Proteases universally recognize beta strands in their active sites

Chemical Reviews

Volumn 105, Issue 3, 2005, Pages 973-999

  Tyndall, Joel D A ^a,b   Nall, Tessa ^a   Fairlie, David P ^a  

^a UNIVERSITY OF QUEENSLAND   (Australia)

^b UNIVERSITY OF OTAGO   (New Zealand)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA; BINDING ENERGY; BIOCHEMISTRY; CATALYST ACTIVITY; CONFORMATIONS; CRYSTAL STRUCTURE; ENZYME INHIBITION; FUNGI; PLANTS (BOTANY); POLYPEPTIDES; SUBSTRATES;

CYSTEINE PROTEASE INHIBITORS; ENDOPEPTIDASE; METALLOPROTEASE INHIBITORS; PROTEASE BOUND PRODUCT STRUCTURES; PROTEASE BOUND SUBSTRATE STRUCTURES; PROTEASE INHIBITORS; PROTEASES; SERINE PROTEASE INHIBITORS; VIRAL ASPARTIC PROTEASES;

ENZYMES;

ASPARTIC PROTEINASE; CYSTEINE PROTEINASE; METALLOPROTEINASE; PEPTIDE HYDROLASE; PROTEINASE INHIBITOR; SERINE PROTEINASE;

ANIMAL; BINDING SITE; CHEMISTRY; ENZYME SPECIFICITY; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; REVIEW; STRUCTURE ACTIVITY RELATION;

ANIMALS; ASPARTIC ENDOPEPTIDASES; BINDING SITES; CYSTEINE ENDOPEPTIDASES; HUMANS; METALLOPROTEASES; PEPTIDE HYDROLASES; PROTEASE INHIBITORS; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SERINE ENDOPEPTIDASES; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 17244364283     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr040669e     Document Type: Review

References (178)

1. Yousef, G. M.; Kopolovic, A. D.; Elliott, M. B.; Diamandis, E. P. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 305, 28.
2. Puente, X. S.; Sanchez, L. M.; Overall, C. M.; Lopez-Otin, C. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 544.
3. Rawlings, N. D.; O'Brien, E.; Barrett, A. J. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 343.
4. Hubbard, T.; Barker, D.; Birney, E.; Cameron, G.; Chen, Y.; Clark, L.; Cox, T.; Cuff, J.; Curwen, V.; Down, T.; Durbin, R.; Eyras, E.; Gilbert, J.; Hammond, M.; Huminiecki, L.; Kasprzyk, A.; Lehvaslaiho, H.; Lijnzaad, P.; Melsopp, C.; Mongin, E.; Pettett, R.; Pocock, M.; Potter, S.; Rust, A.; Schmidt, E.; Searle, S.; Slater, G.; Smith, J.; Spooner, W.; Stabenau, A.; Stalker, J.; Stupka, E.; Ureta-Vidal, A.; Vastrik, I.; Clamp, M. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 38.
5. Mulder, N. J.; Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Barrell, D.; Bateman, A.; Binns, D.; Biswas, M.; Bradley, P.; Bork, P.; Bucher, P.; Copley, R. R.; Courcelle, E.; Das, U.; Durbin, R.; Falquet, L.; Fleischmann, W.; Griffiths-Jones, S.; Haft, D.; Harte, N.; Hulo, N.; Kahn, D.; Kanapin, A.; Krestyaninova, M.; Lopez, R.; Letunic, I.; Lonsdale, D.; Silventoinen, V.; Orchard, S. E.; Pagni, M.; Peyruc, D.; Pouting, C. P.; Selengut, J. D.; Servant, F.; Sigrist, C. J.; Vaughan, R.; Zdobnov, E. M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 315.
6. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R. R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C. Science 2001, 291, 1304.
