Mass spectrometry tools and workflows for revealing microbial chemistry

Analyst

Volumn 140, Issue 15, 2015, Pages 4949-4966

  Luzzatto Knaan, Tal ^a   Melnik, Alexey V ^a   Dorrestein, Pieter C ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL INFECTIONS; BACTERIAL PHENOMENA AND FUNCTIONS; BACTERIUM; CHEMISTRY; CLASSIFICATION; DEVICES; DRUG DEVELOPMENT; EQUIPMENT DESIGN; FUNGUS; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; MICROBIOLOGY; MYCOSES; ORGANISMAL INTERACTION; PHYSIOLOGY; PROCEDURES; WORKFLOW;

BACTERIA; BACTERIAL INFECTIONS; BACTERIAL PHYSIOLOGICAL PHENOMENA; DRUG DISCOVERY; EQUIPMENT DESIGN; FUNGI; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MICROBIAL INTERACTIONS; MYCOSES; WORKFLOW;

EID: 84951853936     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5an00171d     Document Type: Review

References (194)

1. A. Bouslimani L. M. Sanchez N. Garg P. C. Dorrestein Nat. Prod. Rep. 2014 31 718 729
2. C. J. Shih P. Y. Chen C. C. Liaw Y. M. Lai Y. L. Yang Nat. Prod. Rep. 2014 31 739 755
3. S. Sauer M. Kliem Nat. Rev. Microbiol. 2010 8 74 82
4. J. D. Watrous T. Alexandrov P. C. Dorrestein J. Mass Spectrom. 2011 46 209 222
5. C. Junot F. Fenaille B. Colsch F. Becher Mass Spectrom. Rev. 2013 33 471 500
6. P. C. Dorrestein Nat. Prod. Rep. 2014 31 704 705
7. K. Blaum Y. A. Litvinov Int. J. Mass Spectrom. 2013 349 1 2
8. G. Munzenberg Int. J. Mass Spectrom. 2013 349 9 18
9. G. T. Carter Nat. Prod. Rep. 2014 31 711 717
10. C. Bhardwaj L. Hanley Nat. Prod. Rep. 2014 31 756 767
11. J. S. Dickschat Nat. Prod. Rep. 2014 31 838 861
12. H. G. Gika G. A. Theodoridis R. S. Plumb I. D. Wilson J. Pharm. Biomed. Anal. 2014 87 12 25
13. Z. Ouyang X. Zhang Analyst 2010 135 659 660
14. J. Fang P. C. Dorrestein Curr. Opin. Microbiol. 2014 19 120 129
15. J. Davies J. Antibiot. 2013 66 361 364
16. T. C. Dingle S. M. Butler-Wu Clin. Lab. Med. 2013 33 589 609
17. A. Freiwald S. Sauer Nat. Protoc. 2009 4 732 742
18. T. R. Sandrin J. E. Goldstein S. Schumaker Mass Spectrom. Rev. 2013 32 188 217
19. S. Biswas J. M. Rolain J. Microbiol. Methods 2013 92 14 24
20. L. Krásný R. Hynek I. Hochel Int. J. Mass Spectrom. 2013 353 67 79
21. C. Arnold C. Kunitsky M. Sasser G. Jackoway G. Osterhout Abstr. Pap. Am. Chem. Soc. 2005 230 U249 U250
22. J. P. Anhalt C. Fenselau Anal. Chem. 1975 47 219 225
23. R. D. Holland J. G. Wilkes F. Rafii J. B. Sutherland C. C. Persons K. J. Voorhees J. O. Lay Jr. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996 10 1227 1232
24. K. F. Nielsen T. O. Larsen Front. Microbiol. 2015 6 71
25. P. S. Bisen, M. Debnath and G. B. K. S. Prasad, Microbes: Concepts and Applications, John Wiley & Sons Inc., New Jersey, 2012
26. N. W. Anderson B. W. Buchan K. M. Riebe L. N. Parsons S. Gnacinski N. A. Ledeboer J. Clin. Microbiol. 2012 50 1008 1013
