, K. S.; Wang, K. J.; Ke, C. H.; Huang, H. Q. Environ. Sci. Pollut. Res. 2012, [Article in Press], 1-11.
274. Simonian, M.; Nair, S. V.; O'Connor, W. A.; Raftos, D. A. J. Fish Dis. 2009, 32, 367-375
275. Simonian, M.; Nair, S. V.; Nell, J. A.; Raftos, D. A. J. Proteomics 2009, 73, 209-217
276. Thompson, E. L.; Taylor, D. A.; Nair, S. V.; Birch, G.; Haynes, P. A.; Raftos, D. A. Aquat. Toxicol. 2011, 103, 241-249
277. Thompson, E. L.; Taylor, D. A.; Nair, S. V.; Birch, G.; Haynes, P. A.; Raftos, D. A. Aquat. Toxicol. 2011, 103, 241-249
278. Fang, C. W.; Huang, Q. Y.; Ling, X. P.; Ke, C. H.; Huang, H. Q. Gaodeng Xuexiao Huaxue Xuebao/Chem. J. Chin. Univ. 2010, 31, 507-513
279. Huang, X.; Fang, C. W.; Guo, Y. W.; Huang, H. Q. Ecotoxicol. Environ. Safety 2011, 74, 1232-1237
280. Huan, P.; Wang, H.; Liu, B. Fish Shellfish Immunol. 2011, 31, 1186-1192
281. Whalen, K. E.; Morin, D.; Lin, C. Y.; Tjeerdema, R. S.; Goldstone, J. V.; Hahn, M. E. Arch. Biochem. Biophys. 2008, 478, 7-17
282. Martí;nez-Fernández, M.; Rodrí;guez-Piñeiro, A. M.; Oliveira, E.; De La Cadena, M. P.; Rolán-Alvarez, E. J. Proteome Res. 2008, 7, 4926-4934
283. Safavi-Hemami, H.; Siero, W. A.; Gorasia, D. G.; Young, N. D.; MacMillan, D.; Williamson, N. A.; Purcell, A. W. J. Proteome Res. 2011, 10, 3904-3919
284. Safavi-Hemami, H.; Young, N. D.; Williamson, N. A.; Purcell, A. W. J. Proteome Res. 2010, 9, 5610-5619
285. Tayo, L. L.; Lu, B.; Cruz, L. J.; Yates, J. R. J. Proteome Res. 2010, 9, 2292-2301
286. Huang, L.; Huang, Q. Y.; Chen, H. B.; Huang, F. S.; Huang, H. Q. Appl. Biochem. Biotechnol. 2011, 165, 978-988
287. Chandramouli, K. H.; Mok, F. S.; Wang, H.; Qian, P. Y. BMC Dev. Biol. 2011, 11, 1-31
288. Mok, F. S. Y.; Thiyagarajan, V.; Qian, P. Y. Proteome Sci. 2009, 7, 44
289. Chandramouli, K. H.; Soo, L.; Qian, P. Y. Proteome Sci. 2011, 9, 51
290. Thiyagarajan, V. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 2010, 392, 22-36
291. Zhou, Q.; Wu, C.; Dong, B.; Li, F.; Liu, F.; Xiang, J. Chin. J. Oceanol. Limnol. 2010, 28, 224-232
292. Zhou, Q.; Wu, C.; Dong, B.; Liu, F.; Xiang, J. Mar. Biotechnol. 2008, 10, 438-446
293. Chai, Y. M.; Yu, S. S.; Zhao, X. F.; Zhu, Q.; Wang, J. X. Fish Shellfish Immunol. 2010, 29, 480-486
294. Jiang, H.; Li, F.; Xie, Y.; Huang, B.; Zhang, J.; Zhang, C.; Li, S.; Xiang, J. Proteomics 2009, 9, 3353-3367
295. Qiao, J.; Du, Z.; Zhang, Y.; Du, H.; Guo, L.; Zhong, M.; Cao, J.; Wang, X. Fish Shellfish Immunol. 2011, 31, 736-745
296. Silvestre, F.; Dierick, J. F.; Dumont, V.; Dieu, M.; Raes, M.; Devos, P. Aquat. Toxicol. 2006, 76, 46-58
297. Gomiero, A.; Pampanin, D. M.; Bjarnstad, A.; Larsen, B. K.; Provan, F.; Lyng, E.; Andersen, O. K. Aquat. Toxicol. 2006, 78 (Suppl) S34-S41
298. Zhang, H.; Wong, Y. H.; Wang, H.; Chen, Z.; Arellano, S. M.; Ravasi, T.; Qian, P. Y. J. Proteome Res. 2011, 10, 349-360
