Mass spectrometry in plant metabolomics strategies: From analytical platforms to data acquisition and processing

Natural Product Reports

Volumn 31, Issue 6, 2014, Pages 784-806

  Ernst, Madeleine ^a   Silva, Denise Brentan ^a   Silva, Ricardo Roberto ^a   Vêncio, Ricardo Z N ^a   Lopes, Norberto Peporine ^a  

^a UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL PRODUCT;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; MEDICINAL PLANT; METABOLOMICS; METHODOLOGY; REVIEW;

BIOLOGICAL PRODUCTS; METABOLOMICS; MOLECULAR STRUCTURE; PLANTS, MEDICINAL; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 84900869836     PISSN: 02650568     EISSN: 14604752     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3np70086k     Document Type: Review

References (284)

1. S. Rochfort J. Nat. Prod. 2005 68 1813
2. O. Fiehn Comp. Funct. Genomics 2001 2 155
3. R. Goodacre S. Vaidyanathan W. B. Dunn G. G. Harrigan D. B. Kell Trends Biotechnol. 2004 22 245
4. J. Kopka A. Fernie W. Weckwerth Y. Gibon M. Sitt GenomeBiology 2004 5 109
5. M. Tomita, in Metabolomics: The Frontier of Systems Biology, ed., M. Tomita, and, T. Nishioka, Springer Verlag, Tokyo, 2005, ch. 1, pp. 1-6
6. R. Goodacre Metabolomics 2005 1 1
7. T. Moritz, A. I. Johansson, in Metabolomics, Metabonomics and Metabolite Profiling, ed., W. J. Griffiths, RSC Publishing, Cambridge, 2008, ch. 10, pp. 254-272
8. U. Roessner A. Luedemann D. Brust O. Fiehn T. Linke L. Willmitzer A. R. Fernie The Plant Cell 2001 13 11
9. R. Verpoorte Y. H. Choi N. R. Mustafa H. K. Kim Phytochem. Rev. 2008 7 525
10. S. G. Villas-Bôas, A. Koulman, G. A. Lane, in Metabolomics A Powerful Tool in Systems Biology, ed., J. Nielsen, M. C. Jewett, Springer-Verlag, Berlin Heidelberg, 2007, pp. 11-52
11. S. G. Oliver M. K. Winson D. B. Kell F. Baganz Trends Biotechnol. 1998 16 373
12. J. Allen H. M. Davey D. Broadhurst J. K. Heald J. J. Rowland S. G. Oliver D. B. Kell Nat. Biotechnol. 2003 21 692
13. L. M. Raamsdonk B. Teusink D. Broadhurst N. Zhang A. Hayes M. C. Walsh J. A. Berden K. M. Brindle D. B. Kell J. J. Rowland H. V. Westerhoff K. van Dam S. G. Oliver Nat. Biotechnol. 2001 19 45
14. J. C. Lindon J. K. Nicholson E. Holmes H. Antti M. E. Bollard H. Keun O. Beckonert T. M. Ebbels M. D. Reily D. Robertson G. J. Stevens P. Luke A. P. Breau G. H. Cantor R. H. Bible U. Niederhauser H. Senn G. Schlotterbeck U. G. Sidelmann S. M. Laursen A. Tymiak B. D. Car L. Lehman-McKeeman J. Colet A. Loukaci C. Thomas Toxicol. Appl. Pharmacol. 2003 187 137
15. J. K. Nicholson I. D. Wilson Nat. Rev. Drug Discovery 2003 2 668
16. J. K. Nicholson J. C. Lindon E. Holmes Xenobiotica 1999 29 1181
17. J. L. Griffin M. E. Bollard Curr. Drug Metab. 2004 5 389
18. J. C. Lindon E. Holmes J. K. Nicholson Expert Rev. Mol. Diagn. 2004 4 189
19. J. K. Nicholson J. Connelly J. C. Lindon E. Holmes Nat. Rev. Drug Discovery 2002 1 153
20. D. G. Robertson M. D. Reily J. D. Baker Expert Opin. Drug Metab. Toxicol. 2005 1 363
21. J. T. Brindle H. Antti E. Holmes G. Tranter J. K. Nicholson H. W. L. Bethell S. Clarke P. M. Schofield E. McKilligin D. E. Mosedale D. J. Grainger Nat. Med. 2002 8 1439
22. T. Kuhara, in Metabolomics: The Frontier of Systems Biology, ed., M. Tomita, T. Nishioka, Springer Verlag, Tokyo, 2005, ch. 12, pp. 167-192
23. D. S. Wishart L. M. M. Querengesser B. A. Lefebvre N. A. Epstein R. Greiner J. B. Newton Clin. Chem. 2001 47 1918
24. M. Oostendorp U. F. Engelke M. A. Willemsen R. A. Wevers Clin. Chem. 2006 52 1395
25. S. H. Moolenaar U. F. Engelke R. A. Wevers Ann. Clin. Biochem. 2003 40 16
26. D. B. Kell Drug Discovery Today 2006 11 1085
27. S. M. Watkins J. B. German Curr. Opin. Mol. Ther. 2002 4 224