7. Abbenante, G.; Fairlie, D. P. Med. Chem. 2005, 1, 71-104.
8. Bernstein, P. R.; Edwards, P. D.; Williams, J. C. Prog. Med. Chem. 1994, 31, 59.
9. Tanaka, R. D.; Clark, J. M.; Warne, R. L.; Abraham, W. M.; Moore, W. R. Int. Arch. Allergy Immunol. 1995, 107, 408.
10. Hugli, T. E. Trends Biotechnol. 1996, 14, 409.
11. Fath, M. A.; Wu, X.; Hileman, R. E.; Linhardt, R. J.; Kashem, M. A.; Nelson, R. M.; Wright, C. D.; Abraham, W. M. J. Biol. Chem. 1998, 273, 13563.
12. Stubbs, M. T.; Bode, W. Thromb. Res. 1993, 69, 1.
13. Kim, T. W.; Pettingell, W. H.; Jung, Y. K.; Kovacs, D. M.; Tanzi, R. E. Science 1997, 277, 373.
14. Selkoe, D. J. Science 1997, 275, 630.
15. Maliar, T.; Balaz, S.; Tandlich, R.; Sturdik, E. Acta Virol. 2002, 46, 131.
16. Tong, L. Chem. Rev. 2002, 102, 4609.
17. Shuker, S. B.; Mariani, V. L.; Herger, B. E.; Dennison, K. J. Chem. Biol. 2003, 10, 373.
18. Dunn, B. M.; Goodenow, M. M.; Gustchina, A.; Wlodawer, A. Genome Biol. 2002, 3, REVIEWS3006.
19. Anand, K.; Ziebuhr, J.; Wadhwani, P.; Mesters, J. R.; Hilgenfeld, R. Science 2003, 300, 1763.
20. Bein, M.; Schaller, M.; Korting, H. C. Curr. Drug Targets 2002 3, 351.
21. Leung, D.; Abbenante, G.; Fairlie, D. P. J. Med. Chem. 2000, 43, 305.
22. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
23. Hendlich, M. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1998, 54, 1178.
24. Laskowski, R. A.; Hutchinson, E. G.; Michie, A. D.; Wallace, A. C.; Jones, M. L.; Thornton, J. M. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 488.
25. Luscombe, N. M.; Laskowski, R. A.; Westhead, D. R.; Milburn, D.; Jones, S.; Karmirantzou, M.; Thornton, J. M. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1998, 54, 1132.
26. Laskowski, R. A. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 221.
27. Vondrasek, J.; van Buskirk, C. P.; Wlodawer, A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 8.
28. Orengo, C. A.; Michie, A. D.; Jones, S.; Jones, D. T.; Swindells, M. B.; Thornton, J. M. Structure 1997, 5, 1093.
29. Pearl, F. M.; Lee, D.; Bray, J. E.; Sillitoe, I.; Todd, A. E.; Harrison, A. P.; Thornton, J. M.; Orengo, C. A. Nucleic Acids Res. 2000 28, 277.
30. Murzin, A. G.; Brenner, S. E.; Hubbard, T.; Chothia, C. J. Mol. Biol. 1995, 247, 536.
31. Schechter, I.; Berger, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1967 27, 157.
32. Tang, J.; James, M. N.; Hsu, I. N.; Jenkins, J. A.; Blundell, T. L. Nature 1978, 271, 618.
33. Davies, D. R. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1990, 19 189.
34. Blundell, T. L.; Cooper, J. B.; Sali, A.; Zhu, Z. Y. Adv. Exp. Med. Biol. 1991, 306, 443.
35. Sali, A.; Veerapandian, B.; Cooper, J. B.; Moss, D. S.; Hofmann, T.; Blundell, T. L. Proteins 1992, 12, 158.
36. Silva, A. M.; Lee, A. Y.; Gulnik, S. V.; Maier, P.; Collins, J.; Bhat, T. N.; Collins, P. J.; Cachau, R. E.; Luker, K. E.; Gluzman, I. Y.; Francis, S. E.; Oksman, A.; Goldberg, D. E.; Erickson, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 10034.
