Nucleic Acid Foldamers: Design, Engineering and Selection of Programmable Biomaterials with Recognition, Catalytic and Self-assembly Properties

Foldamers: Structure, Properties, and Applications

Volumn , Issue , 2007, Pages 291-329

  Chworos, Arkadiusz ^a   Jaeger, Luc ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

Catalytic properties; Combinatorial approaches; Design; DNA architectonics; Engineering; Foldamers; Function; Nucleic acid architectures; Nucleic acid foldamers; Ornamentation; RNA architectonics; Selection of programmable biomaterials; Self assembly properties; Self assembly strategies; Structural principles; Synthesis

Indexed keywords

EID: 49949107628     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1002/9783527611478.ch10     Document Type: Chapter

References (222)

1. G. M. Whitesides, B. Grzybowski, Science 2002, 295, 2418.
2. J. M. Lehn, Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 4763.
3. T. Lindahl, B. Nyberg, Biochemistry 1972, 11, 3610.
4. J. Pierre, J. Laval, Biochemistry 1980, 19, 5018.
5. L. Poliseno, A. Mercatanti, L. Citti, G. Rainaldi, Curr Pharm Biotechnol 2004, 5, 361.
6. P. Guo, J Nanosci Nanotechnol 2005, 5, 1964.
7. J. F. Lee, G. M. Stovall, A. D. Ellington, Curr Opin Chem Biol 2006, 10, 282.
8. S. M. Freier, R. Kierzek, J. A. Jaeger, N. Sugimoto, M. H. Caruthers, T. Neilson, D. H. Turner, Proc Natl Acad Sci USA 1986, 83, 9373.
9. J. SantaLucia, Jr., Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 1460.
10. M. Egli, Angew. Chemie. Int. Ed. 1996, 35, 1894.
11. J. A. Abels, F. Moreno-Herrero, T. van der Heijden, C. Dekker, N. H. Dekker, Biophys J 2005, 88, 2737.
12. I. M. Kulic, H. Mohrbach, V. Lobaskin, R. Thaokar, H. Schiessel, Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys 2005, 72, 041905.
13. N. B. Leontis, J. Stombaugh, E. Westhof, Nucleic Acids Res 2002, 30, 3497.
14. D. H. Mathews, D. H. Turner, Curr Opin Struct Biol 2006, 16, 270.
15. R. M. Dirks, M. Lin, E. Winfree, N. A. Pierce, Nucleic Acids Res 2004, 32, 1392.
16. M. Zuker, Nucleic Acids Res 2003, 31, 3406.
17. I. L. Hofacker, Nucleic Acids Res 2003, 31, 3429.
18. M. Andronescu, A. P. Fejes, F. Hutter, H. H. Hoos, A. Condon, J Mol Biol 2004, 336, 607.
19. M. Andronescu, Z. C. Zhang, A. Condon, J Mol Biol 2005, 345, 987.
20. S. A. Woodson, Curr Opin Chem Biol 2005, 9, 104.
21. D. Thirumalai, N. Lee, S. A. Woodson, D. Klimov, Annu Rev Phys Chem 2001, 52, 751.
22. S. A. Woodson, Cell Mol Life Sci 2000, 57, 796.
23. V. Thiviyanathan, B. A. Luxon, N. B. Leontis, N. Illangasekare, D. G. Donne, D. G. Gorenstein, J Biomol NMR 1999, 14, 209.
24. B. Wu, F. Girard, B. van Buuren, J. Schleucher, M. Tessari, S. Wijmenga, Nucleic Acids Res 2004, 32, 3228.
25. N. C. Seeman, Methods Mol Biol 2005, 303, 143.
26. S. M. Mirkin, Curr Opin Struct Biol 2006, 16, 351.
27. A. T. Phan, V. Kuryavyi, D. J. Patel, Curr Opin Struct Biol 2006, 16, 288.
28. I. G. Panyutin, O. I. Kovalsky, E. I. Budowsky, R. E. Dickerson, M. E. Rikhirev, A. A. Lipanov, Proc Natl Acad Sci USA 1990, 87, 867.
