Nature and magnitude of aromatic stacking of nucleic acid bases

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 10, Issue 19, 2008, Pages 2595-2610

  Šponer, Jiří ^a,b   Riley, Kevin E ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b INSTITUTE OF BIOPHYSICS   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEIC ACID;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; REVIEW;

MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; NUCLEIC ACIDS;

EID: 43449137856     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b719370j     Document Type: Review

References (152)

1. P. Hobza J. Šponer Chem. Rev. 1999 99 3247 3276
2. K. Müller-Dethlefs P. Hobza Chem. Rev. 2000 100 143 167
3. I. K. Yanson A. B. Teplitsky L. F. Sukhodub Biopolymers 1979 18 1149 1170
4. P. Jurečka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15608 15613
5. K. Réblová E. Fadrná J. Sarzynska T. Kulinski P. Kulhánek E. Ennifar J. Koča J. Šponer Biophys. J. 2007 93 3932 3949
6. Z. G. Wu F. Delaglio N. Tjandra V. B. Zhurkin A. Bax J. Biomol. NMR 2003 26 297 315
7. J. Šponer A. Mokdad J. E. Šponer N. Špač ková J. Leszczynski N. B. Leontis J. Mol. Biol. 2003 330 967 978
8. B. S. Tolbert S. D. Kennedy S. J. Schroeder T. R. Krugh D. H. Turner Biochemistry 2007 46 1511 1522
9. D. H. Mathews D. H. Turner Curr. Opin. Struct. Biol. 2006 16 270 278
10. D. H. Mathews J. Sabina M. Zuker D. H. Turner J. Mol. Biol. 1999 288 911 940
11. J. Šponer, P. Jurečka and P. Hobza, in Computational studies of RNA and DNA, ed., J. Šponer, and, F. Lankaš,, Springer, Dordrecht, 2006, pp. 343-388
12. J. Šponer J. Leszczynski V. Vetterl P. Hobza J. Biomol. Struct. Dyn. 1996 13 695 707
13. R. Soliva C. A. Laughton F. J. Luque M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 1998 120 11226 11233
14. K. Gehring J. L. Leroy M. Gueron Nature 1993 363 561 565
15. N. Špackova I. Berger M. Egli J. Šponer J. Am. Chem. Soc. 1998 120 6147 6151
16. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
17. P. Hobza M. Kabeláč J. Šponer P. Mejzlík J. Vondrášek J. Comput. Chem. 1997 18 1136 1150
18. A. Pérez I. Marchán D. Svozil J. Šponer T. E. Cheatham III C. A. Laughton M. Orozco Biophys. J. 2007 92 3817 3829
19. J. Šponer N. Špačková Methods 2007 43 278 290
20. E. Fadrná N. Špačková R. Štefl J. Koča T. E. Cheatham III J. Šponer Biophys. J. 2004 87 227 242
21. D. A. C. Beck G. W. N. White V. Daggett J. Struct. Biol. 2007 157 514 523
22. N. J. Deng P. Cieplak J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1435 1450
23. C. S. Page P. A. Bates J. Comput. Chem. 2006 27 1990 2007
24. H. Gohlke D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 238 250
25. N. Špačková T. E. Cheatham III F. Ryjáček F. Lankaš L. van Meervelt P. Hobza J. Šponer J. Am. Chem. Soc. 2003 125 1759 1769
26. P. Hobza J. Šponer M. Polášek J. Am. Chem. Soc. 1995 117 792 798
27. J. Šponer J. Leszcynski P. Hobza J. Phys. Chem. 1996 100 5590 5596
28. T. H. Dunning J. Chem. Phys. 1989 90 1007 1023
29. J. Šponer P. Hobza Chem. Phys. Lett. 1997 267 263 270
30. P. Hobza J. Šponer J. Am. Chem. Soc. 2002 124 11802 11808
31. P. Jurečka J. Šponer P. Hobza J. Phys. Chem. B 2004 108 5466 5471
32. J. Černý P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 5291 5303
33. P. Jurečka P. Hobza Chem. Phys. Lett. 2002 365 89 94