27. M. Sasser, Identification of bacteria by gas chromatography of cellular fatty acids, Technical Note 101, Microbial ID, Inc., Newark, Delaware, 1990
28. C. Kunitsky, G. Osterhout and M. Sasser, in Encyclopedia of Rapid Microbiological Methods, MIDI, Inc., Newark, Delaware, 2005
29. A. Fox J. Clin. Microbiol. 2006 44 2677 2680
30. M. Sasser C. Kunitsky G. Jackoway J. W. Ezzell J. D. Teska B. Harper S. Parker D. Barden H. Blair J. Breezee J. Carpenter W. V. Cheek M. DeMartino B. Evans S. Francesconi E. Franko W. Gardner M. Glazier K. Greth T. Hart M. Hodel K. Holmes-Talbot K. L. Hopkins A. Iqbal D. Johnson P. Krader A. Madonna M. McDowell M. L. McKee M. Park M. Pentella J. Radosevic R. A. Robison B. Rotzoll K. Scott M. Smith N. Syed J. Tang H. Trinh L. I. Williams M. Wolcott J. AOAC Int. 2005 88 178 181
31. J. Rohn Nat. Biotechnol. 2013 31 862 862
32. T. C. Cain D. M. Lubman W. J. Weber Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994 8 1026 1030
33. A. E. Clark E. J. Kaleta A. Arora D. M. Wolk Clin. Microbiol. Rev. 2013 26 547 603
34. M. L. DeMarco B. A. Ford Clin. Lab. Med. 2013 33 611 628
35. P. R. Murray Clin. Microbiol. Infect. 2010 16 1626 1630
36. J. L. Murray J. L. Connell A. Stacy K. H. Turner M. Whiteley J. Microbiol. 2014 52 188 199
37. J. Chalupova M. Raus M. Sedlarova M. Sebela Biotechnol. Adv. 2014 32 230 241
38. B. Ozhak-Baysan D. Ogunc A. Dogen M. Ilkit G. S. de Hoog Med. Mycol. 2015 53 347 352
39. P. Seng M. Drancourt F. Gouriet B. La Scola P. E. Fournier J. M. Rolain D. Raoult Clin. Infect. Dis. 2009 49 543 551
40. A. G. W. Foster J. Clin. Microbiol. 2013 51 3717 3719
41. A. Cherkaoui J. Hibbs S. Emonet M. Tangomo M. Girard P. Francois J. Schrenzel J. Clin. Microbiol. 2010 48 1169 1175
42. K. C. Schafer J. Denes K. Albrecht T. Szaniszlo J. Balog R. Skoumal M. Katona M. Toth L. Balogh Z. Takats Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 8240 8242
43. N. Strittmatter E. A. Jones K. A. Veselkov M. Rebec J. G. Bundy Z. Takats Chem. Commun. 2013 49 6188 6190
44. J. Balog L. Sasi-Szabo J. Kinross M. R. Lewis L. J. Muirhead K. Veselkov R. Mirnezami B. Dezso L. Damjanovich A. Darzi J. K. Nicholson Z. Takats Sci. Transl. Med. 2013 5
45. A. M. Hamid A. K. Jarmusch V. Pirro D. H. Pincus B. G. Clay G. Gervasi R. G. Cooks Anal. Chem. 2014 86 7500 7507
46. N. Valentine S. Wunschel D. Wunschel C. Petersen K. Wahl Appl. Environ. Microbiol. 2005 71 58 64
47. E. Jordana-Lluch M. Gimenez M. D. Quesada V. Ausina E. Martro Biomed. Res. Int. 2014 2014 501214
48. P. R. Hirsch T. H. Mauchline Microb. Ecol. Theory: Curr. Perspect. 2012 43 55
49. Z. S. Ma J. W. Geng Z. Abdo L. J. Forney Microb. Ecol. Theory: Curr. Perspect. 2012 57 70
50. M. Soto J. Nogales D. Pérez-Mendoza M.-T. Gallegos J. Olivares J. Sanjuán Cent. Eur. J. Biol. 2011 6 911 917
51. L. A. Ogilvie A. D. J. Overall B. V. Jones Microb. Ecol. Theory: Curr. Perspect. 2012 25 42
52. B. L. Bassler R. Losick Cell 2006 125 237 246
