-
4
-
-
0029011701
-
-
(b) Comell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox. T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
-
(1995)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.117
, pp. 5179-5197
-
-
Comell, W.D.1
Cieplak, P.2
Bayly, C.I.3
Gould, I.R.4
Merz, K.M.5
Ferguson, D.M.6
Spellmeyer, D.C.7
Fox, T.8
Caldwell, J.W.9
Kollman, P.A.10
-
5
-
-
0011824888
-
-
(a) Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965-1974.
-
(1996)
J. Phys. Chem.
, vol.100
, pp. 1965-1974
-
-
Šponer, J.1
Leszczynski, J.2
Hobza, P.3
-
7
-
-
0029869883
-
-
(a) Šponer, J.; Florián, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 827-833.
-
(1996)
J. Biomol. Struct. Dyn.
, vol.13
, pp. 827-833
-
-
Šponer, J.1
Florián, J.2
Leszczynski, J.3
Hobza, P.4
-
8
-
-
0038690207
-
-
(b) Šponer, J.; Mokdad, A.; Šponer, J. E.; Špačková, N.; Leszczynski, J.; Leontis, N. B. J. Mol. Biol. 2003, 330, 967-978.
-
(2003)
J. Mol. Biol.
, vol.330
, pp. 967-978
-
-
Šponer, J.1
Mokdad, A.2
Šponer, J.E.3
Špač ková, N.4
Leszczynski, J.5
Leontis, N.B.6
-
9
-
-
0343213055
-
-
Hobza, P.; Kabeláč, M.; Šponer, J.; Mejzlík, P.; Vondrášek, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1136-1150.
-
(1997)
J. Comput. Chem.
, vol.18
, pp. 1136-1150
-
-
Hobza, P.1
Kabeláč, M.2
Šponer, J.3
Mejzlík, P.4
Vondrášek, J.5
-
10
-
-
0031274672
-
-
(a) Burda, J. V.; Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9670-9677.
-
(1997)
J. Phys. Chem. B
, vol.101
, pp. 9670-9677
-
-
Burda, J.V.1
Šponer, J.2
Leszczynski, J.3
Hobza, P.4
-
11
-
-
0345631645
-
-
(b) Šponer, J.; Burda, J. V.; Sabat, M.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 5951-5957.
-
(1998)
J. Phys. Chem. A
, vol.102
, pp. 5951-5957
-
-
Šponer, J.1
Burda, J.V.2
Sabat, M.3
Leszczynski, J.4
Hobza, P.5
-
12
-
-
0037194938
-
-
(c) Munoz, J.; Gelpi, J. L.; Soler-Lopez, M.; Subirana, J. A.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 8849-8857.
-
(2002)
J. Phys. Chem. B
, vol.106
, pp. 8849-8857
-
-
Munoz, J.1
Gelpi, J.L.2
Soler-Lopez, M.3
Subirana, J.A.4
Orozco, M.5
Luque, F.J.6
-
13
-
-
4043136037
-
-
(d) Moroni, F.; Famulari, A.; Raimondi, M.; Sabat, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 496-500.
-
(2003)
J. Phys. Chem. B
, vol.107
, pp. 496-500
-
-
Moroni, F.1
Famulari, A.2
Raimondi, M.3
Sabat, M.4
-
14
-
-
0034600253
-
-
(e) Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4117-4128.
-
(2000)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.122
, pp. 4117-4128
-
-
Guerra, C.F.1
Bickelhaupt, F.M.2
Snijders, J.G.3
Baerends, E.J.4
-
16
-
-
0035963771
-
-
(g) Munoz, J.; Šponer, J.; Hobza, P.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6051-6060.
-
(2001)
J. Phys. Chem. B
, vol.105
, pp. 6051-6060
-
-
Munoz, J.1
Šponer, J.2
Hobza, P.3
Orozco, M.4
Luque, F.J.5
-
17
-
-
0001741596
-
-
(h) Pelmenschikov, A.; Zilberberg, I.; Leszczynski, J.; Famulari, A.; Sironi, M.; Raimondi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 496-500.
-
(1999)
Chem. Phys. Lett.
, vol.314
, pp. 496-500
-
-
Pelmenschikov, A.1
Zilberberg, I.2
Leszczynski, J.3
Famulari, A.4
Sironi, M.5
Raimondi, M.6
-
18
-
-
0030992422
-
-
(a) Šponer, J.; Burda, J. V.; Mejzlík, P.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 14, 613-628.
