Computer assisted searches for drug targets with emphasis on malarial proteases and their inhibitors

Current Drug Targets - Infectious Disorders

Volumn 4, Issue 1, 2004, Pages 25-40

  Wang, Yufeng ^a   Wu, Yimin ^b  

^a UNIVERSITY OF TEXAS AT SAN ANTONIO   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES   (United States)

Author keywords

Comparative genomics; Inhibitor; Malaria; Microarray; Plasmodium falciparum; Protease; Proteomics; Structural genomics

Indexed keywords

ANTIMALARIAL AGENT; ASPARTIC PROTEINASE INHIBITOR; CALPASTATIN; CATHEPSIN D; CYSTEINE PROTEINASE; CYSTEINE PROTEINASE INHIBITOR; EH 58; ENZYME INHIBITOR; ISOQUINOLINE DERIVATIVE; LACTACYSTIN; PEPSTATIN DERIVATIVE; PLASMEPSIN I; PLASMEPSIN II; PROTEINASE; PROTEINASE INHIBITOR; SERINE PROTEINASE INHIBITOR; THREONINE PROTEINASE; UNCLASSIFIED DRUG;

ALGORITHM; ANTIMALARIAL ACTIVITY; BIOINFORMATICS; COMPUTER AIDED DESIGN; COMPUTER PROGRAM; DNA MICROARRAY; DRUG DESIGN; DRUG SELECTIVITY; DRUG TARGETING; ENZYME INHIBITION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE SEQUENCE; GENETIC CODE; GENETIC DATABASE; GENETIC TRANSCRIPTION; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HOST PARASITE INTERACTION; HUMAN; MALARIA; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PARASITE VIRULENCE; PLASMODIUM FALCIPARUM; PROTEIN DATABASE; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN MOTIF; PROTEIN TARGETING; PROTEINASE INHIBITION; PROTEOMICS; PROTOZOAL GENETICS; QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION; REVIEW; SEQUENCE HOMOLOGY; UNINDEXED SEQUENCE;

ALGORITHMS; ANIMALS; ANTIMALARIALS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; COMPUTERS; DATABASES, FACTUAL; DRUG DESIGN; ENDOPEPTIDASES; EVOLUTION; GENOME, PROTOZOAN; GENOMICS; HUMANS; MALARIA; MALARIA, FALCIPARUM; PLASMODIUM FALCIPARUM; PROTEASE INHIBITORS; PROTEOMICS; SOFTWARE;

EID: 1642565128     PISSN: 15680053     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/1568005043480952     Document Type: Review

References (164)

