Spatiotemporal monitoring of the antibiome secreted by bacillus biofilms on plant roots using MALDI mass spectrometry imaging

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 9, 2014, Pages 4431-4438

  Debois, Delphine ^a   Jourdan, Emmanuel ^a   Smargiasso, Nicolas ^a   Thonart, Philippe ^a   De Pauw, Edwin ^a   Ongena, Marc ^a  

^a UNIVERSITY OF LIÈGE   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIBIOTICS; BACTERIA; BACTERIOLOGY; BIOFILMS; MASS SPECTROMETRY; SOILS;

BACILLUS AMYLOLIQUEFACIENS; BIOACTIVE COMPOUNDS; LABORATORY CONDITIONS; MALDI-MASS SPECTROMETRY; MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION/IONIZATION MASS SPECTROMETRY; PLANT-MICROBE INTERACTIONS; SPATIO-TEMPORAL CHANGES; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

MOLECULAR IMAGING;

BACILLUS; BIOFILM; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; MICROBIOLOGY; PLANT ROOT; PROCEDURES;

BACILLUS; BIOFILMS; PLANT ROOTS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 84899825774     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500290s     Document Type: Article

References (48)

1. Hamdache, A.; Lamarti, A.; Aleu, J.; Collado, I. G. J. Nat. Prod. 2011, 74 (4) 893-899
2. Sansinenea, E.; Ortiz, A. Biotechnol. Lett. 2011, 33 (8) 1523-1538
3. Stein, T. Mol. Microbiol. 2005, 56 (4) 845-857
4. Chen, X. H.; Koumoutsi, A.; Scholz, R.; Eisenreich, A.; Schneider, K.; Heinemeyer, I.; Morgenstern, B.; Voss, B.; Hess, W. R.; Reva, O.; Junge, H.; Voigt, B.; Jungblut, P. R.; Vater, J.; Süssmuth, R.; Liesegang, H.; Strittmatter, A.; Gottschalk, G.; Borriss, R. Nat. Biotechnol. 2007, 25 (9) 1007-1014
5. Rückert, C.; Blom, J.; Chen, X.; Reva, O.; Borriss, R. J. Biotechnol. 2011, 155 (1) 78-85
6. Chen, X. H.; Scholz, R.; Borriss, M.; Junge, H.; Mögel, G.; Kunz, S.; Borriss, R. J. Biotechnol. 2009, 140 (1-2) 38-44
7. Moldenhauer, J.; Chen, X. H.; Borriss, R.; Piel, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46 (43) 8195-8197
8. Pérez-García, A.; Romero, D.; de Vicente, A. Curr. Opin. Biotechnol. 2011, 22 (2) 187-193
9. Raaijmakers, J.; De Bruin, I.; Nybroe, O.; Ongena, M. FEMS Microbiol. Rev. 2010, 34, 1037-1062
10. Cawoy, H.; Bettiol, W.; Fickers, P.; Ongena, M. Bacillus -based biological control of plant diseases. In Pesticides in the Modern World; Stoytcheva, M., Ed.; InTech: Rijeka, Croatia, 2011; pp 273-301.
11. McSpadden Gardener, B. B. Phytopathology 2004, 94 (11) 1252-1258
12. Nihorimbere, V.; Cawoy, H.; Seyer, A.; Brunelle, A.; Thonart, P.; Ongena, M. FEMS Microbiol. Ecol. 2012, 79 (1) 176-191
13. Raaijmakers, J. M.; Mazzola, M. Annu. Rev. Phytopathol. 2012, 50, 403-424
14. Barger, S. R.; Hoefler, B. C.; Cubillos-Ruiz, A.; Russell, W. K.; Russell, D. H.; Straight, P. D. Antonie Van Leeuwenhoek 2012, 102 (3) 435-445
15. Watrous, J. D.; Dorrestein, P. C. Nat. Rev. Microbiol. 2011, 9 (9) 683-694
16. Yang, Y. L.; Xu, Y.; Straight, P.; Dorrestein, P. C. Nat. Chem. Biol. 2009, 5 (12) 885-887
17. Hoefler, B. C.; Gorzelnik, K. V.; Yang, J. Y.; Hendricks, N.; Dorrestein, P. C.; Straight, P. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109 (32) 13082-13087
18. Debois, D.; Ongena, M.; Cawoy, H.; De Pauw, E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24 (8) 1202-1213
19. Pertot, I.; Puopolo, G.; Hosni, T.; Pedrotti, L.; Jourdan, E.; Ongena, M. FEMS Microbiol. Ecol. 2013, 86 (3) 505-519
20. Borriss, R.; Chen, X. H.; Rueckert, C.; Blom, J.; Becker, A.; Baumgarth, B.; Fan, B.; Pukall, R.; Schumann, P.; Spröer, C.; Junge, H.; Vater, J.; Pühler, A.; Klenk, H. P. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2011, 61 (8) 1786-1801