28. S. M. Watkins P. R. Reifsnyder H. J. Pan J. B. German E. H. Leiter J. Lipid Res. 2002 43 1809
29. J. R. Griffiths M. Stubbs Adv. Enzyme Regul. 2003 43 67
30. S. M. Watkins J. B. German Curr. Opin. Biotechnol. 2002 13 512
31. J. Taylor R. D. King T. Altmann O. Fiehn Bioinformatics 2002 18 Suppl 2 S241
32. G. S. Catchpole M. Beckmann D. P. Enot M. Mondhe B. Zywicki J. Taylor N. Hardy A. Smith R. D. King D. B. Kell O. Fiehn J. Draper Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 14458
33. L. Rizhsky H. Liang J. Shuman V. Shualev S. Davletova R. Mittler Plant Physiol. 2004 134 1683
34. M. Brown W. B. Dunn D. I. Ellis R. Goodacre J. Handl J. D. Knowles S. O'Hagan I. Spasic D. B. Kell Metabolomics 2005 1 39
35. V. Shulaev Briefings Bioinf. 2006 7 128
36. D. S. Wishart Briefings Bioinf. 2007 8 279
37. K. Oksman-Caldentey K. Saito Curr. Opin. Biotechnol. 2005 16 174
38. R. D. Hall New Phytol. 2006 169 453
39. J. L. Wolfender S. Rudaz Y. H. Choi H. K. Kim Curr. Med. Chem. 2013 20 1056
40. W. Weckwerth, G. Kahl, The Handbook of Plant Metabolomics, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co KGaA, Weinheim, Germany, 2013
41. R. J. Bino R. D. Hall O. Fiehn J. Kopka K. Saito J. Draper B. J. Nikolau P. Mendes U. Roessner-Tunali M. H. Beale R. N. Trethewey B. M. Lange E. S. Wurtele L. W. Sumner Trends Plant Sci. 2004 9 418
42. O. Fiehn Plant Mol. Biol. 2002 48 155
43. J. M. Hagel P. J. Facchini Phytochem. Rev. 2008 7 479
44. P. Krishnan N. J. Kruger R. G. Ratcliffe J. Exp. Bot. 2005 56 255
45. R. L. Last A. D. Jones Y. Shachar-Hill Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007 8 167
46. U. Roessner, in Metabolome Analysis: An Introduction, ed., S. G. Villas-Bôas, U. Roessner, M. A. E. Hansen, J. Smedsgaard, J. Nielsen, John Wiley & Sons, New Jersey, 2007, ch. 8, pp. 215-238
47. U. Roessner L. Willmitzer A. R. Fernie Plant Cell Rep. 2002 21 189
48. K. Saito F. Matsuda Annu. Rev. Plant Biol. 2010 61 463
49. L. W. Sumner P. Mendes R. A. Dixon Phytochemistry 2003 62 817
50. R. Verpoorte Y. H. Choi H. K. Kim Phytochem. Rev. 2007 6 3
51. H. K. Kim Y. H. Choi R. Verpoorte Trends Biotechnol. 2011 29 267
52. D. Ryan K. Robards Anal. Chem. 2006 78 7954
53. S. Moco B. Schneider J. Vervoort J. Proteome Res. 2009 8 1694
54. Y. Li B. Shrestha A. Vertes Anal. Chem. 2008 80 407
55. D. Miura Y. Fujimura H. Tachibana H. Wariishi Anal. Chem. 2010 82 498
56. K. Dettmer P. A. Aronov B. D. Hammock Mass Spectrom. Rev. 2007 26 51
57. M. Oldiges S. Lütz S. Pflug K. Schroer N. Stein C. Wiendahl Appl. Microbiol. Biotechnol. 2007 76 495
58. S. G. Villas-Bôas S. Mas M. Åkesson J. Smedsgaard J. Nielsen Mass Spectrom. Rev. 2005 24 613
59. J. Nielsen, M. C. Jewett, in Metabolomics A Powerful Tool in Systems Biology, ed., J. Nielsen, M.C. Jewett, Springer-Verlag, Heidelberg, 2007, pp. 1-10
60. M. R. Viant, C. Ludwig, U. L. Günther, in Metabolomics, Metabonomics and Metabolite Profiling, ed., W.J. Griffiths, RSC Publishing, Cambridge, 2008, ch. 2, pp. 44-70
61. K. Dettmer B. D. Hammock Environ Health Perspect. 2004 112 A396
62. K. Hollywood D. R. Brison R. Goodacre Proteomics 2006 6 4716
63. C. W. W. Beecher, in Metabolic Profiling: Its Role in Biomarker Discovery and Gene Function Analysis, ed., G. G. Harrigan, R. Goodacre, Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, 2003, ch. 17, pp. 311-319
64. H. Jenkins N. Hardy M. Beckmann J. Draper A. R. Smith J. Taylor O. Fiehn R. Goodacre R. J. Bino R. Hall J. Kopka G. A. Lane B. M. Lange J. R. Liu P. Mendes B. J. Nikolau S. G. Oliver N. W. Paton S. Rhee U. Roessner-Tunali K. Saito J. Smedsgaard L. W. Sumner T. Wang S. Walsh E. S. Wurtele D. B. Kell Nat. Biotechnol. 2004 22 1601
65. R. N. Bennett R. M. Wallsgrove New Phytol. 1994 127 617
