Advancements in top-down proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 2, 2012, Pages 720-734

  Zhou, Hu ^a,b   Ning, Zhibing ^a   E Starr, Amanda ^a   Abu Farha, Mohamed ^c   Figeys, Daniel ^a  

^a UNIVERSITY OF OTTAWA   (Canada)

^b SHANGHAI INSTITUTE OF MATERIA MEDICA   (China)

^c DASMAN DIABETES INSTITUTE   (Kuwait)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN; PROTEOME;

ANIMAL; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PROTEOMICS; REVIEW;

ANIMALS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; PROTEINS; PROTEOME; PROTEOMICS;

EID: 84862933288     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac202882y     Document Type: Review

References (191)

1. Edman, P. Arch. Biochem. 1949, 22, 475
2. Wilm, M.; Shevchenko, A.; Houthaeve, T.; Breit, S.; Schweigerer, L.; Fotsis, T.; Mann, M. Nature 1996, 379, 466-469
3. Dunn, J. E.; Ed. Proceedings of the International Meeting, Siena, Italy, September 5-7, 1994. Electrophoresis 1995, 16 (7), 1077-1326.
4. Rabilloud, T.; Chevallet, M.; Luche, S.; Lelong, C. J. Proteomics 2010, 73, 2064-2077
5. Motoyama, A.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2008, 80, 7187-7193
6. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386
7. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999
8. Olsen, J. V.; Andersen, J. R.; Nielsen, P. A.; Nielsen, M. L.; Figeys, D.; Mann, M.; Wisniewski, J. R. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 82-92
9. Stewart, I. I.; Thomson, T.; Figeys, D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2456-2465
10. Old, W. M.; Meyer-Arendt, K.; Aveline-Wolf, L.; Pierce, K. G.; Mendoza, A.; Sevinsky, J. R.; Resing, K. A.; Ahn, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1487-1502
11. Boersema, P. J.; Raijmakers, R.; Lemeer, S.; Mohammed, S.; Heck, A. J. Nat. Protoc. 2009, 4, 484-494
12. Wu, R., Haas, W., Dephoure, N., Huttlin, E. L., Zhai, B., Sowa, M. E., and Gygi, S. P. Nat. Methods 2011, 8, 677-683
13. Huttlin, E. L.; Jedrychowski, M. P.; Elias, J. E.; Goswami, T.; Rad, R.; Beausoleil, S. A.; Villen, J.; Haas, W.; Sowa, M. E.; Gygi, S. P. Cell 2010, 143, 1174-1189
14. Wang, F.; Song, C.; Cheng, K.; Jiang, X.; Ye, M.; Zou, H. Anal. Chem. 2011, 83, 8078-8085
15. Davignon, J.; Dubuc, G.; Seidah, N. G. Curr. Atheroscler. Rep. 2010, 12, 308-315
16. Cosgrove, M. S.; Wolberger, C. Biochem. Cell Biol. 2005, 83, 468-476
17. Zhang, Y. W.; Thompson, R.; Zhang, H.; Xu, H. Mol. Brain 2011, 4, 3
18. Abu-Farha, M.; Lambert, J. P.; Al-Madhoun, A. S.; Elisma, F.; Skerjanc, I. S.; Figeys, D. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 560-572
19. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNaggar, M.; Strauss, E.; Park, J. H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672-678
20. Sokolova, L.; Wittig, I.; Barth, H. D.; Schagger, H.; Brutschy, B.; Brandt, U. Proteomics 2010, 10, 1401-1407
21. Arnold, R. J.; Hrncirova, P.; Annaiah, K.; Novotny, M. V. J. Proteome Res. 2004, 3, 653-657
22. Portelius, E.; Westman-Brinkmalm, A.; Zetterberg, H.; Blennow, K. J. Proteome Res. 2006, 5, 1010-1016
23. Bergen, H. R., 3rd; Zeldenrust, S. R.; Butz, M. L.; Snow, D. S.; Dyck, P. J.; Klein, C. J.; OBrien, J. F.; Thibodeau, S. N.; Muddiman, D. C. Clin. Chem. 2004, 50, 1544-1552
24. Nepomuceno, A. I.; Mason, C. J.; Muddiman, D. C.; Bergen, H. R., 3rd; Zeldenrust, S. R. Clin. Chem. 2004, 50, 1535-1543
