The DNA and RNA sugar-phosphate backbone emerges as the key player. An overview of quantum-chemical, structural biology and simulation studies

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 44, 2012, Pages 15257-15277

  Šponer, Jiří ^a,b   Mládek, Arnošt ^a,b   Šponer, Judit E ^a,b   Svozil, Daniel ^a,c   Zgarbová, Marie ^d   Banáš, Pavel ^a,d   Jurečka, Petr ^d   Otyepka, Michal ^d  

^a INSTITUTE OF BIOPHYSICS   (Czech Republic)

^b CENTRAL EUROPEAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Czech Republic)

^c INSTITUTE OF CHEMICAL TECHNOLOGY   (Czech Republic)

^d PALACKÝ UNIVERSITY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBOHYDRATE; DNA; PHOSPHATE; RNA;

BIOLOGY; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY; REVIEW;

CARBOHYDRATES; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DNA; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MOLECULAR STRUCTURE; PHOSPHATES; QUANTUM THEORY; RNA;

EID: 84867973569     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp41987d     Document Type: Review

References (253)

1. R. E. Dickerson Sci. Am. 1983 249 94 111
2. W. K. Olson V. B. Zhurkin Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 348 357
3. S. Burge G. N. Parkinson P. Hazel A. K. Todd S. Neidle Nucleic Acids Res. 2006 34 5402 5415
4. D. H. Mathews D. H. Turner Curr. Opin. Struct. Biol. 2006 16 270 278
5. L. Jaeger E. J. Verzemnieks C. Geary Nucleic Acids Res. 2009 37 215 230
6. N. B. Leontis J. Stombaugh E. Westhof Nucleic Acids Res. 2002 30 3497 3531
7. A. Lescoute N. B. Leontis C. Massire E. Westhof Nucleic Acids Res. 2005 33 2395 2409
8. J. Sponer J. E. Sponer A. I. Petrov N. B. Leontis J. Phys. Chem. B 2010 114 15723 15741
9. C. L. Zirbel J. E. Sponer J. Sponer J. Stombaugh N. B. Leontis Nucleic Acids Res. 2009 37 4898 4918
10. H. F. Noller Science 2005 309 1508 1514
11. N. B. Leontis and E. Westhof, RNA 3D Structure Analysis and Prediction, Springer, Heidelberg, 2012
12. J. Sponer J. Leszczynski P. Hobza Biopolymers 2001 61 3 31
13. J. Sponer K. E. Riley P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2595 2610
14. A. Mladek J. E. Sponer P. Jurecka P. Banas M. Otyepka D. Svozil J. Sponer J. Chem. Theory Comput. 2010 6 3817 3835
15. L. J. W. Murray W. B. Arendall D. C. Richardson J. S. Richardson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 13904 13909
16. J. S. Richardson B. Schneider L. W. Murray G. J. Kapral R. M. Immormino J. J. Headd D. C. Richardson D. Ham E. Hershkovits L. D. Williams K. S. Keating A. M. Pyle D. Micallef J. Westbrook H. M. Berman RNA 2008 14 465 481
17. B. Schneider S. Neidle H. M. Berman Biopolymers 1997 42 113 124
18. D. Svozil J. Kalina M. Omelka B. Schneider Nucleic Acids Res. 2008 36 3690 3706
19. P. Banas D. Hollas M. Zgarbova P. Jurecka M. Orozco T. E. Cheatham J. Sponer M. Otyepka J. Chem. Theory Comput. 2010 6 3836 3849
20. E. J. Denning U. D. Priyakumar L. Nilsson A. D. Mackerell J. Comput. Chem. 2011 32 1929 1943