29. J. F. Lee, J. R. Hesselberth, L. A. Meyers, A. D. Ellington, Nucleic Acids Res 2004, 32, D95.
30. E. Westhof, B. Masquida, L. Jaeger, Fold. & Des. 1996, 1, R78.
31. L. Jaeger, A. Chworos, Curr Opin Struct Biol 2006, 16, 531.
32. S. R. Holbrook, Curr Opin Struct Biol 2005, 15, 302.
33. N. B. Leontis, A. Lescoute, E. Westhof, Curr Opin Struct Biol 2006, 16, 279.
34. D. K. Hendrix, S. E. Brenner, S. R. Holbrook, Q Rev Biophys 2005, 38, 221.
35. A. Chworos, I. Severcan, A. Y. Koyfman, P. Weinkam, E. Oroudjev, H. G. Hansma, L. Jaeger, Science 2004, 306, 2068.
36. N. B. Leontis, E. Westhof, Curr Opin Struct Biol 2003, 13, 300.
37. A. Lescoute, N. B. Leontis, C. Massire, E. Westhof, Nucleic Acids Res 2005, 33, 2395.
38. A. Lescoute, E. Westhof, RNA 2006, 12, 83.
39. P. Brion, E. Westhof, Annu Rev Biophys Biomol Struct 1997, 26, 113.
40. R. Gesteland, T. Cech, J. Atkins, The RNa world, 3 edn, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2005.
41. M. Brucale, G. Zuccheri, B. Samori, Trends Biotechnol 2006, 24, 235.
42. H.-A. Ho, M. Leclerc, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1384.
43. T. Hianik, V. Ostatna, M. Sonlajtnerova, I. Grman, Bioelectrochemistry 2007, 70, 127.
44. M. N. Stojanovic, D. M. Kolpashchikov, J Am Chem Soc 2004, 126, 9266.
45. B. J. Tucker, R. R. Breaker, Curr Opin Struct Biol 2005, 15, 342.
46. W. C. Winkler, R. R. Breaker, Annu Rev Microbiol 2005, 59, 487.
47. M. Mandal, R. R. Breaker, Nat Rev Mol Cell Biol 2004, 5, 451.
48. J. E. Barrick, K. A. Corbino, W. C. Winkler, A. Nahvi, M. Mandal, J. Collins, M. Lee, A. Roth, N. Sudarsan, I. Jona, J. K. Wickiser, R. R. Breaker, Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 6421.
49. W. C. Winkler, Curr Opin Chem Biol 2005, 9, 594.
50. J. Lim, W. C. Winkler, S. Nakamura, V. Scott, R. R. Breaker, Angew Chem Int Ed Engl 2006, 45, 964.
51. A. Lescoute, E. Westhof, Chem Biol 2005, 12, 10.
52. S. Thore, M. Leibundgut, N. Ban, Science 2006, 312, 1208.
53. A. Serganov, A. Polonskaia, A. T. Phan, R. R. Breaker, D. J. Patel, Nature 2006, 441, 1167.
54. R. K. Montange, R. T. Batey, Nature 2006, 441, 1172.
55. A. Serganov, Y. R. Yuan, O. Pikovskaya, A. Polonskaia, L. Malinina, A. T. Phan, C. Hobartner, R. Micura, R. R. Breaker, D. J. Patel, Chem Biol 2004, 11, 1729.
56. R. T. Batey, S. D. Gilbert, R. K. Montange, Nature 2004, 432, 411.
57. L. Jaeger, Curr Opin Struct Biol 1997, 7, 324.
58. J. A. Doudna, J. R. Lorsch, Nat Struct Mol Biol 2005, 12, 395.
59. M. J. Fedor, J. R. Williamson, Nat Rev Mol Cell Biol 2005, 6, 399.
60. R. Fiammengo, A. Jaschke, Curr Opin Biotechnol 2005, 16, 614.
61. S. Fusz, A. Eisenfuhr, S. G. Srivatsan, A. Heckel, M. Famulok, Chem Biol 2005, 12, 941.
62. D. Liu, L. A. Gugliotti, T. Wu, M. Dolska, A. G. Tkachenko, M. K. Shipton, B. E. Eaton, D. L. Feldheim, Langmuir 2006, 22, 5862.