21. Chen, X. H.; Koumoutsi, A.; Scholz, R.; Schneider, K.; Vater, J.; Süssmuth, R.; Piel, J.; Borriss, R. J. Biotechnol. 2009, 140 (1-2) 27-37
22. Chen, X. H.; Koumoutsi, A.; Scholz, R.; Borriss, R. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2009, 16 (1-2) 14-24
23. Hao, K.; He, P.; Blom, J.; Rueckert, C.; Mao, Z.; Wu, Y.; He, Y.; Borriss, R. J. Bacteriol. 2012, 194 (12) 3264-3265
24. He, P.; Hao, K.; Blom, J.; Rückert, C.; Vater, J.; Mao, Z.; Wu, Y.; Hou, M.; He, P.; He, Y.; Borriss, R. J. Biotechnol. 2013, 164 (2) 281-291
25. Kraas, F. I.; Helmetag, V.; Wittmann, M.; Strieker, M.; Marahiel, M. A. Chem. Biol. 2010, 17 (8) 872-880
26. Ongena, M.; Jacques, P. Trends Microbiol. 2008, 16 (3) 115-125
27. Arguelles-Arias, A.; Ongena, M.; Halimi, B.; Lara, Y.; Brans, A.; Joris, B.; Fickers, P. Microb. Cell Fact. 2009, 8, 63
28. Leenders, F.; Stein, T. H.; Kablitz, B.; Franke, P.; Vater, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13 (10) 943-949
29. Nihorimbere, V.; Ongena, M.; Cawoy, H.; Henry, G.; Brostaux, Y.; Kakana, P.; Thonart, P. Commun. Agric. Appl. Biol. Sci. 2009, 74 (3) 645-650
30. Duitman, E. H.; Wyczawski, D.; Boven, L. G.; Venema, G.; Kuipers, O. P.; Hamoen, L. W. Appl. Environ. Microbiol. 2007, 73 (11) 3490-3496
31. Espinosa-Urgel, M.; Kolter, R.; Ramos, J. L. Microbiology 2002, 148, 1-3
32. Fan, B.; Carvalhais, L. C.; Becker, A.; Fedoseyenko, D.; Von Wirén, N.; Borriss, R. BMC Microbiol. 2012, 12, 116
33. Fan, B.; Chen, X. H.; Budiharjo, A.; Bleiss, W.; Vater, J.; Borriss, R. J. Biotechnol. 2011, 151 (4) 303-311
34. Koumoutsi, A.; Chen, X. H.; Henne, A.; Liesegang, H.; Hitzeroth, G.; Franke, P.; Vater, J.; Borriss, R. J. Bacteriol. 2004, 186 (4) 1084-1096
35. Bais, H. P.; Fall, R.; Vivanco, J. M. Plant Physiol. 2004, 134 (1) 307-319
36. Dietel, K.; Beator, B.; Budiharjo, A.; Fan, B.; Borriss, R. Plant Pathol. J. 2013, 29 (1) 59-66
37. Debois, D.; Hamze, K.; Guérineau, V.; Le Caër, J. P.; Holland, I. B.; Lopes, P.; Ouazzani, J.; Séror, S. J.; Brunelle, A.; Laprévote, O. Proteomics 2008, 8, 3682-3691
38. Hamze, K.; Julkowska, D.; Autret, S.; Hinc, K.; Nagorska, K.; Sekowska, A.; Holland, I. B.; Séror, S. J. Microbiology 2009, 155 (2) 398-412
39. Kinsinger, R. F.; Shirk, M. C.; Fall, R. J. Bacteriol. 2003, 185 (18) 5627-5631
40. Henry, G.; Deleu, M.; Jourdan, E.; Thonart, P.; Ongena, M. Cell. Microbiol. 2011, 13 (11) 1824-1837
41. Jourdan, E.; Henry, G.; Duby, F.; Dommes, J.; Barthelemy, J. P.; Thonart, P.; Ongena, M. Mol. Plant-Microbe Interact. 2009, 22 (4) 456-468
42. Ongena, M.; Adam, A.; Jourdan, E.; Paquot, M.; Brans, A.; Joris, B.; Arpigny, J. L.; Thonart, P. Environ. Microbiol. 2007, 9, 1084-1090
43. Biemann, K. Sequencing of peptides by tandem mass spectrometry and high-energy collision-induced dissociation. In Methods in Enzymology; James, A. M., Ed.; Academic Press: San Diego, CA, 1990; Vol. 193, pp 455-479.
44. Roepstorff, P.; Fohlman, J. Biomed. Mass Spectrom. 1984, 11 (11) 601-601
45. Bonmatin, J. M.; Laprevote, O.; Peypoux, F. Comb. Chem. High Throughput Screening 2003, 6 (6) 541-556
46. Blin, K.; Medema, M. H.; Kazempour, D.; Fischbach, M. A.; Breitling, R.; Takano, E.; Weber, T. Nucleic Acids Res. 2013, 41, W204-W212
47. Giessen, T. W.; Marahiel, M. A. FEBS Lett. 2012, 586 (15) 2065-2075
48. Shen, H. H.; Thomas, R. K.; Chen, C. Y.; Darton, R. C.; Baker, S. C.; Penfold, J. Langmuir 2009, 25 (7) 4211-4218