25. Capriotti, A. L.; Cavaliere, C.; Foglia, P.; Samperi, R.; Lagana, A. J. Chromatogr., A, in press.
26. Valliere-Douglass, J.; Jones, L.; Shpektor, D.; Kodama, P.; Wallace, A.; Balland, A.; Bailey, R.; Zhang, Y. Anal. Chem. 2008, 80, 3168-3174
27. Valliere-Douglass, J.; Wallace, A.; Balland, A. J. Chromatogr., A 2008, 1214, 81-89
28. Ang, S. G.; Chong, P. S. Talanta 1998, 45, 693-701
29. Tetaz, T.; Detzner, S.; Friedlein, A.; Molitor, B.; Mary, J. L. J. Chromatogr., A 2011, 1218, 5892-5896
30. Vellaichamy, A.; Tran, J. C.; Catherman, A. D.; Lee, J. E.; Kellie, J. F.; Sweet, S. M.; Zamdborg, L.; Thomas, P. M.; Ahlf, D. R.; Durbin, K. R.; Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2010, 82, 1234-1244
31. Pesavento, J. J.; Garcia, B. A.; Streeky, J. A.; Kelleher, N. L.; Mizzen, C. A. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1510-1526
32. Erales, J.; Gontero, B.; Whitelegge, J.; Halgand, F. Biochem. J. 2009, 419, 75-82 74 pages following p 82
33. Dubrovska, A.; Souchelnytskyi, S. Proteomics 2005, 5, 4678-4683
34. Essen, L. O.; Skerra, A. J. Chromatogr., A 1993, 657, 55-61
35. Muino Blanco, M. T.; Alvaro Cebrian, J.; Olde, B.; Johansson, G. J. Chromatogr. 1991, 547, 79-87
36. Ferreira, L. F.; Taqueda, M. E.; Vitolo, M.; Converti, A.; Pessoa, A., Jr. J. Biotechnol. 2005, 116, 411-416
37. Brunella, A.; Abrantes, M.; Ghisalba, O. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2000, 64, 1836-1841
38. Fonslow, B. R.; Kang, S. A.; Gestaut, D. R.; Graczyk, B.; Davis, T. N.; Sabatini, D. M.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2010, 82, 6643-6651
39. Martinovic, S.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Methods Mol. Biol. 2004, 276, 291-304
40. Lee, C. S.; Balgley, B. M. Methods Mol. Biol. 2009, 492, 233-240
41. Zhou, F.; Hanson, T. E.; Johnston, M. V. Anal. Chem. 2007, 79, 7145-7153
42. Shen, Y.; Berger, S. J.; Smith, R. D. J. Chromatogr., A 2001, 914, 257-264
43. Ouvry-Patat, S. A.; Torres, M. P.; Quek, H. H.; Gelfand, C. A.; OMullan, P.; Nissum, M.; Schroeder, G. K.; Han, J.; Elliott, M.; Dryhurst, D.; Ausio, J.; Wolfenden, R.; Borchers, C. H. Proteomics 2008, 8, 2798-2808
44. Ouvry-Patat, S. A.; Torres, M. P.; Gelfand, C. A.; Quek, H. H.; Easterling, M.; Speir, J. P.; Borchers, C. H. Methods Mol. Biol. 2009, 492, 215-231
45. Akashi, S.; Suzuki, K.; Arai, A.; Yamada, N.; Suzuki, E.; Hirayama, K.; Nakamura, S.; Nishimura, Y. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 1932-1938
46. Haselberg, R.; de Jong, G. J.; Somsen, G. W. Electrophoresis 2011, 32, 66-82
47. DUlivo, L.; Chen, J.; Meinander, K.; Oorni, K.; Kovanen, P. T.; Riekkola, M. L. Anal. Biochem. 2008, 383, 38-43
48. Eeltink, S., Wouters, B., Desmet, G., Ursem, M., Blinco, D., Kemp, G. D., and Treumann, A. J. Chromatogr., A 2011, 1218, 5504-5511