34. A. Halkier T. Helgaker P. Jorgensen W. Klopper H. Koch J. Olsen A. K. Wilson Chem. Phys. Lett. 1998 286 243 252
35. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553 566
36. S. Kristyan P. Pulay Chem. Phys. Lett. 1994 229 175 180
37. P. Hobza J. Šponer T. Reschel J. Comput. Chem. 1995 16 1315 1325
38. D. J. Lacks R. G. Gordon Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1993 47 4681 4690
39. C. Adamo V. Barone J. Chem. Phys. 1998 108 664 675
40. X. Xu W. A. Goddard Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 2673 2677
41. N. Kurita H. Inoue H. Sekino Chem. Phys. Lett. 2003 370 161 169
42. C. Lin O. A. von Lilienfeld M. D. Coutinho-Neto I. Tavernelli U. Rothlisberger J. Phys. Chem. B 2007 51 14346 14354
43. Y. Zhao D. G. Truhlar Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 2701 2705
44. Y. Zhao N. E. Schultz D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2006 2 364 382
45. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2006 110 13126 13130
46. Y. Zhao D. G. Truhlar Org. Lett. 2006 8 5753 5755
47. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2006 125 194101
48. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2007 3 289 300
49. J. J. Zheng Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2007 3 569 582
50. J. Hepburn G. Scoles R. Penco Chem. Phys. Lett. 1975 36 451 456
51. R. Ahlrichs R. Penco G. Scoles Chem. Phys. 1977 19 119 130
52. P. Hobza C. Sandorfy J. Am. Chem. Soc. 1987 109 1302 1307
53. P. Hobza F. Mulder C. Sandorfy J. Am. Chem. Soc. 1981 103 1360 1366
54. M. Elstner P. Hobza T. Frauenheim S. Suhai E. Kaxiras J. Chem. Phys. 2001 114 5149 5155
55. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463 1473
56. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787 1799
57. P. Jurečka J. Černý P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 555 569
58. P. Jurečka J. Šponer J. Černý P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1985 1993
59. B. Jeziorski R. Moszynski K. Szalewicz Chem. Rev. 1994 94 1887 1930
60. A. Hesselmann G. Jansen Phys. Chem. Chem. Phys. 2003 5 5010 5014
61. A. J. Misquitta K. Szalewicz Chem. Phys. Lett. 2002 357 301 306
62. H. L. Williams C. F. Chabalowski J. Phys. Chem. A 2001 105 646 659
63. R. Podeszwa R. Bukowski K. Szalewicz J. Phys. Chem. A 2006 110 10345 10354
64. A. Hesselmann G. Jansen M. Schütz J. Am. Chem. Soc. 2006 128 11730 117311
65. A. Fiethen G. Jansen A. Hesselmann M. Schütz J. Am. Chem. Soc. 2008 130 000 000
66. J. Šponer P. Hobza J. Phys. Chem. 1994 98 3161 3164
67. P. Hobza J. Šponer Chem. Phys. Lett. 1998 288 7 14
68. J. Šponer H. A. Gabb J. Leszczynski P. Hobza Biophys. J. 1997 73 76 87
69. J. Šponer J. Florian H.-L. Ng J. E. Šponer N. Špačková Nucleic Acids Res. 2000 24 4893 4902
70. J. Šponer J. Leszczynski P. Hobza J. Phys. Chem. A 1997 101 9489 9495
71. P. Cysewski Z. Czynikowska-Balcerak J. Heterocycl. Chem. 2007 44 765 773
72. K. M. Langner W. A. Sokalski J. Leszczynski J. Chem. Phys. 2007 127 111102
73. J. Šponer P. Jurečka I. Marchan F. J. Luque M. Orozco P. Hobza Chem.-Eur. J. 2006 12 2854 2865
74. J. Sponer J. Leszczynski P. Hobza J. Comput. Chem. 1996 17 841 850
75. K. Seio H. Ukawa K. Shohda M. Sekine J. Biomol. Struct. Dyn. 2005 22 735 746