53. J. E. Gonzalez-Pastor E. C. Hobbs R. Losick Science 2003 301 510 513
54. T. Czaran R. F. Hoekstra PLoS One 2009 4 e6655
55. E. Ben Jacob I. Becker Y. Shapira H. Levine Trends Microbiol. 2004 12 366 372
56. Y. L. Yang Y. Xu R. D. Kersten W. T. Liu M. J. Meehan B. S. Moore N. Bandeira P. C. Dorrestein Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 5839 5842
57. V. V. Phelan W. T. Liu K. Pogliano P. C. Dorrestein Nat. Chem. Biol. 2012 8 26 35
58. J. Piel Nat. Prod. Rep. 2004 21 519 538
59. D. Romero M. F. Traxler D. Lopez R. Kolter Chem. Rev. 2011 111 5492 5505
60. R. I. Aminov Front. Microbiol. 2010 1 134
61. P. D. Schloss J. Handelsman Annu. Rev. Microbiol. 2007 61 23 34
62. J. Y. Yang J. R. Karr J. D. Watrous P. C. Dorrestein Curr. Opin. Chem. Biol. 2011 15 79 87
63. Y. L. Yang Y. Xu P. Straight P. C. Dorrestein Nat. Chem. Biol. 2009 5 885 887
64. R. M. Caprioli T. B. Farmer J. Gile Anal. Chem. 1997 69 4751 4760
65. D. S. Cornett M. L. Reyzer P. Chaurand R. M. Caprioli Nat. Methods 2007 4 828 833
66. E. Esquenazi C. Coates L. Simmons D. Gonzalez W. H. Gerwick P. C. Dorrestein Mol. Biosyst. 2008 4 562 570
67. J. D. Watrous V. V. Phelan C. C. Hsu W. J. Moree B. M. Duggan T. Alexandrov P. C. Dorrestein ISME J. 2013 7 770 780
68. M. F. Traxler J. D. Watrous T. Alexandrov P. C. Dorrestein R. Kolter MBio 2013 4 e00459 e00413
69. W. T. Liu Y. L. Yang Y. Xu A. Lamsa N. M. Haste J. Y. Yang J. Ng D. Gonzalez C. D. Ellermeier P. D. Straight P. A. Pevzner J. Pogliano V. Nizet K. Pogliano P. C. Dorrestein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 16286 16290
70. E. Esquenazi A. C. Jones T. Byrum P. C. Dorrestein W. H. Gerwick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 5226 5231
71. D. J. Gonzalez N. M. Haste A. Hollands T. C. Fleming M. Hamby K. Pogliano V. Nizet P. C. Dorrestein Microbiology 2011 157 2485 2492
72. R. J. Jaeger M. Lamshoft S. Gottfried M. Spiteller P. Spiteller J. Nat. Prod. 2013 76 127 134
73. W. T. Liu R. D. Kersten Y. L. Yang B. S. Moore P. C. Dorrestein J. Am. Chem. Soc. 2011 133 18010 18013
74. W. J. Moree J. Y. Yang X. Zhao W. T. Liu M. Aparicio L. Atencio J. Ballesteros J. Sanchez R. G. Gavilan M. Gutierrez P. C. Dorrestein J. Chem. Ecol. 2013 39 1045 1054
75. T. L. Simmons R. C. Coates B. R. Clark N. Engene D. Gonzalez E. Esquenazi P. C. Dorrestein W. H. Gerwick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 4587 4594
76. M. Taniguchi J. K. Nunnery N. Engene E. Esquenazi T. Byrum P. C. Dorrestein W. H. Gerwick J. Nat. Prod. 2010 73 393 398
77. S. Vergeiner L. Schafferer H. Haas T. Muller J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014 25 1498 1501
78. S. R. Barger B. C. Hoefler A. Cubillos-Ruiz W. K. Russell D. H. Russell P. D. Straight Antonie Van Leeuwenhoek 2012 102 435 445
79. D. Debois M. Ongena H. Cawoy E. De Pauw J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013 24 1202 1213