49. Kim, K. H. and Moon, M. H. Anal. Chem. 2011, DOI: 10.1021/ac202098b.
50. Puchades, M.; Westman, A.; Blennow, K.; Davidsson, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 2450-2455
51. Wall, D. B.; Kachman, M. T.; Gong, S.; Hinderer, R.; Parus, S.; Misek, D. E.; Hanash, S. M.; Lubman, D. M. Anal. Chem. 2000, 72, 1099-1111
52. Zuo, X.; Speicher, D. W. Anal. Biochem. 2000, 284, 266-278
53. Moritz, R. L.; Ji, H.; Schutz, F.; Connolly, L. M.; Kapp, E. A.; Speed, T. P.; Simpson, R. J. Anal. Chem. 2004, 76, 4811-4824
54. Tran, J. C.; Doucette, A. A. J. Proteome Res. 2008, 7, 1761-1766
55. Tran, J. C.; Wall, M. J.; Doucette, A. A. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009, 877, 807-813
56. Tran, J. C.; Doucette, A. A. Anal. Chem. 2008, 80, 1568-1573
57. Tran, J. C.; Doucette, A. A. Anal. Chem. 2009, 81, 6201-6209
58. Geng, X.; Ke, C.; Chen, G.; Liu, P.; Wang, F.; Zhang, H.; Sun, X. J. Chromatogr., A 2009, 1216, 3553-3562
59. Sharma, S.; Simpson, D. C.; Tolic, N.; Jaitly, N.; Mayampurath, A. M.; Smith, R. D.; Pasa-Tolic, L. J. Proteome Res. 2007, 6, 602-610
60. Compton, P. D.; Zamdborg, L.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2011, 83, 6868-6874
61. Yin, S.; Loo, J. A. Int. J. Mass Spectrom. 2011, 300, 118-122
62. Sterling, H. J.; Cassou, C. A.; Trnka, M. J.; Burlingame, A. L.; Krantz, B. A.; Williams, E. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 18288-18296
63. Sterling, H. J.; Prell, J. S.; Cassou, C. A.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1178-1186
64. Sterling, H. J.; Daly, M. P.; Feld, G. K.; Thoren, K. L.; Kintzer, A. F.; Krantz, B. A.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1762-1774
65. Valeja, S. G.; Tipton, J. D.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2010, 82, 7515-7519
66. Chen, L. C.; Mandal, M. K.; Hiraoka, K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 539-544
67. Sampson, J. S.; Murray, K. K.; Muddiman, D. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 667-673
68. Takats, Z.; Wiseman, J. M.; Gologan, B.; Cooks, R. G. Science 2004, 306, 471-473
69. Ferguson, C. N.; Benchaar, S. A.; Miao, Z.; Loo, J. A.; Chen, H. Anal. Chem. 2011, 83, 6468-6473
70. Andrews, G. L.; Simons, B. L.; Young, J. B.; Hawkridge, A. M.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2011, 83, 5442-5446
71. Halgand, F.; Habchi, J.; Cravello, L.; Martinho, M.; Guigliarelli, B.; Longhi, S. Anal. Chem. 2011, 83, 7306-7315
72. Mekecha, T. T.; Amunugama, R.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 923-931
73. Armirotti, A.; Benatti, U.; Damonte, G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23, 661-666