1. Drews, J. Science, 2000, 287, 1960.
2. Weinstein, J. N. Curr. Opin. Pharmacol., 2002, 2, 361.
3. Whittaker, P. A. Trends Pharmacol. Sci., 2003, 24, 434.
4. Hopkins, A. L.; Groom, C. R. Nat. Rev. Drug Discov., 2002, 1, 727.
5. Roemer, T.; Jiang, B.; Davison, J.; Ketela, T.; Veillette, K.; Breton A.; Tandia, F.; Linteau, A.; Sillaots, S.; Marta, C., et al. Mol. Microbiol., 2003, 50, 167.
6. Sladek, F. M. Expert Opin. Ther. Targets, 2003, 7, 679.
7. Southan, C. Drug Discov. Today, 2001, 6, 681.
8. Gardner, M. J.; Hall, N.; Fung, E.; White, O.; Berriman, M.; Hyman, R. W.; Carlton, J. M.; Pain, A.; Nelson, K. E.; Bowman, S., et al. Nature, 2002, 419, 498.
9. Carlton, J. M.; Angiuoli, S. V.; Suh, B. B.; Kooij, T. W.; Pertea, M.; Silva, J. C.; Ermolaeva, M. D.; Allen, J. E.; Selengut, J. D.; Koo, H. L., et al. Nature, 2002, 419, 512.
10. Carlton, J. Trends Parasitol., 2003, 19, 227.
11. McKerrow, J. H.; Sun, E.; Rosenthal, P. J.; Bouvier, J. Annu. Rev. Microbiol., 1993, 47, 821.
12. Rosenthal, P. J. Emerg. Infect. Dis., 1998, 4, 49.
13. Blackman, M. J. Curr. Drug Targets, 2000, 1, 59.
14. Rosenthal, P. J. Curr. Opin. Hematol., 2002, 9, 140.
15. Gabay, T.; Krugliak, M.; Shalmiev, G.; Ginsburg, H. Parasitology, 1994, 108 ( Pt 4), 371.
16. Rosenthal, P. J.; McKerrow, J. H.; Aikawa, M.; Nagasawa, H.; Leech, J. H. J. Clin. Invest., 1988, 82, 1560.
17. Rosenthal, P. J.; Wollish, W. S.; Palmer, J. T.; Rasnick, D. J. Clin. Invest., 1991, 88, 1467.
18. Rosenthal, P. J.; Nelson, R. G. Mol. Biochem. Parasitol., 1992, 51, 143.
19. Gamboa de Dominguez, N. D.; Rosenthal, P. J. Blood, 1996, 87, 4448.
20. Salmon, B. L.; Oksman, A.; Goldberg, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2001, 98, 271.
21. Hadley, T.; Aikawa, M.; Miller, L. H. Exp. Parasitol., 1983, 55, 306.
22. Dluzewski, A. R.; Rangachari, K.; Wilson, R. J.; Gratzer, W. B. Exp. Parasitol., 1986, 62, 416.
23. Braun-Breton, C.; Blisnick, T.; Barbot, P.; Bulow, R.; Pereira da Silva, L.; Langsley, G. Exp. Parasitol., 1992, 74, 452.
24. Olaya, P.; Wasserman, M. Biochim. Biophys. Acta, 1991, 1096, 217.
25. Goldberg, D. E.; Slater, A. F.; Beavis, R.; Chait, B.; Cerami, A.; Henderson, G. B. J. Exp. Med., 1991, 173, 961.
26. Goldberg, D. E. Semin. Cell Biol., 1993, 4, 355.
27. Francis, S. E.; Gluzman, I. Y.; Oksman, A.; Knickerbocker, A.; Mueller, R.; Bryant, M. L.; Sherman, D. R.; Russell, D. G.; Goldberg, D. E. EMBO J., 1994, 13, 306.
28. Gluzman, I. Y.; Francis, S. E.; Oksman, A.; Smith, C. E.; Duffin, K. L.; Goldberg, D. E. J. Clin. Invest., 1994, 93, 1602.
29. Moon, R. P.; Tyas, L.; Certa, U.; Rupp, K.; Bur, D.; Jacquet, C.; Matile, H.; Loetscher, H.; Grueninger-Leitch, F.; Kay, J., et al. Eur. J. Biochem., 1997, 244, 552.
30. Banerjee, R.; Liu, J.; Beatty, W.; Pelosof, L.; Klemba, M.; Goldberg, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 990.
31. Shenai, B. R.; Sijwali, P. S.; Singh, A.; Rosenthal, P. J. J. Biol. Chem., 2000, 275, 29000.
32. Sijwali, P. S.; Shenai, B. R.; Gut, J.; Singh, A.; Rosenthal, P. J. Biochem. J., 2001, 360, 481.