-
(1997)
Biomol. Struct. Dyn.
, vol.14
, pp. 613-628
-
-
Šponer, J.1
Burda, J.V.2
Mejzlík, P.3
Leszczynski, J.4
Hobza, P.J.5
-
20
-
-
0345893810
-
-
(c) Meyer, M.; Steinke, T.; Brandl, M.; Suhnel, J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 109-124.
-
(2001)
J. Comput. Chem.
, vol.22
, pp. 109-124
-
-
Meyer, M.1
Steinke, T.2
Brandl, M.3
Suhnel, J.4
-
21
-
-
0037426860
-
-
(d) Peters, M.; Rozas, I.; Alkorta, I.; Elguero, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 323-330.
-
(2003)
J. Phys. Chem. B
, vol.107
, pp. 323-330
-
-
Peters, M.1
Rozas, I.2
Alkorta, I.3
Elguero, J.4
-
23
-
-
4043072251
-
-
(f) Louit, G.; Hocquet, A.; Ghomi, M.; Meyer, M.; Suhnel. J. Phys. Chem. Commun. 2003, 15-23.
-
(2003)
Phys. Chem. Commun.
, pp. 15-23
-
-
Louit, G.1
Hocquet, A.2
Ghomi, M.3
Meyer, M.4
Suhnel, J.5
-
24
-
-
0031553237
-
-
(a) Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9489-9495.
-
(1997)
J. Phys. Chem. A
, vol.101
, pp. 9489-9495
-
-
Šponer, J.1
Leszczynski, J.2
Hobza, P.3
-
26
-
-
84962339749
-
-
(c) Barsky, D.; Kool, E. T.; Colvin, M. E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 1119-1134.
-
(1999)
J. Biomol. Struct. Dyn.
, vol.16
, pp. 1119-1134
-
-
Barsky, D.1
Kool, E.T.2
Colvin, M.E.3
-
27
-
-
0034319451
-
-
(d) Podolyan, Y.; Rubin, Y. V.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 9964-9970.
-
(2000)
J. Phys. Chem. A
, vol.104
, pp. 9964-9970
-
-
Podolyan, Y.1
Rubin, Y.V.2
Leszczynski, J.3
-
29
-
-
0029998770
-
-
Šponer, J.; Leszczynski, J.; Vetterl, V.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 695-707.
-
(1996)
J. Biomol. Struct. Dyn.
, vol.13
, pp. 695-707
-
-
Šponer, J.1
Leszczynski, J.2
Vetterl, V.3
Hobza, P.4
-
31
-
-
0032547253
-
-
(b) Bertran, J.; Oliva, A.; Rodriguez-Santiago, L.; Sodupe, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8159-8167.
-
(1998)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.120
, pp. 8159-8167
-
-
Bertran, J.1
Oliva, A.2
Rodriguez-Santiago, L.3
Sodupe, M.4
-
32
-
-
0036664760
-
-
(c) Bertran, J. Noguera, M. Sodupe, M. Afinidad 2002, 59, 470-478.
-
(2002)
Afinidad
, vol.59
, pp. 470-478
-
-
Bertran, J.1
Noguera, M.2
Sodupe, M.3
-
34
-
-
0037058030
-
-
(b) Li, X. F.; Cai, Z. L.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9345-9351
-
(2002)
J. Phys. Chem. A
, vol.106
, pp. 9345-9351
-
-
Li, X.F.1
Cai, Z.L.2
Sevilla, M.D.3
-
36
-
-
0037461625
-
-
(d) Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer, H. F. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 848-853.
-
(2003)
J. Phys. Chem. B
, vol.107
, pp. 848-853
-
-
Richardson, N.A.1
Wesolowski, S.S.2
Schaefer, H.F.3
-
40
-
-
84962349365
-
-
(a) Florián, J.; Šponer, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 884-892.
-
(1999)
J. Phys. Chem. B
, vol.103
, pp. 884-892
-
-
Florián, J.1
Šponer, J.2
Warshel, A.3
-
43
-
-
0034323550
-
-
(d) Sivanesan, D. Babu, K.; Gadre, S. R.; Subramanian, V.; Ramasami, T. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 10 887-10 894.
