메뉴 건너뛰기




Volumn 74, Issue 13, 2009, Pages 1586-1607

Dynamic proteomics in modeling of the living cell. Protein-protein interactions

Author keywords

Dynamic proteomics; Fundamental medicine; Interactomes; Modeling of living cells; Molecular dynamics; Protein interaction networks; Structural and functional mapping of proteins; Systems biology

Indexed keywords

CELLS; COMPUTATIONAL CHEMISTRY; CYTOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEOMICS;

EID: 74849104439     PISSN: 00062979     EISSN: 16083040     Source Type: Journal    
DOI: 10.1134/S0006297909130112     Document Type: Review
Times cited : (41)

References (230)
  • 1
    • 34249871616 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2sXmtlWitb4%3D 17555749
    • M. J. Betts R. B. Russell 2007 FEBS Lett. 581 2870 2876 1:CAS:528:DC%2BD2sXmtlWitb4%3D 17555749
    • (2007) FEBS Lett. , vol.581 , pp. 2870-2876
    • Betts, M.J.1    Russell, R.B.2
  • 2
    • 16644400767 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2cXptVOnuro%3D 15383212
    • C. Priami P. Quaglia 2004 Brief. Bioinform. 5 259 269 1:CAS:528:DC%2BD2cXptVOnuro%3D 15383212
    • (2004) Brief. Bioinform. , vol.5 , pp. 259-269
    • Priami, C.1    Quaglia, P.2
  • 4
    • 19344372443 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2MXkslels7s%3D 15907463
    • E. T. Liu 2005 Cell 121 505 506 1:CAS:528:DC%2BD2MXkslels7s%3D 15907463
    • (2005) Cell , vol.121 , pp. 505-506
    • Liu, E.T.1
  • 5
    • 18044365052 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2MXjs1Knt70%3D 15854815
    • A. Friboulet D. Thomas 2005 Biosens. Bioelectron. 20 2404 2407 1:CAS:528:DC%2BD2MXjs1Knt70%3D 15854815
    • (2005) Biosens. Bioelectron. , vol.20 , pp. 2404-2407
    • Friboulet, A.1    Thomas, D.2
  • 7
    • 14644425712 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2cXjtlKmurc%3D 15054221
    • L. You 2004 Cell Biochem. Biophys. 40 167 184 1:CAS:528: DC%2BD2cXjtlKmurc%3D 15054221
    • (2004) Cell Biochem. Biophys. , vol.40 , pp. 167-184
    • You, L.1
  • 8
    • 36049044199 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2sXht1Oru7zM 17989686
    • J. Fisher T. A. Henzinger 2007 Nat. Biotechnol. 25 1239 1249 1:CAS:528:DC%2BD2sXht1Oru7zM 17989686
    • (2007) Nat. Biotechnol. , vol.25 , pp. 1239-1249
    • Fisher, J.1    Henzinger, T.A.2
  • 11
    • 1342301890 scopus 로고    scopus 로고
    • Stochastic dynamics of reacting biomolecules
    • (Ebeling, W., et al., eds.)
    • Shaitan, K. V. (2003) in Stochastic Dynamics of Reacting Biomolecules (Ebeling, W., et al., eds.) World Scientific, pp. 283-308.
    • (2003) World Scientific , pp. 283-308
    • Shaitan, K.V.1
  • 12
    • 34547143781 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2sXnslGku7s%3D 17639129
    • R. Milo 2007 Mol. Biosyst. 3 542 546 1:CAS:528:DC%2BD2sXnslGku7s%3D 17639129
    • (2007) Mol. Biosyst. , vol.3 , pp. 542-546
    • Milo, R.1
  • 14
    • 0033573478 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD3cXitVeqtrg%3D 10934533