37. Wlodawer, A.; Gustchina, A. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1477, 16.
38. Perona, J. J.; Craik, C. S. J. Biol. Chem. 1997, 272, 29987.
39. Tong, L.; Qian, C.; Massariol, M. J.; Bonneau, P. R.; Cordingley, M. G.; Lagace, L. Nature 1996, 383, 272.
40. Bode, W.; Gomis-Ruth, F. X.; Stockler, W. FEBS Lett. 1993, 331, 134.
41. Hooper, N. M. FEBS Lett. 1994, 354, 1.
42. Seemuller, E.; Lupas, A.; Stock, D.; Lowe, J.; Huber, R.; Baumeister, W. Science 1995, 268, 579.
43. Coux, O.; Tanaka, K.; Goldberg, A. L. Annu. Rev. Biochem. 1996 65, 801.
44. Groll, M.; Ditzel, L.; Lowe, J.; Stock, D.; Bochtler, M.; Bartunik, H. D.; Huber, R. Nature 1997, 386, 463.
45. Groll, M.; Brandstetter, H.; Bartunik, H.; Bourenkow, G.; Huber, R. J. Mol. Biol. 2003, 327, 75.
46. Brandstetter, H.; Kim, J. S.; Groll, M.; Huber, R. Nature 2001 414, 466.
47. Kim, J. S.; Groll, M.; Musiol, H. J.; Behrendt, R.; Kaiser, M.; Moroder, L.; Huber, R.; Brandstetter, H. J. Mol. Biol. 2002, 324 1041.
48. Brandstetter, H.; Kim, J. S.; Groll, M.; Gottig, P.; Huber, R. Biol. Chem. 2002, 383, 1157.
49. Fulop, V.; Bocskei, Z.; Polgar, L. Cell 1998, 94, 161.
50. Polgar, L. Cell Mol. Life Sci. 2002, 59, 349.
51. Holmquist, M. Curr. Protein Pept. Sci. 2000, 1, 209.
52. Vandeputte-Rutten, L.; Kramer, R. A.; Kroon, J.; Dekker, N.; Egmond, M. R.; Gros, P. EMBO J. 2001, 20, 5033.
53. Botos, I.; Melnikov, E. E.; Cherry, S.; Tropea, J. E.; Khalatova, A. G.; Rasulova, F.; Dauter, Z.; Maurizi, M. R.; Rotanova, T. V.; Wlodawer, A.; Gustchina, A. J. Biol. Chem. 2004, 279, 8140.
54. Fujinaga, M.; Cherney, M. M.; Oyama, H.; Oda, K.; James, M. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 3364.
55. Murao, S.; Oda, K. In Aspartic Proteinases and their Inhibitors; Kosta, V., Ed.; Walter de Gruyter: Berlin, 1985.
56. Prabu-Jeyabalan, M.; Nalivaika, E. A.; King, N. M.; Schiffer, C. A. J. Virol. 2003, 77, 1306.
57. Laco, G. S.; Schalk-Hihi, C.; Lubkowski, J.; Morris, G.; Zdanov, A.; Olson, A.; Elder, J. H.; Wlodawer, A.; Gustchina, A. Biochemistry 1997, 36, 10696.
58. Phan, J.; Zdanov, A.; Evdokimov, A. G.; Tropea, J. E.; Peters, H. K., III; Kapust, R. B.; Li, M.; Wlodawer, A.; Waugh, D. S. J. Biol. Chem. 2002, 277, 50564.
59. Turk, B. E.; Wong, T. Y.; Schwarzenbacher, R.; Jarrell, E. T.; Leppla, S. H.; Collier, R. J.; Liddington, R. C.; Cantley, L. C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 60.
60. Yamamoto, A.; Tomoo, K.; Doi, M.; Ohishi, H.; Inoue, M.; Ishida, T.; Yamamoto, D.; Tsuboi, S.; Okamoto, H.; Okada, Y. Biochemistry 1992, 31, 11305.