-
(2000)
J. Phys. Chem. A
, vol.104
-
-
Sivanesan, D.1
Babu, K.2
Gadre, S.R.3
Subramanian, V.4
Ramasami, T.5
-
44
-
-
0034639974
-
-
(a) Kratochvíl, M.; Šponer, J.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3495-3499.
-
(2000)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.122
, pp. 3495-3499
-
-
Kratochvíl, M.1
Šponer, J.2
Hobza, P.3
-
45
-
-
4043154369
-
-
(b) Nir, E.; Janzen, C.; Imhof, P.; Kleinermanns, K. de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 732-739.
-
(2000)
Phys. Chem. Chem. Phys.
, pp. 732-739
-
-
Nir, E.1
Janzen, C.2
Imhof, P.3
Kleinermanns, K.4
De Vries, M.S.5
-
46
-
-
18344400480
-
-
(c) Muller, A.; Losada, M.; Leutwyler, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 157-165.
-
(2004)
J. Phys. Chem. A
, vol.108
, pp. 157-165
-
-
Muller, A.1
Losada, M.2
Leutwyler, S.3
-
47
-
-
0034700502
-
-
(d) Nir, E.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Nature 2000, 408, 949-951.
-
(2000)
Nature
, vol.408
, pp. 949-951
-
-
Nir, E.1
Kleinermanns, K.2
De Vries, M.S.3
-
51
-
-
0025728614
-
-
(a) Pranata, J.; Wierschke, S. G.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2810-2819.
-
(1991)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.113
, pp. 2810-2819
-
-
Pranata, J.1
Wierschke, S.G.2
Jorgensen, W.L.3
-
52
-
-
0032804830
-
-
(b) Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. Chem. Eur. J. 1999, 5, 3581-3594. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Baerends, E. J. Cryst. Growth Des. 2002, 2, 239-245.
-
(1999)
Chem. Eur. J.
, vol.5
, pp. 3581-3594
-
-
Guerra, C.F.1
Bickelhaupt, F.M.2
Snijders, J.G.3
Baerends, E.J.4
-
53
-
-
0012849731
-
-
(b) Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. Chem. Eur. J. 1999, 5, 3581-3594. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Baerends, E. J. Cryst. Growth Des. 2002, 2, 239-245.
-
(2002)
Cryst. Growth Des.
, vol.2
, pp. 239-245
-
-
Guerra, C.F.1
Bickelhaupt, F.M.2
Baerends, E.J.3
-
54
-
-
0001678824
-
-
(c) Brameld, K.; Dasgupta, S.; Goddard III, W. A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4851-4859.
-
(1997)
J. Phys. Chem. B
, vol.101
, pp. 4851-4859
-
-
Brameld, K.1
Dasgupta, S.2
Goddard III, W.A.3
-
55
-
-
0037439855
-
-
(d) Sherer, E. C.; York, D. M.; Cramer, C. J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 57-67.
-
(2003)
J. Comput. Chem.
, vol.24
, pp. 57-67
-
-
Sherer, E.C.1
York, D.M.2
Cramer, C.J.3
-
58
-
-
0037018536
-
-
(f) Kawahara, S.; Uchimaru, T.; Taira, K.; Sekine, M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3207-3215.
-
(2002)
J. Phys. Chem. A
, vol.106
, pp. 3207-3215
-
-
Kawahara, S.1
Uchimaru, T.2
Taira, K.3
Sekine, M.4
-
59
-
-
0037018536
-
-
(g) Kawahara, S.; Uchimaru, T.; Taira, K.; Sekine, M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3207-3212.
-
(2002)
J. Phys. Chem. A
, vol.106
, pp. 3207-3212
-
-
Kawahara, S.1
Uchimaru, T.2
Taira, K.3
Sekine, M.4
-
60
-
-
0035936235
-
-
(h) Kawahara, S.; Kobori, A.; Sekine, M. Taira, K. Uchimaru, T. J. Phys. Chem. A, 2001, 105, 10 596-10 601. Kawahara, S.; Uchimaru, T. Eur. J. Org. Chem. 2003, 2577-2584.
-
(2001)
J. Phys. Chem. A
, vol.105
-
-
Kawahara, S.1
Kobori, A.2
Sekine, M.3
Taira, K.4
Uchimaru, T.5
-
61
-
-
0041845404
-
-
(h) Kawahara, S.; Kobori, A.; Sekine, M. Taira, K. Uchimaru, T. J. Phys. Chem. A, 2001, 105, 10 596-10 601. Kawahara, S.; Uchimaru, T. Eur. J. Org. Chem. 2003, 2577-2584.