66. M. Wink Phytochemistry 2003 64 3
67. L. Gobbo-Neto N. P. Lopes Quim. Nova 2007 30 374
68. U. Roessner, F. Pettolino, in Metabolomics A Powerful Tool in Systems Biology, ed., J. Nielsen, M.C. Jewett, Springer-Verlag, Berlin Heidelberg, 2007, pp. 253-278
69. K. R. Markham G. J. Tanner M. Caasi-Lit M. I. Whitecross M. Nayudu K. A. Mitchell Phytochemistry 1998 49 1913
70. M. Kusano T. Tohge A. Fukushima M. Kobayashi N. Hayashi H. Otsuki Y. Kondou H. Goto M. Kawashima F. Matsuda R. Niida M. Matsui K. Saito A. R. Fernie Plant J. 2011 67 354
71. K. Hirata M. Asada E. Yatani K. Miyamoto Y. Miura Planta Med. 1993 59 46
72. H. K. Kim R. Verpoorte Phytochem. Anal. 2010 21 4
73. E. Urbanczyk C. Baxter A. Kolbe J. Kopka L. J. Sweetlove A. R. Fernie Planta 2005 221 891
74. M. G. V. Silva A. A. Craveiro F. J. A. Matos M. I. L. Machado J. W. Alencar Fitoterapia 1999 70 32
75. K. Itenov P. Mølgaard U. Nyman Phytochemistry 1999 52 1229
76. J. W. Fairbairn P. N. Suwal Phytochemistry 1961 1 38
77. M. Veit W. Bilger T. Mühlbauer W. Brummet K. Winter J. Plant Physiol. 1996 148 478
78. D. A. Herms W. J. Mattson Q. Rev. Biol. 1992 67 283
79. D. R. Crankshaw J. H. Langenheim Biochem. Syst. Ecol. 1981 9 115
80. K. A. Leiss Y. H. Choi I. B. Abdel-Farid R. Verpoorte P. G. L. Klinkhamer J. Chem. Ecol. 2009 35 219
81. T. J. Schmidt U. Bomme A. W. Alfermann Planta Med. 1998 64 268
82. U. Roessner C. Wagner J. Kopka R. N. Trethewey L. Willmitzer Plant J. 2000 23 131
83. M. A. Farag M. G. F. Eldin H. Kassema M. A. Fetouh Phytochem. Anal. 2013 24 277
84. R. Shroff F. Vergara A. Muck A. Svatos J. Gershenzon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 6196
85. B. Li S. H. Hansen C. Janfelt Int. J. Mass Spectrom. 2013 348 15
86. N. Harbourne E. Marete J. C. Jacquier D. O'Riordan LWT-Food Sci. Technol. 2009 42 1468
87. J. L. Schmitke C. R. Wescott A. M. Klibanov J. Am. Chem. Soc. 1996 118 3360
88. A. Oikawa K. Saito Plant J. 2012 70 30
89. H. Y. Zhou C. Z. Liu J. Chromatogr. A 2006 1129 135
90. M. Schad R. Mungur O. Fiehn J. Kehr Plant Methods 2005 1 2
91. T. Nelson N. Gandotra S. L. Tausta Curr. Opin. Plant Biol. 2008 11 567
92. E. Abbott D. Hall B. Hamberger J. Bohlmann BMC Plant Biol. 2010 10 106
93. B. Ebert D. Zöller A. Erban I. Fehrle J. Hartmann A. Niehl J. Kopka J. Fishan J. Exp. Bot. 2010 61 1321
94. D. Hölscher R. Shroff K. Knop M. Gottschaldt A. Crecelius B. Schneider D. G. Heckel U. S. Schubert A. Svatos Plant J. 2009 60 907
95. B. St-Pierre F. A. Vazquez-Flota V. De Luca Plant Cell 1999 11 887
96. K. Morgenthal, S. Wienkoop, F. Wolschin, W. Weckwerth, in Methods in Molecular Biology, vol. 358: Metabolomics: Methods and Protocols, ed., W. Weckwerth, Totowa, 2007, ch. 4, pp. 57-75
97. E. A. Schmelz J. Engelberth J. H. Tumlinson A. Block H. T. Alborn Plant J. 2004 39 790
98. C. Deng N. Liu M. Gao X. Zhang J. Chromatogr. A 2007 1153 90
99. F. Maltese F. van der Kooy R. Verpoorte Nat. Prod. Commun. 2009 4 447
100. N. D. Yuliana M. Jahangir R. Verpoorte H. Y. Choi Phytochem. Rev. 2013 12 293
101. N. D. Yuliana A. Khatib R. Verpoorte Y. H. Choi Anal. Chem. 2011 83 6902
102. E. Martino I. Ramaiola M. Urbano F. Bracco S. Collina J. Chromatogr. A 2006 1125 147
103. A. Mustafa C. Turner Anal. Chim. Acta 2011 703 8
104. M. H. Lee C. C. Lin Food Chem. 2007 105 223
105. Y. Liu T. Chen Y. Qiu Y. Cheng Y. Cao A. Zhao W. Jia Anal. Bioanal. Chem. 2011 400 1405
106. H. K. Kim Y. H. Choi T. J. C. Luijedijk R. A. V. Rocha R. Verpoorte Phytochem. Anal. 2004 15 257
107. V. Mandal Y. Mohan S. Hemalatha Pharmacog. Rev. 2007 1 7
108. M. Vinatoru Ultrason. Sonochem. 2001 8 303
109. J. Gullberg P. Jonsson A. Nordström M. Sjöström T. Moritz Anal. Biochem. 2004 331 283
