A novel approach for deriving force field torsion angle parameters accounting for conformation-dependent solvation effects

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 9, 2012, Pages 3232-3242

  Zgarbová, Marie ^a   Luque, F Javier ^b   Šponer, Jiří ^c,d   Otyepka, Michal ^a   Jurečka, Petr ^a  

^a PALACKÝ UNIVERSITY   (Czech Republic)

^b UNIVERSITY OF BARCELONA   (Spain)

^c INSTITUTE OF BIOPHYSICS   (Czech Republic)

^d MASARYK UNIVERSITY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84866164320     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct3001987     Document Type: Article

References (48)

1. Banáš, P.; Hollas, D.; Zgarbova, M.; Jurecka, P.; Orozco, M.; Cheatham, T.; Sponer, J.; Otyepka, M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6 (12) 3836-3849
2. Ditzler, M. A.; Otyepka, M.; Sponer, J.; Walter, N. G. Acc. Chem. Res. 2010, 43 (1) 40-47
3. Zgarbova, M.; Otyepka, M.; Sponer, J.; Mladek, A.; Banas, P.; Cheatham, T. E., 3rd; Jurecka, P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7 (9) 2886-2902
4. Schneider, B.; Moravek, Z.; Berman, H. M. Nucleic Acids Res. 2004, 32 (5) 1666-1677
5. Svozil, D.; Kalina, J.; Omelka, M.; Schneider, B. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (11) 3690-3706
6. Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16 (4) 845-862
7. Foloppe, N.; MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2000, 21 (2) 86-104
8. Foloppe, N.; Hartmann, B.; Nilsson, L.; MacKerell, A. D. Biophys. J. 2002, 82 (3) 1554-1569
9. Perez, A.; Marchan, I.; Svozil, D.; Sponer, J.; Cheatham, T. E.; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92 (11) 3817-3829
10. Ode, H.; Matsuo, Y.; Neya, S.; Hoshino, T. J. Comput. Chem. 2008, 29 (15) 2531-2542
11. Yildirim, I.; Stern, H. A.; Kennedy, S. D.; Tubbs, J. D.; Turner, D. H. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6 (5) 1520-1531
12. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117 (19) 5179-5197
13. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21 (12) 1049-1074
14. Foloppe, N.; MacKerell, A. D. Biophys. J. 1999, 76 (6) 3206-3218
15. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G. M.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J. M.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24 (16) 1999-2012
16. Orozco, M.; Bachs, M.; Luque, F. J. J. Comput. Chem. 1995, 16 (5) 563-575
17. Luque, F. J.; Bachs, M.; Aleman, C.; Orozco, M. J. Comput. Chem. 1996, 17 (7) 806-820
18. Luque, F. J.; Zhang, Y.; Aleman, C.; Bachs, M.; Gao, J.; Orozco, M. J. Phys. Chem. 1996, 100 (10) 4269-4276
19. Curutchet, C.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Comput. Chem. 2001, 22 (11) 1180-1193
20. Cances, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107 (8) 3032-3041
21. Mennucci, B.; Cances, E.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101 (49) 10506-10517
22. Cances, E.; Mennucci, B. J. Math. Chem. 1998, 23 (3-4) 309-326
23. Klamt, A.; Schuurmann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993, 5) 799-805
24. Klamt, A. J. Phys. Chem. 1995, 99 (7) 2224-2235
25. Klamt, A.; Jonas, V.; Burger, T.; Lohrenz, J. C. W. J. Phys. Chem. A 1998, 102 (26) 5074-5085
26. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113 (18) 6378-6396
27. MacKerell, A. D.; Banavali, N. K. J. Comput. Chem. 2000, 21 (2) 105-120
28. Bosch, D.; Foloppe, N.; Pastor, N.; Pardo, L.; Campillo, M. THEOCHEM 2001, 537, 283-305
29. Banas, P.; Jurecka, P.; Walter, N. G.; Sponer, J.; Otyepka, M. Methods 2009, 49 (2) 202-216
30. Mlynsky, V.; Banas, P.; Hollas, D.; Reblova, K.; Walter, N. G.; Sponer, J.; Otyepka, M. J. Phys. Chem. B 2010, 114 (19) 6642-6652
31. Sklenovsky, P.; Florova, P.; Banas, P.; Reblova, K.; Lankas, F.; Otyepka, M.; Sponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7 (9) 2963-2980
32. Case, D. A.; Darden, T. A.; Chetham, T. E., III; Simmerling, C. E.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B. P.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvary, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Liu, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hsieh, M. J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, V.; Kovalenko, A.; Kollmann, P. A. AMBER 11, University of California: San Francisco, CA, 2010.
33. Luque, F. J.; Orozco, M. J. Phys. Chem. B 1997, 101 (28) 5573-5582
34. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77 (18) 3865-3868
35. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72 (1) 650-654
36. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. V. J. Comput. Chem. 1983, 4 (3) 294-301
37. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80 (7) 3265-3269
38. Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1992, 96 (9) 7178-7179
39. Ahlrichs, R.; Bar, M.; Haser, M.; Horn, H.; Kolmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162 (3) 165-169
40. Weigend, F.; Häser, M. Theor. Chem. Acc. 1997, 97 (1-4) 331-340
41. Klamt, A.; Eckert, F.; Diedenhofen, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113 (14) 4508-4510
42. Klamt, A.; Diedenhofen, M. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2010, 24 (4) 357-360
43. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision D.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
44. Case, D. A.; Darden, T. A.; Chetham, T. E., III; Simmerling, C. E.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvary, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S.; Steinbrecher, H.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollmann, P. A. AMBER 10; University of California: San Francisco, CA, 2008.
45. Luque, F. J.; Bofill, J. M.; Orozco, M. J. Chem. Phys. 1995, 103 (23) 10183-10191
46. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97 (40) 10269-10280
47. Reynolds, C. A.; Essex, J. W.; Richards, W. G. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114 (23) 9075-9079
48. Luque, F. J.; Curutchet, C.; Munoz-Muriedas, J.; Bidon-Chanal, A.; Soteras, I.; Morreale, A.; Gelpi, J. L.; Orozco, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5 (18) 3827-3836