-
(2003)
Eur. J. Org. Chem.
, pp. 2577-2584
-
-
Kawahara, S.1
Uchimaru, T.2
-
62
-
-
0034220541
-
-
(i) Czernek, J.; Fiala, R.; Sklenar, V. J. Magnet. Reson. 2000, 145, 142-146.
-
(2000)
J. Magnet. Reson.
, vol.145
, pp. 142-146
-
-
Czernek, J.1
Fiala, R.2
Sklenar, V.3
-
63
-
-
0034794182
-
-
(j) Barfield, M.; Dingley, A. J.; Feigon, J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4014-4022.
-
(2001)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.123
, pp. 4014-4022
-
-
Barfield, M.1
Dingley, A.J.2
Feigon, J.3
Grzesiek, S.4
-
65
-
-
0042378707
-
-
(l) Asensio, A. Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6441-6443.
-
(2003)
J. Phys. Chem. A
, vol.107
, pp. 6441-6443
-
-
Asensio, A.1
Kobko, N.2
Dannenberg, J.J.3
-
66
-
-
0038118486
-
-
(m) Forde, G.; Flood, A.; Salter, L. Hill, G.; Gorb, L. Leszczynski, J. J. Biomol. Struct Dyn. 2003, 20, 811-817.
-
(2003)
J. Biomol. Struct. Dyn.
, vol.20
, pp. 811-817
-
-
Forde, G.1
Flood, A.2
Salter, L.3
Hill, G.4
Gorb, L.5
Leszczynski, J.6
-
68
-
-
20344381993
-
-
(a) Feyereisen, M.; Fitzgerald, G.; Komornicki, A. Chem. Phys. Lett. 1993, 208, 359-363.
-
(1993)
Chem. Phys. Lett.
, vol.208
, pp. 359-363
-
-
Feyereisen, M.1
Fitzgerald, G.2
Komornicki, A.3
-
70
-
-
0034798696
-
-
Jurečka, P.; Nachtigall, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4578-4582.
-
(2001)
Phys. Chem. Chem. Phys.
, vol.3
, pp. 4578-4582
-
-
Jurečka, P.1
Nachtigall, P.2
Hobza, P.3
-
73
-
-
33748621478
-
-
(a) Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5590-5596.
-
(1996)
J. Phys. Chem.
, vol.100
, pp. 5590-5596
-
-
Šponer, J.1
Leszczynski, J.2
Hobza, P.3
-
74
-
-
0030905954
-
-
(b) Šponer, J.; Gabb, H. A.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biophys. J. 1997, 73, 76-87.
-
(1997)
Biophys. J.
, vol.73
, pp. 76-87
-
-
Šponer, J.1
Gabb, H.A.2
Leszczynski, J.3
Hobza, P.4
-
75
-
-
0242652446
-
-
(c) Hernandez, B.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Comput. Chem. 1999, 20, 937-946.
-
(1999)
J. Comput. Chem.
, vol.20
, pp. 937-946
-
-
Hernandez, B.1
Luque, F.J.2
Orozco, M.3
-
76
-
-
0037174887
-
-
(d) Biot, C.; Buisine, E.; Kwasigroch, J. M.; Wintjens, R.; Rooman, M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 40 816-40 822.
-
(2002)
J. Biol. Chem.
, vol.277
-
-
Biot, C.1
Buisine, E.2
Kwasigroch, J.M.3
Wintjens, R.4
Rooman, M.5
-
78
-
-
0037129480
-
-
(b) Leininger, M. L.; Nielsen. I. M. B.; Colvin, M. E.; Janssen, C. L. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3850-3854.
-
(2002)
J. Phys. Chem. A
, vol.106
, pp. 3850-3854
-
-
Leininger, M.L.1
Nielsen, I.M.B.2
Colvin, M.E.3
Janssen, C.L.4
-
82
-
-
4243539377
-
-
Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169.
-
(1989)
Chem. Phys. Lett.
, vol.162
, pp. 165-169
-
-
Ahlrichs, R.1
Bär, M.2
Häser, M.3
Horn, H.4
Kölmel, C.5
-
85
-
-
0001222210
-
-
Halkier, A.; Helgaker, T.; Jørgensen, P.; Klopper, W.; Koch, H.; Olsen, J. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 437-446.