110. J. W. Allwood R. Goodacre Phytochem. Anal. 2010 21 33
111. G. Romanik E. Gilgenast A. Przyjazny M. Kamiński J. Biochem. Biophys. Methods 2007 70 253
112. B. Kleidus D. Vitamvásová V. Kubá&ncaron J. Chromatogr. A 1999 839 261
113. C. W. Huie Anal. Bioanal. Chem. 2002 373 23
114. K. Hoyerová A. Gaudinová J. Malbeck P. I. Dobrev T. Kocábek B. Šolcová A. Trávníč ková M. Kamínek Phytochemistry 2006 67 1151
115. M. C. Hennion J. Chromatogr. A 1999 856 3
116. A. Zwir-Ferenc M. Biziuk Polish. J. of Environ. Stud. 2006 15 677
117. K. Glowniak G. Zgórka M. Kozyra J. Chromatogr. A 1996 730 25
118. M. Stobiecki P. Wojtaszek K. Gulewicz Phytochem. Anal. 1997 8 153
119. D. Vuckovic Anal. Bioanal. Chem. 2012 403 1523
120. M. Fraccaroli S. Nicoletti F. Maltese Y. H. Choi F. Guzzo M. Levi R. Verpoorte Biotechnol. Lett. 2008 30 2031
121. R. Nakabayashi K. Saito Anal. Bioanal. Chem. 2013 405 5005
122. R. J. Luján F. P. Capote M. D. L. Castro Phytochem. Anal. 2009 20 221
123. A. Khatib E. G. Wilson H. K. Kim A. W. M. Lefeber C. Erkelens Y. H. Choi R. Verpoorte Anal. Chim. Acta 2006 559 264
124. G. Karasová J. Lehotay J. Sádecká I. Skacáni M. Lachová J. Sep. Sci. 2005 28 2468
125. J. Fenn Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 3871
126. P. Jayaweera A. T. Blades M. G. Ikonomou P. Kebarle J. Am. Chem. Soc. 1990 112 2452
127. M. G. Ikonomou A. T. Blades P. Kebarle Anal. Chem. 1991 63 1989
128. A. E. M. Crotti R. L. Vessecchi J. L. C. Lopes N. P. Lopes Quim. Nova 2006 29 287
129. P. Kebarle, U. H. Verkerk, in Electrospray and MALDI Mass Spectrometry, ed., R. B. Cole, John Wiley & Sons, 2nd edn, 2010, ch. 1, pp. 3-48
130. J. B. Fenn Int. J. Mass Spectrom. 2000 200 459
131. M. Yamashita J. B. Fenn J. Phys. Chem. 1984 88 4451
132. N. P. Lopes C. B. W. Stark P. J. Gates J. Staunton Analyst 2002 127 503
133. N. P. Lopes C. B. W. Stark H. Hong P. J. Gates J. Staunton Analyst 2001 126 1630
134. N. P. Lopes P. J. Gates J. P. G. Wilkins J. Staunton Analyst 2002 127 1224
135. N. P. Lopes F. A. A. Paz P. J. Gates Rev. Bras. Cienc. Farm. 2006 42 363
136. F. A. Dorr J. C. Tomaz N. P. Lopes E. Pinto Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008 22 2015
137. H. G. J. Mol R. C. J. van Dam P. Zomer P. P. J. Mulder Food Addit. Contam., Part A 2011 28 1405
138. G. J. van Berkel F. Zhou Anal. Chem. 1995 67 2916
139. G. J. van Berkel G. E. Giles J. S. Bullock L. J. Gray Anal. Chem. 1999 71 5288
140. R. Vessecchi A. E. M. Crotti T. Guaratini P. Colepicolo S. E. Galembeck N. P. Lopes Mini-Rev. Org. Chem. 2007 4 75
141. T. Guaratini R. L. Vessecchi F. C. Lavarda P. M. B. G. Maia Campos Z. Naal P. J. Gates N. P. Lopes Analyst 2004 129 1223
142. T. Guaratini R. Vessecchi E. Pinto P. Colepicolo N. P. Lopes J. Mass Spectrom. 2005 40 963
143. T. Guaratini P. J. Gates K. H. M. Cardozo P. M. B. G. M. Campos P. Colepicolo N. P. Lopes Eur. J. Mass Spectrom. 2006 12 71
144. T. Guaratini P. J. Gates E. Pinto P. Colepicolo N. P. Lopes Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007 21 3842
145. R. L. Vessecchi S. E. Galembeck N. P. Lopes P. G. B. D. Nascimento A. E. M. Crotti Quim. Nova 2008 31 840
146. R. Vessecchi Z. Naal J. N. C. Lopes S. E. Galembeck N. P. Lopes J. Phys. Chem. A 2011 115 5453
147. R. Vessecchi J. N. C. Lopes N. P. Lopes S. E. Galembeck J. Phys. Chem. A 2011 115 12780
148. R. Vessecchi F. S. Emery S. E. Galembeck N. P. Lopes Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010 24 2101
149. M. Karas D. Bachmann F. Hillenkamp Anal. Chem. 1985 57 2935
150. M. Karas D. Bachmann U. Bahr F. Hillenkamp Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1987 78 53
151. R. C. Beavis B. T. Chait Rapid Commun. Mass Spectrom. 1989 3 432