33. Eggleson, K. K.; Duffin, K. L.; Goldberg, D. E. J. Biol. Chem., 1999, 274, 32411.
34. Curley, G. P.; O'Donovan, S. M.; McNally, J.; Mullally, M.; O'Hara, H.; Troy, A.; O'Callaghan, S. A.; Dalton, J. P. J. Eukaryot. Microbiol., 1994, 41, 119.
35. Gavigan, C. S.; Dalton, J. P.; Bell, A. Mol. Biochem. Parasitol., 2001, 117, 37.
36. Tyas, L.; Gluzman, I.; Moon, R. P.; Rupp, K.; Westling, J.; Ridley, R. G.; Kay, J.; Goldberg, D. E.; Berry, C. FEBS Lett., 1999, 454, 210.
37. Dua, M.; Raphael, P.; Sijwali, P. S.; Rosenthal, P. J.; Hanspal, M. Mol. Biochem. Parasitol., 2001, 116, 95.
38. Silva, A. M.; Lee, A. Y.; Gulnik, S. V.; Maier, P.; Collins, J.; Bhat, T. N.; Collins, P. J.; Cachau, R. E.; Luker, K. E.; Gluzman, I. Y., et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 10034.
39. Bernstein, N. K.; Cherney, M. M.; Loetscher, H.; Ridley, R. G.; James, M. N. Nat. Struct. Biol., 1999, 6, 32.
40. Blackman, M. J.; Fujioka, H.; Stafford, W. H.; Sajid, M.; Clough, B.; Fleck, S. L.; Aikawa, M.; Grainger, M.; Hackett, F. J. Biol. Chem., 1998, 273, 23398.
41. Barale, J. C.; Blisnick, T.; Fujioka, H.; Alzari, P. M.; Aikawa, M.; Braun-Breton, C.; Langsley, G. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 6445.
42. Hackett, F.; Sajid, M.; Withers-Martinez, C.; Grainger, M.; Blackman, M. J. Mol. Biochem. Parasitol., 1999, 103, 183.
43. Delplace, P.; Bhatia, A.; Cagnard, M.; Camus, D.; Colombet, G.; Debrabant, A.; Dubremetz, J. F.; Dubreuil, N.; Prensier, G.; Fortier, B., et al. Biol. Cell, 1988, 64, 215.
44. Knapp, B.; Nau, U.; Hundt, E.; Kupper, H. A. Mol. Bio-chem. Parasitol., 1991, 44, 1.
45. Miller, S. K.; Good, R. T.; Drew, D. R.; Delorenzi, M.; Sanders, P. R.; Hodder, A. N.; Speed, T. P.; Cowman, A. F.; de Koning-Ward, T. F.; Crabb, B. S. J. Biol. Chem., 2002, 277, 47524.
46. Hodder, A. N.; Drew, D. R.; Epa, V. C.; Delorenzi, M.; Bourgon, R.; Miller, S. K.; Moritz, R. L.; Frecklington, D. F.; Simpson, R. J.; Speed, T. P., et al. J. Biol. Chem., 2003.
47. Greenbaum, D. C.; Baruch, A.; Grainger, M.; Bozdech, Z.; Medzihradszky, K. F.; Engel, J.; DeRisi, J.; Holder, A. A.; Bogyo, M. Science, 2002, 298, 2002.
48. Le Bonniec, S.; Deregnaucourt, C.; Redeker, V.; Banerjee, R.; Grellier, P.; Goldberg, D. E.; Schrevel, J. J. Biol. Chem., 1999, 274, 14218.
49. Florent, I.; Derhy, Z.; Allary, M.; Monsigny, M.; Mayer, R.; Schrevel, J. Mol. Biochem. Parasitol., 1998, 97, 149.
50. Wu, Y.; Wang, X.; Liu, X.; Wang, Y. Genome Res., 2003, 13, 601.
51. Gantt, S. M.; Myung, J. M.; Briones, M. R.; Li, W. D.; Corey, E. J.; Omura, S.; Nussenzweig, V.; Sinnis, P. Antimicrob. Agents Chemother., 1998, 42, 2731.
52. David, P. H.; Hadley, T. J.; Aikawa, M.; Miller, L. H. Mol. Biochem. Parasitol., 1984, 11, 267.
53. Narum, D. L.; Thomas, A. W. Mol. Biochem. Parasitol., 1994, 67, 59.
54. Howell, S. A.; Well, I.; Fleck, S. L.; Kettleborough, C.; Collins, C. R.; Blackman, M. J. J. Biol. Chem., 2003, 278, 23890.