-
(1999)
Chem. Phys. Lett.
, vol.302
, pp. 437-446
-
-
Halkier, A.1
Helgaker, T.2
Jørgensen, P.3
Klopper, W.4
Koch, H.5
Olsen, J.6
-
86
-
-
0032502389
-
-
Halkier, A.; Helgaker, T.; Jørgensen, P.; Klopper, W.; Koch, H.; Olsen, J.; Wilson, A. K. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 243-252.
-
(1998)
Chem. Phys. Lett.
, vol.286
, pp. 243-252
-
-
Halkier, A.1
Helgaker, T.2
Jørgensen, P.3
Klopper, W.4
Koch, H.5
Olsen, J.6
Wilson, A.K.7
-
88
-
-
4043087948
-
-
R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, P. Celani, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, C. Hampel, G. Hetzer, P. J. Knowles, T. Korona, R. Lindh, A. W. Lloyd, S. J. McNicholas, F. R. Manby, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, R. Pitzer, G. Rauhut, M. Schütz, U. Schumann, H. Stoll, A. J. Stone, R. Tarroni, T. Thorsteinsson, and H.-J. Werner
-
MOLPRO, a package of ab initio programs designed by H.-J. Werner and P. J. Knowles, version 2002. 1, R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, P. Celani, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, C. Hampel, G. Hetzer, P. J. Knowles, T. Korona, R. Lindh, A. W. Lloyd, S. J. McNicholas, F. R. Manby, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, R. Pitzer, G. Rauhut, M. Schütz, U. Schumann, H. Stoll, A. J. Stone, R. Tarroni, T. Thorsteinsson, and H.-J. Werner.
-
MOLPRO, a Package of Ab Initio Programs Designed by H.-J. Werner and P. J. Knowles, Version 2002.1
-
-
-
89
-
-
0004133516
-
-
Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA
-
. (a)Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S. Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Revision A.7, Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 1998.
-
(1998)
Gaussian 98; Revision A.7
-
-
Frisch, M.J.1
Trucks, G.W.2
Schlegel, H.B.3
Scuseria, G.E.4
Robb, M.A.5
Cheeseman, J.R.6
Zakrzewski, V.G.7
Montgomery, J.A.8
Stratmann, R.E.9
Burant, J.C.10
Dapprich, S.11
Millam, J.M.12
Daniels, A.D.13
Kudin, K.N.14
Strain, M.C.15
Farkas, O.16
Tomasi, J.17
Barone, V.18
Cossi, M.19
Cammi, R.20
Mennucci, B.21
Pomelli, C.22
Adamo, C.23
Clifford, S.24
Ochterski, J.25
Petersson, G.A.26
Ayala, P.Y.27
Cui, Q.28
Morokuma, K.29
Malick, D.K.30
Rabuck, A.D.31
Raghavachari, K.32
Foresman, J.B.33
Cioslowski, J.34
Ortiz, J.V.35
Stefanov, B.B.36
Liu, G.37
Liashenko, A.38
Piskorz, P.39
Komaromi, I.40
Gomperts, R.41
Martin, R.L.42
Fox, D.J.43
Keith, T.44
Al-Laham, M.A.45
Peng, C.Y.46
Nanayakkara, A.47
Gonzalez, C.48
Challacombe, M.49
Gill, P.M.W.50
Johnson, B.G.51
Chen, W.52
Wong, M.W.53
Andres, J.L.54
Head-Gordon, M.55
Replogle, E.S.56
Pople, J.A.57
more..
-
92
-
-
0004268506
-
-
University of California, San Francisco, CA
-
Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K.; Stanton, R.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Ferguson, D. M.; Radmer, R. J.; Siebel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 6; University of California, San Francisco, CA, 1997.
-
(1997)
AMBER 6
-
-
Case, D.A.1
Pearlman, D.A.2
Caldwell, J.W.3
Cheatham, T.E.4
Ross, W.S.5
Simmerling, C.L.6
Darden, T.A.7
Merz, K.8
Stanton, R.9
Cheng, A.L.10
Vincent, J.J.11
Crowley, M.12
Ferguson, D.M.13
Radmer, R.J.14
Siebel, G.L.15
Singh, U.C.16
Weiner, P.K.17
Kollman, P.A.18
-
93
-
-
0031576896
-
-
(a) Chou, S. H.; Zhu, L. M.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1997, 267, 1055-1067.