152. R. C. Beavis T. Chaudhary B. T. Chait Org. Mass Spectrom. 1992 27 156
153. M. Karas H. Ehring E. Nordhoff B. Stahl K. Strupat F. Hillenkamp M. Grehl B. Krebs Org. Mass Spectrom. 1993 28 1476
154. K. Tanaka H. Waki Y. Ido S. Akita Y. Yoshida T. Yoshida T. Matsuo Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988 2 151
155. K. Tanaka Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 3861
156. M. Karas U. Bahr U. Giessmann Mass Spectrom. Rev. 1991 10 335
157. R. C. Beavis Org. Mass Spectrom. 1992 27 653
158. U. Bahr M. Karas F. Hillenkamp Fresenius' J. Anal. Chem. 1994 348 783
159. D. P. Pavarini D. B. Silva C. A. Carollo A. P. F. Portella S. R. Latansio-Aidar P. O. Cavalin V. C. Oliveira B. H. P. Rosado M. P. M. Aidar V. S. Bolzani N. P. Lopes C. A. Joly J. Mass Spectrom. 2012 47 1482
160. A. Tholey E. Heinzle Anal. Bioanal. Chem. 2006 386 24
161. M. Lu Y. Lai G. Chen Z. Cai Anal. Chem. 2011 83 3161
162. J. A. Liu L. Xiong S. Zhang J. C. Wei S. X. Xiong Metabolomics 2012 2 S1
163. L. H. Cohen A. I. Gusev Anal. Bioanal. Chem. 2002 373 571
164. R. Knochenmuss, in Electrospray and MALDI Mass Spectrometry, ed., R. B. Cole, John Wiley & Sons, 2nd edn, 2010, ch. 5, pp. 149-183
165. A. A. Parent T. M. Anderson D. J. Michaelis G. L. Jiang P. B. Savage M. R. Linford Appl. Surf. Sci. 2006 252 6746
166. A. Orinak R. Orinakova H. F. Arlinghaus G. Vering S. Hellweg Surf. Interface Anal. 2006 38 599
167. T. Knubovets L. Song E. Golenko Y. Wang A. Mikulskis V. Panchagnulu P. Jackson E. Scrivener W. F. Patton Mol. Cell Proteomics 2006 5 S91
168. K. Nakamura Y. Suzuki N. Goto-Inoue C. Yoshida-Noro A. Suzuki Anal. Chem. 2006 78 5736
169. Y. L. Yang Y. Xu P. Straight P. C. Dorrstein Nat. Chem. Biol. 2009 5 885
170. M. L. Reyzer R. M. Caprioli J. Proteome Res. 2005 4 1138
171. Y. J. Lee D. C. Perdian Z. H. Song E. S. Yeung B. J. Nikolau Plant J. 2012 70 81
172. Y. Li B. Shrestha A. Vertes Anal. Chem. 2007 79 523
173. P. D. Fraser E. M. A. Enfissi M. Goodfellow T. Eguchi P. M. Bramley Plant J. 2007 49 552
174. L. C. Keles N. I. de Melo G. P. Aguiar K. A. L. Wakabayashi C. E. de Caravalho W. R. Cunha A. E. M. Crotti J. L. C. Lopes N. P. Lopes Quim. Nova 2010 33 2245
175. S. A. McLuckey J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992 3 599
176. M. Baker W. Garbyelski Int. J. Mass Spectrom. 2007 262 128
177. R. H. Perry R. G. Cooks R. J. Noll Mass Spectrom. Rev. 2008 27 661
178. A. E. M. Crotti J. L. C. Lopes N. P. Lopes J. Mass Spectrom. 2005 40 1030
179. H. I. Kentamaa R. G. Cooks J. Am. Chem. Soc. 1985 107 1881
180. A. E. M. Crotti E. S. Bronze-Uhle P. G. B. D. Nascimento P. M. Donate S. E. Galembeck R. Vessecchi N. P. Lopes J. Mass Spectrom. 2009 44 1733
181. R. J. Vessecchi C. A. Carollo J. N. C. Lopes A. E. M. Crotti N. P. Lopes S. E. Galembeck J. Mass Spectrom. 2009 44 1224
182. L. R. Sartori R. Vessecchi H. Humpf F. B. Da Costa N. P. Lopes Rapid Commun. Mass Spectrom. 2014 28 723
183. L. Gobbo-Neto P. J. Gates N. P. Lopes Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008 22 3802
184. T. Soga, in Methods in Molecular Biology, vol. 358: Metabolomics: Methods and Protocols, ed., W. Weckwerth, Totowa, 2007, ch. 8, pp. 129-137
185. K. Yan J. Brumbaugh J. Barrett S. Jung S. Hu Current Metabolomics 2013 1 121
186. R. Ramautar O. A. Mayboroda G. W. Somsen G. J. De Jong Electrophoresis 2011 32 52
187. J. W. Allwood A. Erban S. Koning S. K. B. Dunn A. Luedemann A. Lommen L. Kay R. Löscher J. Kopka R. Goodacre Metabolomics 2009 5 479
188. C. Bicchi C. Brunelli C. Cordero P. Rubiolo M. Galli A. Sironi J. Chromatogr. A 2004 1024 195
189. M. F. Almstetter P. J. Oefner K. Dettmer Anal. Bioanal. Chem. 2012 402 1993
190. M. Rigobello-Masini J. C. P. Penteado J. C. Masini Anal. Bioanal. Chem. 2013 405 2107
