The fluorescent protein palette: Tools for cellular imaging

Chemical Society Reviews

Volumn 38, Issue 10, 2009, Pages 2887-2921

  Day, Richard N ^a   Davidson, Michael W ^b  

^a INDIANA UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b FLORIDA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 70349515538     PISSN: 03060012     EISSN: 14604744     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b901966a     Document Type: Article

References (227)

1. Pliny, J. Bostock and H. T. Riley, The natural history of Pliny, Book XXXII. Remedies derived from aquatic animals. Chapter 52-Other aquatic productions. Adarca or Calamochnos: three remedies. Reeds: eight remedies. The ink of the sæpia. Gaius Plinius Secundus (Pliny the Elder). AD77. H. G. Bohn, London, 1855
2. M. V. Matz, K. A. Lukyanov, S. A. Lukyanov, Bioessays 2002, 24, 953-959
3. M. Chalfie and S. Kain, Green fluorescent protein: properties, applications, and protocols, Wiley-Interscience, Hoboken, NY, 2nd edn, 2006
4. O. Shimomura, F. H. Johnson, Y. Saiga, J. Cell. Comp. Physiol. 1962, 59, 223-239
5. H. Morise, O. Shimomura, F. H. Johnson, J. Winant, Biochemistry 1974, 13, 2656-2662
6. M. Zimmer, Glowing genes: a revolution in biotechnology, Prometheus Books, Amherst, NY, 2005
7. D. Prasher, R. O. McCann, M. J. Cormier, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1985, 126, 1259-1268
8. D. C. Prasher, V. K. Eckenrode, W. W. Ward, F. G. Prendergast, M. J. Cormier, Gene 1992, 111, 229-233
9. M. Chalfie, Y. Tu, G. Euskirchen, W. W. Ward, D. C. Prasher, Science 1994, 263, 802-805
10. S. Inouye, F. I. Tsuji, FEBS Lett. 1994, 341, 277-280
11. J. D. Plautz, R. N. Day, G. M. Dailey, S. B. Welsh, J. C. Hall, S. Halpain, S. A. Kay, Gene 1996, 173, 83-87
12. P. van Roessel, A. H. Brand, Nat. Cell Biol. 2002, 4, E15-E20
13. A. K. Hadjantonakis, M. E. Dickinson, S. E. Fraser, V. E. Papaioannou, Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 613-625
14. C. N. Stewart, Jr. Trends Biotechnol. 2006, 24, 155-162
15. O. Shimomura, FEBS Lett. 1979, 104, 220-222
16. C. W. Cody, D. C. Prasher, W. M. Westler, F. G. Prendergast, W. W. Ward, Biochemistry 1993, 32, 1212-1218
17. R. Heim, D. C. Prasher, R. Y. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994, 91, 12501-12504
18. R. Y. Tsien, Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 509-544
19. M. Zimmer, Chem. Rev. 2002, 102, 759-781
20. M. Ormo, A. B. Cubitt, K. Kallio, L. A. Gross, R. Y. Tsien, S. J. Remington, Science 1996, 273, 1392-1395
21. F. Yang, L. G. Moss, G. N. Phillips, Jr. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1246-1251
22. A. B. Cubitt, R. Heim, S. R. Adams, A. E. Boyd, L. A. Gross, R. Y. Tsien, Trends Biochem. Sci. 1995, 20, 448-455
23. R. Heim, A. B. Cubitt, R. Y. Tsien, Nature 1995, 373, 663-664
24. D. A. Zacharias, R. Y. Tsien, Methods Biochem. Anal. 2006, 47, 83-120
25. T. Nagai, K. Ibata, E. S. Park, M. Kubota, K. Mikoshiba, A. Miyawaki, Nat. Biotechnol. 2002, 20, 87-90
26. N. C. Shaner, P. A. Steinbach, R. Y. Tsien, Nat. Methods 2005, 2, 905-909
27. O. Zapata-Hommer, O. Griesbeck, BMC Biotechnol. 2003, 3, 5
28. M. Chattoraj, B. A. King, G. U. Bublitz, S. G. Boxer, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 8362-8367