299. Qian, P. Y.; Wong, Y. H.; Zhang, Y. Proteomics 2010, 10, 3435-3446
300. Wong, Y. H.; Arellano, S. M.; Zhang, H.; Ravasi, T.; Qian, P. Y. Proteome Sci. 2010, 8, Art. No. 25.
301. Sewell, M. A.; Eriksen, S.; Middleditch, M. J. Proteomics 2008, 8, 2531-2542
302. Campanale, J. P.; Tomanek, L.; Adams, N. L. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 2011, 397, 106-120
303. Dheilly, N. M.; Nair, S. V.; Courtney Smith, L.; Raftos, D. A. J. Immunol. 2009, 182, 2203-2212
304. Mann, K.; Poustka, A. J.; Mann, M. Proteome Sci. 2010, 8, Art. No. 6.
305. Mann, K.; Wilt, F. H.; Poustka, A. J. Proteome Sci. 2010, 8, Art. No. 33.
306. Mann, K.; Poustka, A. J.; Mann, M. Proteome Sci. 2008, 6, Art. No. 22.
307. Mann, K.; Poustka, A. J.; Mann, M. Proteome Sci. 2008, 6, Art. No. 33.
308. Menschaert, G.; Vandekerckhove, T. T. M.; Baggerman, G.; Landuyt, B.; Sweedler, J. V.; Schoofs, L.; Luyten, W.; Van Criekinge, W. J. Proteome Res. 2010, 9, 990-996
309. Roux, M. M.; Radeke, M. J.; Goel, M.; Mushegian, A.; Foltz, K. R. Dev. Biol. 2008, 313 (2) 630-647
310. Roux, M. M.; Townley, I. K.; Raisch, M.; Reade, A.; Bradham, C.; Humphreys, G.; Gunaratne, H. J.; Killian, C. E.; Moy, G.; Su, Y. H.; Ettensohn, C. A.; Wilt, F.; Vacquier, V. D.; Burke, R. D.; Wessel, G.; Foltz, K. R. Dev. Biol. 2006, 300, 416-433
311. Dheilly, N. M.; Haynes, P. A.; Bove, U.; Nair, S. V.; Raftos, D. A. J. Invert. Pathol. 2011, 106, 223-229
312. Coteur, G.; Mellroth, P.; Lefortery, C. D.; Gillan, D.; Dubois, P.; Communi, D.; Steiner, H. Dev. Comp. Immunol. 2007, 31, 790-804
313. Nakachi, M.; Matsumoto, M.; Terry, P. M.; Cerny, R. L.; Moriyama, H. Mar. Biotechnol. 2008, 10, 564-571
314. Franco, C. F.; Santos, R.; Coelho, A. V. Proteomics 2011, 11, 1359-1364
315. Franco, C. F.; Santos, R.; Coelho, A. V. Proteomics 2011, 11, 3587-3592
316. Alves, R. N.; Cordeiro, O.; Silva, T. S.; Richard, N.; de Vareilles, M.; Marino, G.; Di Marco, P.; Rodrigues, P. M.; Conceição, L. E. C. Aquaculture 2010, 299, 57-66
317. Ibarz, A.; Costa, R.; Harrison, A. P.; Power, D. M. Gen. Comp. Endocr. 2010, 169, 284-292
318. Ibarz, A.; Martí;n-Pérez, M.; Blasco, J.; Bellido, D.; De Oliveira, E.; Fernández-Borràs, J. Proteomics 2010, 10, 963-975
319. Isani, G.; Andreani, G.; Carpenè, E.; di Molfetta, S.; Eletto, D.; Spisni, E. Fish Shellfish Immunol. 2011, 31, 1051-1058