80. D. J. Gonzalez C. Y. Okumura A. Hollands R. Kersten K. Akong-Moore M. A. Pence C. L. Malone J. Derieux B. S. Moore A. R. Horswill J. E. Dixon P. C. Dorrestein V. Nizet J. Biol. Chem. 2012 287 13889 13898
81. D. J. Gonzalez Y. Xu Y. L. Yang E. Esquenazi W. T. Liu A. Edlund T. Duong L. Du I. Molnar W. H. Gerwick P. R. Jensen M. Fischbach C. C. Liaw P. Straight V. Nizet P. C. Dorrestein J. Proteomics 2012 75 5069 5076
82. B. C. Hoefler K. V. Gorzelnik J. Y. Yang N. Hendricks P. C. Dorrestein P. D. Straight Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 13082 13087
83. W. J. Moree O. J. McConnell D. D. Nguyen L. M. Sanchez Y. L. Yang X. Zhao W. T. Liu P. D. Boudreau J. Srinivasan L. Atencio J. Ballesteros R. G. Gavilan D. Torres-Mendoza H. M. Guzman W. H. Gerwick M. Gutierrez P. C. Dorrestein ACS Chem. Biol. 2014 9 2300 2308
84. W. J. Moree V. V. Phelan C. H. Wu N. Bandeira D. S. Cornett B. M. Duggan P. C. Dorrestein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 13811 13816
85. I. Schoenian M. Spiteller M. Ghaste R. Wirth H. Herz D. Spiteller Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 1955 1960
86. J. Davis W. F. Fricke M. T. Hamann E. Esquenazi P. C. Dorrestein R. T. Hill Appl. Environ. Microbiol. 2013 79 7073 7081
87. D. Debois E. Jourdan N. Smargiasso P. Thonart E. De Pauw M. Ongena Anal. Chem. 2014 86 4431 4438
88. K. Graupner K. Scherlach T. Bretschneider G. Lackner M. Roth H. Gross C. Hertweck Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 13173 13177
89. J. Kroiss M. Kaltenpoth B. Schneider M. G. Schwinger C. Hertweck R. K. Maddula E. Strohm A. Svatos Nat. Chem. Biol. 2010 6 261 263
90. P. Kusari S. Kusari M. Lamshoft S. Sezgin M. Spiteller O. Kayser Appl. Microbiol. Biotechnol. 2014 98 7173 7183
91. K. B. Louie B. P. Bowen X. Cheng J. E. Berleman R. Chakraborty A. Deutschbauer A. Arkin T. R. Northen Anal. Chem. 2013 85 10856 10862
92. K. A. Oswald-Richter D. C. Beachboard E. H. Seeley S. Abraham B. E. Shepherd C. A. Jenkins D. A. Culver R. M. Caprioli W. P. Drake J. Clin. Immunol. 2012 32 1129 1140
93. C. M. Rath T. Alexandrov S. K. Higginbottom J. Song M. E. Milla M. A. Fischbach J. L. Sonnenburg P. C. Dorrestein Anal. Chem. 2012 84 9259 9267
94. H. Ye E. Gemperline M. Venkateshwaran R. Chen P. M. Delaux M. Howes-Podoll J. M. Ané L. Li Plant J. 2013 75 130 145
95. J. D. Watrous P. C. Dorrestein Nat. Rev. Microbiol. 2011 9 683 694
96. J. L. Moore R. M. Caprioli E. P. Skaar Curr. Opin. Microbiol. 2014 19C 45 51
97. J. Y. Yang V. V. Phelan R. Simkovsky J. D. Watrous R. M. Trial T. C. Fleming R. Wenter B. S. Moore S. S. Golden K. Pogliano P. C. Dorrestein J. Bacteriol. 2012 194 6023 6028
98. D. M. G. Anderson Z. Ablonczy Y. Koutalos J. Spraggins R. K. Crouch R. M. Caprioli K. L. Schey J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014 25 1394 1403