191. N. L. Kuehnbaum P. Britz-McKibbin Chem. Rev. 2013 113 2437
192. V. V. Tolstikov A. Lommen K. Nakanishi N. Tanaka O. Fiehn Anal. Chem. 2003 75 6737
193. X. Wang H. Sun A. Zhang P. Wang Y. Han J. Sep. Sci. 2011 34 3451
194. K. Spagou H. Tsoukali N. Raikos H. Gika I. D. Wilson G. Theodoridis J. Sep. Sci. 2010 33 716
195. M. E. Bier, in Electrospray and MALDI Mass Spectrometry, ed., R. B. Cole, John Wiley & Sons, 2nd edn, 2010, ch. 9, pp. 265-344
196. Y. Sawada K. Akiyama A. Sakata A. Kuwahara H. Otsuki T. Sakurai K. Saito M. Y. Hirai Plant Cell Physiol. 2009 50 37
197. A. R. S Ross S. J. Ambrose A. J. Cutler J. A. Feurtado A. R. Kermode K. Nelson R. Zhou S. R. Abrams Anal. Biochem. 2004 329 324
198. T. Kind O. Fiehn Bioanal. Rev. 2010 2 23
199. J. Kang L. A. Hick W. E. Price Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007 21 857
200. L. Mattoli F. Cangi A. Maidecchi C. Ghiara E. Ragazzi M. Tubaro L. Stella F. Tisato P. Traldi J. Mass Spectrom. 2006 41 1534
201. A. Koulman B. A. Tapper K. Fraser M. Cao G. A. Lane S. Rasmussen Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007 21 421
202. S. C. Brown G. Kruppa J. L. Dasseux Mass Spectrom. Rev. 2005 24 223
203. A. Aharoni R. C. H. De Vos H. A. Verhoeven C. A. Maliepaard G. Kruppa R. Bino D. B. Goodenowe OMICS 6 217
204. G. Madalinski E. Godat S. Alves D. Lesage E. Genin P. Levi J. Labarre J. C. Tabet E. Ezan C. Junot Anal. Chem. 2008 80 3291
205. W. B. Dunn D. Broadhurst M. Brown P. N. Baker C. W. G. Redman L. C. Kenny D. B. Kell J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2008 871 288
206. Y. Xu J. F. Heilier G. Madalinski E. Genin E. Ezan J. C. Tabet C. Junot Anal. Chem. 2010 82 5490
207. M. Guilhaus V. Mlynski D. Selby Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997 11 951
208. T. J. Cornish R. J. Cotter Anal. Chem. 1993 65 1043
209. F. W. McLafferty Science 1981 214 280
210. B. Mehrotra, P. Mendes, in Biotechnology in Agriculture and Forestry 57: Plant Metabolomics, ed., K. Saito, R.A. Dixon, L. Willmitzer, Springer Verlag, Berlin Heidelberg, 2006, section 2, ch. 1, pp. 105-115
211. J. Trygg E. Holmes T. Lundstedt J. Proteome Res. 2007 6 469
212. D. L. Massart, B. G. M. Vandeginste, S. N. Deming, Y. Michotte, L. Kaufmann. Chemometrics: A Textbook. Elsevier, Amsterdam, 1988
213. A. Varnek I. I. Baskin Mol. Inf. 2011 30 20
214. S. Wold M. Sjöström Chemometrics, present and future success Chemom. Intell. Lab. Syst. 1998 44 3
215. S. Wold Chemom. Intell. Lab. Syst. 1995 30 109
216. J. Gasteiger Anal. Bioanal. Chem. 2006 384 57
217. P. Hogeweg PLoS Comput. Biol. 2011 7 1
218. J. Trygg, J. Gullberg, A. I. Johansson, P. Jonsson, T. Moritz, in Biotechnology in Agriculture and Forestry 57: Plant Metabolomics, ed., K. Saito, R.A. Dixon, L. Willmitzer, Springer Verlag, Berlin Heidelberg, 2006, section 2, ch. 2, pp. 117-128
219. R. Steuer, K. Morgenthal, W. Weckwerth, J. Selbig, in Methods in Molecular Biology, vol. 358: Metabolomics: Methods and Protocols, ed., W. Weckwerth, Totowa, 2007, ch. 7, pp. 105-126
220. L. W. Sumner E. Urbanczyk-Wochniak C. D. Broeckling Methods Mol. Biol. 2007 406 409
221. A. K. Smilde J. A. Westerhuis H. C. J. Hoefsloot S. Bijlsma C. M. Rubingh D. J. Vis R. H. Jellema H. Pijl F. Roelfsema J. van der Greef Metabolomics 2010 6 3
222. M. A. E. Hansen, in Metabolome Analysis: An Introduction, ed., S. G. Villas-Boâs, U. Roessner, M. A. E. Hansen, J. Smedsgaard, J. Nielsen, John Wiley & Sons, New Jersey, 2007, ch. 5, pp. 146-187
223. C. A. Smith E. J. Want G. O'Maille R. Abagyan G. Siuzdak Anal. Chem. 2006 78 779
224. S. Castillo P. Gopalacharyulu L. Yetukuri M. OreŠi&ccaron Chemom. Intell. Lab. Syst. 2011 108 23
