Metabolic profiling directly from the petri dish using nanospray desorption electrospray ionization imaging mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 21, 2013, Pages 10385-10391

  Watrous, Jeramie ^a,b   Roach, Patrick ^c,f   Heath, Brandi ^c   Alexandrov, Theodore ^b,d   Laskin, Julia ^c   Dorrestein, Pieter C ^a,b,e  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^c PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

^d UNIVERSITY OF BREMEN   (Germany)

^e UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^f Roach and Associates   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL GRADIENTS; CHEMICAL MANIPULATION; COMPLEX BIOLOGICAL SYSTEMS; DESORPTION ELECTROSPRAY IONIZATION; IMAGING MASS SPECTROMETRY; METABOLIC PROFILING; SHEWANELLA ONEIDENSIS MR-1; STREPTOMYCES COELICOLOR A3(2);

BACTERIA; BIOFILMS; BIOLOGICAL SYSTEMS; DESORPTION; ELECTROSPRAY IONIZATION; PORPHYRINS; SECONDARY ION MASS SPECTROMETRY;

METABOLISM;

ARTICLE; BACILLUS SUBTILIS; BIOFILM; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METHODOLOGY; NANOTECHNOLOGY; SHEWANELLA; STREPTOMYCES COELICOLOR;

BACILLUS SUBTILIS; BIOFILMS; NANOTECHNOLOGY; SHEWANELLA; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; STREPTOMYCES COELICOLOR;

EID: 84887777195     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4023154     Document Type: Article

References (36)

