Cold adaptation of the antarctic archaeon, Methanococcoides burtonii assessed by proteomics using ICAT

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 2, 2005, Pages 473-480

  Goodchild, Amber ^a   Raftery, Mark ^a   Saunders, Neil F W ^a   Guilliaus, Michael ^a   Cavicchioli, Ricardo ^a  

^a UNIVERSITY OF NEW SOUTH WALES   (Australia)

Author keywords

Archaea; Cold adaptation; ICAT; Methanogen; Proteome; Psychrophile

Indexed keywords

AFFINITY CHROMATOGRAPHY; ANTARCTICA; ARCHAEBACTERIUM; ARTICLE; BIOSYNTHESIS; COLD ACCLIMATIZATION; CONTROLLED STUDY; GENETIC TRANSCRIPTION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MEMBRANE TRANSPORT; METHANOCOCCOIDES BURTONII; METHANOGENESIS; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN FOLDING; PROTEOMICS; TEMPERATURE; TWO DIMENSIONAL GEL ELECTROPHORESIS;

ADAPTATION, PHYSIOLOGICAL; CHROMATOGRAPHY, AFFINITY; COLD; MASS SPECTROMETRY; METHANOSARCINACEAE; PROTEOMICS;

ARCHAEA; METHANOCOCCOIDES BURTONII;

EID: 17444384908     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049760p     Document Type: Article

References (51)

1. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
2. Julka, S.; Regnier, F. J. Proteome Res. 2004, 3, 350-363.
3. Guina, T.; Wu, M.; Miller, S. I.; Purvine, S. O.; Yi, E. C.; Eng, J.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Ernst, R. K.; Lee, K. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 742-751.
4. Shiio, Y.; Donohoe, S.; Yi, E. C.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Eisenman, R. N. EMBO J. 2002, 21, 5088-5096.
5. Griffin, T. J.; Han, D. K.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Lee, H.; Aebersold, R.; Parker, K. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 1238-1246.
6. Paba, J.; Santana, J. M.; Teixeira, A. R.; Fontes, W.; Sousa, M. V.; Ricart, C. A. Proteomics 2004, 4, 1052-1059.
7. Ranish, J. A.; Yi, E. C.; Leslie, D. M.; Purvine, S. O.; Goodlett, D. R.; Eng, J.; Aebersold, R. Nat. Genet. 2003, 33, 349-355.
8. Gygi, S. P.; Rist, B.; Griffin, T. J.; Eng, J.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2002, 1, 47-54.
9. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-951.
10. Franzmann, P. D.; Springer, N.; Ludwig, W.; Conway de Macario, E.; Rohde, M. System Appl. Microbiol. 1992, 15, 573-581.
11. Woese, C. R.; Kandler, O.; Wheelis, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 4576-4579.
12. Thomas, T.; Cavicchioli, R. FEBS Lett. 1998, 439, 281-286.
13. Siddiqui, K. S.; Cavicchioli, R.; Thomas, T. Extremophiles 2002, 6, 143-150.
14. Thomas, T.; Cavicchioli, R. J. Bacteriol. 2000, 182, 1328-1332.
15. Thomas, T.; Kumar, N.; Cavicchioli, R. J. Bacteriol. 2001, 183, 1974-1982.
16. Noon, K. R.; Guymon, R.; Grain, P. F.; McCloskey, J. A.; Thomm, M.; Lim, J.; Cavicchioli, R. J. Bacteriol. 2003, 185, 5483-5490.
17. Nichols, D.; Miller, M. R.; Davies, N. W.; Goodchild, A.; Raftery, M.; Cavicchioli, R. J. Bacteriol. 2004, 186, 8508-8515.
18. Lim, J.; Thomas, T.; Cavicchioli, R. J. Mol. Biol. 2000, 297, 553-567.
19. Saunders, N.; Thomas, T.; Curmi, P. M. G.; Mattick, J. S.; Kuczek, E.; Slade, R.; Davis, J.; Franzmann, P. D.; Boone, D.; Rusterholtz, K.; Feldman, R.; Gates, C.; Bench, S.; Sowers, K.; Kadner, K.; Aerts, A.; Dehal, P.; Detter, C.; Glavina, T.; Lucas, S.; Richardson, P.; Larimer, F.; Hauser, L.; Land, M.; Cavicchioli, R. Genome Res. 2003, 13, 1580-1588.
20. Goodchild, A.; Saunders: N. F. W.; Ertan, H.; Raftery, M.; Guilhaus, M.; Curmi, P. M. G.; Cavicchioli, R. Mol. Microbiol. 2004, 53, 309-321.
21. Goodchild, A.; Raftery, M.; Saunders: N.; Guilhaus, M.; Cavicchioli, R. J. Proteome Res. 2004, 3, 1164-1176.
22. Saunders, N. F. W.; Goodchild, A.; Raftery, M.; Guilhaus, M.; Curmi, P. M. G.; Cavicchioli, R. J. Proteome Res. 2005, 4, 464-472.
23. Cavicchioli, R.; Siddiqui, K. S. In Enzyme Technology, Pandey, A., Webb, C., Soccol, C. R., Larroche, C., Eds.; AsiaTech Publishers: New Dehli; 2004, pp 615-638.
24. Feller, G.; Gerday, C. Nat. Rev. Micro. 2003, 1, 200-208.
25. Cavicchioli, R.; Goodchild, A.; Raftery, M. In Microbial Proteomics - Functional biology of whole organisms; Humphery-Smith, I., Hecker, M., Eds.; John Wiley & Sons: New Jersey, 2005; in press.
26. Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Ideker, T.; Rist, B.; Eng, J.; Hood, L.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 323-333.
27. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
28. Hansen, K. C.; Schmitt-Ulms, G.; Chalkley, R. J.; Hirsch, J.; Baldwin, M. A.; Burlingame, A. L. Mol. Cell Proteomics 2003, 2, 299-314.
29. Malmstrom, J.; Larsen, K.; Malmstrom, L.; Tufvesson, E.; Parker, K.; Marchese, J.; Williamson, B.; Patterson, D; Martin, S; Juhasz, P.; Westergren-Thorsson, G.; Marko-Varga, G. Electrophoresis 2003, 24, 3806-3814.
30. Kubota, K.; Wakabayashi, K.; Matsuoka, T. Proteomics 2003, 3, 616-626.
31. Giometti, C. S.; Reich, C.; Tollaksen, S.; Babnigg, G.; Lim, H.; Zhu, W.; Yates, J. R., III; Olsen, G. J. Chromatogr. B 2002, 782, 227-243.
32. Krzycki, J. A. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 484-491.
33. Ideno, A.; Yoshida, T.; Iida, T.; Furutani, M.; Maruyama, T. Biochem. J. 2001, 357, 465-471.
34. Suzuki, Y.; Haruki, M.; Takano, K.; Morikawa, M.; Kanaya, S. Eur. J. Biochem. 2004, 271, 1372-1381.
35. Galagan, J. E.; Nusbaum, C.; Roy, A.; Endrizzi, M. G.; Macdonald, P.; FitzHugh, W.; Calvo, S.; Engels, R.; Smirnov, S.; Atnoor, D.; Brown, A.; Allen, N.; Naylor, J.; Stange-Thomann, N.; DeArellano, K.; Johnson, R.; Linton, L.; McEwan, P.; McKernan, K.; Talamas, J.; Tirrell, A.; Ye, W.; Zimmer, A.; Barber, R. D.; Cann, I.; Graham, D. E.; Grahame, D. A.; Guss, A. M.; Hedderich, R.; Ingram-Smith, C.; Kuettner, H. C.; Krzycki, J. A.; Leigh, J. A.; Li, W.; Liu, J.; Mukhopadhyay, B.; Reeve, J. N.; Smith, K.; Springer, T. A.; Umayam, L. A.; White, O.; White, R. H.; Conway de Macario, E.; Ferry, J. G.; Jarrell, K. F.; Jing, H.; Macario, A. J.; Paulsen, I.; Pritchett, M.; Sowers, K. R.; Swanson, R. V.; Zinder, S. H.; Lander, E.; Metcalf, W. W.; Birren, B. Genome Res. 2002, 12, 532-542.
36. Vaupel, M.; Thauer, R. K. Arch Microbiol. 1998, 169, 201-205.
37. Valentine, D. L.; Blanton, D. C.; Reeburgh, W. S. Arch Microbiol. 2000, 174, 415-421.
38. Graninger, M.; Kneidinger, B.; Bruno, K.; Scheberl, A.; Messner, P. Appl. Environ. Microbiol. 2002, 68, 3708-3715.
39. Sprott, G. D.; Shaw, K. M.; Jarrell, K. F. J. Biol. Chem. 1983, 258, 4026-4031.
40. Reeve, J. N. Mol. Microbiol. 2003, 48, 587-598.
41. Nachin, L.; Loiseau, L.; Expert, D.; Barras, F. EMBO J 2003, 22, 427-437.
42. Law, A. E.; Mullineaux, C. W.; Hirst, E. M. A.; Saldanha, J.; Wilson, R. J. M. Protist 2000, 151, 317-327.
43. Moller, S. G.; Kunkel, T.; Chua, N. H. Genes Dev. 2001, 15, 90-103.
44. Outten, F. W.; Wood, M. J.; Munoz, F. M.; Storz, G. J. Biol. Chem. 2003, 278, 45713-45719.
45. Shockley, K. R.; Ward, D. E.; Chhabra, S. R.; Conners, S. B.; Montero, C. I.; Kelly, R. M. Appl. Environ. Microbiol. 2003, 69, 2365-2371.
46. Phipps, B. M.; Hoffmann, A.; Stetter, K. O.; Baumeister, W. EMBO J. 1991, 10, 1711-1722.
47. Trent, J. D.; Nimmesgern, E.; Wall, J. S.; Hard, F. U.; Horwich, A. L. Nature 1991, 354, 490-493.
48. Kagawa, H. K.; Yaoi, T.; Brocchieri, L.; McMillan, A.; Alton, T.; Trent, J. D. Mol. Microbiol. 2003, 48, 143-156.
49. Laksanalamai, P.; Whitehead, T. A.; Robb, F. T. Nat. Rev. Micro. 2004, 2, 315-324.
50. Knoblauch, C.; Jorgensen, B. B. Environ. Microbiol. 1999, 1, 457-467.
51. Bakermans, C.; Nealson, K. H. J. Bacteriol. 2004, 186, 2340-2345.