61. Rose, R. B.; Craik, C. S.; Douglas, N. L.; Stroud, R. M. Biochemistry 1996, 35, 12933.
62. LaPlante, S. R.; Aubry, N.; Bonneau, P. R.; Cameron, D. R.; Lagace, L.; Massariol, M. J.; Montpetit, H.; Plouffe, C.; Kawai, S. H.; Fulton, B. D.; Chen, Z.; Ni, F. Biochemistry 1998, 37, 9793.
63. Nienaber, V. L.; Breddam, K.; Birktoft, J. J. Biochemistry 1993 32, 11469.
64. Hanson, M. A.; Stevens, R. C. Nat. Struct. Biol. 2000, 7 687.
65. Segelke, B.; Knapp, M.; Kadkhodayan, S.; Balhorn, R.; Rupp, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6888.
66. Holden, H. M.; Matthews, B. W. J. Biol. Chem. 1988, 263 3256.
67. Holland, D. R.; Tronrud, D. E.; Pley, H. W.; Flaherty, K. M.; Stark, W.; Jansonius, J. N.; McKay, D. B.; Matthews, B. W. Biochemistry 1992, 31, 11310.
68. Betzel, C.; Singh, T. P.; Visanji, M.; Peters, K.; Fittkau, S.; Saenger, W.; Wilson, K. S. J. Biol. Chem. 1993, 268, 15854.
69. Saxena, A. K.; Singh, T. P.; Peters, K.; Fittkau, S.; Betzel, C. Protein Sci. 1996, 5, 2453.
70. Saxena, A. K.; Singh, T. P.; Peters, K.; Fittkau, S.; Visanji, M.; Wilson, K. S.; Betzel, C. Proteins 1996, 25, 195.
71. Fairlie, D. P.; Tyndall, J. D. A.; Reid, R. C.; Wong, A. K.; Abbenante, G.; Seanlon, M. J.; March, D. R.; Bergman, D. A.; Chai, C. L.; Burkett, B. A. J. Med. Chem. 2000, 43, 1271.
72. Abbenante, G.; March, D. R.; Bergman, D. A.; Hunt, P. A.; Garnham, B.; Dancer, R. J.; Martin, J. L.; Fairlie, D. P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10220.
73. March, D. R.; Abbenante, G.; Bergman, D. A.; Brinkworth, R. I.; Wickramasinghe, W.; Begun, J.; Martin, J. L.; Fairlie, D. P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3375.
74. Reid, R. C.; March, D. R.; Dooley, M. J.; Bergman, D. A.; Abbenante, G.; Fairlie, D. P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8511.
75. Reid, R. C.; Kelso, M. J.; Scanlon, M. J.; Fairlie, D. P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5673.
76. James, M. N. G.; Sielecki, A. R. In Biological Macromolecules and Assemblies: Active sites of enzymes; Jurnak, F. A., McPherson, A., Eds.; John Wiley & Sons: New York, 1987; Vol. 3.
77. Dunn, B. M. Chem. Rev. 2002, 102, 4431.
78. Rutenber, E.; Fauman, E. B.; Keenan, R. J.; Fong, S.; Furth, P. S.; Ortiz de Montellano, P. R.; Meng, E.; Kuntz, I. D.; DeCamp, D. L.; Salto, R.; et al. J. Biol. Chem. 1993, 268, 15343.
79. Majer, P.; Collins, J. R.; Gulnik, S. V.; Erickson, J. W. Protein Sci. 1997, 6, 1458.
80. Cooper, J. B. Curr. Drug Targets 2002, 3, 155.
81. Groves, M. R.; Dhanaraj, V.; Badasso, M.; Nugent, P.; Pitts, J. E.; Hoover, D. J.; Blundell, T. L. Protein Eng. 1998, 11, 833.