21. V. Mlynsky P. Banas D. Hollas K. Reblova N. G. Walter J. Sponer M. Otyepka J. Phys. Chem. B 2010 114 6642 6652
22. A. Perez I. Marchan D. Svozil J. Sponer T. E. Cheatham C. A. Laughton M. Orozco Biophys. J. 2007 92 3817 3829
23. M. Zgarbova M. Otyepka J. Sponer A. Mladek P. Banas T. E. Cheatham P. Jurecka J. Chem. Theory Comput. 2011 7 2886 2902
24. R. E. Dickerson Nucleic Acids Res. 1998 26 1906 1926
25. M. A. El Hassan C. R. Calladine J. Mol. Biol. 1998 282 331 343
26. M. A. El Hassan C. R. Calladine Philos. Trans. R. Soc., A 1997 355 43 100
27. W. K. Olson A. A. Gorin X. J. Lu L. M. Hock V. B. Zhurkin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 11163 11168
28. A. R. Srinivasan W. K. Olson J. Biomol. Struct. Dyn. 1987 4 895 938
29. M. Suzuki N. Amano J. Kakinuma M. Tateno J. Mol. Biol. 1997 274 421 435
30. X. J. Lu W. K. Olson Nucleic Acids Res. 2003 31 5108 5121
31. W. K. Olson M. Bansal S. K. Burley R. E. Dickerson M. Gerstein S. C. Harvey U. Heinemann X. J. Lu S. Neidle Z. Shakked H. Sklenar M. Suzuki C. S. Tung E. Westhof C. Wolberger H. M. Berman J. Mol. Biol. 2001 313 229 237
32. J. Sponer J. Kypr J. Biomol. Struct. Dyn. 1993 11 27 41
33. A. V. Fratini M. L. Kopka H. R. Drew R. E. Dickerson J. Biol. Chem. 1982 257 4686 4707
34. B. Furtig C. Richter J. Wohnert H. Schwalbe ChemBioChem 2003 4 936 962
35. C. Altona M. Sundaralingam J. Am. Chem. Soc. 1972 94 8205 8212
36. S. Neidle, Principles of Nucleic Acid Structure, Elsevier, 2008
37. G. Sun J. H. Voigt I. V. Filippov V. E. Marquez M. C. Nicklaus J. Chem. Inf. Model. 2004 44 1752 1762
38. G. G. Prive K. Yanagi R. E. Dickerson J. Mol. Biol. 1991 217 177 199
39. B. N. Conner C. Yoon J. L. Dickerson R. E. Dickerson J. Mol. Biol. 1984 174 663 695
40. P. Varnai D. Djuranovic R. Lavery B. Hartmann Nucleic Acids Res. 2002 30 5398 5406
41. M. Krepl M. Zgarbova P. Stadlbauer M. Otyepka P. Banas J. Koca T. E. Cheatham III P. Jurecka J. Sponer J. Chem. Theory Comput. 2012 8 2506 2520
42. G. N. Parkinson M. P. H. Lee S. Neidle Nature 2002 417 876 880
43. E. Fadrna N. Spackova J. Sarzynska J. Koca M. Orozco T. E. Cheatham T. Kulinski J. Sponer J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2514 2530
44. S. Jones P. van Heyningen H. M. Berman J. M. Thornton J. Mol. Biol. 1999 287 877 896
45. X. J. Lu Z. Shakked W. K. Olson J. Mol. Biol. 2000 300 819 840
46. B. W. Matthews Nature 1988 335 294 295
47. C. O. Pabo L. Nekludova J. Mol. Biol. 2000 301 597 624
48. R. Lavery K. Zakrzewska D. Beveridge T. C. Bishop D. A. Case T. Cheatham S. Dixit B. Jayaram F. Lankas C. Laughton J. H. Maddocks A. Michon R. Osman M. Orozco A. Perez T. Singh N. Spackova J. Sponer Nucleic Acids Res. 2010 38 299 313
49. R. Rohs S. M. West P. Liu B. Honig Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 171 177
50. B. Schneider Z. Moravek H. M. Berman Nucleic Acids Res. 2004 32 1666 1677
51. C. M. Duarte L. M. Wadley A. M. Pyle Nucleic Acids Res. 2003 31 4755 4761