63. L. A. Gugliotti, D. L. Feldheim, B. E. Eaton, J Am Chem Soc 2005, 127, 17814.
64. L. A. Gugliotti, D. L. Feldheim, B. E. Eaton, Science 2004, 304, 850.
65. A. Torres-Larios, K. K. Swinger, A. S. Krasilnikov, T. Pan, A. Mondragon, Nature 2005, 437, 584.
66. A. S. Krasilnikov, Y. Xiao, T. Pan, A. Mondragon, Science 2004, 306, 104.
67. A. S. Krasilnikov, X. Yang, T. Pan, A. Mondragon, Nature 2003, 421, 760.
68. A. V. Kazantsev, A. A. Krivenko, D. J. Harrington, S. R. Holbrook, P. D. Adams, N. R. Pace, Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102, 13392.
69. S. K. Silverman, Nucleic Acids Res 2005, 33, 6151.
70. S. K. Silverman, Org Biomol Chem 2004, 2, 2701.
71. A. Peracchi, Chembiochem 2005, 6, 1316.
72. Y. Li, R. R. Breaker, Curr Opin Struct Biol 1999, 9, 315.
73. P. C. Sabeti, P. J. Unrau, D. P. Bartel, Chem Biol 1997, 4, 767.
74. R. Knight, M. Yarus, RNA 2003, 9, 218.
75. L. Jaeger, M. C. Wright, G. F. Joyce, Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 14712.
76. W. K. Johnston, P. J. Unrau, M. S. Lawrence, M. E. Glasner, D. P. Bartel, Science 2001, 292, 1319.
77. N. Lee, Y. Bessho, K. Wei, J. W. Szostak, H. Suga, Nat Struct Biol 2000, 7, 28.
78. Y. Ikawa, K. Tsuda, S. Matsumura, T. Inoue, Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 13750.
79. W. Yoshioka, Y. Ikawa, L. Jaeger, H. Shiraishi, T. Inoue, RNA 2004, 10, 1900.
80. R. M. Kumar, G. F. Joyce, Proc Natl Acad Sci USA 2003, 100, 9738.
81. R. R. Breaker, Curr Opin Biotechnol 2002, 13, 31.
82. J. Tang, R. R. Breaker, Nucleic Acids Res 1998, 26, 4214.
83. J. Tang, R. R. Breaker, Chem Biol 1997, 4, 453.
84. M. P. Robertson, A. D. Ellington, Nucleic Acids Res 2000, 28, 1751.
85. M. Koizumi, R. R. Breaker, Biochemistry 2000, 39, 8983.
86. M. Levy, A. D. Ellington, Chem Biol 2002, 9, 417.
87. C. Romero-Lopez, A. Barroso-delJesus, E. Puerta-Fernandez, A. Berzal-Herranz, Biol Chem 2005, 386, 183.
88. M. H. Caruthers, S. L. Beaucage, C. Becker, J. W. Efcavitch, E. F. Fisher, G. Galluppi, R. Goldman, P. deHaseth, M. Matteucci, L. McBride, et al., Gene Amplif Anal 1983, 3, 1.
89. D. J. Hill, M. J. Mio, R. B. Prince, T. S. Hughes, J. S. Moore, Chem. Rev. 2001, 101, 3893.
90. H. M. Pfundheller, A. M. Sorensen, C. Lomholt, A. M. Johansen, T. Koch, J. Wengel, Methods Mol Biol 2005, 288, 127.
91. A. Eschenmoser, Science 1999, 284, 2118.
92. A. Eschenmoser, Orig Life Evol Biosph 2004, 34, 277.
93. B. Nawrot, M. Sobczak, M. Wojcik, M. Janicka, M. Nowak, M. Cypryk, W. J. Stec, Oligonucleotides 2006, 16, 68.
94. M. Egholm, O. Buchardt, L. Christensen, C. Behrens, S. M. Freier, D. A. Driver, R. H. Berg, S. K. Kim, B. Norden, P. E. Nielsen, Nature 1993, 365, 566.
95. P. E. Nielsen, Mol Biotechnol 2004, 26, 233.
96. W. J. Stec, A. Grajkowski, A. Kobylanska, B. Karwowski, M. Koziolkiewicz, K. Misiura, A. Okruszek, A. Wilk, P. Guga, M. Boczkowska, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12019.
