Rapid discrimination of bacteria by paper spray mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 15, 2014, Pages 7500-7507

  Hamid, Ahmed M ^a   Jarmusch, Alan K ^a   Pirro, Valentina ^b   Pincus, David H ^c   Clay, Bradford G ^c   Gervasi, Gaspard ^c   Cooks, R Graham ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF TURIN   (Italy)

^c BIOMÉRIEUX   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DATA FUSION; MASS SPECTROMETERS; MASS SPECTROMETRY; MULTIVARIANT ANALYSIS; NEGATIVE IONS; PHOSPHOLIPIDS; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS;

AMBIENT IONIZATIONS; BACTERIAL COLONIES; GRAM-NEGATIVE BACTERIA; GRAM-POSITIVE BACTERIUM; LINEAR DISCRIMINANT ANALYSIS; MULTIVARIATE DATA ANALYSIS; POSITIVE ION MODE; SAMPLE PREPARATION;

BACTERIA;

EID: 84905694078     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac501254b     Document Type: Article

References (83)

1. Derda, R.; Lockett, M. R.; Tang, S. K. Y.; Fuller, R. C.; Maxwell, E. J.; Breiten, B.; Cuddemi, C. A.; Ozdogan, A.; Whitesides, G. M. Anal. Chem. 2013, 85, 7213-7220
2. Hsu, C.-C.; ElNaggar, M. S.; Peng, Y.; Fang, J.; Sanchez, L. M.; Mascuch, S. J.; MØller, K. A.; Alazzeh, E. K.; Pikula, J.; Quinn, R. A. Anal. Chem. 2013, 85, 7014-7018
3. Kloß, S.; Kampe, B.; Sachse, S.; Rösch, P.; Straube, E.; Pfister, W.; Kiehntopf, M.; Popp, J. Anal. Chem. 2013, 85, 9610-9616
4. Smith, P. B. W.; Snyder, A. P.; Harden, C. S. Anal. Chem. 1995, 67, 1824-1830
5. Mansfield, L. P.; Forsythe, S. J. Lett. Appl. Microbiol. 2000, 31, 279-283
6. Emonet, S.; Shah, H. N.; Cherkaoui, A.; Schrenzel, J. Clin. Microbiol. Infect. 2010, 16, 1604-1613
7. Van Kessel, J. S.; Karns, J. S.; Perdue, M. L. J. Food Prot. 2003, 66, 1762-1767
8. Amann, R. I. Molecular microbial ecology manual; Springer: New York, 1995; pp 331-345.
9. Bochner, B. R. FEMS Microbiol. Rev. 2009, 33, 191-205
10. Grim, C. J.; Kotewicz, M. L.; Power, K. A.; Gopinath, G.; Franco, A. A.; Jarvis, K. G.; Yan, Q. Q.; Jackson, S. A.; Sathyamoorthy, V.; Hu, L. BMC Genomics 2013, 14, 366
11. McKillip, J. L.; Drake, M. J. Food Prot. 2004, 67, 823-832
12. Paauw, A.; Caspers, M. P. M.; Schuren, F. H. J.; Leverstein-van Hall, M. A.; Delétoile, A.; Montijn, R. C.; Verhoef, J.; Fluit, A. C. PloS One 2008, 3, e3018
13. Tang, Y. W.; Ellis, N. M.; Hopkins, M. K.; Smith, D. H.; Dodge, D. E.; Persing, D. H. J. Clin. Microbiol. 1998, 36, 3674-3679
14. Antti, H.; Fahlgren, A.; Näsström, E.; Kouremenos, K.; Sundén-Cullberg, J.; Guo, Y.; Moritz, T.; Wolf-Watz, H.; Johansson, A.; Fallman, M. PloS One 2013, 8, e56971
15. Caroff, M.; Karibian, D. Carbohydr. Res. 2003, 338, 2431-2447
16. Havlicek, V.; Lemr, K.; Schug, K. A. Anal. Chem. 2013, 85, 790-797
17. Heller, D. N.; Cotter, R. J.; Fenselau, C.; Uy, O. M. Anal. Chem. 1987, 59, 2806-2809
18. Anhalt, J. P.; Fenselau, C. Anal. Chem. 1975, 47, 219-225
19. Wu, Y.; Li, L. Anal. Chem. 2013, 85, 5755-5763
20. Meuzelaar, H. C.; Kistemaker, P. G. Anal. Chem. 1973, 45, 587-590
21. Magee, J. T.; Hindmarch, J. M.; Bennett, K. W.; Duerden, B. I.; Aries, R. E. J. Med. Microbiol. 1989, 28, 227-236
22. Mowry, C.; Morgan, C. H.; Baca, Q.; Manginell, R. P.; Kottenstette, R. J.; Lewis, P.; Frye-Mason, G. C. Int. Soc. Opt. Photonics 2002, 83-90
23. Goodfellow, M.; Freeman, R.; Sisson, P. R. Zentralbl. Bakteriol. 1997, 285, 133-156