52. S. Szep J. M. Wang P. B. Moore RNA 2003 9 44 51
53. C. M. Duarte A. M. Pyle J. Mol. Biol. 1998 284 1465 1478
54. E. Hershkovitz E. Tannenbaum S. B. Howerton A. Sheth A. Tannenbaum L. D. Williams Nucleic Acids Res. 2003 31 6249 6257
55. E. Hershkovitz G. Sapiro A. Tannenbaum L. D. Williams IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 2006 3 33 46
56. X. Le Faucheur E. Hershkovits R. Tannenbaum A. Tannenbaum IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 2011 8 1604 1619
57. P. Banas P. Jurecka N. G. Walter J. Sponer M. Otyepka Methods 2009 49 202 216
58. Z. Vokacova M. Budesinsky I. Rosenberg B. Schneider J. Sponer V. Sychrovsky J. Phys. Chem. B 2009 113 1182 1191
59. D. L. Beveridge G. Barreiro K. S. Byun D. A. Case T. E. Cheatham S. B. Dixit E. Giudice F. Lankas R. Lavery J. H. Maddocks R. Osman E. Seibert H. Sklenar G. Stoll K. M. Thayer P. Varnai M. A. Young Biophys. J. 2004 87 3799 3813
60. V. Sychrovsky Z. Vokacova J. Sponer N. Spackova B. Schneider J. Phys. Chem. B 2006 110 22894 22902
61. M. V. Krasovska J. Sefcikova K. Reblova B. Schneider N. G. Walter J. Sponer Biophys. J. 2006 91 626 638
62. E. J. Denning A. D. MacKerell J. Am. Chem. Soc. 2012 134 2800 2806
63. F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry, Wiley, New York, 2006
64. T. H. Dunning J. Phys. Chem. A 2000 104 9062 9080
65. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553 566
66. D. Asturiol M. Duran P. Salvador J. Chem. Phys. 2008 128 144108 144112
67. D. Asturiol M. Duran P. Salvador J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2574 2581
68. R. M. Balabin J. Chem. Phys. 2008 129 164101 164105
69. F. Jensen Chem. Phys. Lett. 1996 261 633 636
70. S. Reiling J. Brickmann M. Schlenkrich P. A. Bopp J. Comput. Chem. 1996 17 133 147
71. M. L. Senent S. Wilson Int. J. Quantum Chem. 2001 82 282 292
72. H. Valdes V. Klusak M. Pitonak O. Exner I. Stary P. Hobza L. Rulisek J. Comput. Chem. 2008 29 861 870
73. J. Cizek J. Chem. Phys. 1966 45 4256 4266
74. J. Paldus I. Shavitt J. Cizek Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1972 5 50 67
75. R. J. Bartlett M. Musial Rev. Mod. Phys. 2007 79 291 352
76. M. Pitonak P. Neogrady J. Cerny S. Grimme P. Hobza ChemPhysChem 2009 10 282 289
77. T. Takatani E. G. Hohenstein C. D. Sherrill J. Chem. Phys. 2008 128 124111 124117
78. P. Jurecka P. Nachtigall P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 4578 4582
79. P. Jurecka P. Hobza Chem. Phys. Lett. 2002 365 89 94
80. P. Jurecka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15608 15613
81. J. Sponer P. Jurecka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10142 10151
82. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
83. T. E. Cheatham P. Cieplak P. A. Kollman J. Biomol. Struct. Dyn. 1999 16 845 862
84. J. M. Wang P. Cieplak P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 1049 1074
85. K. Hart N. Foloppe C. M. Baker E. J. Denning L. Nilsson A. D. MacKerell J. Chem. Theory Comput. 2012 8 348 362