99. E. Esquenazi Y. L. Yang J. Watrous W. H. Gerwick P. C. Dorrestein Nat. Prod. Rep. 2009 26 1521 1534
100. C. M. Rath P. C. Dorrestein Curr. Opin. Microbiol. 2012 15 147 154
101. S. Zhang Nat. Biotechnol. 2004 22 151 152
102. A. Zavalin J. Yang R. Caprioli J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013 24 1153 1156
103. S. Kusari M. Lamshoft P. Kusari S. Gottfried S. Zuhlke K. Louven U. Hentschel O. Kayser M. Spiteller J. Nat. Prod. 2014 77 2577 2584
104. R. G. Cooks Z. Ouyang Z. Takats J. M. Wiseman Science 2006 311 1566 1570
105. Z. Takáts J. M. Wiseman R. G. Cooks J. Mass Spectrom. 2005 40 1261 1275
106. C.-C. Hsu P. C. Dorrestein Curr. Opin. Biotechnol. 2015 31 24 34
107. T. Muller R. G. Cooks Bull. Korean Chem. Soc. 2014 35 919 924
108. A. K. Jarmusch R. G. Cooks Nat. Prod. Rep. 2014 31 730 738
109. Y. Song N. Talaty W. A. Tao Z. Pan R. G. Cooks Chem. Commun. 2007 61 63
110. M. Kai I. Gonzalez O. Genilloud S. B. Singh A. Svatos Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012 26 2477 2482
111. E. C. Randall J. Bunch H. J. Cooper Anal. Chem. 2014 86 10504 10510
112. M. W. Nielen T. A. van Beek Anal. Bioanal. Chem. 2014 406 6805 6815
113. J. Watrous P. Roach B. Heath T. Alexandrov J. Laskin P. C. Dorrestein Anal. Chem. 2013 85 10385 10391
114. D. J. Weston Analyst 2010 135 661 668
115. M. F. Traxler R. Kolter Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 10128 10129
116. A. L. Lane L. Nyadong A. S. Galhena T. L. Shearer E. P. Stout R. M. Parry M. Kwasnik M. D. Wang M. E. Hay F. M. Fernandez J. Kubanek Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 7314 7319
117. V. P. Sica H. A. Raja T. El-Elimat N. H. Oberlies RSC Adv. 2014 4 63221 63227
118. P. J. Roach J. Laskin A. Laskin Analyst 2010 135 2233 2236
119. J. Watrous N. Hendricks M. Meehan P. C. Dorrestein Anal. Chem. 2010 82 1598 1600
120. K. Hiraoka K. Nishidate K. Mori D. Asakawa S. Suzuki Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007 21 3139 3144
121. C. C. Hsu M. S. ElNaggar Y. Peng J. Fang L. M. Sanchez S. J. Mascuch K. A. Moller E. K. Alazzeh J. Pikula R. A. Quinn Y. Zeng B. E. Wolfe R. J. Dutton L. Gerwick L. Zhang X. Liu M. Mansson P. C. Dorrestein Anal. Chem. 2013 85 7014 7018
122. P. A. Kottke F. L. Degertekin A. G. Fedorov Anal. Chem. 2010 82 19 22
123. G. J. Van Berkel V. Kertesz Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009 23 1380 1386
124. P. J. Roach J. Laskin A. Laskin Anal. Chem. 2010 82 7979 7986
125. I. Lanekoff O. Geydebrekht G. E. Pinchuk A. E. Konopka J. Laskin Analyst 2013 138 1971 1978
126. J. Watrous P. Roach T. Alexandrov B. S. Heath J. Y. Yang R. D. Kersten M. van der Voort K. Pogliano H. Gross J. M. Raaijmakers B. S. Moore J. Laskin N. Bandeira P. C. Dorrestein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 E1743 E1752