55. Li, J.; Matsuoka, H.; Mitamura, T.; Horii, T. Mol. Biochem. Parasitol., 2002, 120, 177.
56. Braun-Breton, C.; Rosenberry, T. L.; da Silva, L. P. Nature, 1988, 332, 457.
57. Rosenthal, P. J.; Kim, K.; McKerrow, J. H.; Leech, J. H. J. Exp. Med., 1987, 166, 816.
58. Bernard, F.; Schrevel, J. Mol. Biochem. Parasitol., 1987, 26, 167.
59. Grellier, P.; Picard, I.; Bernard, F.; Mayer, R.; Heidrich, H. G.; Monsigny, M.; Schrevel, J. Parasitol. Res., 1989, 75, 455.
60. Koonin, E. V.; Aravind, L.; Kondrashov, A. S. Cell, 2000, 101, 573.
61. Fraser, C. M.; Eisen, J.; Fleischmann, R. D.; Ketchum, K. A.; Peterson, S. Emerg. Infect. Dis., 2000, 6, 505.
62. Mitchell-Olds, T.; Clauss, M. J. Curr. Opin. Plant Biol., 2002, 5, 74.
63. Schoolnik, G. K. Curr. Opin. Microbiol., 2002, 5, 20.
64. Hughes, D. Nat. Rev. Genet., 2003, 4, 432.
65. Sreekumar, K. R.; Aravind, L.; Koonin, E. V. Curr. Opin. Genet., Dev., 2001, 11, 247.
66. Peterson, D. S.; Miller, L. H.; Wellems, T. E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, 92, 7100.
67. Su, X. Z.; Heatwole, V. M.; Wertheimer, S. P.; Guinet, F.; Herrfeldt, J. A.; Peterson, D. S.; Ravetch, J. A.; Wellems, T. E. Cell, 1995, 82, 89.
68. Thompson, J.; Janse, C. J.; Waters, A. P. Mol. Biochem. Parasitol., 2001, 118, 147.
69. Jomaa, H.; Wiesner, J.; Sanderbrand, S.; Altincicek, B.; Weidemeyer, C.; Hintz, M.; Turbachova, I.; Eberl, M.; Zeidler, J.; Lichtenthaler, H. K., et al. Science, 1999, 285, 1573.
70. Eisenhaber, F.; Bork, P. Bioinformatics, 1999, 15, 528.
71. Harris, D. J. Trends Ecol. Evol., 2003, 18, 317.
72. Pruitt, K. D.; Tatusova, T.; Maglott, D. R. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 34.
73. Tatusov, R. L.; Koonin, E. V.; Lipman, D. J. Science, 1997, 278, 631.
74. Kissinger, J. C.; Brunk, B. P.; Crabtree, J.; Fraunholz, M. J.; Gajria, B.; Milgram, A. J.; Pearson, D. S.; Schug, J.; Bahl, A.; Diskin, S. J., et al. Nature, 2002, 419, 490.
75. Rawlings, N. D.; O'Brien, E.; Barrett, A. J. Nucleic Acids Res., 2002, 30, 343.
76. Matys, V.; Fricke, E.; Geffers, R.; Gossling, E.; Haubrock, M.; Hehl, R.; Hornischer, K.; Karas, D.; Kel, A. E.; Kel-Margoulis, O. V., et al. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 374.
77. Horn, F.; Bettler, E.; Oliveira, L.; Campagne, F.; Cohen, F. E.; Vriend, G. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 294.
78. Smith, C. M. Prog. Biophys. Mol. Biol., 1999, 71, 525.
79. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res., 1997, 25, 3389.
80. Pearson, W. R. Methods Enzymol., 1990, 183, 63.
81. Joachimiak, M. P.; Chang, C.; Rosenthal, P. J.; Cohen, F. E. Mol. Med., 2001, 7, 698.
82. Wootton, J. C. Comput. Chem., 1994, 18, 269.
83. Chalmers, D. T.; Behan, D. P. Nat. Rev. Drug Discov., 2002, 1, 599.
84. Florea, L.; Hartzell, G.; Zhang, Z.; Rubin, G. M.; Miller, W. Genome Res., 1998, 8, 967.
85. Mott, R. Comput. Appl. Biosci., 1997, 13, 477.
86. Birney, E.; Durbin, R. Proc. Int. Conf. Intell. Syst.Mol. Biol., 1997, 5, 56.
87. Gelfand, M. S.; Mironov, A. A.; Pevzner, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 9061.