74. Przybylski, C.; Junger, M. A.; Aubertin, J.; Radvanyi, F.; Aebersold, R.; Pflieger, D. J. Proteome Res. 2010, 9, 5118-5132
75. Zubarev, R. A. Curr. Opin. Biotechnol. 2004, 15, 12-16
76. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563-573
77. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
78. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2857-2862
79. Syka, J. E.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
80. Chi, A.; Bai, D. L.; Geer, L. Y.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 259, 197-203
81. Vasicek, L. A.; Ledvina, A. R.; Shaw, J.; Griep-Raming, J.; Westphall, M. S.; Coon, J. J.; Brodbelt, J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1105-1108
82. Patrie, S. M.; Charlebois, J. P.; Whipple, D.; Kelleher, N. L.; Hendrickson, C. L.; Quinn, J. P.; Marshall, A. G.; Mukhopadhyay, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1099-1108
83. Patrie, S. M.; Ferguson, J. T.; Robinson, D. E.; Whipple, D.; Rother, M.; Metcalf, W. W.; Kelleher, N. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 14-25
84. Ryan, C. M.; Souda, P.; Halgand, F.; Wong, D. T.; Loo, J. A.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 908-917
85. Calligaris, D., Villard, C., Terras, L., Braguer, D., Verdier-Pinard, P., and Lafitte, D. Anal. Chem. 2010, 82, 6176-6184
86. Ge, Y.; Rybakova, I. N.; Xu, Q.; Moss, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 12658-12663
87. Zhang, J.; Dong, X.; Hacker, T. A.; Ge, Y. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 940-948
88. Motos Gallardo, A.; Hernandez, J. A.; Hernandez, J. M.; Rovira, J. M.; Fluvia, L.; Bosch, A.; Pastor, M. C. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 943-949
89. Roth, M. J.; Forbes, A. J.; Boyne, M. T., 2nd; Kim, Y. B.; Robinson, D. E.; Kelleher, N. L. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1002-1008
90. Ferguson, J. T.; Wenger, C. D.; Metcalf, W. W.; Kelleher, N. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1743-1750
91. Roth, M. J.; Parks, B. A.; Ferguson, J. T.; Boyne, M. T., 2nd; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2008, 80, 2857-2866
92. Meyer, B.; Papasotiriou, D. G.; Karas, M. Amino Acids 2011, 41, 291-310
93. Wu, S.; Tolic, N.; Tian, Z.; Robinson, E. W.; Pasa-Tolic, L. Methods Mol. Biol. 2011, 694, 291-304.
94. Tipton, J. D.; Tran, J. C.; Catherman, A. D.; Ahlf, D. R.; Durbin, K. R.; Kelleher, N. L. J. Biol. Chem. 2011, 286, 25451-25458
95. Huttenhain, R.; Hess, S. Proteomics 2010, 10, 3657-3668
96. Lopez-Ferrer, D.; Petritis, K.; Robinson, E. W.; Hixson, K. K.; Tian, Z.; Lee, J. H.; Lee, S. W.; Tolic, N.; Weitz, K. K.; Belov, M. E.; Smith, R. D.; Pasa-Tolic, L. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.001479