29. K. Brejc, T. K. Sixma, P. A. Kitts, S. R. Kain, R. Y. Tsien, M. Ormo, S. J. Remington, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 2306-2311
30. A. B. Cubitt, L. A. Woollenweber, R. Heim, Methods Cell Biol. 1999, 58, 19-30
31. N. C. Shaner, G. H. Patterson, M. W. Davidson, J. Cell Sci. 2007, 120, 4247-4260
32. J. D. Pedelacq, S. Cabantous, T. Tran, T. C. Terwilliger, G. S. Waldo, Nat. Biotechnol. 2006, 24, 79-88
33. A. Crameri, E. A. Whitehorn, E. Tate, W. P. C. Stemmer, Nat. Biotechnol. 1996, 14, 315-319
34. R. Heim, R. Y. Tsien, Curr. Biol. 1996, 6, 178-182
35. G. H. Patterson, S. M. Knobel, W. D. Sharif, S. R. Kain, D. W. Piston, Biophys. J. 1997, 73, 2782-2790
36. G. Patterson, R. N. Day, D. Piston, J. Cell Sci. 2001, 114, 837-838
37. T. T. Yang, P. Sinai, G. Green, P. A. Kitts, Y. T. Chen, L. Lybarger, R. Chervenak, G. H. Patterson, D. W. Piston, S. R. Kain, J. Biol. Chem. 1998, 273, 8212-8216
38. R. Rizzuto, M. Brini, F. De Giorgi, R. Rossi, R. Heim, R. Y. Tsien, T. Pozzan, Curr. Biol. 1996, 6, 183-188
39. G. H. Patterson, D. W. Piston, B. G. Barisas, Anal. Biochem. 2000, 284, 438-440
40. R. D. Mitra, C. M. Silva, D. C. Youvan, Gene 1996, 173, 13-17
41. R. N. Day, Mol. Endocrinol. 1998, 12, 1410-1419
42. A. Periasamy, R. N. Day, Methods Cell Biol. 1999, 58, 293-314
43. A. Miyawaki, J. Llopis, R. Heim, J. M. McCaffery, J. A. Adams, M. Ikura, R. Y. Tsien, Nature 1997, 388, 882-887
44. V. A. Romoser, P. M. Hinkle, A. Persechini, J. Biol. Chem. 1997, 272, 13270-13274
45. M. Rehm, H. Dussmann, R. U. Janicke, J. M. Tavare, D. Kogel, J. H. Prehn, J. Biol. Chem. 2002, 277, 24506-24514
46. A. Khodjakov, C. L. Rieder, Methods 2006, 38, 2-16
47. S. M. Potter, Curr. Biol. 1996, 6, 1595-1598
48. D. J. Stephens, V. J. Allan, Science 2003, 300, 82-86
49. M. A. Rizzo and D. W. Piston, in Live Cell Imaging: A Laboratory Manual, ed. R. D. Goldman and D. L. Spector, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, 2005, pp. 3–23
50. H. W. Ai, N. C. Shaner, Z. Cheng, R. Y. Tsien, R. E. Campbell, Biochemistry 2007, 46, 5904-5910
51. G. J. Kremers, J. Goedhart, D. J. van den Heuvel, H. C. Gerritsen, T. W. Gadella, Jr. Biochemistry 2007, 46, 3775-3783
52. M. A. Mena, T. P. Treynor, S. L. Mayo, P. S. Daugherty, Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1569-1571
53. H. Wallrabe, M. Stanley, A. Periasamy, M. Barroso, J. Biomed. Opt. 2003, 8, 339-346
54. W. Tomosugi, T. Matsuda, T. Tani, T. Nemoto, I. Kotera, K. Saito, K. Horikawa, T. Nagai, Nat. Methods 2009, 6, 351-353
55. M. Tramier, I. Gautier, T. Piolot, S. Ravalet, K. Kemnitz, J. Coppey, C. Durieux, V. Mignotte, M. Coppey-Moisan, Biophys. J. 2002, 83, 3570-3577
56. M. A. Rizzo, G. H. Springer, B. Granada, D. W. Piston, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 445-449
57. S. V. Koushik, H. Chen, C. Thaler, H. L. Puhl, S. S. Vogel, Biophys. J. 2006, 91, L99-L101
58. R. Yasuda, Curr. Opin. Neurobiol. 2006, 16, 551-561
59. M. Millington, G. J. Grindlay, K. Altenbach, R. K. Neely, W. Kolch, M. Bencina, N. D. Read, A. C. Jones, D. T. Dryden, S. W. Magennis, Biophys. Chem. 2007, 127, 155-164
60. G. J. Kremers, J. Goedhart, E. B. van Munster, T. W. Gadella, Jr Biochemistry 2006, 45, 6570-6580
