Quantum chemical studies of nucleic acids: Can we construct a bridge to the RNA structural biology and bioinformatics communities?

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 48, 2010, Pages 15723-15741

  Šponer, Jiří ^a   Šponer, Judit E ^a   Petrov, Anton I ^b   Leontis, Neocles B ^b  

^a INSTITUTE OF BIOPHYSICS   (Czech Republic)

^b BOWLING GREEN STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVE NETWORKS; BIOLOGY; BIOMOLECULES; MOLECULAR INTERACTIONS; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEIC ACIDS; QUANTUM CHEMISTRY; RESEARCH; RNA;

AB INITIO METHOD; BIOINFORMATICS ANALYSIS; QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS; QUANTUM CHEMICAL STUDIES; RESEARCH AREAS; RESEARCH FIELDS; RESEARCH QUESTIONS; RNA STRUCTURES; STRUCTURAL BIOINFORMATICS; STRUCTURAL BIOLOGY;

BIOINFORMATICS;

EID: 78650096290     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp104361m     Document Type: Article

References (179)

1. Kruger, K.; Grabowski, P. J.; Zaug, A. J.; Sands, J.; Gottschling, D. E.; Cech, T. R. Cell 1982, 31, 147-157
2. Guerrier-Takada, C.; Gardiner, K.; Marsh, T.; Pace, N.; Altman, S. Cell 1983, 35, 849-857
3. Wahl, M. C.; Will, C. L.; Luhrmann, R. Cell 2009, 136, 701-718
4. Frank, J.; Zhu, J.; Penczek, P.; Li, Y. H.; Srivastava, S.; Verschoor, A.; Radermacher, M.; Grassucci, R.; Lata, R. K.; Agrawal, R. K. Nature 1995, 376, 441-444
5. Yusupov, M. M.; Yusupova, G. Z.; Baucom, A.; Lieberman, K.; Earnest, T. N.; Cate, J. H. D.; Noller, H. F. Science 2001, 292, 883-896
6. Wimberly, B. T.; Brodersen, D. E.; Clemons, W. M.; Morgan-Warren, R. J.; Carter, A. P.; Vonrhein, C.; Hartsch, T.; Ramakrishnan, V. Nature 2000, 407, 327-339
7. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science 2000, 289, 905-920
8. Ramakrishnan, V.; Moore, P. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 144-154
9. Mitra, K.; Frank, J. Annu. Rev. Biophys. Biomol. 2006, 35, 299-317
10. Korostelev, A.; Ermolenko, D. N.; Noller, H. F. Curr. Opin. Chem. Biol. 2008, 12, 674-683
11. Halic, M.; Becker, T.; Pool, M. R.; Spahn, C. M. T.; Grassucci, R. A.; Frank, J.; Beckmann, R. Nature 2004, 427, 808-814
12. Egea, P. F.; Stroud, R. M.; Walter, P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 213-220
13. Catania, F.; Gao, X.; Scofield, D. G. J. Hered. 2009, 100, 591-596
14. Gesteland, R. F.; Cech, T. R.; Atkins, J. F. The RNA World; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY, 2006.
15. Birney, E.; Stamatoyannopoulos, J. A.; Dutta, A. Nature 2007, 447, 799-816
16. Carninci, P. Trends Genet. 2006, 22, 501-510
17. Pheasant, M.; Mattick, J. S. Genome Res. 2007, 17, 1245-1253
18. Fire, A.; Xu, S. Q.; Montgomery, M. K.; Kostas, S. A.; Driver, S. E.; Mello, C. C. Nature 1998, 391, 806-811
19. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18790-18794
20. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. Chem. Rev. 1994, 94, 1767-1785
21. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 157-167
22. Cieplak, P.; Dupradeau, F. Y.; Duan, Y.; Wang, J. M. J. Phys.: Condens. Matter 2009, 21, 333102
23. Ponder, J. W.; Wu, C. J.; Ren, P. Y.; Pande, V. S.; Chodera, J. D.; Schnieders, M. J.; Haque, I.; Mobley, D. L.; Lambrecht, D. S.; DiStasio, R. A.; Head-Gordon, M.; Clark, G. N. I.; Johnson, M. E.; Head-Gordon, T. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2549-2564
24. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
25. Ornstein, R. L.; Rein, R.; Breen, D. L.; Macelroy, R. D. Biopolymers 1978, 17, 2341-2360
26. Langlet, J.; Claverie, P.; Caron, F.; Boeuve, J. C. Int. J. Quantum Chem. 1981, 20, 299-338
27. Forner, W.; Otto, P.; Ladik, J. Chem. Phys. 1984, 86, 49-56
28. Gresh, N.; Pullman, B. Int. J. Quantum Chem. 1985, 12, 49-56