127. C. C. Hsu N. M. White M. Hayashi E. C. Lin T. Poon I. Banerjee J. Chen S. L. Pfaff E. R. Macagno P. C. Dorrestein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 14855 14860
128. D. D. Nguyen C. H. Wu W. J. Moree A. Lamsa M. H. Medema X. Zhao R. G. Gavilan M. Aparicio L. Atencio C. Jackson J. Ballesteros J. Sanchez J. D. Watrous V. V. Phelan C. van de Wiel R. D. Kersten S. Mehnaz R. De Mot E. A. Shank P. Charusanti H. Nagarajan B. M. Duggan B. S. Moore N. Bandeira B. O. Palsson K. Pogliano M. Gutierrez P. C. Dorrestein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 E2611 E2620
129. A. L. Demain J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2014 41 185 201
130. G. D. Wright Can. J. Microbiol. 2014 60 147 154
131. K. Lewis Nature 2012 485 439 440
132. O. Genilloud Anton. Leeuw. Int. J. G. 2014 106 173 188
133. O. Genilloud F. Vicente RSC Drug Discov. 2012 V Viii
134. O. Genilloud F. Vicente RSC Drug Discov. 2012 221 248
135. P. Monciardini M. Iorio S. Maffioli M. Sosio S. Donadio Microb. Biotechnol. 2014 7 209 220
136. J. Davies Curr. Opin. Chem. Biol. 2011 15 5 10
137. L. L. Ling T. Schneider A. J. Peoples A. L. Spoering I. Engels B. P. Conlon A. Mueller T. F. Schaberle D. E. Hughes S. Epstein M. Jones L. Lazarides V. A. Steadman D. R. Cohen C. R. Felix K. A. Fetterman W. P. Millett A. G. Nitti A. M. Zullo C. Chen K. Lewis Nature 2014 517 455 459
138. W. H. Gerwick B. S. Moore Chem. Biol. 2012 19 85 98
139. S. Higginbotham W. R. Wong R. G. Linington C. Spadafora L. Iturrado A. E. Arnold PLoS One 2014 9
140. W. Fenical P. R. Jensen Nat. Chem. Biol. 2006 2 666 673
141. W. H. Gerwick A. M. Fenner Microb. Ecol. 2013 65 800 806
142. J. Piel Nat. Prod. Rep. 2009 26 338 362
143. M. Ernst D. B. Silva R. R. Silva R. Z. Vencio N. P. Lopes Nat. Prod. Rep. 2014 31 784 806
144. D. Krug R. Muller Nat. Prod. Rep. 2014 31 768 783
145. B. B. Aldridge K. Y. Rhee Curr. Opin. Microbiol. 2014 19 90 96
146. F. Hufsky K. Scheubert S. Bocker Nat. Prod. Rep. 2014 31 807 817
147. A. G. Brenton A. R. Godfrey J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 1821 1835
148. I. Ojanpera M. Kolmonen A. Pelander Anal. Bioanal. Chem. 2012 403 1203 1220
149. C. A. Smith G. O'Maille E. J. Want C. Qin S. A. Trauger T. R. Brandon D. E. Custodio R. Abagyan G. Siuzdak Ther. Drug Monit. 2005 27 747 751
150. H. Horai M. Arita S. Kanaya Y. Nihei T. Ikeda K. Suwa Y. Ojima K. Tanaka S. Tanaka K. Aoshima Y. Oda Y. Kakazu M. Kusano T. Tohge F. Matsuda Y. Sawada M. Y. Hirai H. Nakanishi K. Ikeda N. Akimoto T. Maoka H. Takahashi T. Ara N. Sakurai H. Suzuki D. Shibata S. Neumann T. Iida K. Tanaka K. Funatsu F. Matsuura T. Soga R. Taguchi K. Saito T. Nishioka J. Mass Spectrom. 2010 45 703 714
151. T. Kind K. H. Liu D. Y. Lee B. DeFelice J. K. Meissen O. Fiehn Nat. Methods 2013 10 755 758