86. M. Zgarbova F. J. Luque J. Sponer M. Otyepka P. Jurecka J. Chem. Theory Comput. 2012 8 3232 3242
87. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865 3868
88. P. Jurecka J. Cerny P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 555 569
89. Y. Zhao D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 2008 120 215 241
90. D. Svozil J. E. Sponer I. Marchan A. Perez T. E. Cheatham F. Forti F. J. Luque M. Orozco J. Sponer J. Phys. Chem. B 2008 112 8188 8197
91. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463 1473
92. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2006 125 194101 194118
93. J. M. Tao J. P. Perdew V. N. Staroverov G. E. Scuseria Phys. Rev. Lett. 2003 91 146401 146404
94. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
95. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 785 789
96. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2008 4 1849 1868
97. T. Schwabe S. Grimme Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 4398 4401
98. F. Wolfe-Simon J. S. Blum T. R. Kulp G. W. Gordon S. E. Hoeft J. Pett-Ridge J. F. Stolz S. M. Webb P. K. Weber P. C. W. Davies A. D. Anbar R. S. Oremland Science 2011 332 1163 1166
99. A. Mladek J. Sponer B. G. Sumpter M. Fuentes-Cabrera J. E. Sponer J. Phys. Chem. Lett. 2011 389 392
100. E. J. Denning A. D. MacKerell J. Am. Chem. Soc. 2011 133 5770 5772
101. C. D. Baer J. O. Edwards M. J. Kaus T. G. Richmond P. H. Rieger J. Am. Chem. Soc. 1980 102 5793 5798
102. C. D. Baer J. O. Edwards P. H. Rieger Inorg. Chem. 1981 20 905 907
103. J. W. Long W. J. Ray Biochemistry 1973 12 3932 3937
104. A. Mladek J. Sponer B. G. Sumpter M. Fuentes-Cabrera J. E. Sponer Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 10869 10871
105. G. K. Schroeder C. Lad P. Wyman N. H. Williams R. Wolfenden Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 4052 4055
106. Science, 2012, 335, 642 642
107. J. Micklefield Curr. Med. Chem. 2001 8 1157 1179
108. G. F. Joyce Science 2012 336 307 308
109. V. B. Pinheiro A. I. Taylor C. Cozens M. Abramov M. Renders S. Zhang J. C. Chaput J. Wengel S. Y. Peak-Chew S. H. McLaughlin P. Herdewijn P. Holliger Science 2012 336 341 344
110. K. U. Schoning P. Scholz S. Guntha X. Wu R. Krishnamurthy A. Eschenmoser Science 2000 290 1347 1351
111. L. L. Zhang A. Peritz E. Meggers J. Am. Chem. Soc. 2005 127 4174 4175
112. G. F. Joyce and L. E. Orgel, The RNA World, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 2006
113. E. Lescrinier R. Esnouf J. Schraml R. Busson H. A. Heus C. W. Hilbers P. Herdewijn Chem. Biol. 2000 7 719 731
114. B. Allart K. Khan H. Rosemeyer G. Schepers C. Hendrix K. Rothenbacher F. Seela A. Van Aerschot P. Herdewijn Chem.-Eur. J. 1999 5 2424 2431
115. P. E. Nielsen M. Egholm R. H. Berg O. Buchardt Science 1991 254 1497 1500
116. L. Betts J. A. Josey J. M. Veal S. R. Jordan Science 1995 270 1838 1841
117. P. E. Nielsen Acc. Chem. Res. 1999 32 624 630