-
(1997)
J. Mol. Biol.
, vol.267
, pp. 1055-1067
-
-
Chou, S.H.1
Zhu, L.M.2
Reid, B.R.3
-
97
-
-
0036225151
-
-
(a) Lankaš, F.; Cheatham, T. E. III; Špačková , N.; Hobza, P.; Langowski, J.; Šponer, J. Biophys. J. 2002, 82, 2592-2609.
-
(2002)
Biophys. J.
, vol.82
, pp. 2592-2609
-
-
Lankaš, F.1
Cheatham III, T.E.2
Špačková, N.3
Hobza, P.4
Langowski, J.5
Šponer, J.6
-
100
-
-
0030851911
-
-
(d) Mollegaard, N. E.; Bailly, C.; Waring, M. J.; Nielsen, P. E. Nucl. Acids Res. 1997, 25, 3497-3502.
-
(1997)
Nucl. Acids Res.
, vol.25
, pp. 3497-3502
-
-
Mollegaard, N.E.1
Bailly, C.2
Waring, M.J.3
Nielsen, P.E.4
-
101
-
-
0025269492
-
-
(e) Crothers, D. M.; Haran, T. E.; Nadeau, J. G. J. Biol. Chem. 1990, 265, 7093-7096.
-
(1990)
J. Biol. Chem.
, vol.265
, pp. 7093-7096
-
-
Crothers, D.M.1
Haran, T.E.2
Nadeau, J.G.3
-
102
-
-
0026723478
-
-
(f) Diekmann, S.; Mazzarelli, J. M.; Mclaughlin, L. W.; Vonkitzing, E.; Travers, A. A. J. Mol. Biol 1992, 225, 729-738.
-
(1992)
J. Mol. Biol.
, vol.225
, pp. 729-738
-
-
Diekmann, S.1
Mazzarelli, J.M.2
Mclaughlin, L.W.3
Vonkitzing, E.4
Travers, A.A.5
-
103
-
-
0033618122
-
-
(g) Sherer, E. C.; Harris, S. A.; Soliva, R.; Orozco, H.; Laughton, C. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5981-5991.
-
(1999)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.121
, pp. 5981-5991
-
-
Sherer, E.C.1
Harris, S.A.2
Soliva, R.3
Orozco, H.4
Laughton, C.A.5
-
104
-
-
0037229050
-
-
(a) Thiviyanathan, V.; Somasunderam, A.; Hazra, T. K.; Mitra, S.; Gorenstein, D. G. J. Mol. Biol. 2003, 325, 433-442.
-
(2003)
J. Mol. Biol.
, vol.325
, pp. 433-442
-
-
Thiviyanathan, V.1
Somasunderam, A.2
Hazra, T.K.3
Mitra, S.4
Gorenstein, D.G.5
-
106
-
-
0023647116
-
-
(c) Kuchino, Y.; Mori, F.; Kasai, H.; Inoue, H.; Iwai, S.; Miura, K.; Ohtuska, E.; Nishimura, S. Nature 1987, 327, 77-79.
-
(1987)
Nature
, vol.327
, pp. 77-79
-
-
Kuchino, Y.1
Mori, F.2
Kasai, H.3
Inoue, H.4
Iwai, S.5
Miura, K.6
Ohtuska, E.7
Nishimura, S.8
-
107
-
-
0027930608
-
-
(d) McAuleyhecht, K. E.; Leonard, G. A.; Gibson, N. J.; Thomson, J. B.; Watson, W. P.; Hunter, W. N.; Brown, T. Biochemistry 1994, 33, 10 266-10 270.
-
(1994)
Biochemistry
, vol.33
-
-
McAuleyhecht, K.E.1
Leonard, G.A.2
Gibson, N.J.3
Thomson, J.B.4
Watson, W.P.5
Hunter, W.N.6
Brown, T.7
-
108
-
-
0025981359
-
-
(e) Shibutani, S.; Takeshita, M.; Grollman, A. P. Nature 1991, 349, 431-434.
-
(1991)
Nature
, vol.349
, pp. 431-434
-
-
Shibutani, S.1
Takeshita, M.2
Grollman, A.P.3
-
112
-
-
0030044773
-
-
(a) Wahl, M. C.; Rao, S. T.; Sundaralingam, M. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 24-31.
-
(1996)
Nat. Struct. Biol.