97. R. O. Dempcy, O. Almarsson, T. C. Bruice, Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, 7864.
98. I. E. Szabo, T. C. Bruice, Bioorg Med Chem 2004, 12, 4233.
99. A. Vater, S. Klussmann, Curr Opin Drug Discov Devel 2003, 6, 253.
100. D. Eulberg, S. Klussmann, Chembiochem 2003, 4, 979.
101. W. G. Purschke, D. Eulberg, K. Buchner, S. Vonhoff, S. Klussmann, Proc Natl Acad Sci USA 2006, 103, 5173.
102. W. M. Shih, J. D. Quispe, G. F. Joyce, Nature 2004, 427, 618.
103. L. Jaeger, E. Westhof, N. B. Leontis, Nucleic Acids Res 2001, 29, 455.
104. L. Nasalean, S. Baudrey, N. B. Leontis, L. Jaeger, Nucleic Acids Res 2006, 34, 1381.
105. S. R. Das, R. Fong, J. A. Piccirilli, Curr Opin Chem Biol 2005, 9, 585.
106. S. P. Ryder, L. Ortoleva-Donnelly, A. B. Kosek, S. A. Strobel, Methods Enzymol 2000, 317, 92.
107. J. K. Soukup, N. Minakawa, A. Matsuda, S. A. Strobel, Biochemistry 2002, 41, 10426.
108. J. C. Cochrane, R. T. Batey, S. A. Strobel, RNA 2003, 9, 1282.
109. J. Chelliserrykattil, A. D. Ellington, Nat Biotechnol 2004, 22, 1155.
110. R. Padilla, R. Sousa, Nucleic Acids Res 2002, 30, e138.
111. P. E. Burmeister, S. D. Lewis, R. F. Silva, J. R. Preiss, L. R. Horwitz, P. S. Pendergrast, T. G. McCauley, J. C. Kurz, D. M. Epstein, C. Wilson, A. D. Keefe, Chem Biol 2005, 12, 25.
112. G. Xia, L. Chen, T. Sera, M. Fa, P. G. Schultz, F. E. Romesberg, Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 6597.
113. M. Fa, A. Radeghieri, A. A. Henry, F. E. Romesberg, J Am Chem Soc 2004, 126, 1748.
114. F. J. Ghadessy, N. Ramsay, F. Boudsocq, D. Loakes, A. Brown, S. Iwai, A. Vaisman, R. Woodgate, P. Holliger, Nat Biotechnol 2004, 22, 755.
115. T. Ohbayashi, M. Kuwahara, M. Hasegawa, T. Kasamatsu, T. Tamura, H. Sawai, Org Biomol Chem 2005, 3, 2463.
116. R. Kawai, M. Kimoto, S. Ikeda, T. Mitsui, M. Endo, S. Yokoyama, I. Hirao, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17286.