61. R. M. Wachter, M. A. Elsliger, K. Kallio, G. T. Hanson, S. J. Remington, Structure (London) 1998, 6, 1267-1277
62. A. Miyawaki, O. Griesbeck, R. Heim, R. Y. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 2135-2140
63. A. Miyawaki, T. Nagai, H. Mizuno, Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. 2005, 95, 1-15
64. J. Llopis, J. M. McCaffery, A. Miyawaki, M. G. Farquhar, R. Y. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 6803-6808
65. S. Jayaraman, P. Haggie, R. M. Wachter, S. J. Remington, A. S. Verkman, J. Biol. Chem. 2000, 275, 6047-6050
66. T. Kuner, G. J. Augustine, Neuron 2000, 27, 447-459
67. O. Griesbeck, G. S. Baird, R. E. Campbell, D. A. Zacharias, R. Y. Tsien, J. Biol. Chem. 2001, 276, 29188-29194
68. A. W. Nguyen, P. S. Daugherty, Nat. Biotechnol. 2005, 23, 355-360
69. T. Ohashi, S. D. Galiacy, G. Briscoe, H. P. Erickson, Protein Sci. 2007, 16, 1429-1438
70. J. L. Vinkenborg, T. H. Evers, S. W. Reulen, E. W. Meijer, M. Merkx, ChemBioChem 2007, 8, 1119-1121
71. R. E. Campbell, O. Tour, A. E. Palmer, P. A. Steinbach, G. S. Baird, D. A. Zacharias, R. Y. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 7877-7882
72. D. A. Zacharias, J. D. Violin, A. C. Newton, R. Y. Tsien, Science 2002, 296, 913-916
73. W. W. Ward, in Green Fluorescent Protein: Properties, Applications, and Protocols, ed. M. Chalfie and S. R. Kain, Wiley-Interscience, New York, 2nd edn, 2006, pp. 39–65
74. G. S. Baird, D. A. Zacharias, R. Y. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 11984-11989
75. L. A. Gross, G. S. Baird, R. C. Hoffman, K. K. Baldridge, R. Y. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 11990-11995
76. V. V. Verkhusha, K. A. Lukyanov, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 289-296
77. D. Yarbrough, R. M. Wachter, K. Kallio, M. V. Matz, S. J. Remington, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 462-467
78. J. Zhang, R. E. Campbell, A. Y. Ting, R. Y. Tsien, Nat. Rev.: Mol. Cell Biol. 2002, 3, 906-918
79. P. V. Vrzheshch, N. A. Akovbian, S. D. Varfolomeyev, V. V. Verkhusha, FEBS Lett. 2000, 487, 203-208
80. J. Wiehler, J. von Hummel, B. Steipe, FEBS Lett. 2001, 487, 384-389
81. H. Mizuno, A. Sawano, P. Eli, H. Hama, A. Miyawaki, Biochemistry 2001, 40, 2502-2510
82. D. A. Zacharias, Sci. STKE 2002, 2002, PE23
83. J. Wiedenmann, B. Vallone, F. Renzi, K. Nienhaus, S. Ivanchenko, C. Rocker, G. U. Nienhaus, J. Biomed. Opt. 2005, 10, 14003
84. A. F. Fradkov, V. V. Verkhusha, D. B. Staroverov, M. E. Bulina, Y. G. Yanushevich, V. I. Martynov, S. Lukyanov, K. A. Lukyanov, Biochem. J. 2002, 368, 17-21
85. G. U. Nienhaus, K. Nienhaus, A. Holzle, S. Ivanchenko, F. Renzi, F. Oswald, M. Wolff, F. Schmitt, C. Rocker, B. Vallone, W. Weidemann, R. Heilker, H. Nar, J. Wiedenmann, Photochem. Photobiol. 2006, 82, 351-358
86. Y. G. Yanushevich, D. B. Staroverov, A. P. Savitsky, A. F. Fradkov, N. G. Gurskaya, M. E. Bulina, K. A. Lukyanov, S. A. Lukyanov, FEBS Lett. 2002, 511, 11-14
87. M. E. Bulina, V. V. Verkhusha, D. B. Staroverov, D. M. Chudakov, K. A. Lukyanov, Biochem. J. 2003, 371, 109-114
88. U. Lauf, P. Lopez, M. M. Falk, FEBS Lett. 2001, 498, 11-15
