Genome scale models of yeast: towards standardized evaluation and consistent omic integration

Integrative Biology (United Kingdom)

Volumn 7, Issue 8, 2015, Pages 846-858

  Sánchez, Benjamín J ^a   Nielsen, Jens ^a,b  

^a CHALMERS UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Sweden)

^b Chalmers University of Technology   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; BIOMICS; FUNGUS GROWTH; GENE DELETION; GENE EXPRESSION; GENOME SCALE MODEL; GROWTH RATE; INTERACTOMICS; KINETIC PARAMETERS; MATHEMATICAL MODEL; METABOLOMICS; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; THERMODYNAMICS; TRANSCRIPTOMICS; YEAST; BIOLOGICAL MODEL; COMPUTER SIMULATION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENOMICS; METABOLIC FLUX ANALYSIS; METABOLISM; PHYSIOLOGY; STANDARDS; SYSTEM ANALYSIS;

SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SACCHAROMYCETALES;

SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEIN;

COMPUTER SIMULATION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENOMICS; METABOLIC FLUX ANALYSIS; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MODELS, BIOLOGICAL; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS; SYSTEMS INTEGRATION;

EID: 84979849215     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5ib00083a     Document Type: Article

References (163)

1. D. Botstein S. A. Chervitz J. M. Cherry Science 1997 277 1259 1260
2. E. J. Steen R. Chan N. Prasad S. Myers C. J. Petzold A. Redding M. Ouellet J. D. Keasling Microb. Cell Fact. 2008 7 36
3. J. Zaldivar J. Nielsen L. Olsson Appl. Microbiol. Biotechnol. 2001 56 17 34
4. D. K. Ro E. M. Paradise M. Ouellet K. J. Fisher K. L. Newman J. M. Ndungu K. A. Ho R. A. Eachus T. S. Ham J. Kirby M. C. Y. Chang S. T. Withers Y. Shiba R. Sarpong J. D. Keasling Nature 2006 440 940 943
5. S. Yamano T. Ishii M. Nakagawa H. Ikenaga N. Misawa Biosci., Biotechnol., Biochem. 1994 58 1112 1114
6. E. J. Kerkhoven P. J. Lahtvee J. Nielsen FEMS Yeast Res. 2014 15 1 13
7. A. Bordbar J. M. Monk Z. A. King B. Ø. Palsson Nat. Rev. Genet. 2014 15 107 120
8. M. A. Oberhardt B. Ø. Palsson J. A. Papin Mol. Syst. Biol. 2009 5 320
9. G. Liu A. Marras J. Nielsen Quant. Biol. 2014 2 30 46
10. I. Nookaew R. Olivares-Hernández S. Bhumiratana J. Nielsen Methods Mol. Biol. 2011 759 445 463
11. T. Österlund I. Nookaew J. Nielsen Biotechnol. Adv. 2012 30 979 988
12. C. Bro B. Regenberg J. Förster J. Nielsen Metab. Eng. 2006 8 102 111
13. D. Byrne A. Dumitriu D. Segrè BMC Syst. Biol. 2012 6 127
14. B. K. S. Chung M. Lakshmanan M. Klement B. Mohanty D. Y. Lee Chem. Eng. Sci. 2013 103 100 108
15. C. Y. Ng M.-Y. Jung J. Lee M.-K. Oh Microb. Cell Fact. 2012 11 68
16. J. Förster I. Famili B. Ø. Palsson J. Nielsen Genome Res. 2003 244 253
17. N. C. Duarte M. J. Herrgård B. Ø. Palsson Genome Res. 2004 14 1298 1309
18. L. Kuepfer U. Sauer L. M. Blank Genome Res. 2005 15 1421 1430
19. I. Nookaew M. C. Jewett A. Meechai C. Thammarongtham K. Laoteng S. Cheevadhanarak J. Nielsen S. Bhumiratana BMC Syst. Biol. 2008 2 71
20. M. L. Mo B. Ø. Palsson M. J. Herrgård BMC Syst. Biol. 2009 3 37