118. E. Hatcher A. Balaeff S. Keinan R. Venkatramani D. N. Beratan Philos. Trans. R. Soc., B 2008 130 11752 11761
119. M. Ovaere J. Sponer J. E. Sponer P. Herdewijn L. Van Meervelt Nucleic Acids Res. 2012 40 7573 7583
120. S. Sen L. Nilsson J. Am. Chem. Soc. 1998 120 619 631
121. G. C. Shields C. A. Laughton M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 1998 120 5895 5904
122. R. Soliva E. Sherer F. J. Luque C. A. Laughton M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 2000 122 5997 6008
123. C. M. Topham J. C. Smith Biophys. J. 2007 92 769 786
124. D. J. Klein T. M. Schmeing P. B. Moore T. A. Steitz EMBO J. 2001 20 4214 4221
125. F. Razga J. Koca J. Sponer N. B. Leontis Biophys. J. 2005 88 3466 3485
126. C. C. Correll J. Beneken M. J. Plantinga M. Lubbers Y. L. Chan Nucleic Acids Res. 2003 31 6806 6818
127. C. C. Correll A. Munishkin Y. L. Chan Z. Ren I. G. Wool T. A. Steitz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 13436 13441
128. C. C. Correll I. G. Wool A. Munishkin J. Mol. Biol. 1999 292 275 287
129. N. B. Leontis E. Westhof J. Mol. Biol. 1998 283 571 583
130. X. J. Lu W. K. Olson H. J. Bussemaker Nucleic Acids Res. 2010 38 4868 4876
131. N. Spackova J. Sponer Nucleic Acids Res. 2006 34 697 708
132. A. Mladek J. E. Sponer P. Kulhanek X. J. Lu W. K. Olson J. Sponer J. Chem. Theory Comput. 2012 8 335 347
133. Y. F. Li R. R. Breaker J. Am. Chem. Soc. 1999 121 5364 5372
134. M. V. Rodnina, W. Wintermeyer and R. Green, Ribosomes Structure, Function, and Dynamics, Springer-Verlag, Wien, 2011
135. D. A. Hiller S. A. Strobel Philos. Trans. R. Soc., B 2011 366 2929 2935
136. D. M. J. Lilley J. Sutherland Philos. Trans. R. Soc., B 2011 366 2853 2856
137. C. Reymond J. D. Beaudoin J. P. Perreault Cell. Mol. Life Sci. 2009 66 3937 3950
138. M. J. Fedor, in Annu. Rev. Biophys., 2009, vol. 38, pp. 271-299
139. V. Mlynsky P. Banas N. G. Walter J. Sponer M. Otyepka J. Phys. Chem. B 2011 115 13911 13924
140. K. Nam J. L. Gao D. M. York RNA 2008 14 1501 1507
141. K. H. Nam J. L. Gaot D. M. York J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4680 4691
142. J. M. Buzayan W. L. Gerlach G. Bruening Nature 1986 323 349 353
143. G. A. Prody J. T. Bakos J. M. Buzayan I. R. Schneider G. Bruening Science 1986 231 1577 1580
144. L. Sharmeen M. Y. P. Kuo G. Dintergottlieb J. Taylor J. Virol. 1988 62 2674 2679
145. B. J. Saville R. A. Collins Cell 1990 61 685 696
146. W. C. Winkler A. Nahvi A. Roth J. A. Collins R. R. Breaker Nature 2004 428 281 286
147. K. Salehi-Ashtiani A. Luptak A. Litovchick J. W. Szostak Science 2006 313 1788 1792
148. C. H. T. Webb A. Luptak RNA Biol. 2011 8 719 727
149. C. H. T. Webb N. J. Riccitelli D. J. Ruminski A. Luptak Science 2009 326 953 953
150. P. Banas N. G. Walter J. Sponer M. Otyepka J. Phys. Chem. B 2010 114 8701 8712
151. J. C. Cochrane S. V. Lipchock S. A. Strobel Chem. Biol. 2007 14 97 105
152. D. J. Klein A. R. Ferre-D'Amare Science 2006 313 1752 1756
153. M. A. Ditzler J. Sponer N. G. Walter RNA 2009 15 560 575