89. D. Shcherbo, C. S. Murphy, G. V. Ermakova, E. A. Solovieva, T. V. Chepurnykh, A. S. Shcheglov, V. V. Verkhusha, V. Z. Pletnev, K. L. Hazelwood, P. M. Roche, S. Lukyanov, A. G. Zaraisky, M. W. Davidson, D. M. Chudakov, Biochem. J. 2009, 418, 567-574
90. Y. A. Labas, N. G. Gurskaya, Y. G. Yanushevich, A. F. Fradkov, K. A. Lukyanov, S. A. Lukyanov, M. V. Matz, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 4256-4261
91. D. A. Shagin, E. V. Barsova, Y. G. Yanushevich, A. F. Fradkov, K. A. Lukyanov, Y. A. Labas, T. N. Semenova, J. A. Ugalde, A. Meyers, J. M. Nunez, E. A. Widder, S. A. Lukyanov, M. V. Matz, Mol. Biol. Evol. 2004, 21, 841-850
92. A. Salih, A. Larkum, G. Cox, M. Kuhl, O. Hoegh-Guldberg, Nature 2000, 408, 850-853
93. A. Leutenegger, C. D’angelo, M. V. Matz, A. Denzel, F. Oswald, A. Salih, G. U. Nienhaus, J. Wiedenmann, FEBS J. 2007, 274, 2496-2505
94. S. F. Field, M. Y. Bulina, I. V. Kelmanson, J. P. Bielawski, M. V. Matz, J. Mol. Evol. 2006, 62, 332-339
95. M. V. Matz, A. F. Fradkov, Y. A. Labas, A. P. Savitsky, A. G. Zaraisky, M. L. Markelov, S. A. Lukyanov, Nat. Biotechnol. 1999, 17, 969-973
96. S. Karasawa, T. Araki, T. Nagai, H. Mizuno, A. Miyawaki, Biochem. J. 2004, 381, 307-312
97. D. Shcherbo, E. M. Merzlyak, T. V. Chepurnykh, A. F. Fradkov, G. V. Ermakova, E. A. Solovieva, K. A. Lukyanov, E. A. Bogdanova, A. G. Zaraisky, S. Lukyanov, D. M. Chudakov, Nat. Methods 2007, 4, 741-746
98. B. J. Bevis, B. S. Glick, Nat. Biotechnol. 2002, 20, 83-87
99. R. L. Strack, D. E. Strongin, D. Bhattacharyya, W. Tao, A. Berman, H. E. Broxmeyer, R. J. Keenan, B. S. Glick, Nat. Methods 2008, 5, 955-957
100. N. C. Shaner, R. E. Campbell, P. A. Steinbach, B. N. Giepmans, A. E. Palmer, R. Y. Tsien, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1567-1572
101. N. C. Shaner, M. Z. Lin, M. R. McKeown, P. A. Steinbach, K. L. Hazelwood, M. W. Davidson, R. Y. Tsien, Nat. Methods 2008, 5, 545-551
102. L. Wang, W. C. Jackson, P. A. Steinbach, R. Y. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 16745-16749
103. D. M. Chudakov, S. Lukyanov, K. A. Lukyanov, Trends Biotechnol. 2005, 23, 605-613
104. H. Masuda, Y. Takenaka, A. Yamaguchi, S. Nishikawa, H. Mizuno, Gene 2006, 372, 18-25
105. Y. A. L. Mikhail, V. Matz and J. Ugalde, in Green Fluorescent Protein, ed. S. R. Kain and M. Chalfie, 2nd edn, 2005, pp. 139–161
106. D. D. Deheyn, K. Kubokawa, J. K. McCarthy, A. Murakami, M. Porrachia, G. W. Rouse, N. D. Holland, Biol. Bull. 2007, 213, 95-100
107. M. A. Shkrob, Y. G. Yanushevich, D. M. Chudakov, N. G. Gurskaya, Y. A. Labas, S. Y. Poponov, N. N. Mudrik, S. Lukyanov, K. A. Lukyanov, Biochem. J. 2005, 392, 649-654
108. J. Petersen, P. G. Wilmann, T. Beddoe, A. J. Oakley, R. J. Devenish, M. Prescott, J. Rossjohn, J. Biol. Chem. 2003, 278, 44626-44631
109. T. Beddoe, M. Ling, S. Dove, O. Hoegh-Guldberg, R. J. Devenish, M. Prescott, J. Rossjohn, Acta Crystallogr. Sect. D: Biol. Crystallogr. 2003, 59, 597-599
110. S. J. Remington, R. M. Wachter, D. K. Yarbrough, B. Branchaud, D. C. Anderson, K. Kallio, K. A. Lukyanov, Biochemistry 2005, 44, 202-212
111. X. Shu, N. C. Shaner, C. A. Yarbrough, R. Y. Tsien, S. J. Remington, Biochemistry 2006, 45, 9639-9647
112. A. Kikuchi, E. Fukumura, S. Karasawa, H. Mizuno, A. Miyawaki, Y. Shiro, Biochemistry 2008, 47, 11573-11580