21. M. J. Herrgård N. Swainston P. D. Dobson W. B. Dunn K. Y. Arga M. Arvas N. Blüthgen S. Borger R. Costenoble M. Heinemann M. Hucka N. Le Novère P. Li W. Liebermeister M. L. Mo A. P. Oliveira D. Petranovic S. Pettifer E. Simeonidis K. Smallbone I. Spasić D. Weichart R. Brent D. S. Broomhead H. V Westerhoff B. Kirdar M. Penttilä E. Klipp B. Ø. Palsson U. Sauer S. G. Oliver P. Mendes J. Nielsen D. B. Kell Nat. Biotechnol. 2008 26 1155 1160
22. P. D. Dobson K. Smallbone D. Jameson E. Simeonidis K. Lanthaler P. Pir C. Lu N. Swainston W. B. Dunn P. Fisher D. Hull M. Brown O. Oshota N. J. Stanford D. B. Kell R. D. King S. G. Oliver R. D. Stevens P. Mendes BMC Syst. Biol. 2010 4 145
23. B. D. Heavner K. Smallbone B. Barker P. Mendes L. P. Walker BMC Syst. Biol. 2012 6 1
24. B. D. Heavner K. Smallbone N. D. Price L. P. Walker Database 2013 2013 bat059
25. H. W. Aung S. A. Henry L. P. Walker Ind. Biotechnol. 2013 9 215 228
26. A. R. Zomorrodi C. D. Maranas BMC Syst. Biol. 2010 4 178
27. T. Österlund I. Nookaew S. Bordel J. Nielsen BMC Syst. Biol. 2013 7 36
28. P. Ghaffari A. Mardinoglu A. Asplund S. Shoaie C. Kampf M. Uhlen J. Nielsen Sci. Rep. 2015 5 8183
29. B. D. Heavner and N. D. Price, in preparation
30. A. Wagner D. A. Fell Proc. Biol. Sci. 2001 268 1803 1810
31. G. Del Rio D. Koschützki G. Coello BMC Syst. Biol. 2009 3 102
32. T. Rubina, M. Mednis and E. Stalidzans, CINTI 2013-14th IEEE Int. Symp. Comput. Intell. Informatics, Proc., 2013, 411-418
33. D. Vitkup P. Kharchenko A. Wagner Genome Biol. 2006 7 R39
34. Y. Assenov F. Ramírez S. E. Schelhorn T. Lengauer M. Albrecht Bioinformatics 2008 24 282 284
35. C. H. Chin S. H. Chen H. H. Wu C. W. Ho M. T. Ko C. Y. Lin BMC Syst. Biol. 2014 8 S11
36. M. Kanehisa S. Goto Y. Sato M. Kawashima M. Furumichi M. Tanabe Nucleic Acids Res. 2014 42 199 205
37. R. Caspi T. Altman R. Billington K. Dreher H. Foerster C. A. Fulcher T. A. Holland I. M. Keseler A. Kothari A. Kubo M. Krummenacker M. Latendresse L. A. Mueller Q. Ong S. Paley P. Subhraveti D. S. Weaver D. Weerasinghe P. Zhang P. D. Karp Nucleic Acids Res. 2014 42 459 471
38. R. Mahadevan C. H. Schilling Metab. Eng. 2003 5 264 276
39. J. D. Orth I. Thiele B. Ø. Palsson Nat. Biotechnol. 2010 28 245 248
40. A. Varma B. Ø. Palsson Appl. Environ. Microbiol. 1994 60 3724 3731
41. J. Förster I. Famili B. Ø. Palsson J. Nielsen OMICS 2003 7 193 202
42. G. Basler Methods Mol. Biol. 2015 1279 183 204
43. D. Segrè D. Vitkup G. M. Church Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 15112 15117
44. T. Shlomi O. Berkman E. Ruppin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 7695 7700
45. G. Giaever A. M. Chu L. Ni C. Connelly L. Riles S. Véronneau S. W. Dow A. Lucau-Danila K. Anderson B. André A. P. Arkin A. Astromoff M. El Bakkoury R. Bangham R. Benito S. Brachat S. Campanaro M. Curtiss K. Davis A. M. Deutschbauer K.-D. Entian P. Flaherty F. Foury D. J. Garfinkel M. Gerstein D. Gotte U. Güldener J. H. Hegemann S. Hempel Z. S. Herman D. F. Jaramillo D. E. Kelly S. L. Kelly P. Kötter D. LaBonte D. C. Lamb N. Lan H. Liang H. Liao L. Liu C. Luo M. Lussier R. Mao P. Menard S. L. Ooi J. L. Revuelta C. J. Roberts M. Rose P. Ross-Macdonald B. Scherens G. Schimmack B. Shafer D. D. Shoemaker S. Sookhai-Mahadeo R. K. Storms J. N. Strathern G. Valle M. Voet G. Volckaert C. Wang T. R. Ward J. Wilhelmy E. A. Winzeler Y. Yang G. S. Yen E. Youngman K. Yu H. Bussey J. D. Boeke M. Snyder P. Philippsen R. W. Davis M. Johnston Nature 2002 418 387 391