152. D. S. Wishart T. Jewison A. C. Guo M. Wilson C. Knox Y. F. Liu Y. Djoumbou R. Mandal F. Aziat E. Dong S. Bouatra I. Sinelnikov D. Arndt J. G. Xia P. Liu F. Yallou T. Bjorndahl R. Perez-Pineiro R. Eisner F. Allen V. Neveu R. Greiner A. Scalbert Nucleic Acids Res. 2013 41 D801 D807
153. http://www.nist.gov/index.html
154. Y. Sawada R. Nakabayashi Y. Yamada M. Suzuki M. Sato A. Sakata K. Akiyama T. Sakurai F. Matsuda T. Aoki M. Y. Hirai K. Saito Phytochemistry 2012 82 38 45
155. N. Garg C. A. Kapono Y. W. Lim N. Koyama M. J. A. Vermeij D. Conrad F. Rohwer P. C. Dorrestein Int. J. Mass Spectrom. 2015 377 719 727
156. A. C. Guo T. Jewison M. Wilson Y. Liu C. Knox Y. Djoumbou P. Lo R. Mandal R. Krishnamurthy D. S. Wishart Nucleic Acids Res. 2013 41 D625 D630
157. T. Jewison C. Knox V. Neveu Y. Djoumbou A. C. Guo J. Lee P. Liu R. Mandal R. Krishnamurthy I. Sinelnikov M. Wilson D. S. Wishart Nucleic Acids Res. 2012 40 D815 D820
158. T. El-Elimat M. Figueroa B. M. Ehrmann N. B. Cech C. J. Pearce N. H. Oberlies J. Nat. Prod. 2013 76 1709 1716
159. J. Y. Yang L. M. Sanchez C. M. Rath X. Liu P. D. Boudreau N. Bruns E. Glukhov A. Wodtke R. de Felicio A. Fenner W. R. Wong R. G. Linington L. Zhang H. M. Debonsi W. H. Gerwick P. C. Dorrestein J. Nat. Prod. 2013 76 1686 1699
160. A. Klitgaard A. Iversen M. R. Andersen T. O. Larsen J. C. Frisvad K. F. Nielsen Anal. Bioanal. Chem. 2014 406 1933 1943
161. M. S. Butler J. Nat. Prod. 2004 67 2141 2153
162. T. Ito M. Masubuchi J. Antibiot. 2014 67 353 360
163. F. Hufsky K. Duhrkop F. Rasche M. Chimani S. Bocker Bioinformatics 2012 28 I265 I273
164. F. Hufsky K. Scheubert S. Bocker TrAC, Trends Anal. Chem. 2014 53 41 48
165. A. Bouslimani C. Porto C. M. Rath M. Wang Y. Guo A. Gonzalez D. Berg-Lyon G. Ackermann G. J. Moeller Christensen T. Nakatsuji L. Zhang A. W. Borkowski M. J. Meehan K. Dorrestein R. L. Gallo N. Bandeira R. Knight T. Alexandrov P. C. Dorrestein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 E2120 E2129
166. A. M. Sidebottom A. R. Johnson J. A. Karty D. J. Trader E. E. Carlson ACS Chem. Biol. 2013 8 2009 2016
167. M. I. Vizcaino P. Engel E. Trautman J. M. Crawford J. Am. Chem. Soc. 2014 136 9244 9247
168. M. C. Wilson T. Mori C. Ruckert A. R. Uria M. J. Helf K. Takada C. Gernert U. A. Steffens N. Heycke S. Schmitt C. Rinke E. J. Helfrich A. O. Brachmann C. Gurgui T. Wakimoto M. Kracht M. Crusemann U. Hentschel I. Abe S. Matsunaga J. Kalinowski H. Takeyama J. Piel Nature 2014 506 58 62
169. J. R. Winnikoff E. Glukhov J. Watrous P. C. Dorrestein W. H. Gerwick J. Antibiot. 2014 67 105 112
170. W. T. Liu A. Lamsa W. R. Wong P. D. Boudreau R. Kersten Y. Peng W. J. Moree B. M. Duggan B. S. Moore W. H. Gerwick R. G. Linington K. Pogliano P. C. Dorrestein J. Antibiot. 2014 67 99 104
171. M. Thomas, B. S. Heath, J. Laskin, D. Li, E. Liu, K. Hui, A. P. Kuprat, K. K. van Dam and J. P. Carson, Conference proceedings:. Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual Conference, 2012, 2012, 5545-5548