117. M. J. Moore, C. C. Query, Methods Enzymol 2000, 317, 109.
118. K. E. Nielsen, J. Rasmussen, R. Kumar, J. Wengel, J. P. Jacobsen, M. Petersen, Bioconjug Chem 2004, 15, 449.
119. F. Darfeuille, J. B. Hansen, H. Orum, C. Di Primo, J. J. Toulme, Nucleic Acids Res 2004, 32, 3101.
120. V. Monjardet-Bas, J. C. Chottard, J. Kozelka, Chemistry 2002, 8, 1144.
121. K. L. Buchmueller, B. T. Hill, M. S. Platz, K. M. Weeks, J Am Chem Soc 2003, 125, 10850.
122. Z. Wang, K. Shah, T. M. Rana, Biochemistry 2001, 40, 6458.
123. T. Bando, A. Narita, I. Saito, H. Sugiyama, J Am Chem Soc 2003, 125, 3471.
124. S. M. Rink, D. L. Warner, A. Klapars, E. Vedejs, Biochemistry 2005, 44, 13981.
125. V. Jackson, Methods 1999, 17, 125.
126. G. Sengle, A. Jenne, P. S. Arora, B. Seelig, J. S. Nowick, A. Jaschke, M. Famulok, Bioorg Med Chem 2000, 8, 1317.
127. F. Hausch, A. Jaschke, Bioconjug Chem 1997, 8, 885.
128. B. Seelig, A. Jaschke, Bioconjug Chem 1999, 10, 371.
129. C. M. Gherghe, J. M. Krahn, K. M. Weeks, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13622.
130. E. J. Merino, K. A. Wilkinson, J. L. Coughlan, K. M. Weeks, J Am Chem Soc 2005, 127, 4223.
131. E. J. Merino, K. M. Weeks, J Am Chem Soc 2005, 127, 12766.
132. G. F. Joyce, Annu Rev Biochem 2004, 73, 791.
133. J. R. Lorsch, J. W. Szostak, Acc Chem Res 1996, 29, 103.
134. L. Gold, Harvey Lect 1995, 91, 47.
135. J. C. Cox, P. Rudolph, A. D. Ellington, Biotechnol Prog 1998, 14, 845.
136. J. C. Cox, M. Rajendran, T. Riedel, E. A. Davidson, L. J. Sooter, T. S. Bayer, M. Schmitz-Brown, A. D. Ellington, Comb Chem High Throughput Screen 2002, 5, 289.
137. M. Rajendran, A. D. Ellington, Comb Chem High Throughput Screen 2002, 5, 263.
138. T. S. Bayer, L. N. Booth, S. M. Knudsen, A. D. Ellington, RNA 2005, 11, 1848.
139. H. Zhang, A. Hamasaki, E. Toshiro, Y. Aoyama, Y. Ito, Nucleic Acids Symp Ser 2000, 219.
140. D. Eulberg, K. Buchner, C. Maasch, S. Klussmann, Nucleic Acids Res 2005, 33, e45.
141. G. Hybarger, J. Bynum, R. F. Williams, J. J. Valdes, J. P. Chambers, Anal Bioanal Chem 2006, 384, 191.
142. M. Berezovski, M. Musheev, A. Drabovich, S. N. Krylov, J Am Chem Soc 2006, 128, 1410.
143. S. D. Mendonsa, M. T. Bowser, J Am Chem Soc 2004, 126, 20.
144. R. K. Mosing, S. D. Mendonsa, M. T. Bowser, Anal Chem 2005, 77, 6107.
145. M. Levy, K. E. Griswold, A. D. Ellington, RNA 2005, 11, 1555.
146. J. J. Agresti, B. T. Kelly, A. Jaschke, A. D. Griffiths, Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102, 16170.
147. A. Aharoni, A. D.Griffiths, D. S.Tawfik, Curr Opin Chem Biol 2005, 9, 210.
148. A. C. Yan, K. M. Bell, M. M. Breeden, A. D. Ellington, Front Biosci 2005, 10, 1802.
149. K. V. Gothelf, T. H. LaBean, Org Biomol Chem 2005, 3, 4023.
150. N. C. Seeman, Q Rev Biophys 2005, 38, 361.
151. U. Feldkamp, C. M. Niemeyer, Angew Chem Int Ed Engl 2006, 45, 1856.
152. J. J. Birac, W. B. Sherman, J. Kopatsch, P. E. Constantinou, N. C. Seeman, J Mol Graph Model 2006, 25, 470.
153. L. Feng, S. H. Park, J. H. Reif, H. Yan, Angew Chem Int Ed Engl 2003, 42, 4342.
154. D. Liu, M. Wang, Z. Deng, R. Walulu, C. Mao, J Am Chem Soc 2004, 126, 2324.
155. J. Malo, J. C. Mitchell, C. Venien-Bryan, J. R. Harris, H. Wille, D. J. Sherratt, A. J. Turberfield, Angew Chem Int Ed Engl 2005, 44, 3057.
156. N. Chelyapov, Y. Brun, M. Gopalkrishnan, D. Reishus, B. Shaw, L. Adleman, J Am Chem Soc 2004, 126, 13924.
157. Y. He, Y. Chen, H. Liu, A. E. Ribbe, C. Mao, J Am Chem Soc 2005, 127, 12202.
158. Y. He, C. Mao, Chem Commun (Camb) 2006, 9, 968.
159. E. Winfree, F. Liu, L. A. Wenzler, N. C. Seeman, Nature 1998, 394, 539.
160. X. Yang, L. A. Wenzler, J. Qi, X. Li, N. C. Seeman, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9779.
161. B. Ding, R. Sha, N. C. Seeman, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10230.
162. T. H. LaBean, H. Yan, J. Kopatsch, F. Liu, E. Winfree, J. H. Reif, N. C. Seeman, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1848.