154. M. M. Rhodes K. Reblova J. Sponer N. G. Walter Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 13380 13385
155. R. C. Spitale R. Volpini M. G. Heller J. Krucinska G. Cristalli J. E. Wedekind J. Am. Chem. Soc. 2009 131 6093 6095
156. A. Ke F. Ding J. D. Batchelor J. A. Doudna Structure 2007 15 281 287
157. A. L. Ke K. H. Zhou F. Ding J. H. D. Cate J. A. Doudna Nature 2004 429 201 205
158. P. Banas L. Rulisek V. Hanosova D. Svozil N. G. Walter J. Sponer M. Otyepka J. Phys. Chem. B 2008 112 11177 11187
159. S. R. Das J. A. Piccirilli Nat. Chem. Biol. 2005 1 45 52
160. S. Nakano P. C. Bevilacqua J. Am. Chem. Soc. 2001 123 11333 11334
161. S. Nakano D. M. Chadalavada P. C. Bevilacqua Science 2000 287 1493 1497
162. S. Nakano D. J. Proctor P. C. Bevilacqua Biochemistry 2001 40 12022 12038
163. A. T. Perrotta I. H. Shih M. D. Been Science 1999 286 123 126
164. I. Shih M. D. Been Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 1489 1494
165. J. H. Chen R. Yajima D. M. Chadalavada E. Chase P. C. Bevilacqua B. L. Golden Biochemistry 2010 49 6508 6518
166. N. Veeraraghavan A. Ganguly J. H. Chen P. C. Bevilacqua S. Hammes-Schiffer B. L. Golden Biochemistry 2011 50 2672 2682
167. A. Warshel M. Levitt J. Mol. Biol. 1976 103 227 249
168. K. Nam Q. Cui J. L. Gao D. M. York J. Chem. Theory Comput. 2007 3 486 504
169. B. J. Lynch P. L. Fast M. Harris D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2000 104 4811 4815
170. B. J. Lynch D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2001 105 2936 2941
171. J. L. Wilcox A. K. Ahluwalia P. C. Bevilacqua Acc. Chem. Res. 2011 44 1270 1279
172. B. Gong J. H. Chen E. Chase D. M. Chadalavada R. Yajima B. L. Golden P. C. Bevilacqua P. R. Carey J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13335 13342
173. M. Guo R. C. Spitale R. Volpini J. Krucinska G. Cristalli P. R. Carey J. E. Wedekind J. Am. Chem. Soc. 2009 131 12908 12909
174. L. Liu J. W. Cottrell L. G. Scott M. J. Fedor Nat. Chem. Biol. 2009 5 351 357
175. M. Zgarbova P. Jurecka P. Banas M. Otyepka J. E. Sponer N. B. Leontis C. L. Zirbel J. Sponer J. Phys. Chem. A 2011 115 11277 11292
176. G. A. Soukup R. R. Breaker RNA 1999 5 1308 1325
177. T. C. Bruice Acc. Chem. Res. 2002 35 139 148
178. T. C. Bruice F. C. Lightstone Acc. Chem. Res. 1999 32 127 136
179. F. C. Lightstone T. C. Bruice J. Am. Chem. Soc. 1996 118 2595 2605
180. A. Shurki and A. Warshel, in Protein Simulations, ed., V. Daggett, 2003, vol. 66, pp. 249-313
181. M. H. M. Olsson W. W. Parson A. Warshel Chem. Rev. 2006 106 1737 1756
182. A. Shurki M. Strajbl J. Villa A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2002 124 4097 4107
183. M. A. Ditzler M. Otyepka J. Sponer N. G. Walter Acc. Chem. Res. 2010 43 40 47
184. A. Perez F. J. Luque M. Orozco Acc. Chem. Res. 2012 45 196 205
185. N. Foloppe A. D. MacKerell J. Comput. Chem. 2000 21 86 104
186. I. Besseova P. Banas P. Kuhrova P. Kosinova M. Otyepka J. Sponer J. Phys. Chem. B 2012 116 9899 9916