97. Jenuwein, T.; Allis, C. D. Science 2001, 293, 1074-1080
98. Yang, H.; Pesavento, J. J.; Starnes, T. W.; Cryderman, D. E.; Wallrath, L. L.; Kelleher, N. L.; Mizzen, C. A. J. Biol. Chem. 2008, 283, 12085-12092
99. Zheng, Y.; John, S.; Pesavento, J. J.; Schultz-Norton, J. R.; Schiltz, R. L.; Baek, S.; Nardulli, A. M.; Hager, G. L.; Kelleher, N. L.; Mizzen, C. A. J. Cell Biol. 2010, 189, 407-415
100. Jiang, L.; Smith, J. N.; Anderson, S. L.; Ma, P.; Mizzen, C. A.; Kelleher, N. L. J. Biol. Chem. 2007, 282, 27923-27934
101. Huebert, D. J.; Kamal, M.; ODonovan, A.; Bernstein, B. E. Methods 2006, 40, 365-369
102. Congdon, L. M.; Houston, S. I.; Veerappan, C. S.; Spektor, T. M.; Rice, J. C. J. Cell Biochem. 2010, 110, 609-619
103. Lambert, J. P.; Fillingham, J.; Siahbazi, M.; Greenblatt, J.; Baetz, K.; Figeys, D. Mol. Syst. Biol. 2010, 6, 448
104. Lambert, J. P.; Mitchell, L.; Rudner, A.; Baetz, K.; Figeys, D. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 870-882
105. Tian, Z.; Zhao, R.; Tolic, N.; Moore, R. J.; Stenoien, D. L.; Robinson, E. W.; Smith, R. D.; Pasa-Tolic, L. Proteomics 2010, 10, 3610-3620
106. Contrepois, K.; Ezan, E.; Mann, C.; Fenaille, F. J. Proteome Res. 2010, 9, 5501-5509
107. Gardner, K. E.; Zhou, L.; Parra, M. A.; Chen, X.; Strahl, B. D. PLoS One 2011, 6, e16244
108. Zhang, J.; Guy, M. J.; Norman, H. S.; Chen, Y. C.; Xu, Q.; Dong, X.; Guner, H.; Wang, S.; Kohmoto, T.; Young, K. H.; Moss, R. L.; Ge, Y. J. Proteome Res. 2011, 10, 4054-4065
109. Zhang, J.; Zhang, H.; Ayaz-Guner, S.; Chen, Y. C.; Dong, X.; Xu, Q.; Ge, Y. Biochemistry 2011, 50, 6081-6092
110. Ryan, C. M.; Souda, P.; Bassilian, S.; Ujwal, R.; Zhang, J.; Abramson, J.; Ping, P.; Durazo, A.; Bowie, J. U.; Hasan, S. S.; Baniulis, D.; Cramer, W. A.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 791-803
111. Young, N. L.; Plazas-Mayorca, M. D.; DiMaggio, P. A.; Flaniken, I. Z.; Beltran, A. J.; Mishra, N.; LeRoy, G.; Floudas, C. A.; Garcia, B. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 960-970
112. Pflieger, D.; Przybylski, C.; Gonnet, F.; Le Caer, J. P.; Lunardi, T.; Arlaud, G. J.; Daniel, R. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 593-610
113. Lourette, N.; Smallwood, H.; Wu, S.; Robinson, E. W.; Squier, T. C.; Smith, R. D.; Pasa-Tolic, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 930-939
114. Puente, X. S.; Sanchez, L. M.; Overall, C. M.; Lopez-Otin, C. Nat. Rev. 2003, 4, 544-558
115. Portelius, E.; Bogdanovic, N.; Gustavsson, M. K.; Volkmann, I.; Brinkmalm, G.; Zetterberg, H.; Winblad, B.; Blennow, K. Acta Neuropathol. 2010, 120, 185-193
116. Tam, E. M.; Morrison, C. J.; Wu, Y. I.; Stack, M. S.; Overall, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6917-6922