163. D. Reishus, B. Shaw, Y. Brun, N. Chelyapov, L. Adleman, J Am Chem Soc 2005, 127, 17590.
164. Y. Ke, Y. Liu, J. Zhang, H. Yan, J Am Chem Soc 2006, 128, 4414.
165. Y. Liu, Y. Ke, H. Yan, J Am Chem Soc 2005, 127, 17140.
166. S. H. Park, R. Barish, H. Li, J. H. Reif, G. Finkelstein, H. Yan, T. H. Labean, Nano Lett 2005, 5, 693.
167. F. Mathieu, S. Liao, J. Kopatsch, T. Wang, C. Mao, N. C. Seeman, Nano Lett. 2005, 5, 661.
168. W. B. Sherman, N. C. Seeman, Biophys J 2006, 90, 4546.
169. R. P. Goodman, I. A. Schaap, C. F. Tardin, C. M. Erben, R. M. Berry, C. F. Schmidt, A. J. Turberfield, Science 2005, 310, 1661.
170. Z. Shen, H. Yan, T. Wang, N. C. Seeman, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1666.
171. P. J. Paukstelis, J. Nowakowski, J. J. Birktoft, N. C. Seeman, Chem Biol 2004, 11, 1119.
172. M. A. Batalia, E. Protozanova, R. B. Macgregor, D. A. Erie, Nano Lett 2002, 2, 269.
173. L. T. Costa, M. Kerkmann, G. Hartmann, S. Endres, P. M. Bisch, W. M. Heckl, S. Thalhammer, Biochem Biophys Res Commun 2004, 313, 1065.
174. P. W. Rothemund, Nature 2006, 440, 297.
175. H. G. Hansma, E. Oroudjev, S. Baudrey, L. Jaeger, J Microsc 2003, 212, 273.
176. L. Jaeger, N. B. Leontis, Angew. Chemie. Int. Ed. 2000, 14, 2521.
177. Y. Ikawa, K. Fukada, S. Watanabe, H. Shiraishi, T. Inoue, Structure (Camb) 2002, 10, 527.
178. S. Matsumura, Y. Ikawa, T. Inoue, Nucleic Acids Res 2003, 31, 5544.
179. B. Liu, S. Baudrey, L. Jaeger, G. C. Bazan, J Am Chem Soc 2004, 126, 4076.
180. S. Horiya, X. Li, G. Kawai, R. Saito, A. Katoh, K. Kobayashi, K. Harada, Chem Biol 2003, 10, 645.
181. J. H. Davis, M. Tonelli, L. G. Scott, L. Jaeger, J. R. Williamson, S. E. Butcher, J Mol Biol 2005, 351, 371.
182. D. Shu, L. P. Huang, S. Hoeprich, P. Guo, J Nanosci Nanotechnol 2003, 3, 295.
183. D. Shu, W. D. Moll, Z. Deng, C. Mao, P. Guo, Nano Lett 2004, 4, 1717
184. A. Khaled, S. Guo, F. Li, P. Guo, Nano Lett 2005, 5, 1797.
185. C. Mao, W. Sun, N. C. Seeman, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5437.
186. R. P. Goodman, R. M. Berry, A. J. Turberfield, Chem Commun (Camb) 2004, 1372.
187. S. H. Park, C. Pistol, S. J. Ahn, J. H. Reif, A. R. Lebeck, C. Dwyer, T. H. LaBean, Angew Chem Int Ed Engl 2006, 45, 735.
188. L. Jaeger, A. Chworos, in Foundations of Nanoscience 2005: Self-Assembled Architectures and Devices (Ed.: J. H. Reif), Science Technica, 2005, pp. 157.