225. R. A. van den Berg H. CJ Hoefsloot J. A. Westerhuis A. K. Smilde M. J. van der Werf BMC Genomics 2006 7 142
226. P. G. A. Pedrioli J. K. Eng R. Hubley M. Vogelzang E. W. Deutsch B. Raught B. Pratt E. Nilsson R. H. Angeletti R. Apweiler K. Cheung C. E. Costello H. Hermjakob S. Huang R. K. Julian, Jr E. Kapp M. E. McComb S. G. Oliver G. Omenn N. W. Paton R. Simpson R. Smith C. F. Taylor W. Zhu R. Aebersold Nat. Biotechnol. 2004 22 1459
227. M. Katajamaa M. OreŠič J. Chromatogr. A 2007 1158 318
228. M. C. Chambers B. Maclean R. Burke D. Amodei D. L. Rudermann S. Neumann L. Gatto B. Fischer B. Pratt J. Egertson K. Hoff D. Kessner N. Tasman N. Shulman B. Frewen T. A. Baker M. Y. Brusniak C. Paulse D. Creasy L. Flashner K. Kani C. Moulding S. L. Seymour L. M. Nuwaysir B. Lefebvre F. Kuhlmann J. Roark P. Rainer S. Detlev T. Hemenway A. Huhmer J. Langridge B. Connolly T. Chadick K. Holly J. Eckels E. W. Deutsch R. L. Moritz J. E. Katz D. B. Agus M. MacCoss D. L. Tabb P. Mallick Nat. Biotechnol. 2012 30 918
229. J. Kopka N. Schauer S. Krueger C. Birkemeyer B. Usadel E. Bergmüller P. Dörmann W. Weckwerth Y. Gibon M. Stitt L. Willmitzer A. R. Fernie D. Steinhauser Bioinformatics 2005 21 1635
230. A. Luedemann K. Strassburg A. Erban J. Kopka Bioinformatics 2008 24 732
231. A. Cuadros-Inostroza C. Caldana H. Redestig M. Kusano J. Lisec H. Peña-Cortés L. Willmitzer M. A. Hannah Bioinformatics 2009 10 428
232. R. Tautenhahn G. J. Patti D. Rinehart G. E. Siuzdak Anal. Chem. 2012 84 5035
233. T. Pluskal S. Castillo A. Villar-Briones M. OreŠič BMC Bioinformatics 2010 11 395
234. X. Wei W. Song X. Shi I. Koo B. Wang J. Zhang X. Yin Y. Tang B. Bogdanov S. Kim Z. Zhou C. McClain X. Zhang Anal. Chem. 2011 83 7668
235. S. Gibb K. Strimmer Bioinformatics 2012 28 2270
236. J. Hummel, N. Strehmel, C. Bölling, S. Schmidt, D. Walther, J. Kopka in The Handbook of Plant Metabolomics, ed., W. Weckwerth, G. Kahl, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co KGaA, Weinheim, Germany, 2013, ch. 18, pp. 321-343
237. G. J. Patti R. Tautenhahn G. Siuzdak Nat. Protoc. 2012 7 508
238. N. Strehmel J. Hummel A. Erban K. Strassburg J. Kopka J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2008 871 182
239. R. Kaliszan Chem. Rev. 2007 107 3212
240. A. Jankevics M. E. Merlo M. de Vries R. J. Vonk E. Takano R. Breitling Metabolomics 2012 8 29
241. C. Kuhl R. Tautenhahn C. Bottcher T. R. Larson S. Neumann Anal. Chem. 2012 84 283
242. R. A. Scheltema A. Jankevics R. C. Jansen M. A. Schwertz R. Breitling Anal. Chem. 2012 83 2786
243. T. Pluskal T. Uehara M. Yanagida Anal. Chem. 2012 84 4396
244. D. J. Creek A. Jankevics K. E. V. Burgess R. Breitling M. P. Barrett Bioinformatics 2012 28 1048
245. S. Neumann, F. Rasche, S. Wolf, S. Böcker in The Handbook of Plant Metabolomics, ed., W. Weckwerth, G. Kahl, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co KGaA, Weinheim, Germany, 2013, ch. 16, pp. 289-303
246. I. Thiele B. Ø. Palsson Nat. Protoc. 2010 5 93
247. T. Y. Kim S. B. Sohn Y. B. Kim W. J. Kim S. Y. Lee Curr. Opin. Biotechnol. 2012 23 617
248. Y. Wang J. A. Eddy N. D. Price BMC Syst. Biol. 2012 6 153
249. C. G. de O. Dal'Molin L. E. Quek R. W. Palfreyman S. M. Brumbley L. K. Nielsen Plant Physiol. 2010 154 1871
250. C. G. de O. Dal'Molin L. K. Nielsen Curr. Opin. Biotechnol. 2013 24 271
251. G. Plata T. Fuhrer T. L. Hsiao U. Sauer D. Vitkup Nat. Chem. Biol. 2012 8 848
252. J. D. Orth I. Thiele B. Ø. Palsson Nat. Biotechnol. 2010 28 245
253. N. J. Kruger R. G. Ratcliffe Biochimie 2009 91 697
254. J. Schwender Front. Plant Sci. 2011 2 63
255. J. Hay J. Schwender Plant J. 2011 67 513
256. I. Nobeli J. M. Thornton BioEssays 2006 28 534