1. Camilli, A.; Bassler, B. L. Science 2006, 311, 1113-1116
2. Phelan, V. V.; Liu, W. T.; Pogliano, K.; Dorrestein, P. C. Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 26-35
3. Ryan, R. P.; Dow, J. M. Microbiology 2008, 154, 1845-1858
4. Linares, J. F.; Gustafsson, I.; Baquero, F.; Martinez, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 19484-19489
5. Gonzalez, D. J.; Haste, N. M.; Hollands, A.; Fleming, T. C.; Hamby, M.; Pogliano, K.; Nizet, V.; Dorrestein, P. C. Microbiology 2011, 157, 2485-2492
6. Shank, E. A.; Klepac-Ceraj, V.; Collado-Torres, L.; Powers, G. E.; Losick, R.; Kolter, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, E1236-1243
7. Straight, P. D.; Willey, J. M.; Kolter, R. J. Bacteriol. 2006, 188, 4918-4925
8. Yang, Y. L.; Xu, Y.; Straight, P.; Dorrestein, P. C. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 885-887
9. Li, J. W.; Vederas, J. C. Science 2009, 325, 161-165
10. Roach, P. J.; Laskin, J.; Laskin, A. Analyst 2010, 135, 2233-2236
11. Watrous, J.; Roach, P.; Alexandrov, T.; Heath, B. S.; Yang, J. Y.; Kersten, R. D.; van der Voort, M.; Pogliano, K.; Gross, H.; Raaijmakers, J. M.; Moore, B. S.; Laskin, J.; Bandeira, N.; Dorrestein, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, E1743-1752
12. Lanekoff, I.; Geydebrekht, O.; Pinchuk, G. E.; Konopka, A. E.; Laskin, J. Analyst 2013, 138, 1971
13. Watrous, J. D.; Alexandrov, T.; Dorrestein, P. C. J. Mass Spectrom. 2011, 46, 209-222
14. Watrous, J. D.; Dorrestein, P. C. Nat. Rev. Microbiol. 2011, 9, 683-694
15. Yang, J. Y.; Phelan, V. V.; Simkovsky, R.; Watrous, J. D.; Trial, R. M.; Fleming, T. C.; Wenter, R.; Moore, B. S.; Golden, S. S.; Pogliano, K.; Dorrestein, P. C. J. Bacteriol. 2012, 194, 6023-6028
16. Song, Y.; Talaty, N.; Datsenko, K.; Wanner, B. L.; Cooks, R. G. Analyst 2009, 134, 838
17. Watrous, J.; Hendricks, N.; Meehan, M.; Dorrestein, P. C. Anal. Chem. 2010, 82, 1598-1600
18. Debois, D.; Hamze, K.; Guérineau, V.; Le Caër, J.-P.; Holland, I. B.; Lopes, P.; Ouazzani, J.; Séror, S. J.; Brunelle, A.; Laprévote, O. Proteomics 2008, 8, 3682-3691
19. Heeren, R. M. A.; McDonnell, L. A.; Amstalden, E.; Luxembourg, S. L.; Altelaar, A. F. M.; Piersma, S. R. Appl. Surf. Sci. 2006, 252, 6827-6835
20. Bentley, S. D.; Chater, K. F.; Cerdeño-Tárraga, A. M.; Challis, G. L.; Thomson, N. R.; James, K. D.; Harris, D. E.; Quail, M. A.; Kieser, H.; Harper, D.; Bateman, A.; Brown, S.; Chandra, G.; Chen, C. W.; Collins, M.; Cronin, A.; Fraser, A.; Goble, A.; Hidalgo, J.; Hornsby, T.; Howarth, S.; Huang, C. H.; Kieser, T.; Larke, L.; Murphy, L.; Oliver, K.; O'Neil, S.; Rabbinowitsch, E.; Rajandream, M. A.; Rutherford, K.; Rutter, S.; Seeger, K.; Saunders, D.; Sharp, S.; Squares, R.; Squares, S.; Taylor, K.; Warren, T.; Wietzorrek, A.; Woodward, J.; Barrell, B. G.; Parkhill, J.; Hopwood, D. A. Nature 2002, 417, 141-147
21. Lankoff, I.; Thomas, M.; Carson, J. P.; Smith, J. N.; Timchalk, C.; Laskin, J. Anal. Chem. 2013, 85, 882-889
22. Laskin, J.; Heath, B. S.; Roach, P. J.; Cazares, L.; Semmes, O. J. Anal. Chem. 2012, 84, 141-148
23. Watrous, J. D.; Phelan, V. V.; Hsu, C. C.; Moree, W. J.; Duggan, B. M.; Alexandrov, T.; Dorrestein, P. C. ISME J. 2013, 7, 770-780
24. Hau, H. H.; Gralnick, J. A. Annu. Rev. Microbiol. 2007, 61, 237-258
25. Nealson, K. H.; Scott, J. Prokaryotes 2006, 6, 1133-1151
26. Gorby, Y. A.; Yanina, S.; McLean, J. S.; Rosso, K. M.; Moyles, D.; Dohnalkova, A.; Beveridge, T. J.; Chang, I. S.; Kim, B. H.; Kim, K. S.; Culley, D. E.; Reed, S. B.; Romine, M. F.; Saffarini, D. A.; Hill, E. A.; Shi, L.; Elias, D. A.; Kennedy, D. W.; Pinchuk, G.; Watanabe, K.; Ishii, S.; Logan, B.; Nealson, K. H.; Fredrickson, J. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11358-11363
27. Hartshorne, R. S.; Reardon, C. L.; Ross, D.; Nuester, J.; Clarke, T. A.; Gates, A. J.; Mills, P. C.; Fredrickson, J. K.; Zachara, J. M.; Shi, L.; Beliaev, A. S.; Marshall, M. J.; Tien, M.; Brantley, S.; Butt, J. N.; Richardson, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 22169-22174
28. Kim, H. J.; Park, H. S.; Hyun, M. S.; Chang, I. S.; Kim, M.; Kim, B. H. Enzyme Microb. Technol. 2002, 30, 145-152
29. Logan, B. E.; Regan, J. M. Trends Microbiol. 2006, 14, 512-518
30. Ledyard, K. M.; Butler, A. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 93-97
31. Marsili, E.; Baron, D. B.; Shikhare, I. D.; Coursolle, D.; Gralnick, J. A.; Bond, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 3968-3973
32. Jacobs, N. J.; Jacobs, J. M.; Brent, P. J. Bacteriol. 1971, 107, 203-209
33. Mayfield, J. A.; Dehner, C. A.; DuBois, J. L. Cur. Opin. Chem. Biol. 2011, 15, 260-266
34. Meyer, T. E.; Tsapin, A. I.; Vandenberghe, I.; de Smet, L.; Frishman, D.; Nealson, K. H.; Cusanovich, M. A.; van Beeumen, J. J. Omics 2004, 8, 57-77
35. Romine, M. F.; Carlson, T. S.; Norbeck, A. D.; McCue, L. A.; Lipton, M. S. Appl. Environ. Microbiol. 2008, 74, 3257-3265
36. Shi, L.; Chen, B.; Wang, Z.; Elias, D. A.; Mayer, M. U.; Gorby, Y. A.; Ni, S.; Lower, B. H.; Kennedy, D. W.; Wunschel, D. S.; Mottaz, H. M.; Marshall, M. J.; Hill, E. A.; Beliaev, A. S.; Zachara, J. M.; Fredrickson, J. K.; Squier, T. C. J. Bacteriol. 2006, 188, 4705-4714