A quantitative proteomic analysis of light adaptation in a globally significant marine cyanobacterium Prochlorococcus marinus MED4

Journal of Proteome Research

Volumn 6, Issue 3, 2007, Pages 996-1005

  Pandhal, Jagroop ^a   Wright, Phillip C ^a   Biggs, Catherine A ^a  

^a UNIVERSITY OF SHEFFIELD   (United Kingdom)

Author keywords

High light; iTRAQ; LC MS MS; Photoadaptation; Prochlorococcus

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; CHAPERONE;

ARTICLE; BACTERIAL STRAIN; CYANOBACTERIUM; DOWN REGULATION; LIGHT ADAPTATION; MARINE BACTERIUM; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROCHLOROCOCCUS; PROCHLOROCOCCUS MARINUS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN EXPRESSION; PROTEOMICS;

ADAPTATION, OCULAR; BACTERIAL PROTEINS; CYANOBACTERIA; GENE EXPRESSION REGULATION, BACTERIAL; MOLECULAR PROBES; OCEANS AND SEAS; PROCHLOROCOCCUS; PROTEOMICS;

PROCHLOROCOCCUS; PROCHLOROCOCCUS MARINUS;

EID: 33947578259     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr060460c     Document Type: Article

References (60)

1. Singh, S. C.; Sinha, R. P.; Hader, D. P. Acta Protozool. 2002, 41, 297-308.
2. Nishiyama, Y.; Kovács, E.; Lee, C. B.; Hayashi, H.; Watanabe, T.; Murata, N. Plant Cell Physiol. 1993, 34 (2), 337-343.
3. Pogoryelov, D.; Sudhir, P. R.; Kovács, L.; Gombos, Z.; Brown, I.; Garab, G. J. Bioenerg. Biomembr. 2004, 35 (5), 427-437.
4. Joset, F.; Jeanjean, R.; Hagemann, M. Physiol. Plant. 1996, 96, 738-744.
5. Chisholm, S. W.; Olson, R. J.; Zettler, E.; Goericke, R.; Waterbury, J. R.; Welschmeyer, N. A. Nature 1988, 334, 340-343.
6. Liu, H. B.; Nolla, H. A.; Campbell, L. Aquat. Microb. Ecol. 1997, 12, 39-47.
7. Hess, W. R.; Rocap, G.; Ting, C. S.; Larimer, F.; Stilwagen, S.; Lamerdin, J.; Chisholm, S. W. Photosynth. Res. 70 2001, 70, 53-71.
8. Mary, I.; Vaulot, D. FEMS Microbiol. Lett. 2003, 226 (1), 135.
9. Partensky, F.; Hess, W. R.; Vaulot, D. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1999, 63 (1), 106-127.
10. Rocap, G.; Larimer, F. W.; Lamerdin, J.; Malfatti, S.; Chain, P.; Ahlgren, N. A.; Arellano, A.; Coleman, M.; Hauser, L.; Hess, W. R.; Johnson, Z. I.; Land, M.; Lindell, D.; Post, A. F.; Regala, W.; Shah, M.; Shaw, S. L.; Steglich, C.; Sullivan, M. B.; Ting, C. S.; Tolonen, A.; Webb, E. A.; Zinser, E. R.; Chisholm, S. W. Nature 2003, 424 (6952), 1042-1047.
11. West, N. J.; Schonhuber, W. A.; Fuller, N. J.; Amann, R. I.; Rippka, R.; Post, A. F.; Scanlan, D. J. Microbiol. 2001, 147 (7), 1731-1744.
12. Roche, J. L.; van der Staay, G. W. M.; Partensky, F.; Ducret, A.; Aebersold, R.; Li, R.; Golden, S. S.; Hiller, R. G.; Wrench, P. M.; Larkum, A. W. D.; Green, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93 (26), 15244-15248.
13. Moore, L. R.; Rocap, G.; Crisholm, S. W. Nature 1998, 393 (6684), 464-467.
14. Garczarek, L.; Hess, W. R.; Holtzendorff, J.; van der Staay, G. W.; Partensky, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97 (8), 4098-4101.
15. Johnson, Z. I.; Zinser, E. R.; Coe, A.; McNulty, N. P.; Woodward, E. M. S.; Chisholm, S. W. Science 2006, 311 (5768), 1737-1740.
16. Zinser, E. R.; Coe, A.; Johnson, Z. I.; Martiny, A. C.; Fuller, N. J.; Scanlan, D. J.; Chisholm, S. W. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72 (1), 723-732.
17. Scanlan, D. J.; West, N. J. FEMS Microbiol. Ecol. 2002, 40, 1-12.
18. West, N. J.; Scanlan, D. J. Appl. Environ. Microbiol. 1999, 65 (6), 2585-2591.
19. Asada, K. Production and Action of Active Oxygen Species in Photosynthetic Tissues; CRC Press: Boca Raton, FL, 1994; p 77-104.
20. Campbell, D.; Hurry, V.; Clarke, A. K.; Gustafsson, P.; Oquist, G. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998, 62 (3), 667-683.
21. Niyogi, K. K. Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 1999, 50 (1), 333-359.
22. Pfannschmidt, T.; Nilsson, A.; Tullberg, A.; Link, G.; Allen, J. F. IUBMB Life 1999, 48 (3), 271-276.
23. Hihara, Y.; Kamei, A.; Kanehisa, M.; Kaplan, A.; Ikeuchi, M. Plant Cell 2001, 13 (4), 793-806.