29. Aida, M.; Nagata, C. Int. J. Quantum Chem. 1986, 29, 1253-1261
30. Hobza, P.; Sandorfy, C. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 1302-1307
31. Anwander, E. H. S.; Probst, M. M.; Rode, B. M. Biopolymers 1990, 29, 757-769
32. Colson, A. O.; Besler, B.; Close, D. M.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 661-668
33. Hobza, P.; Sponer, J.; Polasek, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 792-798
34. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5590-5596
35. Hobza, P.; Sponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247-3276
36. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolymers 2001, 61, 3-31
37. Sponer, J.; Gabb, H. A.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biophys. J. 1997, 73, 76-87
38. Sponer, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3161-3164
39. Sponer, J.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 709-714
40. Hobza, P.; Sponer, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11802-11808
41. Leininger, M. L.; Nielsen, I. M. B.; Colvin, M. E.; Janssen, C. L. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3850-3854
42. Jurecka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15608-15613
43. Sponer, J.; Jurecka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142-10151
44. Sponer, J.; Jurecka, P.; Marchan, I.; Luque, F. J.; Orozco, M.; Hobza, P. Chem.-Eur. J. 2006, 12, 2854-2865
45. Sponer, J.; Riley, K. E.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2595-2610
46. Perez, A.; Marchan, I.; Svozil, D.; Sponer, J.; Cheatham, T. E.; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92, 3817-3829
47. Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845-862
48. Mackerell, A. D. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584-1604
49. Prive, G. G.; Yanagi, K.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1991, 217, 177-199
50. Suzuki, M.; Amano, N.; Kakinuma, J.; Tateno, M. J. Mol. Biol. 1997, 274, 421-435
51. Leontis, N. B.; Stombaugh, J.; Westhof, E. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3497-3531
52. Stombaugh, J.; Zirbel, C. L.; Westhof, E.; Leontis, N. B. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 2294-2312
53. de Vries, M. S.; Hobza, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 585-612
54. Voet, D.; Voet, J. G.; Pratt, C. W. Fundamentals of Biochemistry, 3rd ed.; Wiley & Sons, Inc.: New York, 2008.
55. Svozil, D.; Hobza, P.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1191-1203
56. Mathews, D. H.; Sabina, J.; Zuker, M.; Turner, D. H. J. Mol. Biol. 1999, 288, 911-940
57. SantaLucia, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1460-1465
58. Ditzler, M. A.; Otyepka, M.; Sponer, J.; Walter, N. G. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 40-47
59. Banas, P.; Jurecka, P.; Walter, N. G.; Sponer, J.; Otyepka, M. Methods 2009, 49, 202-216
60. Sponer, J.; Lankas, F. Computational Studies of RNA and DNA; Springer: Dordrecht, 2006.
61. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999-3093
62. Florian, J.; Sponer, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 884-892
63. Klamt, A.; Schuurmann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993, 799-805
64. Bachs, M.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Comput. Chem. 1994, 15, 446-454
65. Luque, F. J.; Curutchet, C.; Munoz-Muriedas, J.; Bidon-Chanal, A.; Soteras, I.; Morreale, A.; Gelpi, J. L.; Orozco, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 3827-3836
66. Sponer, J. E.; Reblova, K.; Mokdad, A.; Sychrovsky, V.; Leszczynski, J.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9153-9164