117. Dean, R. A.; Smith, D.; Overall, C. M. Curr. Protoc. Protein Sci. 2007, Chapter 21, Unit 21 18.
118. Impens, F.; Colaert, N.; Helsens, K.; Plasman, K.; Van Damme, P.; Vandekerckhove, J.; Gevaert, K. Proteomics 2010, 10, 1284-1296
119. Halim, A.; Brinkmalm, G.; Ruetschi, U.; Westman-Brinkmalm, A.; Portelius, E.; Zetterberg, H.; Blennow, K.; Larson, G.; Nilsson, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 11848-11853
120. Zhang, J.; Zhang, H.; Ayaz-Guner, S.; Chen, Y. C.; Dong, X.; Xu, Q.; Ge, Y. Biochemistry 2011, 50, 6081-6092
121. Zabrouskov, V.; Ge, Y.; Schwartz, J.; Walker, J. W. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1838-1849
122. Tachampa, K.; Kobayashi, T.; Wang, H.; Martin, A. F.; Biesiadecki, B. J.; Solaro, R. J.; de Tombe, P. P. J. Biol. Chem. 2008, 283, 15114-15121
123. Halgand, F.; Zabrouskov, V.; Bassilian, S.; Souda, P.; Wong, D. T.; Loo, J. A.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 868-877
124. Stella, D. R.; Floyd, K. A.; Grey, A. C.; Renfrow, M. B.; Schey, K. L.; Barnes, S. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 2010, 51, 5153-5161
125. Heck, A. J. Nat. Methods 2008, 5, 927-933
126. Ganem, B.; Li, Y. T.; Henion, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6294-6296
127. Charvat, A.; Abel, B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3335-3360
128. Knight, W. B.; Swiderek, K. M.; Sakuma, T.; Calaycay, J.; Shively, J. E.; Lee, T. D.; Covey, T. R.; Shushan, B.; Green, B. G.; Chabin, R. Biochemistry 1993, 32, 2031-2035
129. Loo, J. A. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 1-23
130. Glocker, M. O.; Bauer, S. H.; Kast, J.; Volz, J.; Przybylski, M. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 1221-1227
131. Song, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 1286-1290
132. Bordini, E.; Hamdan, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 1143-1151
133. Lengqvist, J.; Svensson, R.; Evergren, E.; Morgenstern, R.; Griffiths, W. J. J. Biol. Chem. 2004, 279, 13311-13316
134. Meier, T.; Morgner, N.; Matthies, D.; Pogoryelov, D.; Keis, S.; Cook, G. M.; Dimroth, P.; Brutschy, B. Mol. Microbiol. 2007, 65, 1181-1192
135. Barrera, N. P.; Di Bartolo, N.; Booth, P. J.; Robinson, C. V. Science 2008, 321, 243-246
136. Berridge, G.; Chalk, R.; DAvanzo, N.; Dong, L.; Doyle, D.; Kim, J. I.; Xia, X.; Burgess-Brown, N.; Deriso, A.; Carpenter, E. P.; Gileadi, O. Anal. Biochem. 2011, 410, 272-280
137. Barrera, N. P.; Isaacson, S. C.; Zhou, M.; Bavro, V. N.; Welch, A.; Schaedler, T. A.; Seeger, M. A.; Miguel, R. N.; Korkhov, V. M.; van Veen, H. W.; Venter, H.; Walmsley, A. R.; Tate, C. G.; Robinson, C. V. Nat. Methods 2009, 6, 585-587
138. Videler, H.; Ilag, L. L.; McKay, A. R.; Hanson, C. L.; Robinson, C. V. FEBS Lett. 2005, 579, 943-947
139. Uetrecht, C.; Versluis, C.; Watts, N. R.; Roos, W. H.; Wuite, G. J.; Wingfield, P. T.; Steven, A. C.; Heck, A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 9216-9220
140. Sharon, M.; Witt, S.; Felderer, K.; Rockel, B.; Baumeister, W.; Robinson, C. V. J. Biol. Chem. 2006, 281, 9569-9575
141. Aquilina, J. A.; Benesch, J. L.; Bateman, O. A.; Slingsby, C.; Robinson, C. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 10611-10616