113. O. M. Subach, I. S. Gundorov, M. Yoshimura, F. V. Subach, J. H. Zhang, D. Gruenwald, E. A. Souslova, D. M. Chudakov, V. V. Verkhusha, Chem. Biol. 2008, 59, 1116-1124
114. E. M. Merzlyak, J. Goedhart, D. Shcherbo, M. E. Bulina, A. S. Shcheglov, A. F. Fradkov, A. Gaintzeva, K. A. Lukyanov, S. Lukyanov, T. W. Gadella, D. M. Chudakov, Nat. Methods 2007, 4, 555-557
115. B. Richards, L. Zharkikh, F. Hsu, C. Dunn, A. Kamb, D. H. Teng, Cytometry, Part A 2002, 48, 106-112
116. W. W. Ward, M. J. Cormier, J. Biol. Chem. 1979, 254, 781-788
117. H.-w. Ai, J. N. Henderson, S. J. Remington, R. E. Campbell, Biochem. J. 2006, 400, 531-540
118. R. N. Day, C. F. Booker, A. Periasamy, J. Biomed. Opt. 2008, 13, 031203
119. N. G. Gurskaya, A. F. Fradkov, N. I. Pounkova, D. B. Staroverov, M. E. Bulina, Y. G. Yanushevich, Y. A. Labas, S. Lukyanov, K. A. Lukyanov, Biochem. J. 2003, 373, 403-408
120. S. Karasawa, T. Araki, M. Yamamoto-Hino, A. Miyawaki, J. Biol. Chem. 2003, 278, 34167-34171
121. M. J. Cormier, C. B. Eckroade, Biochim. Biophys. Acta 1962, 64, 340-344
122. J. G. Morin, J. W. Hastings, J. Cell Physiol. 1971, 77, 305-312
123. A. Miyawaki, Cell Struct. Funct. 2002, 27, 343-347
124. N. G. Gurskaya, A. P. Savitsky, Y. G. Yanushevich, S. A. Lukyanov, K. A. Lukyanov, BMC Biochem. 2001, 2, 6
125. Y. G. Yanushevich, N. G. Gurskaya, D. B. Staroverov, S. A. Lukyanov, K. A. Lukyanov, Russ. J. Bioorg. Chem. 2003, 29, 325-329
126. V. E. Zagranichny, N. V. Rudenko, A. Y. Gorokhovatsky, M. V. Zakharov, T. A. Balashova, A. S. Arseniev, Biochemistry 2004, 43, 13598-13603
127. A. Sakaue-Sawano, H. Kurokawa, T. Morimura, A. Hanyu, H. Hama, H. Osawa, S. Kashiwagi, K. Fukami, T. Miyata, H. Miyoshi, T. Imamura, M. Ogawa, H. Masai, A. Miyawaki, Cell (Cambridge, Mass.) 2008, 132, 487-498
128. S. J. Remington, Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 714-721
129. A. Miyawaki, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1374-1376
130. N. G. Gurskaya, A. F. Fradkov, A. Terskikh, M. V. Matz, Y. A. Labas, V. I. Martynov, Y. G. Yanushevich, K. A. Lukyanov, S. A. Lukyanov, FEBS Lett. 2001, 507, 16-20
131. J. Wiedenmann, A. Schenk, C. Rocker, A. Girod, K. D. Spindler, G. U. Nienhaus, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 11646-11651
132. A. Schenk, S. Ivanchenko, C. Rocker, J. Wiedenmann, G. U. Nienhaus, Biophys. J. 2004, 86, 384-394
133. S. Kredel, K. Nienhaus, F. Oswald, M. Wolff, S. Ivanchenko, F. Cymer, A. Jeromin, F. J. Michel, K. D. Spindler, R. Heilker, G. U. Nienhaus, J. Wiedenmann, Chem. Biol. 2008, 15, 224-233
134. S. Kredel, F. Oswald, K. Nienhaus, K. Deuschle, C. Rocker, M. Wolff, R. Heilker, G. U. Nienhaus, J. Wiedenmann, PLoS One 2009, 4, e4391
135. K. A. Lukyanov, A. F. Fradkov, N. G. Gurskaya, M. V. Matz, Y. A. Labas, A. P. Savitsky, M. L. Markelov, A. G. Zaraisky, X. Zhao, Y. Fang, W. Tan, S. A. Lukyanov, J. Biol. Chem. 2000, 275, 25879-25882
136. T. Kogure, S. Karasawa, T. Araki, K. Saito, M. Kinjo, A. Miyawaki, Nat. Biotechnol. 2006, 24, 577-581
137. T. Kogure, H. Kawano, Y. Abe, A. Miyawaki, Methods 2008, 45, 223-226
138. R. M. Dickson, A. B. Cubitt, R. Y. Tsien, W. E. Moerner, Nature 1997, 388, 355-358
139. J. Lippincott-Schwartz, G. H. Patterson, Science 2003, 300, 87-91