82. Hong, L.; Koelsch, G.; Lin, X.; Wu, S.; Terzyan, S.; Ghosh, A. K.; Zhang, X. C.; Tang, J. Science 2000, 290, 150.
83. Fruton, J. S. Q. Rev. Biol. 2002, 77, 127.
84. Ng, K. K.; Petersen, J. F.; Cherney, M. M.; Garen, C.; Zalatoris, J. J.; Rao-Naik, C.; Dunn, B. M.; Martzen, M. R.; Peanasky, R. J.; James, M. N. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 653.
85. Li, M.; Phylip, L. H.; Lees, W. E.; Winther, J. R.; Dunn, B. M.; Wlodawer, A.; Kay, J.; Gustchina, A. Nat. Struct. Biol. 2000 7, 113.
86. Pisabarro, M. T.; Ortiz, A. R.; Palomer, A.; Cabre, F.; Garcia, L.; Wade, R. C.; Gago, F.; Mauleon, D.; Carganico, G. J. Med. Chem. 1994, 37, 337.
87. Bode, W.; Fernandez-Catalan, C.; Tschesche, H.; Grams, F.; Nagase, H.; Maskos, K. Cell Mol. Life Sci. 1999, 55, 639.
88. Babine, R. E.; Bender, S. L. Chem. Rev. 1997, 97, 1359.
89. Massova, I.; Kotra, L. P.; Fridman, R.; Mobashery, S. FASEB J. 1998, 12, 1075.
90. Hege, T.; Feltzer, R. E.; Gray, R. D.; Baumann, U. J. Biol. Chem. 2001, 276, 35087.
91. Park, H. I.; Ming, L. J. J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7 600.
92. Natesh, R.; Schwager, S. L.; Sturrock, E. D.; Acharya, K. R. Nature 2003, 421, 551.
93. Towler, P.; Staker, B.; Prasad, S. G.; Menon, S.; Tang, J.; Parsons, T.; Ryan, D.; Fisher, M.; Williams, D.; Dales, N. A.; Patane, M. A.; Pantoliano, M. W. J. Biol. Chem. 2004, 279, 17996.
94. Maskos, K.; Fernandez-Catalan, C.; Huber, R.; Bourenkov, G. P.; Bartunik, H.; Ellestad, G. A.; Reddy, P.; Wolfson, M. F.; Rauch, C. T.; Castner, B. J.; Davis, R.; Clarke, H. R.; Petersen, M.; Fitzner, J. N.; Cerretti, D. P.; March, C. J.; Paxton, R. J.; Black, R. A.; Bode, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 3408.
95. Grams, F.; Reinemer, P.; Powers, J. C.; Kleine, T.; Pieper, M.; Tschesche, H.; Huber, R.; Bode, W. Eur. J. Biochem. 1995, 228, 830.
96. Fernandez-Catalan, C.; Bode, W.; Huber, R.; Turk, D.; Calvete, J. J.; Lichte, A.; Tschesche, H.; Maskos, K. EMBO J. 1998, 17 5238.
97. Gomis-Ruth, F. X.; Maskos, K.; Betz, M.; Bergner, A.; Huber, R.; Suzuki, K.; Yoshida, N.; Nagase, H.; Brew, K.; Bourenkov, G. P.; Bartunik, H.; Bode, W. Nature 1997, 389, 77.
98. Oefner, C.; D'Arcy, A.; Hennig, M.; Winkler, F. K.; Dale, G. E. J. Mol. Biol. 2000, 296, 341.
99. Cirilli, M.; Gallina, C.; Gavuzzo, E.; Giordano, C.; Gomis-Ruth, F. X.; Gorini, B.; Kress, L. F.; Mazza, F.; Paradisi, M. P.; Pochetti, G.; Politi, V. FEBS Lett. 1997, 418, 319.
100. Powers, J. C.; Harper, J. W. In Protease Inhibitors; Barret, A. J. S., Salverson, G., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1986.