24. Cole, M. J.; Enke, C. G. Anal. Chem. 1991, 63, 1032-1038
25. Pramanik, B. N.; Zechman, J. M.; Das, P. R.; Bartner, P. L. Biol. Mass Spectrom. 1990, 19, 164-170
26. DeLuca, S.; Sarver, E. W.; Harrington, P. d. B.; Voorhees, K. J. Anal. Chem. 1990, 62, 1465-1472
27. Gelpi, E. In Mass spectrometry for the characterization of microorganisms; Fenselau, C., Ed.; ACS Symposium Series, No. 541; American Chemical Society: Washington, DC, 1994.
28. Heller, D. N.; Murphy, C. M.; Cotter, R. J.; Fenselau, C.; Uy, O. M. Anal. Chem. 1988, 60, 2787-2791
29. Hendricker, A. D.; Abbas-Hawks, C.; Basile, F.; Voorhees, K. J.; Hadfield, T. L. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 190, 331-342
30. Basile, F.; Beverly, M. B.; Abbas-Hawks, C.; Mowry, C. D.; Voorhees, K. J.; Hadfield, T. L. Anal. Chem. 1998, 70, 1555-1562
31. Emerson, D.; Agulto, L.; Liu, H.; Liu, L. BioScience 2008, 58, 925-936
32. Meng, F.; Cargile, B. J.; Miller, L. M.; Forbes, A. J.; Johnson, J. R.; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 952-957
33. Cargile, B. J.; McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L. Anal. Chem. 2001, 73, 1277-1285
34. Eigner, U.; Holfelder, M.; Oberdorfer, K.; Betz-Wild, U.; Bertsch, D.; Fahr, A.-M. Clin. Lab. 2009, 55, 289-296
35. Ford, B. A.; Burnham, C.-A. D. J. Clin. Microbiol. 2013, 51, 1412-1420
36. Sadeghi, M.; Vertes, A. Appl. Surf. Sci. 1998, 127, 226-234
37. Khot, P. D.; Fisher, M. A. J. Clin. Microbiol. 2013, 51, 3711-3716
38. Christensen, J. J. r.; Dargis, R.; Hammer, M.; Justesen, U. S.; Nielsen, X. C.; Kemp, M. J. Clin. Microbiol. 2012, 50, 1787-1791
39. Khot, P. D.; Couturier, M. R.; Wilson, A.; Croft, A.; Fisher, M. A. J. Clin. Microbiol. 2012, 50, 3845-3852
40. Bizzini, A.; Durussel, C.; Bille, J.; Greub, G.; Prod'hom, G. J. Clin. Microbiol. 2010, 48, 1549-1554
41. El Hamidi, A.; Tirsoaga, A.; Novikov, A.; Hussein, A.; Caroff, M. J. Lipid Res. 2005, 46, 1773-1778
42. Chingin, K.; Liang, J.; Chen, H. RSC Adv. 2013.
43. Cooks, R. G.; Ouyang, Z.; Takats, Z.; Wiseman, J. M. Science 2006, 311, 1566-1570
44. Zhang, J. I.; Costa, A. B.; Tao, W. A.; Cooks, R. G. Analyst 2011, 136, 3091-3097
45. Song, Y.; Talaty, N.; Tao, W. A.; Pan, Z.; Cooks, R. G. Chem. Commun. 2007, 61-63
46. Zhang, J. I.; Talaty, N.; Costa, A. B.; Yu, X.; Tao, W. A.; Bell, R.; Callahan, J. H.; Cooks, R. G. Int. J. Mass Spectrom. 2011, 301, 37-44
47. Song, Y.; Talaty, N.; Datsenko, K.; Wanner, B. L.; Cooks, R. G. Analyst 2009, 134, 838-841
48. Rath, C.; Yang, J.; Alexandrov, T.; Dorrestein, P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 1-10
49. Roach, P. J.; Laskin, J.; Laskin, A. Analyst 2010, 135, 2233-2236
50. Watrous, J.; Roach, P. J.; Heath, B. S.; Alexandrov, T.; Laskin, J.; Dorrestein, P. C. Anal. Chem. 2013, 85, 10385-10391
51. Watrous, J.; Roach, P.; Alexandrov, T.; Heath, B. S.; Yang, J. Y.; Kersten, R. D.; van der Voort, M.; Pogliano, K.; Gross, H.; Raaijmakers, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, E1743-E1752
52. Lanekoff, I.; Geydebrekht, O.; Pinchuk, G. E.; Konopka, A. E.; Laskin, J. Analyst 2013, 138, 1971-1978
53. Pierce, C. Y.; Barr, J. R.; Cody, R. B.; Massung, R. F.; Woolfitt, A. R.; Moura, H.; Thompson, H. A.; Fernandez, F. M. Chem. Commun. 2007, 807-809
54. Parsiegla, G.; Shrestha, B.; Carrière, F. d. r.; Vertes, A. Anal. Chem. 2012, 84, 34-38