189. K. Lund, Y. Liu, S. Lindsay, H. Yan, J Am Chem Soc 2005, 127, 17606.
190. P. W. Rothemund, N. Papadakis, E. Winfree, PLoS Biol 2004, 2, e424.
191. R. D. Barish, P. W. Rothemund, E. Winfree, Nano Lett 2005, 5, 2586.
192. H. Yan, T. H. LaBean, L. Feng, J. H. Reif, Proc Natl Acad Sci USA 2003, 100, 8103.
193. H. Yan, S. H. Park, G. Finkelstein, J. H. Reif, T. H. LaBean, Science 2003, 301, 1882.
194. Y. He, Y. Tian, Y. Chen, Z. Deng, A. E. Ribbe, C. Mao, Angew Chem Int Ed Engl 2005, 44, 6694.
195. A. Carbone, N. C. Seeman, Natural Computing 2003, 2, 133.
196. C. Lin, Y. Liu, S. Rinker, H. Yan, Chemphyschem 2006, 7, 1641.
197. Y. Liu, C. Lin, H. Li, H. Yan, Angew Chem Int Ed Engl 2005, 44, 4333.
198. J. D. Le, Y. Pinto, N. C. Seeman, K. Musier-Forsyth, T. A. Taton, R. A. Kiehl, Nano Lett. 2004, 4, 2343.
199. J. Sharma, R. Chhabra, Y. Liu, Y. Ke, H. Yan, Angew Chem Int Ed Engl 2006, 45, 730.
200. J. Zhang, Y. Liu, Y. Ke, H. Yan, Nano Lett 2006, 6, 248.
201. J. Zheng, P. E. Constantinou, C. Micheel, A. P. Alivisatos, R. A. Kiehl, N. C. Seeman, Nano Lett 2006, 6, 1502.
202. N. C. Seeman, Trends Biochem Sci 2005, 30, 119.
203. A. V. Garibotti, S. M. Knudsen, A. D. Ellington, N. C. Seeman, Nano Lett 2006, 6, 1505.
204. C. Lin, E. Katilius, Y. Liu, J. Zhang, H. Yan, Angew Chem Int Ed Engl 2006, 45, 5296.
205. N. K. Navani, Y. Li, Curr Opin Chem Biol 2006, 10, 272.
206. H. Ulrich, Handb Exp Pharmacol 2006, 173, 305.
207. S. Hoeprich, Q. Zhou, S. Guo, D. Shu, G. Qi, Y. Wang, P. Guo, Gene Ther 2003, 10, 1258.
208. K. Keren, M. Krueger, R. Gilad, G. Ben-Yoseph, U. Sivan, E. Braun, Science 2002, 297, 72.
209. L. Berti, A. Alessandrini, P. Facci, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11216.
210. G. A. Burley, J. Gierlich, M. R. Mofid, H. Nir, S. Tal, Y. Eichen, T. Carell, J Am Chem Soc 2006, 128, 1398.
211. C. A. Mirkin, Inorg Chem 2000, 39, 2258.
212. S. W. Chung, D. S. Ginger, M. W. Morales, Z. Zhang, V. Chandrasekhar, M. A. Ratner, C. A. Mirkin, Small 2005, 1, 64.
213. A. D. Bates, B. P. Callen, J. M. Cooper, R. Cosstick, C. Geary, A. Glidle, L. Jaeger, J. L. Pearson, M. Proupin-Perez, C. Xu, D. R. Cumming, Nano Lett 2006, 6, 445.
214. A. Y. Koyfman, G. Braun, S. Magonov, A. Chworos, N. O. Reich, L. Jaeger, J Am Chem Soc 2005, 127, 11886.
215. G. Braun, K. Inagaki, R. A. Estabrook, D. K. Wood, E. Levy, A. N. Cleland, G. F. Strouse, N. O. Reich, Langmuir 2005, 21, 10699.
216. T. Fukushima, T. Hayakawa, Y. Inoue, K. Miyazaki, Y. Okahata, Biomaterials 2004, 25, 5491.
217. Y. Hoshino, S. Tajima, H. Nakayama, Y. Okahata, Macromol. Rapid Commun. 2002, 23, 253.
218. L. Zhu, P. S. Lukeman, J. W. Canary, N. C. Seeman, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10178.
219. A. Serganov, S. Keiper, L. Malinina, V. Tereshko, E. Skripkin, C. Hobartner, A. Polonskaia, A. T. Phan, R. Wombacher, R. Micura, Z. Dauter, A. Jaschke, D. J. Patel, Nat Struct Mol Biol 2005, 12, 218.
220. R. G. Schultz, S. M. Gryaznov, Nucl. Acids Res. 1996, 24, 2966.
221. N. C. Pagratis, C. Bell, Y.-F. Chang, S. Jennings, T. Fitzwater, D. Jellinek, C. Dang, 1997, 15, 68.
222. A. Rhie, L. Kirby, N. Sayer, R.Wellesley, P. Disterer, I. Sylvester, A. Gill, J. Hope, W. James, A. Tahiri-Alaoui, J. Biol. Chem. 2003, 278, 39697.