142. Zhang, H.; Cui, W.; Wen, J.; Blankenship, R. E.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1966-1968
143. Sharon, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 487-500
144. Lomeli, S. H.; Peng, I. X.; Yin, S.; Loo, R. R.; Loo, J. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 127-131
145. Kruppa, G. H.; Schoeniger, J.; Young, M. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 155-162
146. Zhang, Q.; Crosland, E.; Fabris, D. Anal. Chim. Acta 2008, 627, 117-128
147. Zhai, H.; Dorrestein, P. C.; Chatterjee, A.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1052-1059
148. Taylor, S. V.; Kelleher, N. L.; Kinsland, C.; Chiu, H. J.; Costello, C. A.; Backstrom, A. D.; McLafferty, F. W.; Begley, T. P. J. Biol. Chem. 1998, 273, 16555-16560
149. Fenselau, C.; Demirev, P. A. Mass Spectrom. Rev. 2001, 20, 157-171
150. Demirev, P. A.; Feldman, A. B.; Kowalski, P.; Lin, J. S. Anal. Chem. 2005, 77, 7455-7461
151. Fagerquist, C. K.; Garbus, B. R.; Miller, W. G.; Williams, K. E.; Yee, E.; Bates, A. H.; Boyle, S.; Harden, L. A.; Cooley, M. B.; Mandrell, R. E. Anal. Chem. 2010, 82, 2717-2725
152. Fagerquist, C. K.; Sultan, O. J. Biomed. Biotechnol. 2010, 2010, 123460
153. Wynne, C.; Edwards, N. J.; Fenselau, C. Proteomics 2010, 10, 3631-3643
154. Bunger, M. K.; Cargile, B. J.; Ngunjiri, A.; Bundy, J. L.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem. 2008, 80, 1459-1467
155. Collier, T. S.; Hawkridge, A. M.; Georgianna, D. R.; Payne, G. A.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2008, 80, 4994-5001
156. Du, Y.; Parks, B. A.; Sohn, S.; Kwast, K. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2006, 78, 686-694
157. Meng, F.; Cargile, B. J.; Patrie, S. M.; Johnson, J. R.; McLoughlin, S. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2002, 74, 2923-2929
158. Meng, F.; Du, Y.; Miller, L. M.; Patrie, S. M.; Robinson, D. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2004, 76, 2852-2858
159. Parks, B. A.; Jiang, L.; Thomas, P. M.; Wenger, C. D.; Roth, M. J.; Boyne, M. T., 2nd; Burke, P. V.; Kwast, K. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2007, 79, 7984-7991
160. Collier, T. S.; Sarkar, P.; Rao, B.; Muddiman, D. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 879-889
161. Rauser, S.; Marquardt, C.; Balluff, B.; Deininger, S. O.; Albers, C.; Belau, E.; Hartmer, R.; Suckau, D.; Specht, K.; Ebert, M. P.; Schmitt, M.; Aubele, M.; Hofler, H.; Walch, A. J. Proteome Res. 2009, 9, 1854-1863
162. Cazares, L. H.; Troyer, D.; Mendrinos, S.; Lance, R. A.; Nyalwidhe, J. O.; Beydoun, H. A.; Clements, M. A.; Drake, R. R.; Semmes, O. J. Clin. Cancer Res. 2009, 15, 5541-5551
163. Lemaire, R.; Menguellet, S. A.; Stauber, J.; Marchaudon, V.; Lucot, J. P.; Collinet, P.; Farine, M. O.; Vinatier, D.; Day, R.; Ducoroy, P.; Salzet, M.; Fournier, I. J. Proteome Res. 2007, 6, 4127-4134
164. Han, X.; Jin, M.; Breuker, K.; McLafferty, F. W. Science 2006, 314, 109-112
165. Wu, S. L.; Kim, J.; Hancock, W. S.; Karger, B. J. Proteome Res. 2005, 4, 1155-1170
166. Wu, S. L.; Kim, J.; Bandle, R. W.; Liotta, L.; Petricoin, E.; Karger, B. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1610-1627