55. Strittmatter, N.; Jones, E. A.; Veselkov, K. A.; Rebec, M.; Bundy, J. G.; Takats, Z. Chem. Commun. 2013, 49, 6188-6190
56. Pirro, V.; Eberlin, L. S.; Oliveri, P.; Cooks, R. G. Analyst 2012, 137, 2374-2380
57. Gonzalez-Serrano, A. F.; Pirro, V.; Ferreira, C. R.; Oliveri, P.; Eberlin, L. S.; Heinzmann, J.; Lucas-Hahn, A.; Niemann, H.; Cooks, R. G. PloS One 2013, 8, e74981
58. Oliveri, P.; Downey, G. TrAC, Trends Anal. Chem. 2012, 35, 74-86
59. Kemsley, E. K. Chemom. Intell. Lab. Syst. 1996, 33, 47-61
60. Tominaga, Y. Chemom. Intell. Lab. Syst. 1999, 49, 105-115
61. Prescott, L. M.; Harley, J. P.; Klein, D. A., Eds. Microbiology, 5 th ed.; McGraw-Hill: New York, 2002.
62. Fraser, C.; Alm, E. J.; Polz, M. F.; Spratt, B. G.; Hanage, W. P. Science 2009, 323, 741-746
63. Liu, J. J.; Wang, H.; Manicke, N. E.; Lin, J. M.; Cooks, R. G.; Ouyang, Z. Anal. Chem. 2010, 82, 2463-2471
64. Oliveri, P.; Casolino, M.; Forina, M. Adv. Food Nutr. Res. 2010, 61, 57-117
65. Fearn, T. NIR News 2009, 20, 16-17
66. Cooks, R. G.; Manicke, N. E.; Dill, A. L.; Ifa, D. R.; Eberlin, L. S.; Costa, A. B.; Wang, H.; Huang, G.; Ouyang, Z. Faraday Discuss. 2011, 149, 247-267
67. Espy, R. D.; Muliadi, A. R.; Ouyang, Z.; Cooks, R. G. Int. J. Mass Spectrom. 2012, 325, 167-171
68. Badu-Tawiah, A.; Cooks, R. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1423-1431
69. Dufour, P.; Jarraud, S.; Vandenesch, F.; Greenland, T.; Novick, R. P.; Bes, M.; Etienne, J.; Lina, G. J. Bacteriol. 2002, 184, 1180-1186
70. Huebner, J.; Goldmann, D. A. Annu. Rev. Med. 1999, 50, 223-236
71. Kracht, M.; Rokos, H.; Ozel, M.; Kowall, M.; Pauli, G.; Vater, J. J. Antibiot. 1999, 52, 613
72. Al-Ajlani, M. M.; Sheikh, M. A.; Ahmad, Z.; Hasnain, S. Microbial Cell Fact. 2007, 6, 17
73. D'Auria, L.; Deleu, M.; Dufour, S.; Mingeot-Leclercq, M. P.; Tyteca, D. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2013, 1828, 2064-2073
74. Deleu, M.; Lorent, J.; Lins, L.; Brasseur, R.; Braun, N.; El Kirat, K.; Nylander, T.; Dufrêne, Y. F.; Mingeot-Leclercq, M.-P. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2012, 1828, 801-815
75. Dufour, S.; Deleu, M.; Nott, K.; Wathelet, B.; Thonart, P.; Paquot, M. Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 2005, 1726, 87-95
76. Peypoux, F.; Bonmatin, J. M.; Wallach, J. Appl. Microbiol. Biotechnol. 1999, 51, 553-563
77. Abalos, A.; Pinazo, A.; Infante, M. R.; Casals, M.; Garcia, F.; Manresa, A. Langmuir 2001, 17, 1367-1371
78. Soberón-Chávez, G.; Lépine, F.; Déziel, E. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2005, 68, 718-725
79. Blanchet, L.; Smolinska, A.; Attali, A.; Stoop, M. P.; Ampt, K. A. M.; van Aken, H.; Suidgeest, E.; Tuinstra, T.; Wijmenga, S. S.; Luider, T. BMC Bioinf. 2011, 12, 254
80. Ferreira, C. R.; Pirro, V.; Eberlin, L. S.; Hallett, J. E.; Cooks, R. G. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 404, 2915-2926
81. Jarman, K. H.; Cebula, S. T.; Saenz, A. J.; Petersen, C. E.; Valentine, N. B.; Kingsley, M. T.; Wahl, K. L. Anal. Chem. 2000, 72, 1217-1223
82. Wahl, K. L.; Wunschel, S. C.; Jarman, K. H.; Valentine, N. B.; Petersen, C. E.; Kingsley, M. T.; Zartolas, K. A.; Saenz, A. J. Anal. Chem. 2002, 74, 6191-6199
83. Muyzer, G.; De Waal, E. C.; Uitterlinden, A. G. Appl. Environ. Microbiol. 1993, 59, 695-700