46. L. M. Steinmetz C. Scharfe A. M. Deutschbauer D. Mokranjac Z. S. Herman T. Jones A. M. Chu G. Giaever H. Prokisch P. J. Oefner R. W. Davis Nat. Genet. 2002 31 400 404
47. E. A. Winzeler D. D. Shoemaker A. Astromoff H. Liang K. Anderson B. Andre R. Bangham R. Benito J. D. Boeke H. Bussey A. M. Chu C. Connelly K. Davis F. Dietrich S. W. Dow M. El Bakkoury F. Foury S. H. Friend E. Gentalen G. Giaever J. H. Hegemann T. Jones M. Laub H. Liao N. Liebundguth D. J. Lockhart A. Lucau-Danila M. Lussier N. M'Rabet P. Menard M. Mittmann C. Pai C. Rebischung J. L. Revuelta L. Riles C. J. Roberts P. Ross-MacDonald B. Scherens M. Snyder S. Sookhai-Mahadeo R. K. Storms S. Véronneau M. Voet G. Volckaert T. R. Ward R. Wysocki G. S. Yen K. Yu K. Zimmermann P. Philippsen M. Johnston R. W. Davis Science 1999 285 901 906
48. S. R. Engel R. Balakrishnan G. Binkley K. R. Christie M. C. Costanzo S. S. Dwight D. G. Fisk J. E. Hirschman B. C. Hitz E. L. Hong C. J. Krieger M. S. Livstone S. R. Miyasato R. S. Nash R. Oughtred J. Park M. S. Skrzypek S. Weng E. D. Wong K. Dolinski D. Botstein J. M. Cherry Nucleic Acids Res. 2009 38 1 4
49. J. M. Cherry E. L. Hong C. Amundsen R. Balakrishnan G. Binkley E. T. Chan K. R. Christie M. C. Costanzo S. S. Dwight S. R. Engel D. G. Fisk J. E. Hirschman B. C. Hitz K. Karra C. J. Krieger S. R. Miyasato R. S. Nash J. Park M. S. Skrzypek M. Simison S. Weng E. D. Wong Nucleic Acids Res. 2012 40 1 6
50. M. Costanzo A. Baryshnikova J. Bellay Y. Kim E. D. Spear C. S. Sevier H. Ding J. L. Y. Koh K. Toufighi S. Mostafavi J. Prinz R. P. St Onge B. VanderSluis T. Makhnevych F. J. Vizeacoumar S. Alizadeh S. Bahr R. L. Brost Y. Chen M. Cokol R. Deshpande Z. Li Z. Y. Lin W. Liang M. Marback J. Paw B. J. San Luis E. Shuteriqi A. H. Y. Tong N. Van Dyk I. M. Wallace J. A. Whitney M. T. Weirauch G. Zhong H. Zhu W. A. Houry M. Brudno S. Ragibizadeh B. Papp C. Pál F. P. Roth G. Giaever C. Nislow O. G. Troyanskaya H. Bussey G. D. Bader A. C. Gingras Q. D. Morris P. M. Kim C. A. Kaiser C. L. Myers B. J. Andrews C. Boone Science 2010 327 425 431
51. E. S. Snitkin A. M. Dudley D. M. Janse K. Wong G. M. Church D. Segrè Genome Biol. 2008 9 R140
52. B. Vandersluis D. C. Hess C. Pesyna E. W. Krumholz T. Syed B. Szappanos C. Nislow B. Papp O. G. Troyanskaya C. L. Myers A. A. Caudy Genome Biol. 2014 15 R64
53. D. McCloskey B. Ø. Palsson A. M. Feist Mol. Syst. Biol. 2013 9 661
54. E. Gonçalves J. Bucher A. Ryll J. Niklas K. Mauch S. Klamt M. Rocha J. Saez-Rodriguez Mol. BioSyst. 2013 9 1576 1583
55. R. Saha A. Chowdhury C. D. Maranas Curr. Opin. Biotechnol. 2014 29 39 45
56. A. S. Blazier J. A. Papin Front. Physiol. 2012 3 299
57. A. Hoppe Metabolites 2012 2 614 631
58. M. Åkesson J. Förster J. Nielsen Metab. Eng. 2004 6 285 293