    • B. J. Mayer 1999 Mol. Biotechnol. 13 201 213 1:CAS:528: DC%2BD3cXitVeqtrg%3D 10934533
    • (1999) Mol. Biotechnol. , vol.13 , pp. 201-213
    • Mayer, B.J.1
  • 31
    • 34548446793 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2sXhtVels7bJ 17639601
    • M. Zhou T. D. Veestra 2007 Proteomics 7 2688 2697 1:CAS:528: DC%2BD2sXhtVels7bJ 17639601
    • (2007) Proteomics , vol.7 , pp. 2688-2697
    • Zhou, M.1    Veestra, T.D.2
  • 32
    • 33645813378 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD28XjtlOjs7w%3D 16614208
    • B. Domon R. Aebersold 2006 Science 312 212 217 1:CAS:528: DC%2BD28XjtlOjs7w%3D 16614208
    • (2006) Science , vol.312 , pp. 212-217
    • Domon, B.1    Aebersold, R.2
  • 34
    • 0024406857 scopus 로고
    • 1:CAS:528:DyaL1MXltlShsL8%3D 2547163
    • S. Fields O. Song 1989 Nature 340 245 246 1:CAS:528:DyaL1MXltlShsL8%3D 2547163
    • (1989) Nature , vol.340 , pp. 245-246
    • Fields, S.1    Song, O.2
  • 41
    • 43249103655 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD1cXltlWqsrg%3D
    • M. Zhou T. D. Veestra 2008 Biotechiques 44 667 670 1:CAS:528: DC%2BD1cXltlWqsrg%3D
    • (2008) Biotechiques , vol.44 , pp. 667-670
    • Zhou, M.1    Veestra, T.D.2
  • 44
    • 0026625083 scopus 로고
    • 1:CAS:528:DyaK38XmtVyht7Y%3D 1499723
    • T. T. Yip T. W. Hutchens 1992 FEBS Lett. 308 149 153 1:CAS:528: DyaK38XmtVyht7Y%3D 1499723
    • (1992) FEBS Lett. , vol.308 , pp. 149-153
    • Yip, T.T.1    Hutchens, T.W.2
  • 45
    • 47749108352 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD1cXhtVWku77P 19578516
    • M. Ahram E. F. Petricoin 2008 Biomarker Insights 3 325 333 1:CAS:528:DC%2BD1cXhtVWku77P 19578516
    • (2008) Biomarker Insights , vol.3 , pp. 325-333
    • Ahram, M.1    Petricoin, E.F.2
  • 47
    • 33846934658 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2sXhvFWkurY%3D
    • T. C. Poon 2007 Exp. Rev. Proteom. 4 51 65 1:CAS:528:DC%2BD2sXhvFWkurY%3D
    • (2007) Exp. Rev. Proteom. , vol.4 , pp. 51-65
    • Poon, T.C.1
  • 56
    • 14544297527 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2MXosVOhug%3D%3D 15680977
    • W. Baumeister 2005 FEBS Lett. 579 933 937 1:CAS:528: DC%2BD2MXosVOhug%3D%3D 15680977
    • (2005) FEBS Lett. , vol.579 , pp. 933-937
    • Baumeister, W.1
  • 58
    • 39149123785 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD1cXitVGiurk%3D 18187316
    • S. Hober M. Uhlen 2008 Curr. Opin. Biotechnol. 19 30 35 1:CAS:528:DC%2BD1cXitVGiurk%3D 18187316
    • (2008) Curr. Opin. Biotechnol. , vol.19 , pp. 30-35
    • Hober, S.1    Uhlen, M.2
  • 59
    • 57149110826 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD1MXlvVWrsQ%3D%3D 18853439
    • F. Ponten K. Jirstrom M. Uhlen 2008 J. Pathol. 216 387 393 1:CAS:528:DC%2BD1MXlvVWrsQ%3D%3D 18853439
    • (2008) J. Pathol. , vol.216 , pp. 387-393
    • Ponten, F.1    Jirstrom, K.2    Uhlen, M.3
  • 65
    • 0032445419 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DyaK1MXjvFWktg%3D%3D 9928493
    • J. W. Jarvik C. A. Telmer 1998 Annu. Rev. Genet. 32 601 618 1:CAS:528:DyaK1MXjvFWktg%3D%3D 9928493