67. Mladek, A.; Sharma, P.; Mitra, A.; Bhattacharyya, D.; Sponer, J.; Sponer, J. E. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1743-1755
68. Soteras, I.; Forti, F.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9330-9334
69. Soteras, I.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2010, 24, 281-291
70. Curutchet, C.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1180-1193
71. Soteras, I.; Curutchet, C.; Bidon-Chanal, A.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2005, 727, 29-40
72. Ribeiro, R. F.; Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2010, 24, 317-333
73. Marenich, A. V.; Olson, R. M.; Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2011-2033
74. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6378-6396
75. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2447-2464
76. Klamt, A.; Diedenhofen, M. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2010, 24, 357-360
77. Klamt, A.; Jonas, V.; Burger, T.; Lohrenz, J. C. W. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 5074-5085
78. Richardson, J. S.; Schneider, B.; Murray, L. W.; Kapral, G. J.; Immormino, R. M.; Headd, J. J.; Richardson, D. C.; Ham, D.; Hershkovits, E.; Williams, L. D.; Keating, K. S.; Pyle, A. M.; Micallef, D.; Westbrook, J.; Berman, H. M. RNA 2008, 14, 465-481
79. Svozil, D.; Kalina, J.; Omelka, M.; Schneider, B. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 3690-3706
80. Svozil, D.; Sponer, J. E.; Marchan, I.; Perez, A.; Cheatham, T. E.; Forti, F.; Luque, F. J.; Orozco, M.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8188-8197
81. Millen, A. L.; Manderville, R. A.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 4373-4382
82. Palamarchuk, G. V.; Shishkin, O. V.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 2009, 26, 653-661
83. MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 3235-3244
84. Foloppe, N.; Hartmann, B.; Nilsson, L.; MacKerell, A. D. Biophys. J. 2002, 82, 1554-1569
85. Foloppe, N.; Nilsson, L.; MacKerell, A. D. Biopolymers 2001, 61, 61-76
86. Hocquet, A.; Leulliot, N.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4560-4568
87. Florian, J.; Strajbl, M.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7959-7966
88. Sychrovsky, V.; Vokacova, Z.; Sponer, J.; Spackova, N.; Schneider, B. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22894-22902
89. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899-926
90. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules. A Quantum Theory; Clarendon Press: Oxford, 1990.
91. Hobza, P.; Sponer, J.; Cubero, E.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6286-6292
92. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 2092-2095
93. Sponer, J.; Zgarbova, M.; Jurecka, P.; Riley, K. E.; Sponer, J. E.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1166-1179
94. Hesselmann, A.; Jansen, G.; Schutz, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11730-11731
95. Gresh, N. J. Comput. Chem. 1995, 16, 856-882
96. Gresh, N.; Sponer, J. E.; Spackova, N.; Leszczynski, J.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8669-8681
97. Gresh, N.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 11415-11427
98. Jeziorski, B.; Moszynski, R.; Szalewicz, K. Chem. Rev. 1994, 94, 1887-1930
99. Hesselmann, A.; Jansen, G.; Schutz, M. J. Chem. Phys. 2005, 122 014103
100. Mattick, J. S. J. Exp. Biol. 2007, 210, 1526-1547
101. Beniaminov, A.; Westhof, E.; Krol, A. RNA 2008, 14, 1270-1275
102. Mokdad, A.; Krasovska, M. V.; Sponer, J.; Leontis, N. B. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 1326-1341
103. Leontis, N. B.; Westhof, E. RNA 2001, 7, 499-512
104. Nissen, P.; Ippolito, J. A.; Ban, N.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4899-4903
105. Tamura, M.; Holbrook, S. R. J. Mol. Biol. 2002, 320, 455-474