187. H. Ode Y. Matsuo S. Neya T. Hoshino J. Comput. Chem. 2008 29 2531 2542
188. I. Yildirim H. A. Stern S. D. Kennedy J. D. Tubbs D. H. Turner J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1520 1531
189. I. Yildirim S. D. Kennedy H. A. Stern J. M. Hart R. Kierzek D. H. Turner J. Chem. Theory Comput. 2012 8 172 181
190. P. Banas A. Mladek M. Otyepka M. Zgarbova P. Jurecka D. Svozil F. Lankas J. Sponer J. Chem. Theory Comput. 2012 8 2448 2460
191. G. Govil Biopolymers 1976 15 2303 2307
192. G. Govil A. Saran J. Theor. Biol. 1971 30 621 630
193. G. Lipari C. Tosi Theor. Chim. Acta 1978 50 169 179
194. D. Perahia B. Pullman A. Saran C. R. Seances Acad. Sci., Ser. 3 1973 277 2257 2260
195. A. R. Srinivasan N. Yathindra V. S. R. Rao S. Prakash Biopolymers 1980 19 165 171
196. G. Govil A. Saran J. Theor. Biol. 1971 33 399 406
197. W. K. Olson J. Am. Chem. Soc. 1982 104 278 286
198. W. K. Olson J. L. Sussman J. Am. Chem. Soc. 1982 104 270 278
199. H. Berthod B. Pullman Biochim. Biophys. Acta 1971 246 359 364
200. H. Broch D. Vasilescu Biopolymers 1979 18 909 930
201. D. A. Pearlman S. H. Kim J. Biomol. Struct. Dyn. 1985 3 99 125
202. B. Pullman A. Saran D. Perahia Biochim. Biophys. Acta 1972 269 1 14
203. R. Tewari S. S. Danyluk Biopolymers 1978 17 1181 1196
204. R. Tewari R. K. Nanda G. Govil J. Theor. Biol. 1974 46 229 239
205. N. Yathindr M. Sundaral Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1974 71 3325 3328
206. N. K. Banavali A. D. MacKerell J. Am. Chem. Soc. 2001 123 6747 6755
207. K. A. Brameld W. A. Goddard J. Am. Chem. Soc. 1999 121 985 993
208. J. Florian M. Strajbl A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 1998 120 7959 7966
209. N. Foloppe B. Hartmann L. Nilsson A. D. MacKerell Biophys. J. 2002 82 1554 1569
210. N. Foloppe A. D. MacKerell J. Phys. Chem. B 1998 102 6669 6678
211. N. Foloppe A. D. MacKerell J. Phys. Chem. B 1999 103 10955 10964
212. N. Foloppe A. D. MacKerell Biophys. J. 1999 76 3206 3218
213. N. Foloppe L. Nilsson J. Phys. Chem. B 2005 109 9119 9131
214. N. Foloppe L. Nilsson A. D. MacKerell Biopolymers 2001 61 61 76
215. N. Gresh J. E. Sponer N. Spackova J. Leszczynski J. Sponer J. Phys. Chem. B 2003 107 8669 8681
216. A. Hocquet Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 3192 3199
217. N. Leulliot M. Ghomi H. Jobic O. Bouloussa V. Baumruk C. Coulombeau J. Phys. Chem. B 1999 103 10934 10944
218. N. Leulliot M. Ghomi G. Scalmani G. Berthier J. Phys. Chem. A 1999 103 8716 8724
219. G. Louit A. Hocquet M. Ghomi Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 3843 3848
220. G. V. Palamarchuk O. V. Shishkin L. Gorb J. Leszczynski J. Biomol. Struct. Dyn. 2009 26 653 661
221. V. I. Poltev V. M. Anisimov V. I. Danilov A. Deriabina E. Gonzalez A. Jurkiewicz A. Les N. Polteva J. Biomol. Struct. Dyn. 2007 24 660 660
222. V. I. Poltev V. M. Anisimov V. I. Danilov A. Deriabina E. Gonzalez A. Jurkiewiez A. Les N. Polteva J. Biomol. Struct. Dyn. 2008 25 563 571