    • (1998) Annu. Rev. Genet. , vol.32 , pp. 601-618
    • Jarvik, J.W.1    Telmer, C.A.2
  • 75
    • 41249097444 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD1cXktFCit7g%3D 18282471
    • S. Bader S. Kuhner A. C. Gavin 2008 FEBS Lett. 582 1220 1224 1:CAS:528:DC%2BD1cXktFCit7g%3D 18282471
    • (2008) FEBS Lett. , vol.582 , pp. 1220-1224
    • Bader, S.1    Kuhner, S.2    Gavin, A.C.3
  • 88
    • 34147094355 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2sXktFGntr0%3D 17339371
    • S. Yellaboina K. Goyal S. C. Mande 2007 Genome Res. 17 527 535 1:CAS:528:DC%2BD2sXktFGntr0%3D 17339371
    • (2007) Genome Res. , vol.17 , pp. 527-535
    • Yellaboina, S.1    Goyal, K.2    Mande, S.C.3
  • 93
  • 100
    • 49649116149 scopus 로고    scopus 로고
    • FlyBase Consortsium. 1:CAS:528:DC%2BD1cXmtF2jtrk%3D
    • R. Drysdale FlyBase Consortsium 2008 Meth. Mol. Biol. 420 45 59 1:CAS:528:DC%2BD1cXmtF2jtrk%3D
    • (2008) Meth. Mol. Biol. , vol.420 , pp. 45-59
    • Drysdale, R.1
  • 106
    • 18744376914 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2MXjsl2nsLk%3D 15657099
    • K. R. Brown I. Jurisica 2005 Bioinformatics 21 2076 2082 1:CAS:528:DC%2BD2MXjsl2nsLk%3D 15657099
    • (2005) Bioinformatics , vol.21 , pp. 2076-2082
    • Brown, K.R.1    Jurisica, I.2
  • 107
    • 34548725468 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2sXht1ahurrK
    • W. C. Cho 2007 Genom. Proteom. Bioinform. 5 77 85 1:CAS:528: DC%2BD2sXht1ahurrK
    • (2007) Genom. Proteom. Bioinform. , vol.5 , pp. 77-85
    • Cho, W.C.1
  • 109
    • 85078505682 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2cXotFGqtA%3D%3D 14504472
    • M. S. Sheikh Y. Huang 2003 Cell Cycle 2 550 552 1:CAS:528: DC%2BD2cXotFGqtA%3D%3D 14504472
    • (2003) Cell Cycle , vol.2 , pp. 550-552
    • Sheikh, M.S.1    Huang, Y.2
  • 116
  • 122
    • 0742305866 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2cXovV2mtg%3D%3D 14735121
    • A. L. Barabasi Z. N. Oltvai 2004 Nat. Rev. Genet. 5 101 113 1:CAS:528:DC%2BD2cXovV2mtg%3D%3D 14735121
    • (2004) Nat. Rev. Genet. , vol.5 , pp. 101-113
    • Barabasi, A.L.1    Oltvai, Z.N.2
  • 123
    • 0032482432 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DyaK1cXjs1Khsrk%3D 9623998
    • D. J. Watts S. H. Strogatz 1998 Nature 393 440 442 1:CAS:528: DyaK1cXjs1Khsrk%3D 9623998
    • (1998) Nature , vol.393 , pp. 440-442
    • Watts, D.J.1    Strogatz, S.H.2
  • 125
    • 27944493925 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2MXht1ynsbjI 16254242
    • R. Albert 2005 J. Cell Sci. 118 4947 4957 1:CAS:528:DC%2BD2MXht1ynsbjI 16254242
    • (2005) J. Cell Sci. , vol.118 , pp. 4947-4957
    • Albert, R.1
  • 136
    • 0142059836 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD3sXotlGlurY%3D 14517352
    • V. Spirin L. A. Mirny 2003 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100 12123 12128 1:CAS:528:DC%2BD3sXotlGlurY%3D 14517352
    • (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA , vol.100 , pp. 12123-12128
    • Spirin, V.1    Mirny, L.A.2
  • 137