167. Forbes, A. J.; Mazur, M. T.; Patel, H. M.; Walsh, C. T.; Kelleher, N. L. Proteomics 2001, 1, 927-933
168. Taylor, S. W.; Andon, N. L.; Bilakovics, J. M.; Lowe, C.; Hanley, M. R.; Pittner, R.; Ghosh, S. S. J. Proteome Res. 2006, 5, 1776-1784
169. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812
170. Boyne, M. T.; Garcia, B. A.; Li, M.; Zamdborg, L.; Wenger, C. D.; Babai, S.; Kelleher, N. L. J. Proteome Res. 2009, 8, 374-379
171. Pipes, G. D.; Campbell, P.; Bondarenko, P. V.; Kerwin, B. A.; Treuheit, M. J.; Gadgil, H. S. J. Pharm. Sci. 2010, 99, 4469-4476
172. Eliuk, S. M.; Maltby, D.; Panning, B.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 824-837
173. Xu, P.; Peng, J. Anal. Chem. 2008, 80, 3438-3444
174. Yang, H. J.; Shin, S.; Kim, J.; Hong, J.; Lee, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2011, 25, 88-92
175. Cannon, J.; Lohnes, K.; Wynne, C.; Wang, Y.; Edwards, N.; Fenselau, C. J. Proteome Res. 2010, 9, 3886-3890
176. Swatkoski, S.; Gutierrez, P.; Wynne, C.; Petrov, A.; Dinman, J. D.; Edwards, N.; Fenselau, C. J. Proteome Res. 2008, 7, 579-586
177. Scotcher, J.; Clarke, D. J.; Weidt, S. K.; Mackay, C. L.; Hupp, T. R.; Sadler, P. J.; Langridge-Smith, P. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 888-897
178. Liu, X.; Inbar, Y.; Dorrestein, P. C.; Wynne, C.; Edwards, N.; Souda, P.; Whitelegge, J. P.; Bafna, V.; Pevzner, P. A. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2772-2782
179. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320-332
180. Zabrouskov, V.; Senko, M. W.; Du, Y.; Leduc, R. D.; Kelleher, N. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 2027-2038
181. Carvalho, P. C.; Xu, T.; Han, X.; Cociorva, D.; Barbosa, V. C.; Yates, J. R., 3rd Bioinformatics 2009, 25, 2734-2736
182. Winkler, R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 285-294
183. Xu, T.; Venable, J.; Park, S.; Cociorva, D.; Lu, B.; Liao, L.; Wohlschlegel, J.; Hewel, J.; Yates, J. R., III. Mol. Cell. Proteomics, 2006, 5, s174.
184. Taylor, G. K.; Kim, Y. B.; Forbes, A. J.; Meng, F.; McCarthy, R.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2003, 75, 4081-4086
185. LeDuc, R. D.; Taylor, G. K.; Kim, Y. B.; Januszyk, T. E.; Bynum, L. H.; Sola, J. V.; Garavelli, J. S.; Kelleher, N. L. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W340-345
186. Zamdborg, L.; LeDuc, R. D.; Glowacz, K. J.; Kim, Y. B.; Viswanathan, V.; Spaulding, I. T.; Early, B. P.; Bluhm, E. J.; Babai, S.; Kelleher, N. L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, W701-706
187. Leduc, R. D.; Kelleher, N. L. Curr. Protoc. Bioinformatics, 2007, Chapter 13, Unit 13 16.
188. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10313-10317
189. Tsai, Y. S.; Scherl, A.; Shaw, J. L.; MacKay, C. L.; Shaffer, S. A.; Langridge-Smith, P. R.; Goodlett, D. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 2154-2166
190. Fagerquist, C. K.; Garbus, B. R.; Williams, K. E.; Bates, A. H.; Boyle, S.; Harden, L. A. Appl. Environ. Microbiol. 2009, 75, 4341-4353
191. Durbin, K. R.; Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Sweet, S. M.; Catherman, A. D.; Lee, J. E.; Li, M.; Kellie, J. F.; Kelleher, N. L. Proteomics 2010, 10, 3589-3597