88. Falquet, L.; Pagni, M.; Bucher, P.; Hulo, N.; Sigrist, C. J. A.; Hofmann, K.; Bairoch, A. Nucleic Acids Research, 2002, 30, 235.
89. Henikoff, S.; Henikoff, J. G.; Pietrokovski, S. Bioinformatics, 1999, 15, 471.
90. Attwood, T. K.; Bradley, P.; Flower, D. R.; Gaulton, A.; Maudling, N.; Mitchell, A. L.; Moulton, G.; Nordle, A.; Paine, K.; Taylor, P., et al. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 400.
91. Letunic, I.; Goodstadt, L.; Dickens, N. J.; Doerks, T.; Schultz, J.; Mott, R.; Ciccarelli, F.; Copley, R. R.; Ponting, C. P.; Bork, P. Nucleic Acids Res., 2002, 30, 242.
92. Servant, F.; Bru, C.; Carrere, S.; Courcelle, E.; Gouzy, J.; Peyruc, D.; Kahn, D. Brief Bioinform, 2002, 3, 246.
93. Bateman, A.; Birney, E.; Cerruti, L.; Durbin, R.; Etwiller, L.; Eddy, S. R.; Griffiths-Jones, S.; Howe, K. L.; Marshall, M.; Sonnhammer, E. L. Nucleic Acids Res., 2002, 30, 276.
94. Mulder, N. J.; Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Barrell, D.; Bateman, A.; Binns, D.; Biswas, M.; Bradley, P.; Bork, P., et al. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 315.
95. Bailey, T. L.; Gribskov, M. Bioinformatics, 1998, 14, 48.
96. Sabnis, Y.; Rosenthal, P. J.; Desai, P.; Avery, M. A. J. Biomol. Struct..Dyn., 2002, 19, 765.
97. Sabnis, Y. A.; Desai, P. V.; Rosenthal, P. J.; Avery, M. A. Protein Sci., 2003, 12, 501.
98. Saitou, N.; Nei, M. Mol. Biol. Evol., 1987, 4, 406.
99. Fitch, W. M.; Farris, J. S. J. Mol. Evol., 1974, 3, 263.
100. Felsenstein, J. J. Mol. Evol., 1981, 17, 368.
101. Jean, L.; Long, M. Y.; Young, J.; Pery, P.; Tomley, F. Trends in Parasitology, 2001, 17, 491.
102. Roos, D. S.; Crawford, M. J.; Donald, R. G.; Kissinger, J. C.; Klimczak, L. J.; Striepen, B. Curr. Opin. Microbiol., 1999, 2, 426.
103. Wilson, R. J.; Denny, P. W.; Preiser, P. R.; Rangachari, K.; Roberts, K.; Roy, A.; Whyte, A.; Strath, M.; Moore, D. J.; Moore, P. W., et al. J. Mol. Biol., 1996, 261, 155.
104. Zuegge, J.; Ralph, S.; Schmuker, M.; McFadden, G. I.; Schneider, G. Gene, 2001, 280, 19.
105. Kissinger, J. C.; Souza, P. C.; Soarest, C. O.; Paul, R.; Wahl, A. M.; Rathore, D.; McCutchan, T. F.; Krettli, A. U. J. Parasitol., 2002, 88, 769.
106. Vargas-Serrato, E.; Corredor, V.; Galinski, M. R. Infect. Genet. Evol., 2003, 3, 67.
107. Michon, P.; Stevens, J. R.; Kaneko, O.; Adams, J. H. Mol. Biol. Evol., 2002, 19, 1128.
108. Kedzierski, L.; Escalante, A. A.; Isea, R.; Black, C. G.; Barnwell, J. W.; Coppel, R. L. Infect Genet. Evol., 2002, 1, 297.
109. Li, W.-H. In Evolution of Genes and Proteins; Nei, M.; Koehn, R.K., Ed. Sinauer Associates: Sunderland, MA, 1983, pp, 14-37.
110. Gu, X.; Wang, Y.; Gu, J. Nat. Genet., 2002, 31, 205.
111. Nielsen, K. M.; Kasper, J.; Choi, M.; Bedford, T.; Kristiansen, K.; Wirth, D. F.; Volkman, S. K.; Lozovsky, E. R.; Hartl, D. L. Mol. Biol. Evol., 2003, 20, 726.
112. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R. W.; Brown, P. O. Science, 1995, 270, 467.