76. R. Luo H. S. R. Gilson M. J. Potter M. K. Gilson Biophys. J. 2001 80 140 148
77. H. L. Ng R. E. Dickerson Nucleic Acids Res. 2002 30 40161 4067
78. F. Lankaš T. E. Cheatham N. Špačková P. Hobza J. Langowski J. Šponer Biophys. J. 2002 82 2592 2609
79. D. Řeha M. Kabeláč F. Ryjáček J. Šponer J. E. Šponer M. Elstner S. Suhai P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2002 124 3366 3376
80. D. A. Bondarev W. J. Skawinski C. A. Venanzi J. Phys. Chem. B 2000 104 815 822
81. J. Šponer J. E. Šponer J. Leszczynski J. Biomol. Struct. Dyn. 2000 17 1087 1096
82. A. S. Petrov G. Lamm G. R. Pack J. Phys. Chem. B 2002 106 3294 3300
83. J. Šponer P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 1994 116 709 714
84. J. Florián J. Šponer A. Warshel J. Phys. Chem. B 1999 103 884 892
85. J. Tomasi B. Mennucci R. Cammi Chem. Rev. 2005 105 2999 3093
86. M. Orozco F. J. Luque Chem. Rev. 2000 100 4187 4225
87. C. J. Cramer D. G. Truhlar Chem. Rev. 1999 99 2161 2200
88. K. Raghavachari J. B. Anderson J. Phys. Chem. 1996 100 12960 12973
89. M. Korth A. Luchow S. Grimme J. Phys. Chem. A 2008 112 000 000
90. P. Neogrady M. Pitonak M. Urban Mol. Phys. 2005 103 2141 2157
91. W. A. Sokalski S. Roszak K. Pecul Chem. Phys. Lett. 1988 153 153 159
92. G. Hill G. Forde N. Hill W. A. J. Lester W. A. Sokalski J. Leszczynski Chem. Phys. Lett. 2003 381 729 732
93. K. M. Langner P. Kȩdzierski W. A. Sokalski J. Leszczynski J. Phys. Chem. B 2006 110 9720 9727
94. S. Grimme J. Antony T. Schwabe C. Muck-Lichtenfeld Org. Biomol. Chem. 2007 5 741 758
95. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 1372 1377
96. S. H. Vosko L. Wilk M. Nusair Can. J. Phys. 1980 58 1200 1211
97. S. Grimme J. Chem. Phys. 2003 18 9095 9102
98. R. A. Distasio, Jr M. Head-Gordon Mol. Phys. 2007 105 1073 1083
99. L. R. Rutledge L. S. Campbell-Verduyn S. D. Wetmore Chem. Phys. Lett. 2007 444 167 175
100. K. C. Hunter A. L. Millen S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2007 111 1858 1871
101. L. R. Rutledge C. A. Wheaton S. D. Wetmore Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 497 509
102. L. R. Rutledge L. S. Campbell-Verduyn K. C. Hunter S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2006 110 19652 19663
103. M. L. Leininger I. M. B. Nielsen M. E. Colvin C. L. Janssen J. Phys. Chem. A 2002 106 3850 3854
104. K. Vanommeslaeghe P. Mignon S. Loverix D. Tourwe P. Geerlings J. Chem. Theory Comput. 2006 2 1444 1452
105. P. Mignon S. Loverix J. Stevaert P. Geerlings Nucleic Acids Res. 2005 33 1779 1789
106. A. Robertazzi J. A. Platts J. Phys. Chem. A 2006 110 3992 4000
107. M. P. Waller A. Robertazzi J. A. Platts D. E. Hibbs P. A. Williams J. Comput. Chem. 2006 27 491 504
108. P. Hobza H. L. Selzle E. W. Schlag J. Phys. Chem. 1996 100 18790 18794
109. S. Tsuzuki K. Honda T. Uchimary M. Mikami K. Tanabe J. Am. Chem. Soc. 124 104 112
110. M. O. Sinnokrot E. F. Valeev C. D. Sherrill J. Am. Chem. Soc. 2002 124 10887 10893
111. P. Cysewski Z. Czyznikowska-Balcerak THEOCHEM 2005 757 29 36
112. P. Cysewski Z. Czyznikowska-Balcerak B. Szefler Pol. J. Chem. 2003 77 1287
113. C. F. Matta N. Castillo R. J. Boyd J. Phys. Chem. B 2006 110 563 578
114. R. Parthasarathi V. Subramamian Struct. Chem. 2005 16 243 255
115. D. Sivanesan I. Sumathi W. J. Welsh Chem. Phys. Lett. 2003 367 351 360