59. J. L. Hjersted M. A. Henson IET Syst. Biol. 2009 3 167 179
60. B. J. Sánchez J. R. Pérez-Correa E. Agosin Metab. Eng. 2014 25 159 173
61. S. A. Becker B. Ø. Palsson PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000082
62. H. Zur E. Ruppin T. Shlomi Bioinformatics 2010 26 3140 3142
63. E. Almaas B. Kovács T. Vicsek Z. N. Oltvai A.-L. Barabási Nature 2004 427 839 843
64. Y. Bilu T. Shlomi N. Barkai E. Ruppin PLoS Comput. Biol. 2006 2 0932 0938
65. O. Rokhlenko T. Shlomi R. Sharan E. Ruppin R. Y. Pinter Bioinformatics 2007 23 2139 2146
66. S. Bordel R. Agren J. Nielsen PLoS Comput. Biol. 2010 6 16
67. J. L. Martínez S. Bordel K. K. Hong J. Nielsen FEMS Yeast Res. 2014 14 654 662
68. C. J. Kennedy P. M. Boyle Z. Waks P. A. Silver Genetics 2009 183 385 397
69. P. A. Jensen J. A. Papin Bioinformatics 2011 27 541 547
70. R. J. P. Van Berlo D. de Ridder J. M. Daran P. A. S. Daran-Lapujade B. Teusink M. J. T. Reinders IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 2011 8 206 216
71. A. Salehzadeh-Yazdi Y. Asgari A. A. Saboury A. Masoudi-Nejad PLoS One 2014 9 e111686
72. J. Kim J. L. Reed Genome Biol. 2012 13 R78
73. D. Lee K. Smallbone W. B. Dunn E. Murabito C. L. Winder D. B. Kell P. Mendes N. Swainston BMC Syst. Biol. 2012 6 1
74. S. Rossell M. A. Huynen R. A. Notebaart PLoS Comput. Biol. 2013 9 e1002988
75. H. S. Song J. Reifman A. Wallqvist PLoS One 2014 9 e112524
76. M. J. Herrgård B. S. Lee V. Portnoy B. Ø. Palsson Genome Res. 2006 16 627 635
77. P. A. Jensen K. A. Lutz J. A. Papin BMC Syst. Biol. 2011 5 147
78. S. Chandrasekaran N. D. Price PLoS Comput. Biol. 2013 9 e1003370
79. J. M. Savinell B. Ø. Palsson J. Theor. Biol. 1992 154 421 454
80. E. Reznik P. Mehta D. Segrè PLoS Comput. Biol. 2013 9 e1003195
81. A. Wagner R. Zarecki L. Reshef C. Gochev R. Sorek U. Gophna E. Ruppin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 19166 19171
82. K. Yizhak O. Gabay H. Cohen E. Ruppin Nat. Commun. 2013 4 2632
83. B. Barker N. Sadagopan Y. Wang K. Smallbone M. R. Christopher H. Xi J. W. Locasale Z. Gu Mol. Networks 2014
84. D. Machado M. J. Herrgård PLoS Comput. Biol. 2014 10 e1003580
85. K. R. Patil J. Nielsen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2685 2689
86. A. P. Oliveira K. R. Patil J. Nielsen BMC Syst. Biol. 2008 2 17
87. R. Usaite K. R. Patil T. Grotkjær J. Nielsen B. Regenberg Appl. Environ. Microbiol. 2006 72 6194 6203
88. S. L. Westergaard A. P. Oliveira C. Bro L. Olsson J. Nielsen Biotechnol. Bioeng. 2007 96 134 145
89. D. Cimini K. R. Patil C. Schiraldi J. Nielsen BMC Syst. Biol. 2009 3 17
90. R. Usaite M. C. Jewett A. P. Oliveira J. R. Yates L. Olsson J. Nielsen Mol. Syst. Biol. 2009 5 319
91. P. Chumnanpuen J. Zhang I. Nookaew J. Nielsen Mol. Genet. Genomics 2012 287 541 554
92. P. Chumnanpuen I. Nookaew J. Nielsen BMC Syst. Biol. 2013 7 S7
93. W. A. Bryant M. J. E. Sternberg J. W. Pinney BMC Syst. Biol. 2013 7 26
94. M. C. Jewett C. T. Workman I. Nookaew F. A. Pizarro E. Agosin L. I. Hellgren J. Nielsen G3 2013 3 1979 1995
95. E. Lindfors P. Jouhten M. Oja E. Rintala M. OreŠič M. Penttilä BMC Syst. Biol. 2014 8 16