113. Kerr, M. K.; Churchill, G. A. Genet. Res., 2001, 77, 123.
114. Quackenbush, J. Nat. Genet, 2002, 32 Suppl., 496.
115. Sherlock, G. Brief Bioinform., 2001, 2, 350.
116. Stoeckert, C. J., Jr.; Causton, H. C.; Ball, C. A. Nat. Genet., 2002, 32 Suppl., 469.
117. Rathod, P. K.; Ganesan, K.; Hayward, R. E.; Bozdech, Z.; DeRisi, J. L. Trends Parasitol., 2002, 18, 39.
118. Hayward, R. E.; Derisi, J. L.; Alfadhli, S.; Kaslow, D. C.; Brown, P. O.; Rathod, P. K. Mol. Microbiol., 2000, 35, 6.
119. Ben Mamoun, C.; Gluzman, I. Y.; Hott, C.; MacMillan, S. K.; Amarakone, A. S.; Anderson, D. L.; Carlton, J. M.; Dame, J. B.; Chakrabarti, D.; Martin, R. K., et al. Mol. Microbiol., 2001, 39, 26.
120. Ganesan, K.; Jiang, L.; Rathod, P. K. Int. J. Parasitol., 2002, 32, 1543.
121. Bozdech, Z.; Llinas, M.; Pulliam, B. L.; Wong, E. D.; Zhu, J.; DeRisi, J. L. PLOS Biol., 2003, 1, E5.
122. Bozdech, Z.; Zhu, J. C.; Joachimiak, M. P.; Cohen, F. E.; Pulliam, B.; DeRisi, J. L. Genome Biol., 2003, 4.
123. Le Roch, K. G.; Zhou, Y.; Batalov, S.; Winzeler, E. A. Am. J. Trop. Med. Hyg., 2002, 67, 233.
124. Le Roch, K. G.; Zhou, Y.; Blair, P. L.; Grainger, M.; Moch, J. K.; Haynes, J. D.; De La Vega, P.; Holder, A. A.; Batalov, S.; Carucci, D. J., et al. Science, 2003, 301, 1503.
125. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nature Biotechnology, 2001, 19, 242.
126. Zhu, H.; Bilgin, M.; Snyder, M. Annu. Rev. Biochem., 2003, 72, 783.
127. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, R. M.; Grainger, M.; Haynes, J. D.; Moch, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. L., et al. Nature, 2002, 419, 520.
128. Lasonder, E.; Ishihama, Y.; Andersen, J. S.; Vermunt, A. M.; Pain, A.; Sauerwein, R. W.; Eling, W. M.; Hall, N.; Waters, A. P.; Stunnenberg, H. G., et al. Nature, 2002, 419, 537.
129. Wang, Y.; Gu, X. Genetics, 2001, 158, 1311.
130. Al-Olayan, E. M.; Williams, G. T.; Hurd, H. Int. J. Parasitol., 2002, 32, 1133.
131. Madeo, F.; Herker, E.; Maldener, C.; Wissing, S.; Lachelt, S.; Herlan, M.; Fehr, M.; Lauber, K.; Sigrist, S. J.; Wesselborg, S., et al. Mol. Cell, 2002, 9, 911.
132. Debrabant, A.; Lee, N.; Bertholet, S.; Duncan, R.; Nakhasi, H. L. Int. J. Parasitol., 2003, 33, 257.
133. Carucci, D. J.; Yates, J. R. 3rd.; Florens, L. Int. J. Parasitol., 2002, 32, 1539.
134. Doolan, D. L.; Aguiar, J. C.; Weiss, W. R.; Sette, A.; Felgner, P. L.; Regis, D. P.; Quinones-Casas, P.; Yates, J. R., 3rd; Blair, P. L.; Richie, T. L., et al. J. Exp. Biol., 2003, 206, 3789.
135. Skolnick, J.; Fetrow, J. S.; Kolinski, A. Nat. Biotechnol., 2000, 18, 283.
136. Goldsmith-Fischman, S.; Honig, B. Protein Sci., 2003, 12, 1813.
137. Eswar, N.; John, B.; Mirkovic, N.; Fiser, A.; Ilyin, V. A.; Pieper, U.; Stuart, A. C.; Marti-Renom, M. A.; Madhusudhan, M. S.; Yerkovich, B., et al. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 3375.
138. Schwede, T.; Kopp, J.; Guex, N.; Peitsch, M. C. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 3381.
139. Vriend, G. J. Mol. Graph, 1990, 8, 52.