101. Rawlings, N. D.; Barrett, A. J. Methods Enzymol. 1994, 244, 19.
102. Barrett, A. J.; Rawlings, N. D. Arch. Biochem. Biophys. 1995 318, 247.
103. Krem, M. M.; Di Cera, E. EMBO J. 2001, 20, 3036.
104. Powers, J. C.; Asgian, J. L.; Ekici, O. D.; James, K. E. Chem. Rev. 2002, 102, 4639.
105. Hedstrom, L. Chem. Rev. 2002, 102, 4501.
106. Ye, S.; Goldsmith, E. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 740.
107. Gettins, P. G. Chem. Rev. 2002, 102, 4751.
108. Pike, R. N.; Bottomley, S. P.; Irving, J. A.; Bird, P. I.; Whisstock, J. C. IUBMB Life 2002, 54, 1.
109. Wlodawer, A.; Li, M.; Gustchina, A.; Oyama, H.; Dunn, B. M.; Oda, K. Acta Biochim. Pol. 2003, 50, 81.
110. Wlodawer, A.; Li, M.; Dauter, Z.; Gustchina, A.; Uchida K.; Oyama, H.; Dunn, B. M.; Oda, K. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 442.
111. Sleat, D. E.; Donnelly, R. J.; Lackland, H.; Liu, C. G.; Sohar, I.; Pullarkat, R. K.; Lobel, P. Science 1997, 277, 1802.
112. Singh, T. P.; Sharma, S.; Karthikeyan, S.; Betzel, C.; Bhatia, K. L. Proteins 1998, 33, 30.
113. Paetzel, M.; Karla, A.; Strynadka, N. C.; Dalbey, R. E. Chem. Rev. 2002, 102, 4549.
114. Paetzel, M.; Dalbey, R. E.; Strynadka, N. C. Nature 1998, 396, 186.
115. Steinmetz, A. C.; Demuth, H. U.; Ringe, D. Biochemistry 1994 33, 10535.
116. Greco, M. N.; Hawkins, M. J.; Powell, E. T.; Almond, H. R., Jr.; Corcoran, T. W.; de Garavilla, L.; Kauffman, J. A.; Recacha, R.; Chattopadhyay, D.; Andrade-Gordon, P.; Maryanoff, B. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3810.
117. MacSweeney, A.; Birrane, G.; Walsh, M. A.; O'Connell, T.; Malthouse, J. P.; Higgins, T. M. Acta Crystallogr, Sect. D: Biol. Crystallogr. 2000, 56 (Pt 3), 280.
118. Ohbayashi, H. IDrugs 2002, 5, 910.
119. Tremblay, G. M.; Janelle, M. F.; Bourbonnais, Y. Curr. Opin. Investig. Drugs 2003, 4, 556.
120. Froelich, C. J. In Nature Encyclopedia of Life Sciences.; Nature Publishing Group: London, 1999.
121. Regoli, D.; Calo, G.; Gobeil, F. In Nature Encyclopedia of Life Sciences; Nature Publishing Group: London, 1999.
122. Yousef, G. M.; Diamandis, E. P. Biol. Chem. 2002, 383, 1045.
123. Mittl, P. R.; Di Marco, S.; Fendrich, G.; Pohlig, G.; Heim, J.; Sommerhoff, C.; Fritz, H.; Priestle, J. P.; Grutter, M. G. Structure 1997, 5, 253.
124. Zhou, A.; Webb, G.; Zhu, X.; Steiner, D. F. J. Biol. Chem. 1999 274, 20745.
125. Holyoak, T.; Wilson, M. A.; Fenn, T. D.; Kettner, C. A.; Petsko, G. A.; Fuller, R. S.; Ringe, D. Biochemistry 2003, 42, 6709.