96. P. Kharchenko D. Vitkup G. M. Church Bioinformatics 2004 20 178 185
97. P. Kharchenko L. Chen Y. Freund D. Vitkup G. M. Church BMC Bioinf. 2006 7 177
98. K. Y. Teh A. E. Lutz J. Biotechnol. 2010 147 80 87
99. D. Segrè A. Deluna G. M. Church R. Kishony Nat. Genet. 2005 37 77 83
100. X. He W. Qian Z. Wang Y. Li J. Zhang Nat. Genet. 2010 42 272 276
101. E. S. Snitkin D. Segrè PLoS Genet. 2011 7 e1001294
102. R. Harrison B. Papp C. Pál S. G. Oliver D. Delneri Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2307 2312
103. B. Szappanos K. Kovács B. Szamecz F. Honti M. Costanzo A. Baryshnikova G. Gelius-Dietrich M. J. Lercher M. Jelasity C. L. Myers B. J. Andrews C. Boone S. G. Oliver C. Pál B. Papp Nat. Genet. 2011 43 656 662
104. L. Xu B. Barker Z. Gu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 10420 10425
105. A. R. Brochado S. Andrejev C. D. Maranas K. R. Patil PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002758
106. R. Costenoble P. Picotti L. Reiter R. Stallmach M. Heinemann U. Sauer R. Aebersold Mol. Syst. Biol. 2011 7 464
107. J. C. Schulz M. Zampieri S. Wanka C. Von Mering U. Sauer Sci. Signaling 2014 7 rs6
108. A. Kümmel S. Panke M. Heinemann Mol. Syst. Biol. 2006 2 2006.0034
109. N. Zamboni A. Kümmel M. Heinemann BMC Bioinf. 2008 9 199
110. J. C. Ewald T. Matt N. Zamboni Mol. BioSyst. 2013 9 440 446
111. S. J. Jol A. Kümmel M. Terzer J. Stelling M. Heinemann PLoS Comput. Biol. 2012 8 1 9
112. V. S. Martínez L. E. Quek L. K. Nielsen Biophys. J. 2014 107 493 503
113. K. Smallbone P. Mendes Ind. Biotechnol. 2013 9 179 184
114. N. J. Stanford T. Lubitz K. Smallbone E. Klipp P. Mendes W. Liebermeister PLoS One 2013 8 e79195
115. K. C. Soh L. Miskovic V. Hatzimanikatis FEMS Yeast Res. 2012 12 129 143
116. C. M. Paget J. M. Schwartz D. Delneri Mol. Ecol. 2014 23 5241 5257
117. J. L. Hjersted M. A. Henson R. Mahadevan Biotechnol. Bioeng. 2007 97 1190 1204
118. R. Eslamloueyan P. Setoodeh Chem. Eng. Commun. 2011 198 1309 1338
119. A. Ghosh H. Zhao N. D. Price PLoS One 2011 6 e27316
120. J. Zanghellini K. Natter C. Jungreuthmayer A. Thalhammer C. F. Kurat G. Gogg-Fassolter S. D. Kohlwein H. H. Von Grünberg FEBS J. 2008 275 5552 5563
121. T. J. Hanly M. A. Henson Biotechnol. Bioeng. 2011 108 376 385
122. J. T. Leppävuori M. M. Domach L. T. Biegler Ind. Eng. Chem. Res. 2011 50 12080 12091
123. F. A. Vargas F. A. Pizarro J. R. Pérez-Correa E. Agosin BMC Syst. Biol. 2011 5 75
124. T. J. Hanly M. Urello M. A. Henson Appl. Microbiol. Biotechnol. 2012 93 2529 2541
125. P. Jouhten M. Wiebe M. Penttilä FEBS J. 2012 279 3338 3354
126. T. J. Hanly M. A. Henson Biotechnol. Biofuels 2013 6 44
127. K. Höffner S. M. Harwood P. I. Barton Biotechnol. Bioeng. 2013 110 792 802
128. J. A. Gomez K. Höffner P. I. Barton BMC Bioinf. 2014 15 409
129. T. J. Hanly M. A. Henson Biotechnol. Bioeng. 2014 111 272 284
130. P. K. Lisha D. Sarkar Bioprocess Biosyst. Eng. 2014 37 617 627
131. P. K. Lisha D. Sarkar Biotechnol. Res. Int. 2015 2015 238082
132. A. M. Willemsen D. M. Hendrickx H. C. J. Hoefsloot M. M. W. B. Hendriks S. A. Wahl B. Teusink A. K. Smilde A. H. C. Van Kampen Mol. BioSyst. 2015 11 137 145