223. B. Schneider M. Kabelac P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 1996 118 12207 12217
224. O. V. Shishkin L. Gorb O. A. Zhikol J. Leszczynski J. Biomol. Struct. Dyn. 2004 22 227 243
225. O. V. Shishkin L. Gorb O. A. Zhikol J. Leszczynski J. Biomol. Struct. Dyn. 2004 21 537 553
226. O. V. Shishkin G. V. Palamarchuk L. Gorb J. Leszczynski J. Phys. Chem. B 2006 110 4413 4422
227. J. Florian V. Baumruk M. Strajbl L. Bednarova J. Stepanek J. Phys. Chem. 1996 100 1559 1568
228. A. D. MacKerell J. Phys. Chem. B 2009 113 3235 3244
229. V. I. Poltev V. M. Anisimov V. I. Danilov D. Garcia A. Deriabina E. Gonzalez R. Salazar F. Rivas N. Polteva Comput. Theor. Chem. 2011 975 69 75
230. V. I. Poltev V. M. Anisimov V. I. Danilov T. Van Mourik A. Deriabina E. Gonzalez M. Padua D. Garcia F. Rivas N. Polteva Int. J. Quantum Chem. 2010 110 2548 2559
231. A. L. Millen B. L. Kamenz F. M. V. Leavens R. A. Manderville S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2011 115 12993 13002
232. A. L. Millen R. A. Manderville S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2010 114 4373 4382
233. C. D. M. Churchill S. D. Wetmore Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 16373 16383
234. L. Benda B. Schneider V. Sychrovsky J. Phys. Chem. A 2011 115 2385 2395
235. E. Brumovska V. Sychrovsky Z. Vokacova J. Sponer B. Schneider L. Trantirek J. Biomol. NMR 2008 42 209 223
236. J. Precechtelova M. L. Munzarova P. Novak V. Sklenar J. Phys. Chem. B 2007 111 2658 2667
237. J. Precechtelova P. Novak M. L. Munzarova M. Kaupp V. Sklenar J. Am. Chem. Soc. 2010 132 17139 17148
238. Z. Vokacova F. M. Bickelhaupt J. Sponer V. Sychrovsky J. Phys. Chem. A 2009 113 8379 8386
239. J. M. Fonville M. Swart Z. Vokčov V. Sychrovský J. E. Šponer J. Šponer C. W. Hilbers F. M. Bickelhaupt S. S. Wijmenga Chem.-Eur. J. 2012 18 12372 12387
240. X. G. Bao J. Wang J. D. Gu J. Leszczynski Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 5658 5663
241. R. Barrios P. Skurski J. Simons J. Phys. Chem. B 2002 106 7991 7994
242. A. O. Colson M. D. Sevilla J. Phys. Chem. 1995 99 3867 3874
243. J. D. Gu J. Wang J. Leszczynski J. Am. Chem. Soc. 2006 128 9322 9323
244. J. D. Gu J. Wang J. Leszczynski Nucleic Acids Res. 2010 38 5280 5290
245. J. D. Gu Y. M. Xie H. F. Schaefer Nucleic Acids Res. 2007 35 5165 5172
246. A. Kumar M. D. Sevilla J. Phys. Chem. B 2007 111 5464 5474
247. P. F. Loos E. Dumont A. D. Laurent X. Assfeld Chem. Phys. Lett. 2009 475 120 123
248. J. Rak M. Kobylecka P. Storoniak J. Phys. Chem. B 2011 115 1911 1917
249. J. D. Gu J. Wang Y. M. Xie J. Leszczynski H. F. Schaefer J. Comput. Chem. 2012 33 817 821
250. J. Wang J. Gu J. Leszczynski Chem. Commun. 2012 48 3626 3628
251. Y. Xu B. Y. Ma R. Nussinov J. Phys. Chem. B 2012 116 4801 4811
252. F. F. Wang L. D. Gong D. X. Zhao THEOCHEM 2009 909 49 56
253. F. J. Luque F. Dehez C. Chipot M. Orozco Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2011 1 844 854