, vol.3
, pp. 24-31
-
-
Wahl, M.C.1
Rao, S.T.2
Sundaralingam, M.3
-
113
-
-
0034225880
-
-
(b) Hobza, P.; Šponer, J.; Cubero, E.: Orozco, M.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6286-6292.
-
(2000)
J. Phys. Chem. A
, vol.104
, pp. 6286-6292
-
-
Hobza, P.1
Šponer, J.2
Cubero, E.3
Orozco, M.4
Luque, F.J.5
-
114
-
-
0035134733
-
-
(a) Štefl, R.; Spačková, N.; Berger, I.; Koča, J.; Šponer, J. Biophys. J. 2001, 80, 455-468.
-
(2001)
Biophys. J.
, vol.80
, pp. 455-468
-
-
Štefl, R.1
Spačková, N.2
Berger, I.3
Koča, J.4
Šponer, J.5
-
115
-
-
0037428478
-
-
(b) Somerville, L.; Krynetski, E. Y.; Krynetskaia, N. F.; Beger, R. D.; Zhang, W. X.; Marhefka, C. A.; Evans, W. E.; Kriwacki, R. W. J. Biol Chem. 2003, 278, 1005-1011.
-
(2003)
J. Biol Chem.
, vol.278
, pp. 1005-1011
-
-
Somerville, L.1
Krynetski, E.Y.2
Krynetskaia, N.F.3
Beger, R.D.4
Zhang, W.X.5
Marhefka, C.A.6
Evans, W.E.7
Kriwacki, R.W.8
-
116
-
-
0033565539
-
-
(c) Marathias, V. M.; Sawicki, M. J.; Bolton, P. H. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 2860-2867.
-
(1999)
Nucleic Acids Res.
, vol.27
, pp. 2860-2867
-
-
Marathias, V.M.1
Sawicki, M.J.2
Bolton, P.H.3
-
117
-
-
0028810496
-
-
(d) Alhambra, C.; Luque, F. J.; Esterlich, J.; Orozco, M. J. Org. Chem. 1995, 60, 969-976.
-
(1995)
J. Org. Chem.
, vol.60
, pp. 969-976
-
-
Alhambra, C.1
Luque, F.J.2
Esterlich, J.3
Orozco, M.4
-
119
-
-
0028934881
-
-
(f) Rao, T. S.; Durland, R. H.; Seth, D. M.; Myrick, M. A.; Bodepudi, V.; Revankar, G. R. Biochemistry 1995, 34, 765-772.
-
(1995)
Biochemistry
, vol.34
, pp. 765-772
-
-
Rao, T.S.1
Durland, R.H.2
Seth, D.M.3
Myrick, M.A.4
Bodepudi, V.5
Revankar, G.R.6
-
120
-
-
0034192170
-
-
(g) Nair, T. M.; Myszka, D. G.; Davis, D. R. Nucl. Acids Res. 2000, 28, 1935-1940.
-
(2000)
Nucl. Acids Res.
, vol.28
, pp. 1935-1940
-
-
Nair, T.M.1
Myszka, D.G.2
Davis, D.R.3
-
121
-
-
0030991442
-
-
Moran, S.; Ren, R. X. F.; Rumney, S.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2056-2057.
-
(1997)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.119
, pp. 2056-2057
-
-
Moran, S.1
Ren, R.X.F.2
Rumney, S.3
Kool, E.T.4
-
122
-
-
0041995407
-
-
(b) Ryjacek, F.; Kratochvil, M.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 393-398.
-
(1999)
Chem. Phys. Lett.
, vol.313
, pp. 393-398
-
-
Ryjacek, F.1
Kratochvil, M.2
Hobza, P.3
-
123
-
-
0027278767
-
-
(a) Gehring, K.; Leroy, J. L.; Gueron, M. Nature 1993, 363, 561-565.
-
(1993)
Nature
, vol.363
, pp. 561-565
-
-
Gehring, K.1
Leroy, J.L.2
Gueron, M.3
-
124
-
-
0029032852
-
-
(b) Berger, I.; Kang, C.; Fredian, A.; Ratliff, R.; Moyzis, R.; Rich, A. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 416-429.
-
(1995)
Nat. Struct. Biol.