126. Oberst, M. D.; Williams, C. A.; Dickson, R. B.; Johnson, M. D.; Lin, C. Y. J. Biol. Chem. 2003, 278, 26773.
127. Johnson, M. D.; Oberst, M. D.; Lin, C. Y.; Dickson, R. B. Expert Rev. Mol. Diagn. 2003, 3, 331.
128. Narayanan, A. S.; Thiagarajan, P. In Nature Encyclopedia of Life Sciences; Nature Publishing Group: London, 2000.
129. Van Aken, H.; Bode, C.; Darius, H.; Diehm, C.; Encke, A.; Gulba, D. C.; Haas, S.; Hacke, W.; Puhl, W.; Quante, M.; Riess, H.; Scharf, R.; Schellong, S.; Schror, T.; Schulte, K. L.; Tebbe, U. Clin. Appl. Thromb. Hemost. 2001, 7, 195.
130. Powers, J. C.; Harper, J. W. In Protease Inhibitors; Barret, A. J. S., Salverson, G., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1986.
131. Berkner, K. L. In Nature Encyclopedia of Life Sciences; Nature Publishing Group: London, 2000.
132. Friedrich, T.; Kroger, B.; Bialojan, S.; Lemaire, H. G.; Hoffken, H. W.; Reuschenbach, P.; Otte, M.; Dodt, J. J. Biol. Chem. 1993, 268, 16216.
133. van de Locht, A.; Lamba, D.; Bauer, M.; Huber, R.; Friedrich, T.; Kroger, B.; Hoffken, W.; Bode, W. EMBO J. 1995, 14, 5149.
134. Weitz, J. I.; Crowther, M. Thromb. Res. 2002, 106, V275.
135. Vitali, J.; Martin, P. D.; Malkowski, M. G.; Robertson, W. D.; Lazar, J. B.; Winant, R. C.; Johnson, P. H.; Edwards, B. F. J. Biol. Chem. 1992, 267, 17670.
136. Mathews, II; Padmanabhan, K. P.; Ganesh, V.; Tulinsky, A.; Ishii, M.; Chen, J.; Turck, C. W.; Coughlin, S. R.; Fenton, J. W., II Biochemistry 1994, 33, 3266.
137. Potempa, J.; Korzus, E.; Travis, J. J. Biol. Chem. 1994, 269, 15957.
138. Silverman, G. A.; Bird, P. I.; Carrell, R. W.; Church, F. C.; Coughlin, P. B.; Gettins, P. G.; Irving, J. A.; Lomas, D. A.; Luke, C. J.; Moyer, R. W.; Pemberton, P. A.; Remold-O'Donnell, E.; Salvesen, G. S.; Travis, J.; Whisstock, J. C. J. Biol. Chem. 2001, 276, 33293.
139. Carrell, R. W.; Huntington, J. A. Biochem. Soc. Symp. 2003, 163.
140. Huber, R.; Bode, W. Acc. Chem. Res. 1978, 11, 114.
141. Huntington, J. A.; Read, R. J.; Carrell, R. W. Nature 2000, 407, 923.
142. Braud, S.; Le Bonniec, B. F.; Bon, C.; Wisner, A. Biochemistry 2002, 41, 8478.
143. Rawlings, N. D.; Barrett, A. J. Methods Enzymol. 1994, 244, 461.
144. Rasnick, D. In Perspectives in Drug Discovery and Design; McKerrow, J. H., James, M. N. G., Eds.; ESCOM: Leiden, 1996; Vol. 6.
145. Otto, H. H.; Schirmeister, T. Chem. Rev. 1997, 97, 133.
146. Lecaille, F.; Kaleta, J.; Bromme, D. Chem. Rev. 2002, 102 4459.
147. Denault, J. B.; Salvesen, G. S. Chem. Rev. 2002, 102, 4489.
148. Ryan, M. D.; Flint, M. J. Gen. Virol. 1997, 78 (Pt 4), 699.
149. Yang, H.; Yang, M.; Ding, Y.; Liu, Y.; Lou, Z.; Zhou, Z.; Sun, L.; Mo, L.; Ye, S.; Pang, H.; Gao, G. F.; Anand, K.; Bartlam, M.; Hilgenfeld, R.; Rao, Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13190.