320. Rufino-Palomares, E.; Reyes-Zurita, F. J.; Fuentes-Almagro, C. A.; de la Higuera, M.; Lupiáñez, J. A.; Peragó;n, J. Proteomics 2011, 11, 3312-3325
321. Varó;, I.; Rigos, G.; Navarro, J. C.; del Ramo, J.; Calduch-Giner, J.; Hernández, A.; Pertusa, J.; Torreblanca, A. Chemosphere 2010, 80, 570-577
322. Berg, K.; Puntervoll, P.; Valdersnes, S.; Goksayr, A. Aquat. Toxicol. 2010, 100, 51-65
323. Berg, K.; Puntervoll, P.; Klungsayr, J.; Goksayr, A. Aquat. Toxicol. 2011, 105, 206-217
324. M̧land Nilsen, M.; Meier, S.; Larsen, B. K.; Ketil Andersen, O.; Hjelle, A. Ecotoxicol. Environ. Safety 2011, 74, 2175-2181
325. Sveinsdó;ttir, H.; Vilhelmsson, O.; Gudmundsdó;ttir, á. Comp. Biochem. Physiol.-D: Genomics Proteomics 2008, 3, 243-250
326. Sveinsdó;ttir, H.; Steinarsson, A.; Gudmundsdó;ttir, á. Comp. Biochem. Physiol.-D: Genomics Proteomics 2009, 4, 249-254
327. Sveinsdó;ttir, H.; Gudmundsdó;ttir, á. Aquacult. Nutr. 2010, 16, 662-670
328. Sveinsdottir, H.; Gudmundsdottir, A. Icelandic Agric. Sci. 2011, 24, 23-31
329. Piñeiro, C.; Vázquez, J.; Marina, A. I.; Barros-Velézquez, J.; Gallardo, J. M. Electrophoresis 2001, 22, 1545-1552
330. Costa, P. M.; Chicano-Gálvez, E.; Ló;pez Barea, J.; DelValls, T. À.; Costa, M. H. Environ. Pollut. 2010, 158, 3338-3346
331. Costa, P. M.; Caeiro, S.; Vale, C.; Delvalls, T. á.; Costa, M. H. Environ. Pollut. 2012, 161, 107-120
332. Forné, I.; Castellana, B.; Marí;n-Juez, R.; Cerdà, J.; Abián, J.; Planas, J. V. Proteomics 2011, 11, 2195-2211
333. Lin, Y. C.; Chiu, K. H.; Shiea, J.; Huang, H. W.; Mok, H. K. Fish Physiol. Biochem. 2011, 37, 977-991
334. Kelley, J. L.; Aagaard, J. E.; MacCoss, M. J.; Swanson, W. J. J. Mol. Evol. 2010, 71, 111-118
335. Kültz, D.; Fiol, D.; Valkova, N.; Gomez-Jimenez, S.; Chan, S. Y.; Lee, J. J. Exp. Biol. 2007, 210, 1593-1601
336. Pineiro, C.; Canas, B.; Carrera, M. Food Res. Int. 2010, 43, 1791-1802
337. Yu, J.; Kindy, M. S.; Ellis, B. C.; Baatz, J. E.; Peden-Adams, M.; Ellingham, T. J.; Wolff, D. J.; Fair, P. A.; Gattoni-Celli, S. Anat. Rec. A Discovery Mol. Cell. Evol. Biol. 2005, 287, 1246-1255
338. Brenez, C.; Gerkens, P.; Mazzucchelli, G.; Jauniaux, T.; Eppe, G.; Pauw, E. D.; Pauw-Gillet, M.-C. D. Talanta 2004, 63, 1225-1230
339. Grebe, M.; Pröfrock, D.; Kakuschke, A.; Broekaert, J. A. C.; Prange, A. Metallomics 2010, 2, 683-693