106. Gagnon, M. G.; Steinberg, S. V. RNA 2002, 8, 873-877
107. Noller, H. F. Science 2005, 309, 1508-1514
108. Swart, M.; Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16718-16719
109. Perez, A.; Sponer, J.; Jurecka, P.; Hobza, P.; Luque, F. J.; Orozco, M. Chem.-Eur. J. 2005, 11, 5062-5066
110. Acosta-Silva, C.; Branchadell, V.; Bertran, J.; Oliva, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 10217-10227
111. Vertessy, B. G.; Toth, J. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 97-106
112. Krokan, H. E.; Drablos, F.; Slupphaug, G. Oncogene 2002, 21, 8935-8948
113. Parisien, M.; Major, F. Nature 2008, 452, 51-55
114. Das, R.; Karanicolas, J.; Baker, D. Nat. Methods 2010, 7, 291-294
115. Mathews, D. H.; Turner, D. H. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 270-278
116. Deigan, K. E.; Li, T. W.; Mathews, D. H.; Weeks, K. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 97-102
117. Mathews, D.; Disney, M.; Childs, J.; Schroeder, S.; Zuker, M.; Turner, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7287-7292
118. Eddy, S. R.; Durbin, R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 2079-2088
119. Gardner, P. P.; Giegerich, R. BMC Bioinformatics 2004, 5, 140
120. Michel, F.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 1990, 216, 585-610
121. Massire, C.; Jaeger, L.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 1998, 279, 773-793
122. Michel, F.; Costa, M.; Massire, C.; Westhof, E. Methods Enzymol. 2000, 317, 491-510
123. Brown, J. W.; Birmingham, A.; Griffiths, P. E.; Jossinet, F.; Kachouri-Lafond, R.; Knight, R.; Lang, B. F.; Leontis, N.; Steger, G.; Stombaugh, J.; Westhof, E. RNA 2009, 15, 1623-1631
124. Reblova, K.; Spackova, N.; Stefl, R.; Csaszar, K.; Koca, J.; Leontis, N. B.; Sponer, J. Biophys. J. 2003, 84, 3564-3582
125. Reblova, K.; Strelcova, Z.; Kulhanek, P.; Besseova, I.; Mathews, D. H.; Van Nostrand, K.; Yildirim, I.; Turner, D. H.; Sponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 910-929
126. Sponer, J.; Mokdad, A.; Sponer, J. E.; Spackova, N.; Leszczynski, J.; Leontis, N. B. J. Mol. Biol. 2003, 330, 967-978
127. Freier, S. M.; Sugimoto, N.; Sinclair, A.; Alkema, D.; Neilson, T.; Kierzek, R.; Caruthers, M. H.; Turner, D. H. Biochemistry 1986, 25, 3214-3219
128. Yildirim, I.; Turner, D. H. Biochemistry 2005, 44, 13225-13234
129. Kopitz, H.; Zivkovic, A.; Engels, J. W.; Gohlke, H. ChemBioChem 2008, 9, 2619-2622
130. Yildirim, I.; Stern, H. A.; Sponer, J.; Spackova, N.; Turner, D. H. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2088-2100
131. Koller, A. N.; Bozilovic, J.; Engels, J. W.; Gohlke, H. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 3133-3146
132. Kool, E. T. Annu. Rev. Biochem. 2002, 71, 191-219
133. Krueger, A. T.; Kool, E. T. Curr. Opin. Chem. Biol. 2007, 11, 588-594
134. Sarver, M.; Zirbel, C. L.; Stombaugh, J.; Mokdad, A.; Leontis, N. B. J. Math. Biol. 2008, 56, 215-252
135. Nozinovic, S.; Furtig, B.; Jonker, H. R. A.; Richter, C.; Schwalbe, H. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 683-694
136. Leontis, N. B.; Lescoute, A.; Westhof, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 279-287
137. Lescoute, A.; Leontis, N. B.; Massire, C.; Westhof, E. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2395-2409
138. Lescoute, A.; Westhof, E. RNA 2006, 12, 83-93
139. Laing, C.; Schlick, T. J. Mol. Biol. 2009, 390, 547-559
140. Klein, D. J.; Schmeing, T. M.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. EMBO J. 2001, 20, 4214-4221
141. Razga, F.; Koca, J.; Sponer, J.; Leontis, N. B. Biophys. J. 2005, 88, 3466-3485
142. Reblova, K.; Razga, F.; Li, W.; Gao, H. X.; Frank, J.; Sponer, J. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 1325-1340