133. A. Chowdhury A. R. Zomorrodi C. D. Maranas PLoS Comput. Biol. 2014 10 e1003487
134. K. Smallbone E. Simeonidis N. Swainston P. Mendes BMC Syst. Biol. 2010 4 6
135. A. F. Villaverde D. Henriques K. Smallbone S. Bongard J. Schmid D. Cicin-Sain A. Crombach J. Saez-Rodriguez K. Mauch E. Balsa-Canto P. Mendes J. Jaeger J. R. Banga BMC Syst. Biol. 2015 9 8
136. R. Mahadevan J. S. Edwards F. J. Doyle III Biophys. J. 2002 83 1331 1340
137. B. Teusink J. Passarge C. A. Reijenga E. Esgalhado C. C. Van Der Weijden M. Schepper M. C. Walsh B. M. Bakker K. Van Dam H. V Westerhoff J. L. Snoep Eur. J. Biochem. 2000 267 5313 5329
138. E. Klipp Yeast 2007 24 943 959
139. C. Reder J. Theor. Biol. 1988 135 175 201
140. L. Miskovic V. Hatzimanikatis Trends Biotechnol. 2010 28 391 397
141. Q. K. Beg A. Vazquez J. Ernst M. A. de Menezes Z. Bar-Joseph A. L. Barabási Z. N. Oltvai Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 12663 12668
142. M. J. Van Hoek R. M. Merks BMC Syst. Biol. 2012 6 22
143. M. Celton A. Goelzer C. Camarasa V. Fromion S. Dequin Metab. Eng. 2012 14 366 379
144. D. Dikicioglu S. Oc B. M. Rash W. B. Dunn P. Pir D. B. Kell B. Kirdar S. G. Oliver Mol. BioSyst. 2014 10 93 102
145. B. J. Stewart A. Navid K. W. Turteltaub G. Bench Anal. Chem. 2010 82 9812 9817
146. R. M. Zelle E. De Hulster W. A. Van Winden P. De Waard C. Dijkema A. A. Winkler J. M. A. Geertman J. P. Van Dijken J. T. Pronk A. J. A. Van Maris Appl. Environ. Microbiol. 2008 74 2766 2777
147. T. Çakir K. R. Patil Z. iIsen Onsan K. O. Ulgen B. Kirdar J. Nielsen Mol. Syst. Biol. 2006 2 50
148. A. P. Burgard E. V Nikolaev C. H. Schilling C. D. Maranas Genome Res. 2004 14 301 312
149. J. G. Bundy B. Papp R. Harmston R. A. Browne E. M. Clayson N. Burton R. J. Reece S. G. Oliver K. M. Brindle Genome Res. 2007 17 510 519
150. C. E. García Sánchez C. A. Vargas García R. G. Torres Sáez PLoS One 2012 7 e43006
151. R. Agren J. M. Otero J. Nielsen J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2013 40 735 747
152. P. B. Hyland S. L. S. Mun R. Mahadevan Ind. Biotechnol. 2013 9 229 235
153. U. Sauer Mol. Syst. Biol. 2006 2 62
154. L. M. Blank L. Kuepfer U. Sauer Genome Biol. 2005 6 R49
155. A. Misra M. F. Conway J. Johnnie T. M. Qureshi B. Lige A. M. Derrick E. C. Agbo G. Sriram Front. Microbiol. 2013 4 1 15
156. E. S. Snitkin D. Segrè Int. Conf. Genome Inf. 2008 20 123 134
157. A. Dräger B. Ø. Palsson Front. Bioeng. Biotechnol. 2014 2 1 20
158. A. Kumar P. F. Suthers C. D. Maranas BMC Bioinf. 2012 13 6
159. D. Weininger J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1988 28 31 36
160. C. Brooksbank G. Cameron J. Thornton Nucleic Acids Res. 2005 33 46 53
161. S. J. Coles N. E. Day P. Murray-Rust H. S. Rzepa Y. Zhang Org. Biomol. Chem. 2005 3 1832 1834
162. H. W. Mewes A. Ruepp F. Theis T. Rattei M. Walter D. Frishman K. Suhre M. Spannagl K. F. X. Mayer V. Stümpflen A. Antonov Nucleic Acids Res. 2011 39 220 224
163. H. W. Wisselink C. Cipollina B. Oud B. Crimi J. J. Heijnen J. T. Pronk A. J. A. van Maris Metab. Eng. 2010 12 537 551