140. Zemla, A.; Venclovas; Moult, J.; Fidelis, K. Proteins, 2001, Suppl. 5, 13.
141. Xu, Y.; Xu, D.; Crawford, O. H.; Einstein; Larimer, F.; Uberbacher, E.; Unseren, M. A.; Zhang, G. Protein Eng., 1999, 12, 899.
142. Alexandrov, N. N.; Nussinov, R.; Zimmer, R. M. Pac. Symp. Biocomput., 1996, 53.
143. Ewing, T. J. A.; Kuntz, I. D. J. Comput. Chem., 1997, 18, 1175.
144. Westbrook, J.; Feng, Z.; Chen, L.; Yang, H.; Berman, H. M. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 489.
145. Asojo, O. A.; Afonina, E.; Gulnik, S. V.; Yu, B.; Erickson, J. W.; Randad, R.; Medjahed, D.; Silva, A. M. Acta Crystallogr. D. Biol Crystallogr., 2002, 58, 2001.
146. Asojo, O. A.; Gulnik, S. V.; Afonina, E.; Yu, B.; Ellman, J. A.; Haque, T. S.; Silva, A. M. J. Mol. Biol., 2003, 37, 173.
147. Bernstein, N. K.; Cherney, M. M.; Yowell, C. A.; Dame, J. B.; James, M. N. G. J. Mol. Biol., 2003, 39, 505.
148. Siripurkpong, P.; Yuvaniyama, J.; Wilairat, P.; Goldberg, D. E. J. Biol. Chem., 2002, 27, 41009.
149. Ring, C. S.; Sun, E.; McKerrow, J. H.; Lee, G. K.; Rosenthal, P. J.; Kuntz, I. D.; Cohen, F. E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, 90, 3583.
150. Withers-Martinez, C.; Saldanha, J. W.; Ely, B.; Hackett, F.; O'Connor, T.; Blackman, M. J. J. Biol. Chem., 2002, 277, 29698.
151. Burley, S. K. Nat. Struct. Biol., 2000, 7 Suppl, 932.
152. Perkins, R.; Fang, H.; Tong, W.; Welsh, W. J. Environ. Toxicol. Chem., 2003, 22, 1666.
153. Anderson, A. C. Chem. Biol., 2003, 10, 787.
154. Carroll, C. D.; Patel, H.; Johnson, T. O.; Guo, T.; Orlowski, M.; He, Z. M.; Cavallaro, C. L.; Guo, J.; Oksman, A.; Gluzman, I. Y., et al. Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2315.
155. Haque, T. S.; Skillman, A. G.; Lee, C. E.; Habashita, H.; Gluzman, I. Y.; Ewing, T. J.; Goldberg, D. E.; Kuntz, I. D.; Ellman, J. A. J. Med. Chem., 1999, 42, 1428.
156. Jiang, S.; Prigge, S. T.; Wei, L.; Gao, Y.; Hudson, T. H.; Gerena, L.; Dame, J. B.; Kyle, D. E. Antimicrob .Agents Chemother., 2001, 45, 2577.
157. Nezami, A.; Freire, E. Int. J. Parasitol., 2002, 32, 1669.
158. Carcache, D. A.; Hortner, S. R.; Bertogg, A.; Binkert, C.; Bur, D.; Marki, H. P.; Dorn, A.; Diederich, F. Chembiochem., 2002, 3, 1137.
159. Oscarsson, K.; Oscarson, S.; Vrang, L.; Hamelink, E.; Hallberg, A.; Samuelsson, B. Bioorg. Med. Chem., 2003, 11, 1235.
160. Nezami, A.; Kimura, T.; Hidaka, K.; Kiso, A.; Liu, J.; Kiso, Y.; Goldberg, D. E.; Freire, E. Biochemistry, 2003, 42, 8459.
161. Li, R.; Chen, X.; Gong, B.; Selzer, P. M.; Li, Z.; Davidson, E.; Kurzban, G.; Miller, R. E.; Nuzum, E. O.; McKerrow, J. H., et al. Bioorg. Med. Chem., 1996, 4, 1421.
162. Scheidt, K. A.; Roush, W. R.; McKerrow, J. H.; Selzer, P. M.; Hansell, E.; Rosenthal, P. J. Bioorg. Med. Chem., 1998, 6, 2477.
163. Shenai, B. R.; Lee, B. J.; Alvarez-Hernandez, A.; Chong, P. Y.; Emal, C. D.; Neitz, R. J.; Roush, W. R.; Rosenthal, P. J. Antimicrob. Agents Ch., 2003, 47, 154.
164. Batra, S.; Sabnis, Y. A.; Rosenthal, P. J.; Avery, M. A. Bioorg. Med. Chem., 2003, 11, 2293.