140. K. A. Lukyanov, D. M. Chudakov, S. Lukyanov, V. V. Verkhusha, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005, 6, 885-891
141. S. W. Hell, Science 2007, 316, 1153-1158
142. E. Betzig, G. H. Patterson, R. Sougrat, O. W. Lindwasser, S. Olenych, J. S. Bonifacino, M. W. Davidson, J. Lippincott-Schwartz, H. F. Hess, Science 2006, 313, 1642-1645
143. M. Fernandez-Suarez, A. Y. Ting, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008, 9, 929-943
144. P. D. M. Heilemann, J. Hofkens, M. Sauer, Laser Photonics Rev. 2009, 3, 180-202
145. G. H. Patterson, J. Lippincott-Schwartz, Science 2002, 297, 1873-1877
146. G. H. Patterson, J. Lippincott-Schwartz, Methods 2004, 32, 445-450
147. D. M. Chudakov, V. V. Verkhusha, D. B. Staroverov, E. A. Souslova, S. Lukyanov, K. A. Lukyanov, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1435-1439
148. J. N. Henderson, R. Gepshtein, J. R. Heenan, K. Kallio, D. Huppert, S. J. Remington, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4176-4177
149. V. V. Verkhusha, A. Sorkin, Chem. Biol. 2005, 12, 279-285
150. F. V. Subach, G. H. Patterson, S. Manley, J. M. Gillette, J. Lippincott-Schwartz, V. V. Verkhusha, Nat. Methods 2009, 6, 153-159
151. T. Matsuda, A. Miyawaki, T. Nagai, Nat. Methods 2008, 5, 339-345
152. R. Ando, H. Hama, M. Yamamoto-Hino, H. Mizuno, A. Miyawaki, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 12651-12656
153. M. Tomura, N. Yoshida, J. Tanaka, S. Karasawa, Y. Miwa, A. Miyawaki, O. Kanagawa, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 10871-10876
154. T. Sato, M. Takahoko, H. Okamoto, Genesis (N. Y. NY, U. S.) 2006, 44, 136-142
155. J. M. Davison, C. M. Akitake, M. G. Goll, J. M. Rhee, N. Gosse, H. Baier, M. E. Halpern, S. D. Leach, M. J. Parsons, Dev. Biol. 2007, 304, 811-824
156. S. Tamaki, S. Matsuo, H. L. Wong, S. Yokoi, K. Shimamoto, Science 2007, 316, 1033-1036
157. A. A. Pakhomov, N. Y. Martynova, N. G. Gurskaya, T. A. Balashova, V. I. Martynov, Biochemistry (Moscow) 2004, 69, 901-908
158. H. Mizuno, T. K. Mal, K. I. Tong, R. Ando, T. Furuta, M. Ikura, A. Miyawaki, Mol. Cell 2003, 12, 1051-1058
159. K. Nienhaus, G. U. Nienhaus, J. Wiedenmann, H. Nar, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 9156-9159
160. N. G. Gurskaya, V. V. Verkhusha, A. S. Shcheglov, D. B. Staroverov, T. V. Chepurnykh, A. F. Fradkov, S. Lukyanov, K. A. Lukyanov, Nat. Biotechnol. 2006, 24, 461-465
161. D. M. Chudakov, S. Lukyanov, K. A. Lukyanov, BioTechniques 2007, 42, 553-563
162. M. Takeuchi, T. Ozawa, Anal. Sci. 2007, 23, 25-29
163. J. Wiedenmann, S. Ivanchenko, F. Oswald, F. Schmitt, C. Rocker, A. Salih, K. D. Spindler, G. U. Nienhaus, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 15905-15910
164. S. A. McKinney, C. S. Murphy, K. L. Hazelwood, M. W. Davidson, L. L. Looger, Nat. Methods 2009, 6, 131-133
165. H. Tsutsui, S. Karasawa, H. Shimizu, N. Nukina, A. Miyawaki, EMBO Rep. 2005, 6, 233-238
166. S. Habuchi, H. Tsutsui, A. B. Kochaniak, A. Miyawaki, A. M. van Oijen, PLoS One 2008, 3, e3944
167. G. Valentin, C. Verheggen, T. Piolot, H. Neel, M. Coppey-Moisan, E. Bertrand, Nat. Methods 2005, 2, 801
168. D. Sinnecker, P. Voigt, N. Hellwig, M. Schaefer, Biochemistry 2005, 44, 7085-7094