143. Correll, C. C.; Freeborn, B.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Cell 1997, 91, 705-712
144. Correll, C. C.; Munishkin, A.; Chan, Y. L.; Ren, Z.; Wool, I. G.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 13436-13441
145. Correll, C. C.; Wool, I. G.; Munishkin, A. J. Mol. Biol. 1999, 292, 275-287
146. Parisien, M.; Cruz, J. A.; Westhof, E.; Major, F. RNA 2009, 15, 1875-1885
147. Shankar, N.; Kennedy, S. D.; Chen, G.; Krugh, T. R.; Turner, D. H. Biochemistry 2006, 45, 11776-11789
148. Lee, J. C.; Gutell, R. R.; Russell, R. J. Mol. Biol. 2006, 360, 978-988
149. Nasalean, L.; Stombaugh, J.; Zirbel, C.; Leontis, N.; Walter, N. G.; Woodson, S.; Batey, R. T. Non-Protein Coding RNAs 2009, 13, 1-26
150. Jaeger, L.; Verzemnieks, E. J.; Geary, C. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 215-230
151. Besseova, I.; Otyepka, M.; Reblova, K.; Sponer, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 10701-10711
152. Sponer, J. E.; Spackova, N.; Kulhanek, P.; Leszczynski, J.; Sponer, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2292-2301
153. Sponer, J. E.; Spackova, N.; Leszczynski, J.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11399-11410
154. Sponer, J. E.; Leszczynski, J.; Sychrovsky, V.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18680-18689
155. Sharma, P.; Sponer, J. E.; Sponer, J.; Sharma, S.; Bhattacharyya, D.; Mitra, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 3307-3320
156. Sharma, P.; Mitra, A.; Sharma, S.; Singh, H.; Bhattacharyya, D. J. Biomol. Struct. Dyn. 2008, 25, 709-732
157. Oliva, R.; Tramontano, A.; Cavallo, L. RNA 2007, 13, 1427-1436
158. Oliva, R.; Cavallo, L.; Tramontano, A. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 865-879
159. Sharma, P.; Chawla, M.; Sharma, S.; Mitra, A. RNA 2010, 16, 942-957
160. Luisi, B.; Orozco, M.; Sponer, J.; Luque, F. J.; Shakked, Z. J. Mol. Biol. 1998, 279, 1123-1136
161. Vlieghe, D.; Sponer, J.; Van Meervelt, L. Biochemistry 1999, 38, 16443-16451
162. Zirbel, C. L.; Sponer, J. E.; Sponer, J.; Stombaugh, J.; Leontis, N. B. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 4898-4918
163. Sponer, J.; Kypr, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1993, 11, 277-292
164. Morgado, C. A.; Jurecka, P.; Svozil, D.; Hobza, P.; Sponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1524-1544
165. Spackova, N.; Berger, I.; Egli, M.; Sponer, J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6147-6151
166. Siegfried, N. A.; Metzger, S. L.; Bevilacqua, P. C. Biochemistry 2007, 46, 172-181
167. Siegfried, N. A.; Kierzek, R.; Bevilacqua, P. C. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5342-5344
168. Meneni, S. R.; Shell, S. M.; Gao, L.; Jurecka, P.; Lee, W.; Sponer, J.; Zou, Y.; Chiarelli, M. P.; Cho, B. P. Biochemistry 2007, 46, 11263-11278
169. Devoe, H.; Tinoco, I. J. Mol. Biol. 1962, 4, 500-517
170. Kudritskaya, Z. G.; Danilov, V. I. J. Theor. Biol. 1976, 59, 303-318
171. Aida, M. J. Theor. Biol. 1988, 130, 327-335
172. Ninio, J. Biochimie 2006, 88, 963-992
173. Blanchard, S. C.; Kim, H. D.; Gonzalez, R. L.; Puglisi, J. D.; Chu, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12893-12898
174. Frank, J.; Spahn, C. M. T. Rep. Prog. Phys. 2006, 69, 1383-1417
175. Spirin, A. S. FEBS Lett. 2002, 514, 2-10
176. Prive, G. G.; Heinemann, U.; Chandrasegaran, S.; Kan, L. S.; Kopka, M. L.; Dickerson, R. E. Science 1987, 238, 498-504
177. Ennifar, E.; Yusupov, M.; Walter, P.; Marquet, R.; Ehresmann, B.; Ehresmann, C.; Dumas, P. Structure 1999, 7, 1439-1449
178. Wu, M.; Turner, D. H. Biochemistry 1996, 35, 9677-9689
179. Santalucia, J.; Turner, D. H. Biochemistry 1993, 32, 12612-12623