    • 1842580761 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2cXjt1Smtrc%3D 15048975
    • S. H. Yook Z. N. Oltvai A. L. Barabasi 2004 Proteomics 4 928 942 1:CAS:528:DC%2BD2cXjt1Smtrc%3D 15048975
    • (2004) Proteomics , vol.4 , pp. 928-942
    • Yook, S.H.1    Oltvai, Z.N.2    Barabasi, A.L.3
  • 139
    • 33748701649 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD28Xps1ygu70%3D 16837529
    • J. Chen B. Yuan 2006 Bioinformatics 22 2283 2290 1:CAS:528: DC%2BD28Xps1ygu70%3D 16837529
    • (2006) Bioinformatics , vol.22 , pp. 2283-2290
    • Chen, J.1    Yuan, B.2
  • 140
    • 0037012880 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD38XjsFymsr8%3D 11988575
    • S. Maslov K. Sneppen 2002 Science 296 910 913 1:CAS:528: DC%2BD38XjsFymsr8%3D 11988575
    • (2002) Science , vol.296 , pp. 910-913
    • Maslov, S.1    Sneppen, K.2
  • 143
    • 14844336319 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2MXit1Chsbw%3D 15766535
    • D. S. Goodsell 2005 Structure 13 347 354 1:CAS:528:DC%2BD2MXit1Chsbw%3D 15766535
    • (2005) Structure , vol.13 , pp. 347-354
    • Goodsell, D.S.1
  • 144
  • 150
    • 16844363315 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2MXislCmur0%3D 15750592
    • H. B. Fraser 2005 Nat. Genet. 37 351 352 1:CAS:528:DC%2BD2MXislCmur0%3D 15750592
    • (2005) Nat. Genet. , vol.37 , pp. 351-352
    • Fraser, H.B.1
  • 152
  • 157
    • 33748706765 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD28Xps1ynsrk%3D 16844706
    • P. F. Jonsson P. A. Bates 2006 Bioinformatics 22 2291 2297 1:CAS:528:DC%2BD28Xps1ynsrk%3D 16844706
    • (2006) Bioinformatics , vol.22 , pp. 2291-2297
    • Jonsson, P.F.1    Bates, P.A.2
  • 159
    • 28444448000 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2MXht1Gltr7M 16188928
    • S. Wachi K. Yoneda R. Wu 2005 Bioinformatics 21 4205 4208 1:CAS:528:DC%2BD2MXht1Gltr7M 16188928
    • (2005) Bioinformatics , vol.21 , pp. 4205-4208
    • Wachi, S.1    Yoneda, K.2    Wu, R.3
  • 160
    • 33748597382 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD28XosVeksbY%3D 17022739
    • M. Benson R. Breitling 2006 Curr. Mol. Med. 6 695 701 1:CAS:528:DC%2BD28XosVeksbY%3D 17022739
    • (2006) Curr. Mol. Med. , vol.6 , pp. 695-701
    • Benson, M.1    Breitling, R.2
  • 167
    • 22144435939 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2MXjtFCjt7k%3D 15665132
    • K. Snoussi B. Halle 2005 Biophys. J. 88 2855 2866 1:CAS:528: DC%2BD2MXjtFCjt7k%3D 15665132
    • (2005) Biophys. J. , vol.88 , pp. 2855-2866
    • Snoussi, K.1    Halle, B.2
  • 169
    • 38349147750 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD1cXitFWktL4%3D
    • N. A. Chebotareva 2007 Biochemistry (Moscow) 72 1478 1490 1:CAS:528:DC%2BD1cXitFWktL4%3D
    • (2007) Biochemistry (Moscow) , vol.72 , pp. 1478-1490
    • Chebotareva, N.A.1
  • 171
    • 0035800805 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD3MXlvFSqu78%3D 11395491
    • J. Lin A. Weiss 2001 J. Biol. Chem. 276 29588 29595 1:CAS:528: DC%2BD3MXlvFSqu78%3D 11395491
    • (2001) J. Biol. Chem. , vol.276 , pp. 29588-29595