172. A. Guthals J. D. Watrous P. C. Dorrestein N. Bandeira Mol. Biosyst. 2012 8 2535 2544
173. P. Shannon A. Markiel O. Ozier N. S. Baliga J. T. Wang D. Ramage N. Amin B. Schwikowski T. Ideker Genome Res. 2003 13 2498 2504
174. C. M. Rath J. Y. Yang T. Alexandrov P. C. Dorrestein J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013 24 1167 1176
175. M. Gerlich S. Neumann J. Mass Spectrom. 2013 48 291 298
176. F. Rasche K. Scheubert F. Hufsky T. Zichner M. Kai A. Svatos S. Bocker Anal. Chem. 2012 84 3417 3426
177. Y. Ma T. Kind D. Yang C. Leon O. Fiehn Anal. Chem. 2014 86 10724 10731
178. A. Ibrahim L. Yang C. Johnston X. Liu B. Ma N. A. Magarvey Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 19196 19201
179. Q. Zhang M. Ortega Y. Shi H. Wang J. O. Melby W. Tang D. A. Mitchell W. A. van der Donk Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 12031 12036
180. F. Allen R. Greiner D. Wishart Metabolomics 2015 11 98 110
181. M. H. Medema Y. Paalvast D. D. Nguyen A. Melnik P. C. Dorrestein E. Takano R. Breitling PLoS Comput. Biol. 2014 10 e1003822
182. H. Mohimani R. D. Kersten W. T. Liu M. Wang S. O. Purvine S. Wu H. M. Brewer L. Pasa-Tolic N. Bandeira B. S. Moore P. A. Pevzner P. C. Dorrestein ACS Chem. Biol. 2014 9 1545 1551
183. H. Mohimani W. T. Liu R. D. Kersten B. S. Moore P. C. Dorrestein P. A. Pevzner J. Nat. Prod. 2014 77 1902 1909
184. P. Cimermancic M. H. Medema J. Claesen K. Kurita L. C. Wieland Brown K. Mavrommatis A. Pati P. A. Godfrey M. Koehrsen J. Clardy B. W. Birren E. Takano A. Sali R. G. Linington M. A. Fischbach Cell 2014 158 412 421
185. E. J. N. Helfrich S. Reiter J. Piel Curr. Opin. Biotechnol. 2014 29 107 115
186. C. T. Walsh M. A. Fischbach J. Am. Chem. Soc. 2010 132 2469 2493
187. M. I. Vizcaino X. Guo J. M. Crawford J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2014 41 285 299
188. J. G. Owen Z. Charlop-Powers A. G. Smith M. A. Ternei P. Y. Calle B. V. Reddy D. Montiel S. F. Brady Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 4221 4226
189. R. D. Kersten Y. L. Yang Y. Xu P. Cimermancic S. J. Nam W. Fenical M. A. Fischbach B. S. Moore P. C. Dorrestein Nat. Chem. Biol. 2011 7 794 802
190. R. D. Kersten N. Ziemert D. J. Gonzalez B. M. Duggan V. Nizet P. C. Dorrestein B. S. Moore Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 E4407 E4416
191. D. K. Holm L. M. Petersen A. Klitgaard P. B. Knudsen Z. D. Jarczynska K. F. Nielsen C. H. Gotfredsen T. O. Larsen U. H. Mortensen Chem. Biol. 2014 21 519 529
192. M. I. Vizcaino J. M. Crawford Nat. Chem. 2015 7 411 417
193. L. M. Petersen D. K. Holm P. B. Knudsen K. F. Nielsen C. H. Gotfredsen U. H. Mortensen T. O. Larsen J. Antibiot. 2015 68 201 205
194. D. J. Creek W. B. Dunn O. Fiehn J. L. Griffin R. D. Hall Z. T. Lei R. Mistrik S. Neumann E. L. Schymanski L. W. Sumner R. Trengove J. L. Wolfender Metabolomics 2014 10 350 353