116. D. Sivanesan V. Subramanian B. U. Nair Int. J. Quantum Chem. 2001 84 750 758
117. V. Subramanian D. Sivanesan T. Ramasami Chem. Phys. Lett. 1998 290 189 192
118. D. Sivanesan K. Babu S. R. Gadre V. Subramanian T. Ramasami J. Phys. Chem. A 2000 104 10887 10894
119. Z. Czyznikowska R. Zalesny M. Ziolkowski R. W. Gora P. Cysewski Chem. Phys. Lett. 2007 450 132 137
120. C. Biot R. Wintjens M. Rooman J. Am. Chem. Soc. 2004 126 6220 6221
121. R. Wintjens C. Biot M. Rooman J. Lievin J. Phys. Chem. A 2003 107 6249 6258
122. C. Biot E. Buisine J. M. Kwasigroch R. Wintjens M. Rooman J. Biol. Chem. 2002 277 40816 40822
123. R. Wintjens J. Lievin M. Rooman E. Buisine J. Mol. Biol. 2000 302 395 410
124. M. Dracinsky O. Castano Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 1799 1805
125. L. S. Mao Y. L. Wang Y. M. Liu X. C. Hu J. Mol. Biol. 2004 336 787 807
126. O. V. Shishkin M. Elstner T. Frauenheim S. Suhai Int. J. Mol. Sci. 2003 4 537 547
127. F. L. Gervasio R. Chelli P. Procacci V. Schettino Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002 48 117 125
128. M. Rueda F. J. Luque J. M. Lopez M. Orozco J. Phys. Chem. A 2001 105 6575 6580
129. N. Kurita K. Kobayashi Comput. Chem. 2000 24 351 357
130. R. Di Felice A. Calzolari E. Molinari A. Garbesi Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2002 65 045104
131. R. Di Felice A. Calzolari A. Garbesi S. S. Alexandre J. M. Soler J. Phys. Chem. B 2005 109 22301
132. H. Y. Zhang A. Calzolari R. Di Felice J. Phys. Chem. B 2005 109 15345
133. D. Varsano R. Di Felice M. A. L. Marques A. Rubio J. Phys. Chem. B 2006 110 7129
134. A. A. Voityuk J. Phys. Chem. B 2006 110 21010 21013
135. J. E. Šponer K. Réblová A. Mokdad V. Sychrovský J. Leszczynski J. Šponer J. Phys. Chem. B 2007 111 9153 9164
136. J. E. Šponer J. Leszczynski V. Sychrovský J. Šponer J. Phys. Chem. B 2005 109 18680 18689
137. P. Varnai K. Zakrzewska Nucleic Acids Res. 2004 32 4269 4280
138. M. V. Krasovska J. Sefcikova K. Réblová B. Schneider N. G. Walter J. Šponer Biophys. J. 2006 91 626 638
139. N. B. Leontis E. Westhof Q. Rev. Biophys. 1998 31 399 455
140. N. B. Leontis J. Stombaugh E. Westhof Nucleic Acids Res. 2002 30 3497 3531
141. K. Réblová N. Špačková R. Štefl K. Csaszar J. Koča N. B. Leontis J. Šponer Biophys. J. 2003 84 3564 3582
142. J. E. Šponer N. Špačková P. Kulhánek J. Leszczynski J. Šponer J. Phys. Chem. B 2005 109 2292 2301
143. R. Oliva L. Cavallo A. Tramontano Nucleic Acids Res. 2006 34 865 879
144. S. Bommarito N. Payret J. Santa Lucia Nucleic Acids Res. 2000 28 1929 1934
145. D. J. Proctor J. E. Schaak J. M. Bevilacqua C. J. Falzone P. C. Bevilacqua Biochemistry 2002 41 12062 12075
146. M. Suzuki N. Amano J. Kakinuma M. Tateno J. Mol. Biol. 1997 274 421 435
147. E. Protozanova P. Yakovchuk M. D. Frank-Kamenetskii J. Mol. Biol. 2004 342 775 785
148. J. S. Jai J. Qu E. T. Kool Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 5973 5977
149. T. J. Liu H. J. Schneider Angew. Chem., Int. Ed. 2002 41 1368 1370
150. A. R. Ferre-D'Amare K. H. Zhou J. A. Doudna Nature 1998 395 567 574
151. N. Ban P. Nissen J. Hansen P. B. Moore T. A. Steitz Science 2000 289 905 920
152. B. T. Wimberly D. E. Brodersen W. M. Clemons R. J. Morgan-Warren A. P. Carter C. Vonhein T. Hartsch V. Ramakrishnan Nature 2000 407 327 339