257. N. Psychogios D. D. Hau J. Peng A. C. Guo R. Mandal S. Bouatra I. Sinelnikov R. Krishnamurthy R. Eisner B. Gautam N. Young J. Xia C. Knox E. Dong P. Huang Z. Hollander T. L. Pedersen S. R. Smith F. Bamforth R. Greiner B. McManus J. W. Newman T. Goodfriend D. S. Wishart PLoS One 2011 16 e16957
258. P. Bais S. M. Moon K. He R. Leitao K. Dreher T. Walk Y. Sucaet L. Barkan G. Wohlgemuth M. R. Roth E. S. Wurtele P. Dixon O. Fiehn B. M. Lange V. Shualev L. W. Sumner R. Welti B. J. Nikolau S. Y. Rhee J. A. Dickerson Plant Physiol. 2010 152 1807
259. A. R. Fernie M. Stitt Plant Physiol. 2012 158 1139
260. C. Steinbeck P. Conesa K. Haug T. Mahendraker M. Williams E. Maguire P. Rocca-Serra S. A. Sansone R. M. Salek J. L. Griffin Metabolomics 2012 8 757
261. O. Fiehn D. Robertson J. Griffin M. Werf B. Nikolau N. Morrison L. W. Sumner R. Goodacre N. W. Hardy C. Taylor J. Fostel B. Kristal R. Kaddurah-Daouk P. Mendes B. Van Ommen J. C. Lindon S. A. Sansone Metabolomics 2007 3 175
262. R. Steuer Briefings Bioinf. 2006 7 151
263. R. Breitling S. Ritchie D. Goodenowe M. L. Stewart M. P. Barrett Metabolomics 2006 2 155
264. F. Jourdan R. Breitling M. P. Barrett D. Gilbert Bioinformatics 2008 24 143
265. E. Gaquerel C. Kuhl S. Neumann Metabolomics 2013 9 904
266. R. J. M. Weber M. R. Viant Chemom. Intell. Lab. Syst. 2010 104 75
267. J. Watrous P. Roach T. Alexandrov B. S. Heath J. Y. Yang R. D. Kersten M. Van der Voort K. Pogliano H. Gross J. M. Raaijmakers B. S. Moore J. Laskin N. Bandeira P. C. Dorrestein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 E1743
268. D. K. Barupal P. K. Haldiya G. Wolgemuth T. Kind S. L. Kothari K. E. Pinkerton O. Fiehn BMC Bioinformatics 2012 13 99
269. S. Wolf S. Schmidt M. Müller-Hannemann S. Neumann BMC Bioinformatics 2010 11 148
270. M. M. W. B. Hendriks F. A. Van Eeuwijk R. H. Jellema J. A. Westerhuis T. H. Reijmers H. C. J. Hoefsloot A. K. Smilde TrAC, Trends Anal. Chem. 2011 30 1685
271. P. Shannon A. Markiel O. Ozier N. S. Baliga J. T. Wang D. Ramage N. Amin B. Schwikowski T. Ideker Genome Res. 2003 13 2498
272. S. Lotia J. Montojo Y. Dong G. D. Bader A. R. Pico Bioinformatics 2013 29 1350
273. F. Jourdan L. Cottret L. Huc D. Wildridge R. Scheltema A. Hillenweck M. P. Barrett D. Zalko D. G. Watson L. Debrauwer Metabolomics 2010 6 312
274. A. Morgat E. Coissac E. Coudert K. B. Axelsen G. Keller A. Bairoch A. Bridge L. Bougueleret I. Xenarios A. Viari Nucleic Acids Res. 2012 40 D761
275. R. Caspi T. Altman K. Dreher C. A. Fulcher P. Subhraveti I. M. Keseler A. Kothari M. Krummenacker M. Latendresse L. A. Mueller Q. Ong S. Paley A. Pujar A. G. Shearer M. Travers D. Weerasinghe P. Zhang P. D. Karp Nucleic Acids Res. 2011 40 D742
276. L. Cottret D. Wildridge F. Vinson M. P. Barrett H. Charles M. F. Sagot F. Jourdan Nucleic Acids Res. 2010 38 W132
277. W. B. Dunn A. Erban R. J. M. Weber D. J. Creek M. Brown R. Breitling T. Hankemeier R. Goodacre S. Neumann J. Kopka M. R. Viant Metabolomics 2012 9 44
278. R. R. Silva F. Jourdan D. M. Salvanha F. Letisse E. L. Jamin S. Guidetti-Gonzalez C. A. Labate R. Z. N. Vêncio Bioinformatics 2014 10.1093/bioinformatics/btu019
279. S. Veretnik J. L. Fink P. E. Bourne PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000136
280. C. F. Quo C. Kaddi J. H. Phan A. Zollanvari M. Xu M. D. Wang G. Alterovitz Briefings Bioinf. 2012 13 430
281. J. R. Karr J. C. Sanghvi D. N. Macklin M. V. Gutschow J. M. Jacobs B. Bolival N. Assad-Garcia J. I. Glass M. W. Covert Cell 2012 150 389
282. X. Sun W. Weckwerth Metabolomics 2012 8 S81
283. H. Doerfler D. Lyon T. Nägele X. Sun L. Fragner F. Hadacek V. Egelhofer W. Weckwerth Metabolomics 2013 9 564
284. A. R. Fernie M. Stitt Plant Physiol. 2012 158 113 Nível Superior