24. Mary, I.; Tu, C.-J.; Grossman, A.; Vaulot, D. Microbiology 2004, 150 (5), 1271-1281.
25. Forster, B.; Mathesius, U.; Pogson, B. J. Proteomics 2006, 6 (15), 4309-4320.
26. Giacomelli, L.; Rudella, A.; van Wijk, K. J. Plant Physiol. 2006, 141 (2), 685-701.
27. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayasma, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3 (12), 1154-1169.
28. Choe, L. H.; Franck, K. A. Z.; Lee, K. H. Electrophoresis 2005, 26 (12), 2437-2449.
29. Fey, S. J.; Larsen, P. M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5 (1), 26.
30. Chisholm, S. W.; Frankel, S. L.; Goericke, R.; Olson, R. J.; Palenik, B.; Waterbury, J. B.; Westjohnsrud, L.; Zettler, E. R. Arch. Microbiol. 1992, 157 (3), 297-300.
31. Moore, L. R.; Chisholm, S. Limnol. Oceanogr. 1999, 44, 628-638.
32. Turekian, K. K. Oceans. 1st ed.; Prentice Hall: Englewood Cliffs, NJ, 1968.
33. Gan, C. S.; Reardon, K. F.; Wright, P. C. Proteomics 2005, 5 (9), 2468-2478.
34. Chong, P. K.; Gan, C. S.; Pham, T. K.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2006, 5 (5), 1232-1240.
35. Gardy, J. L.; Laird, M. R.; Chen, F.; Rey, S.; Walsh, C. J.; Ester, M.; Brinkman, F. S. Bioinformatics 2005, 21 (5), 617-623.
36. Juncker, A. S.; Willenbrock, H.; Von Heijne, G.; Brunak, S.; Nielsen, H.; Krogh, A. Protein Sci. 2003, 12 (8), 1652-1662.
37. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157 (1), 105.
38. Ishihama, Y.; Oda, Y.; Tabata, T.; Sato, T.; Nagasu, T.; Rappsilber, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4 (9), 1265-1272.
39. Cagney, G.; Amiri, S.; Premawaradena, T.; Lindo, M.; Emili, A. Proteome Sci. 2003, 1 (1), 5.
40. Barrios-Llerena, M. E.; Chong, P. K.; Gan, C. S.; Snijders, A. P. L.; Reardon, K. F.; Wright, P. C. Briefings Funct. Genomics Proteomics 2006, ell021.
41. Tatusov, R. L.; Koonin, E. V.; Lipman, D. J. Science 1997, 278 (5338), 631-637.
42. Chong, P. K.; Gan, C. S.; Pham, T. K.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2006, 5 (5), 1232-1240.
43. Lee, J.; Cao, L.; Ow, S. Y.; Barrios-Llerena, M. E.; Chen, W.; Wood, T. K.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2006, 5 (6), 1388-1397.
44. Gan, C. S.; Chong, P. K.; Pham, T. K.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2007, 6 (2), 821-827.
45. Garcia-Fernandez, J. M.; Hess, W. R.; Houmard, J.; Partensky, F. Arch. Biochem. Biophys. 1998, 359 (1), 17-23.
46. Hess, W. R.; Weihe, A.; Loiseaux-de Goer, S.; Partensky, F.; Vaulot, D. Plant Mol. Biol. 1995, 27 (6), 1189-1196.
47. Campbell, D.; Eriksson, M.-J.; Oquist, G.; Gustafsson, P.; Clarke, A. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95 (1), 364-369.
48. Sommaruga, R.; Hofer, J. S.; Alonso-Sáez, L.; Gasol, J. M. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71 (4), 2154-2157.
49. Glover, J. R.; Lindquist, S. Cell 1998, 94 (1), 73.
50. Apte, S. K.; Fernandes, T.; Badran, H.; Ballal, A. J. Biosci. 1998, 23, 399-406.
51. Tanaka, N.; Nakamoto, H. FEBS Lett. 1999, 458 (2), 117.
52. Hossain, M.; Nakamoto, H. Curr. Microbiol. 2003, 46 (1), 70-76.
53. Clarke, A. K.; Eriksson, M. J. Plant Mol. Biol. 1996, 31 (4), 721-730.
54. Lutkenhaus, J. Mol. Microbiol. 1993, 9 (3), 403-409.
55. Cannon, G. C.; bradburne, C. E.; Aldrich, H. C.; Baker, S. H.; Heinhorst, S.; Shively, J. M. Appl. Environ. Microbiol. 2001, 67, 5351-5361.
56. Kaplan, A.; Reinhold, L. Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 1999, 50, 539-570.
57. Scanlan, D. J.; Silman, N. J.; Donald, K. M.; Wilson, W. H.; Carr, N. G.; Joint, I.; Mann, N. H. Appl. Environ. Microbiol. 1997, 63 (6), 2411-2420.
58. Goericke, R.; Repeta, D. J. Limnol. Oceanogr. 1992, 37, 425-433.
59. Hess, W. R.; Partensky, F.; van der Staay, G. W.; Garcia-Fernandez, J. M.; Borner, T.; Vaulot, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93 (20), 11126-11130.
60. Partensky, F.; Garczarek, L. The Photosynthetic Apparatus of Chlorophyll b- and d-Containing Oxyphotobacteria; Kluwer Academic Publishers: Dordrecht, The Netherlands, 2003; Vol. 13.