169. G.-J. Kremers, K. L. Hazelwood, C. S. Murphy, M. W. Davidson, D. W. Piston, Nat. Methods 2009, 6, 355-358
170. E. J. G. Peterman, S. Brasselet, W. E. Moerner, J. Phys. Chem. A 1999, 103, 10553-10560
171. R. Ando, H. Mizuno, A. Miyawaki, Science 2004, 306, 1370-1373
172. S. Habuchi, R. Ando, P. Dedecker, W. Verheijen, H. Mizuno, A. Miyawaki, J. Hofkens, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 9511-9516
173. P. Dedecker, J. Hotta, R. Ando, A. Miyawaki, Y. Engelborghs, J. Hofkens, Biophys. J. 2006, 91, L45-L47
174. J. N. Henderson, H. W. Ai, R. E. Campbell, S. J. Remington, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 6672-6677
175. M. Andresen, A. C. Stiel, J. Folling, D. Wenzel, A. Schonle, A. Egner, C. Eggeling, S. W. Hell, S. Jakobs, Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1035-1040
176. A. C. Stiel, S. Trowitzsch, G. Weber, M. Andresen, C. Eggeling, S. W. Hell, S. Jakobs, M. C. Wahl, Biochem. J. 2007, 402, 35-42
177. D. M. Chudakov, V. V. Belousov, A. G. Zaraisky, V. V. Novoselov, D. B. Staroverov, D. B. Zorov, S. Lukyanov, K. A. Lukyanov, Nat. Biotechnol. 2003, 21, 191-194
178. A. C. Stiel, M. Andresen, H. Bock, M. Hilbert, J. Schilde, A. Schonle, C. Eggeling, A. Egner, S. W. Hell, S. Jakobs, Biophys. J. 2008, 95, 2989-2997
179. V. Adam, M. Lelimousin, S. Boehme, G. Desfonds, K. Nienhaus, M. J. Field, J. Wiedenmann, S. McSweeney, G. U. Nienhaus, D. Bourgeois, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 18343-18348
180. M. Andresen, A. C. Stiel, S. Trowitzsch, G. Weber, C. Eggeling, M. C. Wahl, S. W. Hell, S. Jakobs, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 13005-13009
181. M. Andresen, M. C. Wahl, A. C. Stiel, F. Grater, L. V. Schafer, S. Trowitzsch, G. Weber, C. Eggeling, H. Grubmuller, S. W. Hell, S. Jakobs, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 13070-13074
182. A. Terskikh, A. Fradkov, G. Ermakova, A. Zaraisky, P. Tan, A. V. Kajava, X. N. Zhao, S. Lukyanov, M. Matz, S. Kim, I. Weissman, P. Siebert, Science 2000, 290, 1585-1588
183. F. V. Subach, O. M. Subach, I. S. Gundorov, K. S. Morozova, K. D. Piatkevich, A. M. Cuervo, V. V. Verkhusha, Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 118-126
184. J. Livet, T. A. Weissman, H. Kang, R. W. Draft, J. Lu, R. A. Bennis, J. R. Sanes, J. W. Lichtman, Nature 2007, 450, 56-62
185. D. Axelrod, D. E. Koppel, J. Schlessinger, E. Elson, W. W. Webb, Biophys. J. 1976, 16, 1055-1069
186. D. E. Koppel, D. Axelrod, J. Schlessinger, E. L. Elson, W. W. Webb, Biophys. J. 1976, 16, 1315-1329
187. R. D. Phair, T. Misteli, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2001, 2, 898-907
188. M. Weiss, Traffic 2004, 5, 662-671
189. J. Lippincott-Schwartz, N. Altan-Bonnet, G. H. Patterson, Nat. Cell Biol. 2003, Suppl. S7-S14
190. J. Lippincott-Schwartz, E. Snapp, A. Kenworthy, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2001, 2, 444-456
191. A. Egner, C. Geisler, C. von Middendorff, H. Bock, D. Wenzel, R. Medda, M. Andresen, A. C. Stiel, S. Jakobs, C. Eggeling, A. Schonle, S. W. Hell, Biophys. J. 2007, 93, 3285-3290
192. S. T. Hess, T. P. Girirajan, M. D. Mason, Biophys. J. 2006, 91, 4258-4272