150. Filipek, R.; Rzychon, M.; Oleksy, A.; Gruca, M.; Dubin, A.; Potempa, J.; Bochtler, M. J. Biol. Chem. 2003, 278, 40959.
151. Cazzulo, J. J. Curr. Top. Med. Chem. 2002, 2, 1261.
152. Stennicke, H. R.; Salvesen, G. S. Biochim. Biophys. Acta 1998 1387, 17.
153. Thornberry, N. A.; Lazebnik, Y. Science 1998, 281, 1312.
154. Wei, Y.; Fox, T.; Chambers, S. P.; Sintchak, J.; Coll, J. T.; Golec, J. M.; Swenson, L.; Wilson, K. P.; Charifson, P. S. Chem. Biol. 2000, 7, 423.
155. Schweizer, A.; Briand, C.; Grutter, M. G. J. Biol. Chem. 2003 278, 42441.
156. Riedl, S. J.; Renatus, M.; Schwarzenbacher, R.; Zhou, Q.; Sun, C.; Fesik, S. W.; Liddington, R. C.; Salvesen, G. S. Cell 2001, 104, 791.
157. Xu, G.; Cirilli, M.; Huang, Y.; Rich, R. L.; Myszka, D. G.; Wu, H. Nature 2001, 410, 494.
158. Turk, D.; Guncar, G. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2003, 59, 203.
159. Turk, D.; Podobnik, M.; Popovic, T.; Katunuma, N.; Bode, W.; Huber, R.; Turk, V. Biochemistry 1995, 34, 4791.
160. Jenko, S.; Dolenc, I.; Guncar, G.; Dobersek, A.; Podobnik, M.; Turk, D. J. Mol. Biol. 2003, 326, 875.
161. Guncar, G.; Pungercic, G.; Klemencic, I.; Turk, V.; Turk, D. EMBO J. 1999, 18, 793.
162. Stock, D.; Ditzel, L.; Baumeister, W.; Huber, R.; Lowe, J. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1995, 60, 525.
163. Groll, M.; Kim, K. B.; Kairies, N.; Huber, R.; Crews, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1237.
164. Kisselev, A. F.; Songyang, Z.; Goldberg, A. L. J. Biol. Chem. 2000, 275, 14831.
165. Sousa, M. C.; Kessler, B. M.; Overkleeft, H. S.; McKay, D. B. J. Mol. Biol. 2002, 318, 779.
166. Pickart, C. M.; Cohen, R. E. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 177.
167. Bochtler, M.; Ditzel, L.; Groll, M.; Hartmann, C.; Huber, R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 295.
168. Voorhees, P. M.; Dees, E. C.; O'Neil, B.; Orlowski, R. Z. Clin. Cancer Res. 2003, 9, 6316.
169. Lara, P. N., Jr.; Davies, A. M.; Mack, P. C.; Mortenson, M. M.; Bold, R. J.; Gumerlock, P. H.; Gandara, D. R. Semin. Oncol. 2004, 31, 40.
170. Burgen, A. S.; Roberts, G. C.; Feeney, J. Nature 1975, 253, 753.
171. Jencks, W. P. In Chemistry and Enzymology; Dover Publications: New York, 1987.
172. Loughlin, W. A.; Glenn, M. P.; Tyndall, J. D. A.; Fairlie, D. P. Chem. Rev. 2004, 104, 6085.
173. Tyndall, J. D. A.; Fairlie, D. P. J. Mol. Recognit. 1999, 12, 363.
174. Tyndall, J. D. A.; Fairlie, D. P. Curr. Med. Chem. 2001, 8, 893.
175. Glenn, M. P.; Pattenden, L. K.; Reid, R. C.; Tyssen, D. P.; Tyndall, J. D. A.; Birch, C. J.; Fairlie, D. P. J. Med. Chem. 2002, 45, 371.
176. Kraulis, P. J. J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 946.
177. Merritt, E. A.; Bacon, D. J. Methods Enzymol. 1997, 277 505.
178. Accelrys: San Diego, CA, 2004.