, vol.2
, pp. 416-429
-
-
Berger, I.1
Kang, C.2
Fredian, A.3
Ratliff, R.4
Moyzis, R.5
Rich, A.6
-
125
-
-
0031749572
-
-
(c) Špačková, N.; Berger, I.; Egli, M.; Šponer, J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6147-6151.
-
(1998)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.120
, pp. 6147-6151
-
-
Špačková, N.1
Berger, I.2
Egli, M.3
Šponer, J.4
-
126
-
-
0038778516
-
-
(d) Malliavin, T. E.; Gau, J.; Snoussi, K.; Leroy, J. L. Biophys. J. 2003, 84, 3838-3847.
-
(2003)
Biophys. J.
, vol.84
, pp. 3838-3847
-
-
Malliavin, T.E.1
Gau, J.2
Snoussi, K.3
Leroy, J.L.4
-
129
-
-
0000561334
-
-
Tsuzuki, S.; Uchimaru, T.; Matsumura, K.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Chem. Phys. 1999, 110, 11 906-11 910.
-
(1999)
J. Chem. Phys.
, vol.110
-
-
Tsuzuki, S.1
Uchimaru, T.2
Matsumura, K.3
Mikami, M.4
Tanabe, K.5
-
131
-
-
0002594455
-
-
Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolymers 2001, 61, 3-36.
-
(2001)
Biopolymers
, vol.61
, pp. 3-36
-
-
Sponer, J.1
Leszczynski, J.2
Hobza, P.3
-
132
-
-
0037012390
-
-
Reha, D.; Kabelac, M. Ryjacek, F.; Sponer, J.; Sponer, J. E.; Elstner, M.; Suhai, S.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3366-3376.
-
(2002)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.124
, pp. 3366-3376
-
-
Reha, D.1
Kabelac, M.2
Ryjacek, F.3
Sponer, J.4
Sponer, J.E.5
Elstner, M.6
Suhai, S.7
Hobza, P.8
-
133
-
-
0033593467
-
-
(a) Gallego, J.; Golden, E. B.; Stanley, D. E.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1039-1052.
-
(1999)
J. Mol. Biol.
, vol.285
, pp. 1039-1052
-
-
Gallego, J.1
Golden, E.B.2
Stanley, D.E.3
Reid, B.R.4
-
134
-
-
0032508869
-
-
(b) Soliva, R.; Laughton, C. A.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11 226-11 233.
-
(1998)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.120
-
-
Soliva, R.1
Laughton, C.A.2
Luque, F.J.3
Orozco, M.4
-
135
-
-
0034718074
-
-
(c) Cubero, E.; Laughton, C. A.; Luque, F. J. Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6891-6899.
-
(2000)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.122
, pp. 6891-6899
-
-
Cubero, E.1
Laughton, C.A.2
Luque, F.J.3
Orozco, M.4
-
137
-
-
0033618122
-
-
(e) Sherer, E. C.; Harris, S. A.; Soliva, R.; Orozco, M.; Laughton, C. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5981-5991.
-
(1999)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.121
, pp. 5981-5991
-
-
Sherer, E.C.1
Harris, S.A.2
Soliva, R.3
Orozco, M.4
Laughton, C.A.5
-
139
-
-
0036882094
-
-
(b) Kaminski, G. A.; Stem, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Cao, Y. X. X.; Murphy, R. B.; Zhou, R. H.; Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1515-1531.
-
(2002)
J. Comput. Chem.
, vol.23
, pp. 1515-1531
-
-
Kaminski, G.A.1
Stem, H.A.2
Berne, B.J.3
Friesner, R.A.4
Cao, Y.X.X.5
Murphy, R.B.6
Zhou, R.H.7
Halgren, T.A.8
-
140
-
-
0032054016
-
-
(c) Garmer, D. R.; Gresh, N.; Roques, B. P. Proteins Struct. Funct. Genet. 1998, 31, 42-60.
-
(1998)
Proteins Struct. Funct. Genet.
, vol.31
, pp. 42-60
-
-
Garmer, D.R.1
Gresh, N.2
Roques, B.P.3
-
141
-
-
4043140243
-
-
note
-
(d) Energy decomposition schemes and definitions of charge transfer are in general not unambiguous, thus it is not straightforward to separate charge-transfer and polarization from the other contributions and some arbitrary steps always need to be done. The conclusions of the present paper are based mainly on the very good empirical correlation between full ab initio treatment and pair-additive force field relying on the simple Coulombic electrostatic model.
-
-
-
|