193. E. A. Jares-Erijman, T. M. Jovin, Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1387-1395
194. B. A. Pollok, R. Heim, Trends Cell Biol. 1999, 9, 57-60
195. K. Truong, M. Ikura, Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 573-578
196. S. S. Vogel, C. Thaler, S. V. Koushik, Sci. STKE 2006, 2006, re2
197. C. Thaler, S. V. Koushik, P. S. Blank, S. S. Vogel, Biophys. J. 2005, 89, 2736-2749
198. R. N. Day, C. F. Booker, A. Periasamy, J. Biomed. Opt. 2008, 13, 031203
199. M. Elangovan, H. Wallrabe, Y. Chen, R. N. Day, M. Barroso, A. Periasamy, Methods 2003, 29, 58-73
200. G. W. Gordon, G. Berry, X. H. Liang, B. Levine, B. Herman, Biophys. J. 1998, 74, 2702-2713
201. Z. P. Xia, Y. H. Liu, Biophys. J. 2001, 81, 2395-2402
202. C. Berney, G. Danuser, Biophys. J. 2003, 84, 3992-4010
203. A. K. Kenworthy, Methods 2001, 24, 289-296
204. P. I. Bastiaens, T. M. Jovin, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 8407-8412
205. P. I. Bastiaens, I. V. Majoul, P. J. Verveer, H. D. Soling, T. M. Jovin, EMBO J. 1996, 15, 4246-4253
206. R. N. Day, A. Periasamy, F. Schaufele, Methods 2001, 25, 4-18
207. A. Miyawaki, R. Y. Tsien, Methods Enzymol. 2000, 327, 472-500
208. R. N. Day, D. W. Piston, Nat. Biotechnol. 1999, 17, 425-426
209. A. Periasamy and R. N. Day, Molecular imaging: FRET microscopy and spectroscopy, Oxford University Press, Oxford, New York, 2005
210. D. W. Piston, G. J. Kremers, Trends Biochem. Sci. 2007, 32, 407-414
211. P. I. Bastiaens, A. Squire, Trends Cell Biol. 1999, 9, 48-52
212. M. Peter, S. M. Ameer-Beg, M. K. Hughes, M. D. Keppler, S. Prag, M. Marsh, B. Vojnovic, T. Ng, Biophys. J. 2005, 88, 1224-1237
213. C. Y. Dong, T. French, P. T. So, C. Buehler, K. M. Berland, E. Gratton, Methods Cell Biol. 2003, 72, 431-464
214. R. M. Clegg, O. Holub, C. Gohlke, Methods Enzymol. 2003, 360, 509-542
215. M. Tramier, K. Kemnitz, C. Durieux, M. Coppey-Moisan, J. Microsc. (Oxford, U. K.) 2004, 213, 110-118
216. M. Tramier, M. Zahid, J. C. Mevel, M. J. Masse, M. Coppey-Moisan, Microsc. Res. Tech. 2006, 69, 933-939
217. S. Ganesan, S. M. Ameer-Beg, T. T. Ng, B. Vojnovic, F. S. Wouters, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 4089-4094
218. H. Murakoshi, S. J. Lee, R. Yasuda, Brain Cell Biol. 2008, 36, 31-42
219. T. Nagai, S. Yamada, T. Tominaga, M. Ichikawa, A. Miyawaki, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 10554-10559
220. A. Miyawaki, Neuron 2005, 48, 189-199
221. M. D. Allen, J. Zhang, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 348, 716-721
222. H. W. Ai, K. L. Hazelwood, M. W. Davidson, R. E. Campbell, Nat. Methods 2008, 5, 401-403
223. X. You, A. W. Nguyen, A. Jabaiah, M. A. Sheff, K. S. Thorn, P. S. Daugherty, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 18458-18463
224. N. S. Xia, W. X. Luo, J. Zhang, X. Y. Xie, H. J. Yang, S. W. Li, M. Chen, M. H. Ng, Mar. Biotechnol. 2002, 4, 155-162
225. H.-w. Ai, S. Olenych, P. Wong, M. Davidson, R. Campbell, BMC Biol. 2008, 6, 13
226. C. Flors, J. Hotta, H. Uji, P. Dedecker, R. Ando, H. Mizuno, A. Miyawaki, J. Hofkens, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13970-13977
227. R. Bizzarri, C. Arcangeli, D. Arosio, F. Ricci, P. Faraci, F. Cardarelli, F. Beltram, Biophys. J. 2006, 90, 3300-3314