    • Lin, J.1    Weiss, A.2
  • 174
    • 24944446722 scopus 로고    scopus 로고
    • G. Cesareni M. Gimona M. Yaffe (eds). Wiley-VCH Weinheim, Germany
    • Cesareni, G., Gimona, M., and Yaffe, M. (eds.) (2004) Modular Protein Domains, Wiley-VCH, Weinheim, Germany.
    • (2004) Modular Protein Domains
  • 177
    • 0033950079 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD3cXisFKlurY%3D 10657980
    • B. K. Kay M. P. Williamson M. Sudol 2000 FASEB J. 14 231 241 1:CAS:528:DC%2BD3cXisFKlurY%3D 10657980
    • (2000) FASEB J. , vol.14 , pp. 231-241
    • Kay, B.K.1    Williamson, M.P.2    Sudol, M.3
  • 178
    • 0032541641 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DyaK1cXmsVyntbY%3D 9779993
    • M. Sudol 1998 Oncogene 17 1469 1474 1:CAS:528:DyaK1cXmsVyntbY%3D 9779993
    • (1998) Oncogene , vol.17 , pp. 1469-1474
    • Sudol, M.1
  • 186
    • 20444414545 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2MXltFWjsr4%3D 15943979
    • V. Neduva R. B. Russel 2005 FEBS Lett. 579 3342 3345 1:CAS:528: DC%2BD2MXltFWjsr4%3D 15943979
    • (2005) FEBS Lett. , vol.579 , pp. 3342-3345
    • Neduva, V.1    Russel, R.B.2
  • 195
  • 204
    • 33845605130 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2sXhsFektw%3D%3D 17189866
    • J. C. Sible J. J. Tyson 2007 Methods 41 238 247 1:CAS:528: DC%2BD2sXhsFektw%3D%3D 17189866
    • (2007) Methods , vol.41 , pp. 238-247
    • Sible, J.C.1    Tyson, J.J.2
  • 207
    • 0034019315 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD3cXit1ars74%3D 10712587
    • B. N. Kholodenko 2000 Eur. J. Biochem. 267 1583 1588 1:CAS:528: DC%2BD3cXit1ars74%3D 10712587
    • (2000) Eur. J. Biochem. , vol.267 , pp. 1583-1588
    • Kholodenko, B.N.1
  • 212
    • 30044434744 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD28XivVyqug%3D%3D 16354836
    • D. Tobi I. Bahar 2005 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102 18908 18913 1:CAS:528:DC%2BD28XivVyqug%3D%3D 16354836
    • (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. USA , vol.102 , pp. 18908-18913
    • Tobi, D.1    Bahar, I.2
  • 214
    • 0242443693 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD2cXos1yhsQ%3D%3D 14631816
    • J. Ponder D. Case 2003 Adv. Protein Chem. 66 27 33 1:CAS:528: DC%2BD2cXos1yhsQ%3D%3D 14631816
    • (2003) Adv. Protein Chem. , vol.66 , pp. 27-33
    • Ponder, J.1    Case, D.2
  • 218
    • 0043245780 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD3sXlt1aqtbs%3D 12850155
    • H. Gohlke C. Kiel D. A. Case 2003 J. Mol. Biol. 330 891 913 1:CAS:528:DC%2BD3sXlt1aqtbs%3D 12850155
    • (2003) J. Mol. Biol. , vol.330 , pp. 891-913
    • Gohlke, H.1    Kiel, C.2    Case, D.A.3
  • 229
    • 52249096127 scopus 로고    scopus 로고
    • 1:CAS:528:DC%2BD1cXhtFOisbrJ 18452208
    • S. Samsonov J. Teyra M. T. Pisabarro 2008 Proteins 73 515 525 1:CAS:528:DC%2BD1cXhtFOisbrJ 18452208
    • (2008) Proteins , vol.73 , pp. 515-525
    • Samsonov, S.1    Teyra, J.